BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G40550.1
Length=2031
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg483112 jgi|Araly1|483112|fgenesh2_kg.4__2172__AT2G40550.1 2948 0.0
> Ahg483112 jgi|Araly1|483112|fgenesh2_kg.4__2172__AT2G40550.1
Length=1909
Score = 2948 bits (1596), Expect = 0.0
Identities = 1769/1853 (95%), Gaps = 9/1853 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 86 TTTGAGATATGGGAGGACCAGCTTACGATTGTCTGACCAACCCTTTAGGAGCCGTCCGAT 145
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTTGAGATATGGGAGGACCAGCTTACGATTGTCTGACTAACCCTTTAGGAGCCGTCCGAT 60
Query 146 TCTCCTTCGTAAATGCTCTGTCTTCAGGCTACGATCCGGCTTCGTCTGTCGGAAAAGACT 205
|||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 61 TCTCCTTCGTTAATGCTCTGTCTTCTGGCTATGATCCGGCGTCGTCTATCGGAAAAGACT 120
Query 206 GGGGTGTCGTTGATTTGTTCCGTCACTACTTCTCCGACGAATCTGCTATCTCCCAGGTTC 265
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GGGGCGTCGTCGATTTGTTCCGTCACTACTTCTCCGACGAATCTGCTATCTCCCAGGTTC 180
Query 266 CAATTCTTGATTCGTCAAGTATTAAGTGGGTGCAACCCAAGACTCTTGTTCGGTTTCGTG 325
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CAGTTCTTGATTCGTCAAGTATTAAGTGGGTGCAACCCAAGACTCTTGTTCGGTTTCGTG 240
Query 326 GAATGATACAGGACATGCTTGGGAATGAATTCTATGCTGGTGCTTACAAGGATGATTCAA 385
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 241 GAATGATACAGGACATGCTTGGAAATGAATTCTATGCTGGTGCTTACAAGGATGATACAA 300
Query 386 CATGGAGAACAAACAAGTACAGTGATGTTTCACAGTTTCCTGAGGGTTCTTCCACTGAAA 445
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 301 CATGGAGAACAAACAAGTACAGTGATGTATCACAGTTTCCTGAGGGTTCTTCTACTGAAA 360
Query 446 TTCAAGTTTGGGAGCGTCGCTTGCTTTACTGTGTTCCAGTTCCGGGAAAAAACCAGTGGA 505
| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 361 TGCAAGTTTGGGAGCGTCGCTTACTATACTGTGTTCCAGTTCCGGGACAAAACCAATGGA 420
Query 506 CTGAATGTTCTTCACAAGAGCTAAAAAACCGGTTTTTGGATCTAACTGGCCAAAACAGGG 565
||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 421 CTGAATGTTCTTCTCAAGAGCTGAAGAACCGGTTTTTGGATCTAACTGTCCAAAACAGGG 480
Query 566 AAAAGCGTGTGAGGGTGGATGAAGAAATGACTGATTCCATGGACTCCAGTACTTTAGAAG 625
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 481 AAAAGCGTGTGAGGGTGGATGAAGAAATGACTGATTCCATGGATTCCAATACTTTAGAAG 540
Query 626 CTGGGCGTAATGGTTCTCCTTTTAAGAAAATGAAAGTGGGGGAAGCTACTTCATCAGCTT 685
|||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CTGGGCTTAATGGCTCTCCTTTCAAGAAAATGAAAGTGGGGGAAGCTACTTCATCAGCTT 600
Query 686 CAGAATCTCAGGTTCCACAAACTTCTGGTATTCCGCCTGCTACAAGTGCAGATTCTCTGC 745
||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| |
Sbjct 601 CAGAATCTCAGGTTCCACAAAGTTCTGGTATTCCACCTGCTACAAGTACAGAGTCTCTAC 660
Query 746 CTTGTCTTGTCAAGATCTATGATTCTCCAGAGTCAGATTTGAAGCTAAATGATGTGGTTG 805
|||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 CTTGTCTTGTGAAGATGTATGATTCTCCGGAGTCAGATTTGAAGCTAAATGATGTGGTTG 720
Query 806 AATTTCTTGGAGTGTTGACCTTCGATCCAATTGTTATGATGGATACAGATACACTTGATG 865
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 721 AATTCCTTGGAGTGTTGACCTTCGATCCAATTGTTATGATGGATACAGATTCACTTGATG 780
Query 866 AAAACTCTGATGCTCTTTCTGAAGCTGAATCTGTTCAGATGCCCTCTGGAAAGGTCCCAC 925
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AAAACTCTGATGATCTTTCTGAAGCTGAATCTGTTCAGATGCCCTCTGGAAAGGTCCCAC 840
Query 926 GCCTCCATTGTCTTATCCATAGAAAGCTTGAAACACAGCATTTCCTGCATGGTTCTTCGT 985
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GCCTCCATTGTCTTATCCATAGGAAGCTTGAAACACAACATTTCCTGCATGGTTCTTCGT 900
Query 986 TATTACCAGAGCCAAAATCCCCCCAAATATTCAAAGAGATAAGAGAGAGTTTGATGAAGT 1045
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TATTACCAGAGCCAAAATCCCCCCAAATTTTCAAAGAGATAAGAGAGAGTTTGATGAAGT 960
Query 1046 ACCTTACCGGTCTACTTGGGAATGATCACATTGCCGCACAGTTCCTATTATTGCATCTCC 1105
|||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 ACCTTACCAGTCTACTTGGGAACGATCACATTGCCGCACAGTTCCTATTATTGCATCTCC 1020
Query 1106 TGTCAAAGGTGCATGGAAGAGTAGATAATGTTGCTGTTGGGAAGCTTTCTCTTAATCTCA 1165
|||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1021 TGTCGAAGGTGAATGGAAGAGTAGATAATGTTGCTGTTGGGAAGCTTTCGCTTAATCTCA 1080
Query 1166 TACACCTTAATAAAGAAAGCATGTCTATCTTCGGTACCCAGCTCAGTGGTGCCCTCAAAA 1225
|||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1081 TACACCTTAACAAAGAAAGCATGTCTATCTTTGGTACCCAGCTCAGTGATGCCCTCAAAA 1140
Query 1226 GCCTCCTACCGTTCACACAATCTATACCACTTACTATTGAGTATCTGAACACTGCCTCGT 1285
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1141 GCCTCCTACCATTCACACAATCTATACCACTTACTATTGAGTATCTGAACACTGCCTCCT 1200
Query 1286 TCGGTCCCAAGAAAGACTATGGAATCAACAGATTGATGCCTGGAGTTC-TACAAATTGCT 1344
|||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1201 TCGGTCCCAAGAAAGACTATCGAATAAACAGATTGATGCCTGGAG-TCTTACAAATTGCT 1259
Query 1345 GATGGTACGCACTTGATATTGGATGAAACAGAGTTGCAACCAGGCACCTTGAACTCTGTT 1404
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 GATGGTACGCACTTGATATTGGACGAAACAGAATTGCAACCAGGCACCTTGAACTCTGTT 1319
Query 1405 GGAGTTGAGAATGCAAATCTGCTTAAAAACCTCTTGGAATGTCAGAAGGTTGAGTATGAT 1464
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1320 GGAGTTGAGAATGCAAATCTGCTCAAAAACCTCTTGGAATGTCAGAAGGTGGAGTATGAT 1379
Query 1465 TTCCAATATTACAAAATGGAAATGGCCACTGATGTTCAAATGCTCATATTCTCCGA-GGG 1523
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1380 TTCCAATATTACAAAATGGAAATGGCCACTGATGTTCAAATGCTCATCTTCTCCGAGGGG 1439
Query 1524 AAAGTCGAACATAATGCCCGCCGATTTGGTTCTACCTCTTCAACCTTCTCAAGTGAATTC 1583
||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 1440 AAA-TCGAACATAATGCCCGCCGATTTGGTTTTACCTTTTCAACCTTCCCAAGTGAATTC 1498
Query 1584 ATTGGAAGTCATCACACCAGAAACAGCTGAAACTTGGAGGTGCTACTTAGCTACTTGCAA 1643
||||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1499 ATTGGAAGTGATCACACCAGATACAGCAGAAGCTTGGAGGTGCTACTTAGCTACATGCAA 1558
Query 1644 ATCATTATCACACTCCATTGGGCAAGAGTTGCAACAGGTGGTGGAGAATGATTTGGTTGC 1703
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1559 ATCGTTATCACACTCCATTGGGCAAGAGTTGCAACAGGTGGTAGAGAATGATTTGGTTGC 1618
Query 1704 AGCTAGACAAACAGATCGTAGTTTAGGCAGCCAAGACTTGAGCAGATTGTTGACAATGGC 1763
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 AGCTAGACAAACGGATCGTAGTTTAGGCAGCCAAGACTTGAGCAGATTGTTGACAATGGC 1678
Query 1764 TCGTATGATGTCTGTGAGTTATGGTGAGACTACGCTTTCACTAGAGCACTGGCAAATGGT 1823
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 TCGTATGATGTCTGTGAGTTATGGTGAGACTACGCTTTCACTAGAGCACTGGCAAATGGT 1738
Query 1824 GTTGGAACTAGAAAGACTTAGAAAGGAGAGGCTCAAGTAAAACCACCGTAACGAACAAG- 1882
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 1739 GTTGGAACTAGAAAGACTTAGAAAGGAGAGGCTCAAGTAAAACCACCGAAACGAAGAAGG 1798
Query 1883 -ATGTATTAT-GGTTTCGAGACTATTTGGATATTGTAATTTTCACTAAGTTAT 1933
| | | || |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 GA-G-ACTAAAGGTTTCGAGATTATTTGGATCTTGTAATTTTCACTAAGTTAT 1849
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 76370941225
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5