BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G36980.1 Length=2105 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg482680 jgi|Araly1|482680|fgenesh2_kg.4__1740__AT2G36980.1 2817 0.0 > Ahg482680 jgi|Araly1|482680|fgenesh2_kg.4__1740__AT2G36980.1 Length=1875 Score = 2817 bits (1525), Expect = 0.0 Identities = 1763/1880 (94%), Gaps = 7/1880 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGTCTGTTTTGGTTCGTCTTACTTCAAAGATTGCGTCTTTGGCAAAATCAGGTCGCATA 60 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1 ATGTCTGTTCTGGTTCGTCTTACTTCAAAGATTGCGTCTTTGGCCAAATCAGGTCGCATA 60 Query 61 GCAAGTGCCCGTCAGGTGTTCGACGGAATGCCTGAGCTAGATACTGTGGCGTGGAACACC 120 |||| |||||||| ||||||||| |||| |||| | |||||| |||||||||||||| Sbjct 61 ACAAGCGCCCGTCAAATGTTCGACGAAATGACTGACCGAGATACCGTGGCGTGGAACACT 120 Query 121 ATGTTGACGAGCTATTCTCGTTTGGGTTTACATCAGGAAGCTATAGCTCTGTTCACCCAG 180 ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 ATGTTGACGAGTTATTCTCGTCTGGGTTTACATCAGGAAGCTATAGCTCTGTTCACCCAG 180 Query 181 TTGAGATTCTCCGACGCTAAGCCTGATGATTATTCGTTTACAGCAATCTTGAGCACTTGT 240 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 TTGAGATTCTCCGACTCTAAGCCTGATGATTATTCGCTTACAGCAATCTTGAGCACTTGT 240 Query 241 GCGAGTCTAGGGAATGTTAAATTCGGAAGAAAGATTCAGTCTTTAGTTATTCGGTCTGGG 300 ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| Sbjct 241 GCGAGTCTAGGCAATGTTAGATTGGGAAGAAAGATTCAGTCTTTTGTTATCCGGTCTGGG 300 Query 301 TTTTGTGCTTCTTTGCCGGTTAATAATTCGCTTATTGACATGTATGGTAAGTGCTCTGAT 360 ||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 TTTTGTGCTTCGTCACCGGTTAATAATTCGCTGATTGACATGTATGGTAAGTGCTCTGAT 360 Query 361 ACTCTTAGCGCAAACAAAGTGTTTCGAGATATGTGCTGTGATAGTAGAAATGAAGTAACT 420 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| Sbjct 361 ACTCTTAGCGCAAACAAAGTGTTTCGAGATATGTGCTGTCATAGTAGAAATGAAGTGACT 420 Query 421 TGGTGCTCACTTTTGTTTGCCTACATGAATGCTGAACAGTTTGAAGCTGCACTTGATGTT 480 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||| Sbjct 421 TGGTGCTCACTTTTGTTTGCCTACATGAATGCTGAACAGTTTGAAGCCGCCCACGATGTT 480 Query 481 TTTGTTGAAATGCCGAAAAGGGTGGCATTTGCTTGGAATATAATGATCTCAGGGCATGCT 540 |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 TTTGTTGAAATGCCGAAAAGGGTGCCGTTTGCTTGGAATATAATGATCTCAGGGCATGCT 540 Query 541 CACTGTGGAAAGCTTGAATCTTGTTTAAGTTTATTCAAAGAGATGCTGGAAAGTGAGTTC 600 || ||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| Sbjct 541 CAATGTGGAAAGATTGAATCTTGTTTAAGGTTATTCCAAGAGATGCTGGAGAGTGAGTTC 600 Query 601 AAACCGGATTGTTATACGTTTAGTTCTTTGATGAATGCTTGTTCTGCTGATTCATCAAAC 660 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 601 GAACCGGATTGTTATACGTTTAGTTCTCTGATGAATGCTTG---TGCTGATTCATCAAAC 657 Query 661 GTGGTTTATGGACGGATGGTACATGCTGTTATGTTGAAGAATGGATGGTCTTCTGCGGTT 720 |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||| Sbjct 658 GTGGTTTATGGATGGATGGTACATGCTGTTATGGTGAGGAATGGATGGTATTCTGCGGTT 717 Query 721 GAGGCAAAAAATTCTGTGTTAAGTTTCTACACGAAATTAGGCAGCAGAGATGATGCCATG 780 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||| Sbjct 718 GAGGCAAAAAATTCTGTGTTAAGTTTCTACGCGAAATTAGGCTGCAAAGATGATGTCATG 777 Query 781 AGAGAGCTTGAGTCTATTGAAGTTCTGACGCAGGTATCCTGGAATTCTATTATTGACGCG 840 |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 778 AGAGAGCTCGAGTCTATTGAAGTCCTGACTCAGGTATCCTGGAATTCTATTATTGACGCG 837 Query 841 TGTATGAAAATTGGAGAAACAGAGAAAGCTCTTGAGGTGTTTCATCTAGCCCCTGAGAAA 900 ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||| | | |||||||||||| Sbjct 838 TGTATGAAAGTAGGAGAAACAGATAAAGCTCTTGAGGTGTTTCGTTTGGCCCCTGAGAAA 897 Query 901 AATATCGTTACTTGGACTACTATGATTACAGGATATGGTAGGAATGGAGATGGTGAGCAA 960 ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 898 AATATTGTTACTTGGACTACGATGATTGCAGGATATGGTAGGAATGGAGATGGAGAGCAA 957 Query 961 GCACTGAGATTTTTTGTCGAAATGATGAAATCTGGAGTGGATTCAGATCATTTTGCATAT 1020 |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| Sbjct 958 GCACTGAGTTTTTTTGTCGAAATGATGAAATCTGGGGTGGATTCTGATCATTTTGCATAT 1017 Query 1021 GGTGCAGTTCTTCATGCATGTTCAGGTTTAGCCCTTTTAGGACATGGAAAAATGATCCAT 1080 |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1018 GGTGCAGTTCTTCACGCGTGTTCAGGTTTAGCCCTTTTAGGACATGGAAAAATGATCCAT 1077 Query 1081 GGTTGTCTGATTCATTGTGGGTTTCAAGGTTATGCTTATGTTGGTAACGCGTTGGTTAAT 1140 ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1078 GGTTGTCTGATCCATTGTGGCTTTCAAGGTTATGCTTATGTTGGTAACGCCTTGGTTAAT 1137 Query 1141 TTGTATGCAAAGTGTGGAGATATTAAAGAGGCAGACCGTGCGTTTGGTGATATAGCTAAC 1200 |||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1138 TTGTATGCCAAGTGTGGAGATATTAAGGAATCAAACCGTGCGTTTGGTGATATAGCTAAC 1197 Query 1201 AAGGATTTGGTATCTTGGAACACAATGCTTTTTGCATTTGGTGTCCACGGGTTAGCAGAT 1260 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1198 AAGGATTTGGTATCTTGGAACACAATGCTTTTTGCATTTGGTGTCCACGGGTTAGCAGAT 1257 Query 1261 CAAGCTTTAAAGCTCTATGACAATATGATAGCATCAGGGATTAAACCAGACAATGTGACA 1320 ||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1258 CAAGCTTTAGAGCTCTATGACAACATGATAGCGTCAGGGATTAAACCAGACAATGTGACA 1317 Query 1321 TTCATTGGATTGCTGACAACTTGCAGTCATTCAGGCCTTGTAGAGGAAGGTTGCATGATT 1380 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| Sbjct 1318 TTCATTGGATTGCTGACAACTTGCAGCCATTCAGGCCTTGTAGAGAAAGGTTGTGCGATA 1377 Query 1381 TTCGAATCCATGGTTAAAGATTATAGAATCCCATTGGAAGTAGATCATGTAACATGTATG 1440 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1378 TTCGAATCCATGGTTAAAGATTATGGAATCCCATTGGAAGTAGATCATGTAACATGTATG 1437 Query 1441 ATAGATATGTTTGGAAGAGGTGGACATTTAGCAGAAGCAAAAGACTTGGCGACAACTTAC 1500 |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1438 ATAGATATGTTTGGGAGAGGTGGACATCTAGCAGAAGCAAAGGACTTGGCGACAACTTAC 1497 Query 1501 AGTTCACTTGTCACCGACT-CTAGTAATAATAGTTCATGGGAAACTCTTTTAGGTGCTTG 1559 | |||||| |||| | | ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||| Sbjct 1498 AATTCACTAGTCATTAA-TGCTAGTAACAATAGTTCATGGGAAGCTCTTTTGGGTGCTTG 1556 Query 1560 TTCTACACATTGGCATACAGAATTAGGTAGAGAAGTTAGCAAAGTTCTAAAGATAGCAGA 1619 ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1557 TTCTACACATTGGCACACAGAATTAGGCAGAGAAGTTAGCAAAGTTCTAAAGATAGCAGA 1616 Query 1620 ACCAAGTGAAGAGATGAGTTTTGTTCTGTTATCCAACTTGTACTGCTCGACTGGGCGGTG 1679 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1617 ACCAAGTGAAGAGATGAGTTTTGTTCTGTTATCCAACTTGTACTGCTCGAGTGGGCGGTG 1676 Query 1680 GAAGGAAGGC-GAAGATGTGAGGAGAGAAATGGTCGAGCGAGGCATGaaaaaaaCTCCGG 1738 |||||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||| |||| Sbjct 1677 GAAGGAAG-CTGAAGAGGTGAGGAGAGAAATGGTTGAGCGAGGAATGAGGAAAACACCGG 1735 Query 1739 GATGTAGCTGGATCGAAGTAGGAAACCAGGTTTCTACTTTTGTAGTCGGTGACTCTTCAC 1798 ||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1736 GATGTAGCTGGATAGAAGTAGGAAACCGGGTTTCAACTTTTGTAGTCGGTGGTTCTTCAC 1795 Query 1799 ACCCGCGCTTGGAGGAGCTTTCTGAAACTCTAAACTGCCTTCAACATGAAATGAGAAACC 1858 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1796 ACCCGCGCTTGGAGGAGCTTTCTGAAACTTTAAACTGCCTTCAACATGAAATGAGAAACC 1855 Query 1859 CAGAGACGTTTGGACCTTGA 1878 |||||||||||||||||||| Sbjct 1856 CAGAGACGTTTGGACCTTGA 1875 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 79189619355 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5