BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G39340.1
Length=3642
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg934690 jgi|Araly1|934690|scaffold_402678.1 5096 0.0
Ahg937426 jgi|Araly1|937426|scaffold_501617.1 3541 0.0
Ahg937425 jgi|Araly1|937425|scaffold_501616.1 409 9e-113
> Ahg934690 jgi|Araly1|934690|scaffold_402678.1
Length=3059
Score = 5096 bits (2759), Expect = 0.0
Identities = 2964/3063 (97%), Gaps = 13/3063 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 267 GGACGTTGATGATAAAGCATGAATCACGGAGGGAACACTCAGGCCGTAGCACCAATGGAC 326
|||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 7 GGACGTTGATGATATAGCATGAATCAAGGAGGCAATACTCAGGCCGTAGCACCAATGGAC 66
Query 327 CCTAATTCCATTGAGAATCGATATGGTGTTGATGGAAGCCAAACACAGAAATATTCATAT 386
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 67 CCTAATTCCATTGAGAATCGATATGGTGTTGATGGAAGCCAGGCACATAAATATTCATAT 126
Query 387 CAATACTCAACTGGGTCTGAAAGTGCCCCATGGACAGGGCATTCTGTTGAAAATCAGGCT 446
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 127 CAATACTCAACTGGGTCTGACAGTGCCCCATGGACAGCGCATTCTGTTGAAAATCAGGCT 186
Query 447 GTGGAGAATGGGAACTATTCAAATTCAAACTATTACCATCCACAGCCGACAGGGCCAGCC 506
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 187 GTGGAGAATGGGAACTATTCAAATTCAAACTATTACCATCCACAGCCCACGGGGCCAGCC 246
Query 507 ACAGGCAATGTGCAAGAGATACCGAATACTGTATCCTTCACTATCTCATCGACGTCCGGA 566
||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 247 ACAAGCAATGTGCAAGAAATACCGAATACTGCATCCTTCACTAGCTCATCGACGTCTGGA 306
Query 567 ACTGCAAATGTGGCACAAGATTATAGTGGATATACGCCATACCAGACCTCTTCTGACCCA 626
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 307 ACTGCAAATGTGGCACAAGATTATAGTGGATATACGCCATACCAGACCTCTTCTGACCCA 366
Query 627 CACAACTATTCAAACACGGGATATTCCAATTACTACAGTGGCTATCAACAGCAACCTAGC 686
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 367 CACAACTATTCAAACACGGGATATTCCAATTACTACAGTGGCTATCAACAGCAACCTAGC 426
Query 687 CAGTCATATCCTCAGCCTGTAGGGGCTTATCAAAACACAGGTGCTCCTCAGCCTCTTTCC 746
|||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 427 CAGTCATATCCTCAGCCTGTAGGGACTTATCAAAATACAGGTGCTCCTCAGCCTCTTTCC 486
Query 747 TCATTTCAGAATCCAGGATCTTATGCTGGGACTCCAAGTTATTCAGGAACTTACTACAAT 806
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 487 TCATTTCAGAATCCAGGATCTTATGCTGGGACTGCAAGTTATTCAGGAACTTACTACAAT 546
Query 807 CCTGCTGATTATCAGACTGCTGGAGGTTACCAAAGTACGAACTATAACAACCAAACGGCT 866
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 547 CCTGCTGATTATCAGACTGCTGGAGGTTACCAAAGTACAAATTATAACAACCAAACGGCT 606
Query 867 GGAAGTTACCCAAGTACAAATTACAGCAATCAGACTCCTGCTTCGAACCAGGGAAACTAT 926
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 607 GGAAGTTACCCAAGTACAAATTACAGCAATCAGACTCCTGCTTCGAACCAGGGAAACTAT 666
Query 927 ACGGATTACACCTCAAACCCTTATCAAAATTATACTCCTGATGCTGCTAACACACATAGC 986
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 667 ACGGATTACACCTCAAACCCTTATCAAAATTATACTCCTGACGCTGCTAACACTCATAGC 726
Query 987 TCTACTATTGCGACCACACCACCTGTACATTATCAACAGAACTACCAACAATGGACAGAA 1046
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 727 TCTACTATTGCAACCACACCACCTGTACATTATCAACAGAACTACCAACAATGGTCAGAA 786
Query 1047 TATTACAGCCAAACAGAAGTCCCCTGTGCCCCAGGCACAGAAAAGCTGTCTACCCCAACC 1106
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 787 TATTACAGCCAAACAGAAGTCCCCTGTGCCCCAGGCACAGAAAAGTTGTCT------GCC 840
Query 1107 ACAAGTGCATATAGTCAGAGCTTTCCAGTTCCTGGTGTTACTAGTGAAATGCCTGCTTCA 1166
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 ACAAGCGCATATAGTCAGAGCTTTCCAGTTCCTGGTGTTACTAGTGAAATGCCTGCTTCA 900
Query 1167 AATAGTCAGCCTGCCCCGTCTTATGTCCAACCTTGGAGGCCGGAAACTGACTCATCCCAT 1226
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 901 AATAGTCAGCCTGCCCCGTCTTATGTCCAACCTTGGAGGCCGGAAACTGACGCATCCCAT 960
Query 1227 CCACCTTCTCAACAGCCTGGTGCAGCTGTTAGTACATCTAATGATACTTACTGGATGCAT 1286
||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 961 CCACCTTCTCAGCAGCCTGGTACAGCTGTTAGTACATCTAATGATGCTTACTGGATACAT 1020
Query 1287 CAAGCACCAAGTCTGCAAGCTCATCATCCTGTTCCACCTCAAAATAATTACCAGAGTCCT 1346
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 1021 CAAGCACCAAGTCTGCAAGCTCATCATCCTGTTCCACCTCAAAATCATTACCCGAGTCCT 1080
Query 1347 CTGGAGACAAAACCTTTATACGAGACTCCCTTTCAGGGTCATCAGAGAGCTACATATCCT 1406
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1081 CTGGAGACAAAACCTTTGTACGAGACCCCCTTTCAGGGTCATCAGAGAGCTACCTATCCT 1140
Query 1407 CAAGAGATGAACTCCCAGTCTTCCTTTCACCAGGCACCGTTAGGCTATCGCCAGCCTACT 1466
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 CAAGAGATGAACTCCCAGCCTTCCTTTCACCAGGCTCCGTTAGGCTATCGCCAGCCTACT 1200
Query 1467 CAGACAGCACCGTTAGTGGATTCACAAAGGGTAAGCAAAGTACAGATTCCAACTAACCCT 1526
||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 CAGACAGCACCGTCAGTGGATTCGCAAAGGGTAAGCAAAGTACAGATTCCAACTAACCCT 1260
Query 1527 AGAATTGCTTCAAACTTGCCATCAGGTTTTACCAAAATGGATAAAGATAGTACAGCAGCC 1586
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 1261 AGAATTGCTTCAAACTTGCCATCAGGTTTTACCAAAATGGATAAAGACAGTACATCAGCC 1320
Query 1587 AGTGCAGCCCAAGCACCTGCATATGTTAGTGTTTCAATGCCAAAGCCTAAAGACCATACC 1646
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 AGTGCAGCCCAAGCACCTGCATATGTTAGTGTTTCAATGCCAAAGCCTAAAGACCATACC 1380
Query 1647 ACTGCTATGTCTGACCCTGGAAC--CTTCCCAAAATCGCTTCGTGGGTTTGTTGAGAGGG 1704
||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 ACTGCTATGCCTGACCCT--AACAGCTTCCCAAAATCGCTTCGTGGGTTTGTTGAGAGGG 1438
Query 1705 CTTTTGCCCGCTGCAAAGATGATAAAGAAAAGGAATCTTGCGAGGTTGCCCTGAGGAAGA 1764
||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1439 CTTTTGCACGCTGCAAAGATGATAAAGAAAAGGCATCTTGCGAGGTAGCCCTGAGGAAGA 1498
Query 1765 TTGTCAAAAAAGCAAAGGAGGATAATACTCTTTATACTCGAGATTGGGATACTGAGCCTC 1824
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 TCGTCAAAAAAGCCAAGGAGGATAATACTCTTTATACTCGAGATTGGGATACTGAGCCTC 1558
Query 1825 TCTCAACTGTCACGACCACAAATGTGACTAACTCTGAGTCAAGCTCCGCTCAGCTCTCTT 1884
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||
Sbjct 1559 TCTCAACTGTCACGACCACAAATGTGACTAACTCTGAGTCGAGCTCCACTCAGCTTTCTT 1618
Query 1885 CGTTACAAAATAAGAGCCCAACAAGACGACCCAAAAGTAGATGGGAGCCGTTGGTGGAAG 1944
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1619 CGTTACAAAATAAGAGCCCAACAAGACGACCCAAAAGTAGATGGGAGCCGTTAGTGGAAG 1678
Query 1945 GAAAACCTTTTGTGAAGCCAGCTTCAACTTTCAGCAGTGCTGTTAAATTTGGAGTTTGGA 2004
||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1679 GAAAACCTTTTGTGAAGCCAGCTTCAACTTTTAGAAGTGCTGTTAAATTTGGAGCTTGGA 1738
Query 2005 ATCACCAAAATGAAAACAACAAAAAGAGCTCTGAGAGTTTTCAAAAGGTGGATGCTGCCA 2064
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 ATCACCAAAATGAAAACAACAAAAAGAGCTCTGAGAGTTTTCAAAAGGTGGATGCTGCCA 1798
Query 2065 CTGGCTTCAAGCCCACTTATTCTGGGCAAAATTCTGCaaaaaaaaGTTTCCAGCGGCCTG 2124
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1799 CTGGCTTCAAGCCCACTTATTCTGGGCAAAATTCTGCAAAAAAAAATTTCCAGCGGCCTG 1858
Query 2125 TCAAGCGACAGCGTTTTTCTGGTGGTGCAGCTACTGCCATTGATGATGAGGCATCTAGTG 2184
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 TCAAGCGACAGCGTTTTTCTGGTGGAGCAGCTACCGCCATTGATGATGAGGCATCTAGTG 1918
Query 2185 ATAGTGACAAGGATTTGACACCTTACTATTCCAGTGCAATGGCACTTGCTGGTTCTGCCG 2244
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 1919 ATAGTGACAAGGATTTGACACCTTACTATTCCAGTGCAATGGCACTTGCTAGTTCTGCTG 1978
Query 2245 AGGAAAAGAAGCGACGTGATAGTCGTTCCAAGCGTTTTGAAAAAATTCAAGGCCACAGCC 2304
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1979 AGGAAAAGAAGCGACGTGATAGTCGTTCCAAGCGATTTGAAAAAGTTCAAGGCCACAGCC 2038
Query 2305 GAGGGAATGATCTTACAAAACCTAAGAATGCAAATGTTGGAAATTTGCATTCTAGAAGAG 2364
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2039 GAGGGAATGATCTTACAAAACCTAAGAATGCAAATGTTGGAAATTTGCATACTAGAAGAG 2098
Query 2365 CCACTGCCTTGAGGCTTAGCAAAGTTTTTGATGAAAGTGGCAGCAGAGCTGTGGAAGACA 2424
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 CCACTGCCTTGAGGCTTAGCAAAGTTTTTGATGAAAGTGGCAGCAGAGCTGTGGAAGACA 2158
Query 2425 TTGACTGGGATGCACTAACTGTTAAAGGCACTTGCCAGGAAATTGAGAAACGTTATCTCC 2484
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 TTGACTGGGATGCACTAACTGTTAAAGGCACTTGCCAAGAAATTGAGAAACGTTATCTCC 2218
Query 2485 GTCTGACTTCTGCGCCAGATCCTGCCACCGTAAGACCAGAGGATGTTTTGGAAAAAGCTC 2544
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2219 GTCTGACTTCTGCGCCAGATCCTGCCACTGTAAGACCAGAGGATGTGTTGGAAAAAGCTC 2278
Query 2545 TGATAATGGTTCAGGATTCTCAAAAGAATTATCTTTTTAAATGTGATCAACTAAAGTCTA 2604
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2279 TGATAATGGTTCAGGATTCTCAAAAGAATTATCTGTATAAATGTGATCAGCTAAAGTCTA 2338
Query 2605 TTCGCCAAGACCTCACAGTACAACGGATACACAATCATTTAACAGCTAAGGTTTATGAAA 2664
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 TTCGCCAAGACCTCACAGTACAACGGATACACAATCAATTAACAGCTAAGGTTTATGAAA 2398
Query 2665 CACATGCTAGATTAGCTTTGGAGGCAGGGGATTTACCTGAGTATAATCAGTGCCTGTCAC 2724
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 CACATGCTAGATTGGCTTTGGAGGCAGGGGATTTACCTGAGTATAATCAGTGCCTGTCAC 2458
Query 2725 AGTTAAAAACTCTTTATGCGGAAGGTGTAGAAGGATGCTCTCTGGAGTTTGCTGCGTACA 2784
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 AGTTAAAAACTCTTTATGCGGAAGGTATAGAAGGATGCTCTCTGGAGTTTGCTGCGTACA 2518
Query 2785 GTCTACTCTATATTACTCTACACTCTAACAACAACCGAGAACTGCTATCATCCATGTCCA 2844
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 GTCTACTCTATATTACTCTACACTCTAACAACAACCGAGAACTGCTATCATCCATGTCCA 2578
Query 2845 GATTATCCGAAGAAGATAAGAAGGATGAAGCAGTTAGACATGCTCTTTCAGTTCGTGCAG 2904
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 GATTATCCGAAGAAGATAAGAAGGATGAAGCAGTTAGACATGCTCTTTCAGTTCGTGCAG 2638
Query 2905 CTGTCACATCAGGGAATTATGTTATGTTCTTCAGACTCTACAAGACTGCACCAAACATGA 2964
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2639 CTGTCACATCAGGAAATTATGTTATGTTCTTCAGACTCTACAAGACTGCACCGAACATGA 2698
Query 2965 ATAGTTGCCTCATGGATCTCTATGTGGAGAAGATGCGTTACAAGGCTGTGAATTTTATGT 3024
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2699 ATAGTTGCCTCATGGATCTCTATGTGGAGAAGATGCGTTACAAGGCTGTGAATTTTATGT 2758
Query 3025 CTCGTAGTTGTCGTCCTACAATCCCGGTCTCATACATAGTCCAAGTGTTGGGATTTACTG 3084
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2759 CGCGTAGTTGTCGTCCTACAATCCCGGTCTCATACATAGTCCAAGTGTTGGGCTTTACTG 2818
Query 3085 GTGCTGCAAGCGAAGG-TACTGATGAAAAGGAGACCGATGGTATGGAGGACTGTTTGGAA 3143
||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2819 GTGCTGCAAGCGA-GGCTACTGATGAAAAGGAGACTGATGGTATGGAGGAGTGTTTGGAA 2877
Query 3144 TGGCTAAAAACTCATGGTGCTAACATCATTACTGACAGCAACGGAGATATGCTTCTTGAT 3203
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2878 TGGCTAAAAACTCATGGTGCTAACATCATTACTGACAGCAACGGAGATATGCTTCTTGAT 2937
Query 3204 ACCAAGGCGACATCAACGAGTCTCTTCATGCCAGAACCCGAAGACGCAGTTGCTCATGGA 3263
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2938 ACCAAGGCGTCATCAACGAGTCTCTTCATGCCAGAACCTGAAGACGCAGTTGCTCATGGA 2997
Query 3264 GATCGAAATCTAGATGTCAATGAtttttttACACGTACATGATGAAATATTTTTAATGTT 3323
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | ||||
Sbjct 2998 GATCGAAATCTAGACGTCAATGATTTTTTTACACGTACATGATGAAAAAATTT-AGTGTT 3056
Query 3324 TGT 3326
|||
Sbjct 3057 TGT 3059
> Ahg937426 jgi|Araly1|937426|scaffold_501617.1
Length=2808
Score = 3541 bits (1917), Expect = 0.0
Identities = 2065/2136 (97%), Gaps = 12/2136 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1026 AACTACCAACAATGGACAGAATATTACAGCCAAACAGAAGTCCCCTGTGCCCCAGGCACA 1085
||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 685 AACTACCAACAATGGTCAGCATATTACAGCCAAACAGAAGTCCCCTGTGCCCCAGGCACC 744
Query 1086 GAAAAGCTGTCTACCCCAACCACAAGTGCATATAGTCAGAGCTTTCCAGTTCCTGGTGTT 1145
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 745 GAAAAGCTGTCTACCACAACCACAAGTGCATATAGTCAGAGCTTTCCAGTTCCTGGTGTT 804
Query 1146 ACTAGTGAAATGCCTGCTTCAAATAGTCAGCCTGCCCCGTCTTATGTCCAACCTTGGAGG 1205
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 805 ACTAGTGAAATGCCTGCTTCAAATAGTCACCCTGCCCCGTCTTATGTCCAACCTTGGAGG 864
Query 1206 CCGGAAACTGACTCATCCCATCCACCTTCTCAACAGCCTGGTGCAGCTGTTAGTACATCT 1265
|||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 865 CCGGAAACTGACACATCCCATCCACCTTCTCAGCAGCCTGGTGCAGCTGTTAGTACATCT 924
Query 1266 AATGATACTTACTGGATGCATCAAGCACCAAGTCTGCAAGCTCATCATCCTGTTCCACCT 1325
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 925 AATGATGCTTACTGGATGCATCAAGCACCAAGTCTGCAAGCTCATCATCCTGTTCCACCT 984
Query 1326 CAAAATAATTACCAGAGTCCTCTGGAGACAAAACCTTTATACGAGACTCCCTTTCAGGGT 1385
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 985 CAAAATCATTACCAGAGTCCTCTGGAGACAAAACCTTTATACGAGCCCCCCTTTCAGGGT 1044
Query 1386 CATCAGAGAGCTACATATCCTCAAGAGATGAACTCCCAGTCTTCCTTTCACCAGGCACCG 1445
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1045 CATCAGAGAGCTACATATCCTCAAGAGATGAAATCCCAGTCTTCCTTTCACCAGGCACCT 1104
Query 1446 TTAGGCTATCGCCAGCCTACTCAGACAGCACCGTTAGTGGATTCACAAAGGGTAAGCAAA 1505
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1105 TTAGGCTATCGCCAGCCTACTCAGACAGCACCGTCAGTGGATTCGCAAAGGGTAAGCAAA 1164
Query 1506 GTACAGATTCCAACTAACCCTAGAATTGCTTCAAACTTGCCATCAGGTTTTACCAAAATG 1565
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1165 GTACAGATTCCAACTAACCCTAGAATTGCTTCAAACTTGCCATCAGGTTTTACCAAAATG 1224
Query 1566 GATAAAGATAGTACAGCAGCCAGTGCAGCCCAAGCACCTGCATATGTTAGTGTTTCAATG 1625
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1225 GATAAAGATAGTACAGCAGCCAGTGCAGCCCAAGCACCTGCATATGTTAGTGTTTCAATG 1284
Query 1626 CCAAAGCCTAAAGACCATACCACTGCTATGTCTGACCCTGGAACCTTCCCAAAATCGCTT 1685
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1285 CCAAAGCCTAAAGACCATACCACTGCTATGCCTGACCCTGGAACCTTCCCAAAATCGCTT 1344
Query 1686 CGTGGGTTTGTTGAGAGGGCTTTTGCCCGCTGCAAAGATGATAAAGAAAAGGAATCTTGC 1745
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1345 CGTGGGTTTGTTGAGAGGGCTTTTGCACGCTGCAAAGATGATAAAGAAAAGGCATCTTGC 1404
Query 1746 GAGGTTGCCCTGAGGAAGATTGTCAAAAAAGCAAAGGAGGATAATACTCTTTATACTCGA 1805
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1405 GAGGTTGCCCTGAGGAAGATCGTCAAAAAAGCTAAGGAGGATAATACTCTTTATACTCGA 1464
Query 1806 GATTGGGATACTGAGCCTCTCTCAACTGTCACGACCACAAATGTGACTAACTCTGAGTCA 1865
||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1465 GATGGGGATACTGAGCCTCTCTCAACTGTCACTATCACAAATGTGACTAACTCTGAGTCG 1524
Query 1866 AGCTCCGCTCAGCTCTCTTCGTTACAAAATAAGAGCCCAACAAGACGACCCAAAAGTAGA 1925
|||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1525 AGCTCCACTCAGCTTTCTTCGTTACAAAATAAGAGCCCAACAAGACGACCCAAAAGTAGA 1584
Query 1926 TGGGAGCCGTTGGTGGAAGGAAAACCTTTTGTGAAGCCAGCTTCAACTTTCAGCAGTGCT 1985
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1585 TGGGAGCCGTTAGTGGAAGGAAAACCTTTTGTGAAGCCAGCTTCAACTTTTAGCAGTGCT 1644
Query 1986 GTTAAATTTGGAGTTTGGAATCACCAAAATGAAAACAACAAAAAGAGCTCTGAGAGTTTT 2045
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1645 GTTAAATTTGGAGCTTCGAATCACCAAAATGAAAACAACAAAAAGAGCTCTGAGAGTTTT 1704
Query 2046 CAAAAGGTGGATGCTGCCACTGGCTTCAAGCCCACTTATTCTGGGCAAAATTCTGCaaaa 2105
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1705 CAAAAGGTGGATGCTGCCACTGGCTTCAAGCCCACTTATTCTGGGCAAAATTCTGCAAAA 1764
Query 2106 aaaaGTTTCCAGCGGCCTGTCAAGCGACAGCGTTTTTCTGGTGGTGCAGCTACTGCCATT 2165
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1765 AAAAGTTTTCAGCGGCCTGTCAAGCGACAGCGTTTTTCTGGTGGTGCAGCTACTGCCATT 1824
Query 2166 GATGATGAGGCATCTAGTGATAGTGACAAGGATTTGACACCTTACTATTCCAGTGCAATG 2225
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1825 GATGATGAGGCATCTAGTGATAGTGACAAGGATTTGACACCTTACTATTCCAGTGCAATG 1884
Query 2226 GCACTTGCTGGTTCTGCCGAGGAAAAGAAGCGACGTGATAGTCGTTCCAAGCGTTTTGAA 2285
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1885 GCACTTGCTAATTCTGCCGAGGAAAAGAAGCGACGTGATAGTCGTTCCAAGCGATTTGAA 1944
Query 2286 AAAATTCAAGGCCACAGCCGAGGGAATGATCTTACAAAACCTAAGAATGCAAATGTTGGA 2345
||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1945 AAAGTTCAAGGCCACAACCGAGGGAATGATCTTACAAAACCTAAGAATGCAAATGTTGGA 2004
Query 2346 AATTTGCATTCTAGAAGAGCCACTGCCTTGAGGCTTAGCAAAGTTTTTGATGAAAGTGGC 2405
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2005 AATTTGCATTCTAGAAGAGCCACTGCCTTGAGGCTTAGCAAATTTTTTGATGAAAGTGGC 2064
Query 2406 AGCAGAGCTGTGGAAGACATTGACTGGGATGCACTAACTGTTAAAGGCACTTGCCAGGAA 2465
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2065 AGCAGAGCTGTAGAAGACATTGACTGGGATGCACTAACTGTTAAAGGCACTTGCCAGGAA 2124
Query 2466 ATTGAGAAACGTTATCTCCGTCTGACTTCTGCGCCAGATCCTGCCACCGTAAGACCAGAG 2525
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2125 ATTGAGAAACGTTATCTCCGTCTGACTTCTGCGCCAGATCCTGCCACTGTAAGACCAGAA 2184
Query 2526 GATGTTTTGGAAAAAGCTCTGATAATGGTTCAGGATTCTCAAAAGAATTATCTTTTTAAA 2585
||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2185 GATGTGTTGGCAAAAGCTCTAATAATGGTTCAGGATTCTCAAAAGAATTATCTTTTTAAA 2244
Query 2586 TGTGATCAACTAAAGTCTATTCGCCAAGACCTCACAGTACAACGGATACACAATCATTTA 2645
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2245 TGTGATCAACTAAAGTCTATTCGCCAAGACCTCACAGTACAATGGATACACAATCATTTA 2304
Query 2646 ACAGCTAAGGTTTATGAAACACATGCTAGATTAGCTTTGGAGGCAGGGGATTTACCTGAG 2705
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2305 ACAGCTAAGGTTTATGAAACACATGCTAGATTGGCTTTGGAGGCAGGGGATTTATCTGAG 2364
Query 2706 TATAATCAGTGCCTGTCACAGTTAAAAACTCTTTATGCGGAAGGTGTAGAAGGATGCTCT 2765
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 2365 TATAATCAGTGCCTGTCACAGTTAAAAACTCTTTATGCGGAAGATATAGAAGGATGCTCT 2424
Query 2766 CTGGAGTTTGCTGCGTACAGTCTACTCTATATTACTCTACACTCTAACAACAACCGAGAA 2825
|||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2425 CTGGAGTTTGTTGCGTACAGTCTACTCTATAT-ACTCTACACTCTAACAACAACCGAGAA 2483
Query 2826 CTGCTATCATCCATGTCCAGATTATCCGAAGAAGATAAGAAGGATGAAGCAGTTAGACAT 2885
||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2484 CTGCTATCATCCATGTCCAGA--A---GA------TAAGAAGGATGAAGCAGTCAGACAT 2532
Query 2886 GCTCTTTCAGTTCGTGCAGCTGTCACATCAGGGAATTATGTTATGTTCTTCAGACTCTAC 2945
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2533 GCTCTTTCAGTTCGTGCAGCTGTCACATCAGGAAATTATGTTATGTTCTTCAGACTCTAC 2592
Query 2946 AAGACTGCACCAAACATGAATAGTTGCCTCATGGATCTCTATGTGGAGAAGATGCGTTAC 3005
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2593 AAGACTGCACCGAACATGAATAGTTGCCTCATGGATCTCTATGTGGAGAAGATGTGTTAC 2652
Query 3006 AAGGCTGTGAATTTTATGTCTCGTAGTTGTCGTCCTACAATCCCGGTCTCATACATAGTC 3065
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2653 AAGGCTGTGAATTTTATGTCGCGTAGTTGTCGTCCTACAATCCCGGTCTCATACATAGTC 2712
Query 3066 CAAGTGTTGGGATTTACTGGTGCTGCAAGCGAAGGTACTGATGAAAAGGAGACCGATGGT 3125
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2713 CAAGTGGTGGGCTTTACTGGTGCTGCAAGCGAAGGTACTGATGAAAAGGAGACTGATGGT 2772
Query 3126 ATGGAGGACTGTTTGGAATGGCTAAAAACTCATGGT 3161
|||||||| |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2773 ATGGAGGAGTGTTAGGAATGGCTAAAAACTCATGGT 2808
Score = 1033 bits (559), Expect = 0.0
Identities = 607/631 (96%), Gaps = 0/631 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 341 GAATCGATATGGTGTTGATGGAAGCCAAACACAGAAATATTCATATCAATACTCAACTGG 400
|||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 54 GAATCGATATGGTGCTGATGGAAGCCAAGCACATAAATATTCATATCAATACTCAACTGG 113
Query 401 GTCTGAAAGTGCCCCATGGACAGGGCATTCTGTTGAAAATCAGGCTGTGGAGAATGGGAA 460
|||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 114 GTCTGACAGTGCTCCATGGACAGCGCATTCTGTTGAAAATCAGGCTGTGGAGAATGGGAA 173
Query 461 CTATTCAAATTCAAACTATTACCATCCACAGCCGACAGGGCCAGCCACAGGCAATGTGCA 520
||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 174 CTATTCAAATTCAAACTATTACCATCCGCAGCCCACGGGGCCAGCCACAGGAAATGTGCA 233
Query 521 AGAGATACCGAATACTGTATCCTTCACTATCTCATCGACGTCCGGAACTGCAAATGTGGC 580
||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 234 AGAAATACCGAATACTGCATCCTTCACTAGCTCATCGACGTCTGGAACTACAAATGTGGC 293
Query 581 ACAAGATTATAGTGGATATACGCCATACCAGACCTCTTCTGACCCACACAACTATTCAAA 640
|||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 294 ACAAGAGTATAGTGGATATACGCCATACCTGACCTCTTCTGACCCACACAATTATTCAAA 353
Query 641 CACGGGATATTCCAATTACTACAGTGGCTATCAACAGCAACCTAGCCAGTCATATCCTCA 700
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 354 CACGGGATATTCCAATTACTACAGTGGTTATCAACAGCAACCTAGCCAGTCATATCCTCA 413
Query 701 GCCTGTAGGGGCTTATCAAAACACAGGTGCTCCTCAGCCTCTTTCCTCATTTCAGAATCC 760
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 414 GCCTGTAGGGGCTTATCAAAACACAGGTGCTCCTCAGCCTCTTTCCTCATTTCAGAATCC 473
Query 761 AGGATCTTATGCTGGGACTCCAAGTTATTCAGGAACTTACTACAATCCTGCTGATTATCA 820
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 474 AGGATCTTATGCTGGGACTGCAAGTTATTCAGGAACTTACTACAATCCTGCTGATTATCA 533
Query 821 GACTGCTGGAGGTTACCAAAGTACGAACTATAACAACCAAACGGCTGGAAGTTACCCAAG 880
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 534 GACTGCTGGAGGTTACCAAAGTACAAATTATAACAACCAAACGGCTGGAAGTTACCCAAG 593
Query 881 TACAAATTACAGCAATCAGACTCCTGCTTCGAACCAGGGAAACTATACGGATTACACCTC 940
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 594 TACAAATTACAGCAATCAGACTTCTGCTTCGAACCAGGGAAACTATACGGATTACACCTC 653
Query 941 AAACCCTTATCAAAATTATACTCCTGATGCT 971
||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 654 AAACCCTTATCAAAATTATACTCCTGACGCT 684
Score = 84.2 bits (45), Expect = 6e-15
Identities = 52/55 (95%), Gaps = 2/55 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 214 TCTTCAATTCGATTCTTCATC-CGAACGAAGAAGACACAAATTGGAGCTTCACTG 267
||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TCTTCAATTCGATTCTTCA-CACGAATGAAGAAGACACAAATTGGAGCTTCACTG 54
> Ahg937425 jgi|Araly1|937425|scaffold_501616.1
Length=326
Score = 409 bits (221), Expect = 9e-113
Identities = 265/286 (93%), Gaps = 3/286 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 340 AGAATCGATATGGTGTTGATGGAAGCCAAAC-ACAGAAATATTCATATCAATACTCAACT 398
|||||| |||||||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 13 AGAATCAATATGGTGTTGATGGAAGCCAAGCGA-ATAAATATTCATATCAATACTCAACT 71
Query 399 GGGTCTGAAAGTGCCCCATGGACAGGGCATTC-TGTTGAAAATCAGGCTGTGGAGAATGG 457
|||||||| ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 72 GGGTCTGACAGTGCCCCATGGAAAGCACATTCTTGTTGAAAATCAGGCTGTGGAGAATGG 131
Query 458 GAACTATTCAAATTCAAACTATTACCATCCACAGCCGACAGGGCCAGCCACAGGCAATGT 517
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 132 GAACTATTCAAATTCAAACTATTACCATCCACAGCCCATAGGGCCAGCCACAGGCAATGT 191
Query 518 GCAAGAGATACCGAATACTGTATCCTTCACTATCTCATCGACGTCCGGAACTGCAAATGT 577
|||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 192 GCAAGAAATACCGAATACCGCATCCTTCACTAGCTCATCAACGTCTGGAACTGCAAATGC 251
Query 578 GGCACAAGATTATAGTGGATATACGCCATACCAGACCTCTTCTGAC 623
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 252 GGCACAAGATTACAGTGGATATACGCCATACCAGACATCTTCTGAC 297
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 137578126395
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5