BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G42920.1
Length=4026
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg483392 jgi|Araly1|483392|fgenesh2_kg.4__2452__AT2G42920.1 2556 0.0
Ahg483394 jgi|Araly1|483394|fgenesh2_kg.4__2454__AT2G42940.1 1543 0.0
Ahg935184 jgi|Araly1|935184|scaffold_403172.1 610 3e-173
> Ahg483392 jgi|Araly1|483392|fgenesh2_kg.4__2452__AT2G42920.1
Length=1678
Score = 2556 bits (1384), Expect = 0.0
Identities = 1581/1679 (94%), Gaps = 2/1679 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 AAAAATGTCTCCGACGATCTTATCCTTCTCCGGTGTGACGGTGCCGGCGATGCCGTCATC 63
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1 AAAAATGTCTCCGACGATCTTATGCTTCTCCGGTGTGACGGTGCCGGCGATTCCGTCATC 60
Query 64 AGGTTCCCTCTCCGGCAACACTTATCTCCGATTGATAGACACACAATGTAGTACGATGAG 123
| ||| | ||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AAGTTTCGTCTCCGGAAACACTTGTCTCCGGTTGATAGACACACAATGTAGTACGATGAG 120
Query 124 AGAACTTAAGCAAATCCACGCCAGTCTCATCAAAACCGGTTTAATTTCCGATACTGTTAC 183
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 121 AGAACTTAAGCAAATCCACGCCAATCTCATCAAAACCGGTTTAATTTCCGATACTGTTGC 180
Query 184 CGCGAGCCGTGTCCTCGCCTTCTGCTGTGCGTCTCCGTCAGACATGAATTACGCTTATTT 243
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 181 CGCGAGTCGTGTCCTCGCCTTCTGCTGTGCGTCTCCGTCAGATAGGAATTACGCTTATTT 240
Query 244 GGTATTCACTAGGATCAATCACAAGAACCCATTTGTCTGGAACACTATAATCCGTGGTTT 303
||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GGTATTCACAAGGATCAATCACAAAAACCCATTTGTGTGGAACACTATAATCCGTGGTTT 300
Query 304 CTCACGGAGCTCGTTTCCAGAGATGGCTATTTCGATTTTCATTGACATGTTGTGTTCTTC 363
|||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 301 CTCACGTAGCTCGTTTCCGGAGATGGCGATTTCGATTTTCATTGATATGTTGTGTTCTTC 360
Query 364 TCCGTCTGTGAAGCCGCAGAGATTGACTTATCCTTCGGTGTTCAAAGCTTATGGTAGACT 423
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||| ||| ||
Sbjct 361 TCCGTCTGTGAAGCCGCAGAGGCTGACTTATCCTTCGGTATTTAAAGCTTATGCTAGTCT 420
Query 424 TGGCCAAGCTCGTGATGGGAGGCAATTACATGGGATGGTTATTAAAGAGGGACTTGAAGA 483
||| | |||||||||||||||||| || || |||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 421 TGGGCTAGCTCGTGATGGGAGGCAGTTGCACGGGAGGGTTATTAAAGAAGGACTTGAAGA 480
Query 484 CGACTCGTTT-ATACGGAATACGATGTTGCATATGTACGTGACTTGTGGGTGTTTGATTG 542
|||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 481 CGACTC-TTTCATACGGAATACGATGTTGCATATGTACGTGACTTGTGGATGTTTGGTTG 539
Query 543 AAGCTTGGAGAATCTTTCTGGGGATGATAGGTTTTGATGTTGTTGCTTGGAATTCAATGA 602
||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 540 AAGCTTGGAGACTCTTTGTGGGGATGATGGGTTTTGATGTTGTTGCTTGGAATTCGATGA 599
Query 603 TTATGGGTTTTGCGAAATGTGGATTGATTGATCAGGCGCAGAACCTGTTTGATGAAATGC 662
|||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 600 TTATGGGTCTTGCGAAATGCGGGTTGATTGATCAGGCGCAGAAACTGTTTGATGAAATGC 659
Query 663 CGCAGAGAAATGGAGTTTCTTGGAATTCGATGATTAGTGGGTTTGTGAGGAATGGTAGAT 722
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 CGCAGAGGAATGGAGTTTCTTGGAATTCGATGATCAGTGGGTTTGTGAGGAATGGTAGAT 719
Query 723 TTAAGGATGCGTTGGATATGTTTCGAGAGATGCAGGAGAAAGATGTGAAACCTGATGGGT 782
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 720 TTAAGGATGCGTTGGATATGTTTCGAGAAATGCAGGAGAGAGGTGTGAAACCTGATGGGT 779
Query 783 TTACAATGGTGAGTCTGTTGAATGCTTGTGCGTACCTTGGAGCAAGTGAGCAAGGGAGAT 842
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TTACAATGGTGAGTCTGTTGAATGCTTGTGCCTACCTTGGAGCAAGTGAGCAAGGGAGAT 839
Query 843 GGATACATGAGTACATAGTGAGGAATCGGTTTGAATTGAATAGTATAGTTGTTACAGCAC 902
|||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 840 GGATACATAAGTATATAGTGAGGAATCGATTTGAATTGAATAGTATAGTTATTACAGCAC 899
Query 903 TCATAGATATGTACTGTAAGTGTGGGTGCATTGAGGAAGGTCTAAATGTGTTTGAGTGTG 962
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 900 TCATAGATATGTACTGTAAGTGTGGGTGCTTTGAGGAAGGTCTAAAGGTGTTTGAGTGTG 959
Query 963 CTCCTAAGAAGCAGTTATCGTGTTGGAATTCGATGATTCTTGGTCTAGCTAATAACGGAT 1022
||| ||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 960 CTCGTAAGATGCAATTATCGTGCTGGAATTCGATGATTCTTGGTCTAGCTAATAATGGAT 1019
Query 1023 TCGAGGAAAGGGCCATGGATTTGTTCTCGGAGTTAGAGCGTTCTGGCTTGGAACCAGATT 1082
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1020 GCGAGGAAAGGGCCATGGATTTGTTCTTGGAGTTAGAGCGTTCTGGCTTGGAGCCAGATT 1079
Query 1083 CAGTCAGCTTCATTGGTGTTTTAACAGCTTGTGCTCACTCCGGGGAAGTACATAGAGCTG 1142
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1080 CAGTCAGCTTCATCGGTGTTTTAACAGCTTGTGCTCACTCCGGGGAAGTACATAAAGCTG 1139
Query 1143 ATGAATTTTTCAGATTGATGAAAGAAAAATATATGATTGAGCCATCAATAAAACACTATA 1202
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GTGAATTTTTCAGATTGATGAGAGAAAAATATATGATTGAGCCATCAATAAAACACTATA 1199
Query 1203 CTTTAATGGTTAATGTGCTGGGTGGAGCGGGGCTCCTCGAAGAAGCAGAAGCATTGATAA 1262
||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1200 CTTGCATGGTTAATGTGCTGGGGGGAGCAGGGCTCCTCGATGAAGCAGAAGCATTGATAA 1259
Query 1263 AGAATATGCCGGTGGAAGAAGACACTGTTATATGGAGTTCTTTGCTTTCTGCCTGCAGGA 1322
|||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| | || ||||| |
Sbjct 1260 AGAAGATGCCGGTGGAAGGAGACACTATTATATGGAGTTCTTTGCTTGCAGCTTGCAGAA 1319
Query 1323 AAATCGGTAATGTTGAGATGGCTAAACGAGCAGCAAAATGTTTGAAGAAGCTCGATCCAG 1382
||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||
Sbjct 1320 AAAACGGTAATGTTGAGATGGCTAAACGCGCAGCAAACTGTTTGAAGAATCTGGATCCAG 1379
Query 1383 ATGAAACGTGTGGTTATGTTCTCTTGTCTAATGCTTATGCTTCTTATGGCTTGTTCGAAG 1442
||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 ATGAAACTTGTGGTTATGTGCTCATGTCTAATGCTTATGCTTCTTATGGCTTGTTCGAAG 1439
Query 1443 AGGCAGTTGAGCAGAGGCTTTTGATGAAGGAAAGACAAATGGAGAAAGAAGTTGGCTGCA 1502
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 AGGCTGTTGAGCAGAGGCTTTTGATGAAGGAAAGACAAATGGAGAAAGAAGTTGGCTGCA 1499
Query 1503 GTTCGATTGAAGTGGATTTTGAAGTTCATGAGTTTATATCTTGTGGGGGAACGCATCCTA 1562
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||
Sbjct 1500 GTTCGATTGAAGTGGATTTTGAAGTTCATGAGTTTGTATCTTGTGGGAAAAAACATCCTA 1559
Query 1563 AATCCGCAGAGATTTACAGTTTACTCGATATCTTAAACTGGGATGTCTCTACAATTAAAT 1622
||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 AATCCACAGAGATTTACAGTTTACTTGGTATCTTAAACTGGGATGTCTCTACAATTAAAT 1619
Query 1623 CAGGTTTCGCTGAATTGTTTGATGCTACAACTAGGATTGGTTTCACTTATCTGGCAGAG 1681
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 CAGGTTTCGCTGAATTGTTTGATGCTACAACTAGGATTGGTTTCACTTATCTGGCAGAG 1678
> Ahg483394 jgi|Araly1|483394|fgenesh2_kg.4__2454__AT2G42940.1
Length=1175
Score = 1543 bits (835), Expect = 0.0
Identities = 901/931 (97%), Gaps = 12/931 (1%)
Strand=Plus/Minus
Query 3084 AGGCCCCCAAGAGTAGATATCAGAAGCCGAGTTTCCATTAGTGAGCAGATTTTGAGGCAG 3143
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 928 AGGCCCCCAAGAGTAGATATCAGAAGCCGAGTTTCCATTAGTGAGCAGATTTTGAGGCAG 869
Query 3144 TCCATGAATGTCATCTAAAGGACGGGATCTTCCATTCTGGTAGTACTGCTGGTTCTGCAT 3203
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 868 TCCATGAATGTCATCTAAAGGACGGGATCTTCCATTCTGGTAGTACTGCTGGTTCTGCAT 809
Query 3204 AGAGGCAGCTTCATCATCATCCATAGGAAGACGATCAAAAACAGCATTCATGAAAGATGC 3263
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 808 AGAGGCAGCTTCATCATCATCCATAGGAAGACGATCAAAAACAGCATTCATGAAAGATGC 749
Query 3264 AGCCATGAGAACAACAGGACCAGATGCGATTAGCCCACCAACCACTCCTCCACCAACAAC 3323
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 748 AGCCATGAGAACAACAGGACCAGACGCGATTAGCCCACCAACCACTCCACCACCAACAAC 689
Query 3324 CTGTCCTTGAGGTCCGGCTAAGTAAATGGTCAGACCAGTTATTCCAAGTGGTGCTGGTGG 3383
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 688 TTGTCCTTGAGGTCCGGCTAAGTAAATGGTCAGACCAGTTATTCCAAGTGGTGCTGGTGG 629
Query 3384 AGGCAAGATTGATCCAAGCAATGAGAGGATCTCGTAACGTCCGTGTAATGTGACAATTGC 3443
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 628 AGGCAAGATTGATCCAAGCAATGAGAGGATCTCGTAACGTCCGTGTAATGTCACAATTGC 569
Query 3444 TCCTGATGAAGCTGGTTGCCTTAATGTCACATTGGTGACACAACCATTGGCACTGAGAAT 3503
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 568 TCCTGAAGAAGCTGGTTGCCTTAATGTCACATTGGTGACACAACCATTGGCACTGAGTAT 509
Query 3504 GCAGAGACCTCTCTGTTTCCTTCTTGCAAAATCCGATAAAGTCTCACAGATGTCACAACC 3563
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 508 GCAGAGACCTCTCTGTTTCCTTCTTGCGAAATCGGATAAAGTCTCACAGATGTCACAACC 449
Query 3564 TGAGCTGATCTCAACGGCGTTAGCTCTGAGGGAATTTGGACTGTCGTGAGTCACAATGAT 3623
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 448 TGAGCTGATCTCAACGGCGTTAGCTCTGAGGGAATTGGGACTGTCGTGAGTCACAATGAT 389
Query 3624 TGGTGGTTTGGGTTTGTTCTTGGAGCCAGCGGGTCTGCCACGTGGCCTCTTAGCCATCTC 3683
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 388 TGGTGGTTTGGGTTTGTTCTTGGAGCCAGCGGGTCTGCCACGTGGCCTCTTAGCCATCTC 329
Query 3684 TCCTTCGATTGATGAAACCGGTTGGACGGCTTTGGGTAATGCTCTCAGGTTGTTGTTG-- 3741
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 328 TCCTTCGATTGATGAAACCGGTTGGACAGCTTTGGGTAATGCTTTCAGGTTGTTGTTGTT 269
Query 3742 GT-GTTG------CCTCTCTCTGTTGCTTCATGGTTCCTCATTGGAACAGACTTGGATCC 3794
|| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 268 GTTGTTGTTATTGCCTCTCTCTGCTGCTTCATGGTTCCTCATTGGAACTGACTTGGATCC 209
Query 3795 TACAGAGGTTGGAGTTAGAGCTGTACCTCCAGCCATTGTTATGAATGTTGTTATATGTTC 3854
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 208 TACAGAGGTTGGGGTTAGAGCTGTGCCTCCAGCCATTGTTATGAATGTT-T-ATATGTTC 151
Query 3855 AACTGAAAGATTCAGAAAATTTGTGAGGAGTTTGTGAGTTTAAGTAAGGAGATTTTGGTG 3914
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 150 AAGTGAAAGATTCAGAAAATTTGTGAGGAGTTTGTGAGTTTAAGTAAGGAGGTTTTGGTG 91
Query 3915 AATTATTAAATGGTAGAGACACCAAAAGAATGATTGTGAGGAGTAGGAGATGGTTAAGTT 3974
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 90 AATTATTAAATGGTAGAGACACCAAAAGAATGATTGTGAAGAGTAGGAGATGGTTAAGTT 31
Query 3975 GTCACCAAAAATTGTGATTAATAGTTAACAA 4005
|||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 30 GTCACCAAAA-TTGTGATTAATAGTTAACAA 1
> Ahg935184 jgi|Araly1|935184|scaffold_403172.1
Length=450
Score = 610 bits (330), Expect = 3e-173
Identities = 423/465 (91%), Gaps = 18/465 (4%)
Strand=Plus/Minus
Query 2052 CAGTTCTGACGTATATAGACACTATCACAATGGAACTCTAG-GAATTTTGATCAGAGGTT 2110
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | | ||| | ||
Sbjct 450 CAGTTCTGACG--TGCAGACACTATCACAATGGAACTCTAGTG-A-TTT--T--GA---- 403
Query 2111 GGTTTTATTTTTTCGAATGTAAAGTGTTTAGTATTACTTGGGTCCTGAACTGTAAGCACA 2170
|||||||||||||||| || |||||||| | ||||||||| || |||| ||||||||||
Sbjct 402 -GTTTTATTTTTTCGAAAGTGAAGTGTTTGGAATTACTTGGATCTTGAATTGTAAGCACA 344
Query 2171 GCAGCACCATTGAAATCGCAGTTTCTGGGTATAGGATTCTTCTGGTAATAGTCATTGAAT 2230
||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 343 GCAGCGCCACCGAAATCGCAGTTTCTCGGTATAGGATTCTTCTGGTAATAGTCATTGAA- 285
Query 2231 G-CATAAGAAGCTTGGCTTCTGTAATTGTCGAGGTCTTGACAACGGCCACCCTTTTCCAA 2289
| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 284 GACATAAGAAGCTCGGCTTCTGTAATAGTCGAGGTCTTGACAACGGCCACCCTTTGCCAA 225
Query 2290 TGGTGAGCAATCAGCACCATTTTTGCAAGCCCATTTTAGGCTCGAAATCACTCTTCTAAA 2349
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||
Sbjct 224 TGGTGAGCAATCAGCACCATTTTTGCAAGCCCATTTTAGGTTCCAAATCACTCTTGTAAA 165
Query 2350 GTAGGCATATGGATTTTCCATGCACCAGAGTGTGTATGTAGGTATAATGCTTGTGTTCTG 2409
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 164 GTAGGCATATGGATTTTCCACGCACCAGAGTGAGTATGTAGGTATAATGCTTGTGTTCTG 105
Query 2410 CTGTGCAGCAAGTGTACCAGTCGCTTCTGATGTTCCTGCTACTGAAACT-AGTGCAAAGA 2468
||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 104 CTGTGCAGCCAGTCTACCAGTCGCTTCTGATGTTCCTGCTACTGAAA-TAAGTGCAAAGA 46
Query 2469 GGGTTATTAACATCTTCGTCTTCATTTTCTGAGAAATTTCTTGCT 2513
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 45 GGGTTATTAACATCTTCGTCTTCATTTTCTGATAAATTTCTTGCT 1
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 152192234427
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5