BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G41720.1 Length=2575 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg935024 jgi|Araly1|935024|scaffold_403012.1 4071 0.0 > Ahg935024 jgi|Araly1|935024|scaffold_403012.1 Length=2510 Score = 4071 bits (2204), Expect = 0.0 Identities = 2393/2486 (96%), Gaps = 6/2486 (0%) Strand=Plus/Plus Query 8 AATGGCTACCGTTACCAATTTCAAGCTCGTCACTCCGCCGGAATCTTCCCGCGCCGATAA 67 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 20 AATGGCTACCGTTACCAATTTCAAGCTCGTCACTCCGCCGGAATCTCCCCGCGCCGATAA 79 Query 68 GCCAGGAGCTACGAAGGCCTCCGACGCATTCCAGGAGAAGAAATCTGTGTCTGTGAACTA 127 ||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| Sbjct 80 GCCAGGAGCCACGAAGACCTCCGAGGCATTTCAGGAGAAGAAGTCTGTCTCTGTGAACTA 139 Query 128 CGACCGTGGTGAGCATGAGGTCTCGGTCAACATCGGCGGGCTCAGGAAAGCTGATATTCC 187 |||||| |||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 140 CGACCGAGGTGAGCATGAGGTCTCGATCCGCGTCGGCGGGCTCAGGAAAGCTGATATTCC 199 Query 188 GAGACGTTACCGAATTCGGGTTGAGAACGACCGGTTTCAGAAGGATTGGAGTGTATCGGA 247 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 200 GAGACGTTACCGAATTCGGGTTGAGAACGACCGGTTTCAGAAGGATTGGAGTGTGTCGGA 259 Query 248 GGTTGTGGACCGGCTTATGGCTCTCAATCGTTGGGAAGAAGTTGATGGCGTTCTTAATTC 307 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| Sbjct 260 GGTGGTGGACCGGCTTATGGCTCTCAATCGTTGGGAAGAAGTTGATGGTGTTCTCAATTC 319 Query 308 CTGGGTCGGCCGGTTTGCTAGGAAGAATTTCCCGGTTCTTATCAGGGAGCTTAGTAGAAG 367 |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 320 CTGGGTTGGCCGGTTTGCTAGAAAGAATTTTCCGGTTCTTATCAGGGAGCTTAGTAGAAG 379 Query 368 AGGGTGTATTGAGCTTTGTGTGAATGTTTTCAAGTGGATGAAGATTCAGAAGAACTACTG 427 |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| Sbjct 380 AGGGTGCATCGAGCTTTGTGTGAATGTTTTCAAGTGGATGAAGAGTCAGAAGAATTACTG 439 Query 428 TGCAAGGAATGATATATACAATATGATGATTAGGCTTCATGCTAGGCATAATTGGGTTGA 487 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 440 TGCAAGGAATGATATATACAATATGATGATTAGGCTTCATGCTAGGCATAATTGGGTTGA 499 Query 488 TCAGGCTCGTGGTCTCTTCTTTGAAATGCAGAAATGGAGCTGCAAACCGGATGCTGAGAC 547 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 500 TCAAGCTCGTGGTCTCTTCTTTGAAATGCAGAAATGGAGCTGCAAACCGGATGCTGAGAC 559 Query 548 GTACGATGCTCTTATCAATGCCCATGGTCGAGCTGGTCAATGGCGCTGGGCTATGAATCT 607 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 560 GTATGATGCTCTTATCAATGCCCATGGTCGAGCTGGTCAGTGGCGCTGGGCTATGAATCT 619 Query 608 TATGGATGACATGTTACGTGCTGCTATTGCTCCTAGTCGTTCAACCTACAATAACCTGAT 667 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 620 TATGGATGACATGTTACGTGCAGCTATTGCTCCTAGTCGTTCAACCTACAATAATCTGAT 679 Query 668 CAATGCTTGTGGTTCTAGTGGAAACTGGAGAGAGGCTCTGGAAGTATGCAAGAAAATGAC 727 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 680 CAATGCTTGTGGTTCTAGTGGAAACTGGAGACAGGCTCTGGAAGTATGCAAGAAAATGAC 739 Query 728 AGATAACGGAGTTGGACCGGATTTGGTCACTCATAACATTGTGTTGTCAGCATACAAGAG 787 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 740 AGATAACGGAGTTGGACCGGATTTGGTCACTCACAACATTGTGTTGTCAGCATACAAGAG 799 Query 788 TGGTCGTCAGTATTCAAAGGCGCTATCTTATTTTGAGCTCATGAAGGGAGCTAAAGTTCG 847 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 800 TGGTCGTCAGTATTCAAAGGCGCTATCTTATTTTGAGCTCATGAAGGGAGCTAAAGTTCG 859 Query 848 TCCCGATACTACAACTTTCAATATCATTATATATTGTCTGTCAAAGCTCGGTCAAAGTAG 907 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| Sbjct 860 TCCCGATACTACAACTTTCAATATCATTATATATTGCCTGTCAAAGCTTGGTCAAAGTAG 919 Query 908 CCAAGCCCTTGATCTTTTCAATTCCATGAGGGAGAAGAGAGCTGAGTG-CAGACCTGATG 966 ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || | ||||||||| Sbjct 920 CCAAGCCCTTGATGTTTTCAATTCCATGAGGGACAAGAGAGCTGAATGTC-GACCTGATG 978 Query 967 TTGTGACATTTACGAGCATCATGCATTTATACTCTGTCAAGGGAGAGATAGAAAACTGCA 1026 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 979 TTGTGACATTTACTAGCATCATGCATTTATACTCTGTCAGGGGAGAGATAGAAAACTGCA 1038 Query 1027 GAGCCGTGTTCGAAGCAATGGTTGCAGAAGGTCT-AAAGCCTAATATTGTTTCCTATAAT 1085 |||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1039 GAGCTGTGTTTGAAGCAATGCTTGCAGAAGGTCTGAAA-CCTAATATTGTTTCCTATAAT 1097 Query 1086 GCCTTAATGGGTGCCTATGCTGTTCATGGAATGAGTGGAACTGCTCTCTCAGTGTTAGGA 1145 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| || ||| Sbjct 1098 GCCTTAATGGGTGCCTATGCTGTTCATGGAATGAGTGAAAATGCTCTCTCAGTTTTTGGA 1157 Query 1146 GATATCAAGCAGAATGGTATTATCCCAGATGTGGTCTCTTATACATGCTTGCTCAATTCT 1205 || || |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1158 GAAATAAAGCGGAATGGTATTGTCCCAGATGTGGTCTCTTATACAAGCTTGCTCAATTCT 1217 Query 1206 TATGGAAGATCACGTCAACCTGGGAAGGCAAAGGAGGTATTCCTCATGATGAGGAAGGAA 1265 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1218 TATGGAAGATCACGTCAACCTGGAAAGGCAAAGGAGGTATTTCTCATGATGAGGAAGGAA 1277 Query 1266 AGGAGAAAGCCAAATGTTGTTACTTACAATGCATTGATTGATGCTTATGGGTCTAATGGG 1325 ||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1278 AGGAGAAAGCCTAACGTTGTTACTTACAATGCACTGATTGATGCTTATGGGTCTAATGGG 1337 Query 1326 TTTCTAGCTGAAGCTGTGGAAATCTTTCGGCAGATGGAACAAGATGGCATTAAGCCAAAT 1385 ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||| Sbjct 1338 TTTCTGGCTGAAGCTGTGGAAATCTTCCGGCAGATGGAACAAGACGGCACTAAGCCAAAT 1397 Query 1386 GTTGTTTCAGTATGCACTCTTTTGGCTGCTTGTAGTAGGTCTaaaaaaaaGGTGAATGTT 1445 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1398 GTGGTTTCAGTATGCACTCTTTTGGCTGCTTGTAGTAGGTCTAAGAAAAAGGTGAATGTT 1457 Query 1446 GATACTGTACTTTCCGCAGCACAGTCGAGAGGCATTAATCTCAATACGGCAGCCTATAAC 1505 || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1458 GAAACTGTACTTTCCGCAGCACAGTCGAGAGGTATCAATCTCAATACGGCAGCCTATAAC 1517 Query 1506 TCAGCCATTGGAAGCTATATAAATGCTGCAGAACTTGAGAAGGCCATTGCATTGTATCAG 1565 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1518 TCAGCCATTGGAAGCTATATAAATGCTGCAGAACTTGAGAAGGCCATTGCATTGTATCAA 1577 Query 1566 AGTATGAGAAAAAAGAAAGTCAAAGCTGATTCTGTTACTTTCACTATCCTTATAAGCGGT 1625 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1578 ACTATGAGAAAAAAGAAAGTCAAAGCTGATTCTGTTACTTTCACTATCCTTATAAGTGGT 1637 Query 1626 TCATGTAGGATGTCAAAATACCCTGAAGCAATTAGTTACTTGAAGGAGATGGAAGATCTC 1685 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1638 TCATGTAGGATGTCAAAATACCCTGAAGCAATTAGTTACTTGAAGGAGATGGAAGATCTC 1697 Query 1686 AGTATTCCATTGACAAAGGAGGTGTACTCTTCGGTTCTATGTGCTTACAGCAAACAGGGT 1745 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1698 AGTATTCCATTGACAAAGGAGGTGTACTCTTCTGTTCTATGTGCTTACAGCAAACAGGGT 1757 Query 1746 CAAGTTACAGAAGCAGAATCCATATTCAACCAGATGAAAATGGCTGGGTGCGAACCTGAT 1805 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1758 CAAGTTACAGAAGCAGAATCCATATTCAACCAGATGAAAATGGCTGGGTGCGAACCTGAT 1817 Query 1806 GTGATTGCATACACTTCAATGCTCCATGCTTACAATGCTTCAGAAAAGTGGGGAAAGGCT 1865 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1818 GTGATTGCATACACTTCAATGCTCCATGCTTACAATGCTTCAGAAAAGTGGGGAAAGGCT 1877 Query 1866 TGTGAACTCTTCCTGGAAATGGAGGCAAATGGAATAGAGCCAGATTCGATTGCTTGTTCA 1925 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1878 TGTGAACTCTTCCTGGAAATGGAAGCAAATGGAATAGAGCCAGATTCGATTGCTTGTTCA 1937 Query 1926 GCTTTGATGAGAGCTTTCAACAAGGGAGGTCAACCGTCAAATGTCTTTGTCCTGATGGAT 1985 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1938 GCTTTGATGAGAGCTTTCAACAAGGGAGGTCAACCGTCAAATGTCTTTGTCCTGATGGAT 1997 Query 1986 TTAATGCGGGAAAAAGAAATCCCCTTCACTGGTGCGGTCTTCTTTGAGATATTTTCGGCT 2045 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| Sbjct 1998 TTAATGCGGGAAAAAGAAGTCCCCTTCACTGGTGCGGTTTTCTTTGAGATTTTTTCCGCT 2057 Query 2046 TGTAACACCTTGCAGGAATGGAAAAGAGCAATAGACCTCATCCAAATGATGGATCCGTAC 2105 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2058 TGTAACACCTTGCAGGAGTGGAAAAGAGCAATAGACCTCATCCAAATGATGGATCCGTAT 2117 Query 2106 CTGCCATCGCTTTCTATCGGGTTAACTAATCAGATGCTGCATCTTTTCGGGAAGAGTGGT 2165 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2118 CTACCATCGCTTTCTATCGGGTTAACTAATCAGATGCTGCATCTTTTCGGGAAGAGTGGT 2177 Query 2166 AAAGTTGAAGCAATGATGAAGCTGTTCTATAAGATTATTGCCTCTGGTGTTGGAATCAAC 2225 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| Sbjct 2178 AAAGTTGAAGCAATGATGAAGCTGTTCTATAAGATTATAGCCTCTGGTGTTGAAATCAAC 2237 Query 2226 CTCAAGACTTATGCAATACTGTTGGAACATCTTTTAGCTGTTGGAAACTGGAGAAAATAC 2285 |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2238 CTCAAGACTTATGCCATATTGTTGGAACATCTTTTAGCTGTTGGAAACTGGAGAAAATAC 2297 Query 2286 ATTGAGGTTTTAGAATGGATGAGTGGTGCTGGTATTCAACCCTCGAACCAAATGTATCGT 2345 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2298 ATTGAGGTTTTAGAATGGATGAGTGATGCTGGTATTCAACCCTCGAACCAAATGTATCGT 2357 Query 2346 GACATAATCTCCTTTGGTGAAAGAAGTGCAGGGATCGAGTTCGAGCCTCTAATACGCCAA 2405 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2358 GACATTATCTCCTTTGGTGAAAGAAGTGCAGGGATCGAATTCGAGCCTCTAATACGCCAA 2417 Query 2406 AAATTGGAAT-CACTGAGAAACAAAGGAGAAGGTCTGATTCCAACTTTTAGACACGAAGG 2464 |||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| Sbjct 2418 AAATTG-AATTCACTGAGAAACAAAGGAGAAGATCTGAGTCCAACTTTTAGACACCAAGG 2476 Query 2465 CACATTGTTGTAATTTCCACTATATG 2490 |||||||||||| |||||||| |||| Sbjct 2477 CACATTGTTGTAGTTTCCACTGTATG 2502 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 97092034505 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5