BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G38410.1
Length=2459
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg901754 jgi|Araly1|901754|Al_scaffold_0004_2404 2222 0.0
> Ahg901754 jgi|Araly1|901754|Al_scaffold_0004_2404
Length=2016
Score = 2222 bits (1203), Expect = 0.0
Identities = 1417/1513 (94%), Gaps = 44/1513 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 666 GGCTATGGAGTACCTCCAGCTGGCTATGGAGTACATCAAGCTGGTTATGGAGTACCTCAA 725
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 547 GGCTATGGAGTACCTCAAGCTGGCTATGGAGTACATCAATCTGGTTATGGAGTACCTCAA 606
Query 726 GCGGGTTATGGAATACCTCAAGCTGGCTATGGAGTACCTCAAGCGGGGTATGGAATACCT 785
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 607 GCGGGTTATGGAATACCTCAAGCTGGCTATGGAGTACCTCAAGCGGGTTATGGAATACCT 666
Query 786 CAAGTGGGCTATGGAATGCCCAGTGGTTCTTCGAGAAGGCTTGATGAAGCAATGGCAACT 845
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 CAAGTGGGTTATGGAATGCCCAGCGGTTCTTCGAGAAGGCTTGATGAAGCAATGGCAACT 726
Query 846 GAGGTTGAGGGCTTAAGCTTGTCAAGTATTGAATCCATGAGGGATGTGATGGATCTCTTG 905
||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 727 GAGGTTGAGGGCTTAAGCTTGTCAAGTCTCGAGTCCATGAGGGACGTGATGGATCTCTTG 786
Query 906 GGCGACATGCTACAAGCTGTGGATCCCAGTGACCGTGAGGCTGTGAAAGATGAAGTCATT 965
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 787 AGCGACATGCTACAAGCCGTGGATCCCAGTGACCGTGCGGCTGTGAAAGATGAAGTCATT 846
Query 966 GTTGACTTGGTTGAGCGTTGTCGTTCCAATCAGAAAAAGCTGATGCAGATGCTAACCTCC 1025
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 847 GTTGACTTGGTCGAGCGTTGTCGTTCCAATCAGAAAAAGCTGATGCAGATGCTAACCTCC 906
Query 1026 ACTGGGGATGATGAACTTTTAGGCCGGGGGCTCGATCTAAATGACAGTCTTCAAATTCTG 1085
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 907 ACTGGGGATGATGAACTTTTAGGCCGAGGACTCGATCTAAATGACAGTCTTCAAATTCTG 966
Query 1086 CTAGCTAAGCATGATGCAATAGCTTCTGGTTCTCCTCTGCCTGTTCAGGCTTCTGGTTCT 1145
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 967 CTAGCTAAGCATGATGCAATAGCTTCTGGTTCTCCTCTGCCTGTTCAGGCTTCTGGTTCT 1026
Query 1146 CCTCTGTCAGTTCAGGCTTCGAAACCTGCTGACTCGAGCCCCAAATCTTCTGAAGCTAAA 1205
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1027 CCTCTGTCAGTTCAGGCTTCAAAACCTGCTGATTCGAGCCCCAAATCTTCTGAAGCTAAA 1086
Query 1206 GATTCTAGTTCCATAGCTGGTTCCAGTTCCCCAATACCAGCCACTGTTTCTACAGGAAAA 1265
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1087 GATTCTAGTTCCATAGCTGGTTCTAGTTCCCCAATACCAGCCACTGTTTCTACAGGGAAA 1146
Query 1266 AGCCCAATTGATGAGGAGTACGAAGAGGAGGAAGATGAGTTTGCACAATTAGCTCGAAGG 1325
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1147 AGCCCAATTGATGAGGAGTACGAAGATGAGGAAGATGAGTTTGCGCAATTAGCTCGAAGG 1206
Query 1326 CATTCCAAACCGCCAGCATCTGTGACTACAGACCCTACCAGTTTAGAGTCTCATAATGCT 1385
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1207 CATTCCAAACCGCCAGCATCTGTGATTACAGACCCTACCAGTTCAGAGTCTCATAATGCT 1266
Query 1386 GCAAGCAATGCTCTTGCTCTTGCTCTGCCTGACCCCCCTCCTCCAGTGAACACCACAAAG 1445
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1267 GCAAGCAATGCTCTTGCTCTTGCTCTGCCTGACCCGCCTCCTCCAGTGAACACCACAAAG 1326
Query 1446 GAACAAGACATGATTGACCTATTGAGTATCACACTGTGTACACCGTCAACTCCACCGGCT 1505
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||
Sbjct 1327 GAACAAGATATGATTGACCTATTGAGTATCACACTGTCTACACCATCAACTCCACCGCCT 1386
Query 1506 CCATCCTCTCAGCCTTCTCCTCCTCCTCCCGCTGGCTCAGATCAAAACACCCATATCTAT 1565
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1387 CCATCCTCTCAGCCTTCTCCTCCTCCTCCCGCTGTCTCAGATCAAAACACCCATATCTAT 1446
Query 1566 CCACAGCCTCAGCCACGGTTTGATAGCTATGTCGCTCCATGGGCACAGCAACAGCAACCG 1625
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | || | || | | |
Sbjct 1447 CCACAGCCTCCGCCACGGTTTGATAGCTATGTCGCTCC-TTGG----G---CA-C-A--G 1494
Query 1626 CAACAGCCTCAAGCACAGCAGGGCTATTctcaacatcaacagcatcaa-caacaacaggg 1684
|||||| ||| | | ||| | | | ||||||| |||| | ||| |||||
Sbjct 1495 CAACAG---CAA-C-C-GCA-----A----C--C-GCAACAGCCTCAAGC-ACAGCAGGG 1535
Query 1685 ctattctcaacctcaacattctcaacaacaGCAGGGCTACTCTCAACTGCAACAGCCTCA 1744
|||||||||| | | ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1536 CTATTCTCAA--T----A---TCAACAACAACAGGGCTATTCTCAACTGCAACAGCCTCA 1586
Query 1745 ACCACAGCAGGGCTATTCTCAATCGCAACCGCAAGCACAGGTCCAGATGCAACCGTCAAC 1804
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1587 ACCACAGCAGAGCTATTCTCAATCGCAACCGCAAGCACAGGTCCAGATACAACCGTCAAC 1646
Query 1805 TCGACCTCAGAACCCGTATGAATATCCGCCTCCACCATGGGCTTCAACATCAGCAAATGC 1864
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1647 TCGACCTCAGAACCCGTATGAATATCCGCCTCCGCCATGGGCTTCAACATCAGCAAATGC 1706
Query 1865 ATACTATACTCCACGGGCTAATGCAAGTGCGTCATACACAGACACATCGGCCCTAGCCGG 1924
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1707 ATACTATACTCCACGGGCTAATGCAAGTGCGTCATACACAGACACATCTGCCCTAGCCGG 1766
Query 1925 AAGATCACTACAGCAATCCAACTCATTCCCCACACGAGCTGGAGATCCTCAGGCTACTTC 1984
||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1767 AAGATCACTGCAGCAATCCAACTCATTCCCCACAAGAGCTGGAGATCCCCAGGCTACTTC 1826
Query 1985 AACTGCAAGCAATTCAGGTGTATCTGTAGGACAGAAGCCGTTTGTTCCATCATACAGATT 2044
|||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1827 AACTGCTAGCAACCCAGGTGTATCTGTAGGACAGAAGCCGTTTGTTCCATCATACAGATT 1886
Query 2045 GTTTGAAGATCTGGATGTGTTTGGGAGCGCAGACGGGAAGCATAATAAACCGGCGAACAG 2104
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||| ||| | || ||
Sbjct 1887 GTTTGAAGATCTGGATGTGTTTGGGAGCGCAGACGGGAAG-A-A-TAAGCCGACTAATAG 1943
Query 2105 TAGTAATGGTTCTCAAAACTTGTCTGGGTCTCAGACGCAGCAGAGTATGATAGGAGGAAG 2164
||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1944 TAGTAATGGTTCTCAAAGCTTGTCCGGGTCTCAGACGCAGCAGAGTATGATAGGAGGAAG 2003
Query 2165 GAAAATGATTTAA 2177
|||||||||||||
Sbjct 2004 GAAAATGATTTAA 2016
Score = 1020 bits (552), Expect = 0.0
Identities = 612/641 (95%), Gaps = 4/641 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 162 ATGGCGTCGTCTTCAGCTTCGGCGACGGTGGCTGTTGATAAAGCTACCAGCGATCTTTTG 221
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCGTCGTCTTCAGCTTCGGCGACGGTGGCTGTTGATAAAGCAACCAGCGATCTTTTG 60
Query 222 TTAGGTCCTGATTGGACTACGAATATGGAAATCTGCGATTCTGTTAATTCTCTTCACTGG 281
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 61 TTAGGTCCTGATTGGACTACGAACATGGAAATCTGCGATTCTGTCAATTCTCTTCACTGG 120
Query 282 CAGGCGAAAGATGTAGTTAAAGCTGTGAAAAAGAGGCTGCAACATAAGAGTTCGAGAGTT 341
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 121 CAGGCGAAAGATGTCGTTAAAGCTGTGAAAAAGAGGCTGCAACATAAGAGCCCCAGAGTT 180
Query 342 CAACTACTTGCTCTTACGCTTTTGGAGACGTTGGTAAAGAACTGTGGAGATTATTTGCAC 401
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CAACTACTTGCTCTTACGCTTTTGGAGACGTTAGTAAAGAACTGTGGAGATTATTTGCAC 240
Query 402 CATCAAGTTGCAGAGAAAAACATT-TTAGGGGAAATGGTCAAAATTGTGAAAAAGAAGGC 460
||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CATCAAGTTGCAGAGAAAAAC-TTATTGGGGGAAATGGTCAAAATTGTGAAAAAGAAGGC 299
Query 461 AGATATGCAAGTAAGAGATAAGATATTGGTCATGGTGGACTCTTGGCAGCAAGCTTTTGG 520
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GGATATGCAAGTAAGAGATAAGATATTGGTCATGCTGGACTCTTGGCAGCAAGCTTTTGG 359
Query 521 GGGTCCAGAGGGAAAATATCCACAATATTATTGGGCATACGATGAGTTAAGGCGTTCTGG 580
|||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 360 GGGTCCTGAGGGAAAATATCCGCAATATTATTGGGCATACGATGAGTTAAGGCGCTCTGG 419
Query 581 AGTTGAATTCCCCCGGCGTTCACCTGATGCGTCCCCTATTATAACACCACCAGTGAGTCA 640
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 420 AGTTGAATTCCCCCGGCGTTCACCTGATGCGTCCCCTATAATAACACCACCAGTGAGTCA 479
Query 641 TCCACCGTTAAGACAGCCTCAGGGGGGCTATGGAGTACCTCCAGCTGGCTATGGAGTACA 700
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 480 TCCACCGTTAAGACAGCCTCAGGGGGGCTATGGAGTACCTCCAGGTGGCTATGGAGTACC 539
Query 701 TCAAGCTGGTTATGGAGTACCTCAAGCGGGTTATGGAATACCTCAAGCTGGCTATGGAGT 760
||||||||| ||||||||||||||||| || |||||| ||| |||| |||| ||||||||
Sbjct 540 TCAAGCTGGCTATGGAGTACCTCAAGCTGGCTATGGAGTACATCAATCTGGTTATGGAGT 599
Query 761 ACCTCAAGCGGGGTATGGAATACCTCAAG-TGGGCTATGGA 800
|||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 600 ACCTCAAGCGGGTTATGGAATACCTCAAGCTGG-CTATGGA 639
Score = 117 bits (63), Expect = 4e-25
Identities = 82/91 (90%), Gaps = 2/91 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 669 TATGGAGTACCTCCAGCTGGCTATGGAGTACATCAAGCTGGTTATGGAGTACCTCAAGCG 728
||||||||||||| ||| || |||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 592 TATGGAGTACCTCAAGCGGGTTATGGAATACCTCAAGCTGGCTATGGAGTACCTCAAGCG 651
Query 729 GGTTATGGAATACCTCAAGCTGGCT-ATGGA 758
||||||||||||||||||| ||| | |||||
Sbjct 652 GGTTATGGAATACCTCAAG-TGGGTTATGGA 681
Score = 95.3 bits (51), Expect = 2e-18
Identities = 70/79 (89%), Gaps = 2/79 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 711 TATGGAGTACCTCAAGCG-GGTTATGGAATACCTCAAGCTGGCTATGGAGTACCTCAAGC 769
||||||||||||| || | || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 508 TATGGAGTACCTCCAG-GTGGCTATGGAGTACCTCAAGCTGGCTATGGAGTACCTCAAGC 566
Query 770 GGGGTATGGAATACCTCAA 788
|| |||||| ||| ||||
Sbjct 567 TGGCTATGGAGTACATCAA 585
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92673566085
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5