BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G39620.1
Length=2511
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg482981 jgi|Araly1|482981|fgenesh2_kg.4__2041__AT2G39620.1 3740 0.0
> Ahg482981 jgi|Araly1|482981|fgenesh2_kg.4__2041__AT2G39620.1
Length=2511
Score = 3740 bits (2025), Expect = 0.0
Identities = 2358/2520 (94%), Gaps = 18/2520 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCCAATTAAC-TACACTAACCTCCTCCTTATGCTCCGGGAATGTAAGAACTTCCGGTG 59
||||||| | || | ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCCAAAT-ACTTGCACTACCCTCCTCCGTATGCTCCGGGAATGTAAGAACTTCCGGT- 58
Query 60 T-CTTCTTCAAGTTCACGGCAGCTTGATAGTCTCAGGTCTTAAACCTCATAACCAGCTCA 118
| ||||| ||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 59 TACTTCTACAAATTCACGGCAGCTTGATCGTCGCAGGTCTTAAACCTCATAACCAGCTAA 118
Query 119 TAAACGCTTATTCTCTCTTTCAAAGA-CAGGACCTTTCTCGCGTCATCTTTGATTCAGTT 177
|||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 119 TAAACGCTTATTCTCTCTTTCAAAGACCA-GACCTTTCTCGCAAAATCGTTGATTCAGTT 177
Query 178 CGAGATCCAGGTGTTGTCTTGTGGAATTCAATGATCAGAGGATACACGAGAGCCGGTTTG 237
| | | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 CCATACCCAGGTGTTGTCTTATGGAATTCCATGATCAGAGGATACACGAGAGCCGGTTTG 237
Query 238 CACAGAGAAGCTCTCGGATTCTTCGGGTATATGTCGGAGGAGAAAGGTATTGATCCAGAC 297
|||| ||||||||||| | |||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 238 CACAAAGAAGCTCTCGAAGTCTTCGGGTACATGTCAGAGGCGAAAGGTATTGATCCAGAC 297
Query 298 AAGTACAGTTTCACTTTTGCTTTGAAGGCTTGTGCCGGATCTATGGACTTTAAGAAGGGT 357
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 298 AAGTACACTTTCACTTTTGCTTTGAAGGCTTGTGCCGGATCTATGGACTTTGAGGAGGGT 357
Query 358 TTACGGATACATGATTTGATTGCTGAGATGGGTCTTGAGTCTGATGTTTATATAGGAACT 417
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 TTACGGATACATGATTTGATTGCTGAGATGGGTTTTGAGTCTGATGTTTATATAGGAACT 417
Query 418 GCGTTAGTTGAAATGTATTGTAAAGCTCGTGACTTGGTTTCTGCAAGACAAGTGTTCGAT 477
|| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 GCTTTAGTTGAAATGTATTGTAAAGCTGGTGACTTGGTTTCTGCAAGACAAGTGTTCGAT 477
Query 478 AAAATGCATGTGAAGGATGTTGTTACTTGGAACACTATGGTTTCCGGGTTGGCTCAAAAT 537
||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 AAAATGCCTGTGAAGGATATTGTTACTTGGAACACTATGGTTTCCGGGTTGGCTCAAAAT 537
Query 538 GGATGTTCTAGTGCAGCTTTGCTGTTGTTTCATGATATGCGTTCGTGTTGTGTTGACATT 597
|||||||| |||| |||||||| |||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||
Sbjct 538 GGATGTTCAAGTGAAGCTTTGCGGTTGTTTCGTGATATGCATTCGAGTTTTGTTGACATT 597
Query 598 GATCATGTTAGTTTATATAATCTGATCCCTGCGGTTTCGAAGCTAGAGAAGAGTGATGTC 657
|||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 598 GATCATGTTAGTCTCTACAATCTGATCCCTGCGGTTTCAAAGCTAGAGAAGAATGATGTG 657
Query 658 TGTAGATGTCTTCACGGACTTGTGATTAAGAAAGGTTTTATCTTTGCTTTCTCTAGTGGG 717
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 658 TGCAGATGTCTTCACGGACTTGTGATTAAGAAAGGTTTTAAGTCTGCTTTCTCTAGTGGG 717
Query 718 CTGATTGACATGTATTGCAACTGCGCGGATTTATATGCTGCTGAAT-CTGTTTTTGAAGA 776
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 718 TTGATTGACATGTATTGCAAATGCGCAGATTTATATGCTGCTGAATGC-GTTTTTGAAGA 776
Query 777 AGTGTGGAGGAAGGATGAGTCTTCATGGGGTACAATGATGGCAGCTTATGCACATAATGG 836
||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 777 AGTGTTTAGCAAGGATGAGTCTTCATGGGGCACAATGATGGCAGCTTATGCACATAACGG 836
Query 837 GTTCTTTGAGGAGGTATTGGAGTTGTTTGACCTTATGAGAAACTATGATGTTAGAATGAA 896
|| ||| ||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 837 GTCCTTCGAGGAGGTATTGGAGTTATTTGACGTCATGAGAAACTATGACGTTAGAATGAA 896
Query 897 TAAGGTAGCTGCAGCAAGTGCTCTTCAAGCTGCTGCATATGTAGGGGATTTAGTGAAGGG 956
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||
Sbjct 897 TAAGGTAGCTGCAGCAAGTGCTCTTCAAGCTGCTGCATATGTAGGGAACTTAGAGAAGGG 956
Query 957 GATTGCAATTCATGATTACGCAGTGCAACAAGGATTGATCG-GTGATGTCTCAGTTGCTA 1015
||||||||||||||| ||| |||||||||| ||| |||| | ||||| | || ||||| |
Sbjct 957 GATTGCAATTCATGAATACACAGTGCAACAGGGAATGAT-GAGTGATATTTCGGTTGCAA 1015
Query 1016 CTTCTCTTATGAGTATGTATTCCAAATGTGGTGAGTTGGAGATAGCCGAACAACTGTTCA 1075
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1016 CTTCTCTTATGAGTATGTATTCCAAATGTGGTGAGTTGGAGATAGCGGAACAACTGTTTA 1075
Query 1076 TTAATATTGAAGATAGAGATGTTGTTTCTTGGTCTGCCATGATTGCGTCGTATGAGCAAG 1135
|||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1076 TTAAAATTAAAGATAGAGATGTTGTTTCTTGGTCTGCCATGATTGCGTCGTTTGAGCAAG 1135
Query 1136 CAGGGCAACACGATGAGGCTATCTCTTTGTTTAGAGATATGATGAGAATACATATCAAGC 1195
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 1136 CAGGGCAACACGATGAGGCTCTCTCTTTGTTTAGAGATATGATGAGAACACATGTCAAGC 1195
Query 1196 CTAATGCTGTAACTTTGACTAGTGTGCTACAAGGGTGTGCAGGAGTAGCCGCCTCTAGAT 1255
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 CTAATGCTGTAACTTTGACAAGTGTGCTACAAGGGTGTGCAGGAGTAGCCGCCTCTAGAT 1255
Query 1256 TGGGTAAGAGCATACATTGTTATGCTATAAAGGCTGATATTGAGTCTGAGTTGGAAACTG 1315
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 TGGGTAAGAGCATACATTGTTATGCTATAAAGGCTGATGTTGAGTCTGAGTTGGAAACTG 1315
Query 1316 CCACAGCTGTTATTTCAATGTACGCTAAATGTGGTCGATTTTCTCCCGCGCTCAAAGCCT 1375
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |
Sbjct 1316 CCACAGCTGTTATTTCAATGTATGCTAAATGTGGTCTCTTTTCTCCCACGCTCAAAGCTT 1375
Query 1376 TTGAAAGACTGCCAATTAAAGATGCTGTGGCATTCAACGCTCTAGCGCAAGGGTATACTC 1435
||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1376 TTGAAAGACTGCCAATTAAAGATGCCATAGCATTCAACGCTCTAGCACAAGGGTATACTC 1435
Query 1436 AGATTGGTGATGCCAATAAAGCATTTGATGTGTACAAGAACATGAAGTTACATGGTGTAT 1495
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1436 AGATTGGTGATGTCAGTAAAGCATTTGATGTGTACAAGAACATGAAGTTACATGGCGTAT 1495
Query 1496 GCCCAGACTCAAGAACTATGGTTGGTATGCTTCAAACTTGTGC-CTTCTGTAGTGACTAT 1554
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1496 GCCCAGACTCAGGGACTATGGTTGGTATGCTTCAAACTTGTGCAC-TCTGTAGTGACTAT 1554
Query 1555 GCTCGAGGTTCTTGTGTTTATGGACAAATTATAAAGCATGGGTTCGATTCAGAATGTCAC 1614
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 GCTCGAGGTTCTTGTGTTTATGGGCAAATTATAAAGCATGGGTTCGATTCAGAATGTCAC 1614
Query 1615 GTGGCACATGCTCTTATCAATATGTTCACCAAATGTGATGCCCTCGCTGCAGCGATAGT- 1673
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| | | |
Sbjct 1615 GTGGCACATGCTCTTATTGATATGTTCACCAAATGTGATGCCCTTGCTGCAGC-AAAATC 1673
Query 1674 TTTGTTTGACAAGTGTGGATTCGAGAAAAGTACTGTATCTTGGAATATAATGATGAACGG 1733
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1674 CTTGTTTGACAAGTGTGGATTCGAGAAAAGTACTGTATCTTGGAATATAATGATGAATGG 1733
Query 1734 GTACTTACTCCATGGCCAGGCTGAAGAAGCTGTTGCCACTTTTCGTCAGATGAAGGTTGA 1793
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1734 GTACTTACTCCATGGCCAGGCTGAAGAAGCTATTGCCACTTTTCGTCAGATGAAGGTTGA 1793
Query 1794 GAAATTTCAGCCAAATGCAGTCACTTTTGTTAACATAGTACGCGCAGCAGCAGAATTATC 1853
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1794 GAAATTTCAGCCAAATGCAGTCACTTTTGTTAACATCGTACGCGCAGCAGCAGAATTAGC 1853
Query 1854 AGCCTTGAGAGTAGGAATGTCGGTTCATTCCAGTCTCATTCAGTGTGGATTTTGTTCCCA 1913
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 1854 AGCCTTGAGCCTAGGAATGTCGGTTCATTCCAGTCTCATCCAGTTTGGATTTTGTTCCCA 1913
Query 1914 AACACCAGTAGGAAACAGCCTTGTTGACATGTATGCGAAATGTGGAATGATAGAATCTTC 1973
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1914 CACACCAGTAGGAAACAGCCTTGTAGACATGTATGCCAAATGTGGAATGATAGAATCTTC 1973
Query 1974 CGAGAAATGCTTTATTGAGATAAGCAACAAATACATAGTTTCATGGAACACTATGCTATC 2033
| ||||||||||||| |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1974 CAAGAAATGCTTTATCGAGATAAGAAACAAAAACATGGTTTCATGGAACACTATGCTATC 2033
Query 2034 CGCTTACGCAGCCCACGGTCTAGCAAGCTGTGCGGTCTCACTTTTCTTGTCCATGCAAGA 2093
||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 2034 AGCTTACGCAGCCCACGGCCTAGCAAACTGTGCAGTCTCACTCTTCTTGTCTATGCAAGA 2093
Query 2094 AAACGAACTCAAACCAGACTCTGTTTCCTTTCTCAGTGTTCTTTCAGCTTGTAGACACGC 2153
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2094 AAACGAACTCAAACCAGATTCTGTTTCCTTTCTGAGTGTTCTTTCAGCTTGTAGACACGC 2153
Query 2154 AGGGTTAGTCGAAGAAGGAAAACGAATTTTCGAGGAAATGGGAGAGAGACACAAGATCGA 2213
||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2154 AGGATTAGCCGAAGAAGGAAAACGAATTTTCAAGGAAATGGAAGAGAGACACAAGATCGA 2213
Query 2214 AGCAGAA-GTTGAACATTACGCGTGTATGGTAGATCTATTAGGGAAGGCTGGTTTGTTTG 2272
||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2214 AGC-GAAAGTTGAACATTACGCGTGTATGGTAGATCTATTAGGGAAGTCTGGTTTGTTTG 2272
Query 2273 GTGAAGCTGTGGAAATGATGAGAAGAATGAGAGTGAAAACAAGTGTAGGAGTATGGGGAG 2332
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2273 ATGAAGCTGTGGAAATGGTGAGAAGAATGAGAGTGAAAGCAAGTGTAGGAGTATGGGGAG 2332
Query 2333 CTTTATTAAATTCTTCAAGAATGCATTGTAATTTGTGGTTAAGCAATGCTGCATTGTGTC 2392
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2333 CTTTATTAAATTCTTCAAGAATGCATTGTAATTTGTGGTTAAGTAATGCTGCATTGTGTC 2392
Query 2393 AGCTTGTTAAACTTGAGCCACTAAATCCTTCTCATTATAGTCAAGATCGGAGATTAGGAG 2452
|||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 2393 AGCTTGTTAAGCTTGAGCCATTAAATCCTTCTCATTATGGTCAAGATCAGAGATTAGGAG 2452
Query 2453 AGG-TCAATAATGTATCAAGAATTAAGAAAGTTCCTGCTTGTAGTTGGATAGAAGTCTGA 2511
||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 2453 AGGCT-AATAATGTATCAAGAATTAAGAAAGTTCCTGCTTGTAGTTGGATACAAGTTTGA 2511
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94654258825
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5