BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G38650.1
Length=2160
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg482874 jgi|Araly1|482874|fgenesh2_kg.4__1934__AT2G38650.1 3439 0.0
> Ahg482874 jgi|Araly1|482874|fgenesh2_kg.4__1934__AT2G38650.1
Length=2123
Score = 3439 bits (1862), Expect = 0.0
Identities = 2051/2139 (96%), Gaps = 26/2139 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 32 AAAAGCAAAGGGGAAAGAGACGATGCGATCGGGCTAAGTGCAGAAACACTTATACTTGTG 91
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 1 AAAAGCAAAGGGGAAAGAGACGATGCGATCGGGCTAAGTGCAGAAACACTTACACTTCTG 60
Query 92 CATTCTGCAacacaacacacacacaGAGAA--T----TCG---ACGAGAGTATGATTTGA 142
||||||| || |||||||| | || ||| | ||| |||||||| || |||||
Sbjct 61 CATTCTG---CA-AACACACAGAGAGTGAATTTGGCATCGTTAACGAGAGTGTGGTTTGA 116
Query 143 GTGTATCGAGAACAGAGAGAGACATTGATAGAGAGATCGTTGGCAACGTTTTGGGGATCC 202
||||||| | || ||| | | | | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 117 GTGTATC--G---AG-GAGTG--A-T-AGAGAGAGATCGTTGGCAACGTTTTGGGGATCC 166
Query 203 AATGCGTTCGTAATTGGGAAAGACATTTCATTCAATTCTAAATCGGGAATATGAAAGGCG 262
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 167 AATGCGTTCGTAATT-GGAAAGACATTTCATTCAATTCTAAATCGGGAATATGAAAGGCG 225
Query 263 GAGGCGGTGGTGGAGGAGGTGGTGGCGGAGGAAAACGCCGGTGGAAAGTTCTGGTGATTG 322
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 226 GAGGCGGTGGTGGAGGAGGTGGCGGCGGAGGAAAACGCCGGTGGAAAGTTCTGGTTATTG 285
Query 323 GAGTTTTGGTTCTTGTTATTCTTTCTATGCTTGTTCCTCTTGCTTTCTTACTCGGTCTTC 382
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 286 GAGTTTTGGTTCTTGTTATTCTTTCTATGCTTGTTCCTCTTGCTTTCTTGCTCGGTCTTC 345
Query 383 ACAATGGCTTTCACTCTCCTGGATTTGTCACTGTTCAACCGGCTTCTTCATTTGAGAGCT 442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 346 ACAATGGCTTTCACTCTCCTGGATTTGTCACTGTTCAACCGGCTTCTTCTTTTGAGAGCT 405
Query 443 TTACCAGAATCAATGCTACTAAGCATACACAGAGAGATGTATCCGAACGGGTCGATGAGG 502
||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 406 TTACCAGAATCAATGCTACCAAACACACTCAGAGAGATGTATCTGAACGGGTCGATGAGG 465
Query 503 TTCTTCAAAAAATCAATCCAGTTCTTCCCAAGAAAAGCGACATAAACGTGGGTTCCAGAG 562
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 466 TTCTTCAAAAAATCAATCCAGTTCTTCCCAAGAAAAGTGACATAAACGTGGGTTCCAGAG 525
Query 563 ATGTGAATGCAACAAGCGGCACTGATTCTaaaaaaaGAGGATTACCAGTGTCCCCAACTG 622
|| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 526 ATATGAATGTGACAAGCGGCACTGATTCTAAAAAAAGAGGATTACCAGTGTCCCCAACTG 585
Query 623 TTGTTGCCAATCCAAGCCCTGCAAATAAAACAAAATCGGAAGCCTCATAT-ACAGGTGTT 681
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||
Sbjct 586 TTGTTGCCAACCCAAGCCCTGCAAATAAAACAAAATCTGAAGCCTCATATGA-AGGTGTT 644
Query 682 CAGAGGAAAATAGTAAGTGGTGATGAAACTTGGAGAACTTGTGAAGTGAAATATGGGAGC 741
||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 645 CAGAGGAAAGTAGTAAGTGGGGATGAAACTTGGAGAACTTGTGAAGTGAAATATGGGAGC 704
Query 742 TACTGCCTCTGGAGGGAGGAAAATAAGGAACCAATGAAAGATGCCAAGGTGAAGCAAATG 801
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 705 TACTGCCTCTGGAGGGAGGAAAATAAGGAACCTATGAAAGATACCAAGGTGAAGCAAATG 764
Query 802 AAGGACCAGCTGTTTGTGGCTAGAGCATACTATCCCAGTATTGCTAAAATGCCTTCTCAA 861
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 765 AAGGACCAGCTGTTTGTGGCTAGGGCATACTATCCCAGTATTGCTAAAATGCCTTCTCAA 824
Query 862 AGCAAGTTGACTCGGGATATGAAACAGAATATCCAAGAGTTTGAGCGTATTCTTAGTGAA 921
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 825 AGCAAGTTGACTAGGGATATGAAACAGAATATCCAAGAGTTTGAGCGTATTCTTAGTGAA 884
Query 922 AGTTCTCAAGATGCTGACCTTCCACCACAGGTTGATAAAAAGTTGCAGAAGATGGAAGCT 981
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 885 AGTTCTCAAGATGCTGACCTTCCACCACAGGTTGATAAAAAGTTGCAGAAGATGGAAGCT 944
Query 982 GTAATTGCAAAGGCAAAGTCTTTTCCAGTCGACTGTAACAATGTTGACAAGAAATTGAGA 1041
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 945 GTAATTGCAAAGGCAAAGTCTTTTCCAGTCGACTGTAACAATGTTGACAAGAAATTGAGA 1004
Query 1042 CAGATCCTTGATTTGACTGAGGATGAAGCTAGTTTCCACATGAAACAGAGTGTGTTCCTC 1101
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1005 CAGATCCTTGATTTGACTGAGGATGAAGCTAGTTTCCACATGAAACAGAGTGTGTTCCTC 1064
Query 1102 TACCAGCTTGCAGTACAGACAATGCCTAAGAGTCTTCATTGCTTGTCAATGCGACTAACT 1161
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1065 TACCAGCTTGCAGTACAGACAATGCCTAAGAGTCTTCATTGCTTGTCAATGTGACTAACT 1124
Query 1162 GTGGAACATTTCAAGTCAGATTCACTTGAGGATCCCATTAGTGAGAAATTTTCAGATCCC 1221
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1125 GTGGAACATTTCAAGTCAGCTTCACTTGAGGATCCCATTAGTGAGAAATTTTCAGATCCC 1184
Query 1222 TCATTACTTCACTTTGTTATCATCTCCGATAATATACTAGCATCGTCCGTTGTGATCAAC 1281
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 TCATTGCTTCACTTTGTTATCATCTCCGATAATATACTTGCATCGTCCGTTGTGATCAAC 1244
Query 1282 TCAACGGTTGTACATGCAAGGGACAGTAAAAACTTTGTTTTCCATGTACTGACAGACGAG 1341
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1245 TCAACAGTTGTACACGCAAGGGACAGTAAAAACTTTGTTTTCCATGTACTGACAGACGAG 1304
Query 1342 CAGAATTACTTTGCAATGAAACAATGGTTTATTAGGAATCCTTGCAAACAATCAACTGTT 1401
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1305 CAGAATTACTTTGCAATGAAACAATGGTTTGTTAGGAATCCCTGCAAACAATCAACTGTT 1364
Query 1402 CAAGTATTGAACATTGAAAAACTCGAGCTGGACGATTCTGATATGAAACTGTCTTTGTCT 1461
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1365 CAAGTATTGAACATTGAAAAACTCGAGCTGGACGATTCTGATATGAAATTGTCTTTGCCT 1424
Query 1462 GCGGAGTTCCGTGTTTCCTTCCCCAGTGGTGACCTTTTGGCGTCTCAACAGAATAGAACA 1521
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1425 GCGGAGTTCCGTGTTTCCTTCCCCAGTGGTGACCTTTTGGCGTCCCAACAGAATAGAACA 1484
Query 1522 CACTACTTATCCCTTTTCTCTCAATCTCACTATCTTCTTCCCAAATTATTTGACAAATTG 1581
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1485 CACTACTTATCCCTTTTCTCTCAATCTCACTACCTTCTTCCCAAATTATTTGACAAATTG 1544
Query 1582 GAGAAGGTTGTGATTCTGGATGATGACGTTGTAGTCCAGCGAGACTTATCTCCCCTTTGG 1641
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1545 GAGAAGGTTGTGGTTCTGGATGATGACGTTGTAGTCCAGCGAGACTTATCTCCCCTTTGG 1604
Query 1642 GACCTTGATATGGAAGGGAAAGTGAATGGCGCTGTTAAGTCGTGCACTGTGAGATTGGGT 1701
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1605 GACCTTGATATGGAAGGGAAAGTGAATGGCGCTGTGAAGTCGTGCACTGTGAGATTGGGT 1664
Query 1702 CAGCTAAGGAGTCTCAAGAGAGGAAATTTTGATACCAATGCTTGTCTCTGGATGTCTGGT 1761
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1665 CAGCTAAAGAGTCTCAAGAGAGGAAATTTTGATACCAATGCCTGTCTCTGGATGTCTGGT 1724
Query 1762 TTGAATGTCGTTGATCTTGCTAGATGGAGGGCATTGGGTGTTTCAGAAACCTATCAAAAA 1821
|||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 1725 TTGAATGTTGTTGATCTTGCTAGATGGAGGGAATTGGGTGTTTCAGAAAACTATCAGAAA 1784
Query 1822 TATTATAAAGAGATGAGTAGTGGAGATGAGTCGAGCGAAGCAATTGCATTGCAGGCAAGC 1881
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1785 TATTATAAAGAGATGAGTGGTGGAGATGAGTCGAGTGAAGCAATTGCATTGCAGGCAAGC 1844
Query 1882 TTGCTCACATTTCAAGACCAAGTATATGCTCTTGACGACAAATGGGCTCTATCAGGGCTT 1941
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1845 TTGCTTACATTTCAAGACCAAGTTTATGCTCTTGACGACAAATGGGCTCTATCAGGGCTT 1904
Query 1942 GGTTATGACTACTACATCAATGCACAAGCCATAAAAAACGCAGCCATATTGCACTATAAC 2001
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||
Sbjct 1905 GGTTATGACTACTACATCAATGCCCAAGCCATAAAAAATGCTGCCATATTACACTATAAC 1964
Query 2002 GGGAACATGAAGCCGTGGCTTGAGCTGGGAATCCCAAATTACAAAAACTATTGGAGAAGG 2061
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 1965 GGGAACATGAAGCCGTGGCTTGAGCTGGGAATCCCAAAGTACAAAAACTATTGGAGAAAG 2024
Query 2062 CATCTGAGTCGGGAAGATCGGTTCTTGAGTGACTGTAACGTGAATCCTTGATGAGTAAGT 2121
||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2025 CATCTGAATCGAGAAGATCGGTTCTTGAGTGACTGTAACGTGAATCCTTGATGAGTAAGT 2084
Query 2122 AGCTACACGGCCAATGCTTTTAGAAGCAAGGTCACACGC 2160
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2085 AGCTACACGGCCAATGCTTTTAGAAGCAAGGTCACACGC 2123
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 81284582830
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5