BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G41080.1
Length=1741
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg483178 jgi|Araly1|483178|fgenesh2_kg.4__2238__AT2G41080.1 2754 0.0
> Ahg483178 jgi|Araly1|483178|fgenesh2_kg.4__2238__AT2G41080.1
Length=1698
Score = 2754 bits (1491), Expect = 0.0
Identities = 1632/1701 (96%), Gaps = 6/1701 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 5 ATGAGCATGTACTCCAAGCTTGGAGATTTTCCTTCCGCTGTTGCAGTATATGGA-CGTAT 63
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||| || |||||
Sbjct 1 ATGAGCATGTACTCCAAGCTTGGAGATTTGCCTTCCGCTGTTGCATTGTAT-GAGCGTAT 59
Query 64 GCGTAAGAAGAATTAT-ATGTCATCTAACATACTCATCAATGGGTATGTTCGTGCAGGCG 122
|||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 60 GCGTAAGAAGAATT-TCATGTCATCGAACATACTCATCAATGGGTATGTGCGTGCAGGCG 118
Query 123 ATTTGGTAAATGCCCGGAAGGTGTTTGATGAAATGCCTGATAGAAAGCTCACAACTTGGA 182
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 ATTTGGTAAGTGCCCGGAAGGTGTTTGATGAAATGCCTGATAGAAAGCTCACAACTTGGA 178
Query 183 ATGCTATGATTGCTGGTTTGATCCAGTTTGAGTTTAACGAAGAGGGTTTGAGTTTGTTTA 242
||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 179 ATGCTATGATTGCCGGATTGATCCAGTTCGAGTATAACGAAGAGGGTTTGATTTTGTTTA 238
Query 243 GGGAAATGCACGGATTGGGGTTTTCGCCTGATGAATATACTCTTGGTAGTGTTTTTAGCG 302
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 239 GGGAAATGCACGGATTGGGATTTTCGCCTGACGAATACACGCTTGGTAGTGTTTTTAGCG 298
Query 303 GATCTGCTGGGTTGAGGTCAGTGTCTATAGGGCAGCAGATTCATGGCTACACGATCAAAT 362
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 299 GATCTGCTGGGTTGAGGTCAGTGTCTATAGGGCAGCAGATTCATGGCTACGCGATCAAAT 358
Query 363 ATGGGCTTGAGTTGGATTTAGTTGTTAATAGTTCGTTGGCTCATATGTATATGAGAAATG 422
| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 ACGGGCTTGAGTTGGATTTAGTAGTTAACAGTTCGTTGGCTCATATGTATATGAGAAATG 418
Query 423 GGAAATTGCAAGATGGCGAGATTGTTATAAGATCAATGCCGGTTCGTAATTTGGTTGCAT 482
||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 419 GGAAATTGCAAGATGGCGAGATTGTCATTAGATCAATGCCTGTTCGTAATTTGGTTGCAT 478
Query 483 GGAATACACTCATCATGGGGAACGCGCAAAACGGATGTCCTGAAACCGTGCTTTATCTGT 542
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 479 GGAATACACTCATCATGGGGAACGCGCAAAACGGATGTCCTGAAACCGTGATTTATCTGT 538
Query 543 ATAAGATGATGAAAATCTCAGGTTGTAGGCCGAACAAGATCACATTTGTAACTGTGCTCA 602
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 539 ATAAGATGATGAAAATCTCAGGTTGTAGGCCTAACAAGATCACTTTTGTAACTGTGCTCA 598
Query 603 GTTCTTGTTCTGACTTAGCGATAAGAGGTCAAGGTCAGCAGATTCATGCGGAAGCTATTA 662
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 599 GTTCTTGTTCTGACTTAGCGATAAGAGGGCAAGGTCAGCAGATTCATGCCGAAGCTATTA 658
Query 663 AAATTGGGGCTAGCTCTGTCGTAGCTGTAGTTAGTTCATTGATCAGTATGTATTCAAAAT 722
| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 659 AGATTGGGGCTAGCTCTGTAGTAGCTGTGGTTAGTTCATTAATCAGTATGTATTCAAAAT 718
Query 723 GTGGGTGTCTTGGAGATGCAGCTAAAGCTTTCTCGGAACGTGAAGATGAAGATGAAGTGA 782
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 GTGGGTGTCTTGGAGATGCAGCTAAAGCTTTCTCAGAACGTGAAGATGAAGATGAAGTGA 778
Query 783 TGTGGAGCTCAATGATTTCTGCTTATGGGTTTCATGGACAAGGCGATGAGGCAATCGAGC 842
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 779 TGTGGAGCTCAATGATTTCTGCTTATGGGTTTCATGGACAAGGCGATGAGGCAATCAAGC 838
Query 843 TGTTTAATACTATGGCAGAGCAGA-CGAACATGGAGATAAACGAGGTCGCGTTTCTGAAT 901
| |||||| ||||||||||||| | |||| |||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 839 TATTTAATTCTATGGCAGAGCAAACCGAA-ATGGAGGTAAACGAGGTTGCGTTTCTGAAT 897
Query 902 TTACTTTATGCGTGTAGTCATTCTGGCTTAAAAGACAAAGGGCTTGAGTTGTTTGACATG 961
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 898 TTGCTTTATGCGTGTAGCCATTCTGGCTTAAAAGACAAAGGACTTGAGTTGTTTGACATG 957
Query 962 ATGGTGGAAAAATACGGGTTCAAGCCAGGTTTAAAGCACTACACTTGTGTGGTGGATTTG 1021
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 958 ATGGTGGAAAAATACGGGTTCAAGCCAGGTTTAAAGCACTACACTTGTGTGGTGGACTTG 1017
Query 1022 CTCGGTCGAGCAGGCTGTTTGGATCAAGCCGAGGCAATAATAAGGTCTATGCCAATAAAA 1081
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 CTCGGTCGAGCAGGCTGTTTGGATCAAGCCGAGGCAATAATAAGGTCTATGCCAATAAAA 1077
Query 1082 ACAGACATTGTTATATGGAAAACATTGTTATCTGCGTGTAACATACACAAAAACGCAGAA 1141
||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 CCAGACCCTGTTATATGGAAAACATTATTATCTGCATGTAACATACACAAAAACGCAGAA 1137
Query 1142 ATGGCACAGAGAGTCTTTAAAGAGATTCTTCAGATTGACCCTAATGACTCTGCTTGTTAC 1201
|||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 ATGGCACAGAAAGTCTTTAAAGAAATTCTTGAGATTGACCCTAATGACTCTGCTTGTTAC 1197
Query 1202 GTCCTGCTTGCAAATGTTCACGCCTCAGCTAAGAGATGGCGCGATGTATCAGAGGTGAGA 1261
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1198 GTCCTGCTAGCAAATGTTCACGCCTCAGCTAAGAGATGGCGTGATGTATCAGAGGTGAGA 1257
Query 1262 AAATCGATGAGAGATAAGAATGTGAAGAAAGAAGCGGGAATCAGCTGGTTTGAACACAAA 1321
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 AAATCGATGAGAGATAAGAATATGAAGAAAGAAGCGGGAATCAGCTGGTTTGAACACAAA 1317
Query 1322 GGTGAAGTTCATCAGTTTAAGATGGGAGATCGCTCTCAGTCTAAATCTAAAGAGATCTAT 1381
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 GGTGAAGTGCATCAGTTTAAGATGGGAGATCGCTCTCAGTCTAAATCTAAAGAGATCTAT 1377
Query 1382 TCATACCTGAAAGAACTGACTCTGGAGATGAAGCTGAAGGGATACAAGCCTGATACAGCG 1441
|||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 TCATACCTCAAAGAACTGACCCTGGAGATGAAGGTGAAGGGATACAAGCCTGATACAGCA 1437
Query 1442 TCAGTATTGCATGATATGGATGAGGAGGAGAAAGAATCAGACTTGGTGCAGCACAGCGAG 1501
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 TCAGTGTTGCATGATATGGATGAGGAGGAGAAAGAATCAGACTTGGTGCAGCACAGCGAG 1497
Query 1502 AAACTAGCGGTTGCATTTGCGCTCATGATATTACCTGAAGGTGCACCGATTAGAATAATC 1561
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1498 AAACTAGCGGTTGCATTTGCGCTCATGATATTACCTGAAGGTGCACCGATAAGAATAATC 1557
Query 1562 AAGAACTTGCGGGTTTGCAGTGATTGCCATGTTGCTTTCAAATATATATCGGTGATCAAG 1621
||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 AAGAATTTACGTGTTTGCAGTGATTGCCATGTTGCTTTCAAATATATATCGGTGATCAAG 1617
Query 1622 AACCGAGAGATCACGTTAAGAGATGGTAGTAGATTCCATCATTTCATTAACGGAAAGTGT 1681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 AACCGAGAGATCACGTTAAGAGATGGTAGTAGATTCCATCATTTCATTAACGGAAAGTGT 1677
Query 1682 TCTTGCGGCGATTATTGGTAG 1702
|||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 TCTTGCGGCGATTATTGGTAG 1698
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 65324770175
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5