BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G35610.1
Length=2328
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg934179 jgi|Araly1|934179|scaffold_402167.1 3134 0.0
> Ahg934179 jgi|Araly1|934179|scaffold_402167.1
Length=1965
Score = 3134 bits (1697), Expect = 0.0
Identities = 1888/1979 (95%), Gaps = 18/1979 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 122 AGATTGAAACATTGAGAATAATGGTGGAGGGTTGGCGAAATGGGTTTCGCGATGCTACGA 181
|||||| || ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3 AGATTG-AA-ATTGAAAATAATGGTGGAGGGTTGGAGAAATGGGTTTCGCGAGGCTACGA 60
Query 182 ATTCGAAACCTCTCTTCGTGACGATCTACGCGACTGTGATCATTGGCGTTCTCGTCTCTT 241
||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 61 ATTCGAAACCTCTGTTCGTGACGATCTACGCGACGGTGATCATTGGCGTTCTCGTCTCCT 120
Query 242 CCTTCTATGTATTCTCCGCCATTTACTCTCCCACCAATGGctcctcctcctttctctctt 301
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CTTTCTATGTCTTCTCCGCCATTTACTCTCCCACCAACGGCTCCTCCTCCTTTCTCTCTT 180
Query 302 ttcctcctctttccACTTCTGGCCGAATTCATAGTCTCCCACAAGAAAATGCAACCTTAG 361
|||||||||| |||||| | ||||||||||| | || |||||||| |||||||||||||
Sbjct 181 TTCCTCCTCTATCCACTGCCGGCCGAATTCACCGCCTTCCACAAGATAATGCAACCTTAG 240
Query 362 AGTTACCAGTTGCTCCACCACCACCACCACAAGCACTGCCACCGCCAGTTCTGGAGGAGG 421
||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 241 AGTTACCTGTTGCT---CCACCACCACCACAGGCACTGCCACCGCCAGTTCTAGAGGAGG 297
Query 422 CTCAAGGCAATTCCTTGGGTAAAATTTGGGTGTCTCCTCCTAGAGATAAGAAGATGCCAC 481
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||
Sbjct 298 CTCAAGGAAAATCCTTGGGTAAAATTTGGGTGTCTCCTCCTCGGGACAAGAAGATGCCAC 357
Query 482 CGCTTGAGACCTTTAAACTGACCAAAGAATTGTTTGGGGAAAGAGTGAAGGACAATGTTA 541
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 358 CGCTTGAAACCTTTAAACTGACCAAAGAATTGTTTGGGGAAAGAGTGAAGGACAATGTCA 417
Query 542 TTATAGTGACCTTTGGGAACTATGCTTTTATGGATTTCATTTTGACTTGGGTTAAACACT 601
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 418 TTATAGTGACCTTTGGGAACTATGCTTTTATGGATTTCATCTTGACTTGGGTTAAACACT 477
Query 602 TGACTGATTTAGATCTCTCCAATATTCTTGTTGGTGCGATGGATACAAAGTTATTAGAGG 661
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 TGACTGATTTAGATCTCTCCAATATTCTTGTTGGTGCGATGGATACAAAGTTATTAGAGG 537
Query 662 CTTTGTACTGGAAAGGCGTTCCAGTTTTTGACATGGGAAGCCATATGAGCACAGTGGATG 721
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 CTTTGTACTGGAAAGGCGTTCCGGTTTTTGATATGGGAAGCCATATGAGCACAGTGGATG 597
Query 722 TCGGGTGGGGTTCTCCAACATTCCACAAAATGGGAAGAGAAAAAGTTATTCTCATAGATT 781
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 TCGGTTGGGGGTCTCCAACATTCCACAAAATGGGAAGAGAAAAAGTTATTCTCATAGATT 657
Query 782 CTGTCTTGCCTTTTGGTTACGAGCTACTTATGTGTGACACTGACATGGTGTGGCTTAAGA 841
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 CTGTCTTGCCTTTCGGTTACGAGCTACTAATGTGTGACACTGACATGGTGTGGCTTAAGA 717
Query 842 ACCCTATGCCTTATTTGGCTCGATTCCCAGATGCTGATGTTTTGACTTCAAGCGATCAAG 901
| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 718 ATCCTATGCCTTATTTGGCTCGATACCCAGATGCTGATGTTTTGACATCAAGCGATCAAG 777
Query 902 TTGTGCCTACCGTCATAGATGACAGTTTGGACATATGGCAACAAGTTGGTGCTGCCTACA 961
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 778 TTGTGCCTACTGTCATAGATGACAGTTTGGACATAT--------GTTGGTGCTGCCTACA 829
Query 962 ACATAGGAATTTTTCATTGGCGGCCGACAGAATCTGCGAAAAAGTTGGCAAAAGAATGGA 1021
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 830 ACATAGG-ATTTTCCATTGGCGGCCGACAGAATCTGCCAAAAAGTTGGCAAAAGAATGGA 888
Query 1022 AAGAAATTCTCTTAGCTGACGATAAGGTTTGGGATCAAAATGGGTTCAATGAGATTGTTA 1081
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 AAGAAATTCTCTTAGCGGACGATAAGGTTTGGGATCAAAATGGGTTCAATGAGATTGTTA 948
Query 1082 GGAGACAGCTAGGTCCATCTGTGGAAGGGGATAGTGGACTTTTCTATGCTTATGATGGAA 1141
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 949 GGAGACAGCTAGGTCCATCTGTGGATGGGGATAGTGGACTTTTCTATGCTTATGATGGAA 1008
Query 1142 ATCTCAAGGTTGGAATTTTGCCAGCTAGCATATTTTGCAGTGGTCATACTTATTTTGTTC 1201
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1009 ATCTCAAGGTTGGAATTTTGCCCGCTAGCATATTTTGCAGTGGCCATACTTATTTTGTTC 1068
Query 1202 AGGCTATGTATCAACAACTCAGGCTAGAACCATATGCCGTGCATACAACATTCCAGTATG 1261
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1069 AGGCTATGTATCAACAACTGAGGCTAGAACCATATGCCGTGCATACAACATTCCAATATG 1128
Query 1262 CAGGTACCGAAGGAAAACGCCACAGGCTTCGAGAGGGGATGGTTTTCTATGACCCACCAG 1321
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1129 CAGGTACCGAAGGAAAACGCCACAGGCTTCGAGAGGGGATGGTTTTCTATGACCCACCAG 1188
Query 1322 AATATTATGATTCACCAGGAGGTTTCATTGCGTTTAAACCATCGATTCCAAAAAGCTTGT 1381
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1189 AATATTATGATTCACCAGGAGGTTTCATTGCGTTTAAACCATCTATTCCAAAGAGCTTGT 1248
Query 1382 TACTTGACGGGAAGCATACCATTGAATCGCATTTTATCCTCGTTAATCACCAAATGAAAC 1441
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1249 TACTTGACGGGAAGCATACCATTGAATCGCATTTTATCCTCGTTAATCACCAAATGAAAC 1308
Query 1442 AGATCAGATCAGCTCTAGCCATTGCATCTCTTCTTAATCGTACACTGGTGATGCCACCAA 1501
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1309 AGATCAGATCAGCTCTAGCCATTGCGTCTCTTCTTAATCGTACATTGGTGATGCCACCAA 1368
Query 1502 TATGGTGCAGGTTAGATAGGCTTTGGTTTGGGCATCCTGGTACTCTTCAGGGATCTATGA 1561
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1369 TATGGTGCAGGTTAGATAGGCTTTGGTTTGGGCATCCCGGTACTCTTCAGGGATCTATGA 1428
Query 1562 CCCGACAACCTTTCATCTGCCCACTTGATCATGTCTTTGAGGTCAATATCATGCTTAAGG 1621
||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1429 CCCAACAACCTTTCATCTGCCCGCTTGATCATGTCTTTGAGGTCAATATCATGCTAAAGG 1488
Query 1622 AGCTACCAGAGGAAGAGTTTGGCCCTGGGATTGGTATCAGAGAGTATTCTTTTCTAGATA 1681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1489 AGCTACCAGAGGAAGAGTTTGGCCCTGGGATTGGTATCAGAGAATATTCTTTTCTAGATA 1548
Query 1682 ACCCATTGC-T-GCCAAAACAAGTGAAAGAGTCATGGCTTGATGTTCAGCTTTGTCAAGA 1739
||||| || | ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1549 ACCCA--GCATTGCCGAAACAAGTAAAAGAGTCATGGCTTGATGTTCAGCTTTGTCAAGA 1606
Query 1740 AGGAAAAGAAGGATGCGAGGCATCAAATAACACTAGCCCCTCTCGGGTTCTTAAGTTCCC 1799
||||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1607 AGGAAAAGAAGGATGTGAGCCATCGAATAACACAAGCCCCTCTCAGGTTCTTAAGTTCCC 1666
Query 1800 AAAGCGGAGCAATGAAGATACGTTTAAGGCGATATTCTCTTCCTTCGACGATGTCAAAGT 1859
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1667 AAAGCGGAGCAATGAAGATACGTTTAAGGCGATATTTTCTTCCTTCGAAAATGTCAAAGT 1726
Query 1860 GATCAAGTTTTCTTCAATTGAAGATGCTTTCATCGGATTCTCTGACAAGGAGCGAGAAGA 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1727 GATCAAGTTTTCTTCAATTGAAGATGCTTTCATCGGATTCTCTGACAAGGAGCGAGAAGA 1786
Query 1920 AAGATTTAGAAGACGGGTAAAGAGATATGTGGGAATATGGTGTTGTGAGGAGAACAAGAC 1979
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1787 GAGATTTAGAAGACGGGTAAAGAGATATGTGGGAATATGGTGTTGTGAGGAGAACAAGAC 1846
Query 1980 TCCAGGACACATTTACTACGATATGTATTGGGACGAGAAACCTGGTTGGAAACCGGTTCC 2039
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1847 TCCGGGACACATTTACTACGATATGTATTGGGACGAGAAACCTGGTTGGAAACCGGTTCC 1906
Query 2040 ACCACAGACACCAGAAGAAGATCATCCTCCTCTCTGATAACATTACTGGCAAGAAGACT 2098
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||
Sbjct 1907 TCCGCAGACACCAGAAGAAGATCATCCTCCTCTCTGATAACATAACCGATAAGAAGACT 1965
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 87683743990
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5