BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G37420.1
Length=3432
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg482735 jgi|Araly1|482735|fgenesh2_kg.4__1795__AT2G37420.1 5177 0.0
> Ahg482735 jgi|Araly1|482735|fgenesh2_kg.4__1795__AT2G37420.1
Length=3380
Score = 5177 bits (2803), Expect = 0.0
Identities = 3171/3350 (95%), Gaps = 20/3350 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 88 TCTCTTTCGATCTCCAGGATTCGGC-TCTGTTTCCTAAATCGAAGATGTCGTTTACGCCA 146
|||||||||||||| | ||| | | ||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 43 TCTCTTTCGATCTCGAAGATCCATCATCT-TTTCGTAAATCGAAGATGTCGTTTACGCCG 101
Query 147 GAGGTGGTATCAAGGAAAAGTGGAGTAGGAGTGATTCCATCACCTGCACCGTTTCTAACT 206
||||| || ||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 102 GAGGTTGTTTCAAGGAAAAGCGGAGTCGGAGTGTTTCCATCACCGGCACCGTTTCTGACA 161
Query 207 CCTCGTCTCGAGAGAAGACGACCTGATTCTTTCTCTAACCGTCTCGATAGAGATAATAAA 266
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 162 CCTCGTCTTGAGAGAAGACGACCTGATTCTTTCTCTAACCGTCTCGATAGAGATAATAAA 221
Query 267 GAAGTCAATGTTCAAGTGATTCTACGATGCAAACCATTAAGTGAAGAAGAGCAGAAATCT 326
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 222 GAAGTCAATGTTCAAGTGATTCTACGATGCAGACCATTAACTGAAGAAGAGCAGAAATCT 281
Query 327 AGTGTTCCTAGAGTCATCTCTTGTAATGAAATGAGAAGAGAAGTCAATGTTCTTCATACT 386
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 282 AATGTTCCTAGAGTCATCTCTTGTAATGAAATGAGAAGAGAAGTCAATGTTCTTCATAGT 341
Query 387 ATTGCTAATAAGCAAGTAGACCGTCTTTTCAATTTCGACAAGGTTTTTGGTCCTAAGTCA 446
||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 342 GTTGCTCATAAGCAAGTAGACCGTGTTTTCAATTTCGACAAGGTTTTTGGTCCTAAGTCA 401
Query 447 CAACAACGGTCTATATATGATCAAGCTATTGCACCTATTGTTCATGAAGTCTTGGAAGGT 506
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 402 CAACAACGGTCTATATATGATCAAGCTATTTCACCTATTGTTCATGAAGTCTTGGAAGGT 461
Query 507 TTTAGCTGTACTGTGTTTGCTTATGGACAAACAGGAACTGGGAAGACTTACACTATGGAA 566
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 462 TTTAGCTGTACTGTGTTTGCTTATGGACAAACAGGAACTGGGAAGACTTACACTATGGAA 521
Query 567 GGTGGAATGAGGAAAAAGGGAGGGGATTTACCTGCGGAGGCTGGGGTGATTCCCAGAGCT 626
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 522 GGTGGAATGAGGAAAAAGGGAGGGGATTTACCTGCGGAGGCAGGGGTGATTCCAAGAGCT 581
Query 627 GTTAGACATATTTTCGATACTCTTGAGGCGCAAAATGCTGATTACAGTATGAAAGTAACA 686
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 582 GTTAGGCATATTTTCGATACTCTTGAGGCCCAAAATGCTGATTACAGTATGAAAGTAACA 641
Query 687 TTCTTGGAGCTTTACAATGAGGAAGTTACGGATTTGTTAGCTCAAGATGATTCCTCAAGA 746
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 642 TTCTTGGAGCTTTACAATGAAGAAGTTACGGATTTGTTAGCTCAAGATGATTCATCAAGA 701
Query 747 TCTTCTGAGGATAAGCAGAGGAAGCCCATTTCTTTGATGGAGGATGGGAAGGGTTCTGTG 806
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 702 TCTTCTGAGGATAAGCAGAAGAAGCCCATTTCTTTGATGGAGGATGGCAAGGGTTCTGTG 761
Query 807 GTTTTAAGAGGTCTTGAAGAAGAAGTTGTGTACAGTGCTAATGATATATATGCTCTTCTT 866
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 762 GTTTTAAGGGGTCTTGAAGAAGAAGTTGTGTACAGCGCTAATGATATATATGCTCTTCTT 821
Query 867 GAACGAGGTTCATCTAAAAGGCGTACAGCTGATACTTTGTTGAATAAGAGAAGTAGTCGA 926
|||||||| ||||| |||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 822 GAACGAGGCTCATCCAAAAGGCGCACCGCAGATACGTTGTTGAATAAGAGAAGTAGTAGA 881
Query 927 TCTCATTCAGTGTTTACTATCACTGTCCATATAAAGGAAGAGTCTATGGGAGATGAAGAG 986
||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 882 TCTCATTCAGTGTTTACTATCACAGTTCACATAAAGGAAGAGTCTATGGGCGATGAAGAG 941
Query 987 TTAATCAAATGTGGGAAGCTTAACCTTGTGGATCTAGCAGGATCTGAGAATATCTTACGG 1046
|||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 942 CTAATCAAATGCGGCAAGCTTAACCTTGTGGATCTAGCAGGATCTGAGAATATCTTACGG 1001
Query 1047 TCAGGAGCTCGAGATGGCCGTGCACGAGAAGCAGGAGAGATTAACAAGAGTTTGCTTACA 1106
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1002 TCAGGAGCTCGAGATGGCCGTGCAAGAGAAGCAGGAGAGATTAACAAGAGCTTGCTCACA 1061
Query 1107 CTAGGCCGTGTGATTAATGCCCTTGTGGAACATTCTTCTCATGTACCTTACAGGGATAGT 1166
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1062 CTAGGCCGTGTGATCAATGCCCTTGTGGAACATTCTTCTCATGTACCTTACAGGGATAGT 1121
Query 1167 AAGCTGACAAGGCTTTTACGGGACTCTCTAGGAGGAAAGACAAAAACTTGTATCATTGCT 1226
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1122 AAGCTGACAAGGCTTTTACGGGACTCTCTAGGAGGAAAGACAAAAACTTGTATCATTGCT 1181
Query 1227 ACAATCTCTCCATCTGCTCATTCCCTAGAGGAAACTTTAAGTACTTTGGATTATGCCTAT 1286
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1182 ACAATCTCTCCATCTGCTCATTCCCTAGAGGAAACTTTAAGTACCTTGGATTATGCCTAT 1241
Query 1287 CGTGCCAAGAACATCAAGAACAAACCTGAGGCAAACCAGAAGTTATCCAAGGCTGTGTTG 1346
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1242 CGTGCCAAGAACATCAAGAACAAACCTGAGGCAAACCAGAAACTATCCAAGGCTGTGCTG 1301
Query 1347 CTTAAAGATCTTTACTTGGAGCTTGAGAGAATGAAAGAAGATGTAAGAGCAGCAAGGGAT 1406
|||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1302 CTTAAAGACCTTTACTTGGAACTTGAGAGAATGAAAGAAGATGTAAGAGCGGCAAGGGAT 1361
Query 1407 AAGAATGGTGTTTACATTGCACATGAAAGATATACACAAGAAGAAGTTGAAAAGAAGGCG 1466
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1362 AAAAATGGTGTTTACATTGCACATGAAAGATATACACAAGAAGAAGCTGAAAAGAAGGCG 1421
Query 1467 AGAATTGAGAGGATAGAACAGTTGGAGAATGAACTAAATCTCAGTGAAAGTGAGGTTTCC 1526
||||| |||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1422 AGAATCGAGAAGATAGAACAGTTGGAAAATGAATTAAATCTCAGTGAAAGTGAAGTTTCA 1481
Query 1527 AAGTTCTGTGACCTTTATGAGACTGAGAAAGAGAAGTTACTGGACGTTGAAAGTGACCTT 1586
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1482 AAGTTCTGTGACCTTTACGAGACTGAGAAAGAGAAGTTACTGGACGTAGAAAGTGACCTT 1541
Query 1587 AAGGACTGCAAGAGAAACCTGCACAATAGTAACAAGGACTTGCTAGATCTCAAAGAGAAT 1646
||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||
Sbjct 1542 AAGGACTGCAAGAGAAACCTGGATAATAGTAACAAGGAGTTGCTTGATCTCAAAGTGAAT 1601
Query 1647 TATATCCAAGTTGTTTCAAAGTTAAAGGAAA-AGGAAGTCATCGTCTCCAGAATGAAAGC 1705
|||||||||||| ||||||||||| |||| || || ||||| |||| |||||||||||
Sbjct 1602 TATATCCAAGTTACCTCAAAGTTAAAAGAAAGAG-AATTCATCATCTCAAGAATGAAAGC 1660
Query 1706 TTCAGAGACTTCTTTGATCGACCGTGCAAAGGGGTTACGTTGTGATCTGCAGCATGCGTC 1765
||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||| |||| |||||||||||||
Sbjct 1661 CTCAGAGACTACTTTGATCGACCGCGCAAAGGGGTTAAGTTCTGATTTGCAGCATGCGTC 1720
Query 1766 AAACGATATAAATTCGTTGTTCACAAGATTGGACCAAAAAGACAAGCTGGAATCCGATAA 1825
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||
Sbjct 1721 AAACGATATAAATTCGTTGTTCACAAGATTAGACCAAAAGGACAAGCTGGAATCTGAAAA 1780
Query 1826 CCAGAGCATGCTTCTGAAATTTGGATCACAACTTGATCAAAACCTTAAAGATTTGCACAG 1885
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1781 CCAGAGCATGCTTCTGAAGTTTGGTTCACAACTTGATCAAAACCTTAAAGATTTGCACAG 1840
Query 1886 AACAGTTCTTGGATCAGTCTCTCAGCAACAGCAACAATTAAGAACTATGGAAGAACATAC 1945
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1841 AACAGTTCTTGGATCAGTCTCTCAGCAACAGCAACAATTAAGAACTATGGAAGAACATAC 1900
Query 1946 CCACTCATTTCTTGCTCACAAATATGATGCAACACGCGATCTGGAATCAAGAATTGGGAA 2005
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1901 ACATTCATTTCTTGCTCATAAATATGATGCAACACGTGATCTGGAATCAAGGATTGGGAA 1960
Query 2006 AACATCAGACACTTATACTTCAGGAATAGCAGCCTTGAAGGAGTTATCTGAAATGCTACA 2065
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1961 AACAGCAGACACTTATACTTCAGGAATAGCAGCCTTGAAGGAGTTATCTGAAATGCTACA 2020
Query 2066 AAAGAAAGCCTCCTCTGATCTGGAGAAGAAGAACACTTCTATAGTATCACAAATAGAGGC 2125
|||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2021 AAAGAACGCCTCCTCTGATCTGGAGAAGATGAACACTTCTATAGTATCACAAATAAAGGC 2080
Query 2126 TGTTGAGAAATTTCTCACTACATCAGCAACAGAGGCTTCTGCAGTCGCTCAGGACATCCA 2185
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2081 TGTTGAGAAATTTCTCACTACATCAGCAACAGAGGCTTCTGCAGTCGCTCAGGACATCCA 2140
Query 2186 CAATTTACTTAATGATCAGAAGAAGCTCTTAGCACTTGCTGCAAGACAACAAGAGCAGGG 2245
||||| |||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2141 CAATTCACTTAACGAACAGAAGAAGCTCTTAGCAGTTGCTGCAAGACAACAAGAGCAGGG 2200
Query 2246 CTTGGTCAGAAGCATGAGATCTGCACAAGAAATTTCCAATTCAACTTCAACCAT-TTTCA 2304
|||||||||||||||| |||||||||||||||| || || | ||||||||||| ||| |
Sbjct 2201 CTTGGTCAGAAGCATGCGATCTGCACAAGAAATATCGAACGCGACTTCAACCATGTTT-A 2259
Query 2305 GTAACATCTACAACCAAGCCCATGACGTGGTGGAAGCCATTAGAGCAAGCCAAGCAGAGA 2364
||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2260 GTAACATCTACAACCAAGCTCACGGTGTGGTGGAAGCCATTAGAGGTAGCCAAGCAGAGA 2319
Query 2365 AATCAAGACAGCTTGATGCTTTTGAAATGAAGTTTAAGGAAGAGGCTGAAAGAGAGGAGA 2424
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2320 AATCAAGACAGCTTGATGCTTTTGAAATGAAGTTTAAGGAAGAGGCTGAAAGAGAGGAGA 2379
Query 2425 AACAAGCCTTAAATGATATCAGTCTGATATTATCAAAGTTAACTTCAAAGAAAACTGCAA 2484
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2380 AGCAAGCCTTAAATGATATCAGTCTGATATTATCAAAGTTAACTTCAAAGAAAACTGCAA 2439
Query 2485 TGATTTCTGATGCATCAAGCAATATCCGGGAACATGACATACAGGAAGAGAAGAGATTGT 2544
|||| ||||||||||||||||||||||| ||| | || | ||||||||||||||||||||
Sbjct 2440 TGATCTCTGATGCATCAAGCAATATCCGTGAAAACGATAGACAGGAAGAGAAGAGATTGT 2499
Query 2545 ATGAACAAATGTCTGGTATGCAGCAAGTCTCGATTGGTGCAAAGGAAGAATTGTGTGACT 2604
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 2500 ATGAACAAATGTCTGGTATGCAGCAAGTCTCGATTGGCGCAAAGGAGGAATTGTGTGACT 2559
Query 2605 ATCTAAAGAAAGAGAAAACTCACTTCACGGAAAACACAATAGCTTCAGCTGAGTCTATCA 2664
|||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2560 ATCTAAAGAAAGCGAAAACGCACTTCACGGAAAACACTATAGCTTCAGCTGAGTCTATCA 2619
Query 2665 CAGTCATGGATAGTTACCTTGAAGATTGCTTGGGAAGGGCCAATGATTCTAAAACA-TTG 2723
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 2620 CAGTCATGGACAGTTACCTTGAAGATTGCTTGGGAAGGGCCAATGATTCTAAAA-AGTTG 2678
Query 2724 TGGGAGACCACTGAAACAGGCATAAAGAACCTTAACACGAAGTATCAACAAGAACTTAAT 2783
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2679 TGGGAGACCACTGAAACAGGCATAAAGAACCTTAACACGAAGTATCAACAAGAACTTAAT 2738
Query 2784 GTCACAATGGAGGACATGGCAAAAGAAAATGAGAAGGTGCAAGATGAATTTACATCCACA 2843
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2739 GTCACAATGGAGGACATGGCAAAAGAAAATGAGAAGGTGCAAGATGAATTTGCATCCACA 2798
Query 2844 TTTTCCTCAATGGATGCTAACTTTGTCTCTAGGACAAATGAACTTCACGCAGCTGTTAAT 2903
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2799 TTTTCCTCAATGGATGCTAAATTTGTCTCTAGGACTAATGAACTTCACGCAGCTGTTAAT 2858
Query 2904 GACTCATTGATGCAAGACCGTGAGAACAAAGAAACAACAGAGGCTATAGTAGAGACTTGC 2963
||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2859 GACTCGTTGATGCAAGACCGGGAGAACAAAGAAACAACGGAGGCTATAGTAGAGACTTGC 2918
Query 2964 ATGAACCAGGTCACATTATTGCAGGAGAATCATGGACAAGCTGTTTCAAACATTAGAAAC 3023
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 2919 ATGAACCAGGTCACATTATTGCAAGAGAATCATGGACAAGCGGTATCAAACATTAGAAAC 2978
Query 3024 AAAGCAGAACAGTCTCTCATAAAAGACTATCAGGTTGATCAGCACAAGAACGAAACACCA 3083
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2979 AAAGCAGAACAGTCTCTCATAAAAGACTATCAGGTTGATCAGCACAAGAACGAAACACCA 3038
Query 3084 AAGAAACAATCCATAAATGTGCCAAGCCTGGATTCGATTGAGGAGATGAGGACTTTGTTT 3143
|||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3039 AAGAAACAATCCATAAATGTGCCAAGTCTGGCTTCGATTGAGGAAATGAGGACTTTGTTT 3098
Query 3144 TCGCAGAATACTCTCAGCGAAGAACACACAAGT--TT-GGAGAAAATATCAACAAAACAA 3200
||||||||||| ||||||||||| ||||||||| || |||||||| ||||| |||| ||
Sbjct 3099 TCGCAGAATACACTCAGCGAAGATCACACAAGTAATTTGGAGAAAAGATCAATAAAAGAA 3158
Query 3201 GGACTTGGCGAAGCTAACAACAGAACTCCATTCTTGGAAGTAAACAAATGAGTAAAAAAG 3260
||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3159 GGACTTGACGAAGCAAACAACAGAACTCCATTCTTGGAAGTAAACAAATGAGTAAAAAA- 3217
Query 3261 AAAGCTTATGTTCATCAGCTGGATGAGTGTAGAAGATTAAGACTGTGTAAAGGTTGTTAT 3320
|| |||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3218 AA-GCTTATGTTCATCAACTGGATGAGTTTAGAAGATGAAGACTGTGTAAAGGTTGTTAT 3276
Query 3321 GTAGTAGTACGCAAGCTTATGTTGTCATGGATAAATCTGGTTATATTTTGACATTAAACC 3380
|||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3277 GTAGTA---CGCAAGTTTATGTTGTCATGGATAA-TCTGGTTACGTTTTGACATTAAACC 3332
Query 3381 GGTATGCAGATTGCTGAAATTTT-AGATTTTATGGATGACGTTTCCGGTT 3429
||||||||||||||||| || | |||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 3333 GGTATGCAGATTGCTGAG-TTCTCAGATTT-AGGGATGACGTTTCCGGTT 3380
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 129586036065
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5