BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G38330.1
Length=1753
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg497252 jgi|Araly1|497252|fgenesh2_kg.96__1__AT2G38330.1 2170 0.0
Ahg482844 jgi|Araly1|482844|fgenesh2_kg.4__1904__AT2G38330.1 1544 0.0
Ahg952620 jgi|Araly1|952620|scaffold_9600001.1 638 0.0
> Ahg497252 jgi|Araly1|497252|fgenesh2_kg.96__1__AT2G38330.1
Length=1313
Score = 2170 bits (1175), Expect = 0.0
Identities = 1256/1296 (97%), Gaps = 2/1296 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 393 GGTTCTGCGGAATTAGCTGCAGTAGGAGTGTCAGTTTCTGTATTCAATTTGGTGTCGAAG 452
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GGTTCTGCAGAATTAGCTGCAGTAGGAGTATCAGTTTCTGTATTCAATTTGGTGTCGAAG 60
Query 453 CTCTTCAATGTTCCTTTACTAAATGTCACAACATCGTTTGTTGCGGAGGAGCAAGCAATT 512
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTCTTCAATGTTCCTTTGCTAAATGTCACAACATCGTTTGTTGCGGAGGAGCAAGCAATT 120
Query 513 GCTGCTAAGGATGATAATGATTCTATAGAAACAAGCAAGAAAGTGCTGCCTTCGGTTTCA 572
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 121 GCTGCTAAGGATGATAGTGATTCTATAGAAACAAGCAAGAAAGTGCTGCCTTCTGTTTCA 180
Query 573 ACTTCATTAGTTCTTGCTGCTGGAGTTGGTATTGCAGAGGCCATTGCGCTATCTCTCGGG 632
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 181 ACATCTTTAGTTCTTGCTGCTGGAGTTGGTATTGCAGAGGCGATTGCGCTATCTCTCGGC 240
Query 633 TCTGATTTCTTGATGGATGTCATGGCTATACCTTTTGATTCACCAATGCGGATACCAGCA 692
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TCTGATTTCTTGATGGACGTCATGGCTATACCTTTTGATTCACCAATGCGGATACCAGCA 300
Query 693 GAGCAGTTCCTCAGACTTCGAGCGTATGGTGCACCACCAATTGTTGTTGCATTGGCTGCG 752
|||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 301 GAGCAGTTCCTCAGACTTAGAGCGTATGGGGCACCACCAATTGTAGTTGCATTGGCTGCG 360
Query 753 CAAGGAGCTTTTCGAGGTTTCAAGGACACAACAACGCCTCTATATGCCGTTGTTGCGGGG 812
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 361 CAAGGAGCTTTTCGAGGTTTCAAAGACACAACAACGCCTCTATATGCCGTTGTTGCAGGG 420
Query 813 AATGTACTTAATGCGGTATTGGATCCAATCCTGATATTTGTCCTTGGTTTTGGTATCTCT 872
||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AATGTTCTTAATGCGATATTAGATCCAATCCTGATATTTGTCCTTGGTTTTGGTATCTCT 480
Query 873 GGTGCTGCGGCTGCTACTGTGATTTCTGAATACTTGATTGCATTTATTCTTCTATGGAAG 932
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 481 GGTGCTGCAGCTGCTACCGTGATTTCTGAATACTTGATTGCATTTATTCTTCTGTGGAAG 540
Query 933 TTGAATGAGAATGTAGTTTTGCTCTCTCCTCAAATCAAAGTGGGAAGAGCCAACCAGTAC 992
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TTGAATGAGAATGTAGTTTTGCTCTCTCCTCAAATCAAAGTGGGAAGAGCCAACCAGTAC 600
Query 993 CTCAAATCAGGTGGGCTTCTCATTGGTAGAACGGTGGCTTTGCTTGTGCCATTCACATTA 1052
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CTCAAATCAGGTGGGCTTCTGATTGGTAGAACGGTGGCTTTGCTTGTGCCATTCACATTA 660
Query 1053 GCTACTTCGTTAGCAGCTCAAAATGGACCCACTCAAATGGCTGGCCATCAAATCGTCTTG 1112
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GCTACTTCGTTAGCAGCTCAAAATGGACCCACTCAAATGGCTGGCCATCAAATCGTCTTG 720
Query 1113 GAAATCTGGTTGGCTGTCTCTTTACTCACCGATGCTTTAGCCATTGCTGCACAGAGTCTT 1172
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GAAGTCTGGTTGGCTGTCTCTTTACTCACCGATGCTTTAGCCATTGCTGCACAGAGTCTT 780
Query 1173 CTTGCCACCACTTACTCTCAAGGAGAATACAAACAAGCCCGGGAAGTTCTCTTCGGAGTC 1232
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 781 CTTGCCACCACTTTCTCTCAAGGAGAATACAAACAAGCCCGGGAAGTTATCTTCGGAGTC 840
Query 1233 CTTCAAGTAGGTTTAGCAACTGGAACTGGTTTGGCTGCTGTATTGTTCATCACTTTCGAA 1292
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 CTTCAAGTAGGATTAGCAACTGGAACTGGTTTGGCTGCTGTATTGTTCATCACTTTCGAA 900
Query 1293 CCATTTTCAAGCTTATTCACAACGGATTCAGAAGTTTTAAAGATTGCTTTGTCAGGGACC 1352
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 CCATTTTCAAGCTTATTCACAACGGATTCAGAAGTTCTAAAGATTGCTTTGTCAGGGACC 960
Query 1353 TTATTTGTGGCTGGATCTCAACCGGTGAATGCTCTAGCGTTTGTTTTGGATGGGCTCTAT 1412
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 961 TTGTTTGTGGCTGGATCTCAACCGGTGAATGCTCTAGCGTTTGTTTTGGATGGGCTTTAT 1020
Query 1413 TATGGTGTCTCTGACTTCGGATTTGCCGCTTATTCTATGGTGATTGTCGGATTCATATCT 1472
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 1021 TATGGTGTCTCTGACTTTGGATTTGCCGCCTATTCTATGGTGATTCTCGGATTAATATCT 1080
Query 1473 TCCTTGTTCATGCTTGTGGCTGCACCAACGTTTGGCCTTGCCGGGATCTGGACTGGTTTG 1532
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 TCCTTGTTCATGCTTGTGGCTGCACCAACGTTTGGCCTTGCCGGGATCTGGACTGGTTTA 1140
Query 1533 TTCCTCTTCATGGCGTTGCGGTTGGTTGCTGGAGCCTGGAGATTGGGGACAAGAACCGGT 1592
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TTCCTCTTCATGGCATTGCGGTTGGTTGCCGGAGCCTGGAGATTGGGGACAAGAACCGGT 1200
Query 1593 CCATGGAAAATGCTATGGTCTGCTCCAGAGAAGCCAGAATGA-AGCGGATCACTGTTTTT 1651
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||
Sbjct 1201 CCATGGAAAATGCTGTGGTCTGCTCCAGAGAAGCCAGAATGAGA-CGGATCGCTGTTTTT 1259
Query 1652 TGCGGTATGATGCGTGACTCTTAAGTTAAGATAAAT 1687
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TGCGGTATGATGCGTGACTCTTAAGTTAAGATAAAT 1295
> Ahg482844 jgi|Araly1|482844|fgenesh2_kg.4__1904__AT2G38330.1
Length=1797
Score = 1544 bits (836), Expect = 0.0
Identities = 898/928 (97%), Gaps = 3/928 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 805 TTGCGGGGAATGTACTTAATGCGGTATTGGATCCAATCCTGATATTTGTCCTTGGTTTTG 864
||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 872 TTGCGGGGAATGTTCTTAATGCGATATTAGATCCAATCCTGATATTTGTCCTTGGTTTTG 931
Query 865 GTATCTCTGGTGCTGCGGCTGCTACTGTGATTTCTGAATACTTGATTGCATTTATTCTTC 924
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 932 GTATCTCTGGTGCTGCAGCTGCTACCGTGATTTCTGAATACTTGATTGCATTTATTCTTC 991
Query 925 TATGGAAGTTGAATGAGAATGTAGTTTTGCTCTCTCCTCAAATCAAAGTGGGAAGAGCCA 984
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 992 TGTGGAAGTTGAATGAGAATGTAGTTTTGCTCTCTCCTCAAATCAAAGTGGGAAGAGCCA 1051
Query 985 ACCAGTACCTCAAATCAGGTGGGCTTCTCATTGGTAGAACGGTGGCTTTGCTTGTGCCAT 1044
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1052 ACCAGTACCTCAAATCAGGTGGGCTTCTGATTGGTAGAACGGTGGCTTTGCTTGTGCCAT 1111
Query 1045 TCACATTAGCTACTTCGTTAGCAGCTCAAAATGGACCCACTCAAATGGCTGGCCATCAAA 1104
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1112 TCACATTAGCTACTTCGTTAGCAGCTCAAAATGGACCCACTCAAATGGCTGGCCATCAAA 1171
Query 1105 TCGTCTTGGAAATCTGGTTGGCTGTCTCTTTACTCACCGATGCTTTAGCCATTGCTGCAC 1164
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1172 TCGTCTTGGAAGTCTGGTTGGCTGTCTCTTTACTCACCGATGCTTTAGCCATTGCTGCAC 1231
Query 1165 AGAGTCTTCTTGCCACCACTTACTCTCAAGGAGAATACAAACAAGCCCGGGAAGTTCTCT 1224
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1232 AGAGTCTTCTTGCCACCACTTTCTCTCAAGGAGAATACAAACAAGCCCGGGAAGTTATCT 1291
Query 1225 TCGGAGTCCTTCAAGTAGGTTTAGCAACTGGAACTGGTTTGGCTGCTGTATTGTTCATCA 1284
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1292 TCGGAGTCCTTCAAGTAGGATTAGCAACTGGAACTGGTTTGGCTGCTGTATTGTTCATCA 1351
Query 1285 CTTTCGAACCATTTTCAAGCTTATTCACAACGGATTCAGAAGTTTTAAAGATTGCTTTGT 1344
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1352 CTTTCGAACCATTTTCAAGCTTATTCACAACGGATTCAGAAGTTCTAAAGATTGCTTTGT 1411
Query 1345 CAGGGACCTTATTTGTGGCTGGATCTCAACCGGTGAATGCTCTAGCGTTTGTTTTGGATG 1404
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1412 CAGGGACCTTGTTTGTGGCTGGATCTCAACCGGTGAATGCTCTAGCGTTTGTTTTGGATG 1471
Query 1405 GGCTCTATTATGGTGTCTCTGACTTCGGATTTGCCGCTTATTCTATGGTGATTGTCGGAT 1464
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1472 GGCTTTATTATGGTGTCTCTGACTTTGGATTTGCCGCCTATTCTATGGTGATTGTCGGAT 1531
Query 1465 TCATATCTTCCTTGTTCATGCTTGTGGCTGCACCAACGTTTGGCCTTGCCGGGATCTGGA 1524
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1532 TCATATCTTCCTTGTTCATGCTTGTGGCTGCACCAACGTTTGGCCTTGCCGGGATCTGGA 1591
Query 1525 CTGGTTTGTTCCTCTTCATGGCGTTGCGGTTGGTTGCTGGAGCCTGGAGATTGGGGACAA 1584
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1592 CTGGTTTATTCCTCTTCATGGCATTGCGGTTGGTTGCCGGAGCCTGGAGATTGGGAACAA 1651
Query 1585 GAACCGGTCCATGGAAAATGCTATGGTCTGCTCCAGAGAAGCCAGAATGA-AGCGGATCA 1643
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1652 GAACCGGTCCATGGAAAATGCTGTGGTCTGCTCCAGAGAAGCCAGAATGAGAG-GGATCG 1710
Query 1644 CTGTTTTTTGCGGTATGATGCGTGACTCTTAAGTTAAGATAAATGAAAATGGAGTAAACT 1703
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1711 TTGTTTTTTGCGGTATGATGCGTGACTCTTAAGTTAAGATAA-TGAAAATGTAGTAAACT 1769
Query 1704 AACAATGTAAAAAACATAGTCTCATAGT 1731
|||| ||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1770 AACAGTGTAAAAAACAGAGTCTTATAGT 1797
Score = 1140 bits (617), Expect = 0.0
Identities = 760/825 (92%), Gaps = 26/825 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GAACATCAACATGTGGCTCTCTTTCTTCCTCCTCCGCCGAGATTTTTCTCCGTCTCTC-G 59
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GAACATCATCATGTGGCTCTCTTTCTTCCTCCTCCGCCGAGATTTTTCTCCGTCTCTCTC 60
Query 60 TTCTCCGCAATGGCGGCGGTCGCTACCTCCTTCTGTTTCTCTCCCCATCGATCGCCG--- 116
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 61 TTCTCCGCAATGGCGGCGGTCGCAACCTCCTTCTGTTTCTCTCCCCTTCGATCGCCGTCA 120
Query 117 ----------T-CAC---GTTT-TGGAAACCCTAATTCATCCATTCGAAGAACAATCGTC 161
| ||| ||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 121 CTTTTCCAACTCCACAATCTTTCTCTAAACCCTAATTCATCGATTCGAAGAACAATCCTC 180
Query 162 TGTAAATCATCTCCTCGCGATGAATCTCCAGCCGTCTCCACTTCTTCTCAGCGACCGGAA 221
||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| || ||||||||| ||||||||||
Sbjct 181 TGTAAATCATCGCCTCGCGATGAATCTCCCGCCGTCACCGCTTCTTCTCGGCGACCGGAA 240
Query 222 AAGCAGCAGAATCCT-CT-GACTTCACAGAATAAACCGGATCATGATCACAAACCGGATC 279
|| ||||||||| || | || || | |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 241 AAACAGCAGAAT-CTAGTGGA-ATCTC---CCAAACCGGATCCTGATCACAAACCGGATC 295
Query 280 CTGGGATTGGTAAAATTGGAATGGAGATAATGTCAATTGCATTACCTGCTGCATTAGCTT 339
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 296 CTGGGATTGGTAAAATTGGAATGGAGATTATGTCAATTGCCTTACCTGCTGCTTTAGCTT 355
Query 340 TAGCTGCTGATCCTATAACATCTCTTGTCGACACTGCCTTCGTTGGCCATATTGGTTCTG 399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 356 TAGCTGCTGATCCTATAACATCTCTTGTCGACACTGCCTTCGTTGGCCATATTGGTTCTG 415
Query 400 CGGAATTAGCTGCAGTAGGAGTGTCAGTTTCTGTATTCAATTTGGTGTCGAAGCTCTTCA 459
| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 416 CAGAATTAGCTGCAGTAGGAGTATCAGTTTCTGTATTCAATTTGGTGTCGAAGCTCTTCA 475
Query 460 ATGTTCCTTTACTAAATGTCACAACATCGTTTGTTGCGGAGGAGCAAGCAATTGCTGCTA 519
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 476 ATGTTCCTTTGCTAAATGTCACAACATCGTTTGTTGCGGAGGAGCAAGCAATTGCTGCTA 535
Query 520 AGGATGATAATGATTCTATAGAAACAAGCAAGAAAGTGCTGCCTTCGGTTTCAACTTCAT 579
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |
Sbjct 536 AGGATGATAGTGATTCTATAGAAACAAGCAAGAAAGTGCTGCCTTCTGTTTCAACATCTT 595
Query 580 TAGTTCTTGCTGCTGGAGTTGGTATTGCAGAGGCCATTGCGCTATCTCTCGGGTCTGATT 639
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 596 TAGTTCTTGCTGCTGGAGTTGGTATTGCAGAGGCGATTGCGCTATCTCTCGGCTCTGATT 655
Query 640 TCTTGATGGATGTCATGGCTATACCTTTTGATTCACCAATGCGGATACCAGCAGAGCAGT 699
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 656 TCTTGATGGACGTCATGGCTATACCTTTTGATTCACCAATGCGGATACCAGCAGAGCAGT 715
Query 700 TCCTCAGACTTCGAGCGTATGGTGCACCACCAATTGTTGTTGCATTGGCTGCGCAAGGAG 759
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 716 TCCTCAGACTTAGAGCGTATGGTGCACCACCAATTGTAGTGGCATTGGCTGCGCAAGGAG 775
Query 760 CTTTTCGAGGTTTCAAGGACACAACAACGCCTCTATATGCCGTTG 804
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 776 CTTTTCGAGGTTTCAAAGACACAACAACGCCTCTATATGCAGTTG 820
> Ahg952620 jgi|Araly1|952620|scaffold_9600001.1
Length=480
Score = 638 bits (345), Expect = 0.0
Identities = 373/387 (96%), Gaps = 0/387 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 283 GGATTGGTAAAATTGGAATGGAGATAATGTCAATTGCATTACCTGCTGCATTAGCTTTAG 342
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 9 GGATTGGTAAAATTGGAATGGAGATTATGTCAATTGCCTTACCTGCTGCATTAGCTTTAG 68
Query 343 CTGCTGATCCTATAACATCTCTTGTCGACACTGCCTTCGTTGGCCATATTGGTTCTGCGG 402
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 69 CTGCTGATCCTATAACATCTCTTGTCGACACTGCCTTCGTTGGCCATATTGGTTCTGCAG 128
Query 403 AATTAGCTGCAGTAGGAGTGTCAGTTTCTGTATTCAATTTGGTGTCGAAGCTCTTCAATG 462
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 129 AATTAGCTGCAGTAGGAGTCTCAGTTTCTGTATTCAATTTGGTGTCGAAGCTCTTCAATG 188
Query 463 TTCCTTTACTAAATGTCACAACATCGTTTGTTGCGGAGGAGCAAGCAATTGCTGCTAAGG 522
||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 189 TTCCTTTGCTAAACGTCACAACATCGTTTGTTGCGGAGGAGCAAGCAATTGCTGCTAAAG 248
Query 523 ATGATAATGATTCTATAGAAACAAGCAAGAAAGTGCTGCCTTCGGTTTCAACTTCATTAG 582
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 249 ATGATAATGATTCTACGGAAACAAGCAAGAAAGTGCTGCCTTCTGTTTCAACATCATTAG 308
Query 583 TTCTTGCTGCTGGAGTTGGTATTGCAGAGGCCATTGCGCTATCTCTCGGGTCTGATTTCT 642
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 309 TTCTTGCTGCTGGAGTTGGTATTGCAGAGGCGATTGCGCTATCTCTAGGGTCTGATTTCT 368
Query 643 TGATGGATGTCATGGCTATACCTTTTG 669
||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 369 TGATGGACGTCATGGCTATACCTTTTG 395
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 65781853115
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5