BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G36960.3
Length=2814
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg934335 jgi|Araly1|934335|scaffold_402323.1 3520 0.0
> Ahg934335 jgi|Araly1|934335|scaffold_402323.1
Length=2263
Score = 3520 bits (1906), Expect = 0.0
Identities = 2159/2280 (95%), Gaps = 22/2280 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 182 AGTTGAAATCAAAAGCATGAATGCTTAAACAGTTTACGCATTATTGCGAAATGCAAGCCG 241
||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AGTTGAAATCAAAAGCATGGATGCTTAAACAGTTTGCACATTATTGCGAAATGCAAGCCG 60
Query 242 AGCTGATACCCGAAGGTCCTAACGGTGAGGGCCGTTTATCAAACCAGAACAGCAACCCTA 301
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 61 AGCTGAAACCCGAAGGTCCTAACGGTGAGGGCCGTTTATCAAACCAGAACAGCAACCCCA 120
Query 302 ATTTACTCTCTTCTGCTTCTATCAGTATTACTCAGTTTCCTGCTAAGAAGCCGACTAGGC 361
|||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 121 ATTTACTCTCTTCTGCTTCTATCACTGTTGCTCAGTTTCCTGCTAAGAAGCCGACTAGAC 180
Query 362 AATGGGCTGCTTGGACACATCAAGAAGAGGAAAGTTTCTTCACTGCTCTTCGTCAAGTTG 421
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 181 AATGGGCTGCTTGGACGCATCAAGAAGAGGAAAGCTTCTTCACTGCGCTTCGCCAAGTTG 240
Query 422 GAAAGAATTTTGAGAAGATAACTTCTCGTGTTCAGAGCAAAAACAAGGACCAGGTCAGGC 481
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GAAAGAATTTTGAGAAGATTACTTCTCGTGTCCAGAGCAAAAACAAGGACCAGGTCAGGC 300
Query 482 ATTACTATTATCGTTTAGTGAGGCGTATGAACAAACTTTTGGGCCCGGATCTGAGCCTTG 541
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 301 ATTACTATTATCGTTTGGTGAGGCGTATGAACAAACTTTTGGGCCCGGAACTGAGCCTTG 360
Query 542 ATGCCAAGAACCCAAAGGACACCAATGCTGCAATGCTACGATGGTGGTCTTTGCTTGAAA 601
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||
Sbjct 361 ATGCTAAGAACCCAAAGGACACAAATGCTGCAATGCTTCGATGGTGGTCTTTACTGGAAA 420
Query 602 AGTATAGCTGCAAAGCTTCAAAACTTCATCTCAAGCCCCGGAGATTCAAACTATTTATAG 661
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 421 AGTATAGCTGCAAAGCTTCAAAACTTCACCTCAAACCCCGGAGATTCAAGCTATTTATAG 480
Query 662 AGGCCTTGGAACACCAATTGCTGAAAGACCGCAGAAAGAGCATAAGAAAACGGACTTGCC 721
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 481 AGGCCTTGGAACACCAATTGCTGAAAGACCGCAGAAAGAGCATAAGAAAACGGGCTTGCC 540
Query 722 AGGGAGAAAATCTCTCTTCTGCTTCCCTCGGAAACATCTCAAGTCATAGTAGAGAAAGAG 781
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 541 AGGGAGAAAATTTCTCTTCTGCTTCCCTCGGAAACATCTCAAGTCATAGCAGAGAAAGAG 600
Query 782 GATTGGATAACCGTCCATTTAAACTTATTCTCTCCGACGGCCAAAATGTTAAAAAGCTAG 841
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GATTGGATAACCGTCCATTTAAACTGATTCTCTCCGACAGCCAAAATGTTAAAAAGCTAG 660
Query 842 GGCCTGGAAGAGCATCTACCAAACATGGTGAAAGCTTAAGTGTCAACCTTGGTGACGAAA 901
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GGCCTGGAAGAGCATCTACCAAAAATGGTGAAAGCTTAGGTGTCAACCTTGGTGACGAAA 720
Query 902 AAGAAGACACAGCCTTTGGGAGAGGTGGAAGGCAACGGCGAAAACAAGCAGGTTATAGAA 961
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 721 AAGAAGATACAGCCTTTGGGAGAGGTGGAAGGCAACGGCGAAAAC-A--AGGTTATAGAA 777
Query 962 AATGGGAAAAAGCTGCAATAGATGGGGTCTCTCTGGTTGCTGATGCTGCAGAGCATTTGG 1021
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 AATGGGAAAAAGCTGCAATAGATGGGGTCTCTCTAGTTGCTGATGCTGCAGAGCATTTGG 837
Query 1022 AACGAACATCAATTGACAAAGATATGGATGATCAAACAGATTTAGGTCCCACAAGATATT 1081
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 AACGAACATCAATTGACAAAGATATGGATGATCAAACAGATTTAGGTCCCACAAGATATT 897
Query 1082 TAACCGGAAAGTCTCCACTTTCTCTATGCTCAGCTGGTGATGTTCCTCTCAGTGATGCCA 1141
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| |||
Sbjct 898 TAACCGGAAAGTCTCCACTTTCTCTATGCTCATCTGGTGACATTCTTCTCAGTGACACCA 957
Query 1142 ATATGCAGTTTTCTGCCAAGCTTAAACTTCAGCTGTTCCCGATTGATGAATGTACTCGAA 1201
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 ATATGCAGTTCTCTGCCAAGCTGAAACTTCAGCTGTTCCCGATTGATGAATGTACTCGAA 1017
Query 1202 GATCCTTGGAAATGGATAAGCACAATCCGCATCTTGAACTTACTCTTAGTAATCGCAAGA 1261
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 GATCCTTGGAAATGGATAAGCACAACCCGCATCTTGAACTTACTCTTAGTAATCGCAAGA 1077
Query 1262 AGATATCATCTGTACTTGAACATCTCAATCGCAAATGGGGAAGCTCAAGTTGTGCGACTG 1321
|||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 1078 AGATATCATCTGTACTGGAACATCTCAATCGTAAATGGGGAAGCGCCAGTTGTGCGACTG 1137
Query 1322 GAGAGCTATTGCTATTTCCTTACAACGCACGAAAAGAAACTGTAACGTGCCATCAGAGGT 1381
|||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 GAGAGCTACTGCTATTTCCTTACAATGCACGAAAAGAAACTGTAACGTGCCATCAGAGGT 1197
Query 1382 GGACCCATGACTCTTTTCTAAGCGCAGCAGAAGTGCATTCAATGGTCGGAAGTCCTTCGG 1441
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||
Sbjct 1198 GGACCCATGACTCTTTTCTAAGCGCAGCAGAAGTGCATTCAATGCTTGGAAGTCCCTCGG 1257
Query 1442 TTTTCCGCTTAAGGTATGGTTGGTTTGTCCATGATGCGTCAGGTTCTATTATTTCTCAAG 1501
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 TTTTCCGCTTAAGGTATGGTTGGTTTGTCCATGATGCATCAGGTTCTATTATTTCTCAAG 1317
Query 1502 TTCCAACTTCAGATCCTTGCCCTTCACTCGAGGATGACATGAATGTGGATAGGTTGAACG 1561
||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1318 TTCCAACCTCAGATTCTTGCCCTTCACTCGAGGATGACATGAATGTGGATGGGGTGAACG 1377
Query 1562 AGGTCAACATGCTCCTTACTGAATCAGGACCCTTGTCTGTGCATTCAACTGCTGAACAAA 1621
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1378 AGGTCAACATGCTCCTTACTGAATCAGGACCCTTGTCTGTGCATTCAACTGCCGAACAAG 1437
Query 1622 CGACATCTGTAGAGCCCAGTCAGGGTCTAGTATGTGCATCTGGTG---TCCATGATCGTC 1678
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 1438 CGACATCTGTAGAACCCAGCCAGGGTCTAGTATGTGCCTCTGGTGAAATCCATGATCGTC 1497
Query 1679 CCGCAAGA-TCTAGAGATGATTATGAACCTGCTTCAACGAGTATTACTCCACTTGAGCAT 1737
|||| || ||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1498 TCGCA-GAATCTAGGGATGATTATGAACCTGCTTCAATGACTATTACTCCACTTGAGCAT 1556
Query 1738 TTGAGCGGCGGTAATGCACAATCACCAGGAGAATGGGCTGATAGTCTTACTAACATAAGT 1797
|||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 TTGAGCAGTGGTAATGCACAATCAGCAGGAGAATGGGCTGATAGTCTTACTAACATAAGT 1616
Query 1798 ATAGGTGATCTACTTTCTGAAGTGCCCGATGACATAGATAGTGATGGTGTTGATCCACCT 1857
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1617 ATAGGTGATCTACTTTCTGAAGTGCCCGATGACATAGATAGTGATGGTGTGGATCCACCT 1676
Query 1858 GCCACCGAAGGTTCACATTACCTCCTTCGAGATGTCCCATTTACCTCTGACTCTTTTGAT 1917
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1677 GCCACCGAGGGTTCACATTACCTCCTTCGAGATGTCCCATTTGCCTCTGACTCTTTTGAT 1736
Query 1918 GCTGCAATTGCTGCTCATATACTAAGACACCAGAACAAGCCAAGTGCTCAACTACCGCTG 1977
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1737 GCTGCAATTGCTGCTCATATACTAAGACACCAGAGCAAGCCAAGTGCTTTACTACCGCTG 1796
Query 1978 ACTTCTGGCTCTTCCTCTCTGTGGGATGATGAAGAAACACGTGATGCCTTCTCTTTCCaa 2037
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 ACTTCTGGCTCTTCCTCTCTATGGGATGATGAAGAAACACGTGATGCCTTCTCTTTCCAA 1856
Query 2038 aaaaaTCGTTTCGCAAATTCCACCGAGCTGGCTAGTGTTGCTTCTCCTAAAGGTGTTGGC 2097
|| |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |
Sbjct 1857 AAGAATCGTCTCGCAGATTCCACCGAGTTGGCTAGTGTTGCTTCTC--A----------C 1904
Query 2098 AGAGTAAATGGAGAGCCTTCACAGTTGGTGGAGGCTTCATCCGGCGATGAGGGATCTTAT 2157
||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| |||| |
Sbjct 1905 AGAGTAAATGGAGAGCCTTCACAATTGGTGGAGGTTTTATCCGGCGATGAGGGGTCTTGT 1964
Query 2158 AACCCT-CATGACGATGGAGATCCAATGGAAGAGGGTCCAGCAGACCCTCATACGATGGA 2216
|||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 1965 AACCCTTC-TGACCATGGAGATCCAATGGAAGAGGGTCCAACAGACCCTCAAACGATGGA 2023
Query 2217 TTCTCCAGGGAAGACCCCTTGTGGACTTGCGGATGTATACTGGCCCGACTCGTTAGGACC 2276
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2024 TTCTCCTGGAAAGACCCCTTGTGGACTTGCGGATGTATATTGGCCCGACTCGTTAGGACC 2083
Query 2277 ACTGGATTTAGACATTAGATCGTCAAAGTATACAGATGATTTGATCCTTAGTGAGAGCCT 2336
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||
Sbjct 2084 ACTGGATTTAGACATTAGATCTTCAAAGTATACAGAGGATTTGCTCCTAAGTGAGAGCCT 2143
Query 2337 CGGGGGATTGAGCCGTCTGATAGCAACCAGCCTTGATGCGTTTCAGAACTGCTCGCTCTT 2396
||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2144 CGGAGGTTTGAGCCGTCTGATAGCGACCAGCCTTGATGCGTTTCAGAACTGCTCGCTCTT 2203
Query 2397 TGGGTTCGACAATAAGAAGGACAAGTCTAACATGGTATGAAATGGAACCAAAGCTAAAGC 2456
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2204 TGGGTTCGACAATAAGAAGGACAAGTCTAACATGGTCTGAAATGGAACCAAAGCTAAAGC 2263
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106195603060
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5