BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G39260.1
Length=3879
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg934680 jgi|Araly1|934680|scaffold_402668.1 6043 0.0
Ahg934712 jgi|Araly1|934712|scaffold_402700.1 531 2e-149
Ahg887761 jgi|Araly1|887761|Al_scaffold_0879_1 361 3e-98
> Ahg934680 jgi|Araly1|934680|scaffold_402668.1
Length=3593
Score = 6043 bits (3272), Expect = 0.0
Identities = 3491/3597 (97%), Gaps = 13/3597 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 75 TTATCTCCCTGAACCCTAATGGATCATCCAGAAGATGAATCCCACAGCGAGAAACAAGAC 134
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3 TTATCTACCTGAACCCTAATGGATCATCCAGAAGATGAAACCCACAGCGAGAAACAAGAC 62
Query 135 GACGAGGAAGCTCTTGCTCGTCTTGAAGAGATTAAGAAGTCAATTGAAGCTAAACTGACT 194
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||
Sbjct 63 GACGAGGAAGCTCTTGCTCGTCTTGAAGAGATTAAGAAGTCAGTGGAAGCTAAAATGACT 122
Query 195 CTTCGTCAAAACAATCTCAATCCTGAACGACCTGATTCAGCATATCTTAGGACTCTAGAT 254
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 123 CTTCGTCAAAATAATCTCAATCCTGAACGACCTGATTCAACATATCTTAGGACTCTGGAT 182
Query 255 TCTAGTATCAAGCGGAATACAGCAGTTATTAAGAAGTTAAAGCAGATCAATGAAGAGCAG 314
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 183 TCTAGTATCAAGCGGAATACAGCAGTTATCAAGAAGTTAAAGCAGATCAATGAGGAGCAG 242
Query 315 CGAGAAGGGTTGATGGATGATCTGCGAGGTGTTAACCTTAGCAAATTCGTTAGTGAAGCT 374
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 243 CGAGAAGGGTTGATGGATGATCTCCGAGGTGTTAACCTTAGCAAATTCGTTAGTGAAGCT 302
Query 375 GTTACTGCCATTTGTGAGGCTAAGCTCAAAAGCTCAGATATACAAGCAGCTGTTCAGATT 434
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 303 GTTACTGCCATTTGTGAGGCTAAGCTCAAAAGCTCAGATATACAAGCAGCTGTTCAGATT 362
Query 435 TGCTCGCTACTTCATCAGAGGTATAAAGAATTTTCTGCC-AGTCTAACACAAGGGCTCTT 493
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 363 TGCTCGCTACTTCATCAGAGGTATAAAGAATTTTCT-CCTAGTCTAACACAAGGGCTCTT 421
Query 494 GAAAGTCTTCTTTCCTGGAAAATCTGCCGAAGATTTAGAAGCTGATAAAAACTCAAAGGC 553
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 422 GAAAGTCTTCTTTCCTGGAAAATCTGCCGAAGATTTAGATGCGGATAAAAACTCAAAGGC 481
Query 554 CATGAAAAAGCGCAGTACCCTAAAACTTCTTCTGGAGCTCTACTATGTTGGAGTAATAGA 613
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 482 CATGAAAAAGCGCAGTTCCCTAAAACTTCTTCTGGAGCTCTACTATGTTGGATTAATAGA 541
Query 614 AGATAGTAACATCTTTATCAATATTATTAAGGATCTTACCAGTGTTGAACAACTGAAAGA 673
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 542 AGATAGTAACATCTTTATCAATATTATTAAGGATCTCACCAGTGTTGAACAACTGGAAGA 601
Query 674 CAGAGATACGACCCAAACAAATCTGACACTTCTCACCAGTTTTGCTCGGCAAGGAAGAAT 733
|||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 602 CAGAGATACGACCCAAACAAATTTGACTCTTCTTGCCAGTTTTGCTCGGCAAGGAAGAGT 661
Query 734 TTTTCTGGGGCTTCCTATCTCTGGACAAGACGAAGATTTTTTCAAGGGTCTCGACGTCAC 793
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 662 TTTTCTGGGGCTTCCTATTTCTGGACATGACGAAGATTTTTTCAAGGGTCTCGACGTCAC 721
Query 794 TGCAGATCAGAAAAAGAGTTTTAAGAAAGCTTTCAACACATATTATGATGCTCTTGCAGA 853
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 722 TGCAGATCAGAAAAAGAGTTTTAAGAAAGCTTTCAACACATGTTATGATGCTCTGGCAGA 781
Query 854 TCTCCTTCAGTCTGAGCACAAGTTACTTCTCCAAATGGAGAAAGAAAATGCAAAGCTGGT 913
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 782 TCTCCTTCAGTCTGAGCACAAGTTACTTCTCCAAATGGAGAAAGAAAATGCAAAACTGGT 841
Query 914 AAATGCTAAAGGAGAGCTTAGTGAAGACAGTGCATCTTCTTATGAAAAGCTGAGGAAATC 973
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 AAATGCTAAAGGGGAGCTTAGTGAAGACAGTGCATCTTCTTATGAAAAGCTGAGGAAATC 901
Query 974 ATACGACCATCTCTATCGAAATATCTCATCTTTGGCCGAAGCACTTGATATGCAACCTCC 1033
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 902 ATATGACCATCTCTATCGAAATATCTCATCTTTGGCCGAATCACTTGATATGCAACCTCC 961
Query 1034 TGTTATGCCAGAGGATGGTACAACTAGGCTCACAGCAGGGGACGAAGCTTCACCCTCTGG 1093
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 962 TGTTATGCCAGAGGATGGTACAACTAGGCTCACAGCAGGGGACGAAGCCTCACCTTCTGG 1021
Query 1094 TACTGTAAAAGATACATCTGTCCCGGAACCTATTTGGGACGACGAAGACACCAAGACATT 1153
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1022 TGCTGTAAAAGATACATCTGTCCCGGAACCTATTTGGGACGACGAAGACACCAAGACATT 1081
Query 1154 TTACGAGTGCTTGCCTGATCTGAGGGCATTTGTTCCAGCAGTATTGTTGGGAGAAGCAGA 1213
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1082 TTACGAGTGCTTGCCTGATCTGAGGGCATTTGTTCCAGCAGTATTGTTGGGAGAAGCAGA 1141
Query 1214 GCCTAAATCAAATGAGCAATCTGCTAAGGCAAAAGAGAAACT-CTCTGAGTCTAGCTCTG 1272
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||
Sbjct 1142 GCCCAAATCAAATGAGCAATCTGCTAAGGCAAAAGATAAA-TCCTCTGAGTCTAGCTCTG 1200
Query 1273 AAGTTGTTGAAAATCAACAAACAACCGAAGATACAACAGAGGTTTCTGCTGATTCTGCTA 1332
||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1201 AAGTTGTCGAAAATCAACAACCAACCGAAGATACAACAGAGGTTTCTGCTGATTCTGGTA 1260
Query 1333 GTATGGATGATCGATCAAATGCTGAGCAGCCaaaagagaaggaagaagtagaaaaggaaa 1392
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 GTATGGCTGATGGATCAAATGCTGAGCAGCCAAAAGAGAAGGAAGAAGTAGAAAAGGAAA 1320
Query 1393 aggctaaggatactaag-aaggaaaaaggaaaagagaaggatagtgagaa-aaagatgga 1450
||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| |||||
Sbjct 1321 AGGCTAAGGATGCT-AGAAAGGAAAAAGGAAAAGAAAAGGATAGTGACAAGAAA-ATGGA 1378
Query 1451 acatgagaaggagaaaggtaagagCCTTGACGTGGCAAACTTCGAAAGATTGTTACAGCG 1510
| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1379 AAATGAGAAGGAGAAAGGGAAGAGCCTTGACGTGGCAAACTTTGAAAGATTGTTACAGCG 1438
Query 1511 ACTTCCGGGTTGTGTTAGCCGGGATCTTATTGACCAGTTAACGGTGGAATATTGTTATTT 1570
|||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 ACTTCCTGGTTGCGTAAGCCGTGATCTTATTGACCAGTTAACGGTGGAATATTGTTATTT 1498
Query 1571 AAATTCCAAGACAAACAGaaaaaaaCTTGTCAAAGCGTTATTTAATGTCCCTAGGACATC 1630
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 AAATTCCAAGACAAACAGAAAAAAACTTGTCAAAGCGTTATTTAATGTCCCTAGGACATC 1558
Query 1631 TCTGGAGTTGCTAGCATACTATTCGCGTATGGTTGCAACACTAGCATCGTGCATGAAGGA 1690
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TCTGGAGTTGCTAGCATACTATTCGCGTATGGTTGCAACACTAGCATCGTGCATGAAGGA 1618
Query 1691 CATCCCGTCTATGCTTGTGCAGATGTTGGAAGACGAGTTTAATTCTCTGGTCCATAAAAA 1750
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 CATCCCGTCTATGCTTGTGCAGATGTTGGAGGACGAGTTTAATTCTCTGGTCCATAAAAA 1678
Query 1751 GGACCAAATGAATATTGAAACAAAAATCCGAAACATCAGATTTATTGGAGAACTCTGCAA 1810
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 GGACCAAATGAATATTGAAACAAAAATCCGAAACATCAGATTTATTGGAGAACTCTGCAA 1738
Query 1811 GTTTAAAATTGTACCTGCTGGTCTTGTATTCAGTTGTTTGAAGGCTTGCTTAGATGAATT 1870
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 GTTTAAAATTGTACCTGCTGGTCTTGTATTCAGTTGTTTGAAGGCTTGCTTAGATGAATT 1798
Query 1871 TACTCACCATAACATTGATGTTGCTTGCAATCTTCTGGAGACATGTGGCCGTTTCCTTTA 1930
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 TACTCATCATAACATTGATGTTGCTTGCAATCTTCTGGAGACATGTGGCCGTTTCCTTTA 1858
Query 1931 TCGGTCTCCTGAAACCACACTCAGGATGACAAATATGCTGGACATATTGATGCGCCTGAA 1990
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 TCGGTCTCCCGAAACCACACTCAGGATGACAAATATGCTGGACATATTGATGCGCCTGAA 1918
Query 1991 AAATGTCAAGAATTTAGATCCTCGTCAAAGCACTCTTGTGGAAAATGCCTACTACTTGTG 2050
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1919 AAATGTCAAGAATTTAGATCCTCGTCAAAGCACTCTTGTGGAAAATGCCTACTACCTGTG 1978
Query 2051 TAAACCTCCTGAAAGATCAGCAAGAATTTCTAAAGTTCGTCCACCATTGCATCAGTATGT 2110
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1979 TAAACCTCCTGAAAGATCAGCAAGAATTTCTAAAGTTCGTCCACCATTGCATCAGTATAT 2038
Query 2111 TCGAAAATTGCTATTCTCTGATCTTGATAAAGATTCCATTGCAAACGTACTGAAGCAACT 2170
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2039 TCGAAAATTGCTATTCTCGGATCTTGATAAAGATTCCATTGCAAACGTACTAAAGCAACT 2098
Query 2171 GCGGAAGCTGCCATGGAGTGAATGTGAGCAATACATCTTAAAGTGCTTTATGAAGGTTCA 2230
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 GCGGAAGCTGCCATGGAGTGAATGTGAGCAATACATGTTAAAGTGCTTTATGAAGGTTCA 2158
Query 2231 CAAGGGAAAGTATGGTCAGATTCACTTAATTGCTTCCTTGACTTCTGGTTTGAGCCGCCA 2290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 CAAGGGAAAGTATGGTCAGATTCACTTAATTGCTTCCTTGACTTCTGGTTTGAGCCGCCA 2218
Query 2291 TCATGATGAGTTTGTGGTGGCTGTTGTTGATGAGGTACTGGAGGAGATAAGGGTTGGGCT 2350
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 TCATGATGAGTTTGCGGTGGCTGTTGTTGATGAGGTACTGGAGGAGATAAGGGTTGGGCT 2278
Query 2351 TGAGTTGAATGAATATGGGGCACAACAGAAGCGGCTAGCCCATATGAGATTCTTAGGGGA 2410
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 TGAGTTGAATGAATATGGGGCACAACAGAAGCGACTAGCCCATATGAGATTCTTAGGGGA 2338
Query 2411 GCTGTACAACTATGAGCACGTAGATTCATCTGTGATATTCGAGACACTTTATTTAACTCT 2470
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| |||||||
Sbjct 2339 GCTGTACAACTATGAGCACGTAGATTCATCTGTGATTTTTGAGACGCTTTATCTAACTCT 2398
Query 2471 TTTATATGGTCATGATACTTCAGAGCAAGAGGTGCTGGATCCACCAGAAGATTTTTTCCG 2530
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2399 TTTATATGGTCATGATACTTCAGAGCAAGAGGTGCTGGATCCACCAGAAGACTTTTTCCG 2458
Query 2531 TGTCAGGATGGTTATCATTCTTCTGGAAACCTGTGGGCACTACTTTGATCGAGGTTCTTC 2590
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 TATCAGGATGGTTATCATTCTTCTGGAAACCTGTGGGCACTACTTTGATCGAGGTTCTTC 2518
Query 2591 AAAGAAAAGGCTTGATCAATTTTTAATACACTTCCAGAGATACATCCTGAGCAAGGGCCA 2650
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 AAAGAAAAGGCTTGATCAATTTTTAATACACTTCCAGAGATACATCCTGAGCAAGGGCCA 2578
Query 2651 CCTTCCACTGGATATTGAATTTGACTTGCAGGATCTATTTGCCAATTTGAGACCTAATAT 2710
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 2579 CCTTCCACTGGATATTGAATTTGACTTGCAGGATCTATTTGCCAATTTGAGGCCCAATAT 2638
Query 2711 GACTCGTTACTCAACCATTGATGAGGTCAATGCCGCTATACTTCAGCTGGAAGAGCGTGA 2770
|||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 GACTCGTTACGCAACCATTGATGAGGTCAATGCAGCTATACTTCAGCTGGAAGAGCGTGA 2698
Query 2771 ACATGCTTCTTCAGGAGACAAAGTCAGTATAGAAAGACACTCAGATACAAAGCCTTCAAA 2830
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2699 ACATGCTTCTTCAGGAGACAAAGTCAGTATAGATAGACACTCAGATACAAAGCCTTCAAA 2758
Query 2831 CAAGTCGTCTTCTGATGTTATCTCTTCTAACGGGAAAAGTACTGCCAAAGATATTAGAGA 2890
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2759 CAGGTCGTCTTCTGATGTTATCTCTTCTAACGGGAAAAGTACTGCCAAAGATATTAGAGA 2818
Query 2891 GAATGGAGAAGCTCACGGAGAAGAAAGCGACAGCGATTCTGGTAGTGGCTCCGTGGTTCG 2950
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2819 GAATGGAGAAGCTCACGGAGAAGAAAGCGATAGCGATTCTGGTAGTGGCTCCGTGGTCCG 2878
Query 2951 TGATGGACAGAACGAAGAGTTGGATGATGGAAATCATGAGCggggatctgagagtggtga 3010
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2879 AGATGGACAGAACGAAGAGTTGGATGATGGAAATCATGAGCGGGGATCTGAGAGTGGCGA 2938
Query 3011 tggggatga-ttatgatgatggcgatggacctggatctgatgatgatAAATTTCGTGTAA 3069
||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2939 TGGGGATGACTT-TGATGATGGCGATGGGCCTGGATCTGATGATGATAAATTTCGTGTAA 2997
Query 3070 GGCAAAAGGTGGTAACCGTAGATCTTGAGGAACAAGCGGACTTCGATCAAGAACTGAAGG 3129
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2998 GGCAAAAGGTGGTAACCGTAGATCCTGAGGAACAAGCGGACTTTGATCAAGAACTGAAGG 3057
Query 3130 CCTTACTTCAGGAGAGCATGGAGCAAAGGAAGCTAGAATTACGAGGTAGACCGGCATTGA 3189
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3058 CCTTACTTCAGGAGAGCATGGAGCAAAGGAAGCTAGAATTACGTGGTAGACCGGCATTGA 3117
Query 3190 ACATGACAATACCGATGAGTGTTTTTGAAGGATCTGGAAAAGATCATCATCATTTTGGGC 3249
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3118 ACATGACAATACCGATGAGTGTTTTTGAAGGATCTGGAAAAGATCACCATCATTTTGGGC 3177
Query 3250 GGGTAGTAGGTGAAAACGGTGAAGAAGTGTTGGATGAAGAGAATGGAGAGCAAAGAGAGG 3309
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3178 GGGTAGTAGGTGAAAACGGTGAAGATTTGTTGGATGAAGAGAACGGAGAGCAAAGAGAGG 3237
Query 3310 TTCAAGTGAAGGTCCTAGTGAAGAGAGGAAACAAACAACAAACAAGGCAAATGCTAATCC 3369
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3238 TTCAAGTGAAGGTCCTAGTGAAGAGAGGAAACAAACAACAAACAAGGCAAATGCTAATCC 3297
Query 3370 CGAGTGATTGTGCTCT-AGTGCAGAGCACAAAACAGAAAGAAGCTGCAGAATTGGAAGAG 3428
||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 3298 CGAGTGATTGTTC-CTTAGTGCAGAGCACAAAACAGAAAGAAGCAGCGGAATTGGAAGAG 3356
Query 3429 AAACAAGACATAAAGAGGTTAGTACTCGAGTACAATGAGAGGGATGAAGAGGAAGCAAAT 3488
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 3357 AAACAAGACATAAAGAGGTTAGTACTTGAGTACAATGAGAGGGACGAAGAGGAAGCTAAT 3416
Query 3489 GGGTTAGGAACACAGATATTGAATTGGACTTCTGGAGGAAGCAGAGGATCCACTCGAACC 3548
| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3417 GCGTTAGGAACACAGATATTGAACTGGACTTCTGGAGGAAGCAGAGGATCCACTCGAACC 3476
Query 3549 GGGGAAGGCAGTGGGAAGAGTGGTGGGTCTCGTCACCGGTTTTATTATCATCAAGGAGGT 3608
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3477 GGGGAAGGCAGTGGGAAGAGTGGTGGGTCTCGTCACCGGTTTTATTATCATCAAGGAGGT 3536
Query 3609 GGTGGTTCGTATCATGCCCGACGAAAGTAACTTC-ATCCGGTTTAGGGGGAAAATTT 3664
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3537 GGTGGTTCGTATCATGCCCGACGAAAGTAACTTCCATCCGGTTTAGGGGGGAAATTT 3593
> Ahg934712 jgi|Araly1|934712|scaffold_402700.1
Length=508
Score = 531 bits (287), Expect = 2e-149
Identities = 320/336 (95%), Gaps = 2/336 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1854 GCTTGCTTAGATGAATTTACTCACCATAACATTGATGTTGCTTGCAATCTTCTGGAGACA 1913
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 43 GCTTGCTTAGATGAATTTACTCATCATAACATTGATGTTGCTTGCAATCTTCTGGAGACA 102
Query 1914 TGTGGCCGTTTCCTTTATCGGTCTCCTGAAACCACACTCAGGATGACAAATATGCTGGAC 1973
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 103 TGTGGCCGATTCCTTTATCGGTCTCCCGAAACCACGCTCAGGATGACTAATATGCTGGAC 162
Query 1974 ATATTGATGCGCCTGAAAAATGTCAAGAATTTAGATCCTCGTCAAAGCACTCTTGTGGAA 2033
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 163 ATATTGATGCGCCTGAAAAATGTCAAGAATTTAGATCCTCGTCAAAGCACACTTGTGGAA 222
Query 2034 AATGCCTACTAC-TTGTGTAAACCTCCTGAAAGATCAGCAAGAATTTCTAAAGTTCGTCC 2092
|||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 223 AATGCCTACTACCTT-TGTAAACCACCTGAAAGATCAGCACGAATTTCTAAAGTTCGTCC 281
Query 2093 ACCATTGCATCAGTATGTTCGAAAATTGCTATTCTCTGATCTTGATAAAGATTCCATTGC 2152
|||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 282 ACCATTGCATCAGTATATCCGAAAGTTGCTATTCTCAGATCTAGATAAAGACTCCATTGC 341
Query 2153 AAACGTACTGAAGCAACTGCGGAAGCTGCCATGGAG 2188
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 342 AAACGTACTGAAGCAACTGCGGAAGCTGCCATGGAG 377
> Ahg887761 jgi|Araly1|887761|Al_scaffold_0879_1
Length=234
Score = 361 bits (195), Expect = 3e-98
Identities = 213/222 (96%), Gaps = 0/222 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 93 ATGGATCATCCAGAAGATGAATCCCACAGCGAGAAACAAGACGACGAGGAAGCTCTTGCT 152
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGATCATCCAGAAGATGAAACCCACAGCGAGAAACAAGACGACGAGGAAGCTCTTGCT 60
Query 153 CGTCTTGAAGAGATTAAGAAGTCAATTGAAGCTAAACTGACTCTTCGTCAAAACAATCTC 212
|||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 61 CGTCTTGAAGAGATTAAGAAGTCAGTGGAAGCTAAAATGACTCTTCGTCAAAATAATCTC 120
Query 213 AATCCTGAACGACCTGATTCAGCATATCTTAGGACTCTAGATTCTAGTATCAAGCGGAAT 272
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AATCCTGAACGACCTGATTCAACATATCTTAGGACTCTGGATTCTAGTATCAAGCGGAAT 180
Query 273 ACAGCAGTTATTAAGAAGTTAAAGCAGATCAATGAAGAGCAG 314
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 181 ACAGCAGTTATCAAGAAGTTAAAGCAGATCAATGAGGAGCAG 222
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 146597771196
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5