BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G42960.1
Length=1485
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg902301 jgi|Araly1|902301|Al_scaffold_0004_2951 1725 0.0
Ahg486380 jgi|Araly1|486380|fgenesh2_kg.5__2372__AT3G59110.1 1363 0.0
> Ahg902301 jgi|Araly1|902301|Al_scaffold_0004_2951
Length=1470
Score = 1725 bits (934), Expect = 0.0
Identities = 986/1011 (98%), Gaps = 3/1011 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCCACCTGAGAGTTCTTTAAACGCTGAAATGTCCAAGAAGATATCATTTTTTGGTTTG 60
||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTCACCTGAGAGTTCGTTAAACGCTGAAATGTCCAAGAAGATATCATTTTTTGGTTTA 60
Query 61 AAGGGTTTGAAGTTGTGGGTATGGGTATGTTTGGTAGTTGGAGTATTCATAGTTATGATT 120
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 61 AAGGGGTTGAAGTTGTGGGTATGGGTATGTTTGGTAGTTGGAGTATTCATTGTTATGATT 120
Query 121 CTCTGCATCTTGTCTCTATGGATCACATTCCGTCGGAAATCTAGAAGGTCTTCAAGCAAG 180
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 121 CTCTGCATCTTGTCTCTATGGATCACATTCCGCCGGAAATCTAGAAGATCTTCAAGCAAG 180
Query 181 TTTCCTTTCAACCAAATACCACATGTGTCCAAAGATATCAGAGTCGACAGGGCTGGGT-T 239
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 181 TTTCCTTTCAACCAAATACCACATGTGTCCAAAGATATCAGAGTCGACAGGGCT-GGTGT 239
Query 240 TCAGAATCCTCACCCCGAAAGTTTATATATAGAAATGAATGATAAATCCACTGGAAAAAC 299
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 240 TCAGAATCCTCACCCTGAAAGTTTATATATAGAAATGAATGATAAATCCACCGGAAAAAC 299
Query 300 GATGATGTCTCACTTGGGAAGAACCAAGTCTAGTGATAATGACACTTTGAGTCAATGTAG 359
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 300 GATGATGTCTCACTTGGGAAGAACCAAGTCTAGTGATAATGATACTTTGAGTCAGTGTAG 359
Query 360 CTCTGTGAATCACCATGAGAGAGCTTGTAGTTCTCATTCTGGTGAAGAAGGAGGCTTTGG 419
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 CTCTGTCAATCACCATGAGAGAGCTTGTAGTTCTCATTCTGGTGAAGAAGGAGGCTTTGG 419
Query 420 AAGTGCTGGGAGACAGTATGGAGGAGGACCTGTAACAGCATCTCCTTTGGTTGGTTTACC 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 AAGTGCTGGGAGACAGTATGGAGGAGGACCTGTAACAGCATCTCCTTTGGTTGGTTTACC 479
Query 480 AGAAATATCCCATCTTGGTTGGGGACACTGGTTTACTCTTAGGGATCTTGAGCTAGCAAC 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 480 AGAAATATCCCATCTTGGTTGGGGACACTGGTTTACTCTTAGGGATCTTGAGCTAGCTAC 539
Query 540 CAACCGTTTTGCTCCAGTGAATGTGCTTGGAGAGGGTGGTTATGGAGTAGTTTATAGGGG 599
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 CAACCGTTTTGCTGCAGTGAATGTGCTTGGAGAGGGTGGTTATGGAGTAGTTTATAGGGG 599
Query 600 TAAACTTGTTAATGGTACCGAGGTTGCTGTAAAGAAGCTTCTGAACAATCTAGGGCAAGC 659
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TAAACTTGTTAATGGTACCGAGGTTGCAGTAAAGAAGCTTCTGAACAATCTAGGGCAAGC 659
Query 660 TGAGAAGGAATTTCGGGTAGAAGTTGAGGCTATTGGTCATGTACGGCACAAGAATCTTGT 719
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 660 TGAGAAGGAATTTCGGGTAGAAGTTGAGGCTATTGGTCATGTTCGACACAAGAATCTTGT 719
Query 720 TAGGCTTTTAGGATATTGCATAGAGGGAGTTCATCGGATGCTTGTTTATGAGTATGTTAA 779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TAGGCTTTTAGGATATTGCATAGAGGGAGTTCATCGGATGCTTGTTTATGAGTATGTTAA 779
Query 780 TAGTGGTAACTTAGAACAATGGCTACATGGAGCAATGCGGCAACATGGAAATCTCACTTG 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TAGTGGTAACTTAGAACAATGGCTACATGGAGCAATGCGGCAACATGGAAATCTCACTTG 839
Query 840 GGAAGCACGGATGAAAATCATTACTGGTACTGCACAAGCGCTTGCTTACTTGCATGAAGC 899
||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 840 GGAGGCACGGATGAAGATCATTACCGGTACTGCACAAGCGCTTGCTTACTTACATGAAGC 899
Query 900 AATAGAACCAAAAGTGGTCCACAGAGACATAAAAGCAAGTAATATATTGATTGATGATGA 959
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 AATAGAACCAAAAGTGGTCCACAGAGACATAAGAGCAAGTAATATATTGATTGATGATGA 959
Query 960 GTTTAATGCAAAACTCTCTGACTTTGGG-TTAGCCAAGCTCTTGGACTCGG 1009
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GTTTAATGCAAAACTCTCTGACTTTGGGGTTAGCCAAGCTCTTGGACTCGG 1010
Score = 686 bits (371), Expect = 0.0
Identities = 411/430 (96%), Gaps = 4/430 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1048 GGATATGTAGCACCAGAATATGCTAATACAGGTCTTTTAAACGAAAAGAGTGATATATAT 1107
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1009 GGATATGTAGCACCAGAATATGCTAATACAGGTCTGTTAAACGAGAAGAGTGATATATAT 1068
Query 1108 AGCTTTGGTGTCTTGCTTCTTGAAGCTATAACTGGTCGAGATCCAGTTGATTATGGTCGT 1167
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1069 AGCTTTGGTGTCTTGCTTCTTGAAGCTGTAACTGGTCGAGATCCAGTTGATTATGGACGT 1128
Query 1168 CCTGCTAATGAGGTGAATCTTGTTGAATGGCTAAAGATGATGGTTGGAACAAGAAGAGCA 1227
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1129 CCTGCTAATGAGGTGAATCTTGTTGAATGGCTAAAGATGATGGTCGGAACAAGAAGAGCA 1188
Query 1228 GAAGAAGTTGTGGATCCAAGACTTGAACCTAGACCTAGTAAAAGTGCTTTGAAACGTGCA 1287
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1189 GAGGAAGTTGTGGATCCAAGACTTGAACCTAGACCTAGTAAAAGTGCTTTGAAACGTGCA 1248
Query 1288 CTCTTGGTTTCCCTTAGATGTGTTGATCCTGAAGCAGAGAAACGTCCTAGAATGAGTCAG 1347
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1249 CTTTTGGTTTCCCTTAGATGTGTTGATCCTGAAGCAGAGAAACGTCCTAGAATGAGTCAG 1308
Query 1348 GTTGCGCGCATGCTTGAATCTGATGAACACCCTTTTCACAAGGAGAGGAGGAACA-AAAG 1406
|||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1309 ATTGCTCGGATGCTTGAATCCGATGAACACCCTTTTCACAAGGAGAGGAGGAACAGAAAG 1368
Query 1407 GAGCAAAACCGCGGGCATGGAGATTGTTGAGACCAAAGACGAATCTCTTGGTCCTAGTGG 1466
|||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1369 -AGCAGAACCGCGAGCATGGAGATTGTTGAGACCAAAGACGAATCTCTTGGACCTAGCGG 1427
Query 1467 CT-CAGAGAC 1475
| |||||||
Sbjct 1428 -TGCAGAGAC 1436
> Ahg486380 jgi|Araly1|486380|fgenesh2_kg.5__2372__AT3G59110.1
Length=2397
Score = 1363 bits (738), Expect = 0.0
Identities = 1247/1488 (84%), Gaps = 53/1488 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCCACCTGAGAGTTCTTTAAACGCTGAAATGTCCAAGAAGATATCATTTTTTGGTTTG 60
||| || ||||||||||||| | ||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||
Sbjct 515 ATGTCATCTGAGAGTTCTTTGAGTGCTGACATGTCCAAGAAGGTCTCATTTTTAGGTTTG 574
Query 61 AAGGGTTTGAAGTTGTGGGTATGGGTATGTTTGGTAGTTGG-AGTATTCATAGTTATGAT 119
|||||| |||| ||||||| | | | ||||| |||||||| | ||| ||||| || |
Sbjct 575 AAGGGTATGAAACTGTGGGTTTTGATTTGTTTAGTAGTTGGCA-CATTTGTAGTTTTGGT 633
Query 120 TCTCTGCATCTTGTCTCTATGGATCACATTCCGTCGGAAATCTAGAAGGTC-T-T--CAA 175
||||||||| || ||||||||||| ||||||| || ||||| | || || | | |||
Sbjct 634 TCTCTGCATATTATCTCTATGGATTGCATTCCGCCGTAAATCCCGGAGATCATCTCACAA 693
Query 176 GCAAGTTTCCTTTCAACCAAATACCACATGTGTCCAAAGATATCAGAG-T--CGACAGGG 232
|| ||| || |||| |||||||||| | || | ||||||||||| | | || || |
Sbjct 694 GC-TGTTACCCTTCAGTCAAATACCACGTTTGGCGAAAGATATCAGGGTTGATGATAGAG 752
Query 233 CTGGGTTTC-AGAATCCTCACCCCGAAAGTTTATATAT-AGAAATGAATGATAAATC--- 287
|||||||| || ||| | | |||| ||||| ||| | |||| |||||||||
Sbjct 753 TTGGGTTTCAAG-ATCAT-A--ATGAAAATTTATGTATCACCAATG-CTGATAAATCTAG 807
Query 288 C-ACTGGAAA------AACGATGATGTCTCACTTGGGAAGAACCAAGTCTAGTGATAATG 340
| || |||| || |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 808 CGAC-AGAAACTCGGGAAAGATGATGTCTTTCTTGGGAAGAACGAAGTCTAGTGATAATG 866
Query 341 ACACTTTGAGTCAATGTAGCTCTGTGAATCACCATGAGAGAGCTTGTAGTTCTCATTCTG 400
| | | | |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 867 ATAGTATAAGTCAATGTAGCTCTGTGCATCATCATGAGAGAGCTTGTAGTTCTCACTCCG 926
Query 401 GTGAAGAAGGAGGCTTTGGAAGTGCTGGGAGAC-AG------TAT-GGA-GGAGGACCTG 451
||||||| ||| ||||||||| ||| |||| | || ||| | | || |||| ||
Sbjct 927 GTGAAGATGGAAGCTTTGGAACCGCTTGGAGGCAAGCTTCCCTATCGCAGGGCGGACTTG 986
Query 452 TAACAGCATCTCCTTTGGTTGGTTTACCAGAAATATCCCATCTTGGTTGGGGACACTGGT 511
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 987 TAACAGCATCTCCTTTGGTTGGTTTGCCAGAAATATCTCATCTTGGCTGGGGACACTGGT 1046
Query 512 TTACTCTTAGGGATCTTGAGCTAGCAACCAACCGTTTTGCTCCAGTGAATGTGCTTGGAG 571
||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||| ||||| | || |
Sbjct 1047 TTACTCTAAGGGATCTTCAGCTAGCCACCAACCGTTTTGCTGCAGAAAATGTAATCGGTG 1106
Query 572 AGGGTGGTTATGGAGTAGTTTATAGGGGTAAACTTGTTAATGGTACCGAGGTTGCTGTAA 631
|||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | || |||| ||| ||||||||||
Sbjct 1107 AGGGTGGTTATGGAGTAGTTTATAAGGGTAGACTCATCAACGGTAACGATGTTGCTGTAA 1166
Query 632 AGAAGCTTCTGAACAATCTAGGG-CAAGCTGAGAAGGAATTTCGGGTAGAAGTTGAGGCT 690
|||||||||| |||||||| ||| || |||||||||||||| || || ||||||||||||
Sbjct 1167 AGAAGCTTCTTAACAATCT-GGGACAGGCTGAGAAGGAATTCCGTGTTGAAGTTGAGGCT 1225
Query 691 ATTGGTCATGTACGGCACAAGAATCTTGTTAGGCTTTTAGGATATTGCATAGAGGGAGTT 750
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1226 ATTGGTCATGTACGGCACAAGAATCTTGTAAGGCTTCTAGGATATTGCATAGAGGGTGTT 1285
Query 751 CATCGGATGCTTGTTTATGAGTATGTTAATAGTGGTAACTTAGAACAATGGCTACATGGA 810
|| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1286 AATAGGATGCTTGTTTATGAGTATGTGAATAGTGGTAACTTAGAACAATGGCTACATGGA 1345
Query 811 GCAATGCGGCAACATGGAAATCTCACTTGGGAAGCACGGATGAAAATCATTA-CTGGTAC 869
|| ||| || ||||| | | |||||||||||| || || ||||| ||| || | |||||
Sbjct 1346 GCCATGGGGAAACATAGCACTCTCACTTGGGAGGCTCGCATGAAGATCCTTGTC-GGTAC 1404
Query 870 TGCACAAGCGCTTGCTTACTTGCATGAAGCAATAGAACCAAAAGTGGTCCACAGAGACAT 929
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1405 TGCGCAAGCGCTTGCTTATTTGCATGAAGCAATAGAACCAAAAGTAGTCCACAGAGACAT 1464
Query 930 AAAAGCAAGTAATATATTGATTGATGATGAGTTTAATGCAAAACTCTCTGACTTTGGGTT 989
||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||| || || || ||||||||
Sbjct 1465 AAAAGCAAGCAATATCCTGATTGATGATGACTTTAATGCAAAGCTTTCCGATTTTGGGTT 1524
Query 990 AGCCAAGCTCTTGGACTCGGGTGAGAGTCACATCACTACCAGAGTCATGGGTACCTTTGG 1049
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1525 AGCCAAGCTCTTAGACTCGGGTGAGAGTCACATCACGACCAGAGTCATGGGCACCTTTGG 1584
Query 1050 ATATGTAGCACCAGAATATGCTAATACAGGTCTTTTAAACGAAAAGAGTGATATATATAG 1109
||||| ||||| |||||||||||||||||||| || || || |||||||| || |||||
Sbjct 1585 GTATGTCGCACCCGAATATGCTAATACAGGTCTATTGAATGAGAAGAGTGACATCTATAG 1644
Query 1110 CTTTGGTGTCTTGCTTCTTGA-AGCTATAACTGGTCGAGATCCAGTTGATTATG-GTCGT 1167
|||||||||| |||| || || | |||||||||| | ||||||||||| |||| | |||
Sbjct 1645 CTTTGGTGTCCTGCTGCTAGAGA-CTATAACTGGAAGGGATCCAGTTGACTATGAG-CGT 1702
Query 1168 CCTGCTAATGAGGTGAATCTTGTTGAATGGCTAAAGATGATGGTTGGAACAAGAAGAGCA 1227
|| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 CCAGCTAATGAGGTGAATCTGGTTGAATGGCTAAAGATGATGGTTGGAACAAGAAGAGCT 1762
Query 1228 GAAGAAGTTGTGGATCCAAG-ACTTGAACCTAGACCTAG-TAAAAGTGCTTTGAAACGTG 1285
||||||||||| ||| |||| | |||| ||| ||| | || | ||||| |||||||||
Sbjct 1763 GAAGAAGTTGTTGATTCAAGGA-TTGAGCCTCCACCC-GCTACACGTGCTCTGAAACGTG 1820
Query 1286 CACT-CTTGGTTTCCCTTAGATGTGTTGATCCTGAAGCAGAGAAACGTCCTAGAATGAGT 1344
|||| |||| || |||| |||||||| |||||||||||| ||||| | |||| ||||||
Sbjct 1821 CACTTCTTG-TTGCCCTGAGATGTGTGGATCCTGAAGCACAGAAAAGGCCTAAAATGAGC 1879
Query 1345 CAGGTTGCGCGCATGCTTGAATCTGATGAACACCCTTTTCACAAGGAGAGGAGGAACA-A 1403
||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||| |
Sbjct 1880 CAGGTTGTGCGGATGCTTGAATCCGATGAACACCCTTTCCGTGAGGAGCGGAGGAACAGA 1939
Query 1404 AAGGAGCAAAACCGCGGGCATGGAGATTGTTGAGACCAAAGACGAATC 1451
|| || | ||| ||| | ||||||||||| ||||||| || |||||
Sbjct 1940 AAA-AGTAGAACAGCGAGTATGGAGATTGTCGAGACCACTGAGGAATC 1986
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 55573667455
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5