BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G36960.3 Length=2814 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg934335 jgi|Araly1|934335|scaffold_402323.1 3520 0.0 > Ahg934335 jgi|Araly1|934335|scaffold_402323.1 Length=2263 Score = 3520 bits (1906), Expect = 0.0 Identities = 2159/2280 (95%), Gaps = 22/2280 (1%) Strand=Plus/Plus Query 182 AGTTGAAATCAAAAGCATGAATGCTTAAACAGTTTACGCATTATTGCGAAATGCAAGCCG 241 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| Sbjct 1 AGTTGAAATCAAAAGCATGGATGCTTAAACAGTTTGCACATTATTGCGAAATGCAAGCCG 60 Query 242 AGCTGATACCCGAAGGTCCTAACGGTGAGGGCCGTTTATCAAACCAGAACAGCAACCCTA 301 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 61 AGCTGAAACCCGAAGGTCCTAACGGTGAGGGCCGTTTATCAAACCAGAACAGCAACCCCA 120 Query 302 ATTTACTCTCTTCTGCTTCTATCAGTATTACTCAGTTTCCTGCTAAGAAGCCGACTAGGC 361 |||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 121 ATTTACTCTCTTCTGCTTCTATCACTGTTGCTCAGTTTCCTGCTAAGAAGCCGACTAGAC 180 Query 362 AATGGGCTGCTTGGACACATCAAGAAGAGGAAAGTTTCTTCACTGCTCTTCGTCAAGTTG 421 |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||| Sbjct 181 AATGGGCTGCTTGGACGCATCAAGAAGAGGAAAGCTTCTTCACTGCGCTTCGCCAAGTTG 240 Query 422 GAAAGAATTTTGAGAAGATAACTTCTCGTGTTCAGAGCAAAAACAAGGACCAGGTCAGGC 481 ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 GAAAGAATTTTGAGAAGATTACTTCTCGTGTCCAGAGCAAAAACAAGGACCAGGTCAGGC 300 Query 482 ATTACTATTATCGTTTAGTGAGGCGTATGAACAAACTTTTGGGCCCGGATCTGAGCCTTG 541 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 301 ATTACTATTATCGTTTGGTGAGGCGTATGAACAAACTTTTGGGCCCGGAACTGAGCCTTG 360 Query 542 ATGCCAAGAACCCAAAGGACACCAATGCTGCAATGCTACGATGGTGGTCTTTGCTTGAAA 601 |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||| Sbjct 361 ATGCTAAGAACCCAAAGGACACAAATGCTGCAATGCTTCGATGGTGGTCTTTACTGGAAA 420 Query 602 AGTATAGCTGCAAAGCTTCAAAACTTCATCTCAAGCCCCGGAGATTCAAACTATTTATAG 661 |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| Sbjct 421 AGTATAGCTGCAAAGCTTCAAAACTTCACCTCAAACCCCGGAGATTCAAGCTATTTATAG 480 Query 662 AGGCCTTGGAACACCAATTGCTGAAAGACCGCAGAAAGAGCATAAGAAAACGGACTTGCC 721 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 481 AGGCCTTGGAACACCAATTGCTGAAAGACCGCAGAAAGAGCATAAGAAAACGGGCTTGCC 540 Query 722 AGGGAGAAAATCTCTCTTCTGCTTCCCTCGGAAACATCTCAAGTCATAGTAGAGAAAGAG 781 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 541 AGGGAGAAAATTTCTCTTCTGCTTCCCTCGGAAACATCTCAAGTCATAGCAGAGAAAGAG 600 Query 782 GATTGGATAACCGTCCATTTAAACTTATTCTCTCCGACGGCCAAAATGTTAAAAAGCTAG 841 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 601 GATTGGATAACCGTCCATTTAAACTGATTCTCTCCGACAGCCAAAATGTTAAAAAGCTAG 660 Query 842 GGCCTGGAAGAGCATCTACCAAACATGGTGAAAGCTTAAGTGTCAACCTTGGTGACGAAA 901 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 661 GGCCTGGAAGAGCATCTACCAAAAATGGTGAAAGCTTAGGTGTCAACCTTGGTGACGAAA 720 Query 902 AAGAAGACACAGCCTTTGGGAGAGGTGGAAGGCAACGGCGAAAACAAGCAGGTTATAGAA 961 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| Sbjct 721 AAGAAGATACAGCCTTTGGGAGAGGTGGAAGGCAACGGCGAAAAC-A--AGGTTATAGAA 777 Query 962 AATGGGAAAAAGCTGCAATAGATGGGGTCTCTCTGGTTGCTGATGCTGCAGAGCATTTGG 1021 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 778 AATGGGAAAAAGCTGCAATAGATGGGGTCTCTCTAGTTGCTGATGCTGCAGAGCATTTGG 837 Query 1022 AACGAACATCAATTGACAAAGATATGGATGATCAAACAGATTTAGGTCCCACAAGATATT 1081 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 838 AACGAACATCAATTGACAAAGATATGGATGATCAAACAGATTTAGGTCCCACAAGATATT 897 Query 1082 TAACCGGAAAGTCTCCACTTTCTCTATGCTCAGCTGGTGATGTTCCTCTCAGTGATGCCA 1141 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| ||| Sbjct 898 TAACCGGAAAGTCTCCACTTTCTCTATGCTCATCTGGTGACATTCTTCTCAGTGACACCA 957 Query 1142 ATATGCAGTTTTCTGCCAAGCTTAAACTTCAGCTGTTCCCGATTGATGAATGTACTCGAA 1201 |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 958 ATATGCAGTTCTCTGCCAAGCTGAAACTTCAGCTGTTCCCGATTGATGAATGTACTCGAA 1017 Query 1202 GATCCTTGGAAATGGATAAGCACAATCCGCATCTTGAACTTACTCTTAGTAATCGCAAGA 1261 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1018 GATCCTTGGAAATGGATAAGCACAACCCGCATCTTGAACTTACTCTTAGTAATCGCAAGA 1077 Query 1262 AGATATCATCTGTACTTGAACATCTCAATCGCAAATGGGGAAGCTCAAGTTGTGCGACTG 1321 |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||| Sbjct 1078 AGATATCATCTGTACTGGAACATCTCAATCGTAAATGGGGAAGCGCCAGTTGTGCGACTG 1137 Query 1322 GAGAGCTATTGCTATTTCCTTACAACGCACGAAAAGAAACTGTAACGTGCCATCAGAGGT 1381 |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1138 GAGAGCTACTGCTATTTCCTTACAATGCACGAAAAGAAACTGTAACGTGCCATCAGAGGT 1197 Query 1382 GGACCCATGACTCTTTTCTAAGCGCAGCAGAAGTGCATTCAATGGTCGGAAGTCCTTCGG 1441 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||| Sbjct 1198 GGACCCATGACTCTTTTCTAAGCGCAGCAGAAGTGCATTCAATGCTTGGAAGTCCCTCGG 1257 Query 1442 TTTTCCGCTTAAGGTATGGTTGGTTTGTCCATGATGCGTCAGGTTCTATTATTTCTCAAG 1501 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1258 TTTTCCGCTTAAGGTATGGTTGGTTTGTCCATGATGCATCAGGTTCTATTATTTCTCAAG 1317 Query 1502 TTCCAACTTCAGATCCTTGCCCTTCACTCGAGGATGACATGAATGTGGATAGGTTGAACG 1561 ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| Sbjct 1318 TTCCAACCTCAGATTCTTGCCCTTCACTCGAGGATGACATGAATGTGGATGGGGTGAACG 1377 Query 1562 AGGTCAACATGCTCCTTACTGAATCAGGACCCTTGTCTGTGCATTCAACTGCTGAACAAA 1621 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1378 AGGTCAACATGCTCCTTACTGAATCAGGACCCTTGTCTGTGCATTCAACTGCCGAACAAG 1437 Query 1622 CGACATCTGTAGAGCCCAGTCAGGGTCTAGTATGTGCATCTGGTG---TCCATGATCGTC 1678 ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| Sbjct 1438 CGACATCTGTAGAACCCAGCCAGGGTCTAGTATGTGCCTCTGGTGAAATCCATGATCGTC 1497 Query 1679 CCGCAAGA-TCTAGAGATGATTATGAACCTGCTTCAACGAGTATTACTCCACTTGAGCAT 1737 |||| || ||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| Sbjct 1498 TCGCA-GAATCTAGGGATGATTATGAACCTGCTTCAATGACTATTACTCCACTTGAGCAT 1556 Query 1738 TTGAGCGGCGGTAATGCACAATCACCAGGAGAATGGGCTGATAGTCTTACTAACATAAGT 1797 |||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1557 TTGAGCAGTGGTAATGCACAATCAGCAGGAGAATGGGCTGATAGTCTTACTAACATAAGT 1616 Query 1798 ATAGGTGATCTACTTTCTGAAGTGCCCGATGACATAGATAGTGATGGTGTTGATCCACCT 1857 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1617 ATAGGTGATCTACTTTCTGAAGTGCCCGATGACATAGATAGTGATGGTGTGGATCCACCT 1676 Query 1858 GCCACCGAAGGTTCACATTACCTCCTTCGAGATGTCCCATTTACCTCTGACTCTTTTGAT 1917 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1677 GCCACCGAGGGTTCACATTACCTCCTTCGAGATGTCCCATTTGCCTCTGACTCTTTTGAT 1736 Query 1918 GCTGCAATTGCTGCTCATATACTAAGACACCAGAACAAGCCAAGTGCTCAACTACCGCTG 1977 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1737 GCTGCAATTGCTGCTCATATACTAAGACACCAGAGCAAGCCAAGTGCTTTACTACCGCTG 1796 Query 1978 ACTTCTGGCTCTTCCTCTCTGTGGGATGATGAAGAAACACGTGATGCCTTCTCTTTCCaa 2037 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1797 ACTTCTGGCTCTTCCTCTCTATGGGATGATGAAGAAACACGTGATGCCTTCTCTTTCCAA 1856 Query 2038 aaaaaTCGTTTCGCAAATTCCACCGAGCTGGCTAGTGTTGCTTCTCCTAAAGGTGTTGGC 2097 || |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | | Sbjct 1857 AAGAATCGTCTCGCAGATTCCACCGAGTTGGCTAGTGTTGCTTCTC--A----------C 1904 Query 2098 AGAGTAAATGGAGAGCCTTCACAGTTGGTGGAGGCTTCATCCGGCGATGAGGGATCTTAT 2157 ||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| |||| | Sbjct 1905 AGAGTAAATGGAGAGCCTTCACAATTGGTGGAGGTTTTATCCGGCGATGAGGGGTCTTGT 1964 Query 2158 AACCCT-CATGACGATGGAGATCCAATGGAAGAGGGTCCAGCAGACCCTCATACGATGGA 2216 |||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| Sbjct 1965 AACCCTTC-TGACCATGGAGATCCAATGGAAGAGGGTCCAACAGACCCTCAAACGATGGA 2023 Query 2217 TTCTCCAGGGAAGACCCCTTGTGGACTTGCGGATGTATACTGGCCCGACTCGTTAGGACC 2276 |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2024 TTCTCCTGGAAAGACCCCTTGTGGACTTGCGGATGTATATTGGCCCGACTCGTTAGGACC 2083 Query 2277 ACTGGATTTAGACATTAGATCGTCAAAGTATACAGATGATTTGATCCTTAGTGAGAGCCT 2336 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||| Sbjct 2084 ACTGGATTTAGACATTAGATCTTCAAAGTATACAGAGGATTTGCTCCTAAGTGAGAGCCT 2143 Query 2337 CGGGGGATTGAGCCGTCTGATAGCAACCAGCCTTGATGCGTTTCAGAACTGCTCGCTCTT 2396 ||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2144 CGGAGGTTTGAGCCGTCTGATAGCGACCAGCCTTGATGCGTTTCAGAACTGCTCGCTCTT 2203 Query 2397 TGGGTTCGACAATAAGAAGGACAAGTCTAACATGGTATGAAATGGAACCAAAGCTAAAGC 2456 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2204 TGGGTTCGACAATAAGAAGGACAAGTCTAACATGGTCTGAAATGGAACCAAAGCTAAAGC 2263 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 106195603060 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5