BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G41720.1
Length=2575
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg935024 jgi|Araly1|935024|scaffold_403012.1 4071 0.0
> Ahg935024 jgi|Araly1|935024|scaffold_403012.1
Length=2510
Score = 4071 bits (2204), Expect = 0.0
Identities = 2393/2486 (96%), Gaps = 6/2486 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 8 AATGGCTACCGTTACCAATTTCAAGCTCGTCACTCCGCCGGAATCTTCCCGCGCCGATAA 67
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 20 AATGGCTACCGTTACCAATTTCAAGCTCGTCACTCCGCCGGAATCTCCCCGCGCCGATAA 79
Query 68 GCCAGGAGCTACGAAGGCCTCCGACGCATTCCAGGAGAAGAAATCTGTGTCTGTGAACTA 127
||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 80 GCCAGGAGCCACGAAGACCTCCGAGGCATTTCAGGAGAAGAAGTCTGTCTCTGTGAACTA 139
Query 128 CGACCGTGGTGAGCATGAGGTCTCGGTCAACATCGGCGGGCTCAGGAAAGCTGATATTCC 187
|||||| |||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 140 CGACCGAGGTGAGCATGAGGTCTCGATCCGCGTCGGCGGGCTCAGGAAAGCTGATATTCC 199
Query 188 GAGACGTTACCGAATTCGGGTTGAGAACGACCGGTTTCAGAAGGATTGGAGTGTATCGGA 247
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 200 GAGACGTTACCGAATTCGGGTTGAGAACGACCGGTTTCAGAAGGATTGGAGTGTGTCGGA 259
Query 248 GGTTGTGGACCGGCTTATGGCTCTCAATCGTTGGGAAGAAGTTGATGGCGTTCTTAATTC 307
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 260 GGTGGTGGACCGGCTTATGGCTCTCAATCGTTGGGAAGAAGTTGATGGTGTTCTCAATTC 319
Query 308 CTGGGTCGGCCGGTTTGCTAGGAAGAATTTCCCGGTTCTTATCAGGGAGCTTAGTAGAAG 367
|||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 320 CTGGGTTGGCCGGTTTGCTAGAAAGAATTTTCCGGTTCTTATCAGGGAGCTTAGTAGAAG 379
Query 368 AGGGTGTATTGAGCTTTGTGTGAATGTTTTCAAGTGGATGAAGATTCAGAAGAACTACTG 427
|||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 380 AGGGTGCATCGAGCTTTGTGTGAATGTTTTCAAGTGGATGAAGAGTCAGAAGAATTACTG 439
Query 428 TGCAAGGAATGATATATACAATATGATGATTAGGCTTCATGCTAGGCATAATTGGGTTGA 487
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 440 TGCAAGGAATGATATATACAATATGATGATTAGGCTTCATGCTAGGCATAATTGGGTTGA 499
Query 488 TCAGGCTCGTGGTCTCTTCTTTGAAATGCAGAAATGGAGCTGCAAACCGGATGCTGAGAC 547
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 500 TCAAGCTCGTGGTCTCTTCTTTGAAATGCAGAAATGGAGCTGCAAACCGGATGCTGAGAC 559
Query 548 GTACGATGCTCTTATCAATGCCCATGGTCGAGCTGGTCAATGGCGCTGGGCTATGAATCT 607
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 560 GTATGATGCTCTTATCAATGCCCATGGTCGAGCTGGTCAGTGGCGCTGGGCTATGAATCT 619
Query 608 TATGGATGACATGTTACGTGCTGCTATTGCTCCTAGTCGTTCAACCTACAATAACCTGAT 667
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 620 TATGGATGACATGTTACGTGCAGCTATTGCTCCTAGTCGTTCAACCTACAATAATCTGAT 679
Query 668 CAATGCTTGTGGTTCTAGTGGAAACTGGAGAGAGGCTCTGGAAGTATGCAAGAAAATGAC 727
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 680 CAATGCTTGTGGTTCTAGTGGAAACTGGAGACAGGCTCTGGAAGTATGCAAGAAAATGAC 739
Query 728 AGATAACGGAGTTGGACCGGATTTGGTCACTCATAACATTGTGTTGTCAGCATACAAGAG 787
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 740 AGATAACGGAGTTGGACCGGATTTGGTCACTCACAACATTGTGTTGTCAGCATACAAGAG 799
Query 788 TGGTCGTCAGTATTCAAAGGCGCTATCTTATTTTGAGCTCATGAAGGGAGCTAAAGTTCG 847
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 800 TGGTCGTCAGTATTCAAAGGCGCTATCTTATTTTGAGCTCATGAAGGGAGCTAAAGTTCG 859
Query 848 TCCCGATACTACAACTTTCAATATCATTATATATTGTCTGTCAAAGCTCGGTCAAAGTAG 907
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 860 TCCCGATACTACAACTTTCAATATCATTATATATTGCCTGTCAAAGCTTGGTCAAAGTAG 919
Query 908 CCAAGCCCTTGATCTTTTCAATTCCATGAGGGAGAAGAGAGCTGAGTG-CAGACCTGATG 966
||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || | |||||||||
Sbjct 920 CCAAGCCCTTGATGTTTTCAATTCCATGAGGGACAAGAGAGCTGAATGTC-GACCTGATG 978
Query 967 TTGTGACATTTACGAGCATCATGCATTTATACTCTGTCAAGGGAGAGATAGAAAACTGCA 1026
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 979 TTGTGACATTTACTAGCATCATGCATTTATACTCTGTCAGGGGAGAGATAGAAAACTGCA 1038
Query 1027 GAGCCGTGTTCGAAGCAATGGTTGCAGAAGGTCT-AAAGCCTAATATTGTTTCCTATAAT 1085
|||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1039 GAGCTGTGTTTGAAGCAATGCTTGCAGAAGGTCTGAAA-CCTAATATTGTTTCCTATAAT 1097
Query 1086 GCCTTAATGGGTGCCTATGCTGTTCATGGAATGAGTGGAACTGCTCTCTCAGTGTTAGGA 1145
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| || |||
Sbjct 1098 GCCTTAATGGGTGCCTATGCTGTTCATGGAATGAGTGAAAATGCTCTCTCAGTTTTTGGA 1157
Query 1146 GATATCAAGCAGAATGGTATTATCCCAGATGTGGTCTCTTATACATGCTTGCTCAATTCT 1205
|| || |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1158 GAAATAAAGCGGAATGGTATTGTCCCAGATGTGGTCTCTTATACAAGCTTGCTCAATTCT 1217
Query 1206 TATGGAAGATCACGTCAACCTGGGAAGGCAAAGGAGGTATTCCTCATGATGAGGAAGGAA 1265
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1218 TATGGAAGATCACGTCAACCTGGAAAGGCAAAGGAGGTATTTCTCATGATGAGGAAGGAA 1277
Query 1266 AGGAGAAAGCCAAATGTTGTTACTTACAATGCATTGATTGATGCTTATGGGTCTAATGGG 1325
||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1278 AGGAGAAAGCCTAACGTTGTTACTTACAATGCACTGATTGATGCTTATGGGTCTAATGGG 1337
Query 1326 TTTCTAGCTGAAGCTGTGGAAATCTTTCGGCAGATGGAACAAGATGGCATTAAGCCAAAT 1385
||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 1338 TTTCTGGCTGAAGCTGTGGAAATCTTCCGGCAGATGGAACAAGACGGCACTAAGCCAAAT 1397
Query 1386 GTTGTTTCAGTATGCACTCTTTTGGCTGCTTGTAGTAGGTCTaaaaaaaaGGTGAATGTT 1445
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1398 GTGGTTTCAGTATGCACTCTTTTGGCTGCTTGTAGTAGGTCTAAGAAAAAGGTGAATGTT 1457
Query 1446 GATACTGTACTTTCCGCAGCACAGTCGAGAGGCATTAATCTCAATACGGCAGCCTATAAC 1505
|| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1458 GAAACTGTACTTTCCGCAGCACAGTCGAGAGGTATCAATCTCAATACGGCAGCCTATAAC 1517
Query 1506 TCAGCCATTGGAAGCTATATAAATGCTGCAGAACTTGAGAAGGCCATTGCATTGTATCAG 1565
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1518 TCAGCCATTGGAAGCTATATAAATGCTGCAGAACTTGAGAAGGCCATTGCATTGTATCAA 1577
Query 1566 AGTATGAGAAAAAAGAAAGTCAAAGCTGATTCTGTTACTTTCACTATCCTTATAAGCGGT 1625
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1578 ACTATGAGAAAAAAGAAAGTCAAAGCTGATTCTGTTACTTTCACTATCCTTATAAGTGGT 1637
Query 1626 TCATGTAGGATGTCAAAATACCCTGAAGCAATTAGTTACTTGAAGGAGATGGAAGATCTC 1685
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1638 TCATGTAGGATGTCAAAATACCCTGAAGCAATTAGTTACTTGAAGGAGATGGAAGATCTC 1697
Query 1686 AGTATTCCATTGACAAAGGAGGTGTACTCTTCGGTTCTATGTGCTTACAGCAAACAGGGT 1745
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1698 AGTATTCCATTGACAAAGGAGGTGTACTCTTCTGTTCTATGTGCTTACAGCAAACAGGGT 1757
Query 1746 CAAGTTACAGAAGCAGAATCCATATTCAACCAGATGAAAATGGCTGGGTGCGAACCTGAT 1805
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1758 CAAGTTACAGAAGCAGAATCCATATTCAACCAGATGAAAATGGCTGGGTGCGAACCTGAT 1817
Query 1806 GTGATTGCATACACTTCAATGCTCCATGCTTACAATGCTTCAGAAAAGTGGGGAAAGGCT 1865
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1818 GTGATTGCATACACTTCAATGCTCCATGCTTACAATGCTTCAGAAAAGTGGGGAAAGGCT 1877
Query 1866 TGTGAACTCTTCCTGGAAATGGAGGCAAATGGAATAGAGCCAGATTCGATTGCTTGTTCA 1925
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1878 TGTGAACTCTTCCTGGAAATGGAAGCAAATGGAATAGAGCCAGATTCGATTGCTTGTTCA 1937
Query 1926 GCTTTGATGAGAGCTTTCAACAAGGGAGGTCAACCGTCAAATGTCTTTGTCCTGATGGAT 1985
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1938 GCTTTGATGAGAGCTTTCAACAAGGGAGGTCAACCGTCAAATGTCTTTGTCCTGATGGAT 1997
Query 1986 TTAATGCGGGAAAAAGAAATCCCCTTCACTGGTGCGGTCTTCTTTGAGATATTTTCGGCT 2045
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1998 TTAATGCGGGAAAAAGAAGTCCCCTTCACTGGTGCGGTTTTCTTTGAGATTTTTTCCGCT 2057
Query 2046 TGTAACACCTTGCAGGAATGGAAAAGAGCAATAGACCTCATCCAAATGATGGATCCGTAC 2105
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2058 TGTAACACCTTGCAGGAGTGGAAAAGAGCAATAGACCTCATCCAAATGATGGATCCGTAT 2117
Query 2106 CTGCCATCGCTTTCTATCGGGTTAACTAATCAGATGCTGCATCTTTTCGGGAAGAGTGGT 2165
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2118 CTACCATCGCTTTCTATCGGGTTAACTAATCAGATGCTGCATCTTTTCGGGAAGAGTGGT 2177
Query 2166 AAAGTTGAAGCAATGATGAAGCTGTTCTATAAGATTATTGCCTCTGGTGTTGGAATCAAC 2225
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 2178 AAAGTTGAAGCAATGATGAAGCTGTTCTATAAGATTATAGCCTCTGGTGTTGAAATCAAC 2237
Query 2226 CTCAAGACTTATGCAATACTGTTGGAACATCTTTTAGCTGTTGGAAACTGGAGAAAATAC 2285
|||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2238 CTCAAGACTTATGCCATATTGTTGGAACATCTTTTAGCTGTTGGAAACTGGAGAAAATAC 2297
Query 2286 ATTGAGGTTTTAGAATGGATGAGTGGTGCTGGTATTCAACCCTCGAACCAAATGTATCGT 2345
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2298 ATTGAGGTTTTAGAATGGATGAGTGATGCTGGTATTCAACCCTCGAACCAAATGTATCGT 2357
Query 2346 GACATAATCTCCTTTGGTGAAAGAAGTGCAGGGATCGAGTTCGAGCCTCTAATACGCCAA 2405
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2358 GACATTATCTCCTTTGGTGAAAGAAGTGCAGGGATCGAATTCGAGCCTCTAATACGCCAA 2417
Query 2406 AAATTGGAAT-CACTGAGAAACAAAGGAGAAGGTCTGATTCCAACTTTTAGACACGAAGG 2464
|||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 2418 AAATTG-AATTCACTGAGAAACAAAGGAGAAGATCTGAGTCCAACTTTTAGACACCAAGG 2476
Query 2465 CACATTGTTGTAATTTCCACTATATG 2490
|||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 2477 CACATTGTTGTAGTTTCCACTGTATG 2502
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 97092034505
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5