BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G36480.3
Length=2661
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg482627 jgi|Araly1|482627|fgenesh2_kg.4__1687__AT2G36480.1 2071 0.0
Ahg934271 jgi|Araly1|934271|scaffold_402259.1 1304 0.0
> Ahg482627 jgi|Araly1|482627|fgenesh2_kg.4__1687__AT2G36480.1
Length=2782
Score = 2071 bits (1121), Expect = 0.0
Identities = 1359/1468 (93%), Gaps = 40/1468 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1054 TTTTCTTCTACCAATGCAACCTCGACTGCAACTAGAAAGGGAATTCAGCCTCAACCAAGG 1113
|||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1069 TTTTCTTCTATTAATGCAACCTCTACTGCAGCTAGAAAGGGAATTCAGCCTCAACCTAGG 1128
Query 1114 GTTGCAAGCTCTGGAATTTTGCCAAGCTCAGGATCTGGGTCAGATAGACAATCGCCTTTA 1173
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1129 GTTGCCAGCTCTGGAATTTTGCCAAGCTCAGGATCTGGGTCAGATAGACAGTCGCCTTTA 1188
Query 1174 CATGATTCAACTTCTAAACAGAATGTGACCAAGCAAGATGTTAGAAGAGCTCACTCACTC 1233
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1189 CATGATTCAACTTCTAAACAGAATGTGACCAAGCAAGATGTTAGAAGAGCTCACTCCCTC 1248
Query 1234 CCCCAACGTGATCCTAGGGCTTCCCGGTTTCCAGCAAAACAAAATGTTCCCAGGGATGAC 1293
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 1249 CCTCAACGTGATCCTAGGGCTTCCCGGTTTCCAGC--AA-AAAATGTTCCCAGGGATGAC 1305
Query 1294 TCTGTACGGCTCCCATCTTCAAGTAGTCAGTTTAAAAACACAAATATGCGTG-A--A-C- 1348
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |
Sbjct 1306 TCTGTACGGATCCCATCTTCAAGTAGTCAGTTTAAAAACACAAATATGCGTGAACTACCT 1365
Query 1349 --T--A-C-C-AGTGGAAATCTTTGACTCTAAGTCAGCAGCTGAAAATGCCCCAGGCCTT 1401
| | | | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1366 GATGCATCTCAAGTGGAAATCTTTGACTCTAAGTTGGCAGCTGAAAATGCTCCAGGCCTA 1425
Query 1402 ACTCTTGCCTCAGAAGCTACAGGACAACCCAACATGAGTGATTTGCTAGAAGCTGTCATG 1461
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1426 ACTATTGCCTCAGAAGCTACAGGACAACCCAACATGAGTGATTTGCTGGAAGCTGTCATG 1485
Query 1462 AAGAGTGGAATCCTTTCTAATAATTCAACATGTGGTGCGATCAAGGAGGAAA---GTCAT 1518
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1486 AAGAGTGGAATCCTTTCTAATAATTCAACACATGGTGCGATCAAGGAGGAAATTTCTCAG 1545
Query 1519 GATGAGGTCAACCCGGGGGCACTAACCCTGCCAGCAGCCTCTAAGCCTAAG-A-----C- 1571
|||||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| | |
Sbjct 1546 GATGAGGTTAACCCAGGGGCACTAACCCTATCAGCGGCCTCTAAGCCTAAGAATTTGCCA 1605
Query 1572 T-----TTGCCAATTTCATTGGCTACTGACAATTTATTAGCTCGTTTAAAAGTTGAACAA 1626
| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1606 TCAGCATTGCCAATTTCAGTGGCTGGTGACAATTTATTAGCTCGTTTAAAAGTTGAACAA 1665
Query 1627 TCCTCCGCACCACTTGTCTCATGTGCAGCGTCTCTTACTGGCATCACCTCAGTACAAACG 1686
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1666 TCCTCCGCACCACTTGTCTCATGTGCAGCGTCTCTTACTGGCATCACATCAGTACAAACG 1725
Query 1687 TCAAAAGAGAAAAGTAAGGCCTCAGATCCTCTTTCATGCCTCTTAAGCTCTTTAGTTTCG 1746
||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1726 TCAAATGAGAATAGTAAGGCCTCAGATCCTCTTTCATGCCTCTTGAGCTCCTTAGTTTCA 1785
Query 1747 AAGGGCTTGATATCTGCTTCGAAGACAGAGCTGCCATCGGCTCCTTCCATAACGCAGGAA 1806
|||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1786 AAGGGCTTGATATCTGCTTCAAAGACAGAGCAGCCAGCGGCTCCTTCCATAACGCAGGAA 1845
Query 1807 CACAGTCCTGATCATTCCACCAATAGCTCTATGTCTGTATCTGTGGTTCCAGCAGATGCT 1866
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1846 CATAGTCCTGATCATTCCACCAATAGCTCTATGTCTGTATCTGTGGTTCCATCAGATGCT 1905
Query 1867 CAGCCATCTGTTTTGGT---GAAGGGGCCATCTACTGCCCCTAAGGTAAAAGGGTTAGCT 1923
|| ||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1906 CAACCATCTGTTCTGGTGAAGAAGGGGCCATCCACTGCCCCTAAGGTAAAAGGGTTAACT 1965
Query 1924 GCACCATCTGAAACATCAAAATCTGAACCCAAGGACCTCATAGGATTGAAGTTTAGGGCG 1983
| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1966 G---CATCTGAGACATCAAAATCTGAACCTGAGGACCTCATAGGATTGAAGTTTAGGGCA 2022
Query 1984 GACAAAATCCGTGAACTTCACCCTTCGGTCATTAGTAGTCTATTCGATGACCTTCCCCAT 2043
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||| |||
Sbjct 2023 GACAAAATCCGTGAACTTCACCCCTCTGTCATTAGTAGTCTCTTTGATGATCTTCCACAT 2082
Query 2044 CTCTGCACCTCCTGCAGCGTTCGCCTTAAACAAAAGGAAGAACTTGATAGGCACATGGAG 2103
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2083 CTCTGCACCTCCTGCGGCGTTCGCCTTAAACAAAAGGAAGAACTTGATAGGCACATGGAG 2142
Query 2104 CTGCATGATAAGAAG-AAGCTCGAGTTAAGTGGCACAAACAGTAAATGTAGGGTTTGGTT 2162
||||||||||| || ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2143 TTGCATGATAAG-AGTAAGGGCGAGTTAAGTGGCAAAAACAGTAAATGTAGGGTTTGGTT 2201
Query 2163 TCCAAAGGTTGATAACTGGATAGCAGCAAAAGC-GGGAGAGTTAGAACCTGAATATGAAG 2221
|||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||| |
Sbjct 2202 TCCAAAGGTTGAAAACTGGATTGCAGCAAAAGCTGGG-GAGTTAGAACCTGAAGATGAGG 2260
Query 2222 AAGTTCTGAGTGAACCTGAGAGTGCTATTGAGGATTGTCAAGCCGTAGCTGCTGATGAGA 2281
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2261 AAGTTCTGAGTGAACCTGAGAGTGCTATTGAGGATGGTCCAGCCGTAGCTGCTGATGAGA 2320
Query 2282 CCCAATGCGCATGTATATTATGTGGAGAAGTATTTGAGGATTATTTCAGTCAAGAAATGG 2341
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2321 CCCAATGCGCATGTATATTATGTGGAGAAGTTTTTGAGGATTTTTTCAGTCAAGAAATGG 2380
Query 2342 CTCAATGGATGTTCAAGGGAGCTTCTTACCTGACCAATCCTCCAGCCAACAGTGAGGCCA 2401
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2381 CTCAATGGATGTTCAAGGGAGCTTCTTACCTGACCAATCCTCCAGCCAACAGTGAGGCCA 2440
Query 2402 GTGGTCCTATCGTCCATACAGGTTGTCTGACCACGAGTTCATTGCAGAGCTTGGAAGTTG 2461
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2441 GTGGTCCTATCGTCCATACAGGTTGTCTGACCACGAGTTCATTACAGAGCTTGGAAGTTG 2500
Query 2462 GAATTGCAATCAAGCAGGAAATTGTTGA 2489
||| |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2501 GAAATGCAATCAAGGAGGAAATTGTTGA 2528
Score = 1668 bits (903), Expect = 0.0
Identities = 971/1002 (97%), Gaps = 11/1002 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCAGGTACCAAGTGATCAGAAGCTGCCAACACTGTACCTGTTAGACAGCATTGTGAAG 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCAGGTACCAAGTGATCAGAAGCTGCCAACACTGTACCTGTTAGACAGCATTGTGAAG 60
Query 61 AACATCGGAAGGGATTACATTAAGTACTTTGGTGCCAGGCTGCCTGAGGTTTTTGTTAAG 120
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AACATCGGAAGGGATTACATCAAGTACTTTGGTGCCAGGCTGCCTGAGGTTTTTGTTAAG 120
Query 121 GCTTACAGGCAAGTTGACCCTCCTATGCATTCTAACATGCGGCATCTTTTTGGAACCTGG 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GCTTACAGGCAAGTTGACCCTCCTATGCATTCTAACATGCGGCATCTTTTTGGAACCTGG 180
Query 181 AAAGGAGTCTTTCATCCGCAAACACTTCAGCTTATTGAGAAAGAACTTGGCTTTAATGCT 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AAAGGAGTCTTTCATCCGCAAACACTTCAGCTTATTGAGAAAGAACTTGGCTTTAATGCT 240
Query 241 AAAAGTGATGGTTCAGCAGCTGTTGTATCCACAGCCAGAGCTGAGCCGCAATCTCAGCGC 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AAAAGTGATGGTTCAGCAGCTGTTGTATCCACAGCCAGAGCTGAGCCGCAATCTCAGCGC 300
Query 301 CCACCACATAGCATCCATGTGAATCCCAAGTATCTAGAAAGGCAGCGCCTTCAGCAGTCG 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CCACCACATAGCATCCATGTGAATCCCAAGTATCTAGAAAGGCAGCGCCTTCAGCAGTCG 360
Query 361 GGACGGACAAAAGGAATGGTTACTGATGTC-CCAGAGACCGCACCCAATTTGACTAGGGA 419
||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GGACGGACAAAAGGAATGGTTACTGATA-CACCAGAGATCGCACCCAATTTGACTAGGGA 419
Query 420 TTCAGATAGACTGGAGAGAGTTTCAAGCATAGCATCTGGAGGCTCGTGGGTAGGTCCAGC 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TTCAGATAGACTGGAGAGAGTTTCAAGCATAGCATCTGGAGGCTCGTGGGTAGGTCCAGC 479
Query 480 TAAAGTAAATAACATTCGGCGACCTCAAAGAGATTTACTTAGTGAGCCCCTCTACGAGAA 539
|||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 480 TAAA--AC----CATTCGGCGACCTCAAAGAGATTTACTTAGTGAACCCCTCTACGAGAA 533
Query 540 AGATATCGAGTCAATAGCAGGGGAATATGATTATGCTTCTGATCTACCACATAACTCTAG 599
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 534 AGATATCGAGTCAATAGCAGGGGAATATGATTATGCTTCTGATCTACCCCATAACTCTAG 593
Query 600 ATCGGTGATTAAGAATGTTGGTTCAA-G--GATTACTGATGACGGATGTGAGAAACAATG 656
||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 594 ATCGGTGATTAAGAAAGTTGGTTCAACGATGATTACTGATGACGGATGTGAGAAACAATG 653
Query 657 GTACGGAGCTACGAACAGGGATCCTGATCTGATTTCTGACCAAAGGGATGGGTTACATTC 716
||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 654 GTATGGAGCTATGAGCAGGGGTCCTGATCTGATTTCTGACCAAAGGGATGGGTTACATAC 713
Query 717 CAAAAGCAGAACTTCCAACTATGCTACGGCTAGAGTAGAAAATTTGGAATCAAGTGGTCC 776
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 714 CAAAAGCAGAACTTCCAACTATGCTACGGCGAGACTAGCAAATTTGGAATCAAGTGGTCC 773
Query 777 CAGTAGAAATATAGGTGTGCCTTATGATAGTTGGAAAAACTCTGAGGAAGAAGAGTTTAT 836
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 774 CAGTATAAATATAGGTGTGCCTTGTGATAGTTGGAAAAACTCTGAGGAAGAAGAGTTTAT 833
Query 837 GTGGGATATGCACTCAAGGTTATCCGAAACTGATGTAGCCACTATCAACCCAAAGAACGA 896
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 834 GTGGGACATGCACTCAAGGTTATCCGAAACTGATGTAGCTACTATCAACCCAAAGAACGA 893
Query 897 GCTTCATGCACCAGATGAATCAGAGAGACTGGAATCTGAAAACCACCTCTTAAAACGACC 956
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 894 GCTTCATGCACCAGATGAATCAGAGAGACTGGATTCTGAAAACCACCTCTTAAAACGACC 953
Query 957 AAGGTTTTCAGCTCTCGACCCAAGGTTTGACCCAGCGAATTC 998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 954 AAGGTTTTCAGCTCTCGACCCAAGGTTTGACCCAGCGAATTC 995
> Ahg934271 jgi|Araly1|934271|scaffold_402259.1
Length=1030
Score = 1304 bits (706), Expect = 0.0
Identities = 907/998 (91%), Gaps = 38/998 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 1287 GGATGACTCTGTACGGCTCCCATCTTCAAGTAGTCAGTTTAAAAACACAAATATGCGTG- 1345
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 32 GGATGACTCTGTACGGATCCCATCTTCAAGTAGTCAGTTTAAAAACACAAATATGCGTGA 91
Query 1346 A--A-C---T--A-C-C-AGTGGAAATCTTTGACTCTAAGTCAGCAGCTGAAAATGCCCC 1394
| | | | | | | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 92 ACTACCTGATGCATCTCAAGTGGAAATCTTTGACTCTAAGTTGGCAGCTGAAAATGCTCC 151
Query 1395 AGGCCTTACTCTTGCCTCAGAAGCTACAGGACAACCCAACATGAGTGATTTGCTAGAAGC 1454
|||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 152 AGGCCTAACTATTGCCTCAGAAGCTACAGGACAACCCAACATGAGTGATTTGCTGGAAGC 211
Query 1455 TGTCATGAAGAGTGGAATCCTTTCTAATAATTCAACATGTGGTGCGATCAAGGAGGAAA- 1513
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 212 TGTCATGAAGAGTGGAATCCTTTCTAATAATTCAACACATGGTGCGATCAAGGAGGAAAT 271
Query 1514 --GTCATGATGAGGTCAACCCGGGGGCACTAACCCTGCCAGCAGCCTCTAAGCCTAAG-A 1570
||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |
Sbjct 272 TTCTCAGGATGAGGTTAACCCAGGGGCACTAACCCTATCAGCGGCCTCTAAGCCTAAGAA 331
Query 1571 -----C-T-----TTGCCAATTTCATTGGCTACTGACAATTTATTAGCTCGTTTAAAAGT 1619
| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 332 TTTGCCATCAGCATTGCCAATTTCATTGGCTGGTGACAATTTATTAGCTCGTTTAAAAGT 391
Query 1620 TGAACAATCCTCCGCACCACTTGTCTCATGTGCAGCGTCTCTTACTGGCATCACCTCAGT 1679
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 392 TGAACAATCCTCCGCACCACTTGTCTCATGTGCAGCGTCTCTTACTGGCATCACATCAGT 451
Query 1680 ACAAACGTCAAAAGAGAAAAGTAAGGCCTCAGATCCTCTTTCATGCCTCTTAAGCTCTTT 1739
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 452 ACAAACGTCAAAAGAGAATAGTAAGGCCTCAGATCCTCTTTCATGCCTCTTGAGCTCCTT 511
Query 1740 AGTTTCGAAGGGCTTGATATCTGCTTCGAAGACAGAGCTGCCATCGGCTCCTTCCATAAC 1799
|||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 512 AGTTTCAAAGGGCTTGATATCTGCTTCAAAGACAGAGCAGCCATCGGCTCCTTCCATAAC 571
Query 1800 GCAGGAACACAGTCCTGATCATTCCACCAATAGCTCTATGTCTGTATCTGTGGTTCCAGC 1859
||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 572 GCAGGAATATAGTCCTGATCATTCCACCAATAGCTCTATGTCTGTATCTGTGGTTCCATC 631
Query 1860 AGATGCTCAGCCATCTGTTTTGGTGAAG--GGG-CCATCTACTGCCCCTAAGGTAAAAGG 1916
||||||||| ||||||||| |||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 632 AGATGCTCAACCATCTGTTCTGGTGAAGAAGGGGCCATCCACTGCCCCTAAGGTAAAAGG 691
Query 1917 GTTAGCTGCACCATCTGAAACATCAAAATCTGAACCCAAGGACCTCATAGGATTGAAGTT 1976
|||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 692 GTTAACTGCA---TCTGAGACATCAAAATCTGAACCTGAGGACCTCATAGGATTGAAGTT 748
Query 1977 TAGGGCGGACAAAATCCGTGAACTTCACCCTTCGGTCATTAGTAGTCTATTCGATGACCT 2036
|||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||
Sbjct 749 TAGGGCAGACAAAATCCGTGAACTTCACCCCTCTGTCATTAGTAGTCTCTTTGATGATCT 808
Query 2037 TCCCCATCTCTGCACCTCCTGCAGCGTTCGCCTTAAACAAAAGGAAGAACTTGATAGGCA 2096
||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 809 TCCACATCTCTGCACCTCCTGCGGCGTTCGCCTTAAACAAAAGGAAGAACTTGATAGGCA 868
Query 2097 CATGGAGCTGCATGATAAGAAG-AAGCTCGAGTTAAGTGGCACAAACAGTAAATGTAGGG 2155
||||||| |||||||||||| | ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 869 CATGGAGTTGCATGATAAGA-GTAAGGGCGAGTTAAGTGGCAAAAACAGTAAATGTAGGG 927
Query 2156 TTTGGTTTCCAAAGGTTGATAACTGGATAGCAGCAAAAGCGGGAGAGTTAGAACCTGAAT 2215
||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 928 TTTGGTTTCCAAAGGTTGAAAACTGGATTGCAGCAAAAGCTGGAGAGTTAGAACCTGAAG 987
Query 2216 ATGAAGAAGTTCTGAGT-GAACCT-GAGAGTGCTATTG 2251
|||| |||||||||| | |||||| ||||||||| |||
Sbjct 988 ATGAGGAAGTTCTGAATTGAACCTTGAGAGTGCT-TTG 1024
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 100367795575
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5