BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G38910.1
Length=1752
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg345668 jgi|Araly1|345668|fgenesh1_pg.C_scaffold_4002010 2872 0.0
> Ahg345668 jgi|Araly1|345668|fgenesh1_pg.C_scaffold_4002010
Length=1761
Score = 2872 bits (1555), Expect = 0.0
Identities = 1695/1762 (96%), Gaps = 11/1762 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGGAAACACATGCGTGGGTCCGAATCTGAACCCTAATGGATTCCTTCAATCCGTTAGT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGGAAACACATGCGTGGGTCCGAATCTGAACCCTAATGGATTCCTTCAATCCGTTAGT 60
Query 61 GCTGCCGTGTGGCGGAATCAGAAACCAGACGATAGCATTAAGAGCAGCAAGGACGAGAGC 120
||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||
Sbjct 61 GCTGCTGTGTGGCGGAATCAGAAACCAGACGATAGCCTTAAGAGCAGCAAAGATGAGAGC 120
Query 121 AGTCGAAAAAAGAACGATAAAAGCGTTAATGGCGACGACAGTAACGGTCACGTTTCCTCC 180
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 121 AGTCGAAAAAAGAACGATAAGAGCGTTAATGGCGACGATAGTAACCCTCACGTTTCCTCC 180
Query 181 ACCGTGGATCCAGCACCATCCACGTTGCCAACACCGAGCACACCACCACCTCCGGTGAAA 240
|||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 181 ACCGTGGATCCAGCACAACCCACGTTGCCAACACCAAGCACGCCACCACCTCAGGTGAAA 240
Query 241 ATGGCCAACGAAGAACCACCACCAAAACCTATCACAGAGAAC---A------AAGAAGAT 291
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||
Sbjct 241 ATGGCCAACGAAGAACCACCACCAAAACCTATCCCAGAGAACAAAATCGTCGAAGAAGAT 300
Query 292 CCGAATTCGAAA-CCGCAGAAGAAAGAAGCGCACATGAAACGTATGGCAAGCGCAGGTCT 350
| ||||| ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GCAAATTC-AAAGCCACAGAAGAAAGAAGCCCACATGAAACGTATGGCAAGCGCAGGTCT 359
Query 351 ACAAATAGACTCAGTTCTTGGGAGAAAAACAGAGAATCTCAAAGATATATACAGTGTTGG 410
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 ACAAATAGACTCAGTTCTTGGGAGAAAAACAGAGAATCTCAAAGATATATACAGTGTTGG 419
Query 411 GAGAAAATTAGGTCAAGGACAATTTGGAACAACGTTTCTTTGCGTGGATAAGAAGACAGG 470
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 GAGAAAATTAGGTCAAGGACAATTTGGAACAACGTTTCTTTGCGTGGATAAGAAGACAGG 479
Query 471 TAAAGAGTTCGCTTGTAAAACGATAGCTAAGAGGAAATTAACAACACCTGAGGATGTTGA 530
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TAAAGAATTCGCTTGCAAAACGATAGCTAAGAGGAAACTAACAACACCTGAGGATGTTGA 539
Query 531 AGATGTGAGAAGAGAGATTCAGATAATGCATCATTTGTCTGGTCATCCAAACGTGATTCA 590
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 AGATGTGAGAAGAGAGATTCAGATAATGCATCATTTGTCTGGTCATCCAAACGTGATTCA 599
Query 591 GATCGTTGGTGCGTATGAAGATGCAGTAGCTGTTCATGTTGTGATGGAGATTTGTGCAGG 650
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GATAGTTGGTGCGTATGAAGATGCAGTAGCTGTTCATGTTGTGATGGAGATTTGTGCAGG 659
Query 651 TGGAGAGTTATTTGATAGGATTATACAGAGAGGGCATTATACTGAGAAAAAAGCTGCTGA 710
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TGGAGAGTTATTTGATAGGATTATACAGAGAGGACATTATACTGAGAAAAAAGCTGCTGA 719
Query 711 GCTTGCTAGGATCATTGTTGGTGTTATAGAAGCTTGTCATTCTTTAGGTGTAATGCACCG 770
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 720 GCTTGCTAGGATCATTGTTGGTGTTATAGAAGCTTGTCATTCTTTAGGTGTGATGCACCG 779
Query 771 TGATCTTAAGCCTGAGAATTTTTTATTTGTTAGTGGAGATGAAGAAGCTGCTCTCAAGAC 830
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TGATCTTAAGCCTGAGAATTTCTTGTTTGTTAGTGGAGATGAAGAAGCTGCTCTCAAGAC 839
Query 831 TATTGATTTTGGCCTCTCTGTTTTCTTTAAACCAGGAGAAACATTCACTGATGTCGTTGG 890
|||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 840 TATTGATTTTGGTCTCTCTGTCTTCTTTAAACCAGGAGAAACATTCACTGATGTAGTTGG 899
Query 891 TAGTCCTTATTATGTGGCACCAGAAGTTTTAAGGAAACATTATAGTCATGAATGTGATGT 950
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GAGTCCTTATTATGTGGCACCAGAAGTTTTAAGGAAACATTATAGTCATGAATGTGATGT 959
Query 951 TTGGAGTGCCGGAGTTATTATTTACATTTTACTAAGTGGCGTCCCTCCGTTTTGGGATGA 1010
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 960 TTGGAGTGCTGGAGTTATTATATACATTTTACTAAGTGGTGTTCCTCCGTTTTGGGATGA 1019
Query 1011 AACGGAACAGGGGATCTTTGAGCAGGTTTTGAAAGGTGACCTTGATTTTATATCAGAACC 1070
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 AACGGAACAGGGGATCTTTGAGCAGGTTTTGAAAGGTGACCTTGATTTTATATCAGAACC 1079
Query 1071 ATGGCCTAGTGTATCAGAAAGTGCCAAGGATTTGGTCCGTCGGATGCTAATCAGAGACCC 1130
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 ATGGCCTAGTGTATCAGAAAGTGCTAAAGATTTGGTCCGTCGGATGCTAATCAGAGACCC 1139
Query 1131 TAAGAAGCGAATGACTACTCATGAAGTTCTCTGTCATCCATGGGCCAGAGTAGATGGTGT 1190
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TAAGAAGCGAATGACTGCTCATGAAGTTCTCTGTCATCCTTGGGCCAGAGTAGATGGTGT 1199
Query 1191 TGCTCTTGATAAACCTCTTGATTCTGCTGTCCTAAGTCGTTTGCAACAATTTTCAGCCAT 1250
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1200 TGCTCTTGATAAACCTCTTGATTCTGCTGTCCTTAGTCGTTTGCAACAGTTTTCAGCCAT 1259
Query 1251 GAACAAGCTCAAGAAAATAGCTATCAAGGTAATAGCAGAAAGCTTGTCAGAGGAAGAAAT 1310
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1260 GAACAAGCTCAAGAAAATTGCTATCAAGGTAATAGCAGAGAGCTTGTCAGAGGAAGAGAT 1319
Query 1311 AGCAGGATTGAAGGAAATGTTCAAGATGATAGATACAGATAATAGTGGACACATCACTCT 1370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 AGCAGGATTGAAGGAAATGTTCAAGATGATAGATACAGACAATAGTGGACACATCACTCT 1379
Query 1371 CGAAGAACTCAAGAAAGGTTTGGACAGAGTTGGTGCTGACCTTAAAGATTCAGAAATACT 1430
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1380 AGAAGAACTCAAGAAAGGTTTAGACAGAGTTGGTGCTGACCTTAAAGATTCAGAAATATT 1439
Query 1431 AGGATTAATGCAAGCAGCGGATATAGATAACAGTGGGACAATAGACTATGGAGAGTTTAT 1490
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 AGGATTAATGCAGGCAGCGGATATAGATAACAGTGGGACTATAGACTATGGAGAGTTTAT 1499
Query 1491 AGCAGCAATGGTGCATTTGAACAAAATAGAGAAAGAAGACCATTTGTTCACAGCATTCTC 1550
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 AGCAGCGATGGTGCATTTGAACAAAATAGAGAAAGAAGACCATTTGTTCACAGCATTCTC 1559
Query 1551 TTACTTTGACCAAGATGGAAGTGGTTATATAACCAGAGACGAGCTCCAACAAGCTTGCAA 1610
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 TTATTTTGACCAAGATGGAAGTGGTTATATAACCAGAGACGAGCTCCAACAAGCTTGCAA 1619
Query 1611 GCAATTTGGCTTAGCGGATGTTCATTTAGACGACATTTTACGCGAAGTCGATAAAGACAA 1670
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1620 GCAATTTGGCTTAGCGGATGTTCATTTGGACGACATTTTACGCGAAGTCGATAAGGACAA 1679
Query 1671 CGATGGAAGAATAGACTACAGCGAGTTTGTGGATATGATGCAAGACACTGGTTTTGGCAA 1730
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 CGATGGAAGAATAGATTACAGCGAGTTCGTGGATATGATGCAAGACACTGGTTTTGGCAA 1739
Query 1731 AATGGGTTTAAAGGTGAGTTGA 1752
||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1740 AATGGGTCTAAAGGTGAGTTGA 1761
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 65743762870
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5