BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G42520.1
Length=2252
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg483345 jgi|Araly1|483345|fgenesh2_kg.4__2405__AT2G42520.1 3417 0.0
Ahg486301 jgi|Araly1|486301|fgenesh2_kg.5__2293__AT3G58510.1 1716 0.0
> Ahg483345 jgi|Araly1|483345|fgenesh2_kg.4__2405__AT2G42520.1
Length=2155
Score = 3417 bits (1850), Expect = 0.0
Identities = 2074/2177 (95%), Gaps = 36/2177 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 35 TTTTGTATTCTATTGAAGATTATAAACTAAAGGGAGGAGCTTTGAGAATTTGATTGTTGA 94
|||| | ||||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3 TTTTCTTTTCTATTGACGATTATAAAGTAAAAAGAGCAGCTTTGAGAATTTGATTGTTGA 62
Query 95 TATCCAAGGATTTGCAAGCTAGttttttttttACGACGTTATACTTTTCGATTATGAGTG 154
|||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 63 TATCCAAGGATTTGGAAGCTTGTTTTGGTTTTAGGACGTTATACTTTTCGATTATGAGTG 122
Query 155 CATCATGGGCTGATGTAGCTGACTCAGAGAACACGGGTTCTGGGTCTTCTAATCAGAATT 214
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 123 CATCATGGGCTGATGTGGCTGACTCAGAGAACACGGGTTCTGGGTCTTCTAATCAGAATT 182
Query 215 CTCATCCTTCACGACCTGCTTATGTTCCTCCACATCTAAGGAACAGGCCAG-CAGCTTCT 273
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 183 CTCATCCGTCACGACCTGCTTATGTTCCTCCACATCTAAGGAACAGGCCAGCCA-CTTCT 241
Query 274 GAGCCTGTTGCTCCATTGCCAGCTAATGATCGTGTAGG-TTATGGTGGTCCACCTTCTGG 332
|||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 242 GAGCCTGTTGCTCCTTTACCAGCTAATGATCGTGTAGGCTT-TGGTGGTCCACCTTCTGG 300
Query 333 CTCTCGATGGGCTCCtggtggtagtggtgttggtgttggaggtggtggtggtTATAGGGC 392
||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 301 CTCTCGATGGGCTCCTGGTGGTAGTAGTGTTGGTG-T-----TGGTGGTGGTTATAGGGC 354
Query 393 TGATGCAGGTCGTCCTGGCTCTGGCTCTGGCTATGGTGGACGAGGAGGTGGTGGTTGGAA 452
|||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 355 TGATGCAGGTCGCCCTGGCTCTGGCTATGGCTCTGGTGGACGAGGAGGTGGTGGTTGGAA 414
Query 453 CAACAGAAGCGGAGGGTGGGACCGTAGGGAACGTGAAGTAAACCCCTTTGAAAATGATGA 512
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 415 CAACAGAAGTGGAGGCTGGGACCGTAGGGAACGTGAAGTAAACCCCTTTGATAATGATGA 474
Query 513 TTCCGAACCAGAACCAGCTTTTACTGAGCAGGATAATACGGTTATTAATTTTGATGCCTA 572
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||
Sbjct 475 TTCCGAACCAGAACCAGCCTTTACTGAGCAGGATAATACCGTCATTAATTTTGACGCCTA 534
Query 573 TGAAGATATTCCGATTGAGACCAGTGGGGATAATGTGCCTCCTCCTGTTAACACATTCGC 632
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 TGAAGATATTCCAATTGAGACCAGTGGGGATAATGTGCCTCCTCCTGTTAACACATTCGC 594
Query 633 AGAGATAGATCTCGGGGAGGCATTGAATCTAAATATCCGTAGATGCAAATATGTTAAGCC 692
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 AGAGATAGATCTCGGGGAGGCCTTGAATCTAAATATCCGTAGATGCAAATATGTTAAGCC 654
Query 693 AACACCTGTTCAGCGTCATGCGATTCCGATATTGCTTGAAGGGAGGGATTTGATGGCCTG 752
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 AACACCTGTACAGCGTCATGCGATCCCGATATTGCTTGAAGGGAGGGATTTGATGGCCTG 714
Query 753 TGCTCAGACAGGGTCGGGGAAGACAGCTGCTTTTTGCTTTCCAATCATTAGTGGAATAAT 812
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 715 TGCTCAGACAGGCTCTGGGAAGACAGCTGCTTTTTGCTTTCCAATTATTAGTGGGATAAT 774
Query 813 GAAAGATCAGCATGTACAGAGACCCCGTGGTTCACGAACAGTCTACCCTCTTGCAGTTAT 872
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 GAAAGATCAGCATGTACAGAGACCCCGTGGTTCACGAACAGTCTACCCTCTTGCAGTTAT 834
Query 873 TCTCTCACCAACAAGAGAGTTGGCAAGTCAGATACATGATGAGGCTAAAAAGTTCTCTTA 932
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 835 TCTCTCACCAACAAGAGAGTTGGCAAGTCAGATACATGATGAGGCTAAAAAGTTCTCCTA 894
Query 933 CCAAACTGGTGTGAAGGTGGTTGTTGCATATGGAGGAACACCTATTAACCAGCAGCTCCG 992
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 895 CCAAACTGGTGTGAAGGTGGTTGTTGCATATGGAGGAACACCTATTAACCAGCAGCTCCG 954
Query 993 GGAACTTGAGAGGGGAGTCGATATTCTTGTGGCAACGCCTGGTCGATTAAATGATTTGCT 1052
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 GGAACTTGAGAGGGGAGTCGATATTCTTGTGGCAACTCCTGGTCGATTAAATGATTTGCT 1014
Query 1053 CGAGAGAGCTAGAGTCTCAATGCAGATGATTAGATTTTTAGCTCTTGATGAGGCCGATAG 1112
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 CGAGAGAGCTAGAGTCTCTATGCAGATGATTAGATTTTTAGCTCTTGATGAGGCCGATAG 1074
Query 1113 AATGCTTGACATGGGTTTTGAACCACAAATTAGAAAGATTGTCGAACAAATGGACATGCC 1172
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 AATGCTTGACATGGGTTTTGAACCACAAATTAGAAAGATTGTCGAACAAATGGACATGCC 1134
Query 1173 TCCACGTGGAGTTAGACAGACACTGTTGTTTAGTGCTACATTTCCAAGAGAAATTCAGAG 1232
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1135 TCCACGTGGAGTTAGACAGACACTGTTGTTTAGTGCTACTTTTCCCAGAGAAATTCAGAG 1194
Query 1233 ACTCGCAGCTGACTTCCTAGCAAATTATATATTTTTGGCTGTGGGTAGAGTGGGTTCAAG 1292
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 ACTGGCAGCTGACTTCCTAGCAAATTATATATTTTTGGCTGTGGGTAGAGTGGGTTCAAG 1254
Query 1293 TACCGATTTAATTGTCCAAAGGGTTGAGTTTGTCCTTGACTCTGACAAAAGAAGTCATCT 1352
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 TACCGATTTAATTGTCCAAAGGGTTGAGTTTGTCCTTGACTCTGACAAAAGAAGTCATCT 1314
Query 1353 CATGGACCTGCTTCACGCTCAGAGAGAGAATGGCATCCAAGGCAAGCAAGCCCTGACCTT 1412
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 CATGGACCTGCTTCACGCTCAGAGAGAGAATGGCATCCAAGGCAAGCAAGCCCTGACCTT 1374
Query 1413 AGTTTTTGTGGAGACAAAGAGAGGAGCTGACTCTTTGGAAAATTGGTTGTGCATCAATGG 1472
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 AGTTTTTGTGGAGACAAAGAGGGGAGCTGACTCTTTGGAAAATTGGTTGTGCATCAATGG 1434
Query 1473 GTTTCCAGCAACCTCCATTCACGGTGACAGAACACAGCAGGAAAGAGAAGTGGCATTGAA 1532
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1435 GTTTCCAGCAACCTCCATTCACGGTGACAGAACACAGCAGGAAAGAGAAGTGGCACTGAA 1494
Query 1533 AGCCTTCAAGAGTGGGAGAACACCGATTTTGGTTGCAACTGATGTAGCAGCACGTGGCCT 1592
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1495 AGCCTTCAAGAGTGGGAGAACACCGATTTTGGTTGCAACAGATGTAGCAGCACGTGGCCT 1554
Query 1593 TGACATTCCCCACGTGGCTCATGTGGTCAACTTCGATCTGCCAAATGACATTGATGACTA 1652
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 TGACATTCCCCACGTGGCTCATGTGGTCAACTTCGATCTACCAAATGACATTGATGACTA 1614
Query 1653 TGTCCACCGTATTGGACGAACAGGACGTGCTGGCAAATCAGGACTAGCAACTGCCTTCTT 1712
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1615 TGTCCACCGTATTGGACGAACAGGACGTGCTGGCAAATCAGGACTAGCAACTGCTTTCTT 1674
Query 1713 CAACGATGGCAACACCTCACTGGCCAGACCGCTCGCTGAGCTGATGCAAGAAGCTAACCA 1772
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 CAACGATGGCAACACCTCACTGGCCAGACTGCTCGCTGAGCTGATGCAAGAAGCTAACCA 1734
Query 1773 AGAAGTCCCTGAGTGGCTCACTCGGTATGCGTCACGGTCCTCTTTTGGTGGTGGTAAGAA 1832
|||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1735 GGAAGTCCCTGCGTGGCTCACACGGTATGCATCACGGTCTTCTTTTGGTGGTGGTAAGAA 1794
Query 1833 CCGGCGGTCTGGTGGTCGATTTGGTGGCCGTGACTTTAGAAGGGAAGGGTCTTTCGGTAG 1892
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1795 CCGGCGGTCTGGTGGTCGGTTTGGTGGCCGTGACTTTAGAAGGGAAGGGTCTTTCGGTAG 1854
Query 1893 CGGTAgaggaggctatggcggtggaggaggagggtatggcggcggaggaggctatggtgg 1952
|| | ||| | || |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1855 ----AG-G-AGG-T--GG---TGGAGGAGGAGGATATGGAGGCGGAGGAGGCTATGGTGG 1902
Query 1953 tggaggaggctatggcggcggaggaggctatggtggtggatatggtggtgCTTCAAGTGG 2012
|||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1903 CGGAGGAGGATATGGTGGCGGAGGAGGCTATGGCGGTGGATATAGTGGTGCTCCAAGTGG 1962
Query 2013 TGGATATGGTGGAGAACCTCCAAGTGCTTGGGACTAAGCTTCCAATGTTCTTTTT----- 2067
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1963 TGGATATGGCGGAGAACCTCCAAGTGCTTGGGACTAAGCTCCCAATGTTTTTTTTTTTTT 2022
Query 2068 GTTTTGGTTACAACTTTTGACaaaaaaaaTATTTCTTCTACATTCAC-AA-AGAGAGTAT 2125
|||||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 2023 GTTTTGGTTATAACTTTTGACAAAAAAA-T-T--CTTCTACATTCACGAAGAGAGAGTAT 2078
Query 2126 GTATTGCCCCTTACACCTATGAGATTTC---ACTCAGGAGATGGATATATAACAATTGTT 2182
|||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2079 GTATTGCCCCTTACACCTATGAGATTTCTTCACTGAAGAGATGGATATATAACAATTGTT 2138
Query 2183 GATGTTTTAGGTGTTTT 2199
|||||||||||||||||
Sbjct 2139 GATGTTTTAGGTGTTTT 2155
> Ahg486301 jgi|Araly1|486301|fgenesh2_kg.5__2293__AT3G58510.1
Length=2310
Score = 1716 bits (929), Expect = 0.0
Identities = 1485/1748 (85%), Gaps = 60/1748 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 233 CTTATGTTCCTCCACATCTAAGGAACAGGCCAGCAGCTTCTGAGCCTGTTGCTCCATTGC 292
|||| ||||| ||||| ||| ||||||||||| ||| || | ||| |||||| ||||
Sbjct 208 CTTACGTTCCCCCACACCTACGGAACAGGCCATCAGAGCCT--G-CTGCTGCTCCTTTGC 264
Query 293 CAGC-TAATGATCGTGTAGGTTATGGTGGTCCACCTTCTGGCTCTCGATGGGCTCCtggt 351
|| | ||||||| || ||| |||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |
Sbjct 265 CA-CAAAATGATCATGCAGGGTATGGTGGTCAACCAGCTGGGTCTCGATGGGCTCCTCCT 323
Query 352 ggtagtggtgttggtgttgg-aggtggtggtggtTATAGGGCTGATGCAGGTCGTCCTGG 410
| ||||| ||||||| ||| | | | ||||| |||||| ||||| ||| || |||||
Sbjct 324 AGCAGTGGGGTTGGTGGTGGCA-GCAGCGGTGGCTATAGGAATGATGGAGGGCGCCCTGG 382
Query 411 CTCTGGCTCTGGCTATGGTGGACGAGGAGGTGGTGGT---TGGAACAACAGAAGCGGAGG 467
|| ||| | ||| ||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 383 CTATGGTTATGG---TGGAGGAGGAGGAGGTGGTGGTGGCTGGAACAACAGAAGTGGAGG 439
Query 468 GTGGGACCGTAGGGAACGTGAAGTAAACCCCTTTGAAAATGATGATTCCGAACCAGAACC 527
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||| | || ||||||
Sbjct 440 GTGGGACCGTAGGGAACGTGAAGTAAACCCATTTGGAGATGATGCT---GAGTTAGAACC 496
Query 528 AG-CTTTTACTGAGCAGGATAATAC-GGTTATTAATTTTGATGCCTATGAAGATATTCC- 584
| |||| || |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 497 GGTCTTT-ACGGAGCAGGAGAATACAGGC-ATTAATTTTGATGCCTATGAAGATATTCCA 554
Query 585 GATTGAGACCAGTGGGG-ATAATGTGCCTCCTCCTGTTAACACATTCGCAGAGATAGATC 643
| ||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |
Sbjct 555 G-TTGAGACCAGTGGGGGAGAC-GTGCCTCCTCCTGTTAACACATTTGCAGACATAGACC 612
Query 644 TCGGGGAGGCATTGAATCTAAATATCCGTAGATGCAAATATGTTAAGCCAACACCTGTTC 703
| ||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||| || || | ||||||||| || |
Sbjct 613 TTGGGGATGCATTAAATCTGAACATCCGGAGGTGCAAGTACGTGAGGCCAACACCGGTAC 672
Query 704 AGCGTCATGCGATTCCGATATTGCTTGAAGGGAGGGATTTGATGGCCTGTGCTCAGACAG 763
|||||||||| ||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 673 AGCGTCATGCTATTCCAATACTGCTTGCAGAGAGGGATTTGATGGCCTGTGCACAGACAG 732
Query 764 GGTCGGGGAAGACAGCTGCTTTTTGCTTTCCAATCATTAGTGGAATAATGAAAGATCAGC 823
|||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 733 GGTCTGGGAAGACGGCTGCTTTTTGCTTTCCAATAATTAGTGGAATCATGAAAGATCTGC 792
Query 824 ATGTACAGAGACCCCGTGGTTCACGAACAGTCTACCCTCTTGCAGTTATTCTCTCACCAA 883
||||||||||||||||||||||||| | || |||||| ||||||| || ||||||||||
Sbjct 793 ATGTACAGAGACCCCGTGGTTCACGGGCGGTTTACCCTTTTGCAGTCATCCTCTCACCAA 852
Query 884 CAAGAGAGTTGGCAAGTCAGATACATGATGAGGCTAAAAAGTTCTCTTACCAAACTGGTG 943
|||| || |||||| | |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 853 CAAGGGAATTGGCATGCCAGATACATGATGAAGCCAAAAAATTCTCCTACCAAACTGGTG 912
Query 944 TGAAGGTGGTTGTTGCATATGGAGGAACACCTATTAACCAGCAGCTCCGGGAACTTGAGA 1003
||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 913 TGAAGGTTGTTGTTGCTTATGGAGGAACACCTATTCACCAGCAGCTCAGGGAACTCGAGA 972
Query 1004 GGGGAGTCGATATTCTTGTGGCAACGCCTGGTCGATTAAATGATTTGCTCGAGAGAGCTA 1063
|||| || ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 973 GGGGCGTTGATATCCTTGTGGCAACTCCTGGCCGGTTAAATGATTTGCTAGAGAGAGCTA 1032
Query 1064 GAGTCTCAATGCAGATGATTAGATTTTTAGCTCTTGATGAGGCCGATAGAATGCTTGACA 1123
||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||
Sbjct 1033 GAGTCTCAATGGAGATGATTAAATTTTTAGCTCTTGATGAGGCAGACAGGATGCTGGACA 1092
Query 1124 TGGGTTTTGAACCACAAATTAGAAAGATTGTCGAACAAATGGACATGCCTCCACGTGGAG 1183
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1093 TGGGTTTTGAGCCACAAATTAGAAAGATTGTTGAACAGATGGACATGCCTCCACGTGGGG 1152
Query 1184 TTAGACAGACACTGTTGTTTAGTGCTACATTTCCAAGAGAAATTCAGAGACTCGCAGCTG 1243
| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||
Sbjct 1153 TGAGACAGACAATGTTGTTCAGTGCTACATTTCCAAGGGAGATCCAGAGACTTGCAGCTG 1212
Query 1244 ACTTCCTAG-CAAATTATATATTTTTGGCTGTGGGTAGAGTGGGTTCAAGTACCGATTTA 1302
| ||| | | |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||
Sbjct 1213 ATTTCAT-GTCAAACTATATATTTTTGGCTGTGGGAAGAGTTGGTTCAAGCACTGATTTA 1271
Query 1303 ATTGTCCAAAGGGTTGAGTTTGTCCTTGACTCTGACAAAAGAAGTCATCTCATGGACCTG 1362
||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1272 ATTACCCAAAGGGTTGAGTTTGTCCAAGAGTCTGACAAGAGAAGCCATCTCATGGACCTG 1331
Query 1363 CTTCACGCTCAGAGAGAGAATGGCATCCAAGGCAAGCAAGCCCTGACCTTAGTTTTTGTG 1422
||||| || |||||||||| | ||||| ||||||| | |||| || |||||||||
Sbjct 1332 CTTCATGCGCAGAGAGAGA----C--CCAAGACAAGCAATCATTGACATTGGTTTTTGTG 1385
Query 1423 GAGACAAAGAGAGGAGCTGACT-CTTTGGAAAATTGGTTGTGCATCAATGGGTTTCCAGC 1481
||||||||||| |||||||| | |||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||
Sbjct 1386 GAGACAAAGAGGGGAGCTGA-TACTTTGGAAAATTGGCTGTGCATGAATGAGTTTCCAGC 1444
Query 1482 AACCTCCATTCACGGTGACAGAACACAGCAGGAAAGAGAAGTGGCATTGAAAG-CCTTCA 1540
|||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||| ||| | ||||||
Sbjct 1445 AACCTCCATTCATGGCGATAGAACACAACAGGAAAGAGAAGTGGCACTGAG-GTCCTTCA 1503
Query 1541 AGAGTGGGAGAACACCGATTTTGGTTGCAACTGATGTAGCAGCACGTGGCCTTGACATTC 1600
| | |||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1504 AAACTGGGAGAACACCTATTTTGGTTGCAACAGACGTGGCAGCACGTGGTCTTGACATTC 1563
Query 1601 CCCACGTGGCTCATGTGGTCAACTTCGATCTGCCAAATGACATTGATGACTATGTCCACC 1660
|||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1564 CCCACGTGGCTCATGTTGTAAACTTTGATCTACCAAATGACATCGATGACTATGTCCACC 1623
Query 1661 GTATTGGACGAACAGGACGTGCTGGCAAATCAGGACTAGCAACTGCCTTCTTCAACGATG 1720
|||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1624 GTATCGGACGAACAGGACGTGCCGGCAAATCGGGAATAGCAACTGCCTTCTTCAACGA-G 1682
Query 1721 G-CAA--CACCTCACTGGCCAGACCGCTCGCTGAGCTGATGCAAGAAGCTAACCAAGAAG 1777
||| ||| | |||| || |||| |||||||||||||||||||| || ||||| |
Sbjct 1683 AACAATGCACAA-A-TGGCTAGGTCGCTTGCTGAGCTGATGCAAGAAGCCAATCAAGAGG 1740
Query 1778 T-CCCTGAGTGGCTCACTCGGTATGCGTCACGGTCCT-CTTTTGGTGGTGGTAAGAACCG 1835
| ||| ||||||||||| || || || ||||| | || | ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1741 TGCCC-GAGTGGCTCACACGATACGCTTCACG-TGCTTCATTTGGTGGTGGTAAGAAACG 1798
Query 1836 GCGGTCTGGTGGTCGATTTGGTGGCCGTGACTTTAGAAGGGAAGGGTCTTTCGGTAGCGG 1895
| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| | |||| ||
Sbjct 1799 G---TCTGGTGGTCGGTTTGGTGGCCGTGACTTCAGAAGGGAAGGCTCTTACAGTAGAGG 1855
Query 1896 TAga-ggaggct-atggcggtgg-ag-gaggagggtatggcggcggaggaggctatggtg 1951
|| || || | |||||||| | || | |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1856 -AGGCGGTGGAGGA-GGCGGTGGCAATGATTAC--TATGGCGG---AGGAGGCTATGGTG 1908
Query 1952 gtggagga 1959
|||| |||
Sbjct 1909 GTGGTGGA 1916
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 84788885370
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5