BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G37010.1
Length=3249
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg482684 jgi|Araly1|482684|fgenesh2_kg.4__1744__AT2G37010.1 4006 0.0
> Ahg482684 jgi|Araly1|482684|fgenesh2_kg.4__1744__AT2G37010.1
Length=3192
Score = 4006 bits (2169), Expect = 0.0
Identities = 2361/2454 (96%), Gaps = 11/2454 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 796 CATTACTGCAGACAAGGTTCTACGTCACAGAAACCATGTTTTAAGCTCGCAACATGCAAT 855
||||||||||||||||||||||| |||| || | || ||||||||||| |||
Sbjct 750 CATTACTGCAGACAAGGTTCTACTTCAC---AA--A------AACCTCGCAACATGTAAT 798
Query 856 CCGAATACCGCAAACCAAAATATTCATGCCTATGGAGCGATCTTAATTGCATCACTAAGT 915
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 799 CCGAATACCGCAAACCAAAATATTCATGCCTACGGAGCCATCTTAATTGCGTCACTAAGT 858
Query 916 CTTCTCATGATCATGGTTTATAACTGTTCTGATCAAGTTCTCGCCACTCGAGAAAAAAGA 975
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 859 CTTCTCATGATCATGGTTTATAACTGTTCCGATCAAGTTCTTGCCACTCGAGAAAAAAGA 918
Query 976 CAAGCAAAGTCGAGAGAAGCTGCAGCGAGACATGCAAAAGAAACAACACAAGCTCGAGAA 1035
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 919 CAAGCAAAGTCGAGAGAAGCTGCAGCGAGACACGCAAAGGAAACAACACAAGCTCGAGAA 978
Query 1036 AGGTGGAAAACCGCAAAAGGTGTTGCCAAGAACCAAAAGATGGGATTGTCTGCACAACTA 1095
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 979 AGGTGGAAAACTGCAAAAGGTGTTGCCAAGAACCAAAAGATGGGATTATCTGCACAACTA 1038
Query 1096 TCTCAAACATTTTCTCGCATGAAATCTGCTAGAAAGGATGCCACACCAGTTAAAGCATCG 1155
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||
Sbjct 1039 TCTCAAACATTTTCTCGCATGAAATCTGCTAGAAAGGATGCCACACCTGCTAAAGCGTCA 1098
Query 1156 GGAAAGTCAAAAGACAAGAAAAAAGAACCGAGTAATTTAACCAAGATGATGAAATCAATG 1215
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1099 GGAAAGTCAAAAGACAAGAAAAAAGAGCCAAGTAATTTAACCAAGATGATGAAATCAATG 1158
Query 1216 GAGGAGAACCCGAGTAACAACGAAGGATTCAATGTAGGAACCGGTAGTAAACCTGGGAAG 1275
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1159 GAGGAGAACCCGAGTAACAACGAAGGATTCAATGTAGGAACCGGTAGTAAACCTGGGAAG 1218
Query 1276 AAGCCACAAGCTCCAAAGGGTAAACAACTACATACCCAAAGCCAGATTTTTAAGTATGCA 1335
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||
Sbjct 1219 AAGCCGCAAGCTCCAAAGGGTAAACAACTACATACTCAAAGCCAAATCTTTAAGTATGCT 1278
Query 1336 TATGGTCAGATTGAGAAGGAGAAAGCTATGGAACAAAACAACAAGAACTTGACATTCTCG 1395
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1279 TATGGTCAGATTGAGAAGGAGAAAGCTATGGAGCAAAACAACAAGAACTTGACATTCTCG 1338
Query 1396 GGAGTTATTTCAATGGCTACTGACACTGAGATGAGGACTAGACCTGTTATAGAAGTCGCG 1455
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1339 GGAGTTATTTCGATGGCTACCGACACTGAGATGAGGACTAGACCTGTTATAGAAGTTGCG 1398
Query 1456 TTTAAGGATCTAACTCTTACATTGAAGGGTAAACATAAGCATATATTGAGATCTGTCACC 1515
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1399 TTTAAGGATCTAACCCTTACATTGAAGGGTAAACATAAACATATATTGAGATCTGTCACC 1458
Query 1516 GGAAAGATCATGCCAGGTCGTGTTTCTGCGGTCATGGGTCCATCAGGAGCTGGAAAAACT 1575
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1459 GGAAAGATCATGCCAGGTCGTGTTTCTGCCGTCATGGGTCCATCAGGAGCTGGAAAAACT 1518
Query 1576 ACATTTCTTTCTGCCTTGGCAGGAAAAGCAACTGGATGTACGAGGACGGGTCTAATCCTT 1635
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1519 ACATTTCTTTCTGCCTTGGCTGGAAAAGCAACTGGATGTACGAGGACTGGTCTAATCCTC 1578
Query 1636 ATAAATGGTAGAAATGACTCTATAAACTCGTATAAGAAGATCACTGGATTTGTGCCACAA 1695
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1579 ATAAATGGTAGAAATGACTCCATAAACTCATATAAGAAGATCACTGGATTTGTGCCACAA 1638
Query 1696 GATGATGTTGTGCATGGCAATCTTACCGTCGAAGAGAACCTTCGATTTAGCGCAAGATGC 1755
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1639 GATGATGTTGTGCATGGCAATCTTACCGTCGAGGAGAACCTTCGATTTAGCGCAAGATGC 1698
Query 1756 AGATTAAGTGCTTATATGTCAAAAGCAGACAAAGTTTTGATCATTGAAAGAGTGATTGAA 1815
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1699 AGATTAAGTGCTTATATGTCAAAAGCAGATAAAGTGTTGATCATTGAAAGAGTGATTGAA 1758
Query 1816 AGCTTAGGATTACAACATGTAAGAGACTCGTTGGTTGGTACGATAGAAAAAAGAGGAATC 1875
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1759 AGCTTAGGACTACAACATGTAAGAGACTCGTTGGTTGGTACGATAGAAAAAAGAGGAATC 1818
Query 1876 TCTGGAGGACAAAGAAAACGTGTGAACGTTGGTGTTGAAATGGTCATGGAACCTTCTCTA 1935
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1819 TCTGGAGGACAAAGAAAACGTGTGAACGTTGGTGTTGAAATGGTCATGGAACCTTCTCTA 1878
Query 1936 TTGATATTAGATGAACCCACTACAGGTTTAGATAGTGCATCTTCACAATTACTTCTTAGA 1995
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1879 TTGATATTAGATGAACCCACTACAGGTTTAGATAGTGCATCTTCACAATTACTTCTTAGA 1938
Query 1996 GCACTTCGACGTGAAGCACTTGAAGGTGTTAACATTTGTATGGTCGTCCATCAACCCAGT 2055
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1939 GCACTTCGACGTGAAGCACTTGAAGGTGTTAACATTTGTATGGTCGTGCATCAACCCAGT 1998
Query 2056 TATACAATGTACAAAATGTTCGATGACATGATAATACTAGCAAAAGGTGGTCTTACCGTG 2115
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1999 TATACAATGTACAAAATGTTCGATGACATGATCATACTAGCAAAAGGTGGCCTTACCGTG 2058
Query 2116 TACCATGGATCAGTCaaaaaaaTAGAAGAATATTTTGCTGATATCGGAATCACGGTTCCC 2175
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2059 TACCATGGATCAGTCAAAAAAATCGAAGAATATTTTGCTGATATCGGGATCACGGTTCCC 2118
Query 2176 GATCGTGTCAATCCTCCTGATCATTATATAGATATTCTTGAAGGCATTGTGAAACCAGAT 2235
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2119 GATCGTGTCAATCCTCCTGATCATTATATAGACATTCTTGAAGGCATTGTGAAACCAGAT 2178
Query 2236 GGTGATATAACTATAGAACAACTTCCTGTGAGATGGATGCTGCACAATGGTTACCCTGTG 2295
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2179 GGTGATATAACTATAGAACAACTTCCGGTGAGATGGATGTTGCACAATGGTTACCCTGTG 2238
Query 2296 CCTCACGATATGTTGAAATTTTGTGATGGACTTCCTTCCTCGTCAACTGGATCAGCTCAA 2355
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||
Sbjct 2239 CCTCACGATATGTTGAAGTTTTGTGATGGACTTCCATCATCATCAACTGGATCAGCTCAA 2298
Query 2356 GAGGATTCCACTCATAATTCTTTTAGTAATGATCTATGGCAAGATGTGAAAACTAATGTG 2415
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2299 GAGGATTCCACTCATAATTCTTTTAGTAATGATCTATGGCAAGATGTGAAAACTAATGTG 2358
Query 2416 GAGATTACAAAAGATCAGTTACAACACAATTACTCGAATTCTCATGACAATTCTAATCGA 2475
|| || || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2359 GAAATCACGAAAGATCAGTTACAACACAATTACTCAAATTCGCATGACAATTCTAATCGA 2418
Query 2476 GTAACTCCTACCGTAGGTCGACAATATAGATATTTTGTTGGAAGGGTTGGAAAACAACGG 2535
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2419 GTAACTCCTACCGTAGGTCGACAATATAGATATTTTGTTGGAAGGGTTGGAAAACAACGA 2478
Query 2536 CTTAGAGAAGCAAGACTACAAGCGTTAGATTTCCTAATATTATTAGTTGCGGGAGCTTGT 2595
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2479 CTTAGAGAAGCAAGACTACAAGCGTTAGATTTCCTAATATTATTAGTTGCAGGAGCTTGT 2538
Query 2596 TTAGGAACTCTTGCGAAGGTGAACGACGAGACAATCGATACACTTGGCTACACATACACC 2655
|||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2539 TTAGGAACTCTTGCCAAGGTGAACGACGAGACGATTGATACACTTGGCTACACATACACC 2598
Query 2656 ATAATAGCTGTCTCTCTTTTGTGTAAGATCTCGGCATTGAGATCATTCTCTGTAGATAAA 2715
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2599 ATTATAGCCGTCTCTCTTTTGTGTAAGATCTCGGCGTTGAGATCGTTCTCTGTAGATAAA 2658
Query 2716 TTACAATATTGGAGAGAAAGTGCCGCTGGAATTAGCAGTTTGGCACATTTTATGGCTAAA 2775
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2659 CTACAATATTGGAGAGAAAGTGCCGCTGGAATTAGCAGTTTGGCGCATTTTATGGCTAAA 2718
Query 2776 GACACAATGGACCATTTAAACACAATTATGAAACCTTTAGTGTACTTGTCCATGTTCTAC 2835
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2719 GATACAATGGACCATTTAAACACAATTATGAAACCTTTAGTGTACTTGTCCATGTTCTAC 2778
Query 2836 TTCTTCAACAACCCGAGATCTAGTTTCGAAGACAACTACATTGTACTAGTATGCTTGGTC 2895
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2779 TTCTTCAACAACCCGAGATCTAGTTTCGAAGACAACTACATTGTACTAGTATGCTTGGTC 2838
Query 2896 TACTGTGTAACAGGCATGGCTTACATTTTTGCCATATTGTACAGTCCTAGCGCCGCACAA 2955
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 2839 TACTGCGTAACAGGCATGGCTTACATTTTTGCCATATTGTACAGTCCTAGCGCTGCCCAA 2898
Query 2956 TTGTTGTCGGTGTTAGTCCCCGTTGTTATGACTCTTATCGCTAATCAAGATAAAGAAAGC 3015
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 2899 TTGTTATCGGTGTTAGTCCCCGTTGTTATGACTCTTATTGCGAATCAAGATAAAGAAAGC 2958
Query 3016 ATGGTCCTTAAGTATCTCGGAAGCTTTTGCTACCCCAAATGGACTCTCGAAGCCTTTGTC 3075
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2959 ATGGTTCTTAAGTATCTCGGAAGCTTCTGCTACCCCAAATGGACTCTCGAAGCTTTTGTC 3018
Query 3076 CTTTCCAATGCTCAAAGGTACTCTGGAGTGTGGGTGGTGACTAGATGCAGTTCATTGTCT 3135
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3019 CTTTCCAATGCTCAAAGGTACTCTGGAGTGTGGGTGGTGACTATATGCAGTTCATTGTCT 3078
Query 3136 CAAAACGGATATGATCTTAGTGATTGGATATTGTGTCTCATTGTTCTCGTTCTCATGGGA 3195
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 3079 CAAAACGGATATGATCTTAGTGATTGGATATTATGTCTCATTGTTCTCATTCTTATGGGA 3138
Query 3196 CTAATATGCCGATTCATAGCTTATTTCTGCATGGTTACATTCCAGAAGAAATAA 3249
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3139 CTAATATGCCGATTCATAGCTTATTTCTGCATGGTTACATTCCAAAAGAAATAA 3192
Score = 1229 bits (665), Expect = 0.0
Identities = 721/749 (96%), Gaps = 0/749 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGAGTTAGGGTTGATGTTTGTTGGACACAACACATCTTCTTGTTCTTTGTTTTTGGC 60
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |
Sbjct 1 ATGAGATTTAGGGTTGATGTTTGTTGGACACAACACATCTTGTTGTTCTTTGTATTTGCC 60
Query 61 TTGAGTTTTATGTCATTTGCACTATCTCTGGATGGAGATGATTACAGCAAAACAGGGAAC 120
|||||| ||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 61 TTGAGTCTTATGGCATTGGCATTATGTCTGGATGGAGATGATTACAGTAAAACAGGGAAC 120
Query 121 CCAAAAGCTCTTGTTTCGGTTACAAACCTTATCTATACTCGACTTCAGAATCTAAAGACT 180
||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 121 CCAAAAGTTCTTATTTCGGTTACAAATCTTATATATACCCGACTTCAGAATCTAAAGAAT 180
Query 181 GTTTTAAAGGCTGACGTTGATCGAGATTTAGGTTATTGCATCAAGAATTTGAAGGGCGAT 240
|| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||
Sbjct 181 GTCTTAAAGGCTGACGTCGATCGAGATTTAGGATATTGCATCAAAAATTTGAAAGGTGAT 240
Query 241 TGGAATGAAGCATTTAATTTTGATAAAAATCTGGACTTCTTAAGCAATTGTGTCAAGAAA 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TGGAATGAAGCATTTAATTTTGATAAAAATCTGGACTTCTTAAGCAATTGTGTCAAGAAA 300
Query 301 AATGATGGTGACCTCACACTTAGACTATGTTCAGCTGCGGAGATAAAGTTCTACTTTAGT 360
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AATGATGGTGACCTCACAGTTAGACTATGTACAGCTGCGGAGATAAAGTTCTACTTTAGT 360
Query 361 AGTTTTGTTAGAAGAGATGAAGCAACAACGGTTCATGTAAAGCCTAACATCAACTGCAAT 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 AGTTTTGTTAGAAGAGATGAAGCAACAACGGTTCATGTAAAGCCTAACATCAACTGCAAT 420
Query 421 TTAGCTAAATGGGTTTCCGGATGTGAGCCTGGATGGAGTTGCAATGCAGATGATGAAAAA 480
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TTAGCTAAATGGGTTTCCGGATGCGAGCCAGGATGGAGTTGCAATGCAGATGATGAAAAA 480
Query 481 AGATTTGATCTCAACAATGGAAAAATTCTTCCATCTAGAACTCGTAAATGTCAACCTTGT 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AGATTTGATCTCAACAATGGAAAAATTCTTCCATCTAGAACTCGTAAATGTCAACCTTGT 540
Query 541 TGTGAGGGTTTCTTTTGTCCACAAGGTCTTGCTTGCATGATACCGTGTCCGTTAGGCGCA 600
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 541 TGTGAGGGTTTCTTTTGTCCACAAGGTCTTGCTTGCATGATACCGTGTCCATTAGGCGCA 600
Query 601 TATTGCCCGCTTGCCAAGCTTAATAAAACAACAGGATTTTGTGAGCCATATAACTACCAA 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 601 TATTGCCCGCTTGCCAAGCTTAATAAAACAACAGGATTTTGTGAGCCATATAATTACCAA 660
Query 661 ATTCCTCCGGGAAAGTTGAATCATACATGTGGTTCTGCAGATAGTTGGGTTGATGCTGAG 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 ATTCCTCCGGGAAAGTTGAATCATACATGTGGTTCTGCAGATAGTTGGGTTGATGCTGAG 720
Query 721 AGTAGTGGTGATATGTTTTGTTCACCAGG 749
|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AGTAGTGGTGATATGTTTTGTTCACCAGG 749
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 122621500206
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5