BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G36190.1
Length=2082
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg934243 jgi|Araly1|934243|scaffold_402231.1 2918 0.0
> Ahg934243 jgi|Araly1|934243|scaffold_402231.1
Length=1817
Score = 2918 bits (1580), Expect = 0.0
Identities = 1744/1823 (96%), Gaps = 12/1823 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 66 GATCCTGAGTCTTTGGATCAAT--G-GCTATTTCAAATGTTATTTCTGTCTTATTATTAT 122
|||||||||||||||||||||| | | | |||||||| ||||||||||||||||| | |
Sbjct 1 GATCCTGAGTCTTTGGATCAATGGGTGGTGTTTCAAATCTTATTTCTGTCTTATTA-T-T 58
Query 123 TGCTTGTACTAATCAATTTAAGCAATCAAAATATCAAAGGAATTGATGCATTTCATCAGA 182
| || ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 59 T-CTCGTAATAACCAATTTAAGCAATCAAAATATCAAAGGAATTGTTGCATTTCATCAGA 117
Query 183 TTTACGAAGAATTGCAATCTGAATCAGTCGAGTCAGTGAATCATCTTCACAGACCTAGTT 242
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 TTTACGAAGAATTGCAATCTGAATCAGTCGAGTCAGTGAATCATCTTCACAGACCTAGTT 177
Query 243 TTCACTTTCAACCTCCAAAGCATTGGATTAACGATCCAAATGGTCCAGTATACTACAAAG 302
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 TCCACTTTCAACCTCCAAAGCATTGGATTAACGATCCAAATGGTCCAGTATACTACAAAG 237
Query 303 GTCTCTACCATCTCTTCTACCAATATAACACCAAAGGTGCGGTTTGGGGTAATATTATAT 362
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 GTCTCTACCATCTCTTCTACCAATATAATACCAAGGGTGCGGTTTGGGGTAATATTATAT 297
Query 363 GGGCCCATTCGGTTTCTAAAGACTTGGTTAACTGGGAGGCTCTTGAACCGG-C-TCTTAG 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |
Sbjct 298 GGGCCCATTCGGTTTCTAAAGACTTGGTTAACTGGGAGGCTCTTGAACCGGCCATC-CA- 355
Query 421 TCCTTCAAAATGGTTCGACATCGGAGGTACATGGTCCGGTTCAATAACAATCGTACCGGG 480
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 356 TCCTTCAAAATGGTTCGATATCGGAGGTACATGGTCAGGTTCAATAACAATCGTACCGGG 415
Query 481 AAAAGGACCGATTATCCTCTATACCGGTGTTAACCAGAACGAAACTCAGTTGCAAAACTA 540
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 416 AAAAGGACCGATTATCCTCTATACCGGTGTTAATCAGAATGAAACTCAGTTGCAAAACTA 475
Query 541 TGCAATCCCAGAGGACCCATCAGACCCATACCTAAGGAAATGGATTAAACCGGACGATAA 600
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 476 TGCAATCCCGGAGGACCCATCAGACCCTTACCTAAGGAAATGGATTAAACCGGACGATAA 535
Query 601 CCCGATTGCAATCCCAGACTATACAATGAACGGTTCAGCATTCCGTGACCCGACAACCGC 660
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||
Sbjct 536 CCCGATTGCAATGCCAGACTATACCATGAACGGTTCAGCATTTCGTGACCCGACCACGGC 595
Query 661 TTGGTTCTCCAAAGACGGGCATTGGAGAACCGTGGTAGGG-TCAAAAAGAAAGCGTAGAG 719
||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 596 TTGGTTCTCCAAAGACGGGCATTGGAGAACCGTTGT-GGGATCAAAAAGAAAGCGTAGAG 654
Query 720 GAATTGCTTACATCTACAGAAGCCGAGATTTCAAGCATTGGGTCAAAGCTAAGCACCCGG 779
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 GAATAGCTTACATCTACAGAAGCCGAGATTTCAAGCATTGGGTCAAAGCTAAGCACCCGG 714
Query 780 TTCACTCTAAACAGTCAACCGGTATGTGGGAATGTCCTGATTTCTTCCCGGTTTCCTTAA 839
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 715 TTCACTCTAAAGAGTCAACCGGTATGTGGGAATGTCCTGATTTCTTTCCGGTTTCCTTAA 774
Query 840 CCGATTTCCGAAACGGTTTGGACTTGGATTACGTCGGTCCAAACACCAAGCATGTGTTGA 899
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 CCGATTTCCAAAACGGTTTGGACTTGGATTACGTCGGTCCAAACACCAAGCATGTGTTGA 834
Query 900 AGGTTAGCTTGGACATTACCCGGTACGAGTATTACACGCTTGGTAAATACGATCTTAAGA 959
|||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 835 AGGTTAGCTTGGACATAACTCGGTATGAGTATTACACGCTTGGTAAATACGATCCTAAGA 894
Query 960 AGGACCGGTACATACCGGACGGTAATACTCCCGATGGTTGGGAGGGTTTAAGATTCGATT 1019
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 895 AGGACCGGTACATACCGGACGGTAATACTCCCGATGGTTGGGAGGGTTTAAGGTTCGATT 954
Query 1020 ACGGTAATTTCTACGCTTCCAAGACATTCTTTGACTACAAAAAGAACAGAAGAATCTTAT 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 ACGGTAATTTCTACGCTTCCAAGACATTCTTTGACTACAAAAAGAACAGAAGAATCTTAT 1014
Query 1080 GGGGTTGGGCTAATGAATCTGACACCGTTGAAGATGATATTTTGAAGGGTTGGGCTGGTC 1139
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 GGGGTTGGGCCAATGAATCTGACACCGTTGAAGATGATATTTTGAAGGGTTGGGCTGGTA 1074
Query 1140 TTCAGGTGATTCCAAGAACGGTGCTCCTTGATTCAAGCAAGAAGCAACTTGTGTTTTGGC 1199
||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1075 TTCAGGTAATTCCAAGAACGGTACTTCTTGATTCAAGCAAGAAGCAACTAATGTTTTGGC 1134
Query 1200 CTGTTGAAGAGATAGAGTCATTAAGAGGTAACTACGTCCGAATGAACAATCATGACATCA 1259
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1135 CTGTCGAAGAGATAGAGTCATTAAGAGGTAACTATGTCCGAATGAACAACCATGACATCA 1194
Query 1260 AGATGGGTCAACGCATAGAAGTCAAAGGAATCACTCCTGCTCAAGCCGATGTGGAAGTAA 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 AGATGGGTCAACGCATAGAAGTCAAAGGAATCACTCCAGCTCAAGCCGATGTGGAAGTAA 1254
Query 1320 CGTTCTATGTTGGAAGTCTAGAGAAAGCTGAGATATTCGATCCGAGTTTCACGTGGAAAC 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||| || ||||
Sbjct 1255 CGTTCTATGTTGGAAGTCTAGAGAAAGCTGAGACATTTGACCCGAGTTTCAAGTTCAAAC 1314
Query 1380 CATTGGAATTGTGTAACATTAAAGGCTCGAATGTGAGAGGCGGTGTAGGACCTTTTGGTC 1439
||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 CATTGGATTTGTGTAAGATTAAAGGCTCGAATGTGAGAGGCGGTGTAGGACCTTTTGGTT 1374
Query 1440 TGATCACATTAGCGACTCCTGATTTGGAAGAGTACACTCCTGTCTTCTTTAGAGTCTTCA 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 TGATCACATTAGCGACTCCTGATTTGGAAGAGTACACTCCTGTCTTCTTTAGAGTCTTCA 1434
Query 1500 ACGACACTAAAACTCATAAGCCTAAAGTTCTCATGTGCTCCGATGCTAGACCGTCGTCGT 1559
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1435 AAGACACTAAAACTCATAAGCCTAAAGTTCTCATGTGTTCCGATGCTAGACCGTCGTCGT 1494
Query 1560 TAAAGCAAGACACGGGTTTACTCGCAAAAGATAGGATGTATAAACCATCGTTTGCTGGTT 1619
|||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1495 TAAAGCAAGACAAGGGTCCACTCGCAAAAGATAGGATGTATAAACCATCGTTTGCTGGTT 1554
Query 1620 TTGTGGATGTTGATATGGCTGATGGAAGGATCTCTCTAAGGAGTTTGATTGATCATTCAG 1679
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1555 TTGTGGATGTTGATATGGCTGATGGAAGGATCTCTCTAAGGAGTTTGATTGATCATTCGG 1614
Query 1680 TAGTAGAGAGCTTTGGAGCATTAGGTAAAACGGTGATAACATCAAGAGTGTATCCAGTGA 1739
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1615 TCGTAGAGAGCTTTGGAGCATTAGGGAAAACGGTGATAACATCAAGAGTGTATCCAGTGA 1674
Query 1740 AAGCAGTAAAAGAGAATGCACATTTGTATGTCTTTAACAATGGAACACAAACTGTGACCA 1799
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1675 AAGCAGTAAAAGATAATGCACATTTGTATGTGTTTAACAATGGAACACAGACTGTGACCA 1734
Query 1800 TAGAGAGTCTCAATGCTTGGAATATGGATCGTCCTCTGCAAATGAATGATGGAGCTCTTT 1859
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1735 TAGAGAGTCTCAATGCTTGGAACATGGAACGTCCTTTACAAATGAATGATGGAGCTCTTT 1794
Query 1860 AATTTAGCTCTTCTCTCTATAGT 1882
|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1795 AATTTAGCTCTTCTCTCTATAGT 1817
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 78313543720
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5