BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G43070.1
Length=2062
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg935200 jgi|Araly1|935200|scaffold_403188.1 2741 0.0
> Ahg935200 jgi|Araly1|935200|scaffold_403188.1
Length=1666
Score = 2741 bits (1484), Expect = 0.0
Identities = 1610/1669 (96%), Gaps = 15/1669 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 75 TTTGCTCAGTCGATTGCGTCATGTCGTCGTTTGATCCGCCGAATCACCGATATTCAGCCT 134
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1 TTTGCTCCGTCGATTGCGTCATGTCGTCGTTTGATCCGCCGAATCACCGATACTCTTCCT 60
Query 135 TAGTACTT-ATTCTTCTCCTGCTTGGTTTTTCGGTAGCGGCGGCCGACGATG--T-ATCG 190
||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 61 TAGTA-TTGATTCTTCTTCTGCTTGGTTTCTCGGTAGCGGCGGCCGACGATGTATCATCG 119
Query 191 TGGACCGAAGATTCCAGCCTCGAGTCTCCTGGCTGTACCAATAAGTTTCAAATGGTAAAG 250
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TGGACCGAGGATTCCAGCCTCGAGTCTCCTGGCTGTACCAATAAGTTTCAAATGGTAAAG 179
Query 251 GTCTTAAATTGGGTTGATGGTGTTGAAGGAGACT-TCCTTACTGGCTTAACTGCTCAATT 309
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 GTCTTAAATTGGGTTGATGGTGTTGAAGGAGACTAT-CTTACTGGCTTAACTGCTCAATT 238
Query 310 TGGAGCTGCCTTGCCTTCTGTTCCTGATC-AAGCTCTTAGATTTCCTGCTGCTTTTGTAG 368
|||||| ||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 239 TGGAGCAGCCTTGCCTTCTGTTGCTGATCAAAG-TCTTCGATTTCCGGCTGCTTTTGTAG 297
Query 369 ATCCTTTGGACTCTTGTTCCCATCTCTCTTCCAGGTTAGATGGACATATTGCCTTGTCGA 428
|||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 ATCCTTTGGACTCTTGTTCCAATATCTCTTCCAGATTAGATGGACATATTGCCTTGTCGA 357
Query 429 TCCGTGGCAATTGTGCTTTCACTGAGAAGGCCAAACATGCTGAGGCAGCTGGTGCTTCTG 488
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 TCCGTGGCAATTGTGCTTTCACTGAGAAGGCAAAACATGCTGAGGCAGCTGGTGCTTCTG 417
Query 489 CTCTCTTAGTCATTAATGACAAAGAAGATCTTGATGAGATGGGATGTATGGAAAAGGACA 548
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 CTCTCTTGGTTATTAATGACAAAGAAGATCTTGATGAGATGGGATGTATGGAAAAGGACA 477
Query 549 CATCTCTAAATGTGAGCATACCTGTCTTAATGATCTCTAAGTCAAGCGGAGATGCTCTCA 608
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 478 CATCTCTAAATGTGAGCATACCTGTCTTGATGATCTCCAAGTCGAGCGGGGATGCTCTCA 537
Query 609 ACAAGTCTATGGTTGACAATAAGAATGTTGAGCTTTTGTTGTATGCTCCAAAGCGTCCTG 668
||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 ACAAGTCTATGATAGACAATAAGAGTGTTGAGCTTTTGTTGTATGCTCCAAAGCGTCCTG 597
Query 669 CCGTGGACCTCACAGCTGGATTGTTATTGCTCATGGCTGTGGGAACTGTTGTCGTTGCAT 728
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 TCGTGGACCTCACAGCTGGATTGTTATTGCTCATGGCTGTGGGAACTGTTGTCGTTGCAT 657
Query 729 CACTGTGGTCAGAGCTTACAGATCCTGACCAAGCTAATGAATCTTACAGCATACTAGCAA 788
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 658 CACTGTGGTCAGAGCTTACAGATCCTGACCAAGCTAATGAATCTTACAGCATATTAGCAA 717
Query 789 AGG-ATGTTTCTAGTGCTGGGACCAGAAAAGATGACCCAGAGAAGGAAATCCTTGATATA 847
||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 AGGAAT-TTCCTAGTGCTGGGACCAGAAAAGATGACCCAGAGAAGGAAATCCTTGATATA 776
Query 848 AGTGTCACTGGTGCTGTATTTTTTATTGTAACAGCCTCCATATTTCTGCTGCTCCTTTTC 907
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 777 AGTGTCACTGGTGCTGTATTTTTTATTGTAACAGCCTCCATTTTTCTGCTGCTCCTTTTC 836
Query 908 TACTTCATGTCATCATGGTTTGTATGGGTGCTCACCATATTTTTCTGCATTGGCGGCATG 967
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 TACTTCATGTCATCATGGTTTGTATGGGTGCTCACCATATTTTTCTGCATTGGCGGCATG 896
Query 968 CAGGGTATGCACAACATCATTATGGCTGTTATATTGAGAAAATGCAGACATCTTGCTCGG 1027
||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 897 CAGGGTATGCATAACATCATTATGGCAGTTATATTGAGAAAATGCAGACATCTTGGTCGG 956
Query 1028 AAATCTGTGAAGCTCCCTTTGCTTGGAACAATGTCAGTGTTGTCGCTTTTGGTGAATATT 1087
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 AAATCTGTGAAGCTCCCTTTGCTTGGAACAATGTCAGTGTTGTCGCTTTTGGTGAATATT 1016
Query 1088 GTTTGTTTGGCGTTTGCTGTTTTCTGGTTTATAAAACGTCACACATCGTATTCTTGGGTT 1147
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 GTTTGTTTGGCGTTTGCTGTTTTCTGGTTTATAAAACGACACACATCGTATTCTTGGGTT 1076
Query 1148 GGCCAAGACATTTTGGGCATATGTTTGATGATCACTGCCTTGCAAGTGGTTCGATTACCT 1207
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 GGCCAAGACATTTTGGGCATATGTTTGATGATCACTGCCTTGCAAGTGGTTCGATTACCT 1136
Query 1208 AACATCAAGGTTGCGACTGTACTTCTTTGCTGCGCATTTGTCTATGACATTTTCTGGGTC 1267
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1137 AACATCAAGGTTGCTACTGTACTTCTTTGCTGCGCGTTTGTGTATGACATTTTCTGGGTC 1196
Query 1268 TTCATATCTCCATTGATATTTCACGAGAGTGTTATGATTGTGGTTGCCCAAGGAGACAGC 1327
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 TTCATATCACCATTGATATTTCACGAGAGTGTTATGATTGTGGTTGCCCAAGGAGACAGC 1256
Query 1328 AGCA-CTGGGGAGTCCATTCCGATGCTACTAAGGATTCCTCGGTTCTTTGATCCTTGGGG 1386
|||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 AGCAGC-GGAGAGTCCATTCCGATGCTACTAAGGATTCCTCGGTTCTTTGATCCTTGGGG 1315
Query 1387 TGGTTATGACATGATTGGTTTTGGGGACATCCTCTTCCCCGGTTTGCTCATTTCCTTTGC 1446
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 TGGTTATGACATGATTGGTTTTGGGGACATCCTCTTCCCCGGTTTGCTCATTTCCTTTGC 1375
Query 1447 TTCCAGATATGACAAGATAAAAAAGAGGGTAATATCAAATGGGTACTTCCTCTGGTTGAC 1506
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 TTCCAGATATGACAAGATAAAAAAGAGGGTAATATCAAATGGGTACTTCCTCTGGTTGAC 1435
Query 1507 TATCGGCTATGGAATAGGTCTATTACTGACATACCTAGGTCTGTATCTTATGGACGGACA 1566
|||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 TATCGGCTATGGAACAGGTCTGTTACTGACATATCTAGGTCTGTATCTTATGGACGGACA 1495
Query 1567 TGGCCAGCCGGCACTATTGTACATCGTACCCTGCACACTCGGTTTGGCCGTCATACTGGG 1626
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 TGGCCAGCCTGCGCTATTGTACATCGTACCCTGCACACTCGGTTTGGCCGTCATACTGGG 1555
Query 1627 GTTGGTAAGAGGAGAGCTTAAAGAACTATGGAATTACGGTA-TCGAAGAATCAGAGTCTC 1685
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 1556 GTTGGTAAGAGGAGAGCTTCAAGAACTATGGAATTACGGTAGT-GAAGAATCAGAGTCTC 1614
Query 1686 ACACACCGGAGGATCCAATGCCTGTGGCATAATAACATGATTCAACAAT 1734
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1615 ACACAACGGAGGATCCAATGCCTGTGGCATAATAACATGATTCAACAAT 1663
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 77551738820
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5