BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G41260.2 Length=1080 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg934948 jgi|Araly1|934948|scaffold_402936.1 1110 0.0 Ahg345920 jgi|Araly1|345920|fgenesh1_pg.C_scaffold_4002262 375 3e-103 > Ahg934948 jgi|Araly1|934948|scaffold_402936.1 Length=863 Score = 1110 bits (601), Expect = 0.0 Identities = 803/894 (90%), Gaps = 39/894 (4%) Strand=Plus/Plus Query 8 TGTTTTGTGTAACTAAAACAAAATATGGGAAACCTCAAGTCTCTCGTTCTCTTGGCTTTG 67 ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1 TGTTTTGTGTAACGAAAACAAAATATGAGAAACCTCAAGTCCCTCGTTCTCTTGGCTTTG 60 Query 68 CTCTTTTCTTTCTCCGTCGCTGTTTTCGCGAACACATCCAACGATGCCACAC------AC 121 ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 61 CTCTTTTCTTTCTCCCTCGCTGTTTTTGCGAACACATCCAACGATGCCACACATGTTAAA 120 Query 122 GATGAAGTGAAGCCAAGTACTGAAGCAACCCATGCCATAGAGGCGCAAAAACATGACGGT 181 |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||| ||| ||| Sbjct 121 GATGAAGTGAAGCCAAGTACTGAAGCAACCGATGCTATAGAGCCGCAAAAACGTGAAGGT 180 Query 182 AAACCCCAGATCGCGGAAGCCCAAGTTGAGGCCAATGACCCTGTTGTAGAGCCCCAGCAA 241 ||||||||||||| || |||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 181 AAACCCCAGATCGAGGGAGCCGAAGTCGAGGCCAATGACGCTGTTGTAGAGCCCCAGCAA 240 Query 242 GACtggggtggccgtggtggttgtaggtggggatgttgcggtgggtggtggcgtggacgg 301 | ||||||| | ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 241 GGCTGGGGT-G--GTGGTGGTTGTAGTTACGGATGTTGCGGTGGGTGGTGGTATGGACGG 297 Query 302 tgCAGATACTGTTGCAGGAGTCAAGCCGAGGCCAGCGAGGTTGTGGAAACTGTTGAGCCC 361 |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||| Sbjct 298 TGCAGATACTGTTGCAGGAGTCCAGCCGAGGCCAACGAAGTTGTGAAAACTGTTGAGCCC 357 Query 362 AACGATGTTGAGCCTCAGCAGggtggccgtggtggtggcggtggtggtggcggaggccgt 421 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| Sbjct 358 AACGATGTTGAGCCTCAGCAGGGTGGCC------GTGGCGGTGATGGCGGCGGTGGCCGT 411 Query 422 ggtggttgtaggtggggatgttgcggtgggtggtggcgtggacggtgCAGATACTGTTGC 481 ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 412 GGTGGTTGTAGGTACGGATGTTGCGGTGGCTGGTGGCGTGGGCGGTGCAGATACTGTTGC 471 Query 482 AGGAGTCAAGCCGAGGCCAGCGAGGTTGTGGAAACTGTTGAGCCCAACGATGTTGAGCCT 541 |||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 472 AGGACTCAAGCCGAGGCCAGCGAAGTTGTTGAAACTGTTGAGCCCAACGATGTAGAGCCT 531 Query 542 CAGCAGggtggccgtggtggtggcggtggtggtggcgga-ggccgtggtggttgtaggtg 600 ||||||||||||| |||||||| ||||| ||| || ||||||||||||||||||| Sbjct 532 CAGCAGGGTGGCC---GTGGTGGC---GGTGGCGGC-GATGGCCGTGGTGGTTGTAGGTA 584 Query 601 gggatgttgcggtgggtggtggcgtggacggtgCAGATACTGTTGCAGGAGTCAAGCCGA 660 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 585 CGGATGTTGCGGTGGGTGGTGGCGTGGGCGGTGCAGATACTGTTGCAGGACTCAAGCCGA 644 Query 661 GGCCAGCGAGGTTGTGGAAACTGTTGAGCCCAACGATGTTGAGCCTCAGCAGggtggccg 720 ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 645 GGCCAGCGAAGTTGTTGAAACTGTTGAGCCCAACGATGTTGAGCCTCAGCAGGGTGGTCG 704 Query 721 tggtggtggcggtggtggtggcggtggccgtggtggttgtaggtggggatgttgcggtgg 780 ||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| Sbjct 705 TGG------CGG---------CGGTGGCCGTGGTGGTTGTAGGTACGGATGTTGTGGTGG 749 Query 781 gtggtggcgtggacggtgCAGATACTGTTGCAGGAGTCAAGCCGAGGCAAACGAGGTTGT 840 |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 750 GTGGTGGCGTGGACGGTGCAGATATTGTTGCAGGACTCAAGCCGAGGCAAACGAGGTTGT 809 Query 841 GGAAACTGTTGAGGCCCAACAAGCTAAGCCATGAATTG-CGTGTAATACAAACT 893 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| Sbjct 810 GGAAACTGTTGAGGCCCAACAAGCTAAGCCATAAATTGGCGTGTAACACAAACT 863 Score = 564 bits (305), Expect = 5e-160 Identities = 398/441 (90%), Gaps = 13/441 (3%) Strand=Plus/Plus Query 420 gtggtggttgtaggtggggatgttgcggtgggtggtggcgtggacggtgCAGATACTGTT 479 ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 251 GTGGTGGTTGTAGTTACGGATGTTGCGGTGGGTGGTGGTATGGACGGTGCAGATACTGTT 310 Query 480 GCAGGAGTCAAGCCGAGGCCAGCGAGGTTGTGGAAACTGTTGAGCCCAACGATGTTGAGC 539 ||||||||| ||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 311 GCAGGAGTCCAGCCGAGGCCAACGAAGTTGTGAAAACTGTTGAGCCCAACGATGTTGAGC 370 Query 540 CTCAGCAGggtggccgtggtggtggcggtggtggtggcggaggccgtggtggttgtaggt 599 ||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 371 CTCAGCAGGGTGGCCGTGG------CGGTGATGGCGGCGGTGGCCGTGGTGGTTGTAGGT 424 Query 600 ggggatgttgcggtgggtggtggcgtggacggtgCAGATACTGTTGCAGGAGTCAAGCCG 659 |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 425 ACGGATGTTGCGGTGGCTGGTGGCGTGGGCGGTGCAGATACTGTTGCAGGACTCAAGCCG 484 Query 660 AGGCCAGCGAGGTTGTGGAAACTGTTGAGCCCAACGATGTTGAGCCTCAGCAGggtggcc 719 |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 485 AGGCCAGCGAAGTTGTTGAAACTGTTGAGCCCAACGATGTAGAGCCTCAGCAGGGTGGCC 544 Query 720 gtggtggtggcggtggtggtggcggtggccgtggtggttgtaggtggggatgttgcggtg 779 ||||||| |||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 545 GTGGTGG---CGGTGGCGG---CGATGGCCGTGGTGGTTGTAGGTACGGATGTTGCGGTG 598 Query 780 ggtggtggcgtggacggtgCAGATACTGTTGCAGGAGTCAAGCCGAGGCAAACGAGGTTG 839 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||| |||| Sbjct 599 GGTGGTGGCGTGGGCGGTGCAGATACTGTTGCAGGACTCAAGCCGAGGCCAGCGAAGTTG 658 Query 840 TGGAAACTGTTGAGGCCCAAC 860 | |||||||||||| |||||| Sbjct 659 TTGAAACTGTTGAG-CCCAAC 678 Score = 542 bits (293), Expect = 2e-153 Identities = 401/449 (89%), Gaps = 24/449 (5%) Strand=Plus/Plus Query 248 ggtggccgtggtggttgtaggtggggatgttgcggtgggtggtggcgtggacggtgCAGA 307 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| Sbjct 403 GGTGGCCGTGGTGGTTGTAGGTACGGATGTTGCGGTGGCTGGTGGCGTGGGCGGTGCAGA 462 Query 308 TACTGTTGCAGGAGTCAAGCCGAGGCCAGCGAGGTTGTGGAAACTGTTGAGCCCAACGAT 367 ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 463 TACTGTTGCAGGACTCAAGCCGAGGCCAGCGAAGTTGTTGAAACTGTTGAGCCCAACGAT 522 Query 368 GTTGAGCCTCAGCAGggtggccgtggtggtggcggtggtggtggcgga-ggccgtggtgg 426 || ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| || ||||||||||| Sbjct 523 GTAGAGCCTCAGCAGGGTGGCC---GTGGTGGC---GGTGGCGGC-GATGGCCGTGGTGG 575 Query 427 ttgtaggtggggatgttgcggtgggtggtggcgtggacggtgCAGATACTGTTGCAGGAG 486 |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 576 TTGTAGGTACGGATGTTGCGGTGGGTGGTGGCGTGGGCGGTGCAGATACTGTTGCAGGAC 635 Query 487 TCAAGCCGAGGCCAGCGAGGTTGTGGAAACTGTTGAGCCCAACGATGTTGAGCCTCAGCA 546 |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 636 TCAAGCCGAGGCCAGCGAAGTTGTTGAAACTGTTGAGCCCAACGATGTTGAGCCTCAGCA 695 Query 547 Gggtggccgtggtggtggcggtggtggtggcggaggccgtggtggttgtaggtggggatg 606 |||||| ||||| || |||||| | | ||||||||||||||| ||||| Sbjct 696 GGGTGGTCGTGGCGG---CGGTGG------C-----C-GTGGTGGTTGTAGGTACGGATG 740 Query 607 ttgcggtgggtggtggcgtggacggtgCAGATACTGTTGCAGGAGTCAAGCCGAGGCCAG 666 ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| | Sbjct 741 TTGTGGTGGGTGGTGGCGTGGACGGTGCAGATATTGTTGCAGGACTCAAGCCGAGGCAAA 800 Query 667 CGAGGTTGTGGAAACTGTTGAG-CCCAAC 694 |||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 801 CGAGGTTGTGGAAACTGTTGAGGCCCAAC 829 Score = 353 bits (191), Expect = 1e-96 Identities = 249/276 (90%), Gaps = 7/276 (3%) Strand=Plus/Plus Query 585 gtggtggttgtaggtggggatgttgcggtgggtggtggcgtggacggtgCAGATACTGTT 644 ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 251 GTGGTGGTTGTAGTTACGGATGTTGCGGTGGGTGGTGGTATGGACGGTGCAGATACTGTT 310 Query 645 GCAGGAGTCAAGCCGAGGCCAGCGAGGTTGTGGAAACTGTTGAGCCCAACGATGTTGAGC 704 ||||||||| ||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 311 GCAGGAGTCCAGCCGAGGCCAACGAAGTTGTGAAAACTGTTGAGCCCAACGATGTTGAGC 370 Query 705 CTCAGCAGggtggccgtggtggtggcggtggtggtggcggtggccgtggtggttgtaggt 764 ||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 371 CTCAGCAGGGTGGCCGTGG------CGGTGATGGCGGCGGTGGCCGTGGTGGTTGTAGGT 424 Query 765 ggggatgttgcggtgggtggtggcgtggacggtgCAGATACTGTTGCAGGAGTCAAGCCG 824 |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 425 ACGGATGTTGCGGTGGCTGGTGGCGTGGGCGGTGCAGATACTGTTGCAGGACTCAAGCCG 484 Query 825 AGGCAAACGAGGTTGTGGAAACTGTTGAGGCCCAAC 860 |||| | ||| ||||| |||||||||||| |||||| Sbjct 485 AGGCCAGCGAAGTTGTTGAAACTGTTGAG-CCCAAC 519 Score = 333 bits (180), Expect = 2e-90 Identities = 250/281 (89%), Gaps = 16/281 (6%) Strand=Plus/Plus Query 250 tggccgtggtggttgtaggtggggatgttgcggtgggtggtggcgtggacggtgCAGATA 309 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 564 TGGCCGTGGTGGTTGTAGGTACGGATGTTGCGGTGGGTGGTGGCGTGGGCGGTGCAGATA 623 Query 310 CTGTTGCAGGAGTCAAGCCGAGGCCAGCGAGGTTGTGGAAACTGTTGAGCCCAACGATGT 369 ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 624 CTGTTGCAGGACTCAAGCCGAGGCCAGCGAAGTTGTTGAAACTGTTGAGCCCAACGATGT 683 Query 370 TGAGCCTCAGCAGggtggccgtggtggtggcggtggtggtggcggaggccgtggtggttg 429 |||||||||||||||||| ||||| || |||||| | | |||||||||| Sbjct 684 TGAGCCTCAGCAGGGTGGTCGTGGCGG---CGGTGG------C-----C-GTGGTGGTTG 728 Query 430 taggtggggatgttgcggtgggtggtggcgtggacggtgCAGATACTGTTGCAGGAGTCA 489 ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| Sbjct 729 TAGGTACGGATGTTGTGGTGGGTGGTGGCGTGGACGGTGCAGATATTGTTGCAGGACTCA 788 Query 490 AGCCGAGGCCAGCGAGGTTGTGGAAACTGTTGAG-CCCAAC 529 ||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 789 AGCCGAGGCAAACGAGGTTGTGGAAACTGTTGAGGCCCAAC 829 > Ahg345920 jgi|Araly1|345920|fgenesh1_pg.C_scaffold_4002262 Length=471 Score = 375 bits (203), Expect = 3e-103 Identities = 303/349 (87%), Gaps = 16/349 (5%) Strand=Plus/Plus Query 32 ATGGGAAACCTCAAGTCTCTCGTTCTCTTGGCTTTGCTCTTTTCTTTCTCCGTCGCTGT- 90 ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| Sbjct 1 ATGAGAAACCTCAAGTCTCTCGCTCTCTTGGCTTTGCTCTTTTCTCTCTCCCTCGCTGTA 60 Query 91 TTTCGCGAACACATCCAACGATGCCACACA--C----GATGAAGTGAAGCCAAGTACTGA 144 ||| ||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 TTT-GCGGACACATCCAACGATGCCACACATGCTAAAGATGAAGTGAAGCCAAGTACTGA 119 Query 145 AGCAACCCATGCCATAGAGGCGCAAAAACATGA-CGGTAAACCCCAGATCGCGGAAGCCC 203 ||||| | ||||||||||| ||||| ||| ||| | ||||||| |||||| |||||||| Sbjct 120 AGCAAGCGATGCCATAGAGCCGCAACAACGTGAACC-TAAACCCGAGATCGAGGAAGCCC 178 Query 204 AAGTTGAGGCCAATGACCCTGTTGTAGAGCCCCAGCAAGACtggggtggccgtggtggtt 263 |||| ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| | Sbjct 179 AAGTCGAGGCCAGTGACGCTGTTGTAGAGCCACAGCAAGTCTGGGGTGG---TGGT--T- 232 Query 264 gtaggtggggatgttgcggtgggtggtggcgtggacggtgCAGATACTGTTGCAGGAGTC 323 |||||| |||||||||||||||| |||| |||| ||||| ||||||||||| ||||| Sbjct 233 GTAGGTTCGGATGTTGCGGTGGGTTGTGGTATGGAGGGTGCCTATACTGTTGCATGAGTC 292 Query 324 AAGCCGAGGCCAGCGAGGTTGTGGAAACTGTTGAGCCCAACGATGTTGA 372 ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 293 CAGCCGAGGCCAACGAGGTTGCGGAAACTGTTGAGCCCAACGATGTTGA 341 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 40219677435 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5