BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G38280.1
Length=2835
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg482837 jgi|Araly1|482837|fgenesh2_kg.4__1897__AT2G38280.2 4451 0.0
> Ahg482837 jgi|Araly1|482837|fgenesh2_kg.4__1897__AT2G38280.2
Length=2837
Score = 4451 bits (2410), Expect = 0.0
Identities = 2719/2860 (95%), Gaps = 54/2860 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GCCACTAAAACGAAATCGTGGTCTTACTCTCTCTTCTGAGTTCTGACCTGAGCACACACA 60
|||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||
Sbjct 1 GCCACTAAAACGAAATCGTGGTCTTA--CTCTC-TC----TTCTGACCTGAGCTCACACA 53
Query 61 CAGAGATTTTGA-T-TG--TGTCACTCATGGAACCCAATATTTACCAACTTGCCCTCGCG 116
| ||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 54 C--AGATTTTGATTGTGTCTGTCACTCATGGAACCCAATATTTACCAACTTGCCCTCGCG 111
Query 117 GCTCTATTCGGAGCTTCCTTCGTTGCTGTTTCTGGGTTTTTCATGCATTTCAAGGCACTG 176
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 112 GCTCTCTTTGGAGCTTCCTTCGTTGCTGTTTCTGGGTTTTTCATGCATTTCAAGGCACTG 171
Query 177 AATCTAGTCCTTGAGCGTGGTAAGGAGCGTAAAGAGAACCCTGATGGAGACGAGCCTCAA 236
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 172 AATCTAGTCCTTGAGCGTGGTAAGGAGCGTAAAGAGAACCCTGAAGGAGACGAGCCTCAA 231
Query 237 AATCCGACCTTGGTGAGGCGGCGGAGCCAAGTTAGAAGGAAGGTTAATGACCAATATGGT 296
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||
Sbjct 232 AATCCGACCTTGGTGAGACGGCGGAGCCAAGTTAGAAGGAAGGGTATTGACCAATACGGT 291
Query 297 CGCAGTCCTGCTTCTCTTCCAGATGCCACTCCTTTTACCGATGGTggcggcggcggcggc 356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 292 CGCAGTCCTGCTTCTCTTCCAGATGCCACTCCTTTTACCGA---T------GGCGGCGGT 342
Query 357 ggTGATACAGGACGGAGCAACGGTCACGTTTATGTCGATGAAATTCCTCCTGGTCTCCCT 416
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 343 GGTGATACAGGTCGGAGCAACGGTCACGTTTATGTCGATGAAATCCCTCCTGGTCTCCCG 402
Query 417 AGGCTTCATACGCCATCTGAAGGGAGAGCTTCTGTACATGGAGCTAGTAGTATCAGGAAA 476
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 403 AGGCTTCATACGCCATCTGAGGGGAGAGCTTCAGTACATGGAGCTAGTAGTATCAGGAAA 462
Query 477 ACTGGAAGCTTTGTTAGACCAATATCTCCGAAATCCCCTGTTGCTAGTGCTAGTGCTTTT 536
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 463 ACTGGAAGCTTTGTTAGACCAATCTCTCCGAAATCCCCTGTTGCTAGTGCTAGTGCTTTT 522
Query 537 GAGAGTGTGGAAGAATCAGATGATGATGATAATTTGACTAATAGTGAGGGTTTAGATGCT 596
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 523 GAGAGTGTGGAAGAATCAGATGATGATGATAATTTGACTAATAGTGAGGGTTTAGATGCT 582
Query 597 TCCTACTTGCAAGCTAATGGTGACAATG-A-----GATGCCTGCAGATGCTAATGAAGAA 650
|||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| |||||| ||||||||
Sbjct 583 TCCTACTTGCAAGCTAATGGTGACAATGAATTGGTGAAGCCTGTAGATGCCAATGAAGAG 642
Query 651 CAAATATCTATGGCTGCTTCAAGTATGATTCGATCCCATAGTGTGTCTGGTGACTTACAT 710
||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 643 CAAATATCTATGGTTGCTTCAAGTATGATTCGATCACACAGTGTGTCTGGTGACTTACAT 702
Query 711 GGAGTTCAGCCTGATCCTATTGCTGCTGACATTCTTCGTAAGGAGCCAGAGCAAGAGACC 770
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 703 GGAGTTCAGCCTGATCCTATTGCCGCTGATATTCTTCGTAAGGAGCCAGAGCAAGAGACC 762
Query 771 TTTGTCCGTCTTAATGTTCCTCTTGAGGTGCCAACGTCCGATGAAGTTGAAGCCTATAAA 830
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 763 TTTGTCCGTCTTAATGTTCCTCTTGAGGTGCCAACGTCCGATGAAGTTGAAGCCTATAAA 822
Query 831 TGTCTGCAAGAATGTCTTGAACTGCGGAAGAGGTATGTCTTCCAAGAAACAGTTGCACCA 890
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 823 TGTCTGCAAGAATGTCTTGAACTGCGGAAGAGGTATGTCTTCCAAGAAACAGTTGCGCCA 882
Query 891 TGGGAAAAAGAAGTCATATCTGATCCTAGTACTCCAAAGCCTAATACAGAGCCATTTGCA 950
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 883 TGGGAAAAAGAAGTCATATCTGATCCTAGTACTCCAAAGCCTAATACAGAGCCATTTGCA 942
Query 951 CACTATCCTCAGGGAAAATCTGATCATTGTTTTGAGATGCAAGATGGGGTTGTCCACGTG 1010
|||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 943 CACTATCCTCAGGGAAAAACTGATCATTATTTTGAGATGCAAGATGGGGTAGTCCACGTG 1002
Query 1011 TTTGCAAATAAAGATGCAAAAGAAGATCTCTTCCCGGTAGCTGATGCCACAGCGTTTTTC 1070
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1003 TTTGCAAATAAAGATGCAAAAGAAGAGCTCTTCCCGGTAGCTGATGCCACAGCGTTTTTC 1062
Query 1071 ACTGACTTGCATCACGTACTCAAAGTCATAGCTGCAGGAAACATCCGGACTTTGTGCCAC 1130
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1063 ACTGACTTGCATCATGTACTCAAAGTCATAGCTGCAGGAAACATCCGGACTTTGTGCCAC 1122
Query 1131 CGTCGACTAGTGCTCCTAGAACAGAAATTTAATCTCCATTTGATGCTTAATGCGGATAAA 1190
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1123 CGTCGACTAGTGCTCCTAGAACAGAAATTCAATCTCCATTTGATGCTTAATGCGGATAAA 1182
Query 1191 GAATTTCTTGCTCAAAAAAGTGCACCACATCGTGATTTTTATAACGTTAGGAAAGTCGAC 1250
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1183 GAATTTCTTGCTCAAAAAAGTGCACCACATCGTGATTTTTATAACGTTAGGAAAGTCGAC 1242
Query 1251 ACTCATGTGCATCATTCAGCTTGCATGAACCAGAAACACCTTTTAAGGTTTATTAAGTCA 1310
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1243 ACTCATGTTCATCACTCAGCTTGCATGAACCAGAAACACCTTTTAAGGTTTATCAAGTCA 1302
Query 1311 AAGCTCCGGAAAGAACCCGATGAGGTTGTAATATTCCGAGATGGAACATATTTGACCTTG 1370
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1303 AAGCTCCGGAAAGAACCCGATGAGGTTGTAATATTCCGAGATGGGACATATTTGACCTTG 1362
Query 1371 AGAGAAGTTTTTGAGAGCCTGGATCTGACTGGATATGACCTGAACGTCGACCTTTTGGAT 1430
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1363 AAAGAAGTTTTTGAGAGCCTGGATCTGACTGGATATGACCTGAACGTCGACCTTTTGGAT 1422
Query 1431 GTTCATGCAGACAAAAGTACCTTTCATCGTTTTGATAAGTTCAACCTAAAGTATAACCCT 1490
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||
Sbjct 1423 GTTCATGCAGACAAAAGTACCTTTCATCGTTTTGATAAGTTTAACCTTAAGTATAATCCT 1482
Query 1491 TGTGGTCAAAGTAGGCTTAGGGAGATTTTCCTTAAACAGGATAATCTCATCCAAGGTCGA 1550
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1483 TGTGGTCAAAGTAGGCTTAGGGAGATTTTCCTTAAACAGGATAATCTCATCCAAGGTCGA 1542
Query 1551 TTTCTTGGTGAGATAACAAAGCAAGTCTTCTCTGACCTTGAAGCTAGTAAATATCAGATG 1610
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1543 TTTCTTGGTGAGATAACAAAGCAAGTCTTCTCTGACCTTGAAGCTAGTAAATATCAGATG 1602
Query 1611 GCTGAATACAGAATATCTATATATGGCAGAAAAATGAGCGAGTGGGACCAACTCGCTAGT 1670
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1603 GCCGAATACAGAATATCTATATATGGCAGAAAAATGAGCGAGTGGGACCAACTGGCTAGT 1662
Query 1671 TGGATTGTGAACAATGATCTATACAGTGAGAATGTTGTCTGGTTAATTCAGCTCCCACGC 1730
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1663 TGGATTGTGAACAATGATCTATACAGCGAGAATGTTGTCTGGTTAATTCAGCTCCCACGC 1722
Query 1731 TTGTACAACATTTACAAGGACATGGGTATTGTGACATCGTTCCAGAATATCCTGGACAAT 1790
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1723 TTGTACAACATTTACAAGGACATGGGTATTGTGACATCTTTCCAGAATATCCTTGACAAT 1782
Query 1791 ATATTCATTCCTCTGTTTGAAGCCACGGTAGATCCTGATTCCCATCCTCAGCTCCATGtt 1850
|| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1783 ATTTTCATTCCTCTGTTTGAAGCCACGATAGATCCCGATTCCCATCCCCAGCTCCATGTT 1842
Query 1851 tttttGAAGCAGGTTGTTGGATTTGATTTGGTTGATGATGAAAGCAAACCTGAAAGACGT 1910
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1843 TTTTTGAAGCAGGTTGTTGGATTTGATTTGGTTGATGATGAAAGCAAACCTGAAAGACGG 1902
Query 1911 CCCACAAAACACATGCCCACTCCAGCTCAATGGACTAACGCATTCAATCCTGCATTTTCG 1970
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1903 CCCACAAAACATATGCCCACTCCAGCTCAATGGACTAACGCGTTCAATCCTGCATTTTCA 1962
Query 1971 TATTATGTCTACTATTGTTATGCTAACCTCTATGTGTTAAATAAGCTTCGAGAGTCAAAG 2030
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1963 TACTATGTCTACTATTGTTATGCTAACCTCTATGTGCTAAATAAGCTTCGGGAGTCAAAG 2022
Query 2031 GGCATGACTACTATCACGCTACGACCACATTCTGGAGAGGCTGGTGACATTGACCACTTG 2090
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2023 GGCATGACTACCATCACGCTACGGCCACATTCTGGAGAGGCTGGTGACATTGACCACTTG 2082
Query 2091 GCTGCTACGTTTCTAACATGCCATAGCATCGCACATGGAATCAATCTGCGAAAGTCTCCT 2150
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2083 GCTGCTACGTTTCTCACATGCCATAGCATCGCACATGGAATCAATCTGCGGAAGTCTCCT 2142
Query 2151 GTGCTTCAGTATCTGTACTACCTCGCCCAGATTGGTCTGGCCATGTCACCACTGAGCAAC 2210
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2143 GTGCTTCAGTATCTCTACTACCTCGCCCAGATTGGTCTGGCCATGTCTCCACTGAGCAAC 2202
Query 2211 AACTCTTTGTTTCTAGATTACCACCGGAACCCGTTTCCTGTGTTTTTCTTAAGAGGTCTC 2270
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2203 AACTCTTTGTTTCTAGATTACCACCGAAACCCGTTTCCTGTGTTTTTCTTGAGAGGTCTC 2262
Query 2271 AATGTTTCTCTGTCTACTGATGACCCCCTTCAGATTCACTTAACTAAAGAACCTCTCGTG 2330
|||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2263 AATGTTTCCCTGTCTACGGATGATCCCCTTCAGATTCACTTAACTAAAGAACCTCTCGTG 2322
Query 2331 GAAGAGTATAGCATAGCTGCATCAGTTTGGAAGCTGAGTGCGTGTGACCTGTGCGAGATA 2390
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2323 GAAGAGTATAGCATAGCTGCCTCAGTTTGGAAGCTGAGTGCGTGTGACCTGTGCGAGATA 2382
Query 2391 GCTCGTAACTCAGTGTACCAGTCAGGTTTCTCACACGCCCTGAAGTCGCACTGGATTGGA 2450
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2383 GCTCGTAACTCAGTGTACCAGTCAGGTTTCTCACATGCCCTGAAGTCGCACTGGATTGGA 2442
Query 2451 AAAGATTACTACAAAAGAGGACCTGATGGAAACGACATTCACAAAACAAACGTGCCACAC 2510
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 2443 AAAGACTACTACAAAAGAGGACCTGATGGAAACGATATTCACAAAACAAATGTGCCTCAC 2502
Query 2511 ATAAGGGTGGAGTTCCGTGACACGATCTGGAAAGAGGAGATGCAACAGGTTTATCTGGGC 2570
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2503 ATAAGGGTGGAGTTCCGGGACACGATTTGGAAAGAGGAGATGCAACAGGTTTATCTGGGC 2562
Query 2571 AAGGCTGTTATCTCTGATGAAGTTGTTCCATAAAAACCACAATCAGAAATGGCAA-G--- 2626
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 2563 AAGGCTGTTATCTCAGATGAAGTTGTTCCGTAAAAACCGCAATCAGAAATGGCAACGTTT 2622
Query 2627 A-----C-A---T-TG-CAGGGGAACAAAGAGAGCATTT---T-GAGAAGTATACGAAAG 2671
| | | | | |||| |||||||||||||| | |||||||||||||| |
Sbjct 2623 AAGAATCCAACATATTTCAGGAGAACAAAGAGAGCAAGCAGCTAGAGAAGTATACGAA-G 2681
Query 2672 CAGGAACCTAGTAGATAGGGTAATAATATGAGTGGCTCTGTGCCCTGAGAAAGCGATTAG 2731
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2682 CAGGAACCTAGTAGATAGGGTAATAATATGAGTGGCTCTGTGCCCTGAGAAAGCGATTTG 2741
Query 2732 GCTGTGCCAAAATCTTATTGTTTTATAAAGCTTTTTAGATAATGAGA--TACAAAGAGAC 2789
||||| | || || |||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 2742 GCTGT-C-AA--TCATATTGTCTTATAAAGCTTTTTAGATAAAGAGAGATACAAAGAGAC 2797
Query 2790 CAGTTGAGAACCGGTTTTAATATAATGGATTTCAGTTTTT 2829
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2798 TAGTTGAGAACCGGTTTTAATATAATGGATTTCAGTTTTT 2837
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106995498205
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5