BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G38440.1
Length=4791
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg934591 jgi|Araly1|934591|scaffold_402579.1 3530 0.0
> Ahg934591 jgi|Araly1|934591|scaffold_402579.1
Length=4281
Score = 3530 bits (1911), Expect = 0.0
Identities = 2172/2298 (95%), Gaps = 17/2298 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 201 TCAGACAGAGAAGCTCAAACAATGCCGTTGACGAGGTACCAATCTCGTAACGAGTATGGA 260
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TCAGACAGAGAAGCTCAAACAATGCCTTTGACGAGGTATCAATCTCGTAACGAGTATGGA 60
Query 261 TTAGCAGATCCGGATCTGTATCAAGCTGCTGATAAAGATGACCCTGAAGCTCTGCTTGAA 320
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTAGCAGATCCGGATCTATACCAAGCTGCTGATAAAGATGACCCTGAAGCTCTGCTTGAA 120
Query 321 GGAGTCGCTATGGCTGGTCTCGTTGGCATTTTGCGTCAACTCGGTGATCTCGCTGAGTTT 380
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GGAGTCGCCATGGCTGGTCTTGTTGGCATTTTGCGTCAACTCGGTGATCTCGCTGAGTTT 180
Query 381 GCTGCTGAGATGTTTCATGACTTGCACGAAGAAGTAATGGCTACTGCTTCTAGAAGCCAT 440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GCTGCTGAGATGTTTCATGACTTGCACGAAGAAGTAATGGCTACTGCTTCTAGAAGCCAT 240
Query 441 GGTTTAATGGCTCGTGTGCAACAGTTGGAAGCAGAGTTTCCTTCTATAGAGAAGGCATTA 500
||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GGTCTAATGGCTCGTGTACAACAATTGGAAATAGAGTTCCCTTCTATAGAGAAGGCATTA 300
Query 501 CTGTGTCAAACCGATCATTCGCCGTTTTTCTCTAACAAAGGTGTGGAATGGCATCCGAAT 560
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CTGTGTCAGACCGATCATTCGCCATTTTTCTCTAATAAAGGTGTGGAATGGCATCCGAAT 360
Query 561 CTACAATTGGAACAGAGTGTGGTTACAAGTGGTGACTTACCTCGTTGTGTGATGGATTCT 620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 361 CTACAATTGGAACAGAGTGTGGTTACAAGTGGTGACTTACCCCGCTGTGTGATGGATTCT 420
Query 621 TATGAGGAATGTCGAGGTCCTCCAAGGCTATTTCTTCTGGACAAGTTTGATATTTCCGGA 680
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 421 TATGAGGAATGCCGAGGTCCTCCGAGGCTATTTCTTCTGGACAAGTTCGATATTTCGGGA 480
Query 681 GCTGGGGCTTGTTTGAAACGCTACACCGATCCATCGTTTGTTAGGCTTGAAACGTCTTCA 740
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GCTGGGGCTTGCTTGAAACGCTACACCGATCCATCATTTGTTAGGCTTGAAACGTCTTCA 540
Query 741 TATGAAGAATCATGGGATGATATTCAGAGAGAGAAAAAATCACAGAAAGCAAAGAGGAGA 800
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TATGAAGAATCATGGGATGATATTCAGAGAGAGAAGAAATCACAGAAAGCAAAGAGGAGA 600
Query 801 GCATCTCAGTGGAGGAATGGAGGGACACCTGAAAATGCATTATCATCACATGCCAAATTG 860
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GCATCTCATTGGAGGAATGGAGGAACACCTGAAAATGCATTATCATCACATGCCAAATTG 660
Query 861 CATGAATTGTTTTTGGAGGAGCATTTAGAGGCTCATCATTCAGATCCAGCGCGCGTTGTG 920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 661 CATGAATTGTTTTTGGAGGAGCATTTAGAGGCTCATCATTCAGATCCAGCGCGCGCTGTG 720
Query 921 AAGTTGAAAACCAGAAAGCTAGATGGGTGTTCCCTTATTTCAAAATCAGGGGAAAGCTAC 980
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AAGTTGAAAACTAGAAAGCTGGATGGGTGTTCCCTTATATCAAAATCAGGGGAAAGCTAC 780
Query 981 ATGGAGAAATTTGTGCAGACACGTGTAGATAGTAAGATAAGTTATGAAATAATTACCCAA 1040
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 ATGGAGAAATTTGTGCAGACACGTGTAGATAGTAAAATAAGTTATGAAATAATTACCCAA 840
Query 1041 AACCCCGGATTGTTGACATGGAATATGGATAGTGCTAGAGA-TGTAGTAACCGATATACC 1099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 841 AACCCCGGATTGTTGACATGGAATATGGATAGTGCTAGAGACT-TAGTAACCGATATACC 899
Query 1100 TGAAATCAGTATGGTGGGTGCTATGGATAAGTCTCATGGAGGAAGCAGAGCAGAGGTTTC 1159
|||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TGAAATTAGTATGGTGGATGCTATGGATAAGTCTCACGGAGGAAGCAGAGCAGAGGTTTC 959
Query 1160 ATTCCCAAGTGAGCAGGAAAATGTGGCAAATGTTAACATGAATGGGGGTTTTATTGAAAA 1219
||| |||||||||||||| |||||||| || ||||| | ||||| ||||||||||||||
Sbjct 960 ATTACCAAGTGAGCAGGAGAATGTGGCTGATATTAACTTAAATGGAGGTTTTATTGAAAA 1019
Query 1220 AGATATAGAGACAGTGCCTGAATCTACATACAATGAGGTCCGTGGAACAACTATTACACA 1279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| |||| |
Sbjct 1020 AGATATAGAGACAGTGCCTGAATCTACATACAATGAGATCCCTGGTACAACTAGTACAAA 1079
Query 1280 GGATTCACAAACGGTTTTGAACGGGAAGCCAG-GATTTTTTCAACAGAGGAGTTATTCTG 1338
||||||||||| |||||| |||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1080 GGATTCACAAATTAATTTGAATGGGAAGCCAGCG-TTTTTACAACAGAGGAGTTATTCTG 1138
Query 1339 AAGATTTAACCAGTGAGGCTGACAATTATGTGGACGCACCAGCCACCATGGAGTCGGAAA 1398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 AAGATTTAACCAGTGAGGCTGACAATTATGTGGACGCACCAGCCACCATGGAGTCGGAAA 1198
Query 1399 CAGAAACAGACGATGAGTGTAGACCTAAGAGTAGATCAGATACTTTGAAGGATGGGAACC 1458
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1199 CAGAAACAGATGATGAGTGTAGACCTAAGAGTAGATCAGATGCTTTGAAGGATGGGAACC 1258
Query 1459 ATCATATATATTCTGATGCGGTTGAAGAGA-GAATGGAGGACCCACCTCAGTTTTCATTT 1517
||| || |||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1259 ATCGTACATATTCTGATGCGGATGAAGAGAAGA-TGGAGGACCCACCTCAATTTTCATTT 1317
Query 1518 TCTCATTCAAATGGAAACACACCAGTTTCGGAAAATGGGCGAAGCTCGTTTGGGAAAAAG 1577
| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 1318 TTTCATTCAAATGGAAACACACCAGTTTCAGAAAATGGGCGAAGCTCATTTGGGAAACGG 1377
Query 1578 AGCACTAGTTATTCTTACTCGGACACTGCAAGCATATCCATTGATGATCAATCTGATGGA 1637
||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 AGCACTAGTTACTCTTACTCGGACAGTGCAAGCATATCCATTGATGATCAATCTGATGGA 1437
Query 1638 GAGAAACTTTCGGGATGTTTACCTTCTACTTCTAGTTTTAAGAGTGAGTTGGTGGATTCT 1697
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 GAGAAACTTTCTGGATGTTTACCTTCTACTTCTAGTTTTAAGAGTGAGTTGGTGGATTCT 1497
Query 1698 ATGTCTCACGTTACTCCTGAAGCCAACAAAGTGTCTCATGACTTGAATGTTCAGGAATCA 1757
| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||
Sbjct 1498 ACGTCTCACGTTACTCCTGAAGCCAAGAAAGTGTCTGATT--TT-AATGTTCAGGAATCA 1554
Query 1758 GTTAGTAGCAGCAATGTAGATGGCCAGACATCATTAAGTTCGAATGGTACATGTTCAAGT 1817
||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 1555 GTTAGTAGCAGTAATGTAGATGGCCAGGCATCATTAAGTTTGAATGGTACGTGTTCAAGT 1614
Query 1818 CCAAGGCCAGTCTCTCAGAATGATCAATCATGTTCACTGACAGTTCAATCTTTAGCATCA 1877
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1615 CCAAGGCCAGTCTCTCAGAATGATCAATCATGTTCACTGACAGTTCAATCTTTAGCACCA 1674
Query 1878 GAAGTCGTTGAAACTTCTCCAGAACTTGTTAGGCTTGATCTAATGAAGGGAGGCAATGAT 1937
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 GAAGTCGTTGAAACTTCTCCAGAACTTGTTAGGCTTGATCTAATGAAGGGAGGCAATGAT 1734
Query 1938 GGAAGAAAGGTGGATCCATTCGATTCTTCAAAATCTTGTGCATCTTTTGATGCTAAAAAC 1997
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1735 GGAAGCAAGGTGGATCCATTGGATTCTTCAAAATCTTGTGCATCTTTTGATGCTAAAAAC 1794
Query 1998 TCTGACTTGCCTTCTGAAACTTCATCAATTAGTTCAACTTCTGAAGGAAGCAGATGTGAT 2057
||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1795 TCTAACTTGCCTTCTGAAACTTCGTCAATTAGTTCAACTTCTGAAGGAAGCAGATGCGAT 1854
Query 2058 AGTACCATTGAGAAGAACTGTATGGTTGCTTCAAATTTAGTAAACTCAGGCACTAGTCCT 2117
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1855 ACTACCATTGAGAAGAACTGTATGGTTGCTTCAAATTTAGTAAACTCAGACACTAGTCCT 1914
Query 2118 CAAGCGTTTGTTGATAGTCAAACTGGTAAACAGTTACCTATCGCTGATACTGATTTTGAG 2177
|||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 1915 CAAGTGTTTGTGGATAGTCAAACAGGTAAACAGTTACCTATCGCTGATAATGATATTGAG 1974
Query 2178 ACAAACTCTATAGTTGCTTGTTCTGAAGTTTTAGCAAACTCAGGCAGCGATCCTGAAGAA 2237
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1975 ACAAACTCTACAGTTGCTTGTTCTGAAGTTTTAGCAAACTCAGGCAGCGATCCTGAAGGA 2034
Query 2238 CGTGATGGTCGTTGCCTAACAGGAAAGCTGGTACCTTGCTCAGCTGGGGTGGGGATGGAA 2297
| ||||||| || ||||||||||||||| | ||| | ||||||| |||||||||||
Sbjct 2035 CTTGATGGTAGTGGCCTAACAGGAAAGCCA-T-CCT--C--AGCTGGGATGGGGATGGAA 2088
Query 2298 GTTTCCCCTGATACGCCCTCTAAAGTCTGTGGTCCAAGTTCAGCTGATGGAATTCACTTA 2357
||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 2089 GTTTCACCTGATATGCCCTCTAAAGTCTGTGGTCCAAGTACAGTTGATGGAATTCACTTA 2148
Query 2358 AAAGATACTCTGGATGATGAAACCGATTGTGTTTCAGTGACTAATGTTGTTGTTGACGTT 2417
|||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 2149 AAAGATACTCTGGAGGATGAAACCGATTGTATTACAGTGACTAATGTAGTTGCTGACGTT 2208
Query 2418 GATTCTAAAAATTCTGTTGCCGACGTTGGTTCTCAAAGTTCAGTTGCTGACA-TTGATTC 2476
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| || | ||| |||
Sbjct 2209 GATTCTAAAAATTCTGTTGCCGACGTTGGTTCTAAAAATTCAGTTGCCGA-AGTTGGTTC 2267
Query 2477 TCAAAGTTCAGTTGCTGA 2494
||||||||||||||||||
Sbjct 2268 TCAAAGTTCAGTTGCTGA 2285
Score = 2220 bits (1202), Expect = 0.0
Identities = 1527/1677 (91%), Gaps = 50/1677 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 2415 GTTGATTCTAAAAATTCTGTTGCCGACGTTGGTTCTCAAAGTTCAGTTGCTGACATTGAT 2474
|||| |||| ||| ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2260 GTTGGTTCTCAAAGTTCAGTTGCTGACGTTGATTCTCAAAGTTCAGTTGCTGACATTGAT 2319
Query 2475 TCTCAAAGTTCAGTTGCTGAGATCTCCGATGAGCATTCATGTGCCTTTGGCAACACGGCT 2534
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2320 TCTCAAAGTTCAGTTGCTGAGATCTCCGATGAGCATTCATGTGCCTTTGACAACACGGCT 2379
Query 2535 GATGTGTCTGTTTCAGAGTCCCATGAAGACACACTAGAGAATGGAATG----T-CC---- 2585
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 2380 GATGTATCTGTTTCAGAGTCCCATGAAGACACACTAGAGAATGGAATGTCCATGCCTGAT 2439
Query 2586 ----------GT--GC---CTTCTGATTTTAACTCGGGAGTAGAGAAATTGGCGGGAGAT 2630
|| || ||||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||| |
Sbjct 2440 GAAGTTGATAGTAAGCTGACTTCTGATTTTAACTTGGGAGGAGAGAAATTAGTGGGAGCT 2499
Query 2631 GCTTCACCTACTTGTAGCAAATGCGATGACCATATCTCTCATGAAGGTTTTCATGACCTT 2690
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2500 GCTTCACCTACTTGTAGCAAATGCGATGAACATATCTCTCATGAAGGTTTTCATGACCTT 2559
Query 2691 TCAGGGCTGGACAACGCAACCACAGACATTGTCCCGAACGTTGAGCTTGATGTGTCTGAT 2750
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 2560 TCAGGGCTGGACAACGCAACCACAGACATTGTTCCGAACGTAGAGCTTGCTGTGTCTGAT 2619
Query 2751 AATGACAATGACACTTCCAGTGGTGGTGTTAATCATGCCGTTAGTCTGTCATCGACTCGT 2810
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| ||
Sbjct 2620 AATGACAATGATACTTCCAGTGGTGGTGTTAACCATGCCATTAGTCTGTCATCTACTAGT 2679
Query 2811 GGGAAGGGTTCTCTGCCTTGGATTTCGACCAATACTTATCAATCGTCTTCTGATGCTGGA 2870
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2680 TTGAATGGTTCTCTGCCTTGGATTTCGACCAATACTTATCAATCGTGTTCTGATGCTGGA 2739
Query 2871 GAGATTTTCCATGATACAGTTGTAGAGTCTGACGGGACACTACTGGAAGACAATAATCCA 2930
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 2740 GAGATTTTCCATGATACAGTTGTAGAGTCTGACGGGACACTACCAGCAGACAATAATCCA 2799
Query 2931 GAGTCGGAAATAAAAATGCATAAAAGCCCTCTGGAAGTGTCTTCAGAAGGTCTGAGTACT 2990
||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2800 GAGTCAGAGATAAAAATGCAGAAAAGCCCTCTGGAAGTGTCTTCAGAAGGTCTGAGTGCT 2859
Query 2991 GAACC-AGACAACAAGGACGTAGAAAGTAT-TGAATCTACAAGTCCCAAGCCATCTCTGG 3048
| || |||||||||||||| ||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2860 GC-CCTAGACAACAAGGACGCAGAAAGT-TGTGAATCTATAAGTCCCAAGCCATCTCTGG 2917
Query 3049 ATCAAAGGAACAGGGACACAGAAACCAAATCTCCTGGTGAGAGCATTCTTGATGATAATT 3108
|||||||| |||| |||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2918 ATCAAAGGGACAGAAACACAGAAACAAAATCTTCTGGCGAGAGCATTCTTGATGACAATT 2977
Query 3109 GCATAGATTCCACACAAGTGTATAATCTGAACCTTTTAGAGAGTGAGGCTATCGACCAGG 3168
|||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||| | ||| ||
Sbjct 2978 ACATAGATTCCTCACCAGTGAATAATCTGAACGTTTTAGAGAGTGAGG-T--CGAGCACT 3034
Query 3169 CAGTTAGAGAGCAAACATCTTATGCAAGCCATGAAGTTGCAGATGAGGAATTGCTGCAGT 3228
| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3035 CGGTTAGAGAGCAAACACCTTGTGCAAGCCATGAAGCCGCAGATGAGGAATTGCTGCCGT 3094
Query 3229 CAAATGTTTTCAGGGGCTTAGAGTTTGAACCACAATCAGCAGGCTTAGAATTTGCACCAC 3288
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3095 CAAATGTTTTCAGGGGCTTAGAGTTTGTACCACAATCAGCAGGCTTAGAATTTGCACCAC 3154
Query 3289 AATCTGCAGG-TATAGAATTGAACAGACCTAAGCAAGAGTTGAATCTGGATCCTACTTTT 3347
|| | ||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3155 AACCAGCAGGGT-TAGAATTGAACAGACCCAAGCAAGAGTTGAATCTGGATCCTACTTTT 3213
Query 3348 CCTAGCTTTGGTTTTATCCCTGAGACTATTCCGCCCAATCCAGAGGACATGCCACC-C-- 3404
|||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 3214 CCTAGCTTTGGTTTTATCCCTGAGACTACTCCACCCAATCCGGAGGACATGCCACCGCTG 3273
Query 3405 C------TTCCTCCTATGCAATGGCTTATTGGAAAGGTTCCACATTCTTTTCCTACCTTC 3458
| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3274 CCACCCCTTCCTCCTATGCAATGGCGTATTGGAAAGGTTCCACATTCTTTTCCTACCTTC 3333
Query 3459 ATGGGGGAATCAGTCGAAACCAGTAGTTCTGCTTTATCAGCGGCACCACCCATTGGTTCT 3518
|||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3334 ATGGTGGAATCAGTCGAAACCAGTAATTCTGCTCCATCAGCGGCACCACCCATTGGTTCT 3393
Query 3519 AGCTTGAATGTTCAAATTGGGTCTCCACCATCAGAGCTATCTGTATCTTTAGGAAGTGAC 3578
||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||| | | |||||||||||||||||
Sbjct 3394 AGCTTGAATTTTCAAATTGGGTCTCAACCAGCAGAGCTGTGTATATCTTTAGGAAGTGAC 3453
Query 3579 GAATCAGAACGACTTCCTGGAGGGTTTGTTCACAATGCATCAGAAAAGCCATTGCAATCA 3638
|||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3454 GAATCAGAACAACTTCCTGGAGGGTTTGTGAACAATGCATCAGAAAAGCTGTTGCAATCA 3513
Query 3639 TCCATTCAGTTCCCAACCATGAGCACTGATTTGAATAGTCAATACGACAGTTC-TGAGCT 3697
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 3514 TCCATTCAGTTCCCAACCATGGGCACTAATTTGAATAGTCAATACGACA-TTCCTGAGCT 3572
Query 3698 CCCTACAATACCTTATCAGGAGTGCATAGAGGATTTTGGTTCTGAGGAGAACAATCTTTT 3757
||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 3573 CCCTACAATGCCTAATCAGGAGTGCATAGATGATTTTGATTCTGAGGAAAACAATCTTTT 3632
Query 3758 GGCTGACCATGCAGCTCAGAACCACGAGCTCGTTTACTCTCAAGCGTCGTCAT-TGCAGC 3816
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||
Sbjct 3633 GGCTGACCATGCAGCTAAGAACCACGAGCTCGTTTATTCTCAAGCGTCGTCAACT-CAGG 3691
Query 3817 -TGCCT-CAGGTTAAACACGAAGATTTCAAGGACGATGCTGATGTGCATGAATCTCAAAG 3874
| | | | ||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3692 AT-C-TACCGGTGAAATACGAAGATTTCAAGGACAATGCTGATGTGCATGAATCTCAAAG 3749
Query 3875 TTCAAGCGATGATCACCATTGTCCTGAAACCAAATCCCTGACGCCAACTCAATCAACAAA 3934
|||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3750 TTCAAGCGATGATCACCATTTTCCTGAAACCAAAGCCCTGACGCCAACTCAATCAACAAA 3809
Query 3935 GGTAGAAGATAAGGGTCATTCGGTTCCTGATGCTTCAAATGCAGAAACTGCAGAATCATC 3994
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3810 GGTAGAAGATAAGGGTCATTCGGCTCCTGATGCTTCAAATGCAGAAACTGCAGAATCATC 3869
Query 3995 AAACACGTCAGTTCAGAAGATAAATCCTGTTTCAGTGGGAGATGCTATGTGGCCTGT 4051
||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3870 AAACACGTCAGTTCAGAAGATAATTCCTGCTTCAGTGGGAGATGCTATGTGGCCTGT 3926
Score = 569 bits (308), Expect = 5e-161
Identities = 337/351 (96%), Gaps = 1/351 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4096 AAGTGGTCCCTACGGTTAGGCTTCCTAGGCCAAGAAGTCCGCTTGTCGATGCTGTTGCAG 4155
|||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3929 AAGTTGTCCCTACGGTTAGGCTTCCTCGGCCAAGAAGTCCGCTTGTCGATGCCGTTGCAG 3988
Query 4156 CTCATGACAGACGCAAGATGAAGAAAGTCTCTGAGATGGTCCATCCACCAATCAAATCAA 4215
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3989 CTCATGACAGACGCAAGATGAAGAAAGTCTCTGAGATGGTCCAACCACCAATCAAATCAA 4048
Query 4216 AGCAAGATGACAAAGATTCGTTGCTTGCACAAATACGAAACAAGTCCGTCAATCTAAAGC 4275
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4049 AGCAAGATGACAAGGATTCGTTGCTTGCACAAATACGAAACAAGTCCGTCAATCTGAAGC 4108
Query 4276 CGGCAGTAACAACACGACCCAGCATCCAGACTGGTCCTAGAACAGACTTAAGGGTAGCTG 4335
| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4109 CTGCCGTAGCAACACGACCCAGCATCCAGACTGGTCCTAGAACAGACTTAAGGGTAGCTG 4168
Query 4336 CAATCTTAGAGAAAGCAAATACAATACGCATGGCAATGGCTGGAAGCGACGAGGATGAAG 4395
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 4169 CAATCTTAGAGAAAGCAAATACAATACGCATGGCAATGGTTGGAAGCGACGAGGACGAAG 4228
Query 4396 ATTCAGATAGTTGGAGTGATTCTTGAAATCGATGATCGTTGGCTTTTCCGT 4446
|||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 4229 ATTCTGATAGTTGGAGTGATTCTTGAAACC-ATGATCGTTGGCTTTTCCGT 4278
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 181306277772
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5