BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G36390.1
Length=2775
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg321348 jgi|Araly1|321348|fgenesh1_pm.C_scaffold_4001405 3814 0.0
> Ahg321348 jgi|Araly1|321348|fgenesh1_pm.C_scaffold_4001405
Length=2490
Score = 3814 bits (2065), Expect = 0.0
Identities = 2243/2326 (96%), Gaps = 24/2326 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 306 TACAATCTCGGGATACTGTCTCTGACGATACTCA-----G--GTGCTCGGCAATGTAGAC 358
||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||
Sbjct 181 TACAATCTCGGGAAACTGTCTCTGACGATACTCAGCTTTGTTGTGCTCGGCGATGTAGAC 240
Query 359 GTTCAGAAAACTGAAGAAGCCCAGGAAACAGAGACACTAGATCAAACTTCTGCACTCTCA 418
|||||||||||||||| |||| | || | || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ACTCAGAAAACTGAAGAATCCCA-G-----GA-A-AC-AGATCAAACTTCTGCACTCTCA 291
Query 419 ACATCTGGAAGCATA-AGTTATAAAGAAGATTTTGCAAAGATGTCACACTCTGTCGACCA 477
||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| | |||||
Sbjct 292 ACATCTGGAAGCA-ACAGTTATAAAGAAGATATTGCAGAGATGTCACAGTCTTTAGACCA 350
Query 478 AGAAGTTGGGCAGAGGAAGATTCCACCTCCTGGAGATGGGAAGAGAATATATGACATTGA 537
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 351 AGAAGTTGGGCAGAGGAAGATTCCACCTCCTGGAGATGGGAAGAAAATATATGACATTGA 410
Query 538 TCCTATGTTGAACAGTCATCGTAATCATCTTGATTACCGATATGGGCAGTACAGAAAACT 597
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 411 TCCTATGTTGAACAGTCATCGTAGTCATCTTGATTACCGATATGGCCAGTACAGAAAACT 470
Query 598 GCGTGAAGAAATTGACAAGAATGAAGGTGGTTTGGAGGCATTTTCTCGTGGTTATGAAAT 657
|||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 471 GCGTGAAGAAATCGACAAGTATGAAGGTGGTTTGGAGGCATTTTCTCGTGGTTATGAAAT 530
Query 658 ATTTGGCTTCACTCGAAGCGCCACTGGTATCACTTACCGGGAATGGGCACCGGGAGCTAA 717
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 531 ATTTGGCTTCACTCGAAGCGCCACTGGTATCACTTACCGGGAATGGGCACCAGGAGCTAA 590
Query 718 GGCAGCATCACTGATCGGAGATTTTAATAACTGGAATGCGAAATCTGATGTTATGGCTCG 777
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 591 GGCAGCATCACTGATCGGAGATTTTAATAGCTGGAATGCGAAAGCTGATGTAATGGCTCG 650
Query 778 GAACGACTTTGGTGTGTGGGAAATATTTCTGCCAAATAATGCTGATGGCTCACCAGCAAT 837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 651 GAACGACTTTGGTGTGTGGGAAATATTTCTGCCAAATAATGCTGATGGCTCGCCAGCAAT 710
Query 838 TCCCCATGGCTCCCGTGTGAAGATCCGCATGGATACCCCATCTGGTATTAAAGACTCCAT 897
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 711 TCCCCATGGCTCCCGTGTGAAGATTCGCATGGATACCCCATCTGGTATTAAAGACTCCAT 770
Query 898 TCCAGCTTGGATCAAGTATTCTGTCCAGCCACCTGGCGAGATCCCATATAATGGAGTATA 957
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 771 TCCAGCTTGGATCAAGTATTCTGTCCAGCCACCAGGCGAGATCCCATATAATGGAGTATA 830
Query 958 TTATGACCCTCCTGAGGAGGATAAATATGCGTTCAAACATCCTCGTCCAAAGAAACCCAC 1017
|||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 831 TTATGACCCTGCTGAGGAGGATAAATATGTGTTCAAACATCCTCGTCCAAGGAAACCCAC 890
Query 1018 ATCGCTGCGTATATATGAATCACATGTTGGAATGAGTAGTACGGAACCAAAGATAAATAC 1077
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 891 ATCACTGCGTATATATGAATCACATGTTGGAATGAGTAGTACGGAACCAAAGATAAATAC 950
Query 1078 ATATGCCAACTTTAGAGATGATGTACTTCCCCGTATAAAAAAGCTAGGCTATAATGCTGT 1137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 951 ATATGCCAACTTTAGAGATGATGTACTTCCCCGTATAAAAAAGCTGGGCTATAATGCTGT 1010
Query 1138 GCAGATAATGGCCATTCAAGAGCATGCCTACTATGCCAGCTTTGGGTATCATGTGACAAA 1197
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1011 TCAGATAATGGCCATTCAAGAGCATGCCTACTATGCCAGCTTTGGGTATCATGTCACAAA 1070
Query 1198 TTTTTTCGCACCTAGCAGCCGCTTTGGAACACCTGATGACCTTAAATCTTTGATAGACAA 1257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1071 TTTTTTCGCACCTAGCAGCCGCTTTGGAACACCTGATGACCTTAAATCTTTGATAGACAA 1130
Query 1258 AGCTCATGAGCTAGGTCTGGTTGTTCTGATGGATATTGTGCACAGCCATGCATCAAAAAA 1317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1131 AGCTCATGAGCTAGGTCTGGTTGTTCTGATGGATATTGTGCACAGCCATGCATCAAAAAA 1190
Query 1318 CACACTGGATGGCCTGGACATGTTTGATGGTACTGATGGTCAATATTTCCACTCTGGATC 1377
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1191 CACACTGGATGGCCTGGACATGTTTGATGGCACTGATGGTCAATATTTCCACTCTGGATC 1250
Query 1378 GCGTGGTTATCATTGGATGTGGGATTCTCGTCTTTTCAATTACGGAAGCTGGGAAGTGCT 1437
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1251 GCGGGGTTATCATTGGATGTGGGATTCTCGTCTTTTCAATTACGGAAGCTGGGAAGTGCT 1310
Query 1438 TAGGTATCTTCTTTCCAACGCGAGATGGTGGCTGGAAGAATACAAGTTTGATGGGTTCAG 1497
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1311 TAGGTATCTTCTTTCCAACGCGAGATGGTGGCTGGAGGAATACAAGTTTGATGGGTTCAG 1370
Query 1498 ATTTGATGGTGTGACTTCCATGATGTACACTCATCATGGACTGCAGGTCGAATTTACTGG 1557
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1371 ATTTGATGGTGTGACTTCCATGATGTACACTCATCATGGACTGCAGGTGGAATTTACTGG 1430
Query 1558 GAATTACAATGAGTACTTTGGATATTCTACTGATGTTGACGCTGTGGTCTATCTAATGCT 1617
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1431 GAATTACAATGAATACTTTGGATATTCTACTGATGTTGACGCTGTGGTCTATCTAATGCT 1490
Query 1618 GGTGAACGATTTGATTCATGGGCTATACCCTGAGGCTATTGTTGTCGGCGAAGATGTTAG 1677
||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1491 GGTCAACGATATGATTCATGGGCTATACCCTGAGGCTATTGTTGTCGGCGAAGATGTTAG 1550
Query 1678 CGGGATGCCAGCTTTTTGCGTTCCTGTCGAAGACGGTGGTGTGGGTTTTGACTACCGTCT 1737
||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1551 CGGGATGCCAGCTTTTTGCATTCCTGTGGAAGACGGTGGTGTGGGTTTTGACTACCGTCT 1610
Query 1738 ACACATGGCAGTGGCAGATAAATGGATTGAGCTTCTTAAGAAGAGAGACGAGGACTGGCA 1797
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1611 ACACATGGCAGTGGCAGATAAATGGATTGAGCTTCTCAAGAAGAGAGACGAGGACTGGCA 1670
Query 1798 GGTTGGTGATATAACTTTCACGCTTACCAACAGGAGGTGGGGAGAAAAATGTGTCGTCTA 1857
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1671 GGTTGGTGATATAACTTTCACGCTTACCAACAGGAGGTGGGGAGAAAAATGTGTCGTCTA 1730
Query 1858 TGCAGAGAGTCATGATCAAGCCCTTGTTGGAGACAAAACGATAGCTTTCTGGCTAATGGA 1917
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1731 CGCGGAGAGTCATGATCAAGCCCTTGTTGGAGACAAAACGATAGCTTTCTGGCTAATGGA 1790
Query 1918 TAAGGACATGTATGATTTCATGGCCGTTGATAGACAGGCCACTCCGCGTGTAGACCGTGG 1977
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1791 CAAGGACATGTATGATTTCATGGCGGTTGATAGACAGGCCACTCCGCGTGTAGACCGTGG 1850
Query 1978 GATTGCTTTACACAAAATGATCCGTCTCATTACGATGGGATTGGGTGGAGAAGGATACCT 2037
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 GATTGCTTTACACAAAATGATCCGTCTCATTACGATGGGATTGGGTGGAGAAGGATACCT 1910
Query 2038 CAATTTCATGGGAAACGAATTTGGACACCCAGAATGGATCGACTTCCCAAGGACCGACCA 2097
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1911 CAATTTCATGGGAAACGAATTTGGACACCCAGAATGGATCGACTTCCCAAGGACTGACCA 1970
Query 2098 GCACCTTCCTGATGGCAGAGTCATCGCTGGGAATAATGGTAGTTATGATAAATGCCGACG 2157
||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1971 GCACCTTCCTGATGGGAGAGTCATCCCTGGGAATAATGGTAGTTATGATAAATGCCGACG 2030
Query 2158 TAGGTTTGATCTGGGAGATGCAGAATATCTTAGATACCATGGACTACAAGAGTTTGATCG 2217
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2031 TAGGTTTGATCTGGGGGATGCAGAATATCTTAGATACCATGGACTACAAGAGTTTGATCG 2090
Query 2218 AGCAATGCAAAATCTAGAGGAGACGTATGGTTTCATGACTTCAGAGCACCAGTACATATC 2277
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2091 AGCAATGCAAAATCTAGAGGAGACGTATGGTTTCATGACTTCAGAGCACCAGTACATATC 2150
Query 2278 CCGCAAGGATGAAGGAGACAGAGTCATTGTATTCGAGAGAGGTAACTTGCTCTTCGTCTT 2337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2151 CCGCAAGGATGAAGGAGACAGAGTCATTGTATTCGAGAGAGGTAACTTGCTCTTCGTCTT 2210
Query 2338 CAACTTCCACTGGACCAACAGTTACTCTGACTACCGTATCGGTTGCTCTGTTCCCGGAAA 2397
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2211 CAACTTCCACTGGACCAACAGTTACTCTGATTACCGTATCGGTTGCTCTGTTCCCGGAAA 2270
Query 2398 GTACAAAATCGTTTTGGACTCTGATAACTCTTTATTTGGAGGCTTCAACCGGCTAGATGA 2457
||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2271 GTACAAAATTGTTTTGGACTCTGATAAATCTTTATTCGGAGGCTTCAACCGGCTAGATGA 2330
Query 2458 CTCCGCGGAGTTTTTCACCTCTGATGGAAGGCACGACGATAGGCCTTGCTCCTTCATGGT 2517
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2331 CTCCGCAGAGTTTTTCACCTCTGATGGAAGGCACGATGATAGGCCTTGCTCCTTCATGGT 2390
Query 2518 GTATGCACCGTGCAGAACCGCTGTAGTTTACGCTGCAGTAgatgatgatgatgatgatga 2577
||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2391 TTATGCGCCATGCAGAACCGCTGTAGTGTACGCTGCAGTAGATGATGATGATGA--A--- 2445
Query 2578 ACGTTCTTCTCTTGTCCCCATAGGCCTGTTACCCGAAGATGTTTAG 2623
||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2446 -CGTTCTTCTCTTGTCCCCATAAGCCTGTTACCTGAAGATGTTTAG 2490
Score = 202 bits (109), Expect = 1e-50
Identities = 135/147 (92%), Gaps = 3/147 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 47 ATGGTTTACACGATTTCAGGCGTACGTTTTCCTCATCTTCCATCGATTAAGAAGAAGAAT 106
||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1 ATGGTTTACACGATTTCCGGCGTACGTTTCCCACATCTTCCATCGACT---AAGAAGAAC 57
Query 107 TCGTCTCTTCACAGTTTCAATGAAGATCTCAGGAGAAGCAACGCTGTCTCATTCTCTCTG 166
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||
Sbjct 58 TCGTCTCTTCCCAGTTTCAATGAAGATCTCAGGAGAACCAACGCTGTTTCCTTCTCTCTG 117
Query 167 AGGAAGGACTCTCGTTCTTCTGGGAAG 193
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 AGGAAGGACTCTCGTTCTTCTGGGAAG 144
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 104710083505
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5