BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G44880.1
Length=1668
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg935438 jgi|Araly1|935438|scaffold_403426.1 2588 0.0
> Ahg935438 jgi|Araly1|935438|scaffold_403426.1
Length=1716
Score = 2588 bits (1401), Expect = 0.0
Identities = 1583/1672 (95%), Gaps = 8/1672 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCTCCGCCACGCCATTGAGACGAACGTTCAGATCTTCACCAAATTCTTGGTTATTTCT 60
|||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 27 ATGCTCCGTCACGCCATTGAGACCAACGTTCAAATCTTCACCAAGTTCTTGGTTATTTCT 86
Query 61 GCTTCGGCTGTTGGAATTGGTTATGCACGTAAGTTGTTCGATCAAAGGCCTCAGAGAGAC 120
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 87 GCATCGGCTGTTGGAATTGGTTATGCACGTAAGTTGTTCGATCAAAGGCCTCACAGAGAA 146
Query 121 GACAGTTTCCTCAGTAACTCTATGATCAAGGCCTATCTTGAAACCCGTCAGTATCCTGAT 180
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||
Sbjct 147 GACAGTTTCCTCTGTAACTCTATGATCAAGGCCTATCTCGAAACTCGTCATTATAATGAT 206
Query 181 TCGTTTGCTCTTTACAGAGATCTTAGGAAGGAGACTTGTTTTGCTCCTGACAATTTTACT 240
||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 207 TCGTTTGCTTTTTACAGAGATCTTAGGAAAGAGACTTGTCTTGCTCCTGACAATTTTACT 266
Query 241 TTCACGACTTTGACAAAGTCATGCT-CTTTGAGTATGTGTGTTTACCAAGGTCTGCAGTT 299
||||||||| |||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 267 TTCACGACTATGACAAAGTCCTG-TACTTTGAGTATGTGTGTTTACCAAGGTCTGCAGTT 325
Query 300 GCATAGCCAGATTTGGAGATTTGGTTTTTGTGCAGATATGTATGTTTCGACTGGAGTTGT 359
|||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 326 GCATAGCCAGATTTGGAGATCTGGGTTTTGTGCAGATATGTATGTTTCGACTGGAGTTGT 385
Query 360 TGATATGTATGCTAAATTTGGGAAGATGGGATGTGCGAGGAATGCGTTCGATGAAATGCC 419
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 386 TGATATGTATGCTAAATTTGGGAAGATGGGATGTGCGAGGAATGTGTTCGATGAAATGCC 445
Query 420 TCACAGAAGTGAGGTTTCTTGGACGGCTCTAATCTCTGGGTATATTAGGTGTGGGGAGCT 479
||| |||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 446 TCAGAGAAGTGAGGTTTCTTGGACTGCTCTAATATGTGGGTATGTTAGGTTTGGGGAGCT 505
Query 480 GGATTTGGCGAGTAAGCTCTTTGATCAGATGCCTCATGTTAAGGACGTTGTGATATATAA 539
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||
Sbjct 506 GGATTTGGCGAGTAAGCTATTTGATCAGATGCCTCAAGTTAAAGATGTTGTGATATATAA 565
Query 540 CGCAATGATGGATGGTTTTGTTAAATCTGGTGATATGACCTCTGCTAGAAGATTGTTTGA 599
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 566 CGCAATGATGGATGGTTTTGTTAAATCTGGTGACATGACCTCTGCTAGAAGATTGTTTGA 625
Query 600 TGAGATGACTCATAAAACTGTCATCACTTGGACCACTATGATTCACGGTTACTGCAACAT 659
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 626 TGAGATGACTCATAAAACTGTCATCACTTGGACCACTATGATTCACGGTTACTGCAACAG 685
Query 660 TAAGGACATAGACGCCGCTAGGAAGTTGTTTGATGCTATGCCAGAGAGGAACCTAGTTTC 719
||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 686 TAATGACATAGACTCCGCTAGGAAGTTGTTTGATGCTATGCCAGAGAGGAACCTAGTTTC 745
Query 720 TTGGAACACAATGATTGGGGGATACTGTCAGAATAAGCAACCTCAAGAAGGTATAAGGTT 779
||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 746 TTGGAACACAATGATAGGAGGATACTGTCAGAATAAGCAACCTCAAGAAGCTATAAGATT 805
Query 780 GTTTCAGGAAATGCAGGCAACCACCTCGCTAGATCCGGATGATGTGACTATTTTGAGTGT 839
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 806 GTTTCAGGAAATGCAGGCAACCACCTCGCTGGATCCGGATGATGTGACTATTTTGAGTGT 865
Query 840 GCTACCAGCTATTTCTGATACTGGTGCTCTCAGTCTCGGTGAATGGTGTCACTGTTTTGT 899
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 866 GCTACCAGCTATTTCTGATACCGGTGCTCTCAGTCTCGGTGAATGGTGTCACTGTTTTGT 925
Query 900 GCAGAGGAAAAAGCTCGATAAGAAGGTGAAAGTGTGTACAGCAATTCTTGATATGTATTC 959
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 926 GCAGAGGAAAAATCTCGATAAGAAGGTGAAAGTGTGTACAGCAATTCTTGATATGTATTC 985
Query 960 GAAATGCGGGGAGATAGAGAAGGCGAAAAGAATCTTTGATGAGATGCCAGAGAAACAAGT 1019
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 986 AAAATGCGGGGAGATAGAGAAGGCGAAAAGAATCTTTGATGAGATGCCAGAGAAACAAGT 1045
Query 1020 AGCGTCTTGGAATGCTATGATACATGGGTATGCTTTGAATGGGAATGCACGTGCAGCTTT 1079
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1046 AGCGTCTTGGAATGCTATGATACATGGGTATGCTTTGAATGGGAATGCACATGCAGCTTT 1105
Query 1080 GGATCTATTCGTAACAATGATGATAGAAGAAAAGCCAGATGAGATCACAATGCTCGCGGT 1139
|||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1106 GGATCTATTCTTAACAATGGCGAAAGAAGAAAAGCCAGATGAGATCACAATGCTTGCAGT 1165
Query 1140 TATCACAGCTTGTAACCATGGTGGATTAGTGGAGGAAGGAAGAAAATGGTTCCACGTGAT 1199
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1166 TATCTCAGCTTGTAACCATGGTGGATTAGTGGAGGAAGGAAGAAAGTGGTTCCAAATGAT 1225
Query 1200 GAGAGAAATG-GGCCTGAATGCTAAAATTGAGCACTATGGCTGTATGGTTGATCTACTAG 1258
|||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1226 GAGA-AAATTTGGCCTGAATGCTAAAATTGAGCACTATGGCTGTATGGTTGATCTACTAG 1284
Query 1259 GCAGAGCAGGGAGCCTAAAAGAAGCAGAGGATTTGATTACCAACATGCCTTTTGAGCCAA 1318
|||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 1285 GCAGAGCAGGGAACCTAAAACAAGCAGAGCATTTGATTACAAACATGCCTTTTAAGCCAA 1344
Query 1319 ATGGTATTATTCTAAGCTCTTTCTTGTCTGCGTGTGGTCAATACAAAGATATAGAAAGGG 1378
| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1345 ACGGTATAATTCTAAGCTCTTTCTTGTCTGCATGTGGTCAATACAAGGATATAGAAAGGG 1404
Query 1379 CTGAGAGAATTCTGAAGAAGGCAGTCGAATTGGAA-CCTCAGAACGATGGGAATTATGTG 1437
| ||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1405 CAGAGAGAATTCTGAAGAAGGCAGTGGAATTG-AAGCCTCAGAATGATGGGAATTATGTT 1463
Query 1438 CTGTTGAGGAACTTGTACGCTGCAGATAAAAGATGGGACGATTTCGGGATGGTGAAAAAC 1497
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1464 CTGTTGCGGAACTTGTACGCTGCAGATAAAAGATGGGACGATTTCGGGATGGTGAAAAAC 1523
Query 1498 GTGATGAGGAAGAACCAAGCCAAGAAAGAGGTTGGATGTAGCTTGATTGAGATAAATTAT 1557
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1524 ATGATGAGGAAAAATGAAGCCAAGAAAGAGGTTGGATGTAGCTTGATTGAGATAAATTAT 1583
Query 1558 ATCGTTTCGGAGTTTATATCAGGAGATACAACCCATCCTCATCGGCGAAGCATACATTTG 1617
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1584 ATTGTTTCTGAGTTTATATCAGGAGATACAACCCATCCTCATCGGCGAAGCATACATTTG 1643
Query 1618 GTTCTCGGAGAC-CTGCTTATGCACATGAATGAGGAGAAATACAACTGGTGA 1668
||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||
Sbjct 1644 GTTCTCG-AGAAGCTGCTTATGCACATGAAAGAGGAGGAGGCCAACTGGTGA 1694
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 62544182290
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5