BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G41220.1
Length=5523
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg483191 jgi|Araly1|483191|fgenesh2_kg.4__2251__AT2G41220.1 8929 0.0
> Ahg483191 jgi|Araly1|483191|fgenesh2_kg.4__2251__AT2G41220.1
Length=5416
Score = 8929 bits (4835), Expect = 0.0
Identities = 5242/5436 (96%), Gaps = 38/5436 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 27 AGAGTCCTGCGTAGTCGTGCTCACTGATCACTCTTAGCTCGTGCCGTGATCTGAGACTGA 86
||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1 AGAGTCCCGCGTAGTCGTGCTCACTGGTCACTCTTAGCTCGTGCCGTGA--T----CTGA 54
Query 87 GAAAACATCACCGGTTGGGTTTTCTCTACGATTCCGGTGCACCGTACACTTCACCGCAGT 146
| |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | |
Sbjct 55 G-AAACGTCACCGGTTGGATTTTCTCTGCGATTCCGGTGCACCGTACACGTCA---C--T 108
Query 147 GGATAAATCTCTGCTTCCATTTTGACTTTTTGAAAATAAAACTACAACAGTCGC----AG 202
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||
Sbjct 109 --ATAAATCTCTGCTTCCATTTTGACTTTTTGAAAAT-AAACCACAACAGTCGCAGAGAG 165
Query 203 AGAGATTAAACTTCGAAATCCGATCGATCGCTTTCTCTCTCGGCGTTTCTTCTCAGGAGC 262
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 166 AGAGAGTAAACTTCGAAATCCGATCGATCGCTTTCTCTCTCGGCGATTCTTCTCAGGAGC 225
Query 263 TTCATTCCATGGCTCTACAGTCTCCCGGAGCTACCGGAGCTTCATCTTCCGTTTCCCGGC 322
||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 226 TTCATTCCATGGCGCTACAGTCTCCCGGCGCCGCCGGAGCTTCATCTTCCGTTTCCCGGC 285
Query 323 TTCTCTCTTCCGCGAAATTAAGCTCTACTAAGACTATCTTCTCTGTTGACTTCGTCAGAT 382
|||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 286 TTCTAACCTCCGCGAAATTAAGCTCTACTAAGACTATCTTCTCTGTTGACTTCGTCGGAT 345
Query 383 CCTACTGTATTTCTAAAGGAACCAAACGGCGTAACGAACTCTCCGGCTTTCGCGGCTACA 442
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 346 CCTACTGTATTTCTAAAGGAACTAAACGGCGTAACGAACTCTCCGGGTTTCGCGGCTACA 405
Query 443 GTCCACTGCTCAAGTCCTCGCTGAGGTCTCCGTTTTCGGTGAAAGCGATCCTTAATTCTG 502
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 406 GTCCACTGCTCAAGTCCTCGCTGAGGTCTCCGTTTTCGGCCAAAGCGATCCTGAATTCTG 465
Query 503 ACCGAGCCGCTGGTGATGCATCGTCTTCCTTTTCTGATCTGAAACCTCAGGTGGCTTATT 562
|||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 466 ACCGGGCCGCTGGTGATGCATCGGCTTCCTTTTCTGATCTGAAACCTCAGGTGGCCTACT 525
Query 563 TGGAAGATATAATATCGGAAAGGGGAGCATGTGGTGTTGGGTTTATTGCAAACTTGGAGA 622
||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 526 TGGAAGATATAATTTCAGAAAGGGGAGCATGTGGTGTTGGGTTTATCGCGAACTTGGAGA 585
Query 623 ATAAGGCTACACATAAGATTGTAAATGATGCTCTTATAGCACTTGGTTGTATGGAACACA 682
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 586 ATAAGGCTACACATAAGATTGTAAATGATGCTCTGATAGCACTTGGTTGTATGGAACACA 645
Query 683 GGGGAGGTTGTGGTTCTGATAATACTTCTGGTGATGGTTCTGGTTTGATGACTTCCATTC 742
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 646 GGGGAGGTTGTGGTTCTGATAATACTTCTGGTGATGGTTCTGGTTTGATGACTTCCATTC 705
Query 743 CTTGGGATCTATTTAACGAATGGGCTGAGAAGCAAGGAATCGCTTCTTTTGATAGGACGC 802
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 706 CTTGGGATCTATTTAACGAATGGGCTGAGAAGCAAGGAATGGCTTCTTTTGATAAGACGC 765
Query 803 ATACGGGTGTTGGAATGCTGTTCCTACCGAGAGATGACAACATTA-GGAAAGAAGCCAAG 861
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||
Sbjct 766 ATACGGGTGTTGGAATGCTCTTCCTACCGAGAGATGACAACATTAGGGCAA-AAGCCAAG 824
Query 862 AAAGTGATTACAAGTATTTTTGAGAAAGAGGGCCTGGAGGTGCTTGGATGGAGAGATGTT 921
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 825 AAAGTGATTACAAGTATTTTTGAGAAAGAGGGCCTGGAGGTGCTTGGATGGAGAGATGTT 884
Query 922 CCTGTGGAAGCGTCCATTGTTGGCCATAATGCAAAACAGACGATGCCAAACACGGAACAG 981
||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 885 CCTGTAGAAGCGTCCATTGTCGGTCATAATGCAAAACAGACAATGCCAAACACGGAACAG 944
Query 982 GTCTTTGTTAGAATTGTCAAAGACGATAAAGTAGACGACGTTGAACGAGAACTTTACATT 1041
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 945 GTCTTTGTTAGAATTGTCAAAGACGATAAAGTAGACGACGTTGAACGAGAACTTTACATT 1004
Query 1042 TGCAGGAAGCTGATCGAAAGAGCAGTTGCTTCTGAAAGTTGGGCCTCTGAGCTCTACTTT 1101
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1005 TGCAGGAAGCTGATCGAAAGAGCAGTTGCTTCTGAAAGTTGGGCTTCTGAGCTCTACTTT 1064
Query 1102 AGCTCCTTGTCCAATCAGACCATTGTTTACAAGGGAATGCTTCGTTCTGAAGTTCTTGGG 1161
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1065 AGCTCCTTATCCAATCAGACCATTGTTTACAAGGGAATGCTTCGTTCTGAAGTTCTTGGG 1124
Query 1162 TTATTTTACCCCGACCTTCAAAATGATCTTTATAAATCTCCTTTCGCCATCTATCATCGA 1221
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 1125 TTATTTTACCCCGACCTTCAAAATGATCTTTATAAATCTGCTTTTGCCATCTATCATCGA 1184
Query 1222 AGATTTAGCACAAATACTAGTCCCAGATGGCATCTTGCTCAGCCCATGAGGTTTCTTGGG 1281
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1185 AGATTTAGCACAAATACTAGTCCCAGATGGCATCTTGCTCAACCCATGAGGTTTCTTGGA 1244
Query 1282 CACAATGGGGAGATCAATACCATACAGGGGAACCTAAACTGGATGACGTCTCGAGAAGCA 1341
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1245 CACAATGGGGAGATCAATACCATACAGGGGAACCTAAACTGGATGACTTCACGAGAAGCA 1304
Query 1342 TCTCTAAGATCACCTGTCTGGCATGGACGTGAAAATGACATTCGTCCAATTAGCAATCCA 1401
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1305 TCTCTAAGATCACCTGTCTGGCATGGACGTGAAAATGATATTCGTCCAATTAGCAATCCA 1364
Query 1402 AAGGCTTCAGACTCTGCTAACCTTGACAGTGCGGCGGAGCTATTGATAAGAAGTGGCCGG 1461
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1365 AAGGCTTCAGACTCTGCTAACCTTGACAGTGCAGCGGAGCTATTGATAAGAAGTGGCCGG 1424
Query 1462 ACTCCAGAGGAATCTCTTATGATTCTTGTCCCAGAGGCGTATAAAAATCACCCGACTTTA 1521
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1425 ACTCCAGAGGAATCTCTTATGATTCTTGTCCCAGAGGCGTATAAAAATCACCCGACTTTA 1484
Query 1522 ATGATTAAATACCCTGAGGCTGTAGACTTCTATGACTATTACAAGGGGCAGATGGAGCCC 1581
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1485 ATGATTAAATACCCTGAGGCTGTGGACTTCTATGATTATTACAAGGGCCAGATGGAGCCC 1544
Query 1582 TGGGATGGACCTGCTTTGGTATTGTTCAGTGATGGAAAGACTGTTGGAGCTTGCCTTGAC 1641
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1545 TGGGATGGACCTGCTTTAATATTGTTCAGTGATGGAAAGACTGTTGGAGCTTGCCTTGAC 1604
Query 1642 CGCAATGGACTTCGACCAGCTAGATATTGGCGGACAAGTGATAATGTTGTCTATGTAGCC 1701
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1605 CGCAATGGACTTCGACCTGCTAGATATTGGCGGACAAGTGATAATGTTGTCTATGTAGCC 1664
Query 1702 TCTGAGGTCGGAGTTCTTCCAATGGATGAATCGAAAGTCACCATGAAGGGTCGTCTAGGA 1761
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1665 TCTGAGGTCGGAGTTCTTCCAATGGATGAATCGAAAGTCACCATGAAGGGTCGTCTAGGA 1724
Query 1762 CCTGGTATGATGATATCTGTTGACTTAGAGAATGGACAGGTATATGAGAACACAGAAGTG 1821
||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1725 CCTGGCATGATGATATCTGTTGACTTAGAGAGTGGACAGGTATATGAGAACACAGAAGTA 1784
Query 1822 AAGAAG-CGGGTTGCATCATATAACCCATATGGAAAGTGGGTTAGTGAAAACCTGCGAAA 1880
||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1785 AAG-AGACGGGTTGCATCATATAACCCATATGGAAAGTGGGTCAGTGAAAACCTGCGAAA 1843
Query 1881 CCTGAAGCCTTCTAATTATCTCTCGTCAGCGATCCTGGAGACTGATGAGACCTTAAGACG 1940
||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1844 CCTGAAGCCTTCTAATTTTCTCTCGTCAGCAATCATGGAGACTGATGAGACCTTAAGACG 1903
Query 1941 CCAACAGGCGTTTGGCTACTCGAGTGAAGATGTTCAAATGGTAATTGAGTCGATGGCTGC 2000
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1904 CCAACAGGCGTTTGGCTACTCAAGTGAAGATGTTCAAATGGTAATTGAGTCGATGGCTGC 1963
Query 2001 ACAAGGAAAAGAACCAACGTTTTGCATGGGGGATGATACTCCAGTGGCAGTATTGTCTCA 2060
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1964 ACAAGGAAAAGAACCGACGTTTTGCATGGGGGATGATACTCCAGTGGCAGTATTGTCTCA 2023
Query 2061 AAAGCCACATATGCTTTATGATTATTTCAAGCAGCGGTTTGCTCAGGTTACAAATCCAGC 2120
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2024 AAAGCCGCATATGCTTTATGATTATTTCAAGCAGCGGTTTGCTCAGGTTACAAATCCAGC 2083
Query 2121 TATTGACCCTCTCCGGGAAGGATTAGTCATGTCCCTTGAAGTTAATATTGGAAAGCGTGG 2180
|||||| ||||| || |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2084 TATTGATCCTCTTCGAGAAGGATTGGTTATGTCGCTTGAAGTTAATATTGGAAAGCGTGG 2143
Query 2181 AAATATATTGGAGGTTGGGCCTCAGAATGTTTCACAGGTTGTTTTGTCTGGTCCTGTGCT 2240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2144 AAATATATTGGAGGTTGGGCCTCAGAATGTTTCACAGGTTGTTTTGTCTGGTCCTGTACT 2203
Query 2241 AAATGAACGGGAGCTTGAGGGTTTGCTTGGTGATCCACTGTTAAAATCTCAAATCTTGCC 2300
||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||| ||
Sbjct 2204 AAATGAACGTGAGCTCGAGGGTTTGCTCAGTGATCCACAGTTAAAATCTCAAGTCTTACC 2263
Query 2301 CACATTTTTTGACATTCGTAGAGGAATTGAAGGATCTTTGAAGAAGGGTCTTCTAAAACT 2360
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2264 CACATTTTTTGACATTCATAGAGGAATTGAAGGATCTTTGAAGAAGGGTCTTCTAAAACT 2323
Query 2361 TTGTGAAGCTGCAGATGAAGCTGTTCGTAATGGTTCCCAAGTACTTGTTCTCTCAGACAG 2420
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2324 CTGTGAAGCTGCAGATGAAGCTGTTCGTAGTGGTTCCCAAGTACTTGTTCTCTCAGACAG 2383
Query 2421 ATCTGATAATCCGGAACCAACTCGACCTGCAATTCCAATGTTGTTGGCTGTGGGTGCTGT 2480
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2384 ATCTGATAATCCGGAACCAACTCGACCAGCAATTCCAATGTTGTTGGCTGTGGGTGCTGT 2443
Query 2481 TCACCAACATCTGATCCAGAACGGTCTTCGGATGTCAGCTTCGATAATTGCAGATACAGC 2540
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2444 TCACCAACATCTGATCCAGAATGGTCTTCGGATGTCAGCTTCGATAATTGCAGATACAGC 2503
Query 2541 TCAGTGCTTTAGTACACATCACTTTGCCTGTTTGATTGGATATGGAGCAAGTGCTATATG 2600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2504 TCAGTGCTTTAGTACACATCACTTTGCCTGTTTGATTGGATATGGAGCAAGTGCTATATG 2563
Query 2601 CCCGCACCTAGCACTGGAGACGTGTAGACAGTGGCGTCTGAGCAACAAGACCGTGAACAT 2660
||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2564 CCCACACCTAGCATTGGAGACATGTAGACAGTGGCGTCTGAGCAACAAGACTGTGAACAT 2623
Query 2661 GATGAGAAACGGAAAAATGCCTACTGTAACTATGGAACAGGCTCAGAAGAATTACCGCAA 2720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2624 GATGAGAAACGGAAAAATGCCTACTGTAACTATGGAACAGGCTCAGAAGAATTACCGCAA 2683
Query 2721 GGCTGTTAACACTGGTCTTCTTAAGGTTCTCTCTAAGATGGGCATCTCGTTATTCTCTAG 2780
||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2684 GGCTGTTAACACTGGTCTTCTAAAGGTTCTCTCGAAGATGGGCATCTCATTATTCTCTAG 2743
Query 2781 TTATTGTGGAGCACAAATATTTGAAATTTATGGATTGGGAAATGAGGTTGTGGAATTTTC 2840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2744 TTATTGTGGAGCACAAATATTTGAAATTTATGGATTGGGAAATGAGGTTGTTGAATTTTC 2803
Query 2841 GTTCCGTGGTAGTGCATCTCAAATTGGTGGATTAACTTTAGATGAGCTGGCTAGGGAGAC 2900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 2804 GTTCCGTGGTAGTGCATCTCAAATTGGTGGATTAACTTTGGATGAGCTGGCTAGAGAGAC 2863
Query 2901 GTTAACTTTCTGGGTGAGGGCATTTTCTGAGGATACAGCCAAACGGCTAGAGAACTTCGG 2960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2864 ATTAACTTTCTGGGTGAGGGCATTTTCTGAGGATACAGCCAAGCGGCTAGAGAACTTCGG 2923
Query 2961 TTTCATTCAGTTTAGGCCTGGAGGTGAATATCATGGAAACAACCCAGAAATGTCTAAATT 3020
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2924 TTTCATTCAGTTTAGGCCTGGAGGCGAATATCATGGGAACAACCCAGAAATGTCTAAATT 2983
Query 3021 ACTTCATAAAGCCGTCCGCGAAAAGAGTGAGACAGCCTATGCAGTCTATCAGCAGCATTT 3080
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2984 ACTTCATAAAGCTGTCCGCGAAAAGAGTGAGACAGCCTATGCAGTCTATCAGCAGCATTT 3043
Query 3081 AGCCAACCGTCCTATTACGGTTTTCCGCGATCTTCTTGAGTTCAAAAGTGACCGTAACCC 3140
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3044 GGCCAACCGTCCTATTACGGTTTTCCGCGATCTTCTTGAGTTCAAAAGTGACCGTAACCC 3103
Query 3141 TATCCCTGTTGGGAAGGTTGAGCCTGCTTCCTCTATCGTGGAACGGTTTTGTACAGGTGG 3200
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3104 TATCCCTGTTGGGAAGGTTGAGCCTGCGTCCTCTATTGTGGAACGGTTTTGTACAGGTGG 3163
Query 3201 AATGTCTCTTGGAGCAATCTCAAGAGAAACTCATGAGACAATTGCTATTGCAATGAACAG 3260
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3164 AATGTCTCTTGGAGCAATCTCACGAGAAACTCATGAGACAATTGCTATTGCAATGAACAG 3223
Query 3261 ATTAGGAGGAAAATCCAACTCAGGGGAAGGAGGCGAGGATCCGATCCGCTGGAAGCCGCT 3320
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3224 ATTAAGAGGAAAATCCAATTCAGGGGAAGGAGGCGAGGATCCGATCCGCTGGAAGCCGCT 3283
Query 3321 AACAGATGTTGTTGATGGGTATTCTTCAACTCTGCCACATCTTAAAGGTCTTCGAAATGG 3380
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3284 AACAGATGTTGTTGATGGGTATTCTTCAACGCTGCCACATCTTAAAGGTCTTCGAAATGG 3343
Query 3381 GGATACGGCTACAAGTGCTATTAAGCAGGTTGCCTCAGGGCGTTTTGGTGTCACTCCGAC 3440
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3344 GGATACGGCTACAAGTGCTATCAAGCAGGTTGCTTCAGGGCGTTTTGGTGTCACTCCGAC 3403
Query 3441 GTTTTTGGTTAATGCGGACCAGTTGGAAATTAAAGTTGCTCAAGGGGCGAAGCCAGGTGA 3500
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3404 GTTTTTGGTTAATGCGGACCAGTTGGAAATCAAAGTTGCTCAAGGGGCGAAGCCAGGTGA 3463
Query 3501 AGGTGGCCAACTTCCTGGGAAAAAAGTCAGCGCATATATTGCTAGACTTAGAAATTCTAA 3560
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3464 AGGTGGCCAACTTCCTGGGAAAAAAGTTAGCGCATATATTGCTAGACTTCGAAATTCTAA 3523
Query 3561 ACCAGGAGTTCCGCTTATTTCTCCACCTCCACATCATGATATTTATTCCATAGAGGATCT 3620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3524 ACCAGGAGTTCCGCTTATTTCTCCACCTCCACATCATGATATTTATTCCATAGAGGATCT 3583
Query 3621 GGCACAGTTGATCTTTGATCTCCATCAGGTCAACCCCAAGGCAAAAGTGTCAGTCAAGCT 3680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3584 GGCACAGTTGATCTTTGATCTCCATCAGGTCAACCCCAAGGCAAAAGTGTCAGTCAAGCT 3643
Query 3681 TGTATCAGAAACTGGAATAGGAACAGTTGCCTCCGGAGTAGCGAAGGCTAATGCCGATAT 3740
|||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3644 TGTATCAGAAGCTGGAATAGGAACAGTTGCCTCGGGAGTAGCGAAGGCTAATGCCGATAT 3703
Query 3741 CATACAGATATCAGGATATGATGGTGGAACTGGAGCCAGCCCTATAAGTTCCATTAAGCA 3800
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3704 CATACAGATATCAGGATATGATGGTGGAACTGGAGCCAGCCCTATAAGTTCCATAAAGCA 3763
Query 3801 TGCTGGTGGCCCGTGGGAGCTGGGACTAGCTGAAACCCAGAAGACTCTCATTGGAAATGG 3860
|||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3764 TGCTGGTGGCCCGTGGGAACTGGGATTAGCTGAAACCCAGAAGACTCTCATTGGAAATGG 3823
Query 3861 ACTAAGGGAAAGAGTTATTATCAGGGTTGATGGCGGATTCAAAAGTGGTGTGGATGTGTT 3920
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3824 ACTGAGGGAAAGAGTTATTATCAGGGTTGATGGCGGATTCAAAAGTGGTGTTGATGTGTT 3883
Query 3921 GATAGCTGCAGCTATGGGCGCTGATGAGTATGGTTTTGGTACTCTGGCAATGATTGCCAC 3980
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3884 GATAGCTGCAGCTATGGGCGCTGATGAGTATGGGTTTGGTACTCTGGCAATGATTGCCAC 3943
Query 3981 AGGATGTATCATGGCTCGCATTTGCCACACTAATAACTGCCCCGTTGGTGTTGCCAGTCA 4040
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3944 AGGATGTATCATGGCTCGCATTTGCCACACTAATAACTGCCCTGTTGGTGTTGCCAGTCA 4003
Query 4041 GAGAGAGGAACTGCGTGCACGTTTCCCCGGTCTTCCTGGTGATCTTGTCAACTTCTTCTT 4100
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 4004 GAGAGAGGAACTGCGTGCACGATTCCCTGGTCTTCCTGGTGATCTTGTCAATTTCTTCTT 4063
Query 4101 GTATATTGCAGAGGAGGTGAGGGGCATATTAGCTCAGCTGGGATATGAAAAGTTGGATGA 4160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4064 GTATATTGCAGAGGAGGTGAGGGGCATATTAGCTCAGTTGGGATATGAAAAGTTGGATGA 4123
Query 4161 TATAATTGGGCGGACAGATTTGCTAAAGGCTAGGGATATCTCGCTCGTGAAAACTCATCT 4220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4124 TATAATTGGGCGGACAGATTTGCTAAAGGCTAGGGATATCTCGCTCGTGAAAACTCATCT 4183
Query 4221 CGACCTCAGTTATCTCTTATCTTCTGTTGGGCTACCAAAACGAAGCAGTACTTCCATTAG 4280
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4184 TGACCTCAGTTATCTCTTATCTTCTGTTGGGCTACCAAAACGAAGCAGTACTTCCATTAG 4243
Query 4281 GAAGCAGGAGGTTCATTCAAATGGTCCTGTTCTTGATGATACTCTACTTCAGGATCCAGA 4340
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4244 GAAGCAGGAGGTTCACTCAAATGGTCCTGTTCTTGATGATACTCTACTTCAGGATCCAGA 4303
Query 4341 GATAATGGATGCAATTGAGAATGAAAAGACGGTTCACAAAACCATGAGTATATACAATGT 4400
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4304 GATAATGGATGCAATTGAGAATGAAAAAACGGTTCACCAAACCATGAGTATATACAATGT 4363
Query 4401 AGATCGTTCTGTTTGCGGTCGGATTGCTGGGGTGATTGCGAAGAAATACGGAGACACTGG 4460
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4364 AGATCGTTCTGTTTGCGGTCGGATTGCTGGGGTTATTGCGAAGAAATACGGAGACACTGG 4423
Query 4461 TTTTGCTGGACAACTGAACCTAACGTTCACTGGAAGTGCTGGCCAATCTTTTGCATGTTT 4520
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4424 TTTTGCTGGACAACTGAACCTAACGTTCACCGGAAGTGCTGGCCAATCTTTTGCATGTTT 4483
Query 4521 CCTAACTCCTGGAATGAATATACGTCTTGTGGGTGAAGCCAACGACTATGTGGGAAAGGG 4580
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4484 CCTAACTCCTGGAATGAATATACGTCTTGTGGGTGAAGCCAACGACTATGTGGGAAAGGG 4543
Query 4581 AATGGCGGGAGGTGAAGTTGTGATATTACCAGTGGAATCGACTGGTTTTCGTCCCGAAGA 4640
|||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4544 AATGGCCGGAGGTGAAGTTGTGATATTGCCAGTGGAATCGACTGGTTTTCGTCCTGAAGA 4603
Query 4641 CGCAACTATTGTAGGAAACACTTGTCTGTATGGTGCAACTGGTGGTTTATTATTTGTCAG 4700
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4604 CGCAACTATTGTAGGAAACACTTGTCTGTATGGTGCAACTGGTGGTTTATTATTTGTCAG 4663
Query 4701 AGGCAAAGCAGGGGAGAGATTTGCGGTTAGAAACTCTCTAGCTCAAGCTGTTGTTGAAGG 4760
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4664 AGGCAAAGCAGGAGAGAGATTTGCTGTTAGAAACTCTCTAGCTCAAGCTGTTGTTGAAGG 4723
Query 4761 CACTGGAGATCATTGCTGTGAATATATGACTGGTGGTTGTGTCGTTATACTTGGGAAAGT 4820
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4724 CACTGGAGATCATTGCTGTGAATATATGACTGGTGGTTGTGTCGTTGTACTTGGGAAAGT 4783
Query 4821 TGGTAGAAATGTAGCCGCTGGGATGACAGGTGGATTGGCATATATCCTTGACGAAGACAA 4880
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4784 TGGTAGAAATGTAGCCGCTGGGATGACAGGTGGATTGGCATATATCCTTGACGAAGACAA 4843
Query 4881 CACTCTCCTCCCTAAGATGAACAAAGAGATAGTGAAGATCCAAAGAGTGACTTCACCAGT 4940
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4844 CACTCTCCTCCCTAAGATGAACAAAGAGATAGTGAAGATCCAAAGAGTGACTTCACCAGT 4903
Query 4941 GGGACAAACACAGCTTAAAAGCCTGATCCAGGCTCATGTGGAGAAAACGGGAAGCAGCAA 5000
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4904 GGGACAAACACAGCTTAAGAGCCTGATCCAAGCTCATGTGGAGAAAACGGGAAGCAGCAA 4963
Query 5001 AGGGGCAATGATTGTGGAAGAGTGGGATAAGTATCTAGCAATGTTCTGGCAACTTGTACC 5060
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4964 AGGAGCAATGATTGTGGAAGAATGGGATAAGTATCTAGCAATGTTCTGGCAACTTGTACC 5023
Query 5061 TCCGAGTGAAGAAGACACACCTGAGGCTAACTCAGACCACATCCTGAAAACAACCACAGG 5120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 5024 GCCGAGTGAAGAAGACACACCTGAGGCTAACTCAGACCACATCCTGAAAACAACCACCGG 5083
Query 5121 AGATGAAGAACAGGTTTCAAGCACATTAGCAGAGAAGTAAAACCTACACATTTGATCGTG 5180
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 5084 AGATGAAGAACAGGTCTCAAGCACATTAGCAGAGAAGTAAACCCTACACATTTGATCGTG 5143
Query 5181 GTTTCCTC-TTTGTACAGTCAAAGTCGTGGTGGAGGAGATAAGTAAGTCTCTCAGTTGCT 5239
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 5144 GTTTCCTCCTTTGTACAGTCAAAGTCGTGGTGGAGAAGATAAGTAAGTCTCTCAGTTTCT 5203
Query 5240 GAGAACATAACAATTTACAAGTTCACCACTTGATTTTGATGTGGTTTT---------AAT 5290
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 5204 GAGAACATAACAATTTACAAGTTCTCCACTTGATTTTGATGTGGTTTTGTTTTTCCTAAT 5263
Query 5291 TCGTTCTGGACTCGCTTATCTTTTGGTTTACTTCGTCCCAGTCACGTTAGTAATAAAACG 5350
||| |||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 5264 TCGGTCTGGATTCGGTTATCTGTTGGTTTACTTCGTCCCAGTC--GTTAGTAATAAAACG 5321
Query 5351 AAATCCAGCATGCTTGTACTTTGTATGGAAA-CATCATTAGTCTTCCGATTCCCGATTAT 5409
|| |||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 5322 AAGTCCAGCATATTTGTACTTTGTATGGAAAACAT-ATTAGTCTTCCGATACCCGATTAT 5380
Query 5410 TAAGAAA-GGGTTTTCGATTTTTATCCATTGttttt 5444
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 5381 TAAGAAAAGGGTTTTCGATTTTTATCCACTGTTTTT 5416
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 209164421208
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5