BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G37420.1 Length=3432 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg482735 jgi|Araly1|482735|fgenesh2_kg.4__1795__AT2G37420.1 5177 0.0 > Ahg482735 jgi|Araly1|482735|fgenesh2_kg.4__1795__AT2G37420.1 Length=3380 Score = 5177 bits (2803), Expect = 0.0 Identities = 3171/3350 (95%), Gaps = 20/3350 (1%) Strand=Plus/Plus Query 88 TCTCTTTCGATCTCCAGGATTCGGC-TCTGTTTCCTAAATCGAAGATGTCGTTTACGCCA 146 |||||||||||||| | ||| | | ||| |||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 43 TCTCTTTCGATCTCGAAGATCCATCATCT-TTTCGTAAATCGAAGATGTCGTTTACGCCG 101 Query 147 GAGGTGGTATCAAGGAAAAGTGGAGTAGGAGTGATTCCATCACCTGCACCGTTTCTAACT 206 ||||| || ||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| || Sbjct 102 GAGGTTGTTTCAAGGAAAAGCGGAGTCGGAGTGTTTCCATCACCGGCACCGTTTCTGACA 161 Query 207 CCTCGTCTCGAGAGAAGACGACCTGATTCTTTCTCTAACCGTCTCGATAGAGATAATAAA 266 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 162 CCTCGTCTTGAGAGAAGACGACCTGATTCTTTCTCTAACCGTCTCGATAGAGATAATAAA 221 Query 267 GAAGTCAATGTTCAAGTGATTCTACGATGCAAACCATTAAGTGAAGAAGAGCAGAAATCT 326 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 222 GAAGTCAATGTTCAAGTGATTCTACGATGCAGACCATTAACTGAAGAAGAGCAGAAATCT 281 Query 327 AGTGTTCCTAGAGTCATCTCTTGTAATGAAATGAGAAGAGAAGTCAATGTTCTTCATACT 386 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 282 AATGTTCCTAGAGTCATCTCTTGTAATGAAATGAGAAGAGAAGTCAATGTTCTTCATAGT 341 Query 387 ATTGCTAATAAGCAAGTAGACCGTCTTTTCAATTTCGACAAGGTTTTTGGTCCTAAGTCA 446 ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 342 GTTGCTCATAAGCAAGTAGACCGTGTTTTCAATTTCGACAAGGTTTTTGGTCCTAAGTCA 401 Query 447 CAACAACGGTCTATATATGATCAAGCTATTGCACCTATTGTTCATGAAGTCTTGGAAGGT 506 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 402 CAACAACGGTCTATATATGATCAAGCTATTTCACCTATTGTTCATGAAGTCTTGGAAGGT 461 Query 507 TTTAGCTGTACTGTGTTTGCTTATGGACAAACAGGAACTGGGAAGACTTACACTATGGAA 566 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 462 TTTAGCTGTACTGTGTTTGCTTATGGACAAACAGGAACTGGGAAGACTTACACTATGGAA 521 Query 567 GGTGGAATGAGGAAAAAGGGAGGGGATTTACCTGCGGAGGCTGGGGTGATTCCCAGAGCT 626 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| Sbjct 522 GGTGGAATGAGGAAAAAGGGAGGGGATTTACCTGCGGAGGCAGGGGTGATTCCAAGAGCT 581 Query 627 GTTAGACATATTTTCGATACTCTTGAGGCGCAAAATGCTGATTACAGTATGAAAGTAACA 686 ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 582 GTTAGGCATATTTTCGATACTCTTGAGGCCCAAAATGCTGATTACAGTATGAAAGTAACA 641 Query 687 TTCTTGGAGCTTTACAATGAGGAAGTTACGGATTTGTTAGCTCAAGATGATTCCTCAAGA 746 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 642 TTCTTGGAGCTTTACAATGAAGAAGTTACGGATTTGTTAGCTCAAGATGATTCATCAAGA 701 Query 747 TCTTCTGAGGATAAGCAGAGGAAGCCCATTTCTTTGATGGAGGATGGGAAGGGTTCTGTG 806 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 702 TCTTCTGAGGATAAGCAGAAGAAGCCCATTTCTTTGATGGAGGATGGCAAGGGTTCTGTG 761 Query 807 GTTTTAAGAGGTCTTGAAGAAGAAGTTGTGTACAGTGCTAATGATATATATGCTCTTCTT 866 |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 762 GTTTTAAGGGGTCTTGAAGAAGAAGTTGTGTACAGCGCTAATGATATATATGCTCTTCTT 821 Query 867 GAACGAGGTTCATCTAAAAGGCGTACAGCTGATACTTTGTTGAATAAGAGAAGTAGTCGA 926 |||||||| ||||| |||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||| || Sbjct 822 GAACGAGGCTCATCCAAAAGGCGCACCGCAGATACGTTGTTGAATAAGAGAAGTAGTAGA 881 Query 927 TCTCATTCAGTGTTTACTATCACTGTCCATATAAAGGAAGAGTCTATGGGAGATGAAGAG 986 ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 882 TCTCATTCAGTGTTTACTATCACAGTTCACATAAAGGAAGAGTCTATGGGCGATGAAGAG 941 Query 987 TTAATCAAATGTGGGAAGCTTAACCTTGTGGATCTAGCAGGATCTGAGAATATCTTACGG 1046 |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 942 CTAATCAAATGCGGCAAGCTTAACCTTGTGGATCTAGCAGGATCTGAGAATATCTTACGG 1001 Query 1047 TCAGGAGCTCGAGATGGCCGTGCACGAGAAGCAGGAGAGATTAACAAGAGTTTGCTTACA 1106 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| Sbjct 1002 TCAGGAGCTCGAGATGGCCGTGCAAGAGAAGCAGGAGAGATTAACAAGAGCTTGCTCACA 1061 Query 1107 CTAGGCCGTGTGATTAATGCCCTTGTGGAACATTCTTCTCATGTACCTTACAGGGATAGT 1166 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1062 CTAGGCCGTGTGATCAATGCCCTTGTGGAACATTCTTCTCATGTACCTTACAGGGATAGT 1121 Query 1167 AAGCTGACAAGGCTTTTACGGGACTCTCTAGGAGGAAAGACAAAAACTTGTATCATTGCT 1226 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1122 AAGCTGACAAGGCTTTTACGGGACTCTCTAGGAGGAAAGACAAAAACTTGTATCATTGCT 1181 Query 1227 ACAATCTCTCCATCTGCTCATTCCCTAGAGGAAACTTTAAGTACTTTGGATTATGCCTAT 1286 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1182 ACAATCTCTCCATCTGCTCATTCCCTAGAGGAAACTTTAAGTACCTTGGATTATGCCTAT 1241 Query 1287 CGTGCCAAGAACATCAAGAACAAACCTGAGGCAAACCAGAAGTTATCCAAGGCTGTGTTG 1346 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || Sbjct 1242 CGTGCCAAGAACATCAAGAACAAACCTGAGGCAAACCAGAAACTATCCAAGGCTGTGCTG 1301 Query 1347 CTTAAAGATCTTTACTTGGAGCTTGAGAGAATGAAAGAAGATGTAAGAGCAGCAAGGGAT 1406 |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1302 CTTAAAGACCTTTACTTGGAACTTGAGAGAATGAAAGAAGATGTAAGAGCGGCAAGGGAT 1361 Query 1407 AAGAATGGTGTTTACATTGCACATGAAAGATATACACAAGAAGAAGTTGAAAAGAAGGCG 1466 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1362 AAAAATGGTGTTTACATTGCACATGAAAGATATACACAAGAAGAAGCTGAAAAGAAGGCG 1421 Query 1467 AGAATTGAGAGGATAGAACAGTTGGAGAATGAACTAAATCTCAGTGAAAGTGAGGTTTCC 1526 ||||| |||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1422 AGAATCGAGAAGATAGAACAGTTGGAAAATGAATTAAATCTCAGTGAAAGTGAAGTTTCA 1481 Query 1527 AAGTTCTGTGACCTTTATGAGACTGAGAAAGAGAAGTTACTGGACGTTGAAAGTGACCTT 1586 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1482 AAGTTCTGTGACCTTTACGAGACTGAGAAAGAGAAGTTACTGGACGTAGAAAGTGACCTT 1541 Query 1587 AAGGACTGCAAGAGAAACCTGCACAATAGTAACAAGGACTTGCTAGATCTCAAAGAGAAT 1646 ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| |||||||||| |||| Sbjct 1542 AAGGACTGCAAGAGAAACCTGGATAATAGTAACAAGGAGTTGCTTGATCTCAAAGTGAAT 1601 Query 1647 TATATCCAAGTTGTTTCAAAGTTAAAGGAAA-AGGAAGTCATCGTCTCCAGAATGAAAGC 1705 |||||||||||| ||||||||||| |||| || || ||||| |||| ||||||||||| Sbjct 1602 TATATCCAAGTTACCTCAAAGTTAAAAGAAAGAG-AATTCATCATCTCAAGAATGAAAGC 1660 Query 1706 TTCAGAGACTTCTTTGATCGACCGTGCAAAGGGGTTACGTTGTGATCTGCAGCATGCGTC 1765 ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||| |||| ||||||||||||| Sbjct 1661 CTCAGAGACTACTTTGATCGACCGCGCAAAGGGGTTAAGTTCTGATTTGCAGCATGCGTC 1720 Query 1766 AAACGATATAAATTCGTTGTTCACAAGATTGGACCAAAAAGACAAGCTGGAATCCGATAA 1825 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || Sbjct 1721 AAACGATATAAATTCGTTGTTCACAAGATTAGACCAAAAGGACAAGCTGGAATCTGAAAA 1780 Query 1826 CCAGAGCATGCTTCTGAAATTTGGATCACAACTTGATCAAAACCTTAAAGATTTGCACAG 1885 |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1781 CCAGAGCATGCTTCTGAAGTTTGGTTCACAACTTGATCAAAACCTTAAAGATTTGCACAG 1840 Query 1886 AACAGTTCTTGGATCAGTCTCTCAGCAACAGCAACAATTAAGAACTATGGAAGAACATAC 1945 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1841 AACAGTTCTTGGATCAGTCTCTCAGCAACAGCAACAATTAAGAACTATGGAAGAACATAC 1900 Query 1946 CCACTCATTTCTTGCTCACAAATATGATGCAACACGCGATCTGGAATCAAGAATTGGGAA 2005 || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| Sbjct 1901 ACATTCATTTCTTGCTCATAAATATGATGCAACACGTGATCTGGAATCAAGGATTGGGAA 1960 Query 2006 AACATCAGACACTTATACTTCAGGAATAGCAGCCTTGAAGGAGTTATCTGAAATGCTACA 2065 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1961 AACAGCAGACACTTATACTTCAGGAATAGCAGCCTTGAAGGAGTTATCTGAAATGCTACA 2020 Query 2066 AAAGAAAGCCTCCTCTGATCTGGAGAAGAAGAACACTTCTATAGTATCACAAATAGAGGC 2125 |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2021 AAAGAACGCCTCCTCTGATCTGGAGAAGATGAACACTTCTATAGTATCACAAATAAAGGC 2080 Query 2126 TGTTGAGAAATTTCTCACTACATCAGCAACAGAGGCTTCTGCAGTCGCTCAGGACATCCA 2185 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2081 TGTTGAGAAATTTCTCACTACATCAGCAACAGAGGCTTCTGCAGTCGCTCAGGACATCCA 2140 Query 2186 CAATTTACTTAATGATCAGAAGAAGCTCTTAGCACTTGCTGCAAGACAACAAGAGCAGGG 2245 ||||| |||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2141 CAATTCACTTAACGAACAGAAGAAGCTCTTAGCAGTTGCTGCAAGACAACAAGAGCAGGG 2200 Query 2246 CTTGGTCAGAAGCATGAGATCTGCACAAGAAATTTCCAATTCAACTTCAACCAT-TTTCA 2304 |||||||||||||||| |||||||||||||||| || || | ||||||||||| ||| | Sbjct 2201 CTTGGTCAGAAGCATGCGATCTGCACAAGAAATATCGAACGCGACTTCAACCATGTTT-A 2259 Query 2305 GTAACATCTACAACCAAGCCCATGACGTGGTGGAAGCCATTAGAGCAAGCCAAGCAGAGA 2364 ||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2260 GTAACATCTACAACCAAGCTCACGGTGTGGTGGAAGCCATTAGAGGTAGCCAAGCAGAGA 2319 Query 2365 AATCAAGACAGCTTGATGCTTTTGAAATGAAGTTTAAGGAAGAGGCTGAAAGAGAGGAGA 2424 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2320 AATCAAGACAGCTTGATGCTTTTGAAATGAAGTTTAAGGAAGAGGCTGAAAGAGAGGAGA 2379 Query 2425 AACAAGCCTTAAATGATATCAGTCTGATATTATCAAAGTTAACTTCAAAGAAAACTGCAA 2484 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2380 AGCAAGCCTTAAATGATATCAGTCTGATATTATCAAAGTTAACTTCAAAGAAAACTGCAA 2439 Query 2485 TGATTTCTGATGCATCAAGCAATATCCGGGAACATGACATACAGGAAGAGAAGAGATTGT 2544 |||| ||||||||||||||||||||||| ||| | || | |||||||||||||||||||| Sbjct 2440 TGATCTCTGATGCATCAAGCAATATCCGTGAAAACGATAGACAGGAAGAGAAGAGATTGT 2499 Query 2545 ATGAACAAATGTCTGGTATGCAGCAAGTCTCGATTGGTGCAAAGGAAGAATTGTGTGACT 2604 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| Sbjct 2500 ATGAACAAATGTCTGGTATGCAGCAAGTCTCGATTGGCGCAAAGGAGGAATTGTGTGACT 2559 Query 2605 ATCTAAAGAAAGAGAAAACTCACTTCACGGAAAACACAATAGCTTCAGCTGAGTCTATCA 2664 |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 2560 ATCTAAAGAAAGCGAAAACGCACTTCACGGAAAACACTATAGCTTCAGCTGAGTCTATCA 2619 Query 2665 CAGTCATGGATAGTTACCTTGAAGATTGCTTGGGAAGGGCCAATGATTCTAAAACA-TTG 2723 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| Sbjct 2620 CAGTCATGGACAGTTACCTTGAAGATTGCTTGGGAAGGGCCAATGATTCTAAAA-AGTTG 2678 Query 2724 TGGGAGACCACTGAAACAGGCATAAAGAACCTTAACACGAAGTATCAACAAGAACTTAAT 2783 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2679 TGGGAGACCACTGAAACAGGCATAAAGAACCTTAACACGAAGTATCAACAAGAACTTAAT 2738 Query 2784 GTCACAATGGAGGACATGGCAAAAGAAAATGAGAAGGTGCAAGATGAATTTACATCCACA 2843 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2739 GTCACAATGGAGGACATGGCAAAAGAAAATGAGAAGGTGCAAGATGAATTTGCATCCACA 2798 Query 2844 TTTTCCTCAATGGATGCTAACTTTGTCTCTAGGACAAATGAACTTCACGCAGCTGTTAAT 2903 |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2799 TTTTCCTCAATGGATGCTAAATTTGTCTCTAGGACTAATGAACTTCACGCAGCTGTTAAT 2858 Query 2904 GACTCATTGATGCAAGACCGTGAGAACAAAGAAACAACAGAGGCTATAGTAGAGACTTGC 2963 ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2859 GACTCGTTGATGCAAGACCGGGAGAACAAAGAAACAACGGAGGCTATAGTAGAGACTTGC 2918 Query 2964 ATGAACCAGGTCACATTATTGCAGGAGAATCATGGACAAGCTGTTTCAAACATTAGAAAC 3023 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| Sbjct 2919 ATGAACCAGGTCACATTATTGCAAGAGAATCATGGACAAGCGGTATCAAACATTAGAAAC 2978 Query 3024 AAAGCAGAACAGTCTCTCATAAAAGACTATCAGGTTGATCAGCACAAGAACGAAACACCA 3083 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2979 AAAGCAGAACAGTCTCTCATAAAAGACTATCAGGTTGATCAGCACAAGAACGAAACACCA 3038 Query 3084 AAGAAACAATCCATAAATGTGCCAAGCCTGGATTCGATTGAGGAGATGAGGACTTTGTTT 3143 |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 3039 AAGAAACAATCCATAAATGTGCCAAGTCTGGCTTCGATTGAGGAAATGAGGACTTTGTTT 3098 Query 3144 TCGCAGAATACTCTCAGCGAAGAACACACAAGT--TT-GGAGAAAATATCAACAAAACAA 3200 ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| || |||||||| ||||| |||| || Sbjct 3099 TCGCAGAATACACTCAGCGAAGATCACACAAGTAATTTGGAGAAAAGATCAATAAAAGAA 3158 Query 3201 GGACTTGGCGAAGCTAACAACAGAACTCCATTCTTGGAAGTAAACAAATGAGTAAAAAAG 3260 ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3159 GGACTTGACGAAGCAAACAACAGAACTCCATTCTTGGAAGTAAACAAATGAGTAAAAAA- 3217 Query 3261 AAAGCTTATGTTCATCAGCTGGATGAGTGTAGAAGATTAAGACTGTGTAAAGGTTGTTAT 3320 || |||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 3218 AA-GCTTATGTTCATCAACTGGATGAGTTTAGAAGATGAAGACTGTGTAAAGGTTGTTAT 3276 Query 3321 GTAGTAGTACGCAAGCTTATGTTGTCATGGATAAATCTGGTTATATTTTGACATTAAACC 3380 |||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| Sbjct 3277 GTAGTA---CGCAAGTTTATGTTGTCATGGATAA-TCTGGTTACGTTTTGACATTAAACC 3332 Query 3381 GGTATGCAGATTGCTGAAATTTT-AGATTTTATGGATGACGTTTCCGGTT 3429 ||||||||||||||||| || | |||||| | ||||||||||||||||| Sbjct 3333 GGTATGCAGATTGCTGAG-TTCTCAGATTT-AGGGATGACGTTTCCGGTT 3380 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 129586036065 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5