BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G44710.1
Length=2949
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg483601 jgi|Araly1|483601|fgenesh2_kg.4__2661__AT2G44710.1 4255 0.0
> Ahg483601 jgi|Araly1|483601|fgenesh2_kg.4__2661__AT2G44710.1
Length=2875
Score = 4255 bits (2304), Expect = 0.0
Identities = 2544/2660 (96%), Gaps = 15/2660 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 5 CAAGCTCAGGCTATCATCTCTCCGTTAATTAGGGTTTTCTTCTCTATCTCGATTTCAATA 64
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CAAGCTCAGGCTATTATCTCTCCGTTAATTAGGGTTTTCTTCTCTATCTCGATTTCAATA 60
Query 65 CCATTGTTGATCCGCTGAGCTAGGGTTGTTCGATCCCGATAATTGTGTCGCTTAGCTCTG 124
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 61 CCATTGTTGATCCGCTGAGCTAGGGTTGTTCGATCCCGATAATTCTGTGGCTTAGCTCTG 120
Query 125 ATCTCTGTTCATCGAATTTGGTTAATTTGTTTTGATTGGTTAAGATACATTGGAAAGCGA 184
||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 121 ATCTCTGTTCATCGAATTTGGTTAATTCGTTCTGATTGGTTAAGA-ACATTGGATAGCGA 179
Query 185 TGCCACCGAAGGTTGTGAAGAGGGGAGGCGCCGCGAGAAGAGGTGGGAGGCTTACGAGAT 244
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 180 TGCCACCGAAGGTTGTCAAGAGGGGAGGCGCCGCGAGAAGAGGCGGGAGGCTTACGAGAT 239
Query 245 CGGCGCTCAAGGCGCAGAATCCTCACGTGGAATCTTCCCATGACGAATCTGTTAATATCG 304
||||||||||||||||||||||| | ||| | | |||| ||||||||| ||||||
Sbjct 240 CGGCGCTCAAGGCGCAGAATCCT--C-TGG-----T-CGATGAAGAATCTGTTGATATCG 290
Query 305 GTGAGCTCTCAGGCTCCGATGCACTGGAAGCCAAGGAGGTGACTCCGGAGGTTGATAAAA 364
||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 291 GTGAGCTATCTGGCTCCGATGCACTTGAAGCGAAGGAGGTGACGCCGGAGGTAGATAAAA 350
Query 365 CTGTTGAGGAAGAGAATCCATTAGATGTGCCGAAGTCATCGGATTCAATTGATGATTCTG 424
||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 351 CTGCGGAGGAAGAGAATCCATTTGATGGGCCCAAGCCATCGGATTCAATTGATGATTCTG 410
Query 425 AAGCTGCAGCGAATCCGCATGTTGATGTTCCGTCGAAAAAGGAGACTGAGGTAGAGGAAT 484
||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 411 AAGCTGCAGCGAATCCGGTTGATGTTGTTCCGTCGAAAAAGGAGACTGAGGTAAAGGATT 470
Query 485 CTGTGGATGATTTTGGAAAAGATGAAAGATTGGATTTAGATGACAATGAACCTGAGTATG 544
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 471 CTGTGGATGATTTCGGGAAAGATGAAAGATTGGATTTAGATGACAATGAACCTGAGTATG 530
Query 545 AGGCTGAGGAATATGGCGGGGAGGAGTTTGAAGAGAGGGAATTGGGACAGGAGGACCATG 604
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 531 AGGCTGAAGAATATGGCGGGGAGGAGTTTGAAGAGAGGGAATTGGGACAGGAGGATCATG 590
Query 605 AGTTGGTAAATGAGGAGGGGGAAGAACTGGAGGAAGAGATTGAGGTCGAGGAGGAAGCTG 664
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 591 AGTTGGTAAATGAGGAGGGCGAAGAACTGGAGGAAGAGATTGAGGGGGAGGAAGAAGCTG 650
Query 665 GTGAGTTTGCAGACGAGATTGGAGATGGTGCGGAGGACCTTGATAGTGAGGATGATGATG 724
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 651 GTGAGTTTGCAGACGAGATTGGAGATGGTCCGGAGGAGCTTGAGAGTGAGGATGATGATG 710
Query 725 ATGATCATGCTATTGAAGAGGTCAAGCATGGAGAAACTGTTGATGTGGAAGAAGAAGAGC 784
| | ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 711 A-G--CATGCTAATGAAGAAGTCAAGCATGGAGAAACTGTTGATGTGGAAGAAGAAGAGC 767
Query 785 ATCATGATGTTCTCCATGAGAGGCGTAAGCGTAAGGAGTTCGAAATATTTGTTGGGAGTT 844
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 768 ATCATGATGTTCTCCATGAGAGACGTAAGCGTAAGGAGTTCGAAATATTTGTTGGAAGTT 827
Query 845 TGGACAAAGGTGCTTCGGAGGAGGACTTAAAGAAAGTGTTTGGTCATGTGGGCGAGGTGA 904
|||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 828 TGGACAAAGGTGCTACAGAGGAGGACTTAAAGAAAGTGTTTGGTCACGTGGGCGAGGTGA 887
Query 905 CTGAAGTTAGGATTTTGAAGAATCCTCAGACAAAGAAGAGCAAGGGTTCTGCTTTCTTGC 964
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 888 CTGAAATTAGGATTTTGAAGAATCCTCAGACAAAGAAGAGCAAGGGTTCTGCTTTCTTGC 947
Query 965 GTTTTGCAACTGTGGAACAGGCAAAACGAGCTGTTAAAGAGCTTAAAAGCCCAATGATAA 1024
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 948 ATTTTGCAACTATGGAACAGGCAAAACGAGCTGTTAAAGAGCTTAAAAGCCCAATGATAA 1007
Query 1025 ATGGTAAAAAGTGTGGTGTAACTGCAAGCCAAGATAATGATACCCTCTTCGTTGGTAACA 1084
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1008 ATGGTAAAAAGTGTGGTGTAACTGCAAGCCAAGATAATGATACCCTCTTCATTGGTAACA 1067
Query 1085 TATGCAAGATATGGACCCCAGAAGCTTTGAGGGAGAAGCTTAAACACTATGGAGTTGAGA 1144
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1068 TATGCAAGACATGGACCCCAGAAGCTTTGAGGGAGAAGCTTAAACACTATGGAGTTGAGA 1127
Query 1145 ATATGGATGATATAACGTTGGTAGAGGACAGCAACAATGTCAACATGAATCGAGGGTATG 1204
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1128 ATATGGATGATATAACATTGGTAGAGGACAGCAACAATGTCAACATGAATCGAGGGTATG 1187
Query 1205 CCTTTTTGGAATTCTCATCTCGCTCAGATGCCATGGATGCTCACAAGCGTCTCGTCAAGA 1264
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1188 CCTTTTTGGAATTCTCATCTCGCTCAGATGCCATGGATGCTCACAAGCGTCTCGTCAAGA 1247
Query 1265 AAGATGTGATGTTTGGAGTTGAGAAGCCTGCAAAGGTCTCTTTTACTGATTCTTTCTTAG 1324
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1248 AAGATGTGATGTTTGGAGTTGAGAAGCCTGCAAAGGTCTCTTTTACTGATTCTTTCTTAG 1307
Query 1325 ACCTGGAAGATGAGATAATGGCGCAGGTTAAGACAATCTTCATTGACGGTCTGTTACCTT 1384
||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1308 ACCCGGAAGATGAGATAATGGCGCAGGTTAAGACTATCTTCATTGATGGTCTGTTACCTT 1367
Query 1385 CATGGAATGAAGAACGTGTTAGAGACCTTCTGAAACCATATGGTAAACTTGAAAAAGTTG 1444
||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1368 CATGGAATGAAGAACGTGTTAGAGATCTTCTGAAAAGATATGGTAAACTTGAAAAAATTG 1427
Query 1445 AGCTTGCTCGCAATATGCCATCAGCAAGGAGGAAAGATTTTGGCTTTGTAACTTTTGATA 1504
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1428 AGCTTGCTCGCAATATGCCATCAGCAAGGAGGAAAGATTTTGGCTTCGTAACTTTTGATA 1487
Query 1505 CTCATGAAGCTGCTGTGAGTTGTGCCAAATTCATCAACAACTCAGAGCTAGGCGAAGGGG 1564
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1488 CTCATGAAGCTGCTGTGAGTTGTGCCAAATTCATCAACAACTCAGAGCTAGGCGAAGGGG 1547
Query 1565 AGGACAAGGCAAAAGTGAGAGCACGCCTGTCTAGACCACTTCAGAAAGCAGGTAAAGGCC 1624
|||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1548 AGGACAAGGCAAAAGTGAGAGCACGCTTATCTAGACCACTTCAGAAAGCAGGTAAAGGCA 1607
Query 1625 GACAATCTAGTCGCTCAGACCAGCGGTCTAGGCATGGGGCTGGACGGTCTGGAAGGAGTT 1684
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1608 GACAATCCAGTCGCTCAGACCAGCGGTCTAGGCATGGGACTGGACGGTCTGGAAGGAGTT 1667
Query 1685 CATTTGCTCGTCTTCCACCTCGTAGCCTTGCTTCCTCTCGGAGTGCTAGAGGCGCTGGAT 1744
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1668 CATTTGCTCGTCTTCCACCTCGTAGCCTTGCTTCCTCTCGGAGTGCTAGAGGCGCTGGAT 1727
Query 1745 CTCGGGCCCCATCTTCTAGTGCAAAGAGAGCTTCTGGATCAAGAGGAAGACGTCCTCGCC 1804
|||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1728 CTCGGGCCCCATCTTCTAGTGCAAAGAGCGCCGCTGTATCAAGAGGAAGACGTCCACGCC 1787
Query 1805 CACCTCTACCTCCGCCTGCAAGAGCTAGGCCCTTGCCTCCACCTGCAAGAGCCAGGCCCA 1864
||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1788 CACCTCTACCTCCGCCTGCAAGAACCAGGCCCTTGCCTCCGCCTGCAAGAGCCAGGCCCT 1847
Query 1865 TGCCACCACCTGCAAGAGCCAGGCCCTTGCCACCACCTGCTAGGTCATATGATAGAAGAC 1924
|||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1848 TGCCTCCACCTGCAAGAGCCAGGCCCTTGCCACTACCCGCTAGGTCATATGATAGAAGAC 1907
Query 1925 CTCCAGTTCCTCTGTATCCAAAGGCTAGCTTGAAGAGAGACTATGATCGGCGTGATGAAC 1984
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |
Sbjct 1908 CTCCAGTTCCTCTGTATCCAAAGGCTAGCTTGAAGAGAGATTATGATCGGCGGGATGATC 1967
Query 1985 TTCCTCCTCCAAGAAGCAGACCAGCTGTAAGCTATAGTTCCAGGCTTTCTCCTGAGAGGC 2044
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1968 TTCCTCCTCCAAGAAGCAGACCAGCTGTAAGCTATAGTTCCAGGCTTTCTCCTGAGAGGC 2027
Query 2045 ATCTGTCTTACAGAGATGATTATCCACCCCGGGGTTCGGGTTATTCAGATCTTCCTAGAA 2104
|||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2028 ATCTGTCTTACAGAGATGATTATCCACCTCGTGGTTCTGGTTATTCAGATCTTCCTAGAA 2087
Query 2105 GTTCTTCTCGCTCTGAAATTAGGAGGCCATTCGTAGATGACCTTTACAGTCCGAGATTTG 2164
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2088 GTTCTTCTCGCTCTGAAATGAGGAGGCCATTCGTAGATGACCCTTACAGTCCGAGATTTG 2147
Query 2165 AAAGACCTCCAAGTTACAGTGAGGGAAGACCTCGTGCTTATGAACCTCTTCCTGGATCAA 2224
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2148 AAAGACCTCCAAGTTACAGTGAAGGAAGACCTCGTGCTTATGAACCTCTTCCTGGATCAA 2207
Query 2225 AGCGTCCATATGCTGCACTGGATGACCTTCCTCCCCGTTATGCTGATGTTGATGTTCGTC 2284
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2208 AGCGTCCATATGCTGCATTGGATGACATTCCTCCCCGTTATGCTGATGTTGATGTTCGTC 2267
Query 2285 ATTCAAGACCCCGTCTGGACTATGATGTTGGCCCATCTCAATATGGGGAATCCTACGGGG 2344
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2268 ATTCAAGACCCCGTCTGGACTATGATGTTGGCCCATCTCAATATGGGGAATCCTATGGGG 2327
Query 2345 ACCGGATTCCTAGGTCTAGTCTAGGATATGGAAGCAGCCGAAATTCTATGTCAAATCATG 2404
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2328 ACCGGATTCCTAGGTCTAGTCTAGGATATGGAAGCAGCCGAAATTCTATGTCAAGTCATG 2387
Query 2405 ACTCGCGGGGCCCATACAGCAGTCGTCAGGGAATGGATTATGGAGGAGGTTCTTATAGTG 2464
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2388 ACTCGCGTGGCCCATACAGTAGTCGTCAGGGAATGGATTATGGAGGAGGTTCTTATAGTG 2447
Query 2465 GCAGCGATGTAGGAGGTATGTACTCGTCAAGCTATGGTGGCGACTTACCCAGAAGAGATG 2524
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2448 GCAGCGATGTAGGAGGAATGTACTCGTCAAGCTATGGTGGCGACCTACCCAGAAGAGATG 2507
Query 2525 GAGGAGGTAGCTCGTATTCTTCAATTTACTCCAGCCGTGGCTTGGGTGGTAGTAGTTACT 2584
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2508 GAGGAGGTAGCTCGTATTCATCAATTTACTCAAGCCGTGGCTTGGGTGGTAGTAGTTACT 2567
Query 2585 CTGGTGGTGGTCCAGGATCATACTACTGAATAATTTCACATGACCGAGGCTGCTAA-AAA 2643
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||
Sbjct 2568 CTGGTGGTGGTCCAGGATCATACTACTGAATGATTTCACATGATGGAGGCTGC-AAGAAA 2626
Query 2644 AGGAGGTTTGGCCATGCAAA 2663
||| ||||||||||||||||
Sbjct 2627 AGGTGGTTTGGCCATGCAAA 2646
Score = 318 bits (172), Expect = 1e-85
Identities = 217/237 (92%), Gaps = 9/237 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 2697 AAAGGATTAAAGCCAGCTTCGGTGAGACTGTTGGAATATTAATGGGCTTGCATCTACAAC 2756
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2647 AAAGGATTAAAGCCAGCTTCGGTGAGACGGTTGGAATATTAATGGGCTTGCATCTTCAAC 2706
Query 2757 TGCACTTGTATC-TTTTTTCGGATGGAATGATAAGCTCGAGTTTTATAGAGATGGTTCAT 2815
||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2707 TGCACTTATATCTTTTTTTCGGATGAAATGATAAGCTCGAGTAATATAGAGATGGTTCAT 2766
Query 2816 AGTTGTGGGACTCGTTATCTATCTTATCTATCTCTATCTCTTGAATAATGGATGGATTTG 2875
|||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||| |||||||
Sbjct 2767 AGTTGTGGGACTCGTTATGTATCTTATCTATCT-T-------GAATAATGGACGGATTTG 2818
Query 2876 TTGGAACAGAGATTAAGCTGTGTTTGTATTATTGATCCATCAGTTTAGTTAAGCTTT 2932
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 2819 TTGGAACAGAGATTTAGCTGTGTTTGTATTATTGATCCATCAGTTTAATTAAGGTTT 2875
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 111337786135
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5