BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G41260.2
Length=1080
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg934948 jgi|Araly1|934948|scaffold_402936.1 1110 0.0
Ahg345920 jgi|Araly1|345920|fgenesh1_pg.C_scaffold_4002262 375 3e-103
> Ahg934948 jgi|Araly1|934948|scaffold_402936.1
Length=863
Score = 1110 bits (601), Expect = 0.0
Identities = 803/894 (90%), Gaps = 39/894 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 8 TGTTTTGTGTAACTAAAACAAAATATGGGAAACCTCAAGTCTCTCGTTCTCTTGGCTTTG 67
||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1 TGTTTTGTGTAACGAAAACAAAATATGAGAAACCTCAAGTCCCTCGTTCTCTTGGCTTTG 60
Query 68 CTCTTTTCTTTCTCCGTCGCTGTTTTCGCGAACACATCCAACGATGCCACAC------AC 121
||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 61 CTCTTTTCTTTCTCCCTCGCTGTTTTTGCGAACACATCCAACGATGCCACACATGTTAAA 120
Query 122 GATGAAGTGAAGCCAAGTACTGAAGCAACCCATGCCATAGAGGCGCAAAAACATGACGGT 181
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||| ||| |||
Sbjct 121 GATGAAGTGAAGCCAAGTACTGAAGCAACCGATGCTATAGAGCCGCAAAAACGTGAAGGT 180
Query 182 AAACCCCAGATCGCGGAAGCCCAAGTTGAGGCCAATGACCCTGTTGTAGAGCCCCAGCAA 241
||||||||||||| || |||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AAACCCCAGATCGAGGGAGCCGAAGTCGAGGCCAATGACGCTGTTGTAGAGCCCCAGCAA 240
Query 242 GACtggggtggccgtggtggttgtaggtggggatgttgcggtgggtggtggcgtggacgg 301
| ||||||| | ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 241 GGCTGGGGT-G--GTGGTGGTTGTAGTTACGGATGTTGCGGTGGGTGGTGGTATGGACGG 297
Query 302 tgCAGATACTGTTGCAGGAGTCAAGCCGAGGCCAGCGAGGTTGTGGAAACTGTTGAGCCC 361
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 298 TGCAGATACTGTTGCAGGAGTCCAGCCGAGGCCAACGAAGTTGTGAAAACTGTTGAGCCC 357
Query 362 AACGATGTTGAGCCTCAGCAGggtggccgtggtggtggcggtggtggtggcggaggccgt 421
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||||||
Sbjct 358 AACGATGTTGAGCCTCAGCAGGGTGGCC------GTGGCGGTGATGGCGGCGGTGGCCGT 411
Query 422 ggtggttgtaggtggggatgttgcggtgggtggtggcgtggacggtgCAGATACTGTTGC 481
||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 412 GGTGGTTGTAGGTACGGATGTTGCGGTGGCTGGTGGCGTGGGCGGTGCAGATACTGTTGC 471
Query 482 AGGAGTCAAGCCGAGGCCAGCGAGGTTGTGGAAACTGTTGAGCCCAACGATGTTGAGCCT 541
|||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 472 AGGACTCAAGCCGAGGCCAGCGAAGTTGTTGAAACTGTTGAGCCCAACGATGTAGAGCCT 531
Query 542 CAGCAGggtggccgtggtggtggcggtggtggtggcgga-ggccgtggtggttgtaggtg 600
||||||||||||| |||||||| ||||| ||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 532 CAGCAGGGTGGCC---GTGGTGGC---GGTGGCGGC-GATGGCCGTGGTGGTTGTAGGTA 584
Query 601 gggatgttgcggtgggtggtggcgtggacggtgCAGATACTGTTGCAGGAGTCAAGCCGA 660
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 585 CGGATGTTGCGGTGGGTGGTGGCGTGGGCGGTGCAGATACTGTTGCAGGACTCAAGCCGA 644
Query 661 GGCCAGCGAGGTTGTGGAAACTGTTGAGCCCAACGATGTTGAGCCTCAGCAGggtggccg 720
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 645 GGCCAGCGAAGTTGTTGAAACTGTTGAGCCCAACGATGTTGAGCCTCAGCAGGGTGGTCG 704
Query 721 tggtggtggcggtggtggtggcggtggccgtggtggttgtaggtggggatgttgcggtgg 780
||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 705 TGG------CGG---------CGGTGGCCGTGGTGGTTGTAGGTACGGATGTTGTGGTGG 749
Query 781 gtggtggcgtggacggtgCAGATACTGTTGCAGGAGTCAAGCCGAGGCAAACGAGGTTGT 840
|||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 750 GTGGTGGCGTGGACGGTGCAGATATTGTTGCAGGACTCAAGCCGAGGCAAACGAGGTTGT 809
Query 841 GGAAACTGTTGAGGCCCAACAAGCTAAGCCATGAATTG-CGTGTAATACAAACT 893
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||
Sbjct 810 GGAAACTGTTGAGGCCCAACAAGCTAAGCCATAAATTGGCGTGTAACACAAACT 863
Score = 564 bits (305), Expect = 5e-160
Identities = 398/441 (90%), Gaps = 13/441 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 420 gtggtggttgtaggtggggatgttgcggtgggtggtggcgtggacggtgCAGATACTGTT 479
||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 251 GTGGTGGTTGTAGTTACGGATGTTGCGGTGGGTGGTGGTATGGACGGTGCAGATACTGTT 310
Query 480 GCAGGAGTCAAGCCGAGGCCAGCGAGGTTGTGGAAACTGTTGAGCCCAACGATGTTGAGC 539
||||||||| ||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 311 GCAGGAGTCCAGCCGAGGCCAACGAAGTTGTGAAAACTGTTGAGCCCAACGATGTTGAGC 370
Query 540 CTCAGCAGggtggccgtggtggtggcggtggtggtggcggaggccgtggtggttgtaggt 599
||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 371 CTCAGCAGGGTGGCCGTGG------CGGTGATGGCGGCGGTGGCCGTGGTGGTTGTAGGT 424
Query 600 ggggatgttgcggtgggtggtggcgtggacggtgCAGATACTGTTGCAGGAGTCAAGCCG 659
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 425 ACGGATGTTGCGGTGGCTGGTGGCGTGGGCGGTGCAGATACTGTTGCAGGACTCAAGCCG 484
Query 660 AGGCCAGCGAGGTTGTGGAAACTGTTGAGCCCAACGATGTTGAGCCTCAGCAGggtggcc 719
|||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 485 AGGCCAGCGAAGTTGTTGAAACTGTTGAGCCCAACGATGTAGAGCCTCAGCAGGGTGGCC 544
Query 720 gtggtggtggcggtggtggtggcggtggccgtggtggttgtaggtggggatgttgcggtg 779
||||||| |||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 545 GTGGTGG---CGGTGGCGG---CGATGGCCGTGGTGGTTGTAGGTACGGATGTTGCGGTG 598
Query 780 ggtggtggcgtggacggtgCAGATACTGTTGCAGGAGTCAAGCCGAGGCAAACGAGGTTG 839
||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||| ||||
Sbjct 599 GGTGGTGGCGTGGGCGGTGCAGATACTGTTGCAGGACTCAAGCCGAGGCCAGCGAAGTTG 658
Query 840 TGGAAACTGTTGAGGCCCAAC 860
| |||||||||||| ||||||
Sbjct 659 TTGAAACTGTTGAG-CCCAAC 678
Score = 542 bits (293), Expect = 2e-153
Identities = 401/449 (89%), Gaps = 24/449 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 248 ggtggccgtggtggttgtaggtggggatgttgcggtgggtggtggcgtggacggtgCAGA 307
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 403 GGTGGCCGTGGTGGTTGTAGGTACGGATGTTGCGGTGGCTGGTGGCGTGGGCGGTGCAGA 462
Query 308 TACTGTTGCAGGAGTCAAGCCGAGGCCAGCGAGGTTGTGGAAACTGTTGAGCCCAACGAT 367
||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 463 TACTGTTGCAGGACTCAAGCCGAGGCCAGCGAAGTTGTTGAAACTGTTGAGCCCAACGAT 522
Query 368 GTTGAGCCTCAGCAGggtggccgtggtggtggcggtggtggtggcgga-ggccgtggtgg 426
|| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| || |||||||||||
Sbjct 523 GTAGAGCCTCAGCAGGGTGGCC---GTGGTGGC---GGTGGCGGC-GATGGCCGTGGTGG 575
Query 427 ttgtaggtggggatgttgcggtgggtggtggcgtggacggtgCAGATACTGTTGCAGGAG 486
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 576 TTGTAGGTACGGATGTTGCGGTGGGTGGTGGCGTGGGCGGTGCAGATACTGTTGCAGGAC 635
Query 487 TCAAGCCGAGGCCAGCGAGGTTGTGGAAACTGTTGAGCCCAACGATGTTGAGCCTCAGCA 546
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 636 TCAAGCCGAGGCCAGCGAAGTTGTTGAAACTGTTGAGCCCAACGATGTTGAGCCTCAGCA 695
Query 547 Gggtggccgtggtggtggcggtggtggtggcggaggccgtggtggttgtaggtggggatg 606
|||||| ||||| || |||||| | | ||||||||||||||| |||||
Sbjct 696 GGGTGGTCGTGGCGG---CGGTGG------C-----C-GTGGTGGTTGTAGGTACGGATG 740
Query 607 ttgcggtgggtggtggcgtggacggtgCAGATACTGTTGCAGGAGTCAAGCCGAGGCCAG 666
||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 741 TTGTGGTGGGTGGTGGCGTGGACGGTGCAGATATTGTTGCAGGACTCAAGCCGAGGCAAA 800
Query 667 CGAGGTTGTGGAAACTGTTGAG-CCCAAC 694
|||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 801 CGAGGTTGTGGAAACTGTTGAGGCCCAAC 829
Score = 353 bits (191), Expect = 1e-96
Identities = 249/276 (90%), Gaps = 7/276 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 585 gtggtggttgtaggtggggatgttgcggtgggtggtggcgtggacggtgCAGATACTGTT 644
||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 251 GTGGTGGTTGTAGTTACGGATGTTGCGGTGGGTGGTGGTATGGACGGTGCAGATACTGTT 310
Query 645 GCAGGAGTCAAGCCGAGGCCAGCGAGGTTGTGGAAACTGTTGAGCCCAACGATGTTGAGC 704
||||||||| ||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 311 GCAGGAGTCCAGCCGAGGCCAACGAAGTTGTGAAAACTGTTGAGCCCAACGATGTTGAGC 370
Query 705 CTCAGCAGggtggccgtggtggtggcggtggtggtggcggtggccgtggtggttgtaggt 764
||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 CTCAGCAGGGTGGCCGTGG------CGGTGATGGCGGCGGTGGCCGTGGTGGTTGTAGGT 424
Query 765 ggggatgttgcggtgggtggtggcgtggacggtgCAGATACTGTTGCAGGAGTCAAGCCG 824
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 425 ACGGATGTTGCGGTGGCTGGTGGCGTGGGCGGTGCAGATACTGTTGCAGGACTCAAGCCG 484
Query 825 AGGCAAACGAGGTTGTGGAAACTGTTGAGGCCCAAC 860
|||| | ||| ||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 485 AGGCCAGCGAAGTTGTTGAAACTGTTGAG-CCCAAC 519
Score = 333 bits (180), Expect = 2e-90
Identities = 250/281 (89%), Gaps = 16/281 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 250 tggccgtggtggttgtaggtggggatgttgcggtgggtggtggcgtggacggtgCAGATA 309
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 564 TGGCCGTGGTGGTTGTAGGTACGGATGTTGCGGTGGGTGGTGGCGTGGGCGGTGCAGATA 623
Query 310 CTGTTGCAGGAGTCAAGCCGAGGCCAGCGAGGTTGTGGAAACTGTTGAGCCCAACGATGT 369
||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 624 CTGTTGCAGGACTCAAGCCGAGGCCAGCGAAGTTGTTGAAACTGTTGAGCCCAACGATGT 683
Query 370 TGAGCCTCAGCAGggtggccgtggtggtggcggtggtggtggcggaggccgtggtggttg 429
|||||||||||||||||| ||||| || |||||| | | ||||||||||
Sbjct 684 TGAGCCTCAGCAGGGTGGTCGTGGCGG---CGGTGG------C-----C-GTGGTGGTTG 728
Query 430 taggtggggatgttgcggtgggtggtggcgtggacggtgCAGATACTGTTGCAGGAGTCA 489
||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 729 TAGGTACGGATGTTGTGGTGGGTGGTGGCGTGGACGGTGCAGATATTGTTGCAGGACTCA 788
Query 490 AGCCGAGGCCAGCGAGGTTGTGGAAACTGTTGAG-CCCAAC 529
||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 789 AGCCGAGGCAAACGAGGTTGTGGAAACTGTTGAGGCCCAAC 829
> Ahg345920 jgi|Araly1|345920|fgenesh1_pg.C_scaffold_4002262
Length=471
Score = 375 bits (203), Expect = 3e-103
Identities = 303/349 (87%), Gaps = 16/349 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 32 ATGGGAAACCTCAAGTCTCTCGTTCTCTTGGCTTTGCTCTTTTCTTTCTCCGTCGCTGT- 90
||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1 ATGAGAAACCTCAAGTCTCTCGCTCTCTTGGCTTTGCTCTTTTCTCTCTCCCTCGCTGTA 60
Query 91 TTTCGCGAACACATCCAACGATGCCACACA--C----GATGAAGTGAAGCCAAGTACTGA 144
||| ||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTT-GCGGACACATCCAACGATGCCACACATGCTAAAGATGAAGTGAAGCCAAGTACTGA 119
Query 145 AGCAACCCATGCCATAGAGGCGCAAAAACATGA-CGGTAAACCCCAGATCGCGGAAGCCC 203
||||| | ||||||||||| ||||| ||| ||| | ||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 120 AGCAAGCGATGCCATAGAGCCGCAACAACGTGAACC-TAAACCCGAGATCGAGGAAGCCC 178
Query 204 AAGTTGAGGCCAATGACCCTGTTGTAGAGCCCCAGCAAGACtggggtggccgtggtggtt 263
|||| ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| |
Sbjct 179 AAGTCGAGGCCAGTGACGCTGTTGTAGAGCCACAGCAAGTCTGGGGTGG---TGGT--T- 232
Query 264 gtaggtggggatgttgcggtgggtggtggcgtggacggtgCAGATACTGTTGCAGGAGTC 323
|||||| |||||||||||||||| |||| |||| ||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 233 GTAGGTTCGGATGTTGCGGTGGGTTGTGGTATGGAGGGTGCCTATACTGTTGCATGAGTC 292
Query 324 AAGCCGAGGCCAGCGAGGTTGTGGAAACTGTTGAGCCCAACGATGTTGA 372
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 293 CAGCCGAGGCCAACGAGGTTGCGGAAACTGTTGAGCCCAACGATGTTGA 341
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 40219677435
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5