BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G37230.1
Length=2477
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg934372 jgi|Araly1|934372|scaffold_402360.1 3607 0.0
> Ahg934372 jgi|Araly1|934372|scaffold_402360.1
Length=2315
Score = 3607 bits (1953), Expect = 0.0
Identities = 2201/2321 (95%), Gaps = 15/2321 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 55 AAGGTTCCATTTCCTGTAATGGCTTTCATTTCCAGATCTAAACGCTACCAATCAAAAGCT 114
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | ||||
Sbjct 3 AAGATTCCATTTCCTGTAATGGCTTTCATTTCCAGATCTAAACCCTATCAATCGAGAGCT 62
Query 115 AGGGTTTATCTCTCGCTTCCCAGATCATCAAACTCATCTCTCTTCTCACTCCCTCGTCTA 174
|||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| |||||||| |||||||| ||
Sbjct 63 AGGGTTTATCTCTCGCTTCCCAGATCCTCAGACTCGTCTTTCTTCTCATTCCCTCGTTTA 122
Query 175 TTCAGCACCATCGAAGAAACCCAAACTCCA-GCAAACGCAAACCCAGAAACCCAATCTCC 233
|||||| | |||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 123 TTCAGCTCAATCGAAGAAACCCAAACTTCAGGC-GACGCAAACCCAGAAACCCAATCTCC 181
Query 234 AGATGCAAAATCCGAGACGAAGAAGAATCTGACTTCTACAGAGACGAGACCACTCAGAGA 293
|||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 182 AGATGCGAAACCCGAGAC---GAAGAATCTGGGTTCTACAGAGACGAGGCCACTCAGAGA 238
Query 294 GAGGTTCCAACGAGGTAAGCGTCAAAACCATGAAAAGCTAGAGGATACAATATGTAGAAT 353
| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 239 GCGATTCCAACGAGGTAAGCGTCAAAACCATGAAAAGCTTGAGGATACAATTTGTAGAAT 298
Query 354 GATGGATAATCGTGCTTGGACGACTCGTTTACAGAACTCAATCCGAGATCTTGTACCTGA 413
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 299 GATGGATAATCGTGCTTGGACGACCCGTTTACAGAACTCGATCCGAGATCTTGTACCTGA 358
Query 414 ATGGGATCATTCTTTAGTCTATAATGTATTGCACGGTGCTAAGAAACTTGAGCATGCTCT 473
|||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 359 ATGGGATCATTCTTTAGTGTATAATGTGTTGCACGGTGCTAAGAAACTTGAGCACGCTCT 418
Query 474 TCAATTTTTCCGGTGGACGGAGAGATCTGGATTGATTCGTCATGATAGAGATACACATAT 533
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 TCAGTTTTTCCGGTGGACGGAGAGATCTGGATTGATTCGTCATGATAGAGATACACATAT 478
Query 534 GAAAATGATTAAGATGCTTGGAGAGGTTTC-GAAGCTTAATCATGCTAGGTGTATTTTAT 592
||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 479 GAAGATGATTAAGATGCTTGGAGAGG-TTCAGAAGCTTAATCATGCTCGGTGTATTTTAT 537
Query 593 TGGATATGCCTGAAAAGGGTGTTCCTTGGGATGAGGATATGTTTGTGGTGCTTATTGAGA 652
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 TGGATATGCCTGAAAAAGGTGTTCCTTGGGATGAAGATATGTTTGTGGTGCTTATTGAGA 597
Query 653 GTTATGGAAAAGCTGGGATTGTTCAAGAGTCTGTTAAAATCTTTCAGAAGATGAAGGATT 712
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 GTTATGGCAAAGCTGGGATTGTTCAAGAGTCTGTTAAAATCTTTCAGAAGATGAAGGATT 657
Query 713 TGGGTGTGGAGAGGACGATTAAGTCGTATAATAGTTTGTTTAAGGTGATTTTGAGGCGTG 772
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 TGGGTGTGGAGAGGACGATTAAGTCGTATAATACTTTGTTTAAGGTGATTTTGAGGCGTG 717
Query 773 GTAGGTATATGATGGCGAAACGGTATTTCAATAAGATGGTTAGTGAGGGTGTTGAGCCAA 832
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |
Sbjct 718 GTCGGTATATGATGGCGAAACGGTATTTCAATAAGATGGTTAGTGAGGGTATAGAGCCTA 777
Query 833 CGAGGCATACTTATAATCTAATGCTGTGGGGGTTCTTTTTGTCTTTGAGG-TTAGAGACT 891
| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 778 CTCGGCATACTTATAATCTAATGCTTTGGGGGTTCTTTTTGTCTTTGAGGCTT-GAGACT 836
Query 892 GCTCTGAGGTTCTTTGAAGATATGAAAACTAGAGGGATCTCGCCGGATGATGCTACGTT- 950
||| ||||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| || ||| ||
Sbjct 837 GCTTTGAGGTTTTTTGATGATATGAAAACTCGTGGGATCTCGCCGGATGCTGTTAC-TTA 895
Query 951 TAATACTATGATCAATGGGTTCTGCCGGTTTAAGAAGATGGATGAGGCAGAGAAGTTGTT 1010
||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 896 CAATACTATGATCAATGGGTACTGTCGGTTTAAGAAGATGGATGAGGCAGAGAAGTTATT 955
Query 1011 TGTGGAGATGAAAGGGAATAAGATTGGGCCTAGTGTTGTGAGTTACACCACGATGATTAA 1070
||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 956 TGTGGAGATGAAAGGGAATAATAGTGAGCCTAGTGTTGTGAGTTACACCACCATGATTAA 1015
Query 1071 AGGATATCTTGCGGTGGACCGAGTTGATGATGGGTTGAGAATCTTTGAGGAGATGAGATC 1130
|||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 AGGATATCTTTCAGTTGACCGAGTTGATGATGGGTTGAGAATCTTTGAGGAGATGAGATC 1075
Query 1131 TTCTGGTATTGAGCCTAATGCTACTACGTATTCGACGTTGTTGCCTGGTCTGTGTGATGC 1190
|| |||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1076 TTTTGGTATTGAGCCCAATGCTACGACGTATTCTACATTGTTGCCAGGTCTGTGTGATGC 1135
Query 1191 AGGGAAAATGGTGGAGGCTAAGAATATCTTGAAGAATATGATGGCGAAACACATTGCTCC 1250
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1136 AGGGAAAATGGTGGAGGCTAAGAATATCTTGAAGAATATGATGGCCAAACACATTGCTCC 1195
Query 1251 AAAAGATAACTCGATCTTTCTTAAGCTTTTGGTGTCTCAGAGCAAAGCAGGGGATATGGC 1310
||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1196 GAAAGATAACTCAATCTTCCTTAAGCTTTTGGTTTCTCAGAGTAAAGCTGGGGATATGGC 1255
Query 1311 GGCAGCCACTGAGGTGCTCAAAGCCATGGCTACACTGAATGTTCCAGCAGAGGCGGGACA 1370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1256 GGCAGCCACTGAGGTGCTCAAAGCCATGGCTACACTGAACGTTCCAGCAGAAGCGGGACA 1315
Query 1371 CTATGGGGTTTTGATTGAGAACCAATGCAAGGCTAGTGCATACAATCGTGCTATCAAGCT 1430
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 CTATGGGGTCTTGATTGAGAATCAATGCAAGGCTAGTGCATACAATCGTGCTATCAAGCT 1375
Query 1431 TTTAGATACGCTTATTGAGAAAGAAATCATATTGAGGCATCAGGATACTCTGGAAATGGA 1490
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 TTTAGATACGCTTATTGAGAAAGAAATCATTTTGAGGCATCAGGATACTCTGGAAATGGA 1435
Query 1491 GCCCAGCGCTTACAACCCAATAATCGAGTATTTGTGCAACAATGGCCAAACGGCAAAAGC 1550
||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1436 GCCCAGCGCATACAACCCGATTATCGAGTATTTGTGCAACAATGGCCAAACGGCGAAAGC 1495
Query 1551 AGAAGTGCTTTTCAGGCAGCTGATGAAAAGAGGTGTCCAAGACCAAGATGCCTTAAACAA 1610
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 AGAAGTGCTTTTCAGGCAGCTGATGAAAAGAGGTGTCCAAGACCAAGATGCCTTAAACAA 1555
Query 1611 TCTAATCCGTGGTCATGCAAAGGAAGGAAACCCAGACTCTAGTTACGAGATTCTGAAGAT 1670
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 TCTAATCCGTGGTCATGCAAAGGAAGGAAACCCGGATTCTAGTTACGAGATTCTGAAGAT 1615
Query 1671 AATGTCGAGGAGAGGTGTCCCTAGAGAATCAAACGCATATGAGCTGCTCATCAAGAGCTA 1730
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1616 TATGTCGAGGAGAGGTGTCCCTAGAGAAGCAAACGCATATGAACTGCTCATCAAGAGCTA 1675
Query 1731 CATGAGCAAAGGTGAGCCTGGAGACGCGAAAACCGCACTGGACAGCATGGTCGAAGACGG 1790
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 CATGAGCAAAGGTGAGCCTGGAGACGCGAAAACCGCACTGGACAGCATGGTCGAAGACGG 1735
Query 1791 GCATGTCCCAGACTCATCGCTTTTCAGGTCAGTGATTGAGAGTTTGTTCGAGGATGGTAG 1850
|||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1736 GCATGTCCCAGATTCAGCACTTTTCAGGTCAGTGATTGAGAGTTTGTTTGAGGATGGTAG 1795
Query 1851 GGTGCAGACAGCAAGCCGTGTGATGATGATCATGATAGATAAAAACGTTGGTATCGAAGA 1910
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 GGTGCAGACAGCAAGCCGTGTGATGATGATCATGATAGATAAAAACGTTGGTATCGAAGA 1855
Query 1911 CAACATGGATTTGATTGCCAAGATCTTGGAAGCCCTCTTAATGAGAGGACACGTAGAAGA 1970
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 AAACATGGATTTGATTGCCAAGATCTTGGAAGCTCTCTTAATGAGAGGACACGTAGAAGA 1915
Query 1971 AGCCCTGGGGCGTATAGATCTTCTGAACCAAAACGGACACACAGCTGATCTGGACAGCCT 2030
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 AGCCCTGGGACGTATAGATCTTCTGAACCAAAACGGACACACAGCTGATCTGGACAGCCT 1975
Query 2031 CTTATCTGTCTTAAGCGAGAAAGGGAAGACGATTGCAGCATTGAAGCTGTTAGATTTCGG 2090
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 CTTATCTGTCTTAAGCGAGAAAGGGAAGACGATTGCAGCATTGAAGCTGTTAGATTTCGG 2035
Query 2091 GTTGGAGAGAGATCTCAGCTTAGAGTTTTCGAGCTACGACAAAGTGTTGGATGCGCTTTT 2150
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 GTTGGAGAGGGATCTCAGCTTAGATTTTTCGAGCTACGACAAAGTGTTGGATGCGCTTTT 2095
Query 2151 AGGAGCTGGGAAGACTCTGAATGCGTACTCAGTTCTTTGTAAGATCATGGAGAAAGGAAG 2210
|||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 AGGAGCCGGGAAGACTCTGAATGCGTACTCGGTTCTGTGTAAGATCATGGAGAAAGGAAG 2155
Query 2211 TTCAACAGATTGGAAGAGCTCTGATGAACTGATCAAAAGCTTGAACCAAGAAGGGAACAC 2270
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2156 TTCAACAGATTGGAAGAGCTCTGATGAACTGATCAAGAGCTTGAACCAAGAAGGAAACAC 2215
Query 2271 AAAGCAAGCTGATGTTCTTTCTAGAATGATCAAGAAGGGACAAGGAATCAAGAAACAAAA 2330
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 AAAGCAAGCTGATGTTCTTTCTAGAATGATCAAGAAGGGACAAGGAATCAAGAAACAAAA 2275
Query 2331 CAATGTTTCTCTATAGAAACTTG--A-CAAAGTGATTCTTT 2368
|| || |||||||||||||||| | ||| ||||||||||
Sbjct 2276 CACTGCTTCTCTATAGAAACTTCTTAACAA-GTGATTCTTT 2315
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 93359190495
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5