BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G41820.1
Length=3256
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg483263 jgi|Araly1|483263|fgenesh2_kg.4__2323__AT2G41820.1 4996 0.0
> Ahg483263 jgi|Araly1|483263|fgenesh2_kg.4__2323__AT2G41820.1
Length=3249
Score = 4996 bits (2705), Expect = 0.0
Identities = 3058/3225 (95%), Gaps = 37/3225 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 TCTGTGTGTGAAGTGAGAGGATCTTTGTTTGGTTCTGCAATCATAATTTCGTGATATACT 61
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TCTGTGTGTGAAGTGAGAGGATCTTTGTTTGGTTCTGCAATCATAATTTCGTGATATACT 60
Query 62 aaaaaaaaTGCAATTTCCTCTTCTCTCTTATAAGCAGAGACCCTACTACTCTTTGATCGA 121
|||||||||||| |||| ||| |||||||||| ||| ||| || ||||||| ||||| |
Sbjct 61 AAAAAAAATGCATTTTCTTCTGCTCTCTTATACGCATAGA-CC--CTACTCTATGATC-A 116
Query 122 -ATTTTCCTTGCTCTCTTCTCTTTGTTCTCTCATGtttttttCTCCCTAAATTTATGGGC 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |
Sbjct 117 GATTTTCCTTGCTCTCTTCTCTTTGTTCTCTCATGGCTTTTTCTCCCTAAA-TT-TGCTC 174
Query 181 TTTGC--TCTCTCTCT-AAGCCACACTCACACTCTAAAGCACTCGTCTTTCTTCTTC--- 234
| | | ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||
Sbjct 175 TCTCCTTTCTCTCTCTAAAG-CACACTCACACTCAAAAGCACTTGTCTTTCTTTTTCTAA 233
Query 235 ---T---TTTTCTTCAGAAACAGTTATTTTGACTTGAAAAACCAGAGCTTTAATCCTGGA 288
| |||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 234 AGATGGGTTTTGTTCAGAAACAGTTGTTTTGACTTCAAAAACCAGAGCTTTAATCCTGGA 293
Query 289 TTCATGGCAAAAAGAGCATTACTTTTCTTTTCCTCTCTCACTTTCTTGTTTCATTTGGCT 348
|||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 294 TTCATGGCGAAAAGAGCAACACTTTTCTTCTCCTCTCTCACTTTCTTGTTTCAATTCGCT 353
Query 349 TAAAAATTCAATGATAATTTTGT-ATTTGGGGGAAAGAAGAAGAAGAACAAGAGTGTGTG 407
|||||| |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 354 TAAAAAATCAATGGTAATTTTGTGTTTTGGGGG-AAGAAGAAGAAGAGCAAGAGTGTGTG 412
Query 408 ATTGATTCAATTCTTAAAAATGACATTTTGGTGTATGTCAATTCTTCTGA---TTGTTGG 464
||||||| | ||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 413 ATTGATTGATTTCCTAAAAATGGCATTTTGGTGCATGTCAATTCTTCTGATTGTTGTTGG 472
Query 465 GTTCTTATCAAAATCTGAGCTTTGTGAAGCTCAACTAAGCGATGAAGCCACATTGGTTGC 524
||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 473 GTTTTTATCAAAATCTGAGTTTTGTGAAGCTCAGCTAAGCGATGAAGCCACATTGGTTGC 532
Query 525 GATTAATAGAGAGCTTGGAGTTCCAGGATGGAGTAGTAATGGCACTGACTATTGTACTTG 584
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 533 CATTAATAGAGAGCTTGGAGTTCCAGGATGGAGTAGCAATGGCACTGACTATTGTACTTG 592
Query 585 GGTTGGGCTTAAGTGTGGTGTCAACAACTCTTTTGTTGAAATGCTTGATCTCTCAGGGCT 644
||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 GGTTGGGCTCAAGTGTGGTCTCAACAACTCTTTTGTTGAAATGCTTGATCTCTCAGGGCT 652
Query 645 TCAGCTTAGAGGTAATGTTACTCTAATCTCTGACCTCAGAAGCTTAAAGCATCTAGATCT 704
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 653 TCAGCTTAGAGGTAATGTCACTCTAATTTCTGACCTCAGAAGCTTAAAGCATCTAGATCT 712
Query 705 TTCTGGTAACAACTTCAATGGACGAATTCCTACTTCTTTTGGCAACTTGTCTGAGCTTGA 764
||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 713 TTCTGGTAACAACTTCAATGGACCAATTCCTGCTTCTTTTGGCAACTTATCTGAGCTTGA 772
Query 765 GTTTCTTGATTTGTCTCTGAATCGTTTTGTTGGAGCGATTCCGGTTGAGTTTGGTAAGCT 824
|||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 773 GTTTCTAGATTTGTCTCTAAATCGTTTTGTTGGAGCAATTCCAGTTGAGTTTGGTAAGCT 832
Query 825 TAGAGGGCTTAGAGCATTCAACATTTCTAATAACTTGCTTGTTGGAGAGATACCTGATGA 884
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 833 TAGAGGGCTTAGAGCGTTCAACATTTCCAATAACTTGCTTGTGGGAGAGATACCTGATGA 892
Query 885 GCTTAAGGTTCTAGAGAGGTTAGAGGAGTTTCAGGTCTCTGGAAATGGGTTAAATGGTTC 944
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 893 GCTTAAGGTTCTAGAGAGGTTAGAGGAGTTTCAGGTCTCTGGAAATGGCTTAAATGGTTC 952
Query 945 TATACCTCACTGGGTAGGGAATCTGAGCAGTCTCAGGGTGTTTACAGCTTATGAGAATGA 1004
||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 953 TATACCTCACTGGCTAGGGAATCTGAGCAGTCTTAGGGTGTTTACGGCTTATGAGAATGA 1012
Query 1005 TTTGGTGGGTGAGATACCGAATGGGTTAGGTTTGGTTTCTGAGTTGGAATTGTTGAATCT 1064
|||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1013 TTTGGTTGGTGAGATACCGAATGGGTTAGGTTCGGTCTCTGAGTTGGAATTGTTGAATCT 1072
Query 1065 TCACTCAAACCAACTTGAGGGGAAGATTCCAAAAGGGATTTTTGAGAAAGGGAAGCTTAA 1124
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1073 TCACTCAAACCAGCTTGAGGGGAAGATTCCAAAGGGGGTTTTTGAGAAAGGGAAGCTTAA 1132
Query 1125 AGTTTTGGTCTTGACACAGAATAGATTGACCGGTGAACTCCCTGAAGCAGTAGGAATCTG 1184
||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1133 AGTTTTGGTCTTGACACAGAATAGACTGACTGGTGAACTCCCTGAAGCAGTAGGAATCTG 1192
Query 1185 CAGCGGCCTCTCGAGCATTAGAATTGGGAATAACGAGCTTGTGGGAGTCATTCCGAGGAC 1244
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1193 CAGCGGCCTCTCGAGCATTAGAATTGGGAATAACGAGCTTGTGGGAGTCATTCCGAAGAC 1252
Query 1245 AATCGGGAACATTAGTGGACTTACTTACTTTGAAGCAGACAAGAACAATCTTTCAGGTGA 1304
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1253 AATCGGAAACATTAGTGGACTTACTTACTTTGAAGCAGACAATAACAATCTTTCAGGTGA 1312
Query 1305 GATTGTTGCAGAGTTCTCCAAGTGTTCTAATCTCACTCTGCTGAATCTGGCAGCTAATGG 1364
||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1313 GATTGTTGCAGAGTTTTCAAAGTGTTCTAACCTCACTCTGCTGAATCTAGCAGCAAATGG 1372
Query 1365 GTTCGCTGGAACCATTCCAACAGAGCTTGGTCAGCTCATTAATCTTCAAGAACTGATTCT 1424
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1373 GTTCGCTGGAACCATTCCAACAGAGCTTGGTCAGCTCATTAATCTTCAAGAACTTATTCT 1432
Query 1425 CTCAGGTAATAGTCTCTTTGGGGAGATCCCTAAGTCGTTTCTTGGAAGTGGAAACCTAAA 1484
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1433 CTCAGGTAATAGTCTCTTTGGGGAAATCCCGAAGTCGTTTCTTGGAAGTGGAAACCTTAA 1492
Query 1485 CAAGCTTGATTTGAGTAACAACAGACTCAACGGAACCATCCCAAAGGAACTCTGCAGCAT 1544
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1493 CAAGCTTGATTTGAGTAACAACAGACTCAACGGAACCATCCCAAAGGAACTCTGCAGCAT 1552
Query 1545 GCCAAGGCTACAGTATTTACTTCTTGATCAAAATTCCATAAGAGGAGACATACCTCATGA 1604
||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1553 GCCGAGGCTTCAGTATTTGCTTCTTGATCAGAATTCCATAAGAGGAGACATACCTCATGA 1612
Query 1605 GATTGGAAACTGTGTGAAGCTACTTCAGCTCCAACTGGGTCGAAATTACTTGACGGGAAC 1664
||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1613 GATTGGAAACTGTGTGAAGCTGCTTCAGCTACAATTGGGTCGAAATTACTTGACGGGAAC 1672
Query 1665 CATTCCTCCTGAGATTGGTCGCATGAGGAATTTGCAGATAGCACTCAACTTAAGTTTCAA 1724
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673 CATTCCTCCCGAGATTGGTCGCATGAGGAATTTGCAGATAGCACTCAACTTAAGTTTCAA 1732
Query 1725 CCATCTTCATGGATCATTGCCTCCCGAGTTAGGAAAACTCGACAAGCTCGTGTCATTGGA 1784
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1733 CCATCTTCATGGATCATTGCCTCCCGAGTTAGGAAAACTCGACAAGCTCGTGTCATTGGA 1792
Query 1785 TGTCTCTAACAATTTGCTCACAGGATCCATACCGCCACTACTAAAAGGTATGATGAGTTT 1844
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1793 TGTCTCTAACAATTTGCTGACAGGATCCATACCGCAACTACTGAAAGGTATGATGAGTTT 1852
Query 1845 GATCGAGGTTAATTTCTCAAACAACCTTTTGAATGGTCCAGTGCCAGTCTTTGTTCCCTT 1904
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1853 GATCGAGGTTAATTTCTCAAACAACCTCTTGAATGGTCCTGTGCCAGTTTTTGTTCCCTT 1912
Query 1905 TCAAAAGTCTCCAAATTCGAGCTTTTTGGGAAACAAAGAGCTTTGTGGAGCACCATTGAG 1964
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1913 TCAAAAGTCTCCAAATTCGAGCTTTTCGGGAAACAAAGAGCTATGTGGAGCACCATTGAG 1972
Query 1965 CTCTTCTTGTGGATATTCTGAAGATCTTGACCATTTGAGATATAATCACAGAGTCTCCTA 2024
||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1973 CTCTTCTTGTGGAAATTCTGAAGATCATGAACATTTGAGATACAATCACAGAGTCTCCTA 2032
Query 2025 CAGAATTGTGCTCGCAGTGATTGGTTCTGGTGTAGCTGTCTTTGTATCAGTCACTGTGGT 2084
||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2033 CAGGATTGTGCTTGCAGTGATTGGTTCTGGTGTGGCTGTCTTTGTATCAGTCACTGTGGT 2092
Query 2085 TGTTCTTCTCTTCATGATGAGGGAGAAACAAGAGAAAGCAGCGGCTAAAAATGTTGATGT 2144
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2093 TGTTCTTCTCTTCATGATGAGGGAGAAACAAGAGAAAGCAGCGGCTAAAAACGTTGATGT 2152
Query 2145 TGAAGAAAATGTTGAGGATGAGCAACCAGCAATTATCGCGGGAAATGTCTTCCTTGAAAA 2204
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2153 TGAAGAAAATGTTGAGGATGAGCAACCGGCAATTATAGCGGGAAATGTCTTCCTTGAAAA 2212
Query 2205 TCTTAAACAAGGAATTGATCTTGATGCAGTTGTGAAAGCAACTATGAAGGAGTCAAATAA 2264
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 2213 TCTTAAACAAGGAATTGATCTTGATGCAGTTGTGAAAGCAACTATGAAGGAATCGAATAA 2272
Query 2265 ACTCAGTACGGGAACTTTCAGTTCAGTTTATAAAGCCGTTATGCCTTCGGGGATGATTGT 2324
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2273 ACTCAGCACGGGAACTTTCAGTTCAGTTTATAAAGCCGTTATGCCTTCGGGGATGATTGT 2332
Query 2325 TTCGGTGAAGAAACTCAAGTCTATGGATAGAGCCATATCTCATCATCAGAACAAGATGAT 2384
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2333 TTCGGTGAAGAAACTCAAGTCTATGGATAGAGCCATAACTCATCATCAGAACAAGATGAT 2392
Query 2385 CAGAGAACTCGAAAGACTCAGCAAACTTTGCCATGACCATTTGGTTAGACCGATAGGGTT 2444
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2393 CAGAGAACTCGAAAGACTCAGTAAACTTTGCCATGACCATTTGGTTAGACCGATCGGGTT 2452
Query 2445 TGTTATATACGAAGACGTTGCTCTCTTGTTGCATCAGCATTTACCTAATGGTAACTTAAC 2504
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2453 TGTTATATATGAAGATGTTGCTCTCTTGTTGCATCAGCATTTACCTAATGGTAACTTAAC 2512
Query 2505 TCAGCTGATTCATGAGTCCACCAAGAAACCAGAGTACCAACCTGACTGGCCAATGAGACT 2564
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2513 TCAGCTGATTCATGAGTCCACCAAGAAACCAGAGTACCAACCTGACTGGCCAATGAGACT 2572
Query 2565 GTCCATAGCTGTTGGAGCAGCAGAAGGTTTAGCATTTCTCCACCAAGTCGCCATCATTCA 2624
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2573 GTCCATAGCTGTTGGAGTAGCAGAAGGTTTAGCATTTCTCCACCAAGTCGCCATCATTCA 2632
Query 2625 CCTCGACGTTTCCTCTAGCAACGTCTTGCTAGACTCTGGTTACAAAGCCGTGCTTGGGGA 2684
|||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2633 CCTCGATGTTTCCTCTAGCAATGTCTTGCTAGATTCTGGTTACAAAGCCGTGCTTGGGGA 2692
Query 2685 AATCGAAATATCGAAACTTCTAGATCCCTCTAGAGGCACCGCGAGTATTAGCTCAGTTGC 2744
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2693 AATCGAAATATCAAAACTTCTAGATCCCTCTAGAGGCACCGCAAGTATTAGCTCAGTTGC 2752
Query 2745 AGGCTCTTTTGGCTACATTCCACCAGAGTATGCATACACAATGCAAGTTACAGCTCCGGG 2804
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 2753 AGGCTCCTTTGGCTACATTCCACCAGAGTATGCATACACAATGCAAGTTACTGCACCGGG 2812
Query 2805 GAATGTTTACAGTTATGGAGTTGTGTTGCTTGAGATTCTAACCTCAAGAGCGCCGGTGGA 2864
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813 GAATGTTTACAGCTACGGAGTTGTGTTGCTTGAGATTCTAACCTCAAGAGCGCCGGTGGA 2872
Query 2865 GGAAGAGTTTGGTGAAGGAGTAGATTTGGTGAAATGGGTCCATGGAGCTTCAGCGAGAGG 2924
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2873 GGAAGAGTTTGGTGAAGGAGTAGATTTGGTGAAATGGGTCCATGGAGCTTCAGCGAGAGG 2932
Query 2925 AGAAACACCGGAACAGATACTCGATGCCAAGCTTAGCACCGTGTCTTTTGCTTGGAGGAG 2984
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2933 CGAAACACCGGAACAGATACTTGATGCCAAGCTTAGCACCGTGTCCTTTGCTTGGAGGAG 2992
Query 2985 AGAGATGCTTGCAGCTCTGAAAGTTGCATTGCTTTGCACAGACATCACACCTGCAAAAAG 3044
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2993 AGAGATGCTTGCAGCTCTGAAAGTTGCATTGCTTTGCACAGACATCACACCTGCAAAAAG 3052
Query 3045 GCCAAAGATGAAGAAAGTAGTTGAAATGCTTCAAGAGGTTAAGCAAATCAAATGAGCAAA 3104
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3053 GCCAAAGATGAAGAAAGTAGTTGAAATGCTTCAAGAGGTTAAGCAAATCAAATGAGCAAA 3112
Query 3105 TGAAT-AT-ATA----GTTTCCTCTTGTGACATTCATATACAAAAGAAAACGCATTCCTA 3158
||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 3113 TGAATGATGATATATAGTTTCCTTTTGTGACATTCATATACAAAA-AAA-CGCATTCCTA 3170
Query 3159 TATATGCGAGCTTCTCCTCTGTGTATTATATAGGTTTTTATGATA 3203
|||||||||| | | | | | ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3171 TATATGCGAGGTG-TA-T-TAT-TATTATATAGGTTTTCATGATA 3211
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 122887903217
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5