BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G35650.1
Length=1978
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg482526 jgi|Araly1|482526|fgenesh2_kg.4__1586__AT2G35650.1 3038 0.0
> Ahg482526 jgi|Araly1|482526|fgenesh2_kg.4__1586__AT2G35650.1
Length=1923
Score = 3038 bits (1645), Expect = 0.0
Identities = 1818/1900 (96%), Gaps = 17/1900 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 67 agagaaccagagaTTATCGAACACGAAGCAGAAGACGATTCGTGGAAGAGACTTGGAGAG 126
|||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 28 AGAG-ACCAGAGATTATCGACCACGAAGCAGCAGACGATTCGTGGAAGAGACTTGGAGAG 86
Query 127 AATATTTCTCAATGTCTCCTCTCCCAATCTTCCATCGTCTTCCTCACGCCACGTTCTCTT 186
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 87 -ATATTTCCCAATGTCTCCTCTCCCAATCTTCCATCGTCTTCCTCACGCCACGTTCTCTT 145
Query 187 CCTTTCTCCTCTCACTGTCTCAAGCTGGAAGTTCTAAAACATCAGTGGCATTCCTCAATG 246
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 146 CCTTTCTCCTCTCACTGTCTCAAGTTGGAAGTTCTAAAACATCAGTGGCATTCCTCAATG 205
Query 247 CCTTCAAATCAGAAGATATCATTGCTCGAATTGGACTATGGTGGCAGCTTATAAGGGCTG 306
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 206 CCTTCAAATCGGACGATATCATTGCTCGAATTGGACTATGGTGGCAGCTAATAAGGGCTG 265
Query 307 TTGTAGTTGTACCTGTCTTCAAGTTCCTGGT-GCTTCTATGTTTGGTCATGTCTGTCATG 365
||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 266 TTGTACTTGTACCTGTCTTCAAGTTCCTGGTGGC-TCTATGTTTGGTCATGTCTGTCATG 324
Query 366 TTCTTCGTTGAGGTTATGTACATGGGAATCGTTGTTTTGTATGTCAAGCTGTTCAAGAGA 425
|||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 325 TTCTTCGTAGAGGTTATGTACATGGGAATCGTCGTTTTGTATGTCAAGTTGTTCAAGAGA 384
Query 426 AAGCCAGAGAAATTTTACAAATGGGAAGCC-ATGGAGGATGATGTTGAGTGTGGCAGTGC 484
|| ||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 385 AAACCAGAGAAAATTTACAAATGGG-AGCCTATGGAGGATGATGTTGAGTGTGGCAGTGC 443
Query 485 AAGCTACCCTATGGTTCTTGTGCAGATACCTATGTACAATGAAAAAGAGGTTTGTGAGCA 544
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 444 AAGCTACCCTATGGTTCTTGTGCAAATTCCTATGTACAATGAAAAAGAGGTTTGTGAGCA 503
Query 545 ATCTATTGCAGCTGCTTGCAAAATCTCATGGCCATCGAATCGTATAATAATTCAAGTGCT 604
||| |||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 504 ATCAATTGCAGCTGCTTGTAAAGTTTCATGGCCATCGAATCGTATAATAATTCAAGTGCT 563
Query 605 TGATGATTCCACGGATCCAGCCAGTAAGGAGTTGGTGAAAAAGGAGTGTGACAGATGGTC 664
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 564 TGATGATTCCACGGATCCAGCCAGTAAGGAATTGGTGAAAAGGGAGTGTGATAGATGGTC 623
Query 665 TAAAGAAGGTGTCAACATAACGTTTGAGATAAGGGACAACAGGAACGGATACAAAGCTGG 724
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 624 GAAAGAAGGTGTCAACATAACGTTTGAGATAAGGGACAACAGGAACGGATACAAAGCTGG 683
Query 725 TGCGTTGAGAGAAGGAATGAGGCATAGCTATGTGAAGCAGTGTGATTATGTTGCTATCTT 784
|||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 684 TGCGCTGAGAGAAGGAATGAAGCATAGCTATGTGAAGCAGTGTGACTATGTTGCTATCTT 743
Query 785 TGATGCTGATTTCCAGCCTGATCCTGACTTCCTCCACCGCACTGTTCCATTCTTAATTCA 844
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 744 TGATGCTGATTTCCAGCCTGATCCTGACTTCCTCCACCGCACTGTTCCTTTCTTAATTCA 803
Query 845 CAATCCCAAGTTAGCACTTGTACAAGGCCGGTGGGAGTTTGTGAACGCGGGTCAATGCAT 904
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 804 CAATCCCAAGTTAGCACTTGTACAAGGCCGGTGGGAGTTTGTGAACGCGGGTCAATGCAT 863
Query 905 GATGACGAGATTACAGGAGATGTCTCTAAGTTACCACTTTACAATAGAGCAGCAAGTTGG 964
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 864 GATGACGAGATTACAGGAGATGTCTCTGAGTTACCACTTTACAATAGAGCAGCAAGTTGG 923
Query 965 ATCTTCAACATTTGCCTTCTTTGGGTTCAACGGAACTGCTGGCGTCTGGAGAATCTCAGC 1024
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 924 ATCTTCAACATTTGCCTTCTTTGGGTTCAACGGAACTGCTGGCGTCTGGAGAATCTCAGC 983
Query 1025 ATTGAATGAGTCCGGGGGATGGAATGACCAGACAACAGTAGAAGACATGGATTTAGCTGT 1084
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 984 ATTGAATGAGTCTGGGGGATGGAATGACCAGACAACGGTAGAAGATATGGACTTAGCTGT 1043
Query 1085 ACGAGCTACACTGAGAGGCTGGAAGTTTCTATATATCGATGATCTCAAGGTAAAAAGTGA 1144
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1044 ACGGGCTACACTGAGAGGCTGGAAGTTTCTATATATCGATGATCTCAAGGTAAAAAGTGA 1103
Query 1145 GTTACCTTGTTCCTTCAAAGCTCTGCGTAGCCAGCAGCATCGATGGACTTGCGGCCCTGC 1204
|||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1104 GTTACCTTGTTCATTCAAAGCCCTGCGTAACCAGCAGCATCGATGGACTTGTGGCCCTGC 1163
Query 1205 CAATCTTTTAAGGAAAATGGCTGGACAAATAATAAGAAGCGAGAATGTATCTCTATGGAA 1264
|||||| || ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1164 CAATCTATTCAGGAAAATGGCTGTACAAATATTAAGAAGCGAGAATGTTTCTCTATGGAA 1223
Query 1265 GAAGTGGTATATGTTGTACAGCTTCTTCTTCATGCGCAAGATCGTGGCTCACATCCTCAC 1324
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 1224 GAAGTTGTATATGTTGTACAGCTTCTTCTTCATGCGCAAGGTCGTGGCTCACACCCTCAC 1283
Query 1325 ATTCTGCTTCTACTGTGTTATCTTGCCAGCAACTGTATTGTTCCCAGAAGTCACAGTTCC 1384
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1284 ATTCTGCTTCTACTGTGTTATCTTGCCAGCAACTGTATTGTTCCCAGAAGTCACAGTTCC 1343
Query 1385 GAAATGGGCTGCATTTTATCTCCCTTCTTTGATCACTCTCTTAATCGCAATTGGTAGACT 1444
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1344 GAAATGGGCTGCATTTTATCTCCCTTCTTTGATCACTCTCTTAATCGCAATCGGTAGACT 1403
Query 1445 AAGATCAATCCACCTTTTGGCTTTCTGGGTTCTATTTGAGAATGCAATGTCCCTGCTAAG 1504
||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1404 AAGATCAATCCACCTTTTGGCATTCTGGGTTCTGTTTGAGAATGCAATGTCCCTGCTACG 1463
Query 1505 AGCAAAGGCTCTGGTCATGGGCTTGTTCGAAACAGGAAGAGTACAAGAATGGGTTGTGAC 1564
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1464 AGCAAAGGCTCTGGTCATGGGCTTGTTAGAAACAGGAAGAGTACAAGAATGGGTTGTGAC 1523
Query 1565 GGAGAAGTTAGGTGATACTCTCAAGACGAAGCTGATTCCACAAGTTCCTAACGTCAGATT 1624
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 1524 GGAGAAATTAGGTGATACTCTGAAGACGAAGCTGATTCCACAAGTGCCTAACGTCAAATT 1583
Query 1625 CAGAGAGAGGGTGCATTTGCTGGAGCTATTGGTTGGAGCGTACCTGTTATTCTGCGGAAT 1684
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1584 CAGAGAGAGGGTGTATTTGCTGGAGCTATTGGTTGGAGTGTACCTGTTATTCTGCGGAAT 1643
Query 1685 CTACGACATCGTCTATGGGAAGAACACACTCTATGTGTACCTTCTGTTTCAGTCAGTGGC 1744
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1644 CTACGACATCGTTTATGGGAAGAACACACTCTATGTGTACCTTCTGTTTCAGTCAGTGGC 1703
Query 1745 CTTCTTCGTTGTTGGTTTTGGATTTGTAGGAAAATATGTTCCTGCTTCCTCTTACTTAGC 1804
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1704 CTTCTTCGTTGTTGGTTTTGGATTTGTAGGAAAATATGTTCCTGCTTCCTCTTACTTAGC 1763
Query 1805 ATAGGATAGATCATAGAGTCTCAATATGTTTCAGAAGGTTTTTTGTT-T-GATGTCATAT 1862
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || | ||| ||||||
Sbjct 1764 ATAGGATAGATCAAAGAGTCTCAATATGTTTCAGAAGGTTTTTTTTTGTTGATATCATAT 1823
Query 1863 TGAGAACAATGCCTATATACTACTCT----C-C---ATTTGTATTAACACTTGAGTATCT 1914
|||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1824 TGAGAACAATGCCTATATACTACTCTAGTACTCTCCATTTGTATTAACACTTGAGTGTCT 1883
Query 1915 GTAACCAACGAAGCTCAGATGTGATCGATATTAttttttt 1954
|||| |||||||||||| |||||| | |||| ||||||||
Sbjct 1884 GTAAACAACGAAGCTCAAATGTGACCAATAT-ATTTTTTT 1922
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 74352158240
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5