BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G44100.1
Length=3084
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg483530 jgi|Araly1|483530|fgenesh2_kg.4__2590__AT2G44100.1 2451 0.0
Ahg486456 jgi|Araly1|486456|fgenesh2_kg.5__2448__AT3G59920.1 1528 0.0
Ahg914953 jgi|Araly1|914953|Al_scaffold_0001_5207 171 4e-41
> Ahg483530 jgi|Araly1|483530|fgenesh2_kg.4__2590__AT2G44100.1
Length=2541
Score = 2451 bits (1327), Expect = 0.0
Identities = 1422/1469 (97%), Gaps = 2/1469 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 53 tctctcGACGGTCGCATATCAAAAGTCCATTTCTTTCTTCTCTTTGGAGGATCAGCAACT 112
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 23 TCTCTCGACGGTCGCATATCAAAAGTCCATCTCTTTCTTCTCTTTGTTGGATCAGCAGCC 82
Query 113 ATGGATGAAGAGTACGAAGTCATAGTTCTGGGTACTGGTCTCAAGGAGTGCATCCTTAGT 172
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 83 ATGGATGAAGAGTACGAAGTCATAGTTCTGGGAACTGGTCTCAAGGAGTGCATCCTTAGT 142
Query 173 GGTCTTCTCTCCGTCGATGGTCTTAAGGTACTTCACATGGACAGGAATGACTACTACGGT 232
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 143 GGTCTTCTCTCCGTCGATGGTCTTAAGGTACTTCACATGGACAGGAATGACTACTACGGT 202
Query 233 GGAGAGTCAACTTCTCTTAATCTCAATCAGCTGTGGAAGAAGTTCAGGGGAGAAGAGAAG 292
|||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 203 GGAGAGTCAACTTCGCTTAATCTTAATCAGCTGTGGAAGAAGTTCAGGGGAGAAGAAAAG 262
Query 293 GCTCCTGCTCATTTAGGTTCTAGCAGAGACTACAATGTTGACATGATGCCAAAGTTTATG 352
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 263 GCTCCTGCTCATTTAGGCTCTAGCAGAGACTACAATGTTGACATGATGCCCAAGTTTATG 322
Query 353 ATGGCTAACGGAAAGCTTGTTCGTGTCCTTATTCATACGGATGTGACCAAGTACTTGTCT 412
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 323 ATGGCAAACGGAAAGCTTGTTCGTGTCCTTATTCATACGGATGTGACTAAGTACTTGTCT 382
Query 413 TTTAAAGCTGTTGATGGAAGCTATGTTTTTGTCCAAGGCAAGGTCCAAAAAGTGCCAGCA 472
||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 383 TTTAAAGCTGTTGATGGAAGCTATGTTTTCGTCAAAGGCAAGGTCCAAAAGGTGCCAGCA 442
Query 473 ACTCCCATGGAGGCCCTCAAATCTCCTCTTATGGGTATTTTTGAGAAACGTCGAGCTGGA 532
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 443 ACTCCAATGGAGGCCCTCAAATCTCCTCTTATGGGTATTTTTGAGAAACGTCGAGCCGGA 502
Query 533 AAGTTTTTCAGCTATGTTCAAGAATACGACGAGAAGGACCCAAAAACACATGATGGAATG 592
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 503 AAGTTTTTCAGTTATGTTCAGGAATACGACGAGAAGGACCCAAAAACACATGATGGAATG 562
Query 593 GATTTGAGGAGAGTTACAACTAAGGATTTGATTGCGAAATTCGGTCTTAAAGAAGATACT 652
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 563 GATTTGAGGAGAGTTACAACTAAGGATTTGATTGCGAAATTCGGTCTTGGTGAAGATACT 622
Query 653 ATTGACTTTATTGGTCATGCAGTGGCACTTCACTGTAATGACAATCATCTCCATCAACCT 712
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 623 ATTGACTTTATTGGTCATGCAGTGGCACTTCACTGTAATGACAATCATCTCCATCAACCT 682
Query 713 GCCTATGATACTGTAATGAGAATGAAGCTCTACGCAGAGTCCCTTGCACGTTTTCAAGGA 772
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 683 GCCTATGATACTGTTATGAGAATGAAGCTCTACGCAGAGTCCCTTGCACGTTTTCAAGGA 742
Query 773 GGTTCACCATATATCTATCCTCTCTATGGGTTGGGAGAATTGCCTCAGGCATTTGCACGA 832
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 743 GGTTCACCATATATCTATCCTCTCTATGGGTTGGGAGAATTGCCTCAGGCATTTGCACGA 802
Query 833 CTTAGTGCTGTCTATGGTGGGACGTATATGTTGAACAAACCTGAGTGCAAGGTAGAGTTT 892
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 803 CTTAGTGCTGTCTATGGTGGAACGTATATGTTGAACAAACCTGAGTGCAAGGTAGAGTTT 862
Query 893 GACGAGGAGGGTAAGGTTTCTGGTGTTACATCTGAGGGAGAGACTGCCAAATGCAAGAAA 952
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 863 GACGAGGAGGGTAAGGTTACTGGTGTTACATCTGAGGGAGAGACTGCTAAATGCAAGAAA 922
Query 953 GTTGTCTGCGATCCTTCTTACCTAACCAACAAGGTCAGGAAGATTGGCAGGGTTGCTCGG 1012
|||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 923 GTTGTCTGTGATCCTTCTTACCTATCCAACAAGGTCAGGAAGATTGGCAGGGTTGCTCGG 982
Query 1013 GCGATTGCCATTATGAGCCACCCTATTCCAAACACCAATGATTCTCAGTCGGTGCAAGTC 1072
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 983 GCGATTGCTATTATGAGCCACCCTATTCCAAACACCAATGATTCTCACTCGGTGCAGGTC 1042
Query 1073 ATTCTACCCCAAAAACAATTGGGCCGCAAATCAGACATGTATGTCTTCTGTTGTTCATAT 1132
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1043 ATCCTACCCCAAAAACAATTGGGCCGCAAATCAGACATGTATGTCTTCTGTTGTTCGTAT 1102
Query 1133 TCACACAACGTTGCTCCCAAGGGAAAGTTCATAGCATTTGTGTCAACAGACGCTGAAACT 1192
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1103 TCACACAACGTTGCTCCCAAGGGAAAGTTCATAGCATTTGTGTCGACAGACGCTGAAACT 1162
Query 1193 GATAACCCTCAAACCGAGCTCCAGCCTGGAATCGACCTTCTTGGTCCTGTTGATGAGCTG 1252
|||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1163 GATAACCCTCAAACTGAGCTCAAGCCTGGAATTGACCTTCTGGGTCCTGTTGATGAGCTA 1222
Query 1253 TTCTTCGACATCTATGATAGATATGAGCCTGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTC 1312
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1223 TTCTTCGACATCTATGATAGATATGAGCCTGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTC 1282
Query 1313 ATATCAACGAGTTATGATGCTACAACACACTTTGACACAACTGTTGTTGATGTGTTGAAC 1372
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1283 ATATCAACGAGTTATGATGCTACAACACACTTTGACACAACTGTTGTTGATGTGTTGAAC 1342
Query 1373 ATGTATAAATTGATCACCGGAAAGGAACTGGATCTAAGTGTGGATCTTAACGCAGCTAGT 1432
||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1343 ATGTATAAATTGATCACTGGAAAGGAATTGGATCTAAGTGTGGATCTTAACGCAGCTAGT 1402
Query 1433 GCTGCAGAGGAGGAATGATGGA-AAATATT-GCAAGCTCTGTCTCTCTCTGTTAGTCACC 1490
|||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1403 GCTGCAGAGGAGGAATGATGGAGAAAAATTTGCAAGCTCTGTCTCTCTCTGTTAATCACC 1462
Query 1491 AAATGATGTAACCGGTTCTCTTTCTCCCT 1519
||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1463 AAATGATGTAACCAGTTCTCTTTCTCCCT 1491
Score = 1110 bits (601), Expect = 0.0
Identities = 855/971 (88%), Gaps = 43/971 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 2110 GGTTCTGATTTTGTTGAGAGGAGCCTTTTCCTAGCAAGGAGTTCAACTGAATAGACGGTC 2169
||| ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| || | |||||||| |||| | |
Sbjct 1598 GGTGCTGGTTTTGTTGAGACGAGTCTTTTCCTAGCAACGACTGCAACTGAACAGACCG-C 1656
Query 2170 -TTGGACTAGTAGCATCATGACTGGTACCTACTTGTGTTG-CGCCTTTCTTCACTCCCCT 2227
|| | ||||||| |||||||||||||| | || |||| | ||||||||||||||| |
Sbjct 1657 GGTGAAGGAGTAGCACCATGACTGGTACCTGCGTGAGTTGTC-CCTTTCTTCACTCCCTT 1715
Query 2228 TTTAGCCATTTTTGCCCATCCAACAAGATGTTCCTGTGTCTGCTCGTTGAATATTGCACC 2287
|||||||||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1716 TTTAGCCATTTTTGCCCACCCGACAAGCTGTTGCTGTGTCTGCTCGTTGAATATTGCACC 1775
Query 2288 TTTGAATGAACTTCCCATCTTTTCACCAAAAAATTAGAAGGTTTGGTTTTGAGTTTGTGT 2347
||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |||| |||||||||| |||||
Sbjct 1776 TTTGAATGAACTTCCCATCTTTTCA-C-AAAAATAAGTAGGTGTGGTTTTGAG--TGTGT 1831
Query 2348 CTTGGTCTAGTTTGATATAAGAACACAAGAAAATTGACTAAGAGATGTAGAATCTGTACC 2407
|||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1832 CTTGGTCTAGTTTGATATTAGAACACAAGAAATTTGGCTAAGAGATGCAGAATCTGTACC 1891
Query 2408 TGAGTTACGAGTGCATAGAGCGGTAAGGTACTGTAACTGCAGAGAAGCTGAATTATTACC 2467
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1892 TGAGTTACGAGTGCATAGAGCGGTAAGGTACTGTAACTGCAGAGAAGCTGAACCACTACC 1951
Query 2468 CTGCAAAA-ATATTTCACATTTCAAGATCAAGAAGCTCAT-AACAAGATCGATATTAAGT 2525
|||||||| || ||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||
Sbjct 1952 CTGCAAAAGAT-TTT-ACATTTCAAGATCAAGAAGCTCTTTAACAAGATAGATATTAAGT 2009
Query 2526 AGCTTTGGCTATTATTACCCGATGACGAGTCTTGGAATTACGAACTTGACATGATCCATG 2585
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||
Sbjct 2010 AGCTTCGGCTATCATTACCCGATGACGAGTCTTGGAACTATGAACTTGACATCTTCCATG 2069
Query 2586 ATGCATGAATCCCAACCAAATTGAAACTGTTGTT-ACAA-TTGCATGAGTTTTCACTTTT 2643
||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |
Sbjct 2070 ATGCAAGAATCCCAACCATATTGAAACTGTTGTTTACAAATTGCATGAGTTTTC--T--- 2124
Query 2644 CTCTGTACGTATCTTGATATCTTCTAGATTATTGGTTTAGATCGATTAATGGTAAAGAGT 2703
|| ||| || | || || |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2125 CT--GTATGT-TGTT-AT--CTTCTAGATT---GGTTTAGATAGATTAATGGTAAAGAGT 2175
Query 2704 ACTTAC-AAGGATAAAGAAGAAGTAGGCGATTTCGAAGGAGTTTTGGAAAAGAATGAAAT 2762
|||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2176 ACTTACGAAG-ATAAAGAAGAAGTAGGCAATTTCAAAGGAGTTTTGGAAGAGAATGAAAT 2234
Query 2763 GGATCAAGAAGAGAACTAGCCGGGGACTTTGAAACCAGAACAAATCATCTGATGGTCGGA 2822
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |
Sbjct 2235 GGATCAAGATGAGAACTAGCCGGGGACTTTGAAACCAGAATAGATCATCTGATGGTCGTA 2294
Query 2823 CAACCAAATCTCCTTCCACAGCAATGTGTTTCTCTGCAACTTCATGAGCCAAATCTGTGA 2882
| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2295 CTACCAAATCTCCTTCCACAGCAACGTGTTTCTCTGCAACTTCATGAGCCAAATCTGTAA 2354
Query 2883 TGATATGCTCTAACTTCGTCCCCACGGCAAGTAAAAGCTGAGGAGAAAACCGCGTAAAA- 2941
| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 2355 TAATATGCTCCAACTTCGTCCCCACGGCAAGCAAAAGCTGAGGAGAAAATCACGTAAAAC 2414
Query 2942 A-GAGTTGATTTAGATAGGTT-----T--GAAGCATAGACATGCTTTGAGAAGGTTTTCA 2993
| | ||| | |||| |||| | |||||||||||||| | ||| |||| ||
Sbjct 2415 ATGTTTTGGTCAAGATGGGTTCGAACTTTGAAGCATAGACATGGTG-GAGT-GGTT--CA 2470
Query 2994 GGGACTTACGATCAAAGGAATAAAAGCTAGCCAGAAGTAAACATGCCATGCTGCAAGAAA 3053
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2471 GGGACTTACAATCAATGGAATAAAAGCTAGCCAGAAGTAAACATGCCATGCTGCAAGAAA 2530
Query 3054 TATCGAGTCGA 3064
||| || ||||
Sbjct 2531 TATGGAATCGA 2541
> Ahg486456 jgi|Araly1|486456|fgenesh2_kg.5__2448__AT3G59920.1
Length=1527
Score = 1528 bits (827), Expect = 0.0
Identities = 1176/1344 (88%), Gaps = 26/1344 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 113 ATGGATGAAGAGTACGAAGTCATAGTTCTGGGTACTGGTCTCAAGGAGTGCATCCTTAGT 172
||||||||||||||||| || || ||||| || || |||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 148 ATGGATGAAGAGTACGAGGTTATTGTTCTCGGCACCGGTCTCAAGGAGTGTATCCTCAGC 207
Query 173 GGTCTTCTCTCCGTCGATGGTCTTAAGGTACTTCACATGGACAGGAATGACTACTACGGT 232
||||| || |||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 208 GGTCTCCTTTCCGTCGATGGTGTCAAGGTGCTTCACATGGACAGGAATGACTACTATGGT 267
Query 233 GGAGAGTCAACTTCTCTTAATCTCAATCAGCTGTGGAAGAAGTTCAGGGGAGAAGAGAAG 292
||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 268 GGAGAATCAACTTCGCTTAATCTCAATCAGCTTTGGAAGAAGTTCAGGGGAGAAGAGAAG 327
Query 293 GCTCCTGCTCATTTAGGTTCTAGCAGAGACTACAATGTTGACATGATGCCAAAGTTTATG 352
||||||| |||||||| ||||| | || |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 328 GCTCCTGAGCATTTAGGCGCTAGCCGGGATTACAATGTTGACATGATGCCTAAGTTTATG 387
Query 353 ATGGCTAACGGAAAGCTTGTTCGTGTCCTTATTCATACGGATGTGACCAAGTACTTGTCT 412
|||| || || |||||||||||| |||||||||||| ||||| || ||||| |||||
Sbjct 388 ATGGGAAATGGCAAGCTTGTTCGTACCCTTATTCATACAGATGTTACAAAGTATTTGTCC 447
Query 413 TTTAAAGCTGTTGATGGAAGCTATGTTTTTGTCCAAGGCAAGGTCCAAAAAGTGCCAGCA 472
|| |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||| ||||| ||||||||
Sbjct 448 TTCAAAGCTGTTGATGGAAGCTATGTTTTCGTTAAAGGGAAGGTTCAAAAGGTGCCAGCT 507
Query 473 ACTCCCATGGAGGCCCTCAAATCTCCTCTTATGGGTATTTTTGAGAAACGTCGAGCTGGA 532
||||| ||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 508 ACTCCTATGGAGGCCCTGAAATCTTCTCTCATGGGTATTTTTGAGAAACGTCGAGCCGGC 567
Query 533 AAGTTTTTCAGCTATGTTCAAGAATACGACGAGAAGGACCCAAAAACACATGATGGAATG 592
||||||||||| | |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 568 AAGTTTTTCAGTTTTGTTCAGGAATACGATGAGAAGGACCCAAAAACACACGATGGAATG 627
Query 593 GATTTGAGGAGAGTTACAACTAAGGATTTGATTGCGAAAT-TCGGTCTT-AAAGAAGATA 650
|||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| | |||||| | | | | |
Sbjct 628 GATTTGAGCAGAGTTACAACAAAGGAACTGATTGCGAAATAT-GGTCTTGATGGCA-ACA 685
Query 651 CTATTGACTTTATTGGTCATGCAGTGGCACTTCAC-TGTAATGA-CAATCATCTCCATCA 708
||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||| |||||| ||||
Sbjct 686 CTATTGACTTTATTGGTCACGCAGTGGCACTTCACACG-AATGACCAA-CATCTCGATCA 743
Query 709 ACCTGCCTAT-GATACTGTAATGAGAATGAAGCTCTACGCAGAGTCCCTTGCACGTTTTC 767
|||||||| | ||||||||| |||||||||||||||| || || || ||||||||||| |
Sbjct 744 ACCTGCCT-TGGATACTGTACTGAGAATGAAGCTCTATGCGGAATCTCTTGCACGTTTCC 802
Query 768 AAGGAGGTTCACCATATATCTATCCTCTCTATGGGTTGGGAGAATTGCCTCAGGCATTTG 827
||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||
Sbjct 803 AAGGAACCTCTCCATATATTTATCCTCTCTATGGGTTGGGAGAACTACCCCAGGCATTTG 862
Query 828 CACGACTTAGTGCTGTCTATGGTGGGACGTATATGTTGAACAAACCTGAGTGCAAGGTAG 887
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 863 CACGACTTAGTGCTGTCTATGGTGGCACATATATGTTGAACAAACCTGAGTGCAAGGTAG 922
Query 888 AGTTTGACGAGGAGGGTAAGGTTTCTGGTGTTACATCTGAGGGAGAGACTGCCAAATGCA 947
||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 923 AGTTTGACGAGGAAGGTAAGGTTACTGGTGTAACATCTGAGGGAGAGACTGCCAAATGCA 982
Query 948 AGAAAG-TTGTCTGCGATCCTTCTTACCTAACC-AACAAGGTCAGGAAGATTGGCAGGGT 1005
| |||| |||| || || ||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 983 A-AAAGATTGTGTGTGACCCTTCCTACCTG-CCGAACAAGGTTAGGAAGATTGGCAGGGT 1040
Query 1006 TGCTCGGGCGATTGCCATTATGAGCCACCCTATTCCAAACACCAATGATTCTCAGTCGGT 1065
||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||
Sbjct 1041 TGCTCGGGCCATCGCCATTATGAGCCACCCAATTCCAAACACCAACGATTCTCACTCAGT 1100
Query 1066 GCAAGTCATTC-TACCCCAAAAACAATTGGGCCGCAAATCAGACATGTATGTCTTCTGTT 1124
||| ||||| | ||||||| ||||| |||| ||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1101 GCAGGTCAT-CATACCCCAGAAACAGTTGGCCCGCAAATCTGATATGTATGTCTTCTGTT 1159
Query 1125 GTTCATATTCACACAACGTTGCTCCCAAGGG-AAAGTTCATAGCATTTGTGTCAACAGAC 1183
|||| || || |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1160 GTTCGTACTCCCACAACGTTGCTCCCAAGGGGAAA-TTCATTGCATTTGTGTCTACAGAT 1218
Query 1184 GCTGAAACTGATAACCCTCAAACCGAGCTCCAGCCTGGAA-TCGACCTTCTTGG-TCCTG 1241
|| || |||||||||||||||||||| || ||||||||| | || ||| |||| |||||
Sbjct 1219 GCAGAGACTGATAACCCTCAAACCGAACTAAAGCCTGGAACT-GATCTT-TTGGGTCCTG 1276
Query 1242 TTGATGAGCTGTTCTTCGACATCTATGATAGATATGAGCCTGTCAACGAACCC-ACTTTG 1300
|||||||| | ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| || | || |
Sbjct 1277 TTGATGAGATATTCTTCGACATGTATGATAGGTACGAGCCTGTCAACGAGCCAGAGTT-G 1335
Query 1301 GACAACTGCTTCATATCAACGAGTTATGATGCTACAACACACTTTGACACAACTGTTGTT 1360
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1336 GACAACTGCTTTATATCAACGAGCTATGATGCTACAACACACTTTGAGACAACTGTTGCG 1395
Query 1361 GATGTGTTGAACATGTATAAAT-TGATCACCGGAAAGGAACTGGATCTAAGTGTGGATCT 1419
||||||||||||||||||| | | ||||| |||||| |||| || |||||||| || ||
Sbjct 1396 GATGTGTTGAACATGTATAC-TCTAATCACTGGAAAGCAACTTGACCTAAGTGTTGACCT 1454
Query 1420 TAACGCAGCTAGTGCTGCAGAGGA 1443
| || || ||||||||||||||
Sbjct 1455 GAGTGCCGCAAGTGCTGCAGAGGA 1478
> Ahg914953 jgi|Araly1|914953|Al_scaffold_0001_5207
Length=288
Score = 171 bits (92), Expect = 4e-41
Identities = 104/110 (95%), Gaps = 0/110 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 345 AGTTTATGATGGCTAACGGAAAGCTTGTTCGTGTCCTTATTCATACGGATGTGACCAAGT 404
||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 119 AGTTTATGATGGCAAATGGAAAGCTTGTTCGTGTCCTTATTCATACAGATGTGACTAAGT 178
Query 405 ACTTGTCTTTTAAAGCTGTTGATGGAAGCTATGTTTTTGTCCAAGGCAAG 454
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 179 ACTTGTCTTTTAAAGCTGTTGATGGAAGCTGTGTTTTTGTCAAAGGCAAG 228
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 116479969210
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5