BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G37690.1
Length=2406
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg321477 jgi|Araly1|321477|fgenesh1_pm.C_scaffold_4001534 3155 0.0
> Ahg321477 jgi|Araly1|321477|fgenesh1_pm.C_scaffold_4001534
Length=1938
Score = 3155 bits (1708), Expect = 0.0
Identities = 1866/1941 (96%), Gaps = 15/1941 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 166 ATGTTGCTTTTGAAACAAAGCTCAGCTGCTGTTCTTGTCGTTGGAAATACAACTCCAGTC 225
||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1 ATGTTGCTTCTGAAACAAAGCTCAGCTGCTATTCTTGTCGTTGGGAATACAACACCAGTC 60
Query 226 CTTCACACTTCTCGCTCCACCTACAGAGTTGGACCTTTTCCAGTGACCAGAACGCAGTCG 285
|||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 61 CTTCACACTTCTCGCTTCACCTACAAAGTTGGACCTTTTCCAGTGAGCAGAACGCAGTCG 120
Query 286 TTCCAGAGTTTGACTATGGCAAATTTGCAGAAGCTTCCCACTTCTTCGTCTGGGAAATTG 345
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 121 TTCCAGAGTTTGACTATGGCAAATTTGCAGAAGCTTCCCACTTCTTCATCTGGGAAATTG 180
Query 346 AATACGGCTTCAGCTGTGCCCTGTAGCTCTCACGATGCTTCTCCTATCAGTGAGAATCGC 405
|||||||||||||| ||| |||||||| |||| || |||||||||||||||||||| |
Sbjct 181 AATACGGCTTCAGCGGTGTCCTGTAGCGCTCATGAGGCTTCTCCTATCAGTGAGAAGAAC 240
Query 406 GAGAATAAACATGTCCATGGAGTTTCTGAGAAAATTGTGGGAGTTCTTGGGGGTGGACAA 465
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GAGAATAAACATGTCCATGGAGTTTCTGAGATAATTGTCGGAGTTCTTGGGGGTGGACAA 300
Query 466 TTGGGTCGTATGCTTTGCCAAGCTGCTTCTCAGTTGGCTATCAAAGTGATGATTTTAGAT 525
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TTGGGTCGTATGCTTTGCCAAGCTGCTTCTCAAATGGCTATCAAAGTGATGATTTTAGAT 360
Query 526 CCTTCTA-AAAATTGTTCAGCAAGTGCATTGTCCTACGGTCACATGGTTGATAGCTTTGA 584
||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CCTTC-AGAAAATTGTTCAGCAAGTGCATTGTCGTACGGTCACATGGTTGATAGCTTTGA 419
Query 585 CGACAGTGCTACAGTAGAAGAATTTGCAAAAAGATGTGGAGTCTTAACTGTAGAAATTGA 644
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 420 CGACAGTGTTACAGTAGAAGAATTTGCAAAAAGATGTGGAGTCTTGACTGTAGAAATTGA 479
Query 645 ACATGTTGACGTGGACACACTAGAGAAGCTTGAGAAACAAGGAGTGGATTGCCAACCCAA 704
||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 480 ACATGTTGACGTGGAAACATTGGAGAAGCTTGAGAAACAAGGAGTGGATTGCCAACCAAA 539
Query 705 AGCTTCTACTATTAGGATAATACAGGATAAATACATGCAAAAGGTTCATTTCTCTCAGCA 764
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 540 AGCTTCTACTATCAGGATAATACAGGATAAATACATGCAAAAAGTTCATTTCTCTCAGCA 599
Query 765 TGGCATCCCACTTCCAGAATTTATGGAGATAAGCGATATTGAAGGAGCAAGAAAAGCAGG 824
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TGGCATCCCACTTCCAGAATTTGTGGAGATAGGCGATATTGAAGGAGCAAGAAAAGCAGG 659
Query 825 TGAACTTTTCGGTTACCCTCTTATGATCAAGAGCAAACGATTGGCTTATGATGGACGTGG 884
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 660 TGAACTTTTCGGTTACCCTCTTATGATCAAGAGCAAACGATTGGCCTATGATGGACGTGG 719
Query 885 AAATGCAGTTGCCAACAACCAAGATGAGCTTTCTTCTGCTGTAACGGCTCTTGGAGGTTT 944
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 AAATGCAGTTGCCAACAACCAAGATGAGCTTTCTTCTGCTGTAACGGCTCTTGGAGGTTT 779
Query 945 CAGTCGTGGTTTGTATATTGAGAAATGGGCACCTTTTGTTAAGGAGTTAGCTGTTATTGT 1004
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 780 CAGTCGTGGTTTGTATGTTGAGAAATGGGCACCTTTTGTCAAGGAGTTAGCTGTTATTGT 839
Query 1005 GGCTAGGGGGAGAGATGGTTCTATGGTTTGTTATCCCGTTGTTGAAACCATTCACAGGGA 1064
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 GGCTAGGGGAAGAGATGGTTCTATGGTTTGTTATCCCGTTGTTGAAACCATTCACAGGGA 899
Query 1065 TAACATATGCCATATAGTTAAAGCACCTGCAGATGTGCCTTGGAAGATTAACAAACTTGC 1124
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 900 TAACATATGCCATATAGTTAAAGCACCTGCAGATGTGCCTTGGAAGATCAACAAACTTGC 959
Query 1125 CACCGATGTTGCCCAAAAGGCTGTCGGTTCTTTAGAAGGTGCTGGTGTTTTTGCAGTTGA 1184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 960 CACCGATGTTGCCCAAAAGGCTGTCGGTTCTTTAGAAGGCGCTGGTGTTTTTGCAGTTGA 1019
Query 1185 ACTGTTCTTGACAGAGGATAGTCAGATTC-TGCTAAACGAAGTTGCACCTAGACCACACA 1243
|| ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 GCTATTCTTGACAGAGGATGGTCAGA-TCTTGCTAAACGAAGTTGCACCTAGACCACACA 1078
Query 1244 ACAGTGGCCATCAAACGATCGAGTGCTGTTATACTTCACAGTTTGAACAACACTTGCGAG 1303
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 ACAGTGGCCATCAAACGATCGAGTGCTGTTATACTTCACAGTTTGAACAACACTTGCGAG 1138
Query 1304 CTGTGGTTGGTCTTCCACTTGGTGATCCGTCAATGAGAACTCCGGCGTCCATTATGTACA 1363
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 CTGTGGTTGGTCTTCCACTCGGTGATCCGTCAATGAGAACTCCGGCGTCCATTATGTACA 1198
Query 1364 ATATTCTGGGAGAAGATGATG-----GA-G-A-A-GCAGGTTTCAAATTGGCTCATCGGC 1414
||||||||||||||||||||| || | | | || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 ATATTCTGGGAGAAGATGATGTAATTGATGGAGAAGCTGGTTTCAAATTGGCTCATCGGC 1258
Query 1415 TTATTGCAAGGGCTCTGTGTATTCCAGGTGCATCTGTTCATTGGTATGACAAGCCAGAAA 1474
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 TTATTGCAAGGGCTCTGTGTATTCCAGGTGCATCTGTTCATTGGTATGACAAGCCAGAAA 1318
Query 1475 TGAGAAAGCAGAGAAAGATGGGTCACATCACTCTTGTTGGGCAGTCTATGGGCATTTTGG 1534
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1319 TGAGAAAGCAGAGGAAGATGGGTCACATCACTCTTGTTGGGCAGTCTATGGGTGTTTTGG 1378
Query 1535 AACAAAGGTTACAATGCATATTAAGTGAGCAAAGCCACCAAGTACACGAGACACCTCGTG 1594
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1379 AACAAAGGTTACATTGCATATTAAGTGAGCAAAGCCACCAAGTACACGAGACAGCTCGTG 1438
Query 1595 TTGCTATCATCATGGGTTCAGACACGGATCTTCCTGTTATGAAGGATGCTGCCAAAATTC 1654
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 TTGGTATCATCATGGGTTCAGACACGGATCTTCCTGTTATGAAGGATGCTGCCAAAATTC 1498
Query 1655 TGGACCTGTTTGGTGTGACACATGAGGTAAAGATAGTTTCTGCTCATCGCACCCCAGAGA 1714
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1499 TGGACCTGTTTGGTGTGACACATGAGGTAAGGATAGTTTCTGCTCATCGCACCCCGGAGA 1558
Query 1715 TGATGTATACATATGCAACCTCAGCTCATAGTCGAGGCGTTCAAGTCATTATTGCAGGTG 1774
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1559 TGATGTTTACATATGCAACCTCAGCTCATAGTCGAGGCGTTCAAGTCATCATTGCAGGTG 1618
Query 1775 CTGGTGGTGCTGCTCACTTACCAGGTATGGTTGCTTCACTCACTCCTTTGCCTGTGATTG 1834
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 CTGGTGGTGCTGCTCACTTACCAGGTATGGTTGCTTCACTCACTCCTTTGCCTGTGATTG 1678
Query 1835 GTGTCCCTGTCCGTGCTACCCGTTTGGATGGAGTTGATTCACTTCTTTCCATCGTTCAGA 1894
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 GTGTCCCTGTCCGTGCTACCCGTTTGGATGGAGTTGATTCACTTCTTTCCATCGTTCAGA 1738
Query 1895 TGCCTAGAGGTGTTCCTGTTGCGACAGTTGCAATAAACAATGCGACCAACGCAGCCTTGC 1954
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 TGCCTAGAGGTGTTCCTGTTGCGACAGTTGCAATAAACAATGCGACCAACGCAGCCTTGC 1798
Query 1955 TTGCAGTTCGGATGTTGGGAATCTCTGATACGGATCTTGTCTCAAGGATGAGGCAGTACC 2014
||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 TTGCAGTCCGAATGTTGGGAATCTCCGATACTGATCTTGTCTCAAGGATGAGGCAGTACC 1858
Query 2015 AGGAAGACATGAGAGATGAGAACCTGAATAAAGGA-GAGAAACTGGAGACAGAAGGTTGG 2073
|||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 1859 AGGAAGACATGAGAGATGAGAACCTGGATAAAG-ATGAGAAACTTGAGACAAAAGGTTGG 1917
Query 2074 GAATCATATTTGAACCAGTGA 2094
||||| |||||||||||||||
Sbjct 1918 GAATCGTATTTGAACCAGTGA 1938
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 90654783100
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5