BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G36980.1
Length=2105
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg482680 jgi|Araly1|482680|fgenesh2_kg.4__1740__AT2G36980.1 2817 0.0
> Ahg482680 jgi|Araly1|482680|fgenesh2_kg.4__1740__AT2G36980.1
Length=1875
Score = 2817 bits (1525), Expect = 0.0
Identities = 1763/1880 (94%), Gaps = 7/1880 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCTGTTTTGGTTCGTCTTACTTCAAAGATTGCGTCTTTGGCAAAATCAGGTCGCATA 60
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTCTGTTCTGGTTCGTCTTACTTCAAAGATTGCGTCTTTGGCCAAATCAGGTCGCATA 60
Query 61 GCAAGTGCCCGTCAGGTGTTCGACGGAATGCCTGAGCTAGATACTGTGGCGTGGAACACC 120
|||| |||||||| ||||||||| |||| |||| | |||||| ||||||||||||||
Sbjct 61 ACAAGCGCCCGTCAAATGTTCGACGAAATGACTGACCGAGATACCGTGGCGTGGAACACT 120
Query 121 ATGTTGACGAGCTATTCTCGTTTGGGTTTACATCAGGAAGCTATAGCTCTGTTCACCCAG 180
||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ATGTTGACGAGTTATTCTCGTCTGGGTTTACATCAGGAAGCTATAGCTCTGTTCACCCAG 180
Query 181 TTGAGATTCTCCGACGCTAAGCCTGATGATTATTCGTTTACAGCAATCTTGAGCACTTGT 240
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTGAGATTCTCCGACTCTAAGCCTGATGATTATTCGCTTACAGCAATCTTGAGCACTTGT 240
Query 241 GCGAGTCTAGGGAATGTTAAATTCGGAAGAAAGATTCAGTCTTTAGTTATTCGGTCTGGG 300
||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 241 GCGAGTCTAGGCAATGTTAGATTGGGAAGAAAGATTCAGTCTTTTGTTATCCGGTCTGGG 300
Query 301 TTTTGTGCTTCTTTGCCGGTTAATAATTCGCTTATTGACATGTATGGTAAGTGCTCTGAT 360
||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TTTTGTGCTTCGTCACCGGTTAATAATTCGCTGATTGACATGTATGGTAAGTGCTCTGAT 360
Query 361 ACTCTTAGCGCAAACAAAGTGTTTCGAGATATGTGCTGTGATAGTAGAAATGAAGTAACT 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 361 ACTCTTAGCGCAAACAAAGTGTTTCGAGATATGTGCTGTCATAGTAGAAATGAAGTGACT 420
Query 421 TGGTGCTCACTTTTGTTTGCCTACATGAATGCTGAACAGTTTGAAGCTGCACTTGATGTT 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||
Sbjct 421 TGGTGCTCACTTTTGTTTGCCTACATGAATGCTGAACAGTTTGAAGCCGCCCACGATGTT 480
Query 481 TTTGTTGAAATGCCGAAAAGGGTGGCATTTGCTTGGAATATAATGATCTCAGGGCATGCT 540
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TTTGTTGAAATGCCGAAAAGGGTGCCGTTTGCTTGGAATATAATGATCTCAGGGCATGCT 540
Query 541 CACTGTGGAAAGCTTGAATCTTGTTTAAGTTTATTCAAAGAGATGCTGGAAAGTGAGTTC 600
|| ||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 541 CAATGTGGAAAGATTGAATCTTGTTTAAGGTTATTCCAAGAGATGCTGGAGAGTGAGTTC 600
Query 601 AAACCGGATTGTTATACGTTTAGTTCTTTGATGAATGCTTGTTCTGCTGATTCATCAAAC 660
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 601 GAACCGGATTGTTATACGTTTAGTTCTCTGATGAATGCTTG---TGCTGATTCATCAAAC 657
Query 661 GTGGTTTATGGACGGATGGTACATGCTGTTATGTTGAAGAATGGATGGTCTTCTGCGGTT 720
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 658 GTGGTTTATGGATGGATGGTACATGCTGTTATGGTGAGGAATGGATGGTATTCTGCGGTT 717
Query 721 GAGGCAAAAAATTCTGTGTTAAGTTTCTACACGAAATTAGGCAGCAGAGATGATGCCATG 780
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| ||||
Sbjct 718 GAGGCAAAAAATTCTGTGTTAAGTTTCTACGCGAAATTAGGCTGCAAAGATGATGTCATG 777
Query 781 AGAGAGCTTGAGTCTATTGAAGTTCTGACGCAGGTATCCTGGAATTCTATTATTGACGCG 840
|||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 AGAGAGCTCGAGTCTATTGAAGTCCTGACTCAGGTATCCTGGAATTCTATTATTGACGCG 837
Query 841 TGTATGAAAATTGGAGAAACAGAGAAAGCTCTTGAGGTGTTTCATCTAGCCCCTGAGAAA 900
||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||| | | ||||||||||||
Sbjct 838 TGTATGAAAGTAGGAGAAACAGATAAAGCTCTTGAGGTGTTTCGTTTGGCCCCTGAGAAA 897
Query 901 AATATCGTTACTTGGACTACTATGATTACAGGATATGGTAGGAATGGAGATGGTGAGCAA 960
||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 898 AATATTGTTACTTGGACTACGATGATTGCAGGATATGGTAGGAATGGAGATGGAGAGCAA 957
Query 961 GCACTGAGATTTTTTGTCGAAATGATGAAATCTGGAGTGGATTCAGATCATTTTGCATAT 1020
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 958 GCACTGAGTTTTTTTGTCGAAATGATGAAATCTGGGGTGGATTCTGATCATTTTGCATAT 1017
Query 1021 GGTGCAGTTCTTCATGCATGTTCAGGTTTAGCCCTTTTAGGACATGGAAAAATGATCCAT 1080
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 GGTGCAGTTCTTCACGCGTGTTCAGGTTTAGCCCTTTTAGGACATGGAAAAATGATCCAT 1077
Query 1081 GGTTGTCTGATTCATTGTGGGTTTCAAGGTTATGCTTATGTTGGTAACGCGTTGGTTAAT 1140
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1078 GGTTGTCTGATCCATTGTGGCTTTCAAGGTTATGCTTATGTTGGTAACGCCTTGGTTAAT 1137
Query 1141 TTGTATGCAAAGTGTGGAGATATTAAAGAGGCAGACCGTGCGTTTGGTGATATAGCTAAC 1200
|||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 TTGTATGCCAAGTGTGGAGATATTAAGGAATCAAACCGTGCGTTTGGTGATATAGCTAAC 1197
Query 1201 AAGGATTTGGTATCTTGGAACACAATGCTTTTTGCATTTGGTGTCCACGGGTTAGCAGAT 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 AAGGATTTGGTATCTTGGAACACAATGCTTTTTGCATTTGGTGTCCACGGGTTAGCAGAT 1257
Query 1261 CAAGCTTTAAAGCTCTATGACAATATGATAGCATCAGGGATTAAACCAGACAATGTGACA 1320
||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 CAAGCTTTAGAGCTCTATGACAACATGATAGCGTCAGGGATTAAACCAGACAATGTGACA 1317
Query 1321 TTCATTGGATTGCTGACAACTTGCAGTCATTCAGGCCTTGTAGAGGAAGGTTGCATGATT 1380
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 1318 TTCATTGGATTGCTGACAACTTGCAGCCATTCAGGCCTTGTAGAGAAAGGTTGTGCGATA 1377
Query 1381 TTCGAATCCATGGTTAAAGATTATAGAATCCCATTGGAAGTAGATCATGTAACATGTATG 1440
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 TTCGAATCCATGGTTAAAGATTATGGAATCCCATTGGAAGTAGATCATGTAACATGTATG 1437
Query 1441 ATAGATATGTTTGGAAGAGGTGGACATTTAGCAGAAGCAAAAGACTTGGCGACAACTTAC 1500
|||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1438 ATAGATATGTTTGGGAGAGGTGGACATCTAGCAGAAGCAAAGGACTTGGCGACAACTTAC 1497
Query 1501 AGTTCACTTGTCACCGACT-CTAGTAATAATAGTTCATGGGAAACTCTTTTAGGTGCTTG 1559
| |||||| |||| | | ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 1498 AATTCACTAGTCATTAA-TGCTAGTAACAATAGTTCATGGGAAGCTCTTTTGGGTGCTTG 1556
Query 1560 TTCTACACATTGGCATACAGAATTAGGTAGAGAAGTTAGCAAAGTTCTAAAGATAGCAGA 1619
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 TTCTACACATTGGCACACAGAATTAGGCAGAGAAGTTAGCAAAGTTCTAAAGATAGCAGA 1616
Query 1620 ACCAAGTGAAGAGATGAGTTTTGTTCTGTTATCCAACTTGTACTGCTCGACTGGGCGGTG 1679
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1617 ACCAAGTGAAGAGATGAGTTTTGTTCTGTTATCCAACTTGTACTGCTCGAGTGGGCGGTG 1676
Query 1680 GAAGGAAGGC-GAAGATGTGAGGAGAGAAATGGTCGAGCGAGGCATGaaaaaaaCTCCGG 1738
|||||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||| ||||
Sbjct 1677 GAAGGAAG-CTGAAGAGGTGAGGAGAGAAATGGTTGAGCGAGGAATGAGGAAAACACCGG 1735
Query 1739 GATGTAGCTGGATCGAAGTAGGAAACCAGGTTTCTACTTTTGTAGTCGGTGACTCTTCAC 1798
||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1736 GATGTAGCTGGATAGAAGTAGGAAACCGGGTTTCAACTTTTGTAGTCGGTGGTTCTTCAC 1795
Query 1799 ACCCGCGCTTGGAGGAGCTTTCTGAAACTCTAAACTGCCTTCAACATGAAATGAGAAACC 1858
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 ACCCGCGCTTGGAGGAGCTTTCTGAAACTTTAAACTGCCTTCAACATGAAATGAGAAACC 1855
Query 1859 CAGAGACGTTTGGACCTTGA 1878
||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 CAGAGACGTTTGGACCTTGA 1875
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 79189619355
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5