BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G41540.1
Length=1849
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg483232 jgi|Araly1|483232|fgenesh2_kg.4__2292__AT2G41540.2 2614 0.0
> Ahg483232 jgi|Araly1|483232|fgenesh2_kg.4__2292__AT2G41540.2
Length=2069
Score = 2614 bits (1415), Expect = 0.0
Identities = 1570/1644 (95%), Gaps = 13/1644 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 204 GAAGAAGGAATGGTGGGAAGCATTGAGG-CAAAGAGTCTGCAATCAAACGGGTCTGTTCA 262
|||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 434 GAAGAAGGAATGGTGGGAAGCATTGAGGCCAAA-AGCCTGCAATCAAATGGGTCTGTTCA 492
Query 263 TCATATTGGTCTTAATTTGGAGGAGAAACTTGATGAATTTCGTCGTCTTTTGGGGAAATC 322
||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 493 TCATAATGGTCTTAATTTGGAGGAGAAACTTGACGAATTTCGTCGACTTTTGGGGAAATC 552
Query 323 AGAAAAAGATCCGTTAAGGATTGTAAGTGTTGGTGCTGGTGCTTGGGGAAGTGTTTTTGC 382
|| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 553 TGACAAAGATCCGCTAAGGATTGTAAGTGTTGGTGCTGGTGCTTGGGGGAGTGTTTTTGC 612
Query 383 AGCACTTCTTCAAGAAAGCTATGGAGGTTTCAGGGATAAGTTTCAGATCAGGATATGGAG 442
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 613 AGCACTTCTTCAAGAAAGCTATGGAAGTTTCAGGGATAAGTTTCAGATCAGGATATGGAG 672
Query 443 AAGAGCTGGGAGAGCTGTTGATAGAGAAACTGCAGAACATTTGTTTGAAGTGATCAATTC 502
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 673 AAGAGCTGGGAGAGCTGTTGATAGAGAAACTGCAGAACATTTGTTTGAAGTGATCAATTC 732
Query 503 AAGGGAAGATATCTTGAGGAGATTGATAAGACGCTGTGCTTATCTGAAATATGTCGAGGC 562
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 733 AAGGGAAGATATCTTGAGGAGACTGATAAGACGCTGCGCTTATCTGAAATATGTTGAGGC 792
Query 563 AAGGCTTGGTGATAGGACACTCTATGCTGATGAGATATTGAAAGACGGGTTTTGTCTTAA 622
|||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 793 AAGGCTCGGTGATAGGACGCTCTATGCTGATGAGATTTTGAAAGACGGGTTTTGTCTTAA 852
Query 623 CATGGTTGATACGCCGCTTTGTCCTCTTAAGGTTGTGACAAATCTGCAAGAAGCTGTGTG 682
||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 853 CATGGTTGACACGCCGCTTTGTCCTCTCAAGGTTGTGACAAATCTGCAAGAAGCAGTGTG 912
Query 683 GGATGCTGATATTGTTGTTAATGGATTGCCTTCAACTGAAACACGTGAAGTGTTTGAAGA 742
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 913 GGATGCTGATATTGTTGTTAATGGATTGCCTTCAACAGAAACACGTGAAGTGTTTGAAGA 972
Query 743 GATTAGTAAGTATTGGAAAGAGAGAATAACGGTTCCGATTATTATCTCTCTGTCAAAGGG 802
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 973 GATTAGTAAGTATTGGAAAGAGAGAATAACGGTTCCGATTATTATCTCTCTGTCAAAGGG 1032
Query 803 TATTGAAACTGCTCTTGAACCAGTTCCACATATCATAACTCCAACAAAGATGATTCATCA 862
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1033 TATTGAAACTGCTCTTGAACCAGTTCCACATATCATAACTCCAACAAAGATGATTCATCA 1092
Query 863 AGCAACTGGTGTGCCGATTGACAATGTCCTGTATCTTGGTGGACCAAACATTGCTGCTGA 922
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1093 AGCAACTGGTGTGCCGATTGACAATGTCCTGTATCTTGGTGGACCGAACATTGCTGCTGA 1152
Query 923 AATTTACAACAAGGAATATGCCAATGCTAGAATCTGTGGAGCTGCTAAATGGAGGAAGCC 982
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1153 AATTTACAACAAGGAATATGCCAATGCTAGAATCTGCGGAGCTGCTAAATGGAGGAAGCC 1212
Query 983 ACTAGCTAAGTTCTTAAGACAACCTCATTTCATTGTTTGGGACAATAGTGATCTTGTGAC 1042
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1213 ACTAGCTAAGTTCTTAAGACAACCTCATTTCATTGTTTGGGACAACAGTGATCTTGTGAC 1272
Query 1043 ACATGAAGTAATGGGAGGTCTCAAGAATGTCTACGCCATTGGAGCTGGTATGGTAGCGGC 1102
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1273 ACATGAAGTAATGGGAGGTCTCAAGAATGTCTACGCCATTGGAGCTGGAATGGTAGCGGC 1332
Query 1103 GCTCACTAACGAGAGCGCTACAAGCAAGTCGGTGTATTTTGCTCATTGTACATCTGAGAT 1162
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 GCTCACTAAAGAGAGCGCTACAAGCAAGTCGGTGTATTTTGCTCATTGTACATCTGAGAT 1392
Query 1163 GATATTTATAACTCATTTACTAGCAGAAGAGCCTGAGAAACTTGCAGGGCCTTTGCTAGC 1222
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1393 GATATTTATAACTCATTTACTAGCAGAAGAGCCTGAGAAACTTGCAGGGCCTTTGCTAGC 1452
Query 1223 TGACACTTATGTGACCTTATTAAAAGGACGTAATGCATGGTACGGTCAAATGCTGGCAAA 1282
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1453 TGACACTTATGTGACGTTATTAAAAGGGCGTAATGCGTGGTACGGGCAAATGCTGGCAAA 1512
Query 1283 GGGTGAAATAAATAGAGACATGGGTGATAGCATAAGCGGCAAGGGAATGATTCAGGGTGT 1342
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1513 GGGGGAAATAAATAGAGACATGGGTGATAGCATAAGCGGCAAGGGAATGATTCAGGGTGT 1572
Query 1343 TTCTGCAGTGGGAGCATTTTACCAATTGCTTAGTCAATCAAGCTTAAGTATATTGCCCTC 1402
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1573 TTCTGCTGTGGGAGCATTTTACCAATTGCTTAGTCAGTCAAGCTTAAGTATATTGCCCTC 1632
Query 1403 TGAAGAGAAGAAACCTGTAGCTCCGGTCGAATCATGTCCTATTTTAAAGACACTTTACAA 1462
|| ||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1633 TGGAGAGAAGAAACTTGTAGCCCCGGTAGAATCATGTCCTATTTTGAAGACACTTTACAA 1692
Query 1463 GATACTCATCACAAGAGAACAATCAACTCAGGCCATTCTGCAAGCATTAAGGGATGAGAC 1522
||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||| || ||
Sbjct 1693 GATACTCATCACAAGAGAACAATCAACACAAGCTATTCTGCAAGCGTTAAGGGACGAAAC 1752
Query 1523 ATTGAACGATCCCAGAGACCGTATTGAGATTGCACAGAGCCATGCATTCTACAGGCCTTC 1582
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1753 ATTGAACGATCCAAGAGACCGTATTGAGATTGCACAGAGCCATGCATTCTACAGGCCTTC 1812
Query 1583 CCTTCTTGGTCAGCCTTGATTAGTCAGTCATGGCTTTTATAAGAGATTCAACATAAATTA 1642
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1813 CCTTCTTGGTCAGCCTTGATTAGTCAGTCATGGCTTTTATAAGAGATACAACATAAATTA 1872
Query 1643 CTTCTGCAAGCTGCAGATGCTTCATTCAAAACATTATAGCTTTAATGGGAAGGGGTA--G 1700
||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || |
Sbjct 1873 CTTGTGCAAGCTGCAGATGCTTCATT-AAAACATTATAGCTTTAATTTGAAACATTATAG 1931
Query 1701 TTTCACATCTGTCATAACTTAAAATGGATTCTT-GTTAAGT-CTCTGAGTCAATGCAATC 1758
||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||
Sbjct 1932 TTTCAAATCTGTCATAACTTGAAATGGATTCTTTGTTTAGTAC-CTGAGTCAATGCAATC 1990
Query 1759 TTTGTACTGTATCATTTTCTTTATGATCAATGAGAGCTTTATTTGCTCCAACAATTTTAG 1818
||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1991 CTTGTA-T----CATTTTCTTTATGATCAATGAGAGCTTTATTTGCTCAAACAATTTTAC 2045
Query 1819 TAAAAGAAAGAAAACACAGATTTT 1842
| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 2046 TTGAAGAAAGAAAACACACATTTT 2069
Score = 215 bits (116), Expect = 1e-54
Identities = 174/200 (87%), Gaps = 11/200 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 5 TTTCGATGATTCCCAAAATCTTTCTCATGCGTTTTTTACTTTCTTGATTTGGCAATCCTC 64
||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 71 TTTTGATGATTCCC-AAATCTTTCTCATGCGTTTTTTACTTTCTTGATTTGGCAATTCTC 129
Query 65 ATGAGCTGATTTTGAT-T-T--CTTCTTTATGGTTGCCGACACGAAAGAAGAAGCTAGG- 119
|||||||||||| ||| | | |||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 130 ATGAGCTGATTT-GATATCTTACTTCTTTATGGTTGCCGACACGAAAGTCTTCTTTTGGT 188
Query 120 ACACAAAACAACTCAAATTTTGTTTGGTGAGAAAAATCAACCAAGAAAATATTG--ATTC 177
| | || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 189 AGATGAA-CAACTCAAAATTTGTTTGGTGAGAAAAATCAACCAAGAAAATCTTGTTATT- 246
Query 178 TTTTGGAGCAAGGAGTTGGT 197
||||||||||||||||||||
Sbjct 247 TTTTGGAGCAAGGAGTTGGT 266
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 69438516635
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5