BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G39230.1
Length=2604
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg934677 jgi|Araly1|934677|scaffold_402665.1 3962 0.0
> Ahg934677 jgi|Araly1|934677|scaffold_402665.1
Length=2654
Score = 3962 bits (2145), Expect = 0.0
Identities = 2460/2613 (94%), Gaps = 18/2613 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGACTACTTTCATGGTTTCCAAACGATTTCGTCCACCTATTTTTCTCCATCGTTTTATA 60
|||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 26 ATGAGTACTTTCGTGGCTTCCAAACGATTCCGTCCACCTCTTTTTCTCCATCGTTTGATA 85
Query 61 AATCCAAAACCCATTTCTTCACAG-ACTCGATTTCTCCATCCACCGGATAATCAAAGTCG 119
|| || |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 86 AACCCTAAACCCATTTCTTCACAGTA-TCGATTTCTCCATCCACCGGATAATCAAAGTCG 144
Query 120 AGACATTTCCGATTCCACTACTGAAACCATCTCA-ACACTAGAATTTCCTCATAAAACCT 178
||||||||||||||| || |||||| | ||||| | ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 145 AGACATTTCCGATTCTACCACTGAAGTCTTCTCAGA-ACTAGAATTTCCTCATAAAGCCT 203
Query 179 CTGTACCAAATCATTCACCTTTAACTTCAACCTCTGAGACTGAGAATCATGTGGACGACG 238
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 204 CTGGACCAAATCATTCACCTTTAATTTCAACCTCTGAGACTGACAATCATGTGGACGACG 263
Query 239 CTCGTGTAATCGAAGTGCTTCTAGGTCGTAGAAACGACCCAGTCTCAGCTCTTCAGTACT 298
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 264 CTCATGTAATCGAAGTGCTTCTAGGTCGTAGAAACGACCCAGTCTCAGCTCTTCAATACT 323
Query 299 GCAATTGGGTCAAGCCTTTACATCGTCTCTGTGAAGGTGGAGATGTCTTCTGGGTACTTA 358
||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 324 GCAATTGGGTCAAGCCTTTACGTAGTCTCTGTGAAGGTGGAGATGTCTTCTGGGTACTCA 383
Query 359 TTCATA-TC-CTTCTAAGCTCTATTCACACTCACGATCGTGCCAGCAATTTGCTCGTAAT 416
|||||| || ||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 384 TTCATATTCTCTT-T-AGCTCTCCTCACACTCACGATCGTGCCAGCAATTTGCTCGTAAT 441
Query 417 GTTCGTTTCGAA-CAATCCAACGCTAATTCCAAACGTAATGGTTAACAATTTGGTTGATT 475
||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 442 GTTCGTTTC-AAGCAATCCAACGCTAATTCCAAGCGCAATGGTTAACAATTTGGTTGATT 500
Query 476 CGTCTAAACGGTTTGGTTTTGAACTTACCCCACGAGCTTTCAATTACTTGTTGAATGCTT 535
|||||||| |||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 501 CGTCTAAAAGGTTTGATTTTGAACTTAGCTCACGAGCTTTCAATTACTTGTTGAATGCTT 560
Query 536 ATATTCGAAACAAGCGAATGGATTATGCTGTAGATTGCTTTGGTTTGATGGTGGATCGAA 595
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 561 ATATTCGAAATAGGCGAATGGATTATGCTGTAGATTGCTTTAATTTGATGGTGGATCGAA 620
Query 596 AGGTTGTTCCTTTTGTGCCATATGTGAACAATGTTCTAAGTTCTTTAGTTAGAAGTAATT 655
| || ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 621 ATGTGGTTCCTTTTGTTCCATATGTGAACAATGTTTTAAGCTCTTTAGTTCGAAGTAATT 680
Query 656 TGATAGATGAAGCTAAGGAGATTTATAATAAGATGGTTTTAATTGGTGTTGCTGGTGATA 715
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 681 TGATAGATGAAGCTAAGGAGATTTATAATAAGATGGTTTTGATTGGTGTTGCTGGTGATA 740
Query 716 ATGTAACTACACAGTTGTTGATGCGAGCTAGTTTGAGAGAGAGGAAGCCTGAAGAGGCTG 775
|||| || || |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||
Sbjct 741 ATGTTACGACGCAGTTGTTGATGCGAGCTAGTTTGAGAGAGCGAAAGCCCGAAGAGGCTG 800
Query 776 TGAAAATTTTCAGGAGAGTTATGAGTAGAGGAGCAGAACCAGATGGTTTGTTGTTTAGTC 835
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 801 TGAAAATTTTCAGAAGAGTTATGAGTAGAGGAGCAGAACCAGATGGTTTGTTGTTTAGTC 860
Query 836 TTGCTGTTCAAGCTGCTTGTAAGACGCCA-GATTTGGTTATGGCTTTGGATTTGTTGAGG 894
|||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 861 TTGCTGTTCAAGCTGCTTGTAAGATG-AAGGATTTGGTTATGGCTTTGGATTTGTTGAGA 919
Query 895 GAAATGAGGGGGAAGTTAGGTGTCCCGGCCTCGCAGGAAACGTATACTAGTGTGATTGTG 954
|||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 920 GAAATGAGGGAGAAGGGAGGTGTCCCGGCCTCGCAGGAAACGTATACTAGTGTGATTGTG 979
Query 955 GCTTTTGTGAAGGAAGGTAATATGGAGGAGGCAGTGAGGGTTATGGATGAGATGGTTGGT 1014
|||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 980 GCTTGTGTGAAGGAAGGTAATATGGAGGAGGCGGTGAAGGTTAAGGATGAGATGGTTGGT 1039
Query 1015 TTTGGGATACCGATGAGTGTAATTGCTGCAACGAGTTTGGTTAATGGATATTGCAAGGGG 1074
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| |||
Sbjct 1040 TTTGGGATACCGATGAGTGTTATTGCTGCAACGAGTTTGATTACTGGATTTTGCAATGGG 1099
Query 1075 AATGAGTTAGGTAAGGCTTTGGATTTGTTTAATAGAATGGAGGAGGAAGGGCTGGCTCCG 1134
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1100 AATGAGTTGGGTAAGGCTTTGGATTTCTTTAATAGAATGGAGGAGGAAGGGCTGGCTCCG 1159
Query 1135 GACAAAGTTATGTTTTCGGTTATGGTCGAATGGTTTTGTAAGAATATGGAGATGGAGAAA 1194
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1160 GACAAAGTTATGTTTTCGGTTATGATCGAATGGTTTTGTAAGAATATGGAGATGGAGAAA 1219
Query 1195 GCTATTGAGTTTTATATGAGGATGAAATCTGTAAGGATTGCTCCTTCATCTGTTCTTGTC 1254
||| ||||| |||| | | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1220 GCTGTTGAGATTTACAAGCGGATGAAATCTGTAGGGATTGCTCCTTCATCTGTTCTTGTC 1279
Query 1255 CATACAATGATCCAAGGGTGTTTGAAAGCTGAGTCACCAGAAGCGGCGCTAGAAATCTTT 1314
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1280 CACACAATGATCCAAGGATGTTTGAAAGCTGAGTCACCAGAAGCGGCGCTAGAAATCTTT 1339
Query 1315 AACGACAGTTTTGAAAGCTGGATTGCGCATGGTTTTATGTGTAACAAGAtttttttATTG 1374
|||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1340 AACGACAGTTTTGAAACCTGGATTGCGCACGGTTTCATGTGTAACAAGATTTTCTTATTG 1399
Query 1375 TTTTGCAAGCAAGGTAAAGTCGATGCTGCAACAAGCTTTTTGAAGATGATGGAGCAA-AA 1433
|| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || ||
Sbjct 1400 TTATGCAAGCAAGGTAAGGTCGATGCTGCGACAAGCTTTTTGAGGATGATGGA-AAACAA 1458
Query 1434 AGGGATTGAGCCGAATGTAGTTTTTTACAATAACATGATGCTTGCTCATTGCAGAATGAA 1493
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1459 AGGGATTGAGCCGAATGTAGTTTTTTACAATAACATGATGCTTGCTCATTGCAGAATGAA 1518
Query 1494 AAACATGGACTTGGCTCGTTCAATATTTTCTGAAATGCTGGAAAAGGGTCTAGAGCCGAA 1553
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 1519 AAACATGGACTTGGCTCGTTCAATATTTTCGGAAATGCTGGAAAAGGGTCTACAACCGAA 1578
Query 1554 TAACTTCACTTATTCCATCTTGATCGATGGATTTTTCAAGAAT-AAGGATGAACAGAATG 1612
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 1579 TAACTTCACTTATTCCATCTTGATTGATGGATTTTTCAAGAATCAAG-ATGAACAGAATG 1637
Query 1613 CTTGGGATGTCATCAATCAGATGAATGCTTCCAATTTCGAAGCTAATGAAGTCATATATA 1672
||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1638 CTTGGGAAGTCATCAATCAGATGATTGCTTCCAATTTCGAAGCTAATGAAGTCATATATA 1697
Query 1673 ATACGATCATCAATGGTTTGTGTAAAGTTGGTCAGACGTCTAAAGCCAAAGAGATGTTGC 1732
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 1698 ATACGATCATCAATGGTTTGTGCAAAGTTGGTCAGACATTTAAAGCCAAAGAGATGTTGC 1757
Query 1733 AAAATTTGATCAAAGAAAAGCGCTATTCCATGAGTTGCACGAGTTACAATAGCATCATAG 1792
|||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1758 AAAATTTGATAAAAGAAAAGCGCTATTCCATGGGTTGCACGAGTTACAATAGCATTATAG 1817
Query 1793 ATGGATTCGTCAAAGTAGGTGATACTGATTCCGCTGTCGAAACTTACAGAGAGATGAGTG 1852
||||||| |||||| |||||| || ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1818 ATGGATTTTTCAAAGAAGGTGACACCGATTCTGCTGTAGAAGCTTACAGAGAGATGAGTG 1877
Query 1853 AAAACGGTAAATCTCCAAATGTTGTAACCTTCACCAGCTTGATCAATGGATTCTGCAAAA 1912
||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1878 AAAACGGTATATCCCCAAATGTTGTAACCTTCACCAGCTTGATCAATGGATTCTGCAAAA 1937
Query 1913 GTAACCGAATGGATCTAGCTCTTGAAATGACACACGAAATGAAAAGCATGGAGTTGAAAC 1972
||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 1938 GTAACAGAATGGATCTAGCTCTTGAAATGATACACGAAATGAAAAGCAAGGATTTGAAAC 1997
Query 1973 TTGATCTTCCAGCCTACGGTGCACTAATAGACGGGTTCTGTAAAAAGAATGACATGAAAA 2032
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1998 TTGATGTTCCAGCCTACGGTGCACTAATAGACGGGTTCTGTAAAAAGCATGACATGAAAA 2057
Query 2033 CCGCATATACTTTGTTCTCTGAACTGCCGGAACTAGGATTGATGCCAAATGTGTCTGTCT 2092
||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2058 CCGCATATACTCTGTTCTCTGAACTGCTGGAACTAGGATTGATGCCAAATGTGTCTGTCT 2117
Query 2093 ACAATAGTTTGATTTCAGGATTCCGTAATCTGGGAAAGATGGATGCAGCGATTGACTTGT 2152
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2118 ACAATAATTTGATTTCAGGATTCCGTAATCTGGGAAAGATGGATGCAGCAATTGACTTGT 2177
Query 2153 ACAAGAAAATGGTGAATGATGGAATAAGTTGTGATCTGTTTACATATACAACGATGATCG 2212
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2178 ACAAGAAAATGGTGAATGACGGGATAAGTTGTGATCTGTTTACATATACAACGATGATCG 2237
Query 2213 ACGGGTTGTTAAAAGATGGAAATATAAATCTTGCCTCTGATTTGTACTCGGAGTTGCTTG 2272
| |||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2238 ATGGGTTGTTAAAAGACGGAAATCTAATTCTTGCCTCTGATTTGTACTCGGAGTTGCTTG 2297
Query 2273 ATTTAGGTATTGTCCCTGATGAAAT-CTTGCACATGGTACTTGTCAACGGTCTTAGTAAG 2331
||| |||||||||||||||||||| || | || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2298 CTTTGGGTATTGTCCCTGATGAAATTCT-GTACGTGGTACTTGTCAACGGTCTTAGTAAG 2356
Query 2332 AAGGGACAGTTTTTGAAAGCTAGCAAGATGTTAGAGGAGATGAAGAAGAAAGATGTGACT 2391
|||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2357 AAGGGACAGTTTGTGAGAGCAAGCAAGATGTTAGAGGAGATGAAGAAGAAAGATGCGACT 2416
Query 2392 CCAAATGTGCTTCTATACAGTACTGTTATTGCAGGACATCATAGAGAAGGAAATCTCAAT 2451
|||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2417 CCAAATGTGCTTATATACAGTACTGTTATCGCAGGACATCACAGAGAAGGAAATCTCAAT 2476
Query 2452 GAGGCTTTTAGACTTCATGATGAGATGCTTGAGAAAGGTATTGTACATGATGATACTGTA 2511
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 2477 GAGGCTTTTAGACTTCATGATGAGATGCTTGAGAAAGGTCTTGTACATGATGATACTATA 2536
Query 2512 TTCAATTTACTCGTGAGTGGAAGAGTTGAGAAACCTCCTGCTGCATCCAAGATTAGTAGC 2571
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2537 TTCAATTTACTCGTGAGTGGAAGAGTTGAGAAACCTCCTGCTGCAGCCAAGATTAGTAGC 2596
Query 2572 TTGGCTTCTCCTGAGATGAGATCGAGCTACTAA 2604
|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2597 TTGGCTTCTCCTGAGATGAGATCGAGCTACTAA 2629
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 98196651610
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5