BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G40030.1
Length=6348
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg483042 jgi|Araly1|483042|fgenesh2_kg.4__2102__AT2G40030.1 9755 0.0
> Ahg483042 jgi|Araly1|483042|fgenesh2_kg.4__2102__AT2G40030.1
Length=6258
Score = 9755 bits (5282), Expect = 0.0
Identities = 5823/6085 (96%), Gaps = 34/6085 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 GAAGAACAAAAGA-TTTT-TGAGAGAG-AAAAGTAGAGTCACTCCAAAATTGTTCTCTCG 60
||||||||||||| |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1 GAAGAACAAAAGATTTTTGTGAGAGAGAAAAAAAAGAGTCACTCCAAAATTGTTCTCTGG 60
Query 61 CAATCTTCTTTCT-CGG-TTTCCTCTTTTAAGAAAAAGTCCGCCATTTTCACTCTCACTC 118
||||||||||||| || ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CAATCTTCTTTCTGGGGTTTTTCTCTTTAAAGAAAAAGTCCGCCATTTTCACTCTCACTC 120
Query 119 AGATTTCTTCCCTCTTCTCACCTGCAAAAACCCTTGTTTCCCGCTGTTTCGTTTCTTCTC 178
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 121 AGATTTC-TCCCTCTTTTCACCTGCAAAAACCCTTGTTTCCCGTTGTTTCGTTTCTTCTC 179
Query 179 CGGTTGAGGAACCAAAACGGGTCAAATACGCAGCTGAATCATCGAATTCTTAGGGT-TTT 237
|||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| ||| |||
Sbjct 180 TGGTTCAGGAGCCAAAACGGGTCAAATACGCTGCTGAATCGTCG-ATTCTTA-GGTATTT 237
Query 238 T-TCATGGAGGAAGAATCTACATCAGAGATTCTTGACGGAGAGATTGTTGGAATCACATT 296
| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 TGTCATGGAGGAAGAATCTTCATCAGAGATTCTTGAAGGAGAGATTGTTGGAATCACATT 297
Query 297 TGCTCTTGCTAGTCACCATGAAATATGTAT-TCAATCGATTAGTGAATCCGCAATTAATC 355
||||||||| | |||||||||||| ||||| | ||| ||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 298 TGCTCTTGCAACTCACCATGAAATTTGTATAGC-ATCAATTAGTGGATCCGCAATCAATC 356
Query 356 ATCCCAGTCAACTCACTAACGCATTCTTGGGGTTACCTCTTGAATTTGGTAAATGTGAAT 415
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 357 ATCCCAGTCAACTCACTAACTCATTCTTGGGGTTACCTCTTGAATTTGGTAAATGTGAAT 416
Query 416 CTTGCGGTGCGACAGAACCAGATAAATGTGAAGGTCATTTTGGTTATATTCAGCTTCCAG 475
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 CTTGCGGTGCGACAGAACCAGATAAATGTGAAGGTCATTTTGGTTATATTCAGCTTCCAG 476
Query 476 TGCCAATATACCATCCTGCTCATGTTAATGAGTTGAAACAAATGCTGAGCCTTCTGTGCT 535
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 TGCCAATATACCATCCTGCTCATGTTAATGAGTTGAAACAAATGCTGAGCCTTCTGTGCT 536
Query 536 TGAAATGTCTGAAGATAAAGAAGGCAAAGGGCACAAGTGGTGGTCTGGCGGATCGCTTGT 595
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 537 TGAAATGTCTGAAGATAAAGAAGGCAAAGAGCACAAGTGGTGGTCTGGCGGATCGCTTAT 596
Query 596 TGGGTGTCTGTTGTGAGGAAGCTTCGCAAATCTCAATCAAAGATAGAGCATCAGATGGTG 655
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 597 TGGGTGTCTGTTGTGAGGAAGCTTCGCAAATCTCAATCAGAGATAGAGCATCAGATGGTG 656
Query 656 CCTCATATCTAGAACTGAAGCTCCCATCTAGGTCAAGACTGCAGCCTGGTTGCTGGAATT 715
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 657 CCTCATATCTAGAACTGAAGCTCCCATCTAGGTCAAGACTGCAGGCGGGTTGCTGGAATT 716
Query 716 TCCTGGAAAGATATGGTTATCGCTATGGAAGCGATTACACGCGTCCCCTGCTGGCAAGAG 775
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 717 TCCTGGAAAGATATGGTTATCGCTATGGAAGCGATTATACGCGACCCCTGCTGGCAAGAG 776
Query 776 AGGTTAAGGAAATTCTAAGACGGATCCCCGAAGAATCAAGAAAGAAACTCACGGCAAAGG 835
|||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 777 AGGTAAAGGAAATTTTAAGACGGATCCCCGAAGAAACAAGAAAGAAACTCACAGCAAAGG 836
Query 836 GACATATTCCTCAAGAAGGATACATACTAGAGTATCTTCCTGTCCCGCCTAACTGTTTGT 895
|||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 837 GACATATTCCTCAAGAAGGATACATATTAGAATATCTTCCTGTCCCGCCTAACTGCTTGT 896
Query 896 CAGTGCCAGAGGCTTCTGATGGTTTCAGCACCATGTCAGTGGATCCTTCCAGAATTGAGC 955
|||||||||| | ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 CAGTGCCAGATGTTTCTGATGGTTACAGCTCCATGTCAGTGGATCCTTCCAGAATTGAGC 956
Query 956 TAAAGGACGTTCTGAAGAAAGTCATAGCCATAAAAAGCTCTAGGTCTGGCGAGACAAACT 1015
|||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 TAAAAGACGTCCTTAAGAAAGTGATAGCCATAAAAAGCTCTAGGTCTGGCGAGACAAACT 1016
Query 1016 TTGAGTCGCATAAGGCTGAAGCCAGTGAGATGTTTAGAGTGGTGGATACCTATCTCCAGG 1075
|||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1017 TTGAGTCGCATAAGGCTGAAGCCAATGACATGTTTAGAGTGGTGGATACCTATCTGCAGG 1076
Query 1076 TGAGGGGTACTGCAAAAGCGGCAAGAAACATTGATATGAGATACGGGGTGTCTAAGATCT 1135
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 TGAGGGGTACTGCAAAAGCTGCAAGAAACATTGATATGAGATACGGGGTGTCTAAGATCT 1136
Query 1136 CGGATAGTTCATCTTCAAAAGCTTGGACAGAAAAAATGAGAACACTTTTCATCCGTAAGG 1195
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1137 CGGATAGTTCATCTTCAAAAGCTTGGACACAAAAAATGAGGACACTTTTCATCCGAAAGG 1196
Query 1196 GTTCAGGTTTCTCTTCCCGTAGCGTCATCACTGGAGATGCTTACCGACATGTGAATGAGG 1255
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 1197 GTTCAGGTTTCTCTTCCCGTAGCGTCATCACTGGAGATGCTTACAGACACGTGAATGAGG 1256
Query 1256 TAGGGATCCCAATAGAAATTGCGCAGAGAATCACATTTGAGGAAAGGGTTAGTGTCCACA 1315
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 TAGGGATCCCAATAGAAATTGCGCAGAGAATCACATTTGAGGAAAGGGTTAGTGTCCACA 1316
Query 1316 ATAGAGGTTATCTACAAAAGTTGGTAGACGACAAGTTGTGTTTGAGTTATACTCAAGGTT 1375
| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 ACATAGGTTATCTACAAAAGTTGGTAGACGACAAGTTGTGTTTGAGTTATACTCAAGGTT 1376
Query 1376 CTACGACCTATTCTTTAAGGGATGGATCCAAGGGGCACACTGAGCTTAAACCCGGGCAGG 1435
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1377 CCACGACCTATTCTTTAAGGGATGGATCCAAGGGGCACACTGTGCTTAAACCCGGGCAGG 1436
Query 1436 TTGTTCATCGCAGGGTCATGGATGGGGATGTTGTGTTTATCAACAGACCCCCGACAACAC 1495
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |
Sbjct 1437 TTGTTCATCGCAGGGTCATGGATGGGGATGTTGTGTTCATCAACCGACCCCCGACAACCC 1496
Query 1496 ATAAACATTCTCTTCAAGCGCTTCGGGTGTATGTTCATGAAGACAACACCGTGAAGATTA 1555
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 ATAAACATTCTCTTCAAGCGCTTCGGGTGTATGTTCATGAAGACAACACCGTGAAGATTA 1556
Query 1556 ACCCTCTGATGTGTAGCCCCCTCAGTGCTGATTTTGATGGTGATTGTGTCCATTTGTTCT 1615
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1557 ACCCTCTGATGTGTAGCCCCCTCAGTGCTGATTTTGATGGTGATTGTGTCCATCTCTTCT 1616
Query 1616 ACCCTCAGTCTCTTAGTGCTAAGGCAGAGGTTATGGAGCTCTTCTCTGTGGAGAAGCAAC 1675
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1617 ACCCTCAGTCACTTAGTGCTAAGGCAGAGGTTATGGAGCTTTTCTCTGTGGAGAAGCAAC 1676
Query 1676 TGCTTAGCTCACATACTGGACAGCTGATTTTGCAGATGGGTAGTGATTCTTTACTGTCTT 1735
|||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 1677 TGCTTAGCTCGCATACTGGACAGCTGATTCTGCAGATGGGTTGTGATTCTTTACTATCTT 1736
Query 1736 TGAGGGTAATGCTGGAGCGGGTATTTCTGGACAAGGCAACTGCTCAACAGTTAGCTATGT 1795
||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 TGAGGGTAATGCTGGAGGGGGTGTTTCTGGACAAGGCAACTGCTCAACAGTTAGCTATGT 1796
Query 1796 ATGGCTCTCTGTCCCTGCCACCACCAGCACTAAGGAAGTCCAGTAAATCTGGCCCAGCTT 1855
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 ATGGCTCTCTGTCTCTGCCACCACCAGCACTAAGGAAGTCCAGTAAATCTGGCCCAGCTT 1856
Query 1856 GGACAGTTTTCCAGATTCTACAGCTTGCCTTTCCAGAACGTCTGAGTTGCAAAGGAGACA 1915
|||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1857 GGACAGTTTTTCAGATTTTACAGCTTGCCTTTCCAGAGCGTCTGAGCTGCAAAGGAGATA 1916
Query 1916 GATTCCTGGTTGATGGAAGTGATTTGCTGAAGTTTGATTTCGGGGTTGACGCGATGGGGT 1975
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1917 GATTCATGGTTGATGGAAGTGATTTGCTGAAGTTTGATTTCGGGGTTGACGCGATGGCAT 1976
Query 1976 CCATCATCAATGAAATTGTAACTTCAATCTTCCTGGAGAAGGGTCCAAAGGAGACACTTG 2035
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 CCATCATCAATGAAATTGTAACTTCAATCTTCCTGGAGAAGGGTCCAAAGGAGACACTTG 2036
Query 2036 GATTCTTTGATTCGCTGCAGCCTCTATTGATGGAAAGTCTGTTTGCTGAGGGATTTAGTC 2095
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2037 GATTCTTTGATTCACTGCAGCCTCTATTGATGGAAAGTCTGTTTGCTGAGGGCTTTAGTG 2096
Query 2096 TAAGTTTGGAAGACTTATCCATGTCTAGGGCAGACATGGATGTAATTCACAACCTAATAA 2155
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 TAAGTTTGGAAGACTTATCCATGTCCAGGGCAGACATGGATGTAATTCACAACCTAATAA 2156
Query 2156 TCCGAGAGATTTCACCTATGGTGTCTCGCTTGAGATTATCATATAGAGATGAATTGCAGC 2215
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 2157 TCCGAGAGATTTCACCTATGGTGTCTCGCTTGAGATTATCATATAGAGATGAACTGCAAC 2216
Query 2216 TAGAGAACAGCATCCACAAAGTGAAGGAAGTGGCTGCTAACTTTATGCTGAAGTCATATT 2275
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 TAGAGAACAGCCTCCACAAAGTGAAGGAAGTGGCTGCTAACTTTATGCTGAAGTCATATT 2276
Query 2276 CCATTCGGAACTTGATTGATATCAAGAGTAACTCAGCAATCACCAAGCTGGTGCAGCAGA 2335
|||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2277 CCATGCGGAACTTGATTGACATCAAGAGTAACTCAGCAATCACCAAGCTGGTGCAGCAAA 2336
Query 2336 CAGGCTTCTTGGGTCTTCAGCTTTCTGACAAGAAGAAGTTTTACACGAAGACTCTGGTAG 2395
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 2337 CAGGCTTCTTGGGTCTTCAGCTTTCTGACAAGAAGAAGTTCTATACGAAGACTCTGGTAG 2396
Query 2396 AGGACATGGCTATCTTTTGTAAGAGAAAGTATGGCAGGATTTCTTCATCTGGTGATTTTG 2455
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2397 AGGACATGGCCCTCTTTTGTAAGAGAAAGTATGGCAGGATTTCTTCATCTGGTGATTTTG 2456
Query 2456 GAATAGTGAAGGGCTGCTTCTTTCATGGGCTGGATCCGTATGAAGAGATGGCTCATTCAA 2515
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2457 GAATAGTGAAGGGCTGCTTCTTTCATGGGCTGGATCCGTATGAAGAGATGGCTCATTCAA 2516
Query 2516 TTGCAGCTAGGGAGGTAATTGTTCGCTCTTCAAGGGGATTAGCTGAGCCTGGAACCCTCT 2575
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 TTGCAGCTAGGGAGGTAATTGTTCGCTCTTCAAGGGGGTTAGCTGAGCCTGGAACCCTCT 2576
Query 2576 TTAAGAACCTGATGGCTGTTCTTCGGGATATCGTGATTACAAACGATGGAACTGTAAGAA 2635
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2577 TTAAGAACCTGATGGCTGTTCTTCGGGATATCGTGATTACAAACGATGGAACTGTACGAA 2636
Query 2636 ACACCTGTAGTAACTCAGTCATCCAGTTCAAATATGGAGTTGATTCTGAACGTGGACATC 2695
|||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2637 ACACCTGTAGTAACTCAGTCGTCCAGTTCACATATGGAGTTGATTCTGAACTTGGACATC 2696
Query 2696 AAGGTCTGTTTGAAGCTGGAGAACCTGTTGGAGTATTGGCAGCTACTGCCATGTCAAATC 2755
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2697 AAGGTCTGTTTGAAGCGGGAGAACCTGTTGGAGTATTGGCAGCTACTGCCATGTCAAATC 2756
Query 2756 CTGCATATAAGGCAGTGCTTGATTCCT-CTCCAAATAGTAATTCATCATGGGAGCTAATG 2814
|||| |||||||||||||||||||| | || | |||||||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 2757 CTGCGTATAAGGCAGTGCTTGATTC-TACTGCTAATAGTAATTCATCGTGGGAGCAAATG 2815
Query 2815 AAGGAAGTTCTGCTCTGCAAAGTCAATTTCCAAAACACTACTAATGATCGGCGCGTAATC 2874
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2816 AAGGAAGTTCTGCTCTGCAAAGTCAATTTCCAAAACACTACTAATGATCGGCGCGTAATT 2875
Query 2875 CTTTATTTAAACGAATGCCATTGTGGAAAAAGGTTTTGCCAGGAAAATGCTGCTTGCACA 2934
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2876 CTTTATCTAAATGAATGCCATTGTGGAAAAAGGTTTTGCCAGGAAAATGCTGCTTACACA 2935
Query 2935 GTCAGGAACAAGCTGAATAAAGTTAGTCTTAAAGATACTGCAGTGGAATTCCTAGTCGAA 2994
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2936 GTCAGGAACAAGCTGAAGAAAGTTAGTCTTAAAGATACTGCAGTGGAATTCCTAGTCGAA 2995
Query 2995 TATAGAAAGCAACCAACTATATCAGAAATTTTTGGAATTGATTCATGCCTACATGGCCAT 3054
|| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2996 TACAGAAAGCAACAAACTATATCAGAAATATTTGGAATCGATTCATGCCTACATGGCCAT 3055
Query 3055 ATTCATCTTAATAAGACATTGCTGCAAGATTGGAACATCAGTATGCAGGATATACATCAA 3114
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3056 ATTCATCTTGATAAGACATTGTTGCAAGATTGGAACATCAGTATGCAGGATATACTTCAA 3115
Query 3115 AAGTGTGAGGATGTAATTAACTCACTAGGACAAAAGAAAAAGAAGAAAGCTACTGATGAT 3174
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3116 AAGTGTGAGGATGTAATTAATTCACTAGGACAAAAGAAAAAGAAGAAAGCTACTGATGAC 3175
Query 3175 TTCAAGAGAACAAGTTTGTCTGTCAGTGAGTGCTGCTCTTTCCGAGATCCTTGTGGGAGC 3234
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3176 TTCAGGAGAACAAGTTTGTCTGTCAGTGAGTGCTGCTCTTTCCAAGATCCTTGTGGGAGA 3235
Query 3235 AAAGGTTCGGATATGCCTTGTTTGACGTTCTCCTACAATGCCACCGATCCCGATCTAGAA 3294
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 3236 AAAGATTCGGATATGCCTTGTTTGATGTTCTCCTACAGTGCCACCGATCCTGATCTAGAA 3295
Query 3295 CGAACTCTTGATGTTCTTTGCAATACAGTTTACCCAGTTCTGCTGGAAATAGTGATCAAA 3354
|||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3296 AGAACTCTTGATGTTCTTTGCAATACAATTTACCCGGTTCTGCTGGAAACAGTGATCAAA 3355
Query 3355 GGTGATTCACGGATTTGCTCAGCAAATATAATCTGGAATAGTTCAGACATGACAACGTGG 3414
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3356 GGTGATCCACGGATTTGCTCAGCAAATATAATCTGGAATAGTTCAGACATGACAACATGG 3415
Query 3415 ATCCGGAATCGTCATGCATCCCGCCGAGGGGAATGGGTTTTGGATGTCACTGTTGAAAAA 3474
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3416 ATCCGGAATTGTCATGCATCCCGCCGAGGGGAATGGGTTTTGGATGTCACTGTTGAAAAA 3475
Query 3475 TCTGCTGTCAAGCAAAGTGGTGATGCATGGAGGGTTGTGATAGACTCATGTCTTTCAGTG 3534
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3476 TCTGCTGTCAAGCAAAGTGGTGATGCATGGAGGGTTGTGATAGACGCATGTCTTTCAGTG 3535
Query 3535 CTTCATCTAATAGACACAAAACGGTCAATCCCTTATTCTGTAAAACAAGTGCAAGAATTG 3594
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3536 CTTCATCTAATAGACACAAAACGGTCAATCCCTTATTCTATAAAACAAGTGCAAGAATTG 3595
Query 3595 CTTGGGTTATCCTGTGCTTTTGAGCAAGCAGTACAGCGTCTATCAGCTTCAGTGAGAATG 3654
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3596 CTTGGGTTATCCTGTGCTTTTGAGCAAGCAGTACAGCGTCTATCAGCTTCAGTGAGAATG 3655
Query 3655 GTCTCCAAGGGAGTTTTGAAAGAACACATCATTCTCCTAGCAAACAACATGACTTGTTCA 3714
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3656 GTCTCCAAAGGAGTTTTGAAAGAACACATCATTCTCCTAGCAAACAACATGACTTGTTCA 3715
Query 3715 GGGACTATGTTGGGTTTCAATTCTGGAGGTTACAAAGCTTTGACCCGATCCTTAAACATC 3774
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3716 GGGAATATGTTGGGTTTCAATTCTGGAGGTTACAAAGCTTTGACCCGATCCTTAAACATC 3775
Query 3775 AAGGCTCCATTCACAGAAGCAACTCTGATTGCACCAAGAAAATGTTTTGAGAAAGCGGCT 3834
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3776 AAGGCTCCATTCACAGAAGCAACTCTGATTACACCAAGAAGATGTTTTGAGAAAGCGGCT 3835
Query 3835 GAGAAATGTCATACAGATTCACTATCAACAGTCGTTGGGTCTTGTTCTTGGGGAAAACGC 3894
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3836 GAGAAATGTCATACAGATTCTCTGTCAACAGTCGTTGGGTCTTGTTCTTGGGGAAAACGC 3895
Query 3895 GTGGATGTTGGTACAGGCTCACAGTTTGAGCTCCTATGGAACCAAAAAGAGACTGGTCTA 3954
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3896 GTGGATGTTGGTACAGGTTCACAGTTTGAGCTCCTATGGAACCAAAAAGAGACTGGTCTA 3955
Query 3955 GATGATAAAGAAGAAACAGATGTGTACAGCTTCCTTCAAATGGTCATATCCACGACAAAC 4014
|||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3956 GATGATAAAGAAGAAACAGATGTGTACAGCTTTCTCCAAATGGTCAGATCCACGACAAAT 4015
Query 4015 GCAGATGCATTTGTTTCTTCCCCTGGTTTTGATGTTACAGAGGAAGAAATGGCTGAATGG 4074
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4016 GCAGATGCATATGTTTCTTCCCCTGGTTTTGATGTTACAGAGGAAGAAATGGCTGAATGG 4075
Query 4075 GCTGAATCGCCCGAGCGAGACTCTGCTCTTGGAGAGCCCAAGTTTGAGGACAGTGCCGAC 4134
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4076 GCTGAATCGCCCGAGCGAGACTCTGCTCTTGGAGAGCCCAAGTTTGAGGACAGTGCCGAG 4135
Query 4135 TTCCAAAATTTACATGACGAAGGCAAGCCATCAGGAGCCAACTGGGAGAAAAGCTCTTCG 4194
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4136 TTCCAAAATTTACATGACGAAGGCAAGCCATCAGAATCCAACTGGGAGAAAAGCTCTTCA 4195
Query 4195 TGGGACAATGGTTGCAGTGGTGGTTCAGAGTGGGGAGTCTCAAAAAGTACAGGTGGTGAG 4254
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4196 TGGGACAATGGTTGCAGTGGTGGTTCAGAGTGGGGAGTCTCAAAAAATACAGGTGGTGAG 4255
Query 4255 GCAAACCCGGAGTCTAATTGGGAAAAGACTACAAATGTTGAGAAGGAAGATGCTTGGTCT 4314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4256 GCAAACCCGGAGTCTAATTGGGAAAAGACTACAAATGTTGAGAAGGAAGATGCTTGGTCT 4315
Query 4315 AGTTGGAACACTAGAAAAGATGCTCAAGAATCTTCCAAGTCAGATTCAGGGGGTGCTTGG 4374
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 4316 AGTTGGAACACTAAAAAAGATGCTCAAGAATCTTCCAAGTCAGATTCAGGGGTTGCTTGG 4375
Query 4375 GG-TATAAAGACAAAGGATGCTGATGCAGATACAACACCAAACTGGGAAACAAGTCCAGC 4433
|| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4376 GGCT-TAAAGACAAAGGATGATGATGCAGATACAACACCAAACTGGGAAACAAGACCAGC 4434
Query 4434 TCCGAAGGATTCCATTGTCCCAGAAAATAATGAGCCGACTTCTGACGTTTGGGGACACAA 4493
|| || |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4435 TCAGACGGATTCTATTGTCCCAGAAAATAATGAGCCAACTTCTGACGTTTGGGGACACAA 4494
Query 4494 ATCTGTTTCAGACAAATCGTGGGACAAAAAGAACTGGGGAACTGAATCAGCTCCTGCTGC 4553
||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4495 ATCTGGTTCAGACAAATCTTGGGACAAAAAGAACGGGGGAACTGAATCAGCTCCTGCTGC 4554
Query 4554 ATGGGGTTCTACAGATGCTGCTGTTTGGGGTTCTAGTGATAAAAAGAACTCGGAAACAGA 4613
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4555 ATGGGGTTCTACAGATGCTGCTGTTTGGGGTTCTAGTGATAAAAAGAACTCGGAAACGGA 4614
Query 4614 ATCAGATGCTGCTGCTTGGGGTTCCAGGGACAAAAATAATTCTGACGTTGGGTCAGGTGC 4673
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 4615 ATCAGATGCTGCTGCTTGGGGTTCTAGGGACAAAAAGAATTCTGAAGTTGGATCAGGTGC 4674
Query 4674 TGGTGTTTTAGGTCCCTGGAACAAGAAGAGCTCGGAAACTGAGTCAAATGGTGCTACTTG 4733
||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4675 TGGTGTTTTGGGTCCCTGGAACAAGAAGAGCTCGAAAACTGAGTCAGATGGTGCTACTTG 4734
Query 4734 GGGTTCTAGTGACAAAACCAAATCAGGTGCTGCTGCATGGAATTCTTGGGACAAAAAGAA 4793
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 4735 GGGTTCTAGTGACAAAACTAAATCAGGTGCTGCTGCATGGAGTTCTTGGGACAAAAAGAA 4794
Query 4794 CATAGAAACTGACTCAGAACCTGCTGCTTGGGGTTCTCAGGGAAAAAAGAATTCTGAAAC 4853
||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| || |||||||
Sbjct 4795 CATGGAAACTGACTCGGAACCTGCTGCTTGGGGTTCTCAGAGCAAAAATAAACCTGAAAC 4854
Query 4854 TGAGTCAGGTCCTGCTGCTTGGGGTGCTTGGGACAAAAAGAAATCGGAAACTGAACCAGG 4913
||||||||||||| || |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4855 TGAGTCAGGTCCTTCTACTTGGGGTGCTTGGGATACAAAGAAATCGGAAACTGAATCAGG 4914
Query 4914 TCCTGCTGGTTGGGGTATGGGGGACAAAAAGAATTCTGAAACTGAATTAGGCCCTGCTGC 4973
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 4915 TCCTGCTGGTTGGGGTATCGTGGACAAAAAGAATTCTGAAACTGAATCAGGTCCTGCTGC 4974
Query 4974 TATGGGTAATTGGGACAAAAAGAAATCGGATAC-GAAATCAGGTCCAGCTGCTTGGGGAT 5032
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4975 TATGGGTAATTGGGACAAAAAGAAATCGGATACTGAA-TCAGGTCCAGCTGCTTGGGGAT 5033
Query 5033 CTACAGATGCTGCTGCTTGGGGTTCTAGTGACAAAAACAACTCGGAAACTGAATCAGATG 5092
||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 5034 CTACAGATGCTGCTGTTTGGGGTTTTAGTGACAAAAACAATTCGGAAACTGAATCAGATG 5093
Query 5093 CTGCTGCTTGGGGTTCTAGGAACAAAAAGACTTCTGAAATTGAATCAGGTGCTGGC-GCT 5151
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||
Sbjct 5094 CTGCTGCTTGGGGTTCTAGGGACAAAAAGACTTCTGAAACTGAATCAGGTGCTG-CTGCT 5152
Query 5152 TGGGGTTCGTGGGGACAGCCAAGTCCCACTGCAG-AAGACAAGGATACCAATGAGGATGA 5210
|||||||| ||||||||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||| |||||
Sbjct 5153 TGGGGTTCTTGGGGACAGCCAACTCCCACTGCAGCAA-ACGAGGATGCCAATGAAGATGA 5211
Query 5211 TAGAAATCC-GTGGGTTTCCTTGAAGGAGACCAAAAGTAGAGAGAAGGATGATAAAGAGA 5269
| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 5212 T-GAAAACCCGTGGGTTTCCTTGAAGGAGACCAAAAGTAGAGATAAGGATGATAAAGAGA 5270
Query 5270 GAAGCCAGTGGGGAAATCCAGCCAAGAAATTTCCATCTAGTGGTGGCTGGTCCAATGGTG 5329
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5271 GAATCCAGTGGGGAAATCCAGCCAAGAAATTTCCATCTAGTGGTGGCTGGTCCAATGGTG 5330
Query 5330 GTGGTGCAGACTGGAAAGGAAATAGGAACCATACTCCTAGGCCACCTAGATCTGAGGATA 5389
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5331 GTGGTGCAGACTGGAAAGGAAAGAGGAACCATACTCCTAGGCCACCTAGATCTGAGGATA 5390
Query 5390 ATTTGGCTCCCATGTTTACAGCAACGAGACAGCGCTTGGACTCATTCACCTCTGAGGAGC 5449
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5391 ATTTGGCTCCCATGTTTACAGCAACGAGACAGCGCTTGGACTCATTCACCTCTGAGGAGC 5450
Query 5450 AAGAGCTGCTCTCAGATGTTGAGCCAGTCATGAGGACTCTCAGGAAAATTATGCATCCGT 5509
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 5451 AAGAGCTGCTCTCAGATGTTGAGCCAGTCATGAGGACTCTCAGGAAAATAATGCATCCGT 5510
Query 5510 CTGCGTACCCTGATGGAGACCCAATTTCTGATGATGACAAGACGTTTGTCCTGGAGAAGA 5569
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5511 CTGCGTACCCTGATGGAGACCCAATTTCTGATGATGACAAGACGTTTGTCCTGGAGAAGA 5570
Query 5570 TTTTGAACTTCCATCCCCAAAAAGAGACAAAGCTTGGTTCTGGCGTTGACTTCATCACGG 5629
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 5571 TTTTGAACTTCCATCCCCAAAAAGAGACAAAGCTCGGTTCTGGTGTTGATTTCATCACGG 5630
Query 5630 TTGATAAGCACACCATCTTCTCAGACAGCAGGTGCTTCTTTGTTGTCTCAACTGATGGGG 5689
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5631 TTGATAAGCACACCATCTTCTCAGACAGCAGGTGCTTCTTTGTTGTCTCAACTGATGGGG 5690
Query 5690 CCAAACAGGACTTTTCATACCGAAAATCCCTCAACAACTATTTGATGAAGAAATACCCTG 5749
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 5691 CCAAACAGGACTTTTCATACCGAAAATCCCTCAACAACTATTTGATGATGAAATACCCTG 5750
Query 5750 ACCGTGCTGAAGAATTCATTGACAAGTACTTTACGAAACCTCGGCCTAGCGGAAACAGAG 5809
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5751 ACCGCGCTGAAGAATTCATTGACAAGTACTTTACGAAACCTCGGCCTAGCGGAAACAGAG 5810
Query 5810 ACAGGAACAACCAAGATGCCACACCACCTGGGGAAGAACAGTCTCAGCCTCCGAATCAGT 5869
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 5811 ACAGGAACAACCAAGATGCCACACCACCTGGGGAAGAACAGTCTCAGCCTCCGACTCAGT 5870
Query 5870 CTATAGGTAATGGAGGTGACGACTTTCAGACAcagactcagtctcagtctccatctcaga 5929
|||||| |||||| |||||||||||| | | ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 5871 CTATAGATAATGGTGGTGACGACTTT-A-A----GACTCAGACTCAGTCTCCATCTCAGA 5924
Query 5930 ctcgggctcagtctccat-ctcaggctcaggctcagtctccatctcagacgcagtctcag 5988
||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 5925 CTCAGGCTCAGGCTC-AGGCTCAGGCTCAGGCTCAGTCTCCATCTCAGACTCAGACTCAG 5983
Query 5989 tctcagtctcagtctcagtctcagtctcagtctcagtctcagtctcagtctcagtctcag 6048
|||| ||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||
Sbjct 5984 TCTCCGTCTCCGTCTCAGACTCAGACTCAGTCTCAGTCTCAGACTCAGGCTCAGACTCAG 6043
Query 6049 tctc-agtctcagtctcagtctcag 6072
||| | |||||||||| ||| |||
Sbjct 6044 ACTCCA-TCTCAGTCTCCGTCCCAG 6067
Score = 477 bits (258), Expect = 4e-133
Identities = 332/365 (91%), Gaps = 15/365 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 5990 ctcagtctcagtct-cagtctcagtctcagtctcagtctcagtctcagtctcagtctcag 6048
||||| |||||||| || |||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||||
Sbjct 5901 CTCAGACTCAGTCTCCA-TCTCAGACTCAGGCTCAGGCTCAGGCTCAGGCTCAGGCTCAG 5959
Query 6049 tct-cagtctcagtctcagtctcagtctcagtctccatcccagactcagactcagtctcc 6107
||| || |||||| ||||| ||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 5960 TCTCCA-TCTCAGACTCAGACTCAGTCTCCGTCTCCGTCTCAGACTCAGACTCAGTCTCA 6018
Query 6108 gtctcagactcaggctcaggctcagtctccatcatctcagtctccgtccCAGACGCAGAC 6167
||||||||||||||||||| ||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6019 GTCTCAGACTCAGGCTCAGACTCAGACT-C--CATCTCAGTCTCCGTCCCAGACGCAGAC 6075
Query 6168 ATAAACTCTTGAGAACCAAAGAAGATTTGGTTCGTTTAGGTAAACCATTCAGTCTCCACT 6227
|| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 6076 AT--ACTCTTGAGAACCAAAGAAGATTTGGTTGGTTTAGGTAAACCATTGAGTCTCCACT 6133
Query 6228 GTTTTGTTTT--GATGTACATAAAGAGTGGAGAGAATGGC-GG--TT-TTTATCATTAAA 6281
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||
Sbjct 6134 GTTTTGTTTTGAGATGTACATAAAGAGTGGAGAGAATGGCGGGTTTTATTTATCATTAAA 6193
Query 6282 AGACTCTGATGTGAAGTGCAAAACAATGTGTAAATGCAGTTCTCTAGTTTCAGATCGTTT 6341
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6194 AGGCTCTGATGTGAAGTGCAAAACAATGTGTAAATGCAGTTCTCTAGTTTCAGATCGTTT 6253
Query 6342 GTCCT 6346
|||||
Sbjct 6254 GTCCT 6258
Score = 202 bits (109), Expect = 3e-50
Identities = 155/177 (88%), Gaps = 4/177 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 4983 TTGGGACAAAAAGAA-ATCGGATAC-GAAATCAGGTCCAGCTGCTTGGGGATCTACAGAT 5040
||||||||||||||| ||| || | |||||| ||| ||||| ||||| |||||||||
Sbjct 4513 TTGGGACAAAAAGAACGGGGGA-ACTG-AATCAGCTCCTGCTGCATGGGGTTCTACAGAT 4570
Query 5041 GCTGCTGCTTGGGGTTCTAGTGACAAAAACAACTCGGAAACTGAATCAGATGCTGCTGCT 5100
||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 4571 GCTGCTGTTTGGGGTTCTAGTGATAAAAAGAACTCGGAAACGGAATCAGATGCTGCTGCT 4630
Query 5101 TGGGGTTCTAGGAACAAAAAGACTTCTGAAATTGAATCAGGTGCTGGCGCTTGGGGT 5157
|||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| | || ||||
Sbjct 4631 TGGGGTTCTAGGGACAAAAAGAATTCTGAAGTTGGATCAGGTGCTGGTGTTTTGGGT 4687
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 240561918933
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5