BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G42490.1
Length=2851
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg935132 jgi|Araly1|935132|scaffold_403120.1 4076 0.0
> Ahg935132 jgi|Araly1|935132|scaffold_403120.1
Length=2413
Score = 4076 bits (2207), Expect = 0.0
Identities = 2355/2425 (97%), Gaps = 15/2425 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 263 TGTATGTCAGTGGATTGTGTTGAAACTGATTTTGGTGGATTTGGAGAACTTGTGAACCCT 322
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TGTATGTCAGTAGATTGTGTTGAAACTGATTTTGGTGGATTTGGAGAACTTGTGAACCCT 60
Query 323 ATTCAATGGCCTCAGCTTCGAAAAAGACGTCGGCATGTCCTCACCACGGTGGCTCTCTTC 382
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 61 ATTCAATGGCCTCAGCTTCGAAAAAGACGACGGCATGTCCTCACCACGGTGGCTCTGTTT 120
Query 383 CGCCTCCCAAACTCGTCTCCGCTGCTCCCGATACCGTTGCTGTATGGTCCGACGCTGACG 442
||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 121 CGCCTCCGAAACTCGTCTCCGCTGCTCCCGATACGGTTGCTGTATGGTCCGACGGTGACG 180
Query 443 ATCAGCGAGCCTCTAAAGTT-TCTTTGGAATCCGTTATCCGCCCTGTCGATTCGTTTCCT 501
|||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 181 ATCAGCGAGCCTCTAAGGTTGT-TTTGGAATCCGTTCTCCGCCCTGTCGATTCGCTTCCT 239
Query 502 GATAATACTGCCAAGAAACCTGCCAACAAAGGGATTTCTGTGATGCCAAGGACTGAAACC 561
| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 G---ATACCGCCAAGAAACCTGCCAACAAAGGAATTTCTGTGATGCCAAGGACTGAAACC 296
Query 562 AAGCACCCATTGGATCCTCTTTCTGCTGCAGAAATATCAGTTGCTGTGGCGACTGTTCGC 621
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 AAGCATCCATTGGATCCTCTTTCTGCTGCAGAAATATCAGTTGCTGTGGCGACTGTTCGC 356
Query 622 GCAGCTGGTGCCAATCCTGAGGTTAGGGATGGCATGCGTTTCATTGAGGTGGCATCAGTG 681
|| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 357 GCGGCTGGTGCCAACCCTGAGGTTAGGGATGGCATGCGTTTCATCGAGGTGGCGTCAGTA 416
Query 682 GAACCAGATAAACAAGTTGTGGCGCTCGCTGATGCTTACTTTTTCCCACCGTTCCAGCCA 741
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 417 GAACCAGATAAACAAGTTGTGGCGCTGGCTGATGCTTACTTTTTCCCTCCGTTCCAGCCA 476
Query 742 TCACTACTTCCAAGAACTAAATCTGGACCTGTGATTCCGATGAAGCTCCCTCCAAGGCGA 801
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 TCACTACTTCCAAGAACTAAATCTGGACCTGTGATTCCGATGAAGCTCCCTCCAAGGCGA 536
Query 802 GCTAGACTTGTTGTTTACAACCAAAAGTCTAATGAGACAAGTGTATGGATTGTGGCA-TT 860
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 537 GCAAGACTTGTTGTTTACAACCAAAAGTCCAATGAGACAAGTGTATGGATTGTGG-AGTT 595
Query 861 GTCTGAAGTTCATGCTGTCACTCGGGGTGGACATCACAGGGGAAGAGTTGTTTCCTCACA 920
||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 596 GTCTGAAGTTCATGCTGTCACTCGGGGGGGCCATCACAGGGGAAGAGTTGTTTCCTCACA 655
Query 921 AGTTATACCTGATGTTCAGCCACCCATGGATGCGGCTGAATATGCTGAATGTGAAGCGAT 980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 656 AGTTATACCTGATGTTCAGCCACCCATGGATGCGGCTGAATATGCTGAATGTGAAGCGAT 715
Query 981 TGTCAAAGACTTCCCACCATTCATAGAGGCAATGAAGAGGAGAGGTATTGAAGACATGGA 1040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 716 TGTCAAAGACTTCCCACCATTCATAGAGGCAATGAAGAGGAGAGGTATTGAAGACATGGA 775
Query 1041 TCTAGTGATGGTTGATCCCTGGTGTGTGGGTTATCACAGTGAGGCTGACGCTCCTAGTCG 1100
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 776 TCTAGTGATGGTTGATCCCTGGTGTGTGGGTTATCACAGTGAAGCTGACGCTCCTAGTCG 835
Query 1101 TAGGCTTGCAAAGCCCCTTATATACTGTCGGACTGATAGTGATTCCCCTATGGAAAATGG 1160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 836 TAGGCTTGCAAAGCCCCTTATATACTGTCGGACTGATAGTGATTCCCCTATGGAAAATGG 895
Query 1161 ATATGCTCGTCCAGTTGAGGGCATTTATGTACTTGTAGACATGCAAAACATGGTGGTGAT 1220
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 CTATGCTCGTCCAGTTGAGGGAATTTATGTACTTGTAGACATGCAAAACATGGTGGTGAT 955
Query 1221 TGAATTTGAAGACCGTAAGTTTGTGCCACTCCCCCCACCTGACCCTTTGAGGAATTATAC 1280
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 956 TGAGTTTGAAGACCGTAAGTTTGTGCCACTCCCCCCACCTGACCCATTGAGGAATTATAC 1015
Query 1281 CCCAGGTGAAAGTAGAGGGGGTGTTGATAGAAGTGATGTTAAGCCTCTCCAGATTATTCA 1340
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1016 CCCAGGTGAAAGTAGAGGGGGTGTTGATAGAAGTGATGTTAAGCCTCTCCAAATTATTCA 1075
Query 1341 GCCTGAAGGTCCAAGTTTTCGTGTAAGGGGTTACTTTGTCGAGTGGCAGAAGTGGAACTT 1400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1076 GCCTGAAGGTCCAAGTTTTCGTGTAAGGGGTTACTTTGTCGAGTGGCAGAAGTGGAACTT 1135
Query 1401 TCGTATTGGATTCACTCCAAGGGAAGGTTTAGTCATACATTCGGTAGCATATGTTGATGG 1460
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 TCGTATTGGGTTCACTCCAAGAGAAGGTTTAGTCATACATTCGGTAGCATATGTTGATGG 1195
Query 1461 CAGTCGAGGTCGAAGGCCTGTTGCACACAGGCTAAGTTTTGTGGAAATGGTTGTGCCTTA 1520
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1196 CAGTCGAGGTCGAAGGCCTGTTGCACATAGGCTAAGTTTTGTGGAGATGGTTGTGCCTTA 1255
Query 1521 TGGCGATCCTAATGAGCCACATTACAGGAAAAATGCTTTTGATGCAGGGGAGGATGGTCT 1580
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 TGGCGATCCAAATGAGCCACATTACAGGAAAAATGCTTTTGATGCAGGGGAGGATGGTCT 1315
Query 1581 CGGGAAAAACGCACATTCGCTTAAGAAGGGGTGTGACTGTCTGGGATCTATCAAGTACTT 1640
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 CGGGAAAAACGCACATTCACTTAAGAAGGGGTGTGACTGTCTGGGATCTATCAAGTACTT 1375
Query 1641 CGATGCCCATTTCACAAATTTCACTGGAGGAGTTGAAACAATTGAGAACTGTGTTTGCTT 1700
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1376 CGATGCCCATTTCACAAATTTCACTGGAGGAGTTGAAACAATTGAGAACTGTGTTTGTTT 1435
Query 1701 GCATGAAGAAGATCATGGGATTTTGTGGAAACATCAGGACTGGAGAACAGGATTAGCCGA 1760
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1436 GCATGAAGAAGATCATGGGATTTTGTGGAAACATCAGGACTGGAGAACAGGATTAGCTGA 1495
Query 1761 AGTGCGAAGATCTAGGAGACTAACTGTCTCTTTTCTATGTACTGTTGCCAACTACGAGTA 1820
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1496 AGTGCGAAGATCTAGGAGGCTAACTGTCTCTTTTCTATGTACTGTTGCTAACTACGAGTA 1555
Query 1821 TGGGTTTTACTGGCACTTCTACCAGGATGGGAAAATCGAAGCTGAAGTAAAACTTACTGG 1880
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 TGGGTTTTACTGGCACTTCTACCAGGATGGGAAAATCGAAGCTGAAGTAAAACTTACTGG 1615
Query 1881 TATCCTCAGTTTAGGAGCTCTGCAGCCAGGTGAAACTCGAAAGTACGGTACTACTATTGC 1940
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1616 TATCCTCAGTTTAGGAGCTCTGCAGCCAGGTGAAACTCGAAAGTATGGTACTACTATTGC 1675
Query 1941 TCCTGGGTTGTATGCACCAGTCCATCAACATTTCTTTATCGCTCGCATGGATATGTCTGT 2000
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 TCCTGGGTTGTATGCACCAGTCCATCAACATTTCTTTATCGCTCGCATGGATATGTCTGT 1735
Query 2001 TGACTGTAAACCTGCTGAAGCTTTTAATCAGGTAGTTGAGGTAAATGTTAGAGTTGACGA 2060
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 TGACTGTAAACCTGGTGAAGCTTTTAATCAGGTAGTTGAGGTAAATGTTAGAGTTGACGA 1795
Query 2061 GCGAGGTGAGAACAATGTCCACAACAATGCGTTTTATGCGGAAGAGAAGTTACTTAAATC 2120
|| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1796 GCCAGGTGAGAACAATGTCCACAGCAATGCGTTTTATGCGGAAGAGAAGTTACTTAGATC 1855
Query 2121 TGAGGCAGTGGCGATGCGTGACTGTGACCCTCTTTCTGCTCGCCATTGGATTGTAAGGAA 2180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 TGAGGCAGTGGCGATGCGTGACTGTGACCCTCTTTCTGCTCGCCATTGGATTGTAAGGAA 1915
Query 2181 CACAAGGACTGTAAACAGGACGGGCCAATTAACGGGATACAAACTTGTTCCGGGTTCAAA 2240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 CACAAGGACTGTAAACAGGACGGGCCAATTAACGGGATACAAACTTGTTCCGGGTTCAAA 1975
Query 2241 TTGTTTGCCATTAGCTCGACCCGAGGCGAAGTTTCTAAGAAGAGCCGCTTTCCTGAAGCA 2300
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 TTGTTTGCCATTAGCTCGACCAGAGGCTAAGTTTCTAAGAAGAGCCGCTTTCCTGAAGCA 2035
Query 2301 TAATCTCTGGGTTACCCGTTACGCCCCAGACGAGAAGTTTCCTGGAGGAGAATTCCCAAA 2360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 TAATCTCTGGGTTACCCGTTACGCCCCAGACGAGAAGTTTCCTGGAGGAGAATTCCCAAA 2095
Query 2361 CCAAAACCCACGGGCTGGTGAAGGTCTTGCCACATGGGTGAAACAGAATCGCTCCTTGGA 2420
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 CCAAAACCCACGTGCTGGTGAAGGTCTTGCCACATGGGTTAAACAGAATCGCTCCTTGGA 2155
Query 2421 AGAATCTGACGTCGTTCTTTGGTACGTGTTTGGGATCACACATGTTCCTAGACTTGAAGA 2480
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 AGAATCCGACGTCGTTCTTTGGTACGTGTTTGGGATCACACATGTTCCTAGACTTGAAGA 2215
Query 2481 TTGGCCGGTTATGCCCGTCGAACATATTGGTTTCACACTAATGCCACATGGATTTTTCAA 2540
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 TTGGCCGGTTATGCCCGTCGAACATATTGGTTTCACTCTAATGCCACATGGATTTTTCAA 2275
Query 2541 CTGCTCACCGGCAGTAGATGTGCCACCGAATCCATGCGAATTGGAGACTAAGGAGAGTGA 2600
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||
Sbjct 2276 CTGCTCACCGGCCGTAGATGTGCCACCGAATCCATGCGAGTTGGAGACAAAGGACAGTGA 2335
Query 2601 AGTCAAAGAGGTTGTAGCACCGAAAGC-TCTTCAGACTGGTTTACTTTCAAAGCTTTGAA 2659
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2336 AGTCAAAGAGGTTGTAGCACCGAA-GCCTCTTCAGACTGGTTTACTTTCAAAGCTTTGAA 2394
Query 2660 GAATATGAATATCATTTGTTTTCTT 2684
| || ||||||||||||||||
Sbjct 2395 G-----GA-TATCATTTGTTTTCTT 2413
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 107604942125
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5