BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G39800.1
Length=2886
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg483012 jgi|Araly1|483012|fgenesh2_kg.4__2072__AT2G39800.1 4510 0.0
Ahg485989 jgi|Araly1|485989|fgenesh2_kg.5__1981__AT3G55610.1 2383 0.0
Ahg952470 jgi|Araly1|952470|scaffold_77200001.1 1242 0.0
> Ahg483012 jgi|Araly1|483012|fgenesh2_kg.4__2072__AT2G39800.1
Length=2802
Score = 4510 bits (2442), Expect = 0.0
Identities = 2701/2823 (96%), Gaps = 29/2823 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTTCCACGGCGTTTCCTCAGCCGCCGATTTTATTTATTTCCCAAAATACCCATCACCTAT 60
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1 CTTCCACGGCGCTTCCTCAGCCGCCGATTTTATTTATTTCCCAAAATACCCATCACCCCT 60
Query 61 AGCGCCACAATCCTCTACATCACACCCTAATCTCATTACCATACACCACCCAACGAACAC 120
||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 61 AGCGCCACAATCCCCTACAACACACCCTACTCTCCTTACCATACACCACCCAACGACCAC 120
Query 121 GCGCCACTTCATTTGTTAGTATCTAAAATACCAAACCTACCCTTAGTTCC-ACACGTGGC 179
|||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 121 GCGCCACTTCATCTGTCAGTGTCTAAAATACCAAATCTACCCTTA-TTCCAACACGTGGC 179
Query 180 GTTTCCTGGTTTGATAACAGAGCCTGAGTCTCTGGTGTCGCTGGTGTTTATAAACCCCTT 239
| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 180 GCTTCATGGTTTGGTAACAGAGCCTGAGTCTCTGGTGTTGTTGGTGTTTATAAACCCCTT 239
Query 240 CATATCTTCCTTGGTGATCTCCACCTTTCCCTCACCTGATATTTATTTTCTTACCTTAAA 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |
Sbjct 240 CATATCTTCCTTGGTGATCTCCACCTTTCCCTCACCTGATATTTA-TTT-TTA-C----- 291
Query 300 TACGACGGTGCTTCACTGAGTCCGACTCAGTTAACTCGTTCCTCTCTC--TGT-GTGTGG 356
||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 292 -ACG-C--TGCTTCACTGATTCCGACTCAGTTAACTCGTTCCTCTCTCTGTGTGGTGTGG 347
Query 357 TTTTGGTAGACGACGACGACGATAATGGAGGAGCTAGATCGTTCACGTGCTTTTGCCAGA 416
||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 348 TTTTGGT--A-GACGACGACGATAATGGAGGAGTTAGATCGTTCACGTGCTTTTGCTAGA 404
Query 417 GACGTCAAACGTATCGTCGTTAAGGTTGGGACAGCAGTTGTTACTGGAAAAGGTGGAAGA 476
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 405 GACGTTAAACGTATCGTCGTTAAGGTTGGGACCGCAGTTGTAACTGGAAAAGGTGGAAGA 464
Query 477 TTGGCTCTTGGTCGTTTAGGAGCACTGTGTGAACAGCTTGCGGAATTAAACTCGGATGGA 536
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 465 TTGGCTCTTGGTCGATTAGGAGCACTGTGTGAACAGCTTGCGGAATTAAACTCGGATGGA 524
Query 537 TTTGAGGTGATATTGGTGTCATCTGGTGCGGTTGGTCTTGGCAGGCAAAGGCTTCGTTAT 596
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 525 TTTGAGGTGATATTGGTGTCATCTGGTGCGGTTGGTCTTGGCCGGCAAAGGCTTCGATAT 584
Query 597 CGACAATTAGTCAATAGCAGCTTTGCGGATCTTCAGAAGCCTCAGACTGAACTTGATGGG 656
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 585 CGACAATTAGTCAATAGCAGCTTTGCGGATCTTCAGAAGCCTCAGACTGAACTTGATGGG 644
Query 657 AAGGCTTGTGCTGGTGTTGGACAAAGCAGTCTTATGGCTTACTATGAGACTATGTTTGAC 716
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 645 AAGGCTTGTGCTGGTGTTGGACAAAGCAGTCTTATGGCTTATTATGAGACTATGTTCGAC 704
Query 717 CAGCTTGATGTGACGGCAGCTCAACTTCTGGTGAATGACAGTAGTTTTAGAGACAAGGAT 776
||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 705 CAGCTGGATGTGACCGCGGCTCAACTTCTGGTGAATGACAGTAGCTTTAGAGACAAGGAT 764
Query 777 TTCAGGAAGCAACTTAATGAAACTGTCAAGTCTATGCTTGATTTGAGGGTTATTCCAATT 836
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 765 TTCAGGAAGCAACTTAATGAAACTGTCAAGTCCATGCTTGATTTGAGGGTTATTCCAATT 824
Query 837 TTCAATGAGAATGATGCTATTAGCACCCGAAGAGCCCCATATCAGGATTCTTCTGGTATT 896
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 825 TTCAATGAGAATGATGCTATTAGCACCCGAAGAGCCCCTTATCAGGATTCTTCTGGTATT 884
Query 897 TTCTGGGATAACGATAGCTTAGCTGCTCTACTGGCGTTGGAACTGAAAGCTGATCTTCTG 956
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 885 TTCTGGGATAACGATAGCTTAGCTGCTCTACTGGCGCTCGAACTGAAAGCTGATCTTCTG 944
Query 957 ATTCTTCTGAGCGATGTTGAAGGTCTTTACACAGGCCCTCCAAGTGATCCTAACTCAAAG 1016
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 945 ATTCTCCTGAGTGATGTTGAAGGTCTTTACACAGGCCCTCCAAGTGATCCTAACTCAAAG 1004
Query 1017 TTGATCCACACTTTTGTTAAAGAAAAACATCAAGATGAGATTACATTCGGCGACAAATCA 1076
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1005 TTGATCCACACTTTTGTTAAAGAAAAACATCAAGACGAGATTACATTCGGCGACAAATCA 1064
Query 1077 AGATTAGGGAGAGGGGGTATGACTGCAAAAGTCAAAGCTGCAGTCAATGCAGCTTATGCT 1136
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1065 AGATTAGGGAGAGGGGGTATGACTGCAAAAGTCAAAGCTGCAGTGAATGCAGCTTATGCT 1124
Query 1137 GGGATTCCTGTCATCATAACCAGTGGGTATTCAGCTGAGAACATAGATAAAGTCCTCAGA 1196
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1125 GGGATTCCTGTCATCATAACCAGTGGCTATTCAGCTGAGAACATTGACAAAGTCCTCAGA 1184
Query 1197 GGACTACGTGTTGGAACCTTGTTTCATCAAGATGCTCGTTTATGGGCTCCGATCACAGAT 1256
||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 GGACTGCGTGTTGGAACCTTATTCCATCAAGATGCTCGTTTATGGGCTCCGATCACAGAT 1244
Query 1257 TCTAATGCTCGTGACATGGCAGTTGCTGCGAGGGAAAGTTCCAGAAAGCTTCAGGCCTTA 1316
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1245 TCTAATGCTCGTGACATGGCAGTTGCTGCGAGGGAAAGTTCCAGAAAGCTTCAGGCCTTA 1304
Query 1317 TCTTCGGAAGACAGGaaaaaaaTTCTGCTTGATATTGCCGATGCCCTTGAAGCAAATGTT 1376
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1305 TCTTCAGAAGATAGGAAAAAAATTCTGCTTGATATTGCCGATGCCCTTGAAGCAAATGAA 1364
Query 1377 ACTACAATCAAAGCTGAGAATGAGTTAGATGTAGCTTCTGCACAAGAGGCTGGGTTGGAA 1436
|| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1365 ACAAGAATCAAAGCTGAGAATGAGTTAGATGTAGCTGCTGCACAAGAGGCTGGGTTGGAA 1424
Query 1437 GAGTCAATGGTGGCTCGCTTAGTTATGACACCTGGAAAGATCTCGAGCCTTGCAGCTTCA 1496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1425 GAGTCAATGGTGGCTCGCTTAGTTATGACACCTGGAAAGATCTCGAGCCTTGCAGCTTCA 1484
Query 1497 GTTCGTAAGCTAGCTGATATGGAAGATCCAATCGGCCGTGTTTTAAAGAAAACAGAGGTG 1556
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1485 GTTCGTAAGCTAGCTGAAATGGAAGATCCAATCGGCCGTGTTTTAAAGAAAACAGAGGTG 1544
Query 1557 GCAGATGGTCTTGTCTTAGAGAAGACCTCATCACCATTAGGCGTACTTCTGATTGTTTTT 1616
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1545 GCAGATGGTCTTGTCTTAGAGAAGACCTCATCTCCATTAGGCGTACTCCTGATTGTTTTT 1604
Query 1617 GAATCCCGACCTGATGCACTTGTACAGATAGCTTCACTTGCCATCCGTAGTGGAAATGGT 1676
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1605 GAATCCCGACCTGATGCACTTGTACAGATAGCTTCACTTGCCATCCGTAGTGGAAATGGT 1664
Query 1677 CTTCTGCTGAAGGGTGGAAAGGAGGCCCGGCGATCAAATGCTATCTTACACAAGGTGATC 1736
|||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1665 CTTCTGTTGAAGGGTGGAAAAGAGGCCCGGCGATCAAATGCTATCTTACACAAGGTAATT 1724
Query 1737 ACTGATGCAATTCCAGAGACTGTTGGGGGTAAACTCATTGGACTTGTGACTTCAAGAGAA 1796
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1725 ACTGATGCAATTCCAGAGACTGTTGGGGGTAAACTCATTGGACTTGTGACTTCAAGAGAA 1784
Query 1797 GAGATTCCTGATTTGCTTAAGCTTGAT-GACGTTATCGATCTTGTGATCCCAAGAGGAAG 1855
|||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1785 GAGATTCCTGATTTGCTTAAGC-TGATGGACGTTATTGATCTGGTGATCCCAAGAGGCAG 1843
Query 1856 CAACAAGCTTGTTACTCAGATAAAAAATACTACAAAAATCCCTGTGCTAGG-TCATGCTG 1914
||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||| || || ||||||||
Sbjct 1844 CAACAAGCTTGTTACTCAGATTGAAAATACTACGGAAATGCGTGTACT-GGTTCATGCTG 1902
Query 1915 ATGGAATCTGTCATGTATATGTCGACAAGGCTTGTGATACGGATATGGCAAAGCGCATAG 1974
|||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1903 ATGGAATCTGTCATGTGTATGTCGACAAGTCTTGTGATACGGATATGGCAAAGCGCATAG 1962
Query 1975 TTTCTGATGCAAAGTTGGACTATCCAGCAGCCTGTAATGCGATGGAAACCCTTCTTGTGC 2034
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1963 TTTCTGATGCAAAGTTGGACTATCCAGCAGCCTGTAATGCGATGGAAACTCTCCTTGTGC 2022
Query 2035 ATAAGGATCTAGAGCAGAATGCTGTGCTTAATGAGCTTATTTTTGCTCTGCAGAGCAATG 2094
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2023 ATAAGGATCTAGAGCAGAATGCTGTGCTCAATGAGCTTATTTTTGCTCTTCAGAGCAATG 2082
Query 2095 GAGTCACTTTGTATGGTGGACCAAGGGCAAGT-AAGATACTGAACATACCAGAAGCACGG 2153
|||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2083 GAGTCACTTTGTATGGTGGACCAAGGGCAAGTGCA-ATACTGAACATACCAGAAGCACGG 2141
Query 2154 TCATTCAACCATGAGTACTGTGCCAAGGCTTGCACTGTTGAAGTTGTAGAAGACGTTTAT 2213
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2142 TCATTTAACCATGAGTACTGTGCCAAGGCTTGCACTGTTGAAGTTGTAGAAGACGTTTAT 2201
Query 2214 GGTGCTATAGATCACATTCACCGACATGGGAGTGCACACACAGACTGCATTGTGACAGAG 2273
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2202 GGTGCTATAGATCACATTCACCGACATGGGAGTGCACACACAGACTGCATTGTGACAGAG 2261
Query 2274 GATCACGAAGTTGCAGAGCTATTCCTTCGCCAAGTGGATAGCGCTGCTGTGTTCCACAAC 2333
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 2262 GATCACGAAGTTGCAGAGCTATTCCTTCGCCAAGTGGACAGCGCTGCTGTTTTCCACAAC 2321
Query 2334 GCCAGCACAAGATTCTCAGATGGTTTCCGATTTGGACTTGGTGCAGAGGTGGGGGTAAGC 2393
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 2322 GCAAGCACAAGATTCTCAGATGGTTTCCGATTTGGACTTGGTGCTGAGGTGGGAGTAAGC 2381
Query 2394 ACGGGCAGGATCCATGCTCGTGGTCCAGTCGGGGTCGAAGGATTACTTACAACGAGATGG 2453
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2382 ACGGGCAGGATCCATGCTCGTGGTCCAGTCGGGGTTGAAGGATTACTTACAACGAGATGG 2441
Query 2454 ATAATGAGAGGAAAAGGACAAGTTGTCGACGGAGACAATGGAATTGTTTACACCCATCAG 2513
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2442 ATAATGAGAGGAAAAGGTCAAGTTGTCGACGGAGACAATGGAATTGTTTACACCCATCAG 2501
Query 2514 GACATTCCCATCCAAGCTTAAA-CAAGACTTCCGAGTGTGTGTTTGTGTATTTGGTTGAG 2572
|||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||| ||| ||| ||||||||||
Sbjct 2502 GACATTCCCATCCAAGCTTAAAACCAGACTTC-GAGTGTGTCTTTTTGTGTTTGGTTGAG 2560
Query 2573 ACTTGAGGAGAGACACAGAGGAGGATGGGCTTTTTTGTTTCCTCTCTGCTTAGTACTCAT 2632
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2561 ACTTGAGGAGAGACACAGAGGAGGATGGGCTTTTT-GTTTCCTCTCTGCTTAGTACTCAT 2619
Query 2633 ATCCTATCATTATTATTATTACTACTACTTATTATTGAAACCCTCGCTTATGTAGTGGTT 2692
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2620 ATCCTATCATTATTATTATTACTACTACTTATTATTGAAACCCTCGCTTATGTAGTGGTT 2679
Query 2693 TTGATTTAGGGTTAGGATTGCACCAAAAATAAGATCCACTTTACCACTTAGTCTTGCTCA 2752
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2680 TTGATTTAGGGTTAGGATTGCACCAAAAATAAGATCCACTTTACCACTTGGTCTTGCTCA 2739
Query 2753 TAAGTACGATGAAGAACATTTAATTAGCTTCTCTTCTTGTCATTGTAAGCTACCTACACA 2812
|||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2740 TAAGTAAGATGAAGAACATTTTATTAGCTTCTCTTCTTGTCATTGTAAGCTACCTACACC 2799
Query 2813 TTT 2815
|||
Sbjct 2800 TTT 2802
> Ahg485989 jgi|Araly1|485989|fgenesh2_kg.5__1981__AT3G55610.1
Length=2543
Score = 2383 bits (1290), Expect = 0.0
Identities = 1872/2152 (87%), Gaps = 44/2152 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 386 GGAGCTAGATCGTTCACGTGCTTTTGCCAGAGACGTCAAACGTATCGTCGTTAAGGTTGG 445
|||| | ||||||||||| || || |||| |||||| || ||||||||||| ||||||||
Sbjct 113 GGAGATCGATCGTTCACGCGCGTTCGCCAAAGACGTTAAGCGTATCGTCGTCAAGGTTGG 172
Query 446 GACAGCAGTTGTTACTGGAAAAGGTGGAAGATTGGCTCTTGGTCGTTTAGGAGCACTGTG 505
||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||
Sbjct 173 GACTGCAGTTGTTACTGGGAAAGGTGGAAGATTGGCTCTTGGACGTTTAGGAGCAATCTG 232
Query 506 TGAACAGCTTGCGGAATTAAACTCGGATGGATTTGAGGTGATATTGGTGTCATCTGGTGC 565
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 233 TGAACAGCTTGCGGAATTAAACTCGGATGGATTTGAGGTCATTTTGGTGTCATCTGGTGC 292
Query 566 GGTTGGTCTTGG-CAGGCAAAGGCTTCGTTATCGACAATTAGTCAATAGCAGCTTTGCGG 624
|||||||| || | | || |||||||| ||| ||||| ||||||| ||||| ||||| |
Sbjct 293 CGTTGGTCTCGGTC-GACAGAGGCTTCGATATAGACAACTAGTCAACAGCAGTTTTGCAG 351
Query 625 ATCTTCAGAAGCCTCAGACT-GAACTTGATGGGAAGGCTTGTGCTGGTGTTGGACAAAGC 683
| || |||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 352 ACCTACAGAAGCCACAGA-TGGAACTTGATGGGAAGGCTTGTGCTGGTGTTGGACAAAGT 410
Query 684 AGTCTTATGGCTTACTATGAGACTATGTTTGACCAGCTT-GATGTGACGGCAGCTCAACT 742
|| || |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||| |
Sbjct 411 AGCCTCATGGCTTACTATGAGACTATGTTTGACCAG-TTGGATGTGACGGTTGCTCAAAT 469
Query 743 TCTGGTGAATGACAGTAGTTTTAGAGACAAGGATTTCAGGAAGCAACTTAATGAAACTGT 802
|| |||| ||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 470 GCTTGTGACTGATAGCAGTTTTAGAGATAAGGATTTCAGGAAGCAACTTAGTGAAACAGT 529
Query 803 C-AAGTCTATGCTTGA-TTTGAGGGTTATTCCAATTTTCAATGAGAATGATGCTATTAGC 860
| ||| | |||| ||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 530 CAAAG-CGATGC-TGAGGATGAGGGTTATTCCTGTTTTCAATGAAAATGATGCTATAAGC 587
Query 861 ACCCGAAGAGCCCCATATCAGGATTCTTCTGGTAT-TTTCTGGGATAACGATAGCTTAGC 919
|| || |||||||| ||| |||||||| ||||||| ||| |||||||| || ||||||||
Sbjct 588 ACTCGCAGAGCCCCCTATAAGGATTCTACTGGTATATTT-TGGGATAATGACAGCTTAGC 646
Query 920 TGCTCTACTGGCGTTGGAACTGAAAGCTGATCTTCTGATTCTTCTGAGCGATGTTGAAGG 979
|||||| ||| || | || ||||||||||||||| |||||||||| || |||||||| ||
Sbjct 647 TGCTCTTCTGTCGCTAGAGCTGAAAGCTGATCTTTTGATTCTTCTAAGTGATGTTGAGGG 706
Query 980 TCTTTACACAGGCCCTCCAAGTGATCCTAACTCAAAGTTGATCCACACTTTTGTTAAAGA 1039
||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||| || |||||||
Sbjct 707 TCTTTACACTGGCCCTCCAAGTGATTCTACCTCAAAGTTAATCCACACATTCATTAAAGA 766
Query 1040 AAAACATCAAGATGAGATTACATTCGGCGACAAA-T-CAAGATTAGGGA-GAGGGGGTAT 1096
|||||| || || |||||||| || ||||| ||| | ||| |||| ||| ||||||||||
Sbjct 767 AAAACACCAGGACGAGATTACTTTTGGCGA-AAAGTCCAA-ATTA-GGACGAGGGGGTAT 823
Query 1097 GACTGCAAAAGTCAAAGCTGCAGTCAATGCAGCTTATGCTGG-GATTCCTGTCATCATAA 1155
|||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| ||| | ||||||| |||||||
Sbjct 824 GACTGCAAAAGTTAAAGCTGCTGTTAATGCAGCTTATGGTGGCG-TTCCTGTTATCATAA 882
Query 1156 CCAGTGGGTATTCAGCTGAGAACAT-AGATAAAGTCCTCAGAGGACTACGTGTTGGAACC 1214
||||||||||| |||||||||| || || ||||||||| |||||||| |||||||| |||
Sbjct 883 CCAGTGGGTATGCAGCTGAGAATATAAG-TAAAGTCCTTAGAGGACTGCGTGTTGGTACC 941
Query 1215 TTGTTTCATCAAGATGCTCGTTTATGGGCTCCGATCACAGATTCTAATGCTCGTGACATG 1274
|||| ||||||||||||| ||| ||||| ||| || |||| ||| | |||||||||||
Sbjct 942 CTGTTCCATCAAGATGCTCATTTGTGGGCGCCGGTCGTAGATACTACTTCTCGTGACATG 1001
Query 1275 GCAGTTGCTGCGAGGGAAAGTTCCAGAAAGCTTCAGGCCTTATCTTCGGAAGACAGGaaa 1334
||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1002 GCAGTTGCTGCAAGGGAAAGCTCGAGAAAGCTTCAGGCCTTATCTTCAGAAGATAGGAAA 1061
Query 1335 aaaaTTCTGCTTGATATTGCCGATGCCCTTGAAGCAAATGTTACTACAATCAAAGCTGAG 1394
||||||| || || |||||| |||||||||||||||||| | ||||| |||||||||
Sbjct 1062 CAAATTCTACTCGACATTGCCAATGCCCTTGAAGCAAATGAGAAAACAATTAAAGCTGAG 1121
Query 1395 AATGAGTTAGATGTAGCTTCTGCACAAGAGGCTGGGT-TGGAAGAGTCAATGGTGGCTCG 1453
||||| |||||||| ||| | |||||||| ||||| | | |||||||| |||| |||||
Sbjct 1122 AATGATTTAGATGTCGCTGCAGCACAAGAAGCTGGATAT-GAAGAGTCTTTGGTAGCTCG 1180
Query 1454 CTTAGTTATGACA-CCTGGAAAGATCTCGAGCCTTGCAGCTTCAGTTCGTAAGCTAGCTG 1512
||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||| ||||| || || |||||||||
Sbjct 1181 CTTAGTTATGA-AGCCTGGGAAGATCTCAAGCCTTGCGGCTTCCGTACGCCAGCTAGCTG 1239
Query 1513 ATATGGAAGATCCAATCGGCCGTGTTTTAAAGAAAACAGAGGTGGCAGATGGTCTTG-TC 1571
| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||| ||||||| || || |
Sbjct 1240 AAATGGAAGATCCAATAGGCCGTGTATTAAAGAAAACCCAGGTTGCAGATGATC-TGATT 1298
Query 1572 TTAGAGAAGACCTCATCACCATTAGGCGTACTTCTGATTGTTTTTGAATCCCGACCTGAT 1631
||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1299 TTAGAGAAGACCTCATCACCAATAGGTGTTCTTCTGATTGTTTTTGAATCCCGGCCTGAT 1358
Query 1632 GCACTTGTACAGATAGCTTCACTTGCCATCCGTAGTGGAAATGGTCTTCTGCTGAAGGGT 1691
|||||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1359 GCACTTGTTCAAATAGCTTCGCTTGCAATCCGGAGTGGAAATGGTCTTCTCCTGAAGGGT 1418
Query 1692 GGAAAGGAGGCCCGGCGATCAAATGCTATCTTACACAAGGTGATCACTGATGCAATTCCA 1751
||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1419 GGAAAGGAGGCTCGTCGATCAAATGCTATCTTACACAAGGTGATCACTGATGCAATTCC- 1477
Query 1752 GA-GACTGTTGGGGGTAAACTCATTGGACTTGTGACTTCAAGAGAAGAGATTCCTGATTT 1810
|| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1478 GAAGACTGTTGGAGGTAAACTCATAGGACTTGTGACTTCGAGAGAGGAGATTCCTGATTT 1537
Query 1811 GCTTAAGCTTGATGACGTTATCGATCTTGTGATCCCAAGAGGAAGCAACAAGCTTGTTAC 1870
||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 1538 GCTCAAGCTTGATGACGTTATTGATCTTGTAATCCCAAGAGGCAGCAACAAGCTTGTTTC 1597
Query 1871 TCAGATAAAAAA-TACTACAAAAATCCCTGTGCTAGGTCATGCTGATGGAATCTGTCATG 1929
|||||||||||| | | || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1598 TCAGATAAAAAACT-CGACGAAAATCCCAGTGCTAGGCCATGCTGATGGAATCTGTCATG 1656
Query 1930 TATATGTCGACAAGGCTTGTGATAC-GGATATGGCAAAGCGCATAGTTTCTGATGCAAAG 1988
||||||| || ||| ||||| | || ||| |||||||||||||| ||||| || ||||||
Sbjct 1657 TATATGTTGATAAGTCTTGTAA-ACTGGACATGGCAAAGCGCATCGTTTCCGACGCAAAG 1715
Query 1989 TTGGACTATCCAGCAGCCTGTAATGCGATGGAAACCCTTCTTGTGCATAAGGATCTAGAG 2048
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | |||
Sbjct 1716 TTAGACTATCCAGCAGCCTGTAATGCGATGGAAACCCTTCTTGTACATAAAGATTTGGAG 1775
Query 2049 CAGAATGCTGTGCTTAATGAGCTTATTTTTGCTCTGCAGAGCAATGGAGTCACTTTGTAT 2108
||||||| | | || ||||| ||||||| || |||||| | ||| || ||||||||||||
Sbjct 1776 CAGAATGGTTTTCTCAATGATCTTATTTATGTTCTGCAAACCAAAGGCGTCACTTTGTAT 1835
Query 2109 GGTGGACCAAGGGCAAGT--AAGATACTGAACATACCAGAAGCACGGTCATT-CAACCAT 2165
||||| ||||| |||||| || | |||||| || || ||| || ||||| || |||
Sbjct 1836 GGTGGGCCAAGAGCAAGTGCAA-A-ACTGAATATTCCGGAAACAAAATCATTTCA-CCAC 1892
Query 2166 GAGTACTGTGCCAAGGCTTGCACTGTTGAAGTTGTAGAAGACGTTTATGGTGCTATAGAT 2225
|||||| || ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1893 GAGTACAGTTCCAAGGCCTGCACCGTTGAAATTGTAGAAGACGTATATGGTGCTATAGAT 1952
Query 2226 CACATTCACCGACATGGGAGTGCACACACAGACTGCATTGTGACAGAGGATCAC-GAAGT 2284
|| ||||||| |||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| ||| | |||||
Sbjct 1953 CATATTCACCAACATGGAAGTGCACACACTGATTGCATAGTGACAGAAGAT-AGTGAAGT 2011
Query 2285 TGCAGAGCTATTCCTTCGCCAAGTGGATAGCGCTGCTGTGTTCCACAACGCCAGCACAAG 2344
|||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| || ||||||||
Sbjct 2012 GGCAGAGATATTCCTCCGCCAAGTGGACAGTGCTGCTGTTTTCCACAATGCAAGCACAAG 2071
Query 2345 ATTCTCAGATGGTTTCCGATTTGGACTTGGTGCAGAGGTGGGGGTAAGCACGGGCAGGAT 2404
|||||| |||||||| || || ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 2072 ATTCTCTGATGGTTTTCGGTTCGGACTTGGTGCTGAGGTGGGAATAAGCACAAGCAGGAT 2131
Query 2405 CCATGCTCGTGGTCCAGTCGGGGTCGAAGGATTACTT-ACAACGAGATGGATAATGAGAG 2463
||||| |||||||||||||| || ||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2132 TCATGCCCGTGGTCCAGTCGGAGTTGAAGGATTA-TTGACAACGAGATGGATAATGAGAG 2190
Query 2464 GAAAAGGACAAGTTGTCGACGGAGACAATGGAATTGTTTACACCCATCAGGA 2515
|||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 2191 GAAAAGGACAAGTTGTGGATGGAGACAATGGAATCGTTTACACCCATAAGGA 2242
> Ahg952470 jgi|Araly1|952470|scaffold_77200001.1
Length=1010
Score = 1242 bits (672), Expect = 0.0
Identities = 718/740 (97%), Gaps = 4/740 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1816 AGCTTGATGACGTTATCGATCTTGTGATCCCAAGAGGAAGCAACAAGCTTGTTACTCAGA 1875
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 272 AGCTTGATGATGTTATCGATCTTGTGATCCCAAGAGGCAGCAACAAGCTTGTTACTCAGA 331
Query 1876 TAAAAAATACTACAAAAATCCCTGTGCTAGGTCATGCTGATGGAATCTGTCATGTATATG 1935
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 332 TAAAAAATACTACAAAAATTCCTGTGCTTGGTCATGCTGATGGAATCTGTCATGTATATG 391
Query 1936 TCGACAAGGCTTGTGATACGGATATGGCAAAGCGCATAGTTTCTGATGCAAAGTTGGACT 1995
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 392 TCGACAAGGCTTGTGATACGGATATGGCAAAGCGCATAGTTTCTGATGCAAAGTTGGACT 451
Query 1996 ATCCAGCAGCCTGTAATGCGATGGAAACCCTTCTTGTGCATAAGGATCTAGAGCAGAATG 2055
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 452 ATCCAGCAGCCTGTAATGCGATGGAAACCCTTCTTGTGCATAAGGATCTAGAGCAGAATG 511
Query 2056 CTGTGCTTAATGAGCTTATTTTTGCTCTGCAGAGCAATGGAGTCACTTTGTATGGTGGAC 2115
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 512 CTGTGCTCAATGAGCTTATTTTTGCTCTGCAGAGCAATGGAGTCACTTTGTATGGTGGAC 571
Query 2116 CAAGGGCAAGTA-AGATACTGAACATACCAGAAGCACGGTCATTCAACCATGAGTACTGT 2174
||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 572 CAAGGGCAAGTGCA-ATACTGAACATACCAGAAGCACGGTCATTCAACCATGAGTACTGT 630
Query 2175 GCCAAGGCTTGCACTGTTGAAGTTGTAGAAGACGTTTATGGTGCTATAGATCACATTCAC 2234
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 631 GCCAAGGCTTGCACTGTTGAAGTTGTTGAAGACGTTTATGGTGCTATAGATCACATTCAC 690
Query 2235 CGACATGGGAGTGCACACACAGACTGCATTGTGACAGAGGATCACGAAGTTGCAGAGCTA 2294
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 691 CGACATGGAAGTGCACACACAGACTGCATTGTGACAGAGGATCACGAAGTTGCAGAGCTA 750
Query 2295 TTCCTTCGCCAAGTGGATAGCGCTGCTGTGTTCCACAACGCCAGCACAAGATTCTCAGAT 2354
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 751 TTCCTTCGCCAAGTGGACAGCGCTGCTGTTTTCCACAACGCAAGCACACGATTCTCAGAT 810
Query 2355 GGTTTCCGATTTGGACTTGGTGCAGAGGTGGGGGTAAGCACGGGCAGGATCCATGCTCGT 2414
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 811 GGTTTCCGATTTGGACTTGGTGCTGAGGTGGGAGTAAGCACGGGCCGTATCCATGCTCGT 870
Query 2415 GGTCCAGTCGGGGTCGAAGGATTACTTACAACGAGATGGATAATGAGAGGAAAAGGACAA 2474
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 871 GGTCCAGTCGGGGTCGAAGGATTACTTACAACGAGATGGATAATGAGAGGAAAAGGACAA 930
Query 2475 GTTGTCGACGGAGACAATGGAATTGTTTACACCCATCAGGACATTCCCATCCAAGCTTAA 2534
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 931 GTTGTCGACGGAGACAATGGAATTGTTTACACCCATCAGGACATTCCCATCCAAGCTTAA 990
Query 2535 A-CAAGACTTCCGAGTGTGT 2553
| ||| || || ||||||||
Sbjct 991 AACAAAACGTC-GAGTGTGT 1009
Score = 244 bits (132), Expect = 2e-63
Identities = 146/153 (95%), Gaps = 0/153 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1665 AGTGGAAATGGTCTTCTGCTGAAGGGTGGAAAGGAGGCCCGGCGATCAAATGCTATCTTA 1724
||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 34 AGTGGTAATGGTCTTCTGTTGAAGGGTGGAAAAGAGGCCCGGCGATCAAATGCTATCTTA 93
Query 1725 CACAAGGTGATCACTGATGCAATTCCAGAGACTGTTGGGGGTAAACTCATTGGACTTGTG 1784
||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 94 CACAAGGTGATTACTGATGCAATTCCAGAGACGGTCGGGGGTAAACTCATTGGACTTGTG 153
Query 1785 ACTTCAAGAGAAGAGATTCCTGATTTGCTTAAG 1817
||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 154 ACTTCAAGAGAAGAGATTCCTGATTTGCTCAAG 186
Score = 65.8 bits (35), Expect = 2e-09
Identities = 35/35 (100%), Gaps = 0/35 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1609 TTGTTTTTGAATCCCGACCTGATGCACTTGTACAG 1643
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTGTTTTTGAATCCCGACCTGATGCACTTGTACAG 35
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 108938100700
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5