BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G39580.1
Length=4974
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg482979 jgi|Araly1|482979|fgenesh2_kg.4__2039__AT2G39580.1 5566 0.0
Ahg931085 jgi|Araly1|931085|scaffold_303542.1 590 4e-167
Ahg945676 jgi|Araly1|945676|scaffold_701905.1 584 2e-165
Ahg950092 jgi|Araly1|950092|scaffold_801979.1 579 9e-164
Ahg931550 jgi|Araly1|931550|scaffold_304007.1 335 2e-90
> Ahg482979 jgi|Araly1|482979|fgenesh2_kg.4__2039__AT2G39580.1
Length=4855
Score = 5566 bits (3014), Expect = 0.0
Identities = 3470/3682 (94%), Gaps = 64/3682 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1238 AAAATAGTCAATGGAAACCATCAGGTTTTTTCTAGATCCTCAAATAACAAC-TGGAAGCG 1296
|||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||
Sbjct 1181 AAAA-ATTCAATGGAAACCATCAGGTTTTTTCTAGATCCTCAAATAATGACTTGGAGGCA 1239
Query 1297 GCTGCCTTGTTCGAATAATTCTGGCCTCTACAACATCCCGGGAAGTACAACAGTTCCTGG 1356
|||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1240 GCTGTCTTGTTTGAATAATTCTGGCCTCTGGAACATCCCGGGAAATACAACAGCTCCTGG 1299
Query 1357 ACATAGTCAACTGGATATGCTATCCTTGACGAACCTAGAGGAATCGCTTGACAAAGAGTT 1416
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1300 ACATAGTCAACTGGATATGCTATCCTTGACGAACCTAGAGGAATCACTTGACAAAGAGTT 1359
Query 1417 GGAGGAAGCACAAGAACGAAAACGCCTTTTTGAAATTGAAGAAAGAAATGCTCTTAAGGT 1476
|||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1360 GGAGGAAGCACAAGAACGTAAACGCCTTTGTGAAATTGAAGAAAGAAATGCTCTTAAGGT 1419
Query 1477 TTATAGAAAGGCACAGAGATCTTTGATAGAGGCAAATGCCAGATGTGCAGAACTTTACAG 1536
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1420 TTATAGAAAGGCACAGAGATCTTTGATAGAGGCAAATGCCAGATGTGCAGAACTTTACAG 1479
Query 1537 TAAGAGAGAAATTTTATCTGCTCATTATGGATCTCTCATCGTTCGTGACTCCAGATTGTT 1596
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1480 TAAGAGAGAAACTTTATCTGCTCATTATGGATCTCTCATCGTGCGCGACTCCAGATTGTT 1539
Query 1597 GTGGCCTTCTATACATGGTGAGAATCCTGAAACCGGGTTTCACTTCTTGAATAATAGTAC 1656
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1540 GTGGCCTTCTATACATGGTGAGAATCCTGAAACTGGGTTTCACTTCTTGAATAATAGTAC 1599
Query 1657 TGGAAGCATTGATCTGGCAACCAAAACGGACATTGCTCAGCATTCTCAGCTAGAAAGCAA 1716
||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1600 TGGAAATATTGATTTGGCAACCAAAACGGACATCGCTCAGCATACTCAGCTAGAAAGCAA 1659
Query 1717 CCACAAATATAACAGTGAATATGTTGGCAGTCATCCTCCACCTCATTCCCGTAGTGGACA 1776
||||| ||||||||| || | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1660 CCACAGATATAACAGCGATTGTGGTGGCAGTCATCCTCCACCTCATTCCCGTAGTGGACA 1719
Query 1777 GAATTT-GG----G----GTACAGTGATCTTGGTGCTAGTACCTCTGATGGATTGCCTTG 1827
|||||| || | ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1720 GAATTTGGGTTCAGAACCGTACAATGATCTTGGTGCTAGTACCTCTGATGGGTTGCCTTG 1779
Query 1828 CGGTAACAAGCAAACTGCAAGTAGACTATGCTCCCCATCAAGTGATGCAAACATTTTGCC 1887
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1780 CAGTAACAAGCAAACTGCAAGTAGACTATGCTCCCCATCAAGTGATGCAAACATTTTGCC 1839
Query 1888 AGATGACGAGTCATTTCCAGTTGACCATGAATCTACCGAGGGGAACCCTGGACATCAAAA 1947
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 1840 AGATGACGAGTCATTTCCAGTTGACCATGAATCTACGGAGGGGAACCTTGGACATCAAAC 1899
Query 1948 AGAAAATATTGATCAAACACTAGGCAATCAGAATGCTTTGCTTCTTGAAGCATCATTAAG 2007
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1900 AGAAAATCTTGATCAAACACTAGGCAATCAGAATGCTTTGCTTCTTGAAGCATCATTAAG 1959
Query 2008 ATCAAAATTGTTTGACCGTCTAGGCATGAGGGCAGAATCT-AGAGGTGGCACATGTTTCA 2066
||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||
Sbjct 1960 ATCAAAATTGTTTGAGCATCTAGGCATGAGGGCAGAATCTAAG-GGTGTCACATGTTTCA 2018
Query 2067 ATGAAGAGACTGTGATAGATAGAGGGGATGAAAGAGAT-TTCGGAAGTGAAGGAACCCAG 2125
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||||
Sbjct 2019 ATGGAGAGACTGTGATAGATAGAGGGGATGAAAGAGATGTT-GCAAGTGAACGAACCCAG 2077
Query 2126 AGAGATAACGGTAGTCCTTTCTCCGAAATATATCTGCATAATGATTCTCTAGAGCCAGGG 2185
| |||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2078 ATAGATGATGGTAGTCCTTTCTCCGAAATATATCAGCATAATGATTCTCGAGAGCCAGGG 2137
Query 2186 GCCAATAAACTGCAAGGAAGTCCATCCGAAGCACCAGTTGAACGACGCTCAATCGAGGAA 2245
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2138 GCCAATAAACTGCAAGGAAGTCCCTCCGAAGCACCAGTTGAACGACGCTCAATCGA-G-- 2194
Query 2246 AATTCGCTAAATTATCAGTTATCTATAGATATGGAGTCCCATAGGAGTTCACCAGAGAAT 2305
| |||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2195 -----G---AATT-TCAGTCATCTGTAGATATGGAGTCCCATAGGAGTTCACCAGAGAAT 2245
Query 2306 GCCCTTTTATCGTCTGTAGCGTTGTCCGGTCCTTTATTTCGGAGCACAATCTATCATTTG 2365
| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2246 GACCTTTTATCGTCTGTAGCTTTGTCAGGTCCTTTATTTCGGAGCACAATCTATCATCTG 2305
Query 2366 AAAGTCCCAGGGTCTTCAATTACATCTCTGGGACCAGAATATATACTTCAAAACAAGACA 2425
|||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 2306 AAAGTCCCAGGGTCTTCAGTTACGTCTCTGGGACCAGAATATACACTTCAAAACAAGTCA 2365
Query 2426 TATAGCCTATATAGTGATAAAAGACAATGTAGGAGCTTGACGGAAACTATAGTATATGAG 2485
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 2366 TATAGCCTATATAGTGATAAAAGACAATGTAGGAGCTTGACTCAAACTACAGTATATGAG 2425
Query 2486 aaaaaaaTTGGCTTCTACACCTGTAATTTGAAGGTGGACCCTTCTTGGCCTCTCTGCATG 2545
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2426 ACAAAAATTGGCTGCTACACCTGTAATTTGAAGGTGGACCCTTCTTGGCCTCTCTGCATG 2485
Query 2546 TACGAGTTACGTGGAAGGTGCAATAACGATGAATGTTCTTGGCAACATTTCAAGGATTTC 2605
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2486 TACGAGTTACGCGGAAGGTGCAATAATGATGAATGTCCTTGGCAACATTTCAAGGATTTC 2545
Query 2606 TCTGATGACAGTTTGCATCAAAGTCTACATGA---TCCTGATGGTAGAGTTGGGTCAAGT 2662
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2546 TCTGATGACAGTTTGCATCAAAGTCTACATGATCCTCCTGATGGTAGAGTTGGGTCAAGT 2605
Query 2663 TCACATCAGAAGACACATAATTCTTCCAAAGGATCCCAGATTTTGGACTCAGTGTTTTCA 2722
||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||
Sbjct 2606 TCACATCAGAAGAAACATAATTCTTCCAAAGGACCCCAGATTTTGGACACGGTGGTTTCA 2665
Query 2723 CCAACTTATCTTGTCTCCTTGGATACGATGAAGGTTGACTCGTGGTCTTATGAGTCCGTT 2782
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2666 CCATCTTATCTTGTCTCCTTGGATACGATGAAGGTTGACTCGTGGTCTTATGAGTCCGTT 2725
Query 2783 CTGGCTCAAAGACATGGACAAATATGGTGCAAGCACTTTAGTGCCTGCCTAGCCTCATCA 2842
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2726 CTGGCTCAAAGACATGGACAAATATGGTGGAAGCACTTTAGTGCCTGCCTAGCCTCATCA 2785
Query 2843 AACTCGCTTTACAGGAATGTACCTGCAAAGGAAAATGAAGGTCGAATTGTGGTCCTAGGA 2902
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2786 AACTCGCTTTACAGGAATGTACCTGCAAAGGAAAATGAAGGTCGAATTGAGGTCCTAGGA 2845
Query 2903 AATTCGAAAACATACTCATCATACTTCAGGATTAAGCATAGCTTAATGTGGCACATATTT 2962
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | | |
Sbjct 2846 AATTCAAAAACATACTCATCATACTTCAGGATTAAGCATAGC----T-T-G-----A--T 2892
Query 2963 CAGGCCCTTTCTTTGCTTTCACAAGGTCTTGAAGGTGACCCAACTTCTGAGATTCTTTGG 3022
||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2893 --GGCCCTTTCTTTGCTCTCACAATGTCTCGAAGGTGACCCAACTTCTGAGATTCTTTGG 2950
Query 3023 GCTGTTTATCTCCTGATTTACCATGCATATGAAGGATCAGATGGGAAAGATATGTTTTCT 3082
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2951 ACTGTTTATCTCCTGATTTACCATGTATATGAAGGATCAGATGGGAAAGATATGTTTTCT 3010
Query 3083 TATGGGGTCAAACACAGTAGCAGATCATACGTAATTTGGCTTATGTACATCAACAGTCGA 3142
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3011 TATGGGGTCAAACACAGTAGCAGATCATACGTAATTTGGCTTATGTACATCAACAGTCGA 3070
Query 3143 GGACAACTTAATGATCAATTAATTGCATATGATACCGCCCTCTCAGCACTTTGCAACCAT 3202
|||||||||| ||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3071 GGACAACTTAGTGATCAATTTATTGCATATGATGCTGCCCTCTCAGCACTTTGCAACCAT 3130
Query 3203 GCATCTGGGTCCATTGACAGGAATCATGCCAGCGCTTGCATATTAGATGTTTTGTTGCAG 3262
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3131 GCGTCTGGGTCTATTGACAGGAATCATGCCAGCGCTTGCATATTAGATGTTTTGTTGCAG 3190
Query 3263 ATGTTCAACCTTTTGTGCATTTCTGGGAATGTTTCGAAGGCAATACAGAGAATATCCAAG 3322
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3191 ATGTTCAATCTTTTGTGCATTTCTGGGAATGTTTCAAAGGCAATACAGAGAATATCCAAG 3250
Query 3323 CTTCAGGCTCCAGCAGCAGTTTCTGATGACCCTGACTTTTCACTGATGTCTCACATTCTC 3382
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3251 CTTCAGGCTCCAGCAGCAGTTTCTGATGATCCTGACTTTTCACTGATGTCTCACATTCTC 3310
Query 3383 ACATGCTTAACATATTCTGACAAATGTGTGTTCTGGGTTTGTTGTGTGTACTTAGTTATT 3442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3311 ACATGCTTAACATATTCTGACAAATGTGTGTTCTGGGTTTGTTGTGTGTACTTAGTTATT 3370
Query 3443 TACAGGAAGCTGCCTGACTCTATTATCCGACGACTTGAAATGGAGAAGGAACTACTTGAA 3502
||||||||||| ||| | |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3371 TACAGGAAGCTACCTCAGTCTATTGTCCAACGACTTGAAATGGAGAAGGAACTACTTGAA 3430
Query 3503 ATAGAATGGCCTA-CTGTTAATTTGGATGGTGATCTGAAGCAAATGGCGCTCAGACTATT 3561
||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3431 ATAGAATGGCC-ATCTGTTAATTTGGATGGTGATGTGAAGCAAATGGCGCTCAGACTATT 3489
Query 3562 TGATAAAGGGATGCGTTCCGTAGAACATGGTACCAA--------C----AATGGAATACA 3609
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||
Sbjct 3490 TGATAAAGGGATGCGTTCCGTAGAACATTGTACCAATGGGTTGTCTGAAAATGGAATACA 3549
Query 3610 AAAGCGACCTGCTGGGCTATTTGCTCTGAACTACGCCCTGTTTATGATTGCAGTAGATGA 3669
||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3550 AAAGCGACCTGCTGGGCTATTTGCTCTGAACCATGCCCTGTTTATGGTTGCAGTAGATGA 3609
Query 3670 GTTAGAAAGCCGTAGGGACATTTTGAAGGCATCTGTTCAACTCTACCCAACATGCTTGGA 3729
|| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3610 ATTGGAAAGCTGTAGGGACATTTTGAAGGCATCTGTTAAACTCTACCCAACTTGCTTGGA 3669
Query 3730 GCTAAAATTGTTAGCAGTTAGGATGCAATCAAATGAGTTAAAGGATATGTTTTCGTCTGG 3789
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3670 GCTGAAATTGTTAGCAGTTAGGATGCAATCAAAGGAGTTAAAGGATATGTTTTCGTCTGG 3729
Query 3790 GTTTGAAGAGCTTCTCAAGCAGGAAGCAAAAGAGGCGTCATGCATACAGTGTATTTGGAA 3849
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3730 GTTTGAAGAGCTTCTCAAGCAGGAAGCAAAAGAGGCATCATGCATACAATGTATTTGGAA 3789
Query 3850 TCAGTATGCTGAATATGCTTTGGAAGGAGGAAGCTACGATTTGGCAAGAGAACTCATGTC 3909
|||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3790 TCAGTATGCTGAATATGCTTTGCAAGGAGGGAGCTACGACTTGGCAAGAGAACTCATGTC 3849
Query 3910 CCGGTGGTACGGT-TCAGTATGGGATGTTTTGTCCCATAAGTATAAGACAGTACGAGGC- 3967
||| |||||| || |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 3850 CCGTTGGTAC-GTGTCAGTATGGGATGTATTGTCCCATAAGAATAAGACAGTAC-TGGCT 3907
Query 3968 AATGAAGAAGAAGGGGATGATAATATGCTGGAATCAGCTTTATCAGATCTAAATGTTGCA 4027
|||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 3908 AATGAAGAAGAAGGTGATGATAGTTTGCTGGAATCAGCGTTATCAGATCTTAATGTTGCA 3967
Query 4028 TCGGATCAGGTGGATGTGATGTTTGGATATCTTAATCTCTCTCTGCATAATCTACTGCAG 4087
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3968 TCGGATCAGGTGGATGTGATGTTTGGCTATCTTAATCTCTCGCTGCATAATCTACTGCAG 4027
Query 4088 AGTAACTGGACTGAGGCTCGCTTGGCCATTGACCAAGCACTAAAAGCAACAGCTCCTGAG 4147
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 4028 AGTAACTGGACCGGGGCTCGCTTGGCCATTGACCAAGCACTAAAAGCTACAGCTCCTGAG 4087
Query 4148 CATTTCATGCACTGTCTTAGAGAGCATGCTGTGTTTCAGCTAATCAACGAGTTGCAAGCA 4207
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4088 CATTTTATGCACTGTCTTAGAGAGCATGCTGTGTTTCAGCTAATCAACGAGTTGCAAGCA 4147
Query 4208 ACGGGTGAATTTTCAATCAACCTACAAATGAGATTACTCAACTCTTATTTGGATCGAGCA 4267
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4148 ACGGGTGAATTTTCAATCAACCTACAAATGAGATTACTCAACTCTTATTTGGATCGAGCA 4207
Query 4268 AGTTCTTTACCTGTAAAAGAGCCACTATCTTGGAAATTCATTAGCAACAGCGCTGAGAAA 4327
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 4208 AGTTCTTTACCTGTAAAAGAGCCACTATCTTGGAAGTTCATCAGCAACAGCGCTGAGAAA 4267
Query 4328 CCAAGAGTCAGGAAGCTAGTTACTAACCTTCTGGCTCCAGTTTCATCTGAACTCTTTGTG 4387
|| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4268 CCGAGAGTCAGGAAGCTAGTTACTAACCTTCTTGCTCCAGTTTCATCTGAACTCTTAGTG 4327
Query 4388 GTGAATGTTGTTCTTGAAGCATGGCACGGACCATCTCTTGTACCCGAGAAGCTAAGTAAG 4447
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 4328 GTGAATGTTGTTCTCGAAGCATGGCACGGACCATCTCTTGTACCTGAGAAGCTAAGTAAA 4387
Query 4448 CAAAAGGAACTGGTGGATTTTGTGGAAACAATCTTAGGGTTGGTTCCAAGCAATTACCCG 4507
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 4388 CAAAAGGAACTGGTGGATTTTGTGGAAACAATCTTAGGGTTGGTTCCATGCAATTATCCA 4447
Query 4508 CTGGCTTTGTCTGTAAGTAAGCTGTTAAGGAAAGAAGAGAAACAATCAGATTCTGGTTCC 4567
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 4448 CTGGCTTTGTCTGTAAGTAAGCTGTTAAGGAAAGAAGAGAAACATTCAGATTCTGGTTCC 4507
Query 4568 TCCTCGGGTATTCATTTCTGGGCAGGTCTGAATTTGGCGAGTACAATATCTTGTGCCATC 4627
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4508 TCCTCGGGTATTCATTTCTGGGCAGGTCTGAATTTGGTGAGTACAATATCTTGTGCCATC 4567
Query 4628 CCAGTAGCTCCGGAGTATATTTGGGTGGAGGCTGGAGAAATAGTGAGTGATATCAATGGT 4687
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 4568 CCAGTAGCTCCGGAGTATATTTGGGTGGAGGCTGGAGAAATAGTGAGCAATATCAATGGT 4627
Query 4688 TTCAAGACTAGAGCTGAGAGATTCTTGAAGAAAGCATTGTCTGTATATCCAATGTCTGTG 4747
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4628 TTCAAGACAAGAGCTGAGAGATTCTTGAAGAAAGCTTTGTCTGTATATCCAATGTCTGTG 4687
Query 4748 AAGTTATGGAGATGTTATTGGAGTTTATGCAAAAGTATAGAAGAGAGAAGGGGTATTGAG 4807
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4688 AAGTTATGGAGATGTTATCGGAGTTTATGCAAAAGTATAGAAGAGAGAAGAGGTATTGAG 4747
Query 4808 ATCGAAGAAGCAGCCAGAAAGAAAGGAATCACTCTTGCTTGAAAC-TATTAAGTCTTTTG 4866
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 4748 ATCGAAGAAGCAGCCATAAAGAAAGGAATCACTCTTGATTGAAAAGTATTAAGTCTTTTG 4807
Query 4867 ATTTTTGTCCCCCTATATATAG 4888
| ||||||||||||||||||||
Sbjct 4808 AATTTTGTCCCCCTATATATAG 4829
Score = 1602 bits (867), Expect = 0.0
Identities = 1089/1194 (91%), Gaps = 24/1194 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 27 TCCTATCTTAACGAAAGCTGTGATTCTCCTTCGTCTTTCAATATCATTCTTAGGTTTTTG 86
||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| |||||
Sbjct 1 TCCCATCTTAACGAAAGCTGTGATTGTCCTTCGTCTTTCGATATTATTCTTAGG-TTTTG 59
Query 87 AAATTCATGTGTCGTAAGAACCGAGGAAGATGACGACACCAATCACCGGGAAAAAC-TCT 145
|||||||||||| || ||| || ||||||||||||||||||||||||| |||| || | |
Sbjct 60 AAATTCATGTGTTGTGAGAGCCTAGGAAGATGACGACACCAATCACCGCGAAACACGT-T 118
Query 146 CCTGTTACCGGAAAAGAAGAAGGCGAACTATCTACCTCCGACGACGAAGTACAACCAATG 205
|| ||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 119 CCGGTTACCGGAAAAGAAGAAGGCGAGCTATCTGCTTCCGACGACGAAGTTCAACCAATG 178
Query 206 CAAACAAGCACGAGATCTCCTCTTACTGAACA--TAT-A------TCAGCAAACACAAAT 256
||||||||||| ||| |||||| ||||||||| ||| | ||||| |||||||||
Sbjct 179 CAAACAAGCACAAGAGCTCCTCCTACTGAACATGTATCAGTTCCTTCAGCTAACACAAAT 238
Query 257 ATCCAAAGGCGTCAAGCTGGAAATGGTGGATCTTTTATTAAGCCTTCTGATGCTACACCA 316
|||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 ATCCAAAGGCCTCAAGCGGGAAATGGTGGATCTTTAATTAAGCCTTCTGATGCTACACCG 298
Query 317 ACGAA-GCTGACAAACCCTGGAGGCCGGATTTTTGAGACGAAGCAAGCCATTGCTGCCAT 375
|| || ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 299 AC-AAGGCTGACACACCCTGGAGGCCGGATATTTGAGAAGAAGCAAGCCATTGCTGCCAT 357
Query 376 TCATGGGAAGAAATTTCCTGTAAGGGGCAACAACAGCAACCTCGTGATAAACTTCTCAGA 435
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 TCATGGGAAGAAATTTCCTGCAAGGGGCAACAACAGCAACCTCGTGATAAACTTCTCAGA 417
Query 436 TGATGATAGTGGTAGTGAATCTGATTGTAA-AGGACGTACACAGACATCAAAGATTCAAC 494
||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 418 TGATGATAGTGGTAGTGAATCTGATGGTAACAG-ACGGACACAGACATCAAACATTCAAT 476
Query 495 CAAAGGGAACCATATCTGGGAATAGAAACCCGTCTACATTTTCACAAACAAAATTGAAAG 554
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 CAAAGGGAACCATGTCTGGGAATAGAAACCCGTCTACATTTTCACAAACAAAATTGAAAG 536
Query 555 GACCAAGACAGATTGATATAA-GAGCCATAACAAAGAAGGCATTGTCCACTAGCACCTTT 613
|||||||||| | ||||| | |||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 537 GACCAAGACAAACTGATA-ACCGAGCCATAACTAAGAAGCCATTGCCCACTAGCACCTTT 595
Query 614 AGTCATGCTGCGACGTCCAAAGTCTCCAACCTTTCATTTGCCAAGGAAATGAAATCCAAT 673
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 596 AGTCATGCTGCGACTTCCAAAGTTTCCAACCTTTCATCTGCTAAGGAAATGAAATCCAAT 655
Query 674 AAATATATTCATTCCTCTGAAAGGACGGTTAGCAAAGATGCACAGCGTCCTGAACAGATT 733
||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| || |||||||||||||
Sbjct 656 AAAAATATTCATACCTCTGAAATGACGGTTAGCAAAGATACACGGCTTCCTGAACAGATT 715
Query 734 GTGGAGTCC-AATAGCAACAAACTTCAGGATTTAAAGCAGCAGATTGCGCTTCGGGAAAG 792
||| | ||| |||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 716 GTGAA-TCCCAATAACATCAAACTTCAGGATTTGAAGCAGCAGATTGCGCTTCGGGAAAG 774
Query 793 TGAGCTGAAGCTTAAGGCTGCACAGCCAAAGAAGGATGCCGTTAACCCAAAAATCACTCC 852
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 775 TGAGCTGAAGCTTAAGGCTGCACAGCCAAAGAAGGATGCTATTAACCCAAAAATCAGTCC 834
Query 853 AGCAAGGAGGGTCAGTATTATTTCTGATGATACTAGACATCTAGAACCAAACGAACCTCC 912
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 835 AGCAAGGAGAGTCAGTATTATTTCTGATGATACTAGACAGCTAGAACCAAACGAACCTGC 894
Query 913 CAAGAAACGTTTAAAAGTTAGTGGAATTGACACAAGTCAGCCTGTTATTGATTACAGAGT 972
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 895 CAAGAAGCGCTTAAAAGTTAGTGGAATTGACACAAGTCAGCCTGTTACTGATTACAGAGT 954
Query 973 GGCAGCATCTGCGGCTGCACCAATGAATGCGCCAGACATCCGCAAAAGTCTACTGCCAGG 1032
| |||||||||| || ||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 955 GCCAGCATCTGCTGCCGCACCAATGGATGTGCCAGACATCCGTAAAAGTCTACTGCCAGG 1014
Query 1033 TGTCAATGCAAATTCTAGTTGCAAACACCTCGGAAGTAAGAGTGATGAGATTGTTCCACC 1092
||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 TGTCAATGCAAATCCTAGTTGCAAGCACCTTGGAAGTAACAGTGATGAGATTGTTCCACC 1074
Query 1093 TGTTATTCCTCAGCATACTGTGGAAGGAAATACAAGCTCAAGTGTCTTACAAAAAAGCAC 1152
|||| || | ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 1075 TGTTGTTTCACAGCACACTGTGGAAGGAAATACTAGCTCAAGTGTCGTACAAAAAAG-AG 1133
Query 1153 C-GGCAAAG-TGAATCATTACGAAGGTGGAAGAGAACTCGAAACAATGAAAAAT 1204
| ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1134 CTGGCAAAGCT-AATTGTTACGAAGGTGGAAGAGAACTGGAAACAATGAAAAAT 1186
> Ahg931085 jgi|Araly1|931085|scaffold_303542.1
Length=723
Score = 590 bits (319), Expect = 4e-167
Identities = 352/368 (96%), Gaps = 1/368 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2255 AATTATCAGTTATCTATAGATATGGAGTCCCATAGGAGTTCACCAGAGAATGCCCTTTTA 2314
|||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 260 AATT-TCAGTCATCTATAGATATGGAGTCCCATAGGAGTTCACCAGAGAATGACCTTTTA 318
Query 2315 TCGTCTGTAGCGTTGTCCGGTCCTTTATTTCGGAGCACAATCTATCATTTGAAAGTCCCA 2374
||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 319 TCGTCTGTAGCTTTGTCAGGTCCTTTATTTCGGAGCACAATCTATCATCTGAAAGTACCA 378
Query 2375 GGGTCTTCAATTACATCTCTGGGACCAGAATATATACTTCAAAACAAGACATATAGCCTA 2434
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 379 GGGTCTTCAATTACGTCTCTGGGACCAGAATATACACTTCAAAACAAGTCATATAGCCTA 438
Query 2435 TATAGTGATAAAAGACAATGTAGGAGCTTGACGGAAACTATAGTATATGAGaaaaaaaTT 2494
||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 439 TATAGTGATAAAAGACAATGTAGAAGCTTGACTGAAACTACAGTATATGAGAAAAAAATT 498
Query 2495 GGCTTCTACACCTGTAATTTGAAGGTGGACCCTTCTTGGCCTCTCTGCATGTACGAGTTA 2554
||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 499 GGCTTCTACACCTTTTATTTGAAGGTGGACCCTTCTTGGCCTCTCTGCATGTACGAGTTA 558
Query 2555 CGTGGAAGGTGCAATAACGATGAATGTTCTTGGCAACATTTCAAGGATTTCTCTGATGAC 2614
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 559 CGTGGAAGGTGCAATAATGATGAATGTTCTTGGCAACATTTCAAGGATTTCTCTGATGAC 618
Query 2615 AGTTTGCA 2622
||||||||
Sbjct 619 AGTTTGCA 626
> Ahg945676 jgi|Araly1|945676|scaffold_701905.1
Length=759
Score = 584 bits (316), Expect = 2e-165
Identities = 351/368 (95%), Gaps = 1/368 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2255 AATTATCAGTTATCTATAGATATGGAGTCCCATAGGAGTTCACCAGAGAATGCCCTTTTA 2314
|||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 296 AATT-TCAGTCATCTATAGATATGGAGTCCCATAGGAGTTCACCAGAGAATGACCTTTTA 354
Query 2315 TCGTCTGTAGCGTTGTCCGGTCCTTTATTTCGGAGCACAATCTATCATTTGAAAGTCCCA 2374
||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 355 TCGTCTGTAGCTTTGTCAGGTCCTTTATTTCGGAGCACAATCTATCATCTGAAAGTACCA 414
Query 2375 GGGTCTTCAATTACATCTCTGGGACCAGAATATATACTTCAAAACAAGACATATAGCCTA 2434
||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 415 AGGTCTTCAATTACGTCTCTAGGACCAGAATATACACTTCAAAACAAGTCATATAGCCTA 474
Query 2435 TATAGTGATAAAAGACAATGTAGGAGCTTGACGGAAACTATAGTATATGAGaaaaaaaTT 2494
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 475 TATAGTGATAAAAGACAATGTAGGAGCTTGACTGAAACTACAGTATATGAGAAAAAAATT 534
Query 2495 GGCTTCTACACCTGTAATTTGAAGGTGGACCCTTCTTGGCCTCTCTGCATGTACGAGTTA 2554
||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 GGCTTCTACACCTTTTATTTGAAGGTGGACCCTTCTTGGCCTCTCTGCATGTACGAGTTA 594
Query 2555 CGTGGAAGGTGCAATAACGATGAATGTTCTTGGCAACATTTCAAGGATTTCTCTGATGAC 2614
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 CGTGGAAGGTGCAATAATGATGAATGTTCTTGGCAACATTTCAAGGATTTCTCTGATGAC 654
Query 2615 AGTTTGCA 2622
||||||||
Sbjct 655 AGTTTGCA 662
> Ahg950092 jgi|Araly1|950092|scaffold_801979.1
Length=759
Score = 579 bits (313), Expect = 9e-164
Identities = 350/368 (95%), Gaps = 1/368 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2255 AATTATCAGTTATCTATAGATATGGAGTCCCATAGGAGTTCACCAGAGAATGCCCTTTTA 2314
|||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 296 AATT-TCAGTCATCTATAGATATGGAGTCCCATAGGAGTTCACCAGAGAATGACCTTTTA 354
Query 2315 TCGTCTGTAGCGTTGTCCGGTCCTTTATTTCGGAGCACAATCTATCATTTGAAAGTCCCA 2374
||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 355 TCGTCTGTAGCTTTGTCAGGTCCTTTATTTCGGAGCACAATCTATCATCTGAAAGTACCA 414
Query 2375 GGGTCTTCAATTACATCTCTGGGACCAGAATATATACTTCAAAACAAGACATATAGCCTA 2434
||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 415 AGGTTTTCAATTACGTCTCTGGGACCAGAATATACACTTCAAAACAAGTCATATAGCCTA 474
Query 2435 TATAGTGATAAAAGACAATGTAGGAGCTTGACGGAAACTATAGTATATGAGaaaaaaaTT 2494
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 475 TATAGTGATAAAAGACAATGTAGGAGCTTGACTGAAACTACAGTATTTGAGAAAAAAATT 534
Query 2495 GGCTTCTACACCTGTAATTTGAAGGTGGACCCTTCTTGGCCTCTCTGCATGTACGAGTTA 2554
||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 GGCTTCTACACCTTTTATTTGAAGGTGGACCCTTCTTGGCCTCTCTGCATGTACGAGTTA 594
Query 2555 CGTGGAAGGTGCAATAACGATGAATGTTCTTGGCAACATTTCAAGGATTTCTCTGATGAC 2614
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 CGTGGAAGGTGCAATAATGATGAATGTTCTTGGCAACATTTCAAGGATTTCTCTGATGAC 654
Query 2615 AGTTTGCA 2622
||||||||
Sbjct 655 AGTTTGCA 662
> Ahg931550 jgi|Araly1|931550|scaffold_304007.1
Length=244
Score = 335 bits (181), Expect = 2e-90
Identities = 206/218 (94%), Gaps = 1/218 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2255 AATTATCAGTTATCTATAGATATGGAGTCCCATAGGAGTTCACCAGAGAATGCCCTTTTA 2314
|||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 28 AATT-TCAGTCATCTATAGATATGGAGTCCCATAGGAGTTCACCAGAGAATGACCTTTTA 86
Query 2315 TCGTCTGTAGCGTTGTCCGGTCCTTTATTTCGGAGCACAATCTATCATTTGAAAGTCCCA 2374
||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 87 TCGTCTGTAGCTTTGTCAGGTCCTTTATTTCGGAGCACAATCTATCATCTGAAAGTACCA 146
Query 2375 GGGTCTTCAATTACATCTCTGGGACCAGAATATATACTTCAAAACAAGACATATAGCCTA 2434
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 147 GGGTCTTCAATTACGTCTCTGGGACCAGAATATACACTTCAAAACAAGTCATATAGCCTA 206
Query 2435 TATAGTGATAAAAGACAATGTAGGAGCTTGACGGAAAC 2472
||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||
Sbjct 207 TATAGTGATAAAAGATAATGTAGGAGCTTGACTGAAAC 244
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 188270813631
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5