BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G40930.1
Length=3321
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg934908 jgi|Araly1|934908|scaffold_402896.1 4698 0.0
> Ahg934908 jgi|Araly1|934908|scaffold_402896.1
Length=2815
Score = 4698 bits (2544), Expect = 0.0
Identities = 2713/2797 (97%), Gaps = 1/2797 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 223 TTCTCCTAATTTTCGAGATATGGCGGAGGTATCGATGGGAAGCAGCAGTAGCAGCACGGA 282
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2 TTCTCCTAATTTTCGAGATATGGCGGAAGTATCGATGGGAAGCAGCAGTAGCAGCACGGA 61
Query 283 TCTGTCTCCCGAGGAAGAGCGAGTTTTCATCAGAGACATTGCTATTGCTGCTGAGGCTAA 342
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 62 TCTGTCTCCCGAGGAAGAGCGAGTTTTCATCAGAGACATTGCTATTGCTGCTGAGGCTAA 121
Query 343 TAGTAAAGAAGGCGATACATTTTATCTCATCACTCAGAGATGGTGGCAAGAATGGATTGA 402
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 122 CAGCAAAGAAGGCGATACATTTTATCTCATCACTCAGAGATGGTGGCAAGAATGGATTGA 181
Query 403 GTATGTGAATCAAGACCAACCATGTAACACAAATGATGGGTCTTCACTGTCAGAGCATTG 462
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 182 GTATGTGAATCAAGACCAACCATGTAACACTAATGATGGGTCTTCATTGTCAGAGCATTG 241
Query 463 CGACTCTCCTGGTTCAAGCACTCTAAAGAAGCCTTCTAGGATTGATAACTCTGATTTGAT 522
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 242 CGACTCTCCTGGTTCAAGCACACTAAAGAAGCCTTCTAGGATTGATAACTCTGATTTGAT 301
Query 523 CTATGATTCTTCGCTGGAGGACCCGAGTAATACCAGTGAGATTATTGAAACACTTCAGGA 582
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 302 CTATGATTCTTCGCTGGAGGACCCGAGTAATACCAGTGAGATTATTGAAACACTTCAGGA 361
Query 583 AGGTCGTGATTATGTTTTGCTCCCTCAAGAAGTGTGGAACCAATTGCGTTCATGGTACGG 642
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 362 AGGTCGTGACTATGTTTTGCTCCCTCAAGAAGTGTGGAACCAGTTGCGTTCATGGTACGG 421
Query 643 GGGTGGTCCAACTCTGGCACGGAGAGTCATTAGCTCAGGTCTCTCTCAAACAGAATTGGC 702
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 422 GGGTGGTCCAACTCTAGCGCGGAGAGTCATTAGCTCAGGTCTCTCTCAAACGGAGTTGGC 481
Query 703 TGTAGAGGTTTACCCTTTACGTCTTCAGCTACTTCTGATGCCAAAAAGTGACCATAGTGC 762
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 482 TGTAGAGGTTTACCCTTTACGTCTTCAGCTACTTCTGATGCCAAAAAGTGACCATAGTTC 541
Query 763 CATAAGAATTAGCAAAAAGGAAACTATCAGAGAGCTCCATCGAAGAGCCTGTGAAATTTT 822
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 542 CATAAGAATTAGCAAAAAGGAAACTATCAGAGAGCTCCATCGAAGAGCCTGTGAAATTTT 601
Query 823 TGACCTCGACTCAGAGCATGTACGCATTTGGGATTACTACGGCCACCAAAAGTATTCTTT 882
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 602 TGACCTCAACTCAGAGCATGTACGCATTTGGGATTACTACGGCCACCAAAAGTATTCTTT 661
Query 883 GATGAATGACTTAGATAAGACACTGGACGATGCTAACCTACAAATGGATCAGGATATTTT 942
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 662 GATGAATGACTTAGATAAGACACTGGGCGATGCTAACCTACAAATGGATCAGGATATTTT 721
Query 943 GGTGGAGGTGCTTGACATCAATGGTACATTATCAAGTGCTCACATTCAATCTGCTCAAGA 1002
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 722 GGTGGAGGTGCTTGACATCAATGGTACATTATCAAGTGCTCACATTCAATCTGCTCAAGA 781
Query 1003 GAACGGATTGGTGGATGGAGACTCTACTTCTATTCTCATTGAGCCTTCTAAATCGAGCTT 1062
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 782 GAACGGATTGGTGGATGAAGACTCTACTTCTATTCTCATTGAGCCTTCTAAATCGAGCTT 841
Query 1063 GGCTGCCGCAGGAGGGTTCTCTTCAAGCAGGAATGCATTCAGAACTGGTAGTGTAGAAGT 1122
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 GGCTGCTGCAGGAGGGTTCTCTTCAAGCAGGAATGCATTCAGAACTGGTAGTGTAGAAGT 901
Query 1123 TTCACAATCTTTTGATAACACATACAGTAGCACTGGCGTCACCACTAGGGGATCCACAGC 1182
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 902 TTCACAATCTTTTGATAGCACATACAGTAGCACTGGCGTCACAACAAGGGGATCCACAGC 961
Query 1183 TGGCTTGACAGGGCTGCTAAATCTTGGGAATACTTGTTTCATGAATAGTGCGATTCAGTG 1242
|||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 962 TGGCTTAACAGGGCTGCTAAATCTCGGGAATACTTGTTTCATGAATAGTGCGATTCAGTG 1021
Query 1243 TCTGGTTCATACACCTGAGTTTGCTAGTTACTTTCAAGAAGATTATCATCAAGAAATAAA 1302
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1022 TCTGGTTCATACACCTGAGTTTGCTAGTTACTTTCAAGAAGATTATCATCAAGAAATAAA 1081
Query 1303 TTGGCAAAACCCTCTTGGAATGGTGGGGGAATTAGCTCTCGCATTTGGTGACTTGCTCAG 1362
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1082 TTGGCAAAACCCTCTTGGCATGGTGGGAGAATTAGCTCTCGCATTTGGTGACTTGCTCAG 1141
Query 1363 GAAGTTATGGGCTCCTGGGCGGACACCAATTGCACCTCGTCCATTCAAAGCTAAACTTGC 1422
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1142 GAAGTTATGGGCTCCTGGGCGCACACCAATTGCACCTCGTCCATTCAAAGCTAAACTTGC 1201
Query 1423 TCGCTTTGCTCCTCAATTTAGTGGGTACAATCAACATGATTCGCAGGAGCTTTTAGCGTT 1482
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1202 TCGCTTTGCTCCTCAATTTAGTGGGTACAATCAACATGATTCGCAGGAGCTTTTAGCGTT 1261
Query 1483 TCTGCTGGATGGTCTTCACGAGGACCTAAATCGTGTTAAACACAAACCATATATAAATTC 1542
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1262 TCTGCTGGATGGTCTTCACGAGGACCTAAATCGTGTTAAACACAAACCATATATAAATTC 1321
Query 1543 TCGAGACGCAGATGGGCGCCCTGATGAAGAAGTTGCTGATGAGTTCTGGAAAAATCATAT 1602
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 1322 TCGAGACGCAGATGGGCGCCCTGATGAAGAAGTTGCTGATGAGTTTTGGGCTAATCATAT 1381
Query 1603 TGCTCGTAATGACTCAATAATAGTTGATGTTTGTCAGGGCCAATATAAGTCAACATTGGT 1662
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1382 TGCTCGTAATGACTCAATAATCGTTGATGTTTGTCAGGGCCAATATAAGTCAACATTGGT 1441
Query 1663 GTGTCCAATCTGCAACAAGGTTTCTGTAACGTTTGATCCCTTCATGTACCTGTCTTTGCC 1722
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1442 GTGTCCAATCTGCAACAAGGTTTCTGTAACATTTGACCCCTTCATGTACCTGTCTTTGCC 1501
Query 1723 GCTGCAGTTCAACACAACACGAGCAATAACAGTCACAGTTTTTTCTTGTGATAAAACTGC 1782
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1502 GCTTCAGTTCAACACAACACGAGCAATAACAGTCACAGTTTTTTCTTGTGATAAAACTGC 1561
Query 1783 CTTACCTTCCACTATCACAGTCAATGTTTCAAAGCAGGGACGTTGCAGAGACTTGATCCA 1842
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1562 CTTACCTTCCACTATCACAGTCAATGTTTCAAAGCAGGGACGTTGCAGAGACTTGATTCA 1621
Query 1843 GGCATTAACAAATGCTTGTTCCTTGAAGCAAAGTGAAGAGCTGAAACTTGCAGAGATTCG 1902
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1622 GGCATTAACAAGTGCTTGTTCCTTGAAGCAAAGTGAAGAGCTGAAACTTGCAGAGATTCG 1681
Query 1903 GAATAATTTTATCCATAGATTATTTGAAGACCCTTTAATTCCGTTGTCAAGTATCAAAGA 1962
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||
Sbjct 1682 GAATAATTTTATCCATCGATTATTTGAAGACCCTTTAATTCCATTGTCCACTATCAAAGA 1741
Query 1963 TGATGACCACCTTGCTGCATACAAACTTTCAAAGTCTTCGGAGAATACGACTTTGCTTAG 2022
||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1742 CGATGATCACCTTGCTGCATACAAACTTTCGAAGTCTTCGGAGAATACGACTTTGCTTAG 1801
Query 2023 ACTAGTACTCCGCCGCAGAGATCAGAAAGCTGGGGAACGTGAAAGTACAGTACAATTGAA 2082
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1802 ACTAGTACTTCGCCGCAGAGATCAGAAAGCTGGGGAACGTGAAAGTACAGTACAATTGAA 1861
Query 2083 ACCCTGTGGAACACCTCTTCTCTCATCAGCTTCATGCGGAGATGCACTCACCAAAGGAAA 2142
||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1862 ACCCTGTGGAACACCCCTTCTCTCATCAGCTTCACGTGGAGATGCACTCACCAAAGGAAA 1921
Query 2143 AATCCATTGCCTCGTCCAGAATATGCTTTCACCTTTTCGGAGGGAAGAATCTGTGGGCAA 2202
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1922 AATCCATTGCCTCATCCAGAATATGCTTTCACCTTTTCGGAGGGAAGAATCTGTGGGCAA 1981
Query 2203 AAAAGGAAATTCTGATTCTAGCATCCCCGAGAGAAGGTCAGCTCGATTTAATAATACTGA 2262
|| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1982 AAGAGGAAATTCTGATTCTAGTATCCCCGAGAGAAGGTCAGCTCGATTTAATAATTCTGA 2041
Query 2263 GGAAGAAGATAAAGTTGGTGGACTGAAAAAAGCCAAGAAAAGCAACTCCTCCGACTTGGG 2322
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2042 GGAAGAAGATAAAGTTGGTGGACTGAAAAAAGCCAAGAAAAGCAACTCCTCCGAATTGGG 2101
Query 2323 TGCTTCTAAATTATCCCTGCAACTCATTGATGAAGACAACAAAACGATTAATCTGCCAGA 2382
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2102 TGCTTCTAAATTATCCCTGCAACTCATTGATGAAAACAATAAAACGATTAATCTGCCAGA 2161
Query 2383 CAATGAAGCAGAAGCTATGAAATTACCGTCATCAGCTACTGTAACTATATATTTGGATTG 2442
| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 2162 CGATGAAGCAGAAGCTATTAAACTACCGTCATCAGCTACAGTAACTATTTATTTGGATTG 2221
Query 2443 GACACCAGAACTCTCTGGTATGTATGATATAACTTGCCTGGAGAGTTTGCCTGAAGTACT 2502
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2222 GACACCAGAACTCTCTGGTATGTATGATATAACTTGCCTGGAGAGTTTGCCTGAAGTTCT 2281
Query 2503 CAAATACGGACCTACTACCAAGAAGGCTCGTTCAGAACCTCTTTCTTTATATGCATGTTT 2562
||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2282 CAAATACGGACATGCTACCAAGAAGGCTCGTTCAGAACCTCTTTCTTTATATGCCTGTTT 2341
Query 2563 GGAAGCGTTTCTACGCGAAGAGCCTTTGGTACCTGACGAAATGTGGTTCTGTCCACAATG 2622
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2342 GGAAGCGTTTCTACGCGAAGAGCCTTTGGTGCCTGACGAAATGTGGTTCTGTCCACAGTG 2401
Query 2623 CAATGAAAGAAGGCAGGCAAGCAAAAAGCTTGATCTGTGGAGGCTTCCTGAGGTCTTAGT 2682
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2402 CAATGAAAGACGGCAGGCAAGCAAAAAGCTTGATCTGTGGAGGCTTCCTGAAGTCTTAGT 2461
Query 2683 CATACATCTAAAGAGATTCTCATACAGCAGGTCCATGAAGCATAAGTTGGAAACATTTGT 2742
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2462 CATACATCTAAAGAGATTCTCATACAGCAGATCCATGAAGCATAAATTGGAAACATTTGT 2521
Query 2743 TAACTTTCCCATTCATGACTTAGATCTAACAAAGTATGTAGCCAACAAAAACCTATCTCA 2802
||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2522 TAACTTTCCTGTCCATGACTTAGATCTAACAAAGTATGTAGCCAACAAAAACCTATCTCA 2581
Query 2803 ACCTCAACTATATGAGCTCTATGCCTTGACCAACCATTATGGTGGTATGGGCAGCGGACA 2862
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2582 ACCACAGCTATATGAGCTCTATGCCTTGACCAACCATTATGGTGGTATGGGCAGCGGACA 2641
Query 2863 CTACACTGCACATATCAAGCTTTTGGACGACAGTAGGTGGTATAACTTCGATGATAGCCA 2922
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2642 CTACACTGCACATATCAAGCTTTTGGACGACAATAGGTGGTATAACTTCGATGACAGTCA 2701
Query 2923 TATATCACACATAAACGAAGATGATGTGAAGTCAGGTGCTGCATATGTGCTCTTCTACAG 2982
||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2702 TATATCACATATAAACGAGGATGATGTGAAGTCTGGTGCTGCTTATGTGCTCTTCTACAG 2761
Query 2983 GAGGAAGTCTGATGCAGGCGGAAAAATGACATAAGTC 3019
|||||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||
Sbjct 2762 GAGGAAGTCTGATGCAGGAGGAGAAATGAAATA-GTC 2797
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 125361645462
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5