BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G39810.1
Length=3180
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg934754 jgi|Araly1|934754|scaffold_402742.1 4373 0.0
> Ahg934754 jgi|Araly1|934754|scaffold_402742.1
Length=2852
Score = 4373 bits (2368), Expect = 0.0
Identities = 2701/2858 (95%), Gaps = 37/2858 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 120 TTTGTATTCGTCACCGGAGTAGATGGATACGAGAGAAATCAACGGTTTTGCCTCCGCCGC 179
||||| ||| ||| ||||| |||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 1 TTTGT-TTCTTCAACGGAGAAGATGGATACCAGAGAAATCAATGGTTTTTCCTCCGCCGC 59
Query 180 GAGATCGATATCTCTTCCTACGCAGCCTAATTACAGTAGCAAGCCTGTTCAGGAGGCGTT 239
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 60 GAGATCGATATCTCTTCCTACGCAGCCAAATTACAGTAGCAAACCTGTTCAGGAGGCGTT 119
Query 240 GAAACATTTGGCATCTATAAACCTCAGAGAATTATGTAATGAGGCAAAAGTTGAGCGATG 299
|||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 GAAACACTTGGCATCTATCAACCTTAGAGAATTGTGTAATGAGGCAAAAGTTGAGCGATG 179
Query 300 TCGTGCAACAAGAGACTTAGCTAGCTGTGGAAGATTTGTGAACTATGTGTTGAATCCATG 359
|||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TCGTGCAACAAGAGACTTGGCTAGCTGTGGACGATTTGTTAACTATGTGTTGAATCCATG 239
Query 360 TGGTCATGCCTCCTTGTGCACAGAGTGTTGTCAGAGGTGTGATGTTTGTCCTATCTGTAG 419
||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TGGGCATGCCTCCTTGTGCTCAGAGTGTTGTCAGAGGTGTGATGTTTGTCCTATCTGTAG 299
Query 420 AAGTACGCTACCAAAATTTGGAGATAGACTTAGGCTTCGTCTCTATTATGAGTGTGTTGA 479
||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 AAGTACGCTACCAAAATACGGAGATAGACTTCGGCTTCGTCTCTATTATGAGTGTGTTGA 359
Query 480 AGCTGGTTTGATTTCCCGAACACATGAAGAGGCGTCACAGGATTCGGATGAGGATGAACA 539
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |
Sbjct 360 AGCTGGTTTGATTTCCCGAACACATGAAGAGGCGTCTCAGGATTCAGATGAGGATGAAGA 419
Query 540 TCAATTGGCAGCTGATGTTCATCGCCTTTATTCTCTGTTTGATGTTGCTATGAACAATAA 599
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 420 TCAATTGGCAGCTGATGTTCATCGTCTTTATTCTCTGTTTGATGTTGCCATGAACAACAA 479
Query 600 TTTGATCTCGGTGGTTTGCCATTATATCACCAATGTCTGTATGGATGAGACAGCTGTATC 659
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TTTGATATCTGTGGTTTGCCATTATATCACCAATGTCTGTATGGATGAGACAGCTGTATC 539
Query 660 TAGTGATCCGGTCATTGCTTTCTTGCTGGATGAAGTTGTTGTCAAGGATTGGGTCAAGCG 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TAGTGATCCGGTCATTGCTTTCTTGCTGGATGAAGTTGTTGTCAAGGATTGGGTCAAGCG 599
Query 720 TACATTCCGGAGCACCTTAGCTGAACTTCAAGAAATCTATAATCTTGAAACAAAAGAGAT 779
|||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||
Sbjct 600 TACATTCCGGAGCATCTTAGCTGAGCTTCAAGAAATATATAGTCTTGAAACAAAAGAGAT 659
Query 780 GCAAGCGTGGTTAGATAAACTCCTAAGGTGTTCCAAACAGGTGGCTGGCATATGTAGTGT 839
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 GCAAGTGTGGTTAGATAAACTCCTAAGGTGTTCCAAACAGGTGGCTGGCATATGTAGTGT 719
Query 840 GCTCGAAGTTATGGAATCAGCTTTTAAGGGTTCTGTGTCACCTCAGCTTCAAGATGTGCA 899
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 720 GCTCGAAGTTATGGAATCAGCTTTTAACGGTTCTGTTTCATCTCAGCTTCAAGATGTGCA 779
Query 900 GACGCTGAGAGAGAACATTGGTAAAACAAAGCAGCATTTGGACATAATGGTCTGGTGCAT 959
|| ||| || ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GAAGCTTAGGGAGAACATTGGTAAAACGAAGCAGCATCTGGACATAATGGTCTGGTGCAT 839
Query 960 CAGACATGGATTTCTGGATGATGTGAGGTCTCGATATTCGAATTTCACATCGTGGAATGC 1019
|||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 840 CAGACACGGATTTCTGGAGGATGTGAGCTCTCGATATTCTAATTTCACATCGTGGAATGC 899
Query 1020 ACTGGTAGGGGAAAGAAAATCAAATGCAGTTAAGCGTGCATGGCCTGATGCTGTAGACCA 1079
|| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 CCTTGTAGGAGAAAGAAAATCAAATGCAATTAAGCGTGCATGGCCTGATGCTGTAGACCA 959
Query 1080 GTCTTCAGATTGCAGTGTACAGAGTGCTTCCCTCTTTATTGAGGATGCTTTAGAAAATCT 1139
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 960 GTCTTCAGATTGCAATGTACAGAGTGCTTCCCTCTTTATTGAAGATGCTTTACAAAATCT 1019
Query 1140 TGAGAGAGAGCCAGAATACAGTCAGGAAATAGGTGCCGACCTAGAAGTTGGACGTTTACA 1199
||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1020 TGAGAGAGAGCCAGAGTACAGTCAGGAAATAGGGGCCGACCTAGAAGTTGGATGTTTACT 1079
Query 1200 GAAGGATAAGAGATCATTTCTTAGGTCCAAAATAGAGGGAACTTCAGGATCTTATCCATT 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 GAAGGATAAGAGATCATTTCTTAGGTCCAAAATAGAGGGAACTTCAGGATCTTATCCATT 1139
Query 1260 TGAGAATCTTAGAACTGCTGCTGACATGCTCTTTTTACATGGCGGTTCAGATTTGGTTGT 1319
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TGAGAATCTTAGAACTGCTGCGGACATGCTCTTTTTACATGGCGGTTCAGATTTGGTTGT 1199
Query 1320 TGCGAAGCAAGCAATTTTTCTTTACTACCTGTTTGATCGGCATTGGACTACCCCTGAAAA 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 TGCGAAGCAAGCAATTTTTCTTTACTACCTGTTTGATCGGCATTGGACTACCCCTGAAAA 1259
Query 1380 ATATTGGAAGCACACTATAGATGATTTTGCTGCTACGTTTGGCATAACGAGGCATTCATT 1439
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1260 ATATTGGAAGCACATTATAGATGATTTTGCTGCTACCTTTGGCATAACCAGGCATTCATT 1319
Query 1440 GCTGGAGTCTTTTGTATTTTATCTTCTCGATGATCACTCAGAGGAGGCACTCCAGGAAGC 1499
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GTTGGAGTCTTTTGTATTTTATCTTCTCGATGATCATTCTGAGGAGGCACTCCAGGAAGC 1379
Query 1500 TTGTAGGATTCTACCTGAAATATGCGGTCCAGAAACCTACCCCAAAGTTGCGCAAGTCCT 1559
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 TTGTAGGATTCTTCCTGAAATATGTGGTCCAGAAACCTACCCCAAAGTTGCGCAAGTCCT 1439
Query 1560 GTTAGAAAGGGATAACCCTGAAACAGCTCTTATGGTCTTGCGTTGGTCTGGTCGTGATGG 1619
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 GTTAGAAAGGGAAAACCCTGAAACAGCTCTTATGGTCTTGCGTTGGTCTGGTCGTGATGG 1499
Query 1620 TGTATCAGAATTGGTTTCAATTGGTGAAGCTGTCACAGCTCTTCGTGTGAGAGTGGAATG 1679
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1500 TGTATCAGAATTGGTTTCAATTGGTGAAGCTGTCACAGCTGTTCGTGTGAGAGTGGAATG 1559
Query 1680 TGGTCTTTTGAGTGAAGCATTCACATACCAAAGGACACTCTGCTTGAAAGTAAAGGAAAA 1739
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 TGGTCTTTTGAGTGAAACATTCACATACCAAAGGACACTTTGCTTGAAAGTAAAGGAAAA 1619
Query 1740 TAATTTGAAAAATGGAGCTGTGAAACATGCGTCTGATGATCTAGACATCTGGAGTTGGAC 1799
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1620 TAATTTGAAAAATGGAGCTGTGAAACATGTGTCTGATGATCTAGACAGCTGGAGTTGGAC 1679
Query 1800 GGAATGGATGGAGATACTTGTCAATGAATTCTGCTGTCTTTCTATTCGGAGAAACTTGGT 1859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 GGAATGGATGGAGATACTTGTCAATGAATTCTGCTGTCTTTCTATTCGGAGAAACTTGGT 1739
Query 1860 TGATCGAATCATTGAGTTACCGTGGAACCCAGATGAGGAGAAATATCTGCACAGATGCTT 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 TGATCGAATCATTGAGTTACCGTGGAACCCAGAAGAGGAGAAATATCTGCACAGATGCTT 1799
Query 1920 ATTAGATTCGGCAACTGATGACCCCTCATCAGCTGTGGGTAGTCTCTTGGTTGTCTTTTA 1979
||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1800 ATTAGATTCTGCAACTGATGACCCCTCATCAGTTGTGGGTAGTCTTTTGGTTGTCTTTTA 1859
Query 1980 TCTTCAGCGCTACCGTTACATCCAGGCATACCAAGTCGATCTTAGGCTTCAGAAAATCGA 2039
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1860 TCTTCAGCGCTACCGTTACATCCAGGCATACCAAGTCGATCTTAGGCTCCAGAAAATTGA 1919
Query 2040 AGAGGCTTTCGTATCCGACAATCAAATTGGGGAAGAAGTTATGTTCAGAATGCGATCACA 2099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 AGAGGCTTTCGTATCCGACAATCAAATTGGGGAAGAAGTTATGTTCAGAATGCGATCACA 1979
Query 2100 GAGTCATTGGAGAAAAGAGTTAGTTGATAGAGCCATAGATATACTTCCAGTAATTCAGCA 2159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1980 GAGTCATTGGAGAAAAGAGTTAGTTGATAGAGCCATAGATATACTTCCAGTTATCCAGCA 2039
Query 2160 GCAGCAAGTTAGATCTGGACAATTTTCTGAGATGGAAGATGCCTCTGAA-G-G------A 2211
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | | |
Sbjct 2040 GCAGCAAGTTAGATCTGGAAAATTTTCTGAGATGGAAGATGCCTCTGAAAGTGTTTCTGA 2099
Query 2212 -GCa--aaaaaa-TCTGATCTTCCTGATGCACCTGACATGATTACTTCTTCAGTTCCCTT 2267
| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 AGGAGCAAAAAACTCTGATCTTCCTGATGCACCTGACATGATTACTTCTTCAGTTCCCTT 2159
Query 2268 TGCCACTACTAATTCCGTTTTTCTCCAAAGTGCTAACAATGCCAGAGCTAGAGAGCCAGT 2327
||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2160 TGCTGCAACTAATTCCGTTTTTCTCCAAAGGGCTAACAATGCCAGCGCTAGAGAGCCAGT 2219
Query 2328 GGCTAATAATGGCAGTCCTTTTCAACCTGGTCATATGATAGGAAACGCGTCCCATGATCT 2387
|||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| || |||| ||||||
Sbjct 2220 GGCTAAAAATGGCAGTCCTTTTCAACCCGGTCATTTGATAGGAAATGCTTCCCTTGATCT 2279
Query 2388 TTCACATGGAAGGTTATTTACAAACGCAAATAGAGGACAAAAGAGTGAAGTTAGAAGCGT 2447
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2280 TTCCCATGGAAGGTTATTTACAAACGCAAATAGAGGACAAAAGAGTGAAGTTAGAAGCAT 2339
Query 2448 AACCAAGAATCTGAAATTCGGTGAAATGTCAACTCCGTTCAAAGATCTAAATAGAGCTCG 2507
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2340 AACCAAGGCTCTGAAATTCGGTGAAATGTCAACTCCGTTCAAAGATCTAAATAGAACTCG 2399
Query 2508 TGGGAACAGCCAGCTCCAAGGGAAAAGGACTGAAGAATCCTCTCCAGA-AGTAAATGTTG 2566
|||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| |||||||||| | ||||||||
Sbjct 2400 TGGGAACAGCCAGCTCAAAGGAAAAAGGACCGAAGAAACCTCTCCAGAGAC-AAATGTTG 2458
Query 2567 ATAGATACATAGAGAATAATATGAGCTCTCCTTATCTCCGCCGAATCACAGCTAACAATC 2626
|||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 2459 ATAGATTCATGGAGAATAATATGAGCTCCCCTTATCTTCGCCGAGTCACAGCTAACAATC 2518
Query 2627 CCGTGACAGTGAAATCTAGCAGCAACCATCTCAATGGATCTTCACAGAAACCGGAATCCA 2686
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2519 CTGTGACAGTGAAATCTAGCAGCAACCATCTCAATGGATCTGCACAGAAACCGGAATCCA 2578
Query 2687 CCTTTTTTGGCACAAGGATGCAACCAGACAAAGATAACTTTGTTGATTTGGATGATCCAA 2746
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 CCTTTTTTGGCACAAGGATGCAAGCAGACAAAGATAACTTTGTTGATTTGGATGATCCAA 2638
Query 2747 TGGACATGTCTTCGAGCTTAAAGGACAACAACAACAATGTCTTGGCCACGGAGAGCAGAA 2806
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2639 TGGACATGTCTTCGAGCTTGAAGGACAACAACAA---TGTCTTGGCCACTGAGAGCAGAA 2695
Query 2807 ATAACAGTGGTGGATTGAGATGGCGGTCAGATGAAACAAGCGATGACGAAGATGAACTGA 2866
|||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 2696 ATAACAGTGGCGGATTGAGGTGGCGGTCAGATGAAACAAGCGATGAGGACGATGAACTGA 2755
Query 2867 -------C-T--A---G--T--TTTG-GTTCCATGCCGGTGAAGGGAAGGAGGAGACGTA 2908
| | | | | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2756 AGTTGGGCATGGAACTGACTAATTTCAGTTCCATGCCGGTGAAGGGAAGGAGGAGACGTA 2815
Query 2909 GATTCGCAGCAAGATGAAATGAAACAAACACTCGAAAA 2946
|||| || |||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 2816 GATTTGCGGCAAGATGAAATAAAACAAACACTC-AAAA 2852
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 120136632730
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5