BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G42960.1 Length=1485 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg902301 jgi|Araly1|902301|Al_scaffold_0004_2951 1725 0.0 Ahg486380 jgi|Araly1|486380|fgenesh2_kg.5__2372__AT3G59110.1 1363 0.0 > Ahg902301 jgi|Araly1|902301|Al_scaffold_0004_2951 Length=1470 Score = 1725 bits (934), Expect = 0.0 Identities = 986/1011 (98%), Gaps = 3/1011 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGCCACCTGAGAGTTCTTTAAACGCTGAAATGTCCAAGAAGATATCATTTTTTGGTTTG 60 ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGTCACCTGAGAGTTCGTTAAACGCTGAAATGTCCAAGAAGATATCATTTTTTGGTTTA 60 Query 61 AAGGGTTTGAAGTTGTGGGTATGGGTATGTTTGGTAGTTGGAGTATTCATAGTTATGATT 120 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 61 AAGGGGTTGAAGTTGTGGGTATGGGTATGTTTGGTAGTTGGAGTATTCATTGTTATGATT 120 Query 121 CTCTGCATCTTGTCTCTATGGATCACATTCCGTCGGAAATCTAGAAGGTCTTCAAGCAAG 180 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 121 CTCTGCATCTTGTCTCTATGGATCACATTCCGCCGGAAATCTAGAAGATCTTCAAGCAAG 180 Query 181 TTTCCTTTCAACCAAATACCACATGTGTCCAAAGATATCAGAGTCGACAGGGCTGGGT-T 239 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | Sbjct 181 TTTCCTTTCAACCAAATACCACATGTGTCCAAAGATATCAGAGTCGACAGGGCT-GGTGT 239 Query 240 TCAGAATCCTCACCCCGAAAGTTTATATATAGAAATGAATGATAAATCCACTGGAAAAAC 299 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 240 TCAGAATCCTCACCCTGAAAGTTTATATATAGAAATGAATGATAAATCCACCGGAAAAAC 299 Query 300 GATGATGTCTCACTTGGGAAGAACCAAGTCTAGTGATAATGACACTTTGAGTCAATGTAG 359 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| Sbjct 300 GATGATGTCTCACTTGGGAAGAACCAAGTCTAGTGATAATGATACTTTGAGTCAGTGTAG 359 Query 360 CTCTGTGAATCACCATGAGAGAGCTTGTAGTTCTCATTCTGGTGAAGAAGGAGGCTTTGG 419 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 360 CTCTGTCAATCACCATGAGAGAGCTTGTAGTTCTCATTCTGGTGAAGAAGGAGGCTTTGG 419 Query 420 AAGTGCTGGGAGACAGTATGGAGGAGGACCTGTAACAGCATCTCCTTTGGTTGGTTTACC 479 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 420 AAGTGCTGGGAGACAGTATGGAGGAGGACCTGTAACAGCATCTCCTTTGGTTGGTTTACC 479 Query 480 AGAAATATCCCATCTTGGTTGGGGACACTGGTTTACTCTTAGGGATCTTGAGCTAGCAAC 539 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 480 AGAAATATCCCATCTTGGTTGGGGACACTGGTTTACTCTTAGGGATCTTGAGCTAGCTAC 539 Query 540 CAACCGTTTTGCTCCAGTGAATGTGCTTGGAGAGGGTGGTTATGGAGTAGTTTATAGGGG 599 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 540 CAACCGTTTTGCTGCAGTGAATGTGCTTGGAGAGGGTGGTTATGGAGTAGTTTATAGGGG 599 Query 600 TAAACTTGTTAATGGTACCGAGGTTGCTGTAAAGAAGCTTCTGAACAATCTAGGGCAAGC 659 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 600 TAAACTTGTTAATGGTACCGAGGTTGCAGTAAAGAAGCTTCTGAACAATCTAGGGCAAGC 659 Query 660 TGAGAAGGAATTTCGGGTAGAAGTTGAGGCTATTGGTCATGTACGGCACAAGAATCTTGT 719 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| Sbjct 660 TGAGAAGGAATTTCGGGTAGAAGTTGAGGCTATTGGTCATGTTCGACACAAGAATCTTGT 719 Query 720 TAGGCTTTTAGGATATTGCATAGAGGGAGTTCATCGGATGCTTGTTTATGAGTATGTTAA 779 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 720 TAGGCTTTTAGGATATTGCATAGAGGGAGTTCATCGGATGCTTGTTTATGAGTATGTTAA 779 Query 780 TAGTGGTAACTTAGAACAATGGCTACATGGAGCAATGCGGCAACATGGAAATCTCACTTG 839 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 780 TAGTGGTAACTTAGAACAATGGCTACATGGAGCAATGCGGCAACATGGAAATCTCACTTG 839 Query 840 GGAAGCACGGATGAAAATCATTACTGGTACTGCACAAGCGCTTGCTTACTTGCATGAAGC 899 ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 840 GGAGGCACGGATGAAGATCATTACCGGTACTGCACAAGCGCTTGCTTACTTACATGAAGC 899 Query 900 AATAGAACCAAAAGTGGTCCACAGAGACATAAAAGCAAGTAATATATTGATTGATGATGA 959 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 900 AATAGAACCAAAAGTGGTCCACAGAGACATAAGAGCAAGTAATATATTGATTGATGATGA 959 Query 960 GTTTAATGCAAAACTCTCTGACTTTGGG-TTAGCCAAGCTCTTGGACTCGG 1009 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 960 GTTTAATGCAAAACTCTCTGACTTTGGGGTTAGCCAAGCTCTTGGACTCGG 1010 Score = 686 bits (371), Expect = 0.0 Identities = 411/430 (96%), Gaps = 4/430 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1048 GGATATGTAGCACCAGAATATGCTAATACAGGTCTTTTAAACGAAAAGAGTGATATATAT 1107 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1009 GGATATGTAGCACCAGAATATGCTAATACAGGTCTGTTAAACGAGAAGAGTGATATATAT 1068 Query 1108 AGCTTTGGTGTCTTGCTTCTTGAAGCTATAACTGGTCGAGATCCAGTTGATTATGGTCGT 1167 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1069 AGCTTTGGTGTCTTGCTTCTTGAAGCTGTAACTGGTCGAGATCCAGTTGATTATGGACGT 1128 Query 1168 CCTGCTAATGAGGTGAATCTTGTTGAATGGCTAAAGATGATGGTTGGAACAAGAAGAGCA 1227 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1129 CCTGCTAATGAGGTGAATCTTGTTGAATGGCTAAAGATGATGGTCGGAACAAGAAGAGCA 1188 Query 1228 GAAGAAGTTGTGGATCCAAGACTTGAACCTAGACCTAGTAAAAGTGCTTTGAAACGTGCA 1287 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1189 GAGGAAGTTGTGGATCCAAGACTTGAACCTAGACCTAGTAAAAGTGCTTTGAAACGTGCA 1248 Query 1288 CTCTTGGTTTCCCTTAGATGTGTTGATCCTGAAGCAGAGAAACGTCCTAGAATGAGTCAG 1347 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1249 CTTTTGGTTTCCCTTAGATGTGTTGATCCTGAAGCAGAGAAACGTCCTAGAATGAGTCAG 1308 Query 1348 GTTGCGCGCATGCTTGAATCTGATGAACACCCTTTTCACAAGGAGAGGAGGAACA-AAAG 1406 |||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1309 ATTGCTCGGATGCTTGAATCCGATGAACACCCTTTTCACAAGGAGAGGAGGAACAGAAAG 1368 Query 1407 GAGCAAAACCGCGGGCATGGAGATTGTTGAGACCAAAGACGAATCTCTTGGTCCTAGTGG 1466 |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || Sbjct 1369 -AGCAGAACCGCGAGCATGGAGATTGTTGAGACCAAAGACGAATCTCTTGGACCTAGCGG 1427 Query 1467 CT-CAGAGAC 1475 | ||||||| Sbjct 1428 -TGCAGAGAC 1436 > Ahg486380 jgi|Araly1|486380|fgenesh2_kg.5__2372__AT3G59110.1 Length=2397 Score = 1363 bits (738), Expect = 0.0 Identities = 1247/1488 (84%), Gaps = 53/1488 (4%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGCCACCTGAGAGTTCTTTAAACGCTGAAATGTCCAAGAAGATATCATTTTTTGGTTTG 60 ||| || ||||||||||||| | ||||| |||||||||||| | |||||||| |||||| Sbjct 515 ATGTCATCTGAGAGTTCTTTGAGTGCTGACATGTCCAAGAAGGTCTCATTTTTAGGTTTG 574 Query 61 AAGGGTTTGAAGTTGTGGGTATGGGTATGTTTGGTAGTTGG-AGTATTCATAGTTATGAT 119 |||||| |||| ||||||| | | | ||||| |||||||| | ||| ||||| || | Sbjct 575 AAGGGTATGAAACTGTGGGTTTTGATTTGTTTAGTAGTTGGCA-CATTTGTAGTTTTGGT 633 Query 120 TCTCTGCATCTTGTCTCTATGGATCACATTCCGTCGGAAATCTAGAAGGTC-T-T--CAA 175 ||||||||| || ||||||||||| ||||||| || ||||| | || || | | ||| Sbjct 634 TCTCTGCATATTATCTCTATGGATTGCATTCCGCCGTAAATCCCGGAGATCATCTCACAA 693 Query 176 GCAAGTTTCCTTTCAACCAAATACCACATGTGTCCAAAGATATCAGAG-T--CGACAGGG 232 || ||| || |||| |||||||||| | || | ||||||||||| | | || || | Sbjct 694 GC-TGTTACCCTTCAGTCAAATACCACGTTTGGCGAAAGATATCAGGGTTGATGATAGAG 752 Query 233 CTGGGTTTC-AGAATCCTCACCCCGAAAGTTTATATAT-AGAAATGAATGATAAATC--- 287 |||||||| || ||| | | |||| ||||| ||| | |||| ||||||||| Sbjct 753 TTGGGTTTCAAG-ATCAT-A--ATGAAAATTTATGTATCACCAATG-CTGATAAATCTAG 807 Query 288 C-ACTGGAAA------AACGATGATGTCTCACTTGGGAAGAACCAAGTCTAGTGATAATG 340 | || |||| || |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 808 CGAC-AGAAACTCGGGAAAGATGATGTCTTTCTTGGGAAGAACGAAGTCTAGTGATAATG 866 Query 341 ACACTTTGAGTCAATGTAGCTCTGTGAATCACCATGAGAGAGCTTGTAGTTCTCATTCTG 400 | | | | |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| || | Sbjct 867 ATAGTATAAGTCAATGTAGCTCTGTGCATCATCATGAGAGAGCTTGTAGTTCTCACTCCG 926 Query 401 GTGAAGAAGGAGGCTTTGGAAGTGCTGGGAGAC-AG------TAT-GGA-GGAGGACCTG 451 ||||||| ||| ||||||||| ||| |||| | || ||| | | || |||| || Sbjct 927 GTGAAGATGGAAGCTTTGGAACCGCTTGGAGGCAAGCTTCCCTATCGCAGGGCGGACTTG 986 Query 452 TAACAGCATCTCCTTTGGTTGGTTTACCAGAAATATCCCATCTTGGTTGGGGACACTGGT 511 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||| Sbjct 987 TAACAGCATCTCCTTTGGTTGGTTTGCCAGAAATATCTCATCTTGGCTGGGGACACTGGT 1046 Query 512 TTACTCTTAGGGATCTTGAGCTAGCAACCAACCGTTTTGCTCCAGTGAATGTGCTTGGAG 571 ||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||| ||||| | || | Sbjct 1047 TTACTCTAAGGGATCTTCAGCTAGCCACCAACCGTTTTGCTGCAGAAAATGTAATCGGTG 1106 Query 572 AGGGTGGTTATGGAGTAGTTTATAGGGGTAAACTTGTTAATGGTACCGAGGTTGCTGTAA 631 |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | || |||| ||| |||||||||| Sbjct 1107 AGGGTGGTTATGGAGTAGTTTATAAGGGTAGACTCATCAACGGTAACGATGTTGCTGTAA 1166 Query 632 AGAAGCTTCTGAACAATCTAGGG-CAAGCTGAGAAGGAATTTCGGGTAGAAGTTGAGGCT 690 |||||||||| |||||||| ||| || |||||||||||||| || || |||||||||||| Sbjct 1167 AGAAGCTTCTTAACAATCT-GGGACAGGCTGAGAAGGAATTCCGTGTTGAAGTTGAGGCT 1225 Query 691 ATTGGTCATGTACGGCACAAGAATCTTGTTAGGCTTTTAGGATATTGCATAGAGGGAGTT 750 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1226 ATTGGTCATGTACGGCACAAGAATCTTGTAAGGCTTCTAGGATATTGCATAGAGGGTGTT 1285 Query 751 CATCGGATGCTTGTTTATGAGTATGTTAATAGTGGTAACTTAGAACAATGGCTACATGGA 810 || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1286 AATAGGATGCTTGTTTATGAGTATGTGAATAGTGGTAACTTAGAACAATGGCTACATGGA 1345 Query 811 GCAATGCGGCAACATGGAAATCTCACTTGGGAAGCACGGATGAAAATCATTA-CTGGTAC 869 || ||| || ||||| | | |||||||||||| || || ||||| ||| || | ||||| Sbjct 1346 GCCATGGGGAAACATAGCACTCTCACTTGGGAGGCTCGCATGAAGATCCTTGTC-GGTAC 1404 Query 870 TGCACAAGCGCTTGCTTACTTGCATGAAGCAATAGAACCAAAAGTGGTCCACAGAGACAT 929 ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1405 TGCGCAAGCGCTTGCTTATTTGCATGAAGCAATAGAACCAAAAGTAGTCCACAGAGACAT 1464 Query 930 AAAAGCAAGTAATATATTGATTGATGATGAGTTTAATGCAAAACTCTCTGACTTTGGGTT 989 ||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||| || || || |||||||| Sbjct 1465 AAAAGCAAGCAATATCCTGATTGATGATGACTTTAATGCAAAGCTTTCCGATTTTGGGTT 1524 Query 990 AGCCAAGCTCTTGGACTCGGGTGAGAGTCACATCACTACCAGAGTCATGGGTACCTTTGG 1049 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| Sbjct 1525 AGCCAAGCTCTTAGACTCGGGTGAGAGTCACATCACGACCAGAGTCATGGGCACCTTTGG 1584 Query 1050 ATATGTAGCACCAGAATATGCTAATACAGGTCTTTTAAACGAAAAGAGTGATATATATAG 1109 ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || || || |||||||| || ||||| Sbjct 1585 GTATGTCGCACCCGAATATGCTAATACAGGTCTATTGAATGAGAAGAGTGACATCTATAG 1644 Query 1110 CTTTGGTGTCTTGCTTCTTGA-AGCTATAACTGGTCGAGATCCAGTTGATTATG-GTCGT 1167 |||||||||| |||| || || | |||||||||| | ||||||||||| |||| | ||| Sbjct 1645 CTTTGGTGTCCTGCTGCTAGAGA-CTATAACTGGAAGGGATCCAGTTGACTATGAG-CGT 1702 Query 1168 CCTGCTAATGAGGTGAATCTTGTTGAATGGCTAAAGATGATGGTTGGAACAAGAAGAGCA 1227 || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1703 CCAGCTAATGAGGTGAATCTGGTTGAATGGCTAAAGATGATGGTTGGAACAAGAAGAGCT 1762 Query 1228 GAAGAAGTTGTGGATCCAAG-ACTTGAACCTAGACCTAG-TAAAAGTGCTTTGAAACGTG 1285 ||||||||||| ||| |||| | |||| ||| ||| | || | ||||| ||||||||| Sbjct 1763 GAAGAAGTTGTTGATTCAAGGA-TTGAGCCTCCACCC-GCTACACGTGCTCTGAAACGTG 1820 Query 1286 CACT-CTTGGTTTCCCTTAGATGTGTTGATCCTGAAGCAGAGAAACGTCCTAGAATGAGT 1344 |||| |||| || |||| |||||||| |||||||||||| ||||| | |||| |||||| Sbjct 1821 CACTTCTTG-TTGCCCTGAGATGTGTGGATCCTGAAGCACAGAAAAGGCCTAAAATGAGC 1879 Query 1345 CAGGTTGCGCGCATGCTTGAATCTGATGAACACCCTTTTCACAAGGAGAGGAGGAACA-A 1403 ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||| | Sbjct 1880 CAGGTTGTGCGGATGCTTGAATCCGATGAACACCCTTTCCGTGAGGAGCGGAGGAACAGA 1939 Query 1404 AAGGAGCAAAACCGCGGGCATGGAGATTGTTGAGACCAAAGACGAATC 1451 || || | ||| ||| | ||||||||||| ||||||| || ||||| Sbjct 1940 AAA-AGTAGAACAGCGAGTATGGAGATTGTCGAGACCACTGAGGAATC 1986 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 55573667455 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5