BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G37500.1
Length=1677
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg482744 jgi|Araly1|482744|fgenesh2_kg.4__1804__AT2G37500.1 2555 0.0
> Ahg482744 jgi|Araly1|482744|fgenesh2_kg.4__1804__AT2G37500.1
Length=1596
Score = 2555 bits (1383), Expect = 0.0
Identities = 1525/1596 (96%), Gaps = 0/1596 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 6 CCAACAGTGAATTTTCTCTGTTACTGTGACTTTCCTCTAGGGTTTAAGGTTTGATTTTCA 65
||||| | || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CCAACGGCGACTTTTCTCTGTCACTGTGACTTTCCTCTAGGGTTTAAGGTTTGATTTTCA 60
Query 66 GACAAAAGTATAATCAATCATTCTGTAACTTAAGGTTTGATATTCAGACAAAAGTACAAT 125
|||||||||| || |||||| |||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 61 GACAAAAGTACAAACAATCAATCTGCAGCTTAAGGTTTGATTTTCAGACAAAAGTACAAT 120
Query 126 CAATTCGGCGATTGGTCTCAGAAGATGCATTCTTGTTCTCATACTCACTTCGTATCTTTC 185
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || |||
Sbjct 121 CAATTCGGCGATTGGTCTCCGAAGATGCATTCTTGTTTTCAAACTCACTTCGTCTCCTTC 180
Query 186 AAGCTTCCTCATTTCTTCGCGCCTAAGAGTTTTGTGGTGTCTTCACGGAGAGAATTAAGA 245
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AAGCTTCCTCATTTTTTCGCGCCTAAGAGTTTTGTGGCATCTTCACGGAGAGAATTAAGA 240
Query 246 GTGTTCGCAGTGGCAACTACCGTCGAGGAGGCGTCCGGTAACATACCAGCGGCTCCGATT 305
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GTGTTCGCAGTGGCAACCACCGTGGAGGAGGCGTCTGGTTACATACCAGCGGCTCCGATT 300
Query 306 TCTCTACCTCAAGGGTCATGGAAACAGATAGCTGGTGGAGTTACAGCTGCTAAAGGGTTT 365
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TCTCTACCTGAAGGGTCATGGAAACAGATAGCTGGTGGAGTTACAGCTGCTAAAGGGTTT 360
Query 366 AAAGCTGCTGGTATGTATGCTGGATTACGAGCTGCAGGGAAGAAACCTGATCTCGCTCTT 425
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 361 AAAGCTGCTGGTATGTATGCTGGTTTACGAGCTGCAGGGAAGAAACCTGATCTTGCTCTT 420
Query 426 GTAACATGTGATGTCGAAGCTGTAGCTGCAGGTGTGTTTACTACTAATGTGGTTGCTGCT 485
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GTAACCTGTGATGTCGAAGCTGTAGCTGCAGGGGTGTTTACTACTAATGTGGTTGCTGCT 480
Query 486 GCTCCTGTAGTTTACTGTAAAAAAGTTCTTGAGACTTCGAAAACGGCTCGTGCAGTGTTG 545
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GCTCCTGTAGTTTACTGCAAAAAAGTTCTTGAGACTTCGAAAACGGCTCGTGCAGTGTTG 540
Query 546 ATCAATGCCGGTCAGGCCAATGCAGCTACGGGTGATGCTGGTTACCAAGATATGTTAGAT 605
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ATCAATGCCGGTCAGGCCAATGCAGCTACGGGTGATGCCGGTTACCAAGATATGTTAGAT 600
Query 606 TGTGTTGGATCTATTGCGACGCTACTTAAAGTGAAGCCAGAGGAAGTGTTAATTGAGTCA 665
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 601 TGTGTTGGATCTATTGCGACGCTACTTAAAGTGAAGCCAGAACAAGTGTTGATTGAGTCA 660
Query 666 ACTGGTGTTATCGGTCAGAGAATAAAAAAGGAAGAGCTTCTCCACGCACTTCCAACTCTA 725
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 661 ACTGGTGTTATTGGTCAGAGAATAAAAAAGGAAGAGCTTCTCCAAGCACTTCCAACCCTA 720
Query 726 GTCAACTCGAGATCAGACTCTGTGGAAGAGGCAGATTCTGCTGCTGTAGCTATCACAACA 785
|||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 721 GTCAACTCGAGATCAGACGCTGTTGAAGAGGCAGACTCTGCTGCTGTAGCAATCACAACA 780
Query 786 ACAGATCTTGTAAGCAAGAGTGTTGCAGTTGAATCACAGGTTGGTGGAATCAAAATTCGA 845
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 781 ACAGATCTTGTAAGCAAGAGTGTTGCAATTGAATCACAGGTTGGTGGAATCATGATTCGA 840
Query 846 GTTGGTGGTATGGCTAAAGGCTCCGGGATGATCCATCCCAATATGGCAACTATGTTAGGT 905
|||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GTTGGTGGTATGGCAAAAGGCTCCGGGATGATCAATCCAAATATGGCAACTATGTTAGGT 900
Query 906 GTCATCACAACAGATGCACTAGTTGAAAGTGATATCTGGAGAAAGATGGTAAAGGTTGCA 965
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GTCATCACAACAGATGCACTAGTTGAAAGTGATATCTGGAGAAAGATGGTAAAGGTTGCA 960
Query 966 GTTAACCGAAGTTTCAACCAGATCACTGTAGATGGAGACACGAGTACTAACGACACAGTC 1025
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 961 GTAAACCGAAGTTTCAACCAGATCACTGTAGATGGAGACACAAGTACTAACGACACAGTC 1020
Query 1026 ATTGCTTTAGCTAGCGGGCTATCTGGATCACCTTCTATATCATCTTTGAACTGTAAAGAA 1085
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1021 ATTGCTTTAGCGAGCGGGCTATCTGGATCACCTTCTATATCATCTTTGAACTGTAACGAA 1080
Query 1086 GCTGCACAGCTTCAGGCATGCCTCGATGCGGTGATGCAAGGACTTGCTAAATCAATAGCT 1145
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1081 GCTTCACAGCTTCAGGCATGCCTCGATGCGGTGATGCAAGGACTGGCTAAATCAATAGCT 1140
Query 1146 TGGGATGGTGAAGGTGCTACATGTCTCATCGAGGTAACTGTTAAAGGAACAGAAACTGAA 1205
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TGGGATGGTGAAGGTGCTACATGTCTCATCGAGGTAACTGTTAAAGGAACAGAAACTGAA 1200
Query 1206 GCAGAAGCAGCGAAAATTGCACGCTCTGTGGCTTCCTCTTCCCTGGTCAAAGCAGCTGTT 1265
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GCAGAAGCAGCGAAAATTGCACGCTCGGTGGCTTCCTCTTCCCTGGTCAAAGCAGCTGTT 1260
Query 1266 TATGGGAGAGATCCAAACTGGGGACGCATAGCTGCAGCTGCTGGCTATGCCGGGGTTTCT 1325
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 TATGGGAGAGATCCAAACTGGGGACGCATAGCTGCAGCTGCTGGCTATGCCGGGGTTTCT 1320
Query 1326 TTTCAGATGGATAAGCTGAAGATATCCCTCGGCGAGTTCTCACTCATGGAGAGTGGTCAA 1385
|| ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 TTCCAGATGGATGAGCTGAAGATATCGCTCGGAGAGTTCTCACTCATGGAGAGTGGTCAA 1380
Query 1386 CCTCTTCCGTTTGACAGGGATGGAGCAAGTAACTACCTCAAGAAAACCGGTGAGGTTCAC 1445
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 1381 CCTCTTCCGTTTGACAGGGATGGAGCCAGTAACTACCTCAGGAAAACTGGTGAGGTTCAC 1440
Query 1446 GGAACAGTTACAATCGATATATCCGTAGGTGATGGTGCAGCCATCGGAAAGGCATGGGGA 1505
||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1441 GGAACGGTTACAATCGATATATCAGTAGGCGAAGGTGCAGTCATCGGAAAGGCATGGGGA 1500
Query 1506 TGCGATCTTAGCTATGACTATGTCAAGATCAACGCTGAGTACACCTCATAGAACTGAGAC 1565
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 1501 TGCGATCTTAGCTATGACTATGTCAAGATCAACGCTGAGTACACTTCATAGGACTGAGAC 1560
Query 1566 CGAGAGACAGAGTTTCATTTACTGTTTTTGTGTTAT 1601
| |||||| ||||||||| |||| || |||||||||
Sbjct 1561 CAAGAGACGGAGTTTCATATACTATTGTTGTGTTAT 1596
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 62886994495
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5