BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G40730.1
Length=2870
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg934879 jgi|Araly1|934879|scaffold_402867.1 4170 0.0
> Ahg934879 jgi|Araly1|934879|scaffold_402867.1
Length=2439
Score = 4170 bits (2258), Expect = 0.0
Identities = 2377/2436 (98%), Gaps = 2/2436 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 211 TTGAGAAGGTGGAAACATGTTTAAGTTCTTAAAAGGAGTAGTGGCTGGATCTGGGACGGG 270
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5 TTGAGAAGGTGGAAACATGTTTAAGTTCTTAAAAGGAGTAGTGGCTGGATCTGGGACGGG 64
Query 271 ACTCAAGGATCTACCTTATAACATCGGTGATCCTTATCCTTCTGCTTGGGGTTCATGGAG 330
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 65 ACTCAAGGATCTGCCTTATAACATCGGTGATCCTTATCCTTCTGCTTGGGGTTCATGGAG 124
Query 331 TCACTTTCGTGGTACCTCCAAGGATGATGGATCTCCAGTTTCAATATTTGCTCTCTCTGG 390
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 125 TCACTTTCGTGGTACCTCCAAGGATGATGGATCTCCAGTTTCAATATTTGCTCTTTCTGG 184
Query 391 GAACAATGCTCAAGATGGGCATTTGGCTGCTGGACGAAATGGTGTCAAGCGCCTTCGTAC 450
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 185 GAACAATGCTCAAGATGGCCATTTGGCTGCTGGACGGAATGGTGTCAAGCGCCTTCGTAC 244
Query 451 CGTGAGGCATCCAAATATTCTTTCATTTCTCCACAGTACTGAGGTCGAAACTCATGATGG 510
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 245 CGTGAGGCATCCAAATATTCTTTCTTTTCTCCACAGTACTGAGGTCGAAACTCATGATGG 304
Query 511 CTCTACTACCAAAGTTACAATCTATATAGTCACTGAGCCTGTTATGCCGCTGTCAGATAA 570
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 305 TTCTACTACCAAAGTTACAATCTATATAGTCACTGAGCCTGTTATGCCGCTGTCAGATAA 364
Query 571 GATAAAGGAGCTAGGCTTGAAAGCTACCCAGAGGGATGAGTACTTTGCACTGGGGCTACA 630
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 365 GATAAAGGAGCTAGGCTTGAAAGCTACCCAGAGGGATGAGTATTTTGCACTGGGGCTACA 424
Query 631 CCAGATAGGTAAAGCTGTGAGCTTTCTGAACAATGACTGCAAACTTGTGCATGGTAATGT 690
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 425 CCAGATAGGTAAAGCTGTGAGCTTTCTGAACAATGACTGCAAACTTGTGCATGGAAATGT 484
Query 691 CTGTCTGGCAAGTGTTGTTGTTACACCTACTTTGGACTGGAAACTCCATGCTCTTGATGT 750
|||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 485 CTGTCTAGCGAGTGTTGTTGTTACACCTACTTTGGACTGGAAACTCCATGCTTTTGATGT 544
Query 751 TCTATCAGAGTTTGATGGGAGCAATGAATCTGCAAGTGGACCTATGCTGCCATATGAATG 810
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 545 TCTATCAGAGTTTGACGGGAGCAATGAATCCGCAAGTGGACCTATGCTGCCGTATGAATG 604
Query 811 GCTAGTGGGAACACAGTACAAGCCAATGGAAATGGTCAAGTCTGATTGGGTTGCTATTAG 870
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 605 GCTAGTGGGAACACAGTACAAGCCAATGGAAATGGTCAAGTCTGATTGGGTTGCTATTAG 664
Query 871 GAAATCTCCACCATGGGCCATTGATTCGTGGGGATTAGGATGTCTTATTTATGAACTCTT 930
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 665 AAAATCTCCACCATGGGCCATTGATTCGTGGGGATTAGGTTGTCTTATTTATGAACTCTT 724
Query 931 CTCGGGCTCTAAGCTGGCAAAAACAGAGGAGTTGCGTAACACTGTCGGCATTCCTAAGTC 990
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 725 CTCGGGCTCTAAGCTGGCAAAAACAGAGGAGCTGCGTAACACTGTCGGCATTCCTAAGTC 784
Query 991 TCTGCTTCCAGATTATCAGCGACTCCTAAGTTCCATGCCTTCTCGCAGATTGAACACCTC 1050
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 785 TCTGCTTCCAGATTATCAGCGACTCCTAAGTTCCATGCCTTCTCGCAGATTGAACACCTC 844
Query 1051 AAAACTTCTAGAAAATGGCGAGTATTTCCAAAATAAGCTGGTGGACACCATACATTTTAT 1110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 845 AAAACTTCTAGAAAATGGCGAGTATTTCCAAAATAAGCTGGTGGACACCATACATTTTAT 904
Query 1111 GGATATTCTGAACTTGAAAGACAGTGTCGAAAAAGATACTTTCTTCCGCAAACTTCCAAA 1170
||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 905 GGACATTCTTAACCTGAAAGACAGTGTCGAAAAAGATACTTTCTTCCGCAAACTTCCAAA 964
Query 1171 TGTTGCTGAACAGCTTCCTCGGGAGATTGTGCTTAAGAAGCTTCTTCCTTTATTAGCTTC 1230
||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 965 TGTTGCTGAACAGCTTCCTAGGGAGATCGTGCTTAAGAAGCTTCTTCCTTTATTAGCTTC 1024
Query 1231 TTCCCTTGAATTTGGTTCAGCTGCTGCTCCTGCATTAACTGCCTTACTTAAGATGGGTTC 1290
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1025 TTCCCTTGAATATGGTTCAGCTGCTGCTCCTGCATTAACTGCCTTACTTAAGATGGGTTC 1084
Query 1291 GTGGTTATCAACTGAAGATTTCAGTGTCAAGGTACTACCAACAATTGTCAAGCTTTTTGC 1350
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1085 GTGGTTATCAACTGAAGATTTCAGTGTCAAGGTATTGCCAACAATAGTCAAGCTTTTTGC 1144
Query 1351 TTCCAATGATCGAGCTATCAGAGTTTCTCTTTTGCAACATGTTGATCAATTTGGAGAATC 1410
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1145 TTCCAATGATCGAGCTATTAGAGTTTCTCTTTTGCAACATGTTGATCAATTTGGAGAATC 1204
Query 1411 AATGTCTGGGCAAATCGTCGATGAACAAGTATACCCTCATGTTGCTACTGGATTTGCGGA 1470
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1205 AATGTCCGGGCAAATCGTCGATGAACAAGTATACCCTCATGTTGCTACTGGATTTGCGGA 1264
Query 1471 TACATCTGCTTTTCTCCGAGAGCTGACTCTTAAATCGATGCTCGTTTTAGCTCCGAAGCT 1530
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1265 TACATCTGCTTTTCTCCGAGAGCTGACTCTTAAATCGATGCTCGTTTTAGCTCCGAAGCT 1324
Query 1531 TTCTCAGCGTACACTTTCGGGATCCCTGTTGAAATACCTTTCCAAACTACAGGTGGATGA 1590
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1325 TTCTCAGCGCACACTTTCAGGATCCCTGTTGAAATACCTTTCCAAACTACAGGTGGATGA 1384
Query 1591 AGAGCCTGCAATCAGAACCAATACTACTATACTACTCGGGAATATCGCCACCTACCTAAA 1650
|||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1385 AGAGCCTGCAATCAGAACCAATACCACTATATTACTCGGGAATATTGCCACCTACCTAAA 1444
Query 1651 TGAAGGGACAAGGAAAAGAGTTTTGATTAATGCTTTTACAGTGCGTGCATTGCGTGATAC 1710
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1445 TGAAGGGACAAGGAAAAGAGTTTTGATTAATGCTTTTACAGTGCGTGCACTGCGTGATAC 1504
Query 1711 ATTTCCACCTGCTCGAGGTGCAGGGATTGTTGCATTATGTGCCACCAGTACTACTTATGA 1770
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1505 ATTTCCACCTGCTCGAGGTGCAGGGATTGTTGCATTATGTGCCACCAGTACTACTTATGA 1564
Query 1771 TGACACTGAAATAGCTACTAGGATTCTTCCAAATATCGTTGTGCTAACCATTGATCAAGA 1830
|||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1565 TGACACAGAAATAGCAACTAGGATTCTTCCGAATATTGTTGTGCTAACCATTGATCAAGA 1624
Query 1831 CAGTGATGTTCGGTCAAAGGCATTTCAGGCCGTAGAACAGTTTCTTCAGATATTGAAACA 1890
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1625 CAGTGATGTTCGGTCGAAGGCATTTCAGGCCGTAGAACAATTTCTTCAGATATTGAAACA 1684
Query 1891 AAACTATGAGAAGACAAATGCTGGAGAAATAGGAGCCAGCGGAGGAGCCTCAGCTATACC 1950
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1685 AAACTATGAGAAGACAAATGCTGGAGAAATAGGAGCCACCGGAGGAGCCTCAGCTATACC 1744
Query 1951 TGAAACTGCTGGTCTGATCGGATGGGCTATGAGTTCTTTGACCCTCAAGGGTAAGCCATT 2010
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1745 TGAAACTGCTGGTCTGATCGGATGGGCTATGAGTTCTTTGACCCTCAAGGGTAAGCCATT 1804
Query 2011 AGAACAAGCGCCTCTTGCTTCTTCTTCTTCAGCACCATCCCTAGCAGCTGCTGCGTCAAA 2070
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1805 AGAACAAGCGCCTCTTGCTTCTTCTTCGTCAGCACCATCCCTAGCTGCTGCAGCGTCAAA 1864
Query 2071 TGCTACAAGCACAGCAACGGAGGCACCGAGTGTCAAAGCCAGTCATCATACACGTTCCAA 2130
||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1865 TGCTACAAGCACAGCAATGGAGGCGCCGAGTGTCAAAGCCAGTCATCATACACGTTCCAA 1924
Query 2131 CTCGGATTTCACAGATCAACCTGCACCACCATCCCCAACATCAACAGATGGTTGGGGAGA 2190
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1925 CTCGGACTTCACAGATCAACCTGCACCACCATCCCCAACATCAACTGATGGTTGGGGAGA 1984
Query 2191 TGCTGAGAATGGCATTAGCGAAGGTCATGAGAGTGACAAAGACGGTTGGGATCTCGAACC 2250
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1985 TGCTGAGAATGGCATTAGCGAAGGTCATGAGAGCGACAAAGACGGTTGGGATCTCGAACC 2044
Query 2251 GCTGGATGAACCAAAACCTTCTCCAGCTCTTGCTAACATTCAAGCAGCTCAAAAACGACC 2310
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2045 GCTGGATGAACCAAAACCTTCTCCAGCTCTTGCTAACATTCAAGCAGCTCAAAAACGACC 2104
Query 2311 TGTGTCTCAGTCCTCTAGACCTTCAGCTGCGACAAGCTCAAGACCAAAGATTAGCACAGT 2370
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2105 TGTGTCTCAGTCCTCCAGACCTTCAGCTGCTACAAGCTCAAGACCAAAGATTAGCACAGT 2164
Query 2371 GAAAGCAGCTGCGAAAA-CGGAAGACGATGATTTGTGGGGATCCATAGCTGCTCCTCCAC 2429
||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2165 GAAAGCAGCTGT-AAAATCGGAAGACGATGATTTGTGGGGATCCATAGCTGCTCCTCCAC 2223
Query 2430 CTGCAACTACTTCAAGACCGTTGAACGTGAAAAAGACAGTACAGTCTGATGATGAAGACC 2489
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2224 CTGCAACTACTTCAAGACCGTTGAACTTGAAAAAGACAGTACAGTCTGATGATGAAGACC 2283
Query 2490 CCTGGGCTGCCATTGCTGCTCCACCACCAACCACCAGAGCAAAACCGTTATCTTCTGGTC 2549
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2284 CCTGGGCTGCAATTGCTGCTCCACCACCAACCACCAGAGCAAAACCGTTATCTTCTGGTC 2343
Query 2550 GTGGCCGAGGAGCCAAACCTGCAGCTCTTAAACTAGGTGCCCAACGCATTAACCGAACCT 2609
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2344 GTGGCCGAGGAGCCAAACCTGCAGCTCTTAAACTAGGTGCGCAACGCATTAACCGAACCT 2403
Query 2610 CATCTGGAATGTGATGAACACTAAAGGAAGAAGATA 2645
| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2404 CTTCTGGAATGTGATGAACACGAAAGGAAGAAGATA 2439
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 108328656780
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5