BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G44480.1 Length=1687 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg483573 jgi|Araly1|483573|fgenesh2_kg.4__2633__AT2G44480.1 2684 0.0 > Ahg483573 jgi|Araly1|483573|fgenesh2_kg.4__2633__AT2G44480.1 Length=1684 Score = 2684 bits (1453), Expect = 0.0 Identities = 1612/1689 (95%), Gaps = 9/1689 (1%) Strand=Plus/Plus Query 3 TTGATCCAGTTATAAAACCTTTCCTACGAAAACTCAAAGAAACAATGGCCATCAAATCCA 62 ||||||||||||||||| |||| || | |||||| |||||||| |||||||| ||||||| Sbjct 1 TTGATCCAGTTATAAAA-CTTTACTCCCAAAACTTAAAGAAACCATGGCCATTAAATCCA 59 Query 63 TATTTatcatcatcatcatcagcatcatcacatcaATATCTGAACTTTATGCTTTGGATC 122 ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 60 TATTTATCATCATCATCAT---CATCATCAAATCAATATCTGAACTTCGTGCTTTGGATC 116 Query 123 CTTCGTTTCTTCGTCTTTCGACCTCTCTCCAAAGAAGTAGCTTTCCTCAAGATTTTCGGT 182 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 117 CTTCGTTTCTTCGTCTTTCGACCTCTCTCCATCGAAGTAGCTTTCCTAAAGATTTTCGGT 176 Query 183 TTGGTGCAGCTTCGAGTGCTTATCAGAGTGAAGGAGCAGCCAACGTTGATGGAAGAGAAC 242 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 177 TTGGTGCAGCTTTGAGTGCTTATCAGAGTGAAGGAGCAACCAACGTTGATGGAAGAGAAC 236 Query 243 CAAGCATATGGGATACGTTTACTAAACAATATCCAGAAAAGATTTCAGATGGTAGCAATG 302 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 237 CAAGCATATGGGATACGTTTACTAAACAATATCCAGAAAAGATTTCGGATGGTAGCAATG 296 Query 303 GCGACGTTGCAGACGAATTTTATTACCGTTTCAAGGAGGACGTGGCACATATGAAAGAAA 362 ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 297 GCGACGTCGCAGACGAATTTTATTACCTTTTCAAGGAGGACGTGGCACTTATGAAAGAAA 356 Query 363 TAGGGCTGGACTCATTTAGGTTTTCGATTTCTTGGTCCAGAATACTACCTCGAGGTACGG 422 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || Sbjct 357 TAGGGCTGGACTCATTTAGGTTTTCGATTTCTTGGTCAAGAATACTACCTCGAGGTA-GG 415 Query 423 -TTGCTGGAGGAGTAAATCAGGCAGGAATTAACTTCTACAATCATCTCATCAATGAACTC 481 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 416 ATTGCTGGTGGAGTAAATCAGGCAGGAATTAACTTCTACAATCATCTCATCAATGAACTC 475 Query 482 ATTTCAAATGGTATAAGGCCTCTGGTTACTCTGTTTCACTGGGATACACCTCAGGCACTT 541 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 476 ATTTCAAATGGTATAAGGCCTCTGGGTACTCTGTTTCACTGGGACACACCTCAGGCACTT 535 Query 542 GAAGATGAATATGGCGGGTTCTTAAACCCACAAATCGTGAAAGATTTCGTAGAATATGTG 601 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| Sbjct 536 GAAGATGAATATGGCGGATTCTTAAACCCACAAATCGTGAATGATTTCTTAGAATATGTG 595 Query 602 GATATATGTTTCAAAGAGTTTGGAGATAGAGTGAAGGAGTGGATCACAATCAACGAGCCT 661 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 596 GATATATGTTTCAAAGAGTTTGGAGATAGAGTGAAGGAGTGGATCACAATCAACGAGCCT 655 Query 662 AACATGTTCGCAGTGTTAGGTTACAATGTCGGTAATATTGCTCCGGGGCGTTGTTCGAGC 721 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| Sbjct 656 AACATGTTCGCAATGTTAGGTTACAATGTCGGTAATATTGCTCCAGGACGTTGTTCGAGC 715 Query 722 TATGTTCAAAACTGCACGGTTGGGAACTCAGCCACTGAGCCATATCTCGTGGCTCATTAC 781 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 716 TATGTTCAAAACTGCACGGTTGGGAACTCAGCCACTGAGCCATACCTCGTGGCTCATTAC 775 Query 782 TTAATCCTTTCTCATGCCGCTACAGTCCAACTCTATAGAGAGAAATATCAGAGTTTTCAT 841 || |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 776 TTGATCCTTTCTCATGCCGCTGCTGTCCAACTCTATAGAAAGAAATATCAGAGTTTTCAT 835 Query 842 GGAGGGACCATAGGAATGACTATTCAAACATATTGGATGATTCCAAAATATAACACTCCT 901 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 836 GGAGGGACCATAGGAATGACTATTCAAACATATTGGATGATTCCAAAATATAACACTCCT 895 Query 902 GCTTGTAGAGAAGCTGCCAAAAGGGCTCTTGACTTCTTCTTCGGATGGTTTGCTGATCCG 961 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 896 GCTTGTAGAGAAGCTGCCGAAAGGGCTCTTGACTTCTTCTTCGGATGGTTTGCTGATCCG 955 Query 962 ATCACTTACGGAGATTATCCAAAAACAATGAGAGAGTTGGTGGGAAATAGACTCCCAAAA 1021 || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 956 ATTACTTACGGAGATTATCCTAAGACAATGAGAGAGTTGGTGGGAAATAGGCTCCCAAAA 1015 Query 1022 TTCACAAAAAAGCAGTCAAAAATGGTGAGAGGATCCTTTGACTTTTTTGGACTCAACTAT 1081 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1016 TTCACAAAAAAGCAGTCAAAAATGGTGAGAGGATCCTTTGACTTTTTTGGACTCAACTAT 1075 Query 1082 TACACTTCAAGATACGTTGAAGATGTTATGTTCTACGCTAACACCAATCTTAGTTACACA 1141 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1076 TACACTTCAAGATACGTTGAAGATGTTATGTTCTACGCTAACACCAATCTTAGTTACACA 1135 Query 1142 ACAGATAGTCGCGTAAATCAAACAACGGAGAAAAATGGAGTTCCTGTGGGTGAACCGACG 1201 || || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1136 ACGGACAGTCGCGTCAATCAAACTACGGAGAAAAATGGAGTTCCTCTGGGTGAACCGACG 1195 Query 1202 AGTGCTGATTGGCTCTTTATATGTCCAGAAGGGTTTCAAGATGTTCTATTATACATAAAA 1261 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1196 AGTGCTGATTGGCTCTTTATATGTCCAAAAGGGTTCCAAGATGTTCTATTATACATAAAA 1255 Query 1262 TCGAAGTTTCAAAATCCAGTAATCCTCGTCACTGAGAATGGAATGCCTAGCGAGAATGAC 1321 || |||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1256 TCAAAGTATCAAAACCCAGTAATCCTTGTCACCGAGAATGGAATGCCTAGCGAGAATGAC 1315 Query 1322 AAATCATTGTCCGTGAACATAGCACTCAATGACGAGGCAAAGATCAAATATCACCAACTC 1381 |||||||| ||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1316 AAATCATTATCCGTCAACAAAGCTCTCAATGACGAGGAAAAGATCAAATATCACCAACTC 1375 Query 1382 CATCTCACTGCTCTTCTAGAAGCAGTCAGTCAAGGAGCAGATGTGAGAGGATATTATATA 1441 |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || Sbjct 1376 CATCTCTCTGCTCTTCTAGAAGCAGTCAGTCAAGGTGCAGATGTGAGAGGATATTATGTA 1435 Query 1442 TGGTCATTAATGGATGATTTTGAGTGGGAATTTGGTTACAAATATAGATACGGATTGGTC 1501 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1436 TGGTCATTAATGGATGATTTCGAGTGGGAATTTGGTTACAAATATAGATACGGATTGGTC 1495 Query 1502 TACGTTGATTTTCAAGATGGACTTAAACGACACCTCAAGAGTTCTGCTCTTTGGTACCAT 1561 |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1496 TACGTTGATTTTCAAGATGGACTTAAACGATATCTCAAGAGTTCTGCTCTTTGGTACCAT 1555 Query 1562 CATTTTCTATCCAACTCATCCTCCTATCAAATGGACTAGC--AAGGAATATCTAAAATTA 1619 ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||| ||||| Sbjct 1556 CATTTTCTATCCAACTCGTCCTCCTGTCAAATGGACTAGCGCAAGTAATATCTATAATTA 1615 Query 1620 ATATCTTCACTTTATACAACTTTCTTATGTATTCCTAAGAATAAAATGAAA-CATGCAAC 1678 |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| Sbjct 1616 ATATATTCAATTTATACAACTTTCTTATGTATTCCTAAGAATAAAATAAAAACATGCAAC 1675 Query 1679 TTTAGCAGT 1687 ||||||||| Sbjct 1676 TTTAGCAGT 1684 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 63267896945 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5