BLASTN 2.2.26+


Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.



Database: halleri_transcript_ahg.fa
           32,672 sequences; 38,939,717 total letters



Query= AT2G44480.1

Length=1687
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

  Ahg483573 jgi|Araly1|483573|fgenesh2_kg.4__2633__AT2G44480.1        2684    0.0  


> Ahg483573 jgi|Araly1|483573|fgenesh2_kg.4__2633__AT2G44480.1
Length=1684

 Score = 2684 bits (1453),  Expect = 0.0
 Identities = 1612/1689 (95%), Gaps = 9/1689 (1%)
 Strand=Plus/Plus

Query  3     TTGATCCAGTTATAAAACCTTTCCTACGAAAACTCAAAGAAACAATGGCCATCAAATCCA  62
             ||||||||||||||||| |||| || | |||||| |||||||| |||||||| |||||||
Sbjct  1     TTGATCCAGTTATAAAA-CTTTACTCCCAAAACTTAAAGAAACCATGGCCATTAAATCCA  59

Query  63    TATTTatcatcatcatcatcagcatcatcacatcaATATCTGAACTTTATGCTTTGGATC  122
             |||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||
Sbjct  60    TATTTATCATCATCATCAT---CATCATCAAATCAATATCTGAACTTCGTGCTTTGGATC  116

Query  123   CTTCGTTTCTTCGTCTTTCGACCTCTCTCCAAAGAAGTAGCTTTCCTCAAGATTTTCGGT  182
             |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct  117   CTTCGTTTCTTCGTCTTTCGACCTCTCTCCATCGAAGTAGCTTTCCTAAAGATTTTCGGT  176

Query  183   TTGGTGCAGCTTCGAGTGCTTATCAGAGTGAAGGAGCAGCCAACGTTGATGGAAGAGAAC  242
             |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct  177   TTGGTGCAGCTTTGAGTGCTTATCAGAGTGAAGGAGCAACCAACGTTGATGGAAGAGAAC  236

Query  243   CAAGCATATGGGATACGTTTACTAAACAATATCCAGAAAAGATTTCAGATGGTAGCAATG  302
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct  237   CAAGCATATGGGATACGTTTACTAAACAATATCCAGAAAAGATTTCGGATGGTAGCAATG  296

Query  303   GCGACGTTGCAGACGAATTTTATTACCGTTTCAAGGAGGACGTGGCACATATGAAAGAAA  362
             ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct  297   GCGACGTCGCAGACGAATTTTATTACCTTTTCAAGGAGGACGTGGCACTTATGAAAGAAA  356

Query  363   TAGGGCTGGACTCATTTAGGTTTTCGATTTCTTGGTCCAGAATACTACCTCGAGGTACGG  422
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct  357   TAGGGCTGGACTCATTTAGGTTTTCGATTTCTTGGTCAAGAATACTACCTCGAGGTA-GG  415

Query  423   -TTGCTGGAGGAGTAAATCAGGCAGGAATTAACTTCTACAATCATCTCATCAATGAACTC  481
              ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  416   ATTGCTGGTGGAGTAAATCAGGCAGGAATTAACTTCTACAATCATCTCATCAATGAACTC  475

Query  482   ATTTCAAATGGTATAAGGCCTCTGGTTACTCTGTTTCACTGGGATACACCTCAGGCACTT  541
             ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct  476   ATTTCAAATGGTATAAGGCCTCTGGGTACTCTGTTTCACTGGGACACACCTCAGGCACTT  535

Query  542   GAAGATGAATATGGCGGGTTCTTAAACCCACAAATCGTGAAAGATTTCGTAGAATATGTG  601
             ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct  536   GAAGATGAATATGGCGGATTCTTAAACCCACAAATCGTGAATGATTTCTTAGAATATGTG  595

Query  602   GATATATGTTTCAAAGAGTTTGGAGATAGAGTGAAGGAGTGGATCACAATCAACGAGCCT  661
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  596   GATATATGTTTCAAAGAGTTTGGAGATAGAGTGAAGGAGTGGATCACAATCAACGAGCCT  655

Query  662   AACATGTTCGCAGTGTTAGGTTACAATGTCGGTAATATTGCTCCGGGGCGTTGTTCGAGC  721
             |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct  656   AACATGTTCGCAATGTTAGGTTACAATGTCGGTAATATTGCTCCAGGACGTTGTTCGAGC  715

Query  722   TATGTTCAAAACTGCACGGTTGGGAACTCAGCCACTGAGCCATATCTCGTGGCTCATTAC  781
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct  716   TATGTTCAAAACTGCACGGTTGGGAACTCAGCCACTGAGCCATACCTCGTGGCTCATTAC  775

Query  782   TTAATCCTTTCTCATGCCGCTACAGTCCAACTCTATAGAGAGAAATATCAGAGTTTTCAT  841
             || |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct  776   TTGATCCTTTCTCATGCCGCTGCTGTCCAACTCTATAGAAAGAAATATCAGAGTTTTCAT  835

Query  842   GGAGGGACCATAGGAATGACTATTCAAACATATTGGATGATTCCAAAATATAACACTCCT  901
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  836   GGAGGGACCATAGGAATGACTATTCAAACATATTGGATGATTCCAAAATATAACACTCCT  895

Query  902   GCTTGTAGAGAAGCTGCCAAAAGGGCTCTTGACTTCTTCTTCGGATGGTTTGCTGATCCG  961
             |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  896   GCTTGTAGAGAAGCTGCCGAAAGGGCTCTTGACTTCTTCTTCGGATGGTTTGCTGATCCG  955

Query  962   ATCACTTACGGAGATTATCCAAAAACAATGAGAGAGTTGGTGGGAAATAGACTCCCAAAA  1021
             || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct  956   ATTACTTACGGAGATTATCCTAAGACAATGAGAGAGTTGGTGGGAAATAGGCTCCCAAAA  1015

Query  1022  TTCACAAAAAAGCAGTCAAAAATGGTGAGAGGATCCTTTGACTTTTTTGGACTCAACTAT  1081
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1016  TTCACAAAAAAGCAGTCAAAAATGGTGAGAGGATCCTTTGACTTTTTTGGACTCAACTAT  1075

Query  1082  TACACTTCAAGATACGTTGAAGATGTTATGTTCTACGCTAACACCAATCTTAGTTACACA  1141
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1076  TACACTTCAAGATACGTTGAAGATGTTATGTTCTACGCTAACACCAATCTTAGTTACACA  1135

Query  1142  ACAGATAGTCGCGTAAATCAAACAACGGAGAAAAATGGAGTTCCTGTGGGTGAACCGACG  1201
             || || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct  1136  ACGGACAGTCGCGTCAATCAAACTACGGAGAAAAATGGAGTTCCTCTGGGTGAACCGACG  1195

Query  1202  AGTGCTGATTGGCTCTTTATATGTCCAGAAGGGTTTCAAGATGTTCTATTATACATAAAA  1261
             ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1196  AGTGCTGATTGGCTCTTTATATGTCCAAAAGGGTTCCAAGATGTTCTATTATACATAAAA  1255

Query  1262  TCGAAGTTTCAAAATCCAGTAATCCTCGTCACTGAGAATGGAATGCCTAGCGAGAATGAC  1321
             || |||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1256  TCAAAGTATCAAAACCCAGTAATCCTTGTCACCGAGAATGGAATGCCTAGCGAGAATGAC  1315

Query  1322  AAATCATTGTCCGTGAACATAGCACTCAATGACGAGGCAAAGATCAAATATCACCAACTC  1381
             |||||||| ||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct  1316  AAATCATTATCCGTCAACAAAGCTCTCAATGACGAGGAAAAGATCAAATATCACCAACTC  1375

Query  1382  CATCTCACTGCTCTTCTAGAAGCAGTCAGTCAAGGAGCAGATGTGAGAGGATATTATATA  1441
             |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct  1376  CATCTCTCTGCTCTTCTAGAAGCAGTCAGTCAAGGTGCAGATGTGAGAGGATATTATGTA  1435

Query  1442  TGGTCATTAATGGATGATTTTGAGTGGGAATTTGGTTACAAATATAGATACGGATTGGTC  1501
             |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1436  TGGTCATTAATGGATGATTTCGAGTGGGAATTTGGTTACAAATATAGATACGGATTGGTC  1495

Query  1502  TACGTTGATTTTCAAGATGGACTTAAACGACACCTCAAGAGTTCTGCTCTTTGGTACCAT  1561
             |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1496  TACGTTGATTTTCAAGATGGACTTAAACGATATCTCAAGAGTTCTGCTCTTTGGTACCAT  1555

Query  1562  CATTTTCTATCCAACTCATCCTCCTATCAAATGGACTAGC--AAGGAATATCTAAAATTA  1619
             ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  ||| |||||||| |||||
Sbjct  1556  CATTTTCTATCCAACTCGTCCTCCTGTCAAATGGACTAGCGCAAGTAATATCTATAATTA  1615

Query  1620  ATATCTTCACTTTATACAACTTTCTTATGTATTCCTAAGAATAAAATGAAA-CATGCAAC  1678
             |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct  1616  ATATATTCAATTTATACAACTTTCTTATGTATTCCTAAGAATAAAATAAAAACATGCAAC  1675

Query  1679  TTTAGCAGT  1687
             |||||||||
Sbjct  1676  TTTAGCAGT  1684



Lambda     K      H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda     K      H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 63267896945


  Database: halleri_transcript_ahg.fa
    Posted date:  Sep 25, 2014  2:02 AM
  Number of letters in database: 38,939,717
  Number of sequences in database:  32,672



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5