BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G35920.1
Length=3371
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg482562 jgi|Araly1|482562|fgenesh2_kg.4__1622__AT2G35920.1 5297 0.0
Ahg946683 jgi|Araly1|946683|scaffold_702912.1 213 7e-54
> Ahg482562 jgi|Araly1|482562|fgenesh2_kg.4__1622__AT2G35920.1
Length=3370
Score = 5297 bits (2868), Expect = 0.0
Identities = 3216/3383 (95%), Gaps = 27/3383 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GTTTCTCCACGCTTCGCTTTCTCCTTCCATTTTCTTCCAAACTCTCTCCGCTTCGTCCTC 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 1 GTTTCTCCACGCTTCGCTTTCTCCTTCCATTTTCTTCCAAACTCTCTCCGCTTCCTTCTC 60
Query 61 TCTTTCACACCGCCGCTATGCCTCCTCACGGTCCTAATTCTCAAGGTGGTCGTCGAGGCG 120
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 61 TCTTTCACACAGCCGCTATGCCTCCTCACGGTCCTAATTCTCAAGGTGGTCGTCGAGGTG 120
Query 121 GAGGTCAT-TCCTCcggtcgtcg-tggtggacgcggcggcggcggtcgtggcggtggtgg 178
||||| | |||||||||||| | ||| || ||| | | || || || ||||| || ||
Sbjct 121 GAGGT-TTCTCCTCCGGTCGT-GCTGGAGGTCGC--C-GTGGTGGACGCGGCGGCGGCGG 175
Query 179 tggcggccgg-GGGGAACAGCGATGGTGGGATCCTGTGTGGAGAGCTGAGCGTTTGCGCC 237
| | || ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 176 TCGTGG-CGGCGGGGAACAGCGATGGTGGGATCCGGTGTGGAGAGCTGAGCGTTTGCGTC 234
Query 238 AGCAACAAGCTGAGATGGAAGTACTTGATGAGAATGAATGGTGGAACAAGATTGAGCAAT 297
||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 235 AGCAACAAGTTGAGATGGAAGTTCTTGATGAGAATGAATGGTGGAACAAGATTGAGCAAT 294
Query 298 GGAAAACAGGAGGAGAACAAGAGATGCTAATTAAGCGTAATTTTAGCCGTGGAGATCAGC 357
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 295 GGAAAACAGGAGGAGAACAAGAGTTGCTAATTAAGCGCAATTTTAGCCGTGGAGATCAGC 354
Query 358 AAACACTTTCTGATATGGCTTTGCAGATGGGTCTTTACTTTCATGCGTACAATAAAGGGA 417
|||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 355 AAACGCTTTCGGATATGGCTTTTCAGATGGGTCTTTACTTCCATGCATACAATAAAGGGA 414
Query 418 AGGCTCTTGTTGTTAGCAAAGTTCCTTTACCAGATTATCGAGCGGATCTTGATGAACGGC 477
|||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 415 AGGCTCTTGTAGTTAGCAAAGTTCCTTTGCCAGATTATCGAGCGGATCTTGATGAACGAC 474
Query 478 ATGGATCCACTCAGAAAGAGATTAAAATGTCCACAGAGACTGAGAGAAAACTTGGAAGTC 537
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 475 ATGGATCCACTCAGAAAGAGATTAAAATGTCCACAGAGACTGAGAGAAAACTTGGAAGTC 534
Query 538 TTTTGAAAACAACACAAGAATCAGGGTCCTCTGGTGCCTCTGCTTCAGCTTTTAACGATC 597
|| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | ||||| | ||
Sbjct 535 TTCTGAAAACAACACAAGAATCAGGGTCTTCTAGTGCCTCTGCTTCACCATTTAATGGTC 594
Query 598 AACAGGATCGTACTTCAACTCTTGGCTTGAAAAGACCTGATTCTGCTTCCAAATTGCCGG 657
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 595 AACAGGATCGTACAGCAACTCTTGGCTTGAAAAGACCTGAATCTGCTTCCAACTTGCCGG 654
Query 658 ATTCTCTTGAGAAAGAAAAATTCAGTTTTGCACTCAAGGAAAGGCAGGAAAAGCTTAAGG 717
|||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 655 ATTCTCTTGAGAAAGAAAAATTCAGTGTTGCACTTAAGGAAAGGCAGGAAAAGCTAAAGG 714
Query 718 CAACTGAGAGTGTAAAAGCACTTAAAGCGTTCAGAGAAAAGCTACCTGCTTTTAAAATGA 777
||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 715 CAACTGAGAGTGTAAAAGCACTTCATGCTTTCAGAGAAAAGCTACCTGCTTTTAAAATGA 774
Query 778 AAGAGGAGTTTCTTAACTCTGTTTCACAAAACCAGGTATTGGTAGTTTCAGGAGAGACCG 837
|||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 AAGAGGGGTTTCTTAACTCTGTTTCAGAAAATCAGGTATTGGTAGTTTCAGGAGAGACCG 834
Query 838 GGTGTGGTAAAACAACACAGCTTCCTCAATTTATATTGGAAGAAGAAATATCATCCCTAA 897
||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 835 GGTGTGGTAAAACAACACAACTTCCTCAATTTTTATTGGAAGAAGAAATATCATCCCTAA 894
Query 898 GAGGTGCTGATTGCAACATAATTTGCACTCAACCTCGACGTATATCGGCCATATCTGTTG 957
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 895 GAGGTGCTGATTGCAACATAATTTGCACTCAACCTCGACGTATATCTGCCATATCTGTTG 954
Query 958 CTTCTCGTATATCTGCTGAAAGAGGTGAATCCATTGGTGAATCTGTGGGTTATCAGATTC 1017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 CTTCTCGTATATCTGCTGAAAGAGGTGAATCCATTGGTGAATCTGTGGGTTATCAGATTC 1014
Query 1018 GTCTAGAATCAAAGCGTTCTGATCAAACACGATTGCTATTTTGCACTACTGGTGTTTTAC 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 GTCTAGAATCAAAGCGTTCTGATCAAACACGATTGCTATTTTGCACTACTGGTGTTTTAC 1074
Query 1078 TCCGGCGGCTGATTGAGGATCCTAATCTAACTAACGTAAGCCATTTGCTCGTGGATGAGA 1137
| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 TTCGGCGGCTGATTGAGGATCCCAATTTAACTAACGTAAGCCATTTGCTCGTGGATGAGA 1134
Query 1138 TTCACGAAAGAGGCATGAATGAAGATTTTCTACTAATCATACTACGCGATCTCCTTCCTC 1197
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1135 TTCACGAGAGAGGCATGAATGAAGATTTTCTACTAATCATACTACGTGATCTCCTTCCTC 1194
Query 1198 GACGCCCAGATTTGCGTCTTATTCTGATGAGTGCTACGATTAACGCTGACATGTTCTCAA 1257
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 GACGCCCGGATTTGCGTCTTATTCTGATGAGTGCTACGATTAACGCTGACATGTTCTCAA 1254
Query 1258 CATACTTTGGGAACTCTCCCACTATGCACATCCCGGGTTTCACATTTCCTGTGGCAGAGT 1317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1255 CATACTTTGGGAACTCTCCCACTATGCACATCCCGGGGTTCACATTCCCTGTGGCAGAGT 1314
Query 1318 TATTCCTAGAAGATGTATTGGAGAAAAGTCGTTATAATATTAAGTCGTCTGACTCGGGGA 1377
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1315 TATTCCTAGAAGATGTACTGGAGAAAAGTCGTTATAGTATTAAGTCGTCTGACTCAGGGA 1374
Query 1378 ATTATCAAGGTAGTTCGAGAGGTAGAAGAAGAGAATCAGAATCCAAGAAAGATGATCTGA 1437
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1375 ATTATCAAGGTAATTCGAGAGGTAAAAGAAGAGACTCAGAATCCAAGAAAGATGACCTGA 1434
Query 1438 CTACTCTTTTTGAGGATATTGACATCAATTCTCACTATAAAAGTTATAGCTCGGCCACAA 1497
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1435 CTACTCTTTTCGAGGATATTGACATCAATTCTCACTATAAAAGTTATAGCTCGACCACAA 1494
Query 1498 GAAATTCTCTTGAAGCATGGTCTGGTGCACAGATTGATGTGGATCTGGTGGAGGCAACAA 1557
| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1495 GGAATTCTCTCGAAGTATGGTCTGGTGCACAGATTGATGTGGATCTGGTGGAGGCAACAA 1554
Query 1558 TTGAACATATTTGTCGTCTTGAAGGTGGTGGGGCGATTCTTGTCTTCCTTACTGGCTGGG 1617
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 TTGAATATATTTGTCGTCTTGAAGGTGGTGGGGCGATTCTTGTCTTCCTTACTGGCTGGG 1614
Query 1618 ATGAGATTTCAAAACTGCTTGAAAAAATTAACATGAACAACTTTCTTGGAGATTCGAGCA 1677
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1615 ATGAGATTTCAAAACTGCTTGAGAAAATTAATGGGAACAACTTGCTTGGAGATTCTAGCA 1674
Query 1678 AGTTCTTAGTTCTTCCTTTACATGGTTCAATGCCGACGGTTAATCAACGTGAAATTTTTG 1737
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 AGTTCTTAGTTCTTCCTCTACATGGTTCAATGCCGACAGTTAATCAACGTGAAATTTTTG 1734
Query 1738 ACCGTCCACCTCCTAACAAACGGAAAATAGTTTTGGCTACAAACATTGCCGAGAGTAGTA 1797
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1735 ACTGTCCACCTCCTAACAAACGGAAAATAGTTTTGGCTACAAACATTGCCGAGAGTAGTA 1794
Query 1798 TTACAATTGATGATGTTGTATATGTTGTGGATTGTGGTAAAGCAAAGGAAACTAGCTATG 1857
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1795 TTACAATTGATGATGTTATATATGTTGTGGATTGTGGTAAAGCAAAGGAAACTAGCTATG 1854
Query 1858 ATGCTTTGAACAAGGTGGCATGTCTCTTGCCATCATGGATATCAAAGGCTTCAGCTCACC 1917
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1855 ATGCTTTGAACAAGGTGGCATGTCTCTTGCCATCATGGATTTCAAAGGCTTCAGCGCACC 1914
Query 1918 AGAGACGAGGTCGTGCTGGACGTGTTCAAGCTGGAGTTTGTTATAGGTTGTATCCAAAAG 1977
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 AGAGACGAGGTCGTGCTGGACGTGTTCAAGCTGGATTTTGTTATAGGTTGTATCCAAAAG 1974
Query 1978 TTATCTATGATGCTTTTCCACAGTATCAGTTACCAGAAATCATACGGACTCCATTACAAG 2037
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1975 TTATCTATGATGCTTTTCCACAGTATCAATTACCAGAAATCATACGGACTCCATTGCAAG 2034
Query 2038 AGCTATGCCTGCATATCAAAAGTTTGCAAGTTGGATCTATAGGCTCATTCTTGGCAAAGG 2097
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2035 AGCTATGCCTGCATATCAAAAGTTTGCAAGTTGGATCCATAGGATCATTCTTGGCAAAGG 2094
Query 2098 CACTGCAGCCACCAGATGCACTTGCTGTTGAGAATGCTATTGAACTTCTCAAAACAATTG 2157
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2095 CACTGCAGCCACCAGATGCACTTGCTGTTGAGAATGCTATTGAACTTCTCAAAACAATTG 2154
Query 2158 GGGCTTTAAATGACGTGGAAGAGCTTACACCCCTTGGTCGGCATCTTTGCACTCTACCCG 2217
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2155 GGGCTTTAAATGACATGGAAGAGCTTACACCCCTTGGTCGGCATCTTTGCACTCTACCCG 2214
Query 2218 TGGACCCAAATATTGGAAAGATGCTTCTGATTGGAGCTATCTTCCAGTGCGTCAATCCTG 2277
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2215 TGGACCCAAATATAGGAAAGATGCTTCTGATTGGAGCTATCTTCCAGTGCGTCAATCCTG 2274
Query 2278 CTTTGACAATCGCTGCTGCTCTGGCGTATCGTAGCCCATTTGTCTTACCATTAAATAGGA 2337
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2275 CTTTGACAATCGCCGCTGCTCTGGCATATCGTAGCCCATTTGTCTTACCATTAAATAGGA 2334
Query 2338 AAGAGGAAGCTGATGAAGCCAAACGATATTTTGCTGGTGATTCCTGCAGTGATCACATTG 2397
|||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2335 AAGAGGAAGCCGATGAAGCCAAAAGATATTTTGCTGGTGATTCCTGCAGTGATCACATTG 2394
Query 2398 CTCTTCTTAAGGCATATGAGGGATATCGGGATGCAAAGCGTGGTGGAAACGAAAAAGATT 2457
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2395 CTCTTCTTAAGGCATATGAGGGATATCGGGATGCAAAGCGTGGTGGAAACGAAAAAGATT 2454
Query 2458 TTTGTTGGCAAAACTTTCTTTCCCCTGTAACTCTAAGGATGATGGAGGATATGAGAAACC 2517
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2455 TTTGTTGGCAAAACTTTCTTTCCCCTGTAACTCTAAGGATGATGGAAGATATGAGAAACC 2514
Query 2518 AGTTTCTTGATCTTCTATCAGATATAGGGTTTGTAGACAAATCAAAGCCAAATGCATACA 2577
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2515 AGTTTCTTGATCTTCTATCAGATATAGGGTTCGTAGACAAATCAAAGCCAAATGCATACA 2574
Query 2578 ACCAATATAGCTACGATATGGAGATGATAAGTGCGGTTCTATGTGCGGGGCTGTACCCAA 2637
||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2575 ACCAATATAGCCACGATATGGAGATGATAAGCGCGGTTCTGTGTGCGGGGCTGTACCCAA 2634
Query 2638 ATGTTGTCCAATGCAAAAGAAGAGGGAAGCGCACTGCGTTCTATACTAAAGAGCTGGGTA 2697
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 2635 ATGTTGTCCAATGCAAAAGAAGAGGGAAGCGCACTGTGTTCTACACTAAAGAGTTGGGTA 2694
Query 2698 AAGTTGATATCCACCCTGGATCTGTCAACGCAAGAGTGAATCTCTTCTCTTTGCCGTACT 2757
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2695 AAGTTGATATTCACCCTGGATCTGTCAACGCAAGAGTGAATCTCTTCTCGTTGCCGTACT 2754
Query 2758 TGGTCTACAGCGAAAAGGTGAAGACGACAAGTGTTTATATCCGAGACTCGACAAATATAT 2817
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2755 TGGTCTACAGCGAAAAGGTGAAGACAACAAGTGTTTATATCCGAGACTCGACAAACATAT 2814
Query 2818 CAGACTATGCACTCCTTATGTTTGGTGGCAATCTTATCCCAAGCAAAACCGGGGAAGGTA 2877
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2815 CAGATTATGCACTTCTTATGTTTGGTGGCAATCTTATGCCAAGCAAAACCGGGGAAGGTA 2874
Query 2878 TAGAGATGTTGGGAGGGTATCTCCATTTCTCAGCCTCGAAGAACATCTTAGAACTGATAC 2937
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||
Sbjct 2875 TAGAGATGTTGGGAGGGTATCTCCATTTCTCAGCCTCAAAGAACGTCTTGGAACTGATAC 2934
Query 2938 AGAGATTGAGGGGAGAGGTGGACAAGCTACTGAATAAGAAGATAGAGGATCCGAGTTTGG 2997
|||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2935 AGAGATTGCGGGGAGAGGTGGACAAGCTGCTGAATAAGAAGATAGAGGATCCGAGTTTGG 2994
Query 2998 ACATAACAGTGGAGGGGAAAGGAGTGGTCTCAGCTGTGGTGGAGTTGTTACGTAGCCAAA 3057
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2995 ACATAACGGTGGAGGGGAAAGGAGTGGTCTCAGCTGTGGTGGAGTTGTTACGTAGCCAAA 3054
Query 3058 AACATTAGGTATTAAGCAAAATTCCAGTGAGTCTTATCGTAGTGTAGAGGGATTAAGAAA 3117
| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||
Sbjct 3055 A-CATTAGGTATTAAGCAAAATGCCAGTGAGTCTTATCTTAGTGTAGAGGAATTAGGAAA 3113
Query 3118 CGTTAGTTATTGGAAAACGAGGTGAATAG-----ACTTTAAACTCTGCTTAAGTTATAAA 3172
| ||||||||||| ||||||||| ||||| ||| |||||||||| || || ||||
Sbjct 3114 CCTTAGTTATTGGTAAACGAGGTCAATAGTTGGGACTCCAAACTCTGCTAAAATTTTAAA 3173
Query 3173 AGGTAATACAAGTTGTAATTTTAGAGCTGTTCCCATTTGTTTCGGTTAGGCCCGAGTTTT 3232
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3174 AGGTAATACAAGTTGTAGTTTTAGAGCTGTTCACATTTGTTTCGGTTAGGCCCGAGTTTT 3233
Query 3233 GTAGTGGTGATCATCTTATTTCCCATTGCAT-CT---ATCTTTCTTTCTTTCTTTGTGGT 3288
||||| ||||||| ||||||||||||| || | || |||||||||||||||||
Sbjct 3234 GTAGT----ATCATCTCATTTCCCATTGCAGGCTTGCAGCTACCTTTCTTTCTTTGTGGT 3289
Query 3289 TATAATGTTTATGTTCAAATGAAAACAAACATTTGTTTCTGCTTTTAGCAATTTCGTCTC 3348
||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 3290 TATAATGTTTAAGTTGGAATGAAAACAAACATTTGTTTATGCTT--AGCAATTTCGTCTC 3347
Query 3349 GTCT--CAATGCCAATTGCTTAC 3369
|||| |||||||||||||||||
Sbjct 3348 GTCTTTCAATGCCAATTGCTTAC 3370
> Ahg946683 jgi|Araly1|946683|scaffold_702912.1
Length=655
Score = 213 bits (115), Expect = 7e-54
Identities = 129/136 (95%), Gaps = 0/136 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2005 AGTTACCAGAAATCATACGGACTCCATTACAAGAGCTATGCCTGCATATCAAAAGTTTGC 2064
|||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 327 AGTTACCAGAAATCATACGGACTCCATTGCAAAAGCTATGCCTGCATATTAAAAGTTTGC 386
Query 2065 AAGTTGGATCTATAGGCTCATTCTTGGCAAAGGCACTGCAGCCACCAGATGCACTTGCTG 2124
|||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 387 AAGTTGGATCCATATGCTCATGCTTGGCAAAGGCACTGCAGCCACTAGATGCACTTGCTG 446
Query 2125 TTGAGAATGCTATTGA 2140
||||||||||||||||
Sbjct 447 TTGAGAATGCTATTGA 462
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 127264524112
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5