BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G44480.1
Length=1687
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg483573 jgi|Araly1|483573|fgenesh2_kg.4__2633__AT2G44480.1 2684 0.0
> Ahg483573 jgi|Araly1|483573|fgenesh2_kg.4__2633__AT2G44480.1
Length=1684
Score = 2684 bits (1453), Expect = 0.0
Identities = 1612/1689 (95%), Gaps = 9/1689 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 TTGATCCAGTTATAAAACCTTTCCTACGAAAACTCAAAGAAACAATGGCCATCAAATCCA 62
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Sbjct 1 TTGATCCAGTTATAAAA-CTTTACTCCCAAAACTTAAAGAAACCATGGCCATTAAATCCA 59
Query 63 TATTTatcatcatcatcatcagcatcatcacatcaATATCTGAACTTTATGCTTTGGATC 122
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Sbjct 60 TATTTATCATCATCATCAT---CATCATCAAATCAATATCTGAACTTCGTGCTTTGGATC 116
Query 123 CTTCGTTTCTTCGTCTTTCGACCTCTCTCCAAAGAAGTAGCTTTCCTCAAGATTTTCGGT 182
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Sbjct 117 CTTCGTTTCTTCGTCTTTCGACCTCTCTCCATCGAAGTAGCTTTCCTAAAGATTTTCGGT 176
Query 183 TTGGTGCAGCTTCGAGTGCTTATCAGAGTGAAGGAGCAGCCAACGTTGATGGAAGAGAAC 242
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Sbjct 177 TTGGTGCAGCTTTGAGTGCTTATCAGAGTGAAGGAGCAACCAACGTTGATGGAAGAGAAC 236
Query 243 CAAGCATATGGGATACGTTTACTAAACAATATCCAGAAAAGATTTCAGATGGTAGCAATG 302
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Sbjct 237 CAAGCATATGGGATACGTTTACTAAACAATATCCAGAAAAGATTTCGGATGGTAGCAATG 296
Query 303 GCGACGTTGCAGACGAATTTTATTACCGTTTCAAGGAGGACGTGGCACATATGAAAGAAA 362
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Sbjct 297 GCGACGTCGCAGACGAATTTTATTACCTTTTCAAGGAGGACGTGGCACTTATGAAAGAAA 356
Query 363 TAGGGCTGGACTCATTTAGGTTTTCGATTTCTTGGTCCAGAATACTACCTCGAGGTACGG 422
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Sbjct 357 TAGGGCTGGACTCATTTAGGTTTTCGATTTCTTGGTCAAGAATACTACCTCGAGGTA-GG 415
Query 423 -TTGCTGGAGGAGTAAATCAGGCAGGAATTAACTTCTACAATCATCTCATCAATGAACTC 481
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Sbjct 416 ATTGCTGGTGGAGTAAATCAGGCAGGAATTAACTTCTACAATCATCTCATCAATGAACTC 475
Query 482 ATTTCAAATGGTATAAGGCCTCTGGTTACTCTGTTTCACTGGGATACACCTCAGGCACTT 541
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Sbjct 476 ATTTCAAATGGTATAAGGCCTCTGGGTACTCTGTTTCACTGGGACACACCTCAGGCACTT 535
Query 542 GAAGATGAATATGGCGGGTTCTTAAACCCACAAATCGTGAAAGATTTCGTAGAATATGTG 601
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Sbjct 536 GAAGATGAATATGGCGGATTCTTAAACCCACAAATCGTGAATGATTTCTTAGAATATGTG 595
Query 602 GATATATGTTTCAAAGAGTTTGGAGATAGAGTGAAGGAGTGGATCACAATCAACGAGCCT 661
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Sbjct 596 GATATATGTTTCAAAGAGTTTGGAGATAGAGTGAAGGAGTGGATCACAATCAACGAGCCT 655
Query 662 AACATGTTCGCAGTGTTAGGTTACAATGTCGGTAATATTGCTCCGGGGCGTTGTTCGAGC 721
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Sbjct 656 AACATGTTCGCAATGTTAGGTTACAATGTCGGTAATATTGCTCCAGGACGTTGTTCGAGC 715
Query 722 TATGTTCAAAACTGCACGGTTGGGAACTCAGCCACTGAGCCATATCTCGTGGCTCATTAC 781
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Sbjct 716 TATGTTCAAAACTGCACGGTTGGGAACTCAGCCACTGAGCCATACCTCGTGGCTCATTAC 775
Query 782 TTAATCCTTTCTCATGCCGCTACAGTCCAACTCTATAGAGAGAAATATCAGAGTTTTCAT 841
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Sbjct 776 TTGATCCTTTCTCATGCCGCTGCTGTCCAACTCTATAGAAAGAAATATCAGAGTTTTCAT 835
Query 842 GGAGGGACCATAGGAATGACTATTCAAACATATTGGATGATTCCAAAATATAACACTCCT 901
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Sbjct 836 GGAGGGACCATAGGAATGACTATTCAAACATATTGGATGATTCCAAAATATAACACTCCT 895
Query 902 GCTTGTAGAGAAGCTGCCAAAAGGGCTCTTGACTTCTTCTTCGGATGGTTTGCTGATCCG 961
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Sbjct 896 GCTTGTAGAGAAGCTGCCGAAAGGGCTCTTGACTTCTTCTTCGGATGGTTTGCTGATCCG 955
Query 962 ATCACTTACGGAGATTATCCAAAAACAATGAGAGAGTTGGTGGGAAATAGACTCCCAAAA 1021
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Sbjct 956 ATTACTTACGGAGATTATCCTAAGACAATGAGAGAGTTGGTGGGAAATAGGCTCCCAAAA 1015
Query 1022 TTCACAAAAAAGCAGTCAAAAATGGTGAGAGGATCCTTTGACTTTTTTGGACTCAACTAT 1081
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Sbjct 1016 TTCACAAAAAAGCAGTCAAAAATGGTGAGAGGATCCTTTGACTTTTTTGGACTCAACTAT 1075
Query 1082 TACACTTCAAGATACGTTGAAGATGTTATGTTCTACGCTAACACCAATCTTAGTTACACA 1141
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Sbjct 1076 TACACTTCAAGATACGTTGAAGATGTTATGTTCTACGCTAACACCAATCTTAGTTACACA 1135
Query 1142 ACAGATAGTCGCGTAAATCAAACAACGGAGAAAAATGGAGTTCCTGTGGGTGAACCGACG 1201
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Sbjct 1136 ACGGACAGTCGCGTCAATCAAACTACGGAGAAAAATGGAGTTCCTCTGGGTGAACCGACG 1195
Query 1202 AGTGCTGATTGGCTCTTTATATGTCCAGAAGGGTTTCAAGATGTTCTATTATACATAAAA 1261
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Sbjct 1196 AGTGCTGATTGGCTCTTTATATGTCCAAAAGGGTTCCAAGATGTTCTATTATACATAAAA 1255
Query 1262 TCGAAGTTTCAAAATCCAGTAATCCTCGTCACTGAGAATGGAATGCCTAGCGAGAATGAC 1321
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Sbjct 1256 TCAAAGTATCAAAACCCAGTAATCCTTGTCACCGAGAATGGAATGCCTAGCGAGAATGAC 1315
Query 1322 AAATCATTGTCCGTGAACATAGCACTCAATGACGAGGCAAAGATCAAATATCACCAACTC 1381
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Sbjct 1316 AAATCATTATCCGTCAACAAAGCTCTCAATGACGAGGAAAAGATCAAATATCACCAACTC 1375
Query 1382 CATCTCACTGCTCTTCTAGAAGCAGTCAGTCAAGGAGCAGATGTGAGAGGATATTATATA 1441
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Sbjct 1376 CATCTCTCTGCTCTTCTAGAAGCAGTCAGTCAAGGTGCAGATGTGAGAGGATATTATGTA 1435
Query 1442 TGGTCATTAATGGATGATTTTGAGTGGGAATTTGGTTACAAATATAGATACGGATTGGTC 1501
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Sbjct 1436 TGGTCATTAATGGATGATTTCGAGTGGGAATTTGGTTACAAATATAGATACGGATTGGTC 1495
Query 1502 TACGTTGATTTTCAAGATGGACTTAAACGACACCTCAAGAGTTCTGCTCTTTGGTACCAT 1561
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Sbjct 1496 TACGTTGATTTTCAAGATGGACTTAAACGATATCTCAAGAGTTCTGCTCTTTGGTACCAT 1555
Query 1562 CATTTTCTATCCAACTCATCCTCCTATCAAATGGACTAGC--AAGGAATATCTAAAATTA 1619
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Sbjct 1556 CATTTTCTATCCAACTCGTCCTCCTGTCAAATGGACTAGCGCAAGTAATATCTATAATTA 1615
Query 1620 ATATCTTCACTTTATACAACTTTCTTATGTATTCCTAAGAATAAAATGAAA-CATGCAAC 1678
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Sbjct 1616 ATATATTCAATTTATACAACTTTCTTATGTATTCCTAAGAATAAAATAAAAACATGCAAC 1675
Query 1679 TTTAGCAGT 1687
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Sbjct 1676 TTTAGCAGT 1684
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 63267896945
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5