BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G40720.1
Length=2583
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg934878 jgi|Araly1|934878|scaffold_402866.1 4056 0.0
> Ahg934878 jgi|Araly1|934878|scaffold_402866.1
Length=4121
Score = 4056 bits (2196), Expect = 0.0
Identities = 2458/2586 (95%), Gaps = 12/2586 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCGTTTCAAGCTTCACGACGTTCACATTCGTCGGGGACTTTGTTGTGTAGCTGATTCT 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | || |||||||||||
Sbjct 1524 ATGCGTTTCAAGCTTCACGACGTTCACATTCGTCGGCGACTTTCTCGTTTAGCTGATTCT 1583
Query 61 TACATTTCTCCGGCATCGATTAATTCAGGAATCAGAGCTCTAATTCAGAAAGGAGAGTAT 120
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1584 TACATTTCTCCGGCATCGGTTAATTCAGGAATCAGAGCACTAATTCAGAAAGGAGAGTAT 1643
Query 121 CTACAAGCTCTGCATTTATACTCTAAGCATGATGGTTCTTCTCCTTTCTGGACTTCCGTT 180
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1644 TTACAAGCTCTGCATTTATACACTAAGCATGATGGTTCTTCTCCTTTGTGGACTTCCGTT 1703
Query 181 TTCACGTTTCCTTCTCTACTTAAAGCTTGCTCGGCTCTTACGAATCTCAGTTATGGGAAA 240
||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| | ||| |||
Sbjct 1704 TTCACATTTCCTTCTCTTCTTAAAGCTTGCTCTTCTCTTACGAATCTCAGCTCTGGCAAA 1763
Query 241 ACCATTCATGGTTCGGTCGTCGTGTTGGGATGGCGATATGATCCTTTCATTGCAACCTCG 300
||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1764 ACCATTCATGGTTCGATCATCGTGTTGGGTTGGCGATATGATCCTTTCATCGCAACCTCG 1823
Query 301 CTTGTTAATATGTATGTAAAATGTGGGTTTTTAGATTATGCCGTCCAAGTGTTCGACGGT 360
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1824 CTTGTCAATATGTATGTAAAATGTGGTTTTTTAGATTATGCCGTCCAAGTGTTCGACGGT 1883
Query 361 TGGTCTCAGAGTCAGAGTGGAGTTTCTGCTCGGGATGTTACTGTTTGGAACTCTATGATT 420
||| || ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||
Sbjct 1884 TGG--TC----TCAGAGTGGAGTTTCTGCTCGGGATGTCACAGTTTGTAACTCTATGATT 1937
Query 421 GATGGGTACTTCAAATTTCGAAGATTTAAGGAAGGGGTTGGTTGTTTTCGTCGGATGCTG 480
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1938 GATGGGTACTTCAAATTTCGACGATTTAAGGAAGGGGTTGGTTGTTTTCGTCGGATGCTT 1997
Query 481 GTGTTTGGTGTAAGACCTGATGCTTTTTCCTTATCCATTGTTGTTAGTGTTATGTGTAAA 540
||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 1998 GTGTTGGGTGTTAGACCTGATGCTTTCTCGTTATCCATTGTTGTAAGTGTTTTGTGTAAA 2057
Query 541 GAAGGAAACTTTAGGCGGGAAGAAGGGAAACAGATTCATGGATTTATGTTAAGGAATTCG 600
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| |||||||||
Sbjct 2058 GAAGGAAACTTTAGGCGGGAAGATGGGAAACAGATTCATGGGTATATGTTGAGGAATTCG 2117
Query 601 TTAGATACTGATTCGTTCTTGAAAACTGCTTTGATTGATATGTATTTCAAGTTTGGTTTA 660
|||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2118 TTAGATGGTGATTCGTTCTTAAAAACTGCTTTGATTGATATGTATTTCAAGTTTGGGTTA 2177
Query 661 TCGATAGATGCGTGGAGAGTTTTTGTGGAGATTGAGGATAAATCGAATGTTGTACTATGG 720
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2178 TCGACAGATGCGTGGAGAGTTTTTGTGGAGATTGAGGATAAATCGAATGTTGTACTATGG 2237
Query 721 AATGTGATGATTGTAGGGTTTGGCGGTAGTGGGATCTGTGAATCTAGCTTGGATTTGTAT 780
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2238 AATGTGATGATTGTTGGGTTTGGTGGTAGTGGGATCTGTGAATCTAGCTTGGAGTTGTAT 2297
Query 781 ATGCTTGCAAAGAATAACAGTGTCAAGCTTGTTTCCACTTCATTCACTGGAGCTCTTGGT 840
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2298 ATGCTTGCAAAGAGTAACAGTGTCAAGCTTGTTTCCACTTCATTTACTGGAGCTCTTGGT 2357
Query 841 GCGTGTAGTCAAAGTGAGAATTCTGGTTTCGGTAGGCAGATCCATTGCGACGTGGTGAAG 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2358 GCGTGTAGTCAAAGTGAGAATTCTGGTTTCGGTAGGCAGATCCATTGCGACGTTGTGAAG 2417
Query 901 ATGGGACTTCACAATGACCCGTATGTTTGTACTTCTCTACTGTCAATGTATTCAAAATGT 960
||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2418 ATGGGACTTGACAATGACCCGTACGTTTCTACTTCTCTGCTGTCAATGTATTCAAAATGC 2477
Query 961 GGTATGGTTGGTGAGGCAGAAACTGTCTTCAGTTGCGTTGTGGATAAAAGACTTGAGATA 1020
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2478 GGTATGGTTGGTGAGGCAGAAACTGTCTTCAGTTGCGTTGTGGATAAAAGACTTGAGATC 2537
Query 1021 TGGAATGCTATGGTTGCAGCTTATGCAGAGAATGATTATGGGTACTCTGCTTTGGATTTG 1080
||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2538 TGGAATGCTATGGTTGCAGCTTACGTAGAGAATGATAATGGGTACTCTGCTTTGGAATTG 2597
Query 1081 TTCGGTTTCATGAGGCAGAAAAGTGTCTTGCCTGATTCTTTTACCTTGTCGAATGTTATA 1140
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2598 TTTGGTTTCATGAGACAGAAAAGTGTCTTGCCTGATTCTTTTACCTTGTCGAATGTTATA 2657
Query 1141 TCCTGTTGCAGCGTATTGGGATTGTATAACTATGGCAAATCAGTCCACGCAGAACTGTTT 1200
|||||||||||| | || ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2658 TCCTGTTGCAGCATGTTTGGATTGTATGACTATGGCAAATCAGTCCACGCGGAACTGTTT 2717
Query 1201 AAGAGACCGATACAAAGTACGTCTACAATAGAGAGTGCTTTACTCACTCTGTATTCCAAG 1260
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2718 AAGAGACCGATACAAAGTACGCCTGCAATAGAGAGTGCTTTACTCACTCTGTACTCCAAA 2777
Query 1261 TGTGGATGTGATCCTGATGCTTACTTAGTCTTCAAATCAATGGAAGAAAAAGATATGGTT 1320
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2778 TGTGGATGTGATACTGATGCTTACTTAGTCTTCAAATCAATGGAAGAAAAAGATATGGTT 2837
Query 1321 GCGTGGGGCTCCCTGATCTCAGGACTTTGCAAGAATGGGAAATTCAAAGAGGC-TCTAAA 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||
Sbjct 2838 GCGTGGGGCTCCCTGATCTCAGGACTTTGCAAGAATGGGAAATTCAAAGAGGCAT-TGAA 2896
Query 1380 AGTTTTTGGGGACATGAAAGATGATGATGATAGCTTGAAACCTGATTCTGATATTATGAC 1439
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2897 AGTTTTTGGGGACATGAAAGATGATGATGATAGCTTGAAACCTGATTCCGATATTATGAC 2956
Query 1440 GAGCGTTACAAACGCATGTGCTGGATTAGAGGCTCTCAGGTTTGGCCTTCAGGTTCATGG 1499
||| |||| ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2957 GAGTGTTATAAACGCATGCGCCGGATTAGAGGCTCTCAGTTTTGGCCTTCAGGTTCATGG 3016
Query 1500 CAGCATGATTAAAACTGGGCTAGTGCTGAATGTTTTTGTTGGCAGCTCCCTTATTGATCT 1559
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3017 CAGCATGATTAAAACTGGGCTAGTGCTTAATGTTTTTGTTGGCAGCTCCCTTATTGATCT 3076
Query 1560 GTATTCTAAGTGTGGCTTACCAGAAATGGCTCTCAAAGTTTTCACTAGCATGAGCAC-GG 1618
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 3077 GTATTCTAAGTGTGGCTTACCAGAAATGGCTCTCAAAGTTTTCACTAGCATGAG-ACCGG 3135
Query 1619 AAAACATGGTTGCCTGGAATTCAATGATATCTTGCTACAGCCGAAACAACCTTCCAGAAC 1678
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3136 AAAACATTGTTGCCTGGAATTCAATGATATCTTGCTACAGCCGAAACAACCTTCCAGAAC 3195
Query 1679 TGTCGATTGACCTTTTCAATCTGATGCTCAGTCAAGGTATCTTCCCTGATTCAGTATCCA 1738
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3196 TGTCGATTGAACTTTTCAATCTGATGCTCAGTCAAGGTATCTTCCCAGATTCAGTATCCA 3255
Query 1739 TCACAAGTGTCCTTGTAGCAATCTCATCGACTGCAAGCTTGCTAAAAGGGAAAAGTCTAC 1798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3256 TCACAAGTGTCCTTGTAGCAATCTCATCGACTGCAAGCTTGCTAAAAGGGAAAAGTCTAC 3315
Query 1799 ATGGTTATACATTAAGACTCGGCATTCCTTCGGATACTCACCTGAAAAACGCTTTGATTG 1858
|||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3316 ATGGTTATACATTACGACTTGGCATTCCTTCAGATACTCACCTGAAAAACGCTTTGATTG 3375
Query 1859 ATATGTATGTAAAATGCGGGTTTTCGAAGTATGCAGAGAACATCTTCAAGAAAATGCAGC 1918
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3376 ATATGTATGTAAAGTGCGGGTTTTCGAAGTATGCAGAGAATATCTTCAAGAAAATGCAGC 3435
Query 1919 ATAAGAGCTTGATCACTTGGAACCTAATGATATATGGGTATGGATCCCATGGAGATTGTA 1978
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3436 ATAAGAGCCTGATCACTTGGAACCTAATGATATATGGGTATGGATCCCATGGAGATTGTC 3495
Query 1979 TTACAGCATTGAGTCTGTTCGATGAGATGAAAAAGGCAGGAGAATCGCCCGATGATGTAA 2038
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3496 GTACAGCATTGAGTCTGTTCGATGAGCTGAAAAAGGCAGGAGAAACGCCCGATGATGTAA 3555
Query 2039 CATTCCTGTCTCTGATTTCAGCCTGCAATCATTCCGGTTTTGTGGAGGAAGGGAAAAACA 2098
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3556 CATTCCTGTCTCTGATTTCAGCCTGCAATCATTCCGGTTTTGTGGAGGAAGGGAAAAACT 3615
Query 2099 TTTTTGAGTTCATGAAACAAGACTATGGAATCGAACCAAATATGGAACATTATGCAAATA 2158
|||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3616 TTTTTGAGATCATGAAACAAGATTATGGAATTGAACCAAAAATGGAACATTATGCAAATA 3675
Query 2159 TGGTGGATCTTCTAGGACGTGCAGGTCTCCTCGAAGAAGCTTACAGTTTTATAAAAGCAA 2218
|||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3676 TGGTGGATCTTCTAGGACGTGCGGGTCGCCTGGAAGAAGCTTACAGTTTTATAAAAGCAA 3735
Query 2219 TGCCTATTGAAGCAGACAGTAGCATATGGCTCTGCCTCTTATCTGCTTCAAGAACTCATC 2278
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3736 TGCCTACTGAAGCAGACAGTAGCATATGGCTCTGCCTCTTATCTGCTTCTAGAACTCATC 3795
Query 2279 ATAATGTAGAACTTGGGATATTGTCTGCTGAGAAGTTGTTGAGAATGGAACCGGAAAGAG 2338
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3796 ATAATGTAGAACTTGGAATATTGTCTGCTGAGAAGTTGTTGATAATGGAACCGGAAAGAG 3855
Query 2339 GCAGTACCTATGTTCAGCTAATCAATCTTTACATGGAAGCAGGATTGAAGAACGAAGCAG 2398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3856 GCAGTACCTATGTTCAGCTAATCAATCTTTACATGGAAGCAGGATTGAAGAACGAAGCAG 3915
Query 2399 CAAAGCTGTTGGGTCTGATGAAGGAGAAAGGCTTGCATAAACAACCTGGTTGCAGTTGGA 2458
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3916 CAAAGCTGTTGGGTGAGATGAAGGAGAGAGGCTTGCAGAAACAACCTGGTTGCAGTTGGA 3975
Query 2459 TTGAAGTTAGCGATAGAACTAATGTTTTCTTTTCAGGAGGTTCATCTTCTCCAATGAAGG 2518
||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3976 TTGAAGTTAGCGATATATCTAATGTTTTCTTTTCAGGAGGTTCATCTTCTCCAATAAAGG 4035
Query 2519 CTGAGATATTCAACGTATTGAATAGGTTAAAGAGTAATATGGTAGA-TGAGGACAAGGCA 2577
||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| | |||||||||| |
Sbjct 4036 CTGAGATCTTCAAAGTATTGAATAGGCTGAAGAGTAATATGGTA-ACTGAGGACAAGCCT 4094
Query 2578 ACTTGA 2583
||||||
Sbjct 4095 ACTTGA 4100
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 97396756465
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5