BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G44980.2
Length=2785
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg483627 jgi|Araly1|483627|fgenesh2_kg.4__2687__AT2G44980.2 4217 0.0
> Ahg483627 jgi|Araly1|483627|fgenesh2_kg.4__2687__AT2G44980.2
Length=2622
Score = 4217 bits (2283), Expect = 0.0
Identities = 2524/2639 (96%), Gaps = 22/2639 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCAAAAGAGAGTTCACCGCCAAAAGTCCCTTCCACGACGATGGAGTATGAACGGCGA 60
|||||||||||||||||||||||||||||||| | | | ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1 ATGTCAAAAGAGAGTTCACCGCCAAAAGTCCCCT-C-C-ACGATGGAGTACGAACGGCGA 57
Query 61 CTTGAAGCGGCGGCGGAAATTATACTCGAGAAGGAGGCGAAATTTAGCAACACACCTCCG 120
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 58 CTTGAAGCGGCGGCGAAAATTATACTCGAGAAGGAGGCGAAA--T-------CACCTCCG 108
Query 121 GATTGTAGTGAATTTGGGGTCACGGCGACTCTAAAGCCTCACCAAGTCGAAGGTGTCTCT 180
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 109 GATTGTAGAGAATTTGGGGTCACGGCGACTCTGAAGCCTCACCAAGTCGAAGGTGTCTCT 168
Query 181 TGGCTTATACAGAAATATCTACTCGGCGTCAATGTCGTTCTCGAATTGGACCAGATGGGA 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 169 TGGCTTATACAGAAATATCTACTCGGCGTCAATGTCGTTCTCGAATTGGACCAGATGGGA 228
Query 241 TTGGGAAAGACTCTCCAAGCAATCTCTTTCCTGAGTTATTTGAAGTTTCGTCAAGGCTTG 300
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 229 TTGGGAAAGACTCTCCAAGCAATTTCTTTCCTGAGTTATTTGAAGTTTCATCAAGGCTTG 288
Query 301 CCTGGGCCATTTCTGGTGCTATGTCCCTTAAGTGTAACGGATGGTTGGGTATCAGAGATA 360
|||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 289 CCTGGGCCATTTCTCGTGCTATGTCCCTTGAGCGTAACGGATGGTTGGGTATCAGAGATA 348
Query 361 AATAGGTTCACTCCAAATCTTGAAGTTCTTAGATATGTTGGCGATAAGTATTGCCGTCTG 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 349 AATAGGTTCACTCCAAATCTTGAAGTTCTTAGATATGTTGGTGATAAGTATTGCCGTCGG 408
Query 421 GATATGCGTAAGTCAATGTATGATCATGTCAAGAAGAGTTCTAAGGGACATTTCTTACCA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 409 GATATGCGTAAGTCAATGTATGATCATGTCAAGAAGAGTTCTAAGGGACATTTGTTACCA 468
Query 481 TTTGATGTATTGCTGACAACATATGACATAGCATTGGTGGATCAAGACTTTCTTTCTCAA 540
|||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 469 TTTGATGTGTTGTTGACAACATATGACATAGCACTGGTCGATCAGGACTTTCTTTCTCAA 528
Query 541 ATTCCTTGGCAATATGCTATAATTGATGAAGCTCAAAGACTCAAGAATCCTAACAGTGTT 600
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 529 ATCCCTTGGCATTATGCTATAATTGATGAAGCTCAAAGACTCAAGAATCCTAACAGTGTT 588
Query 601 CTGTATAATGTCTTACTTGAGCAATTCCTCATTCCACGACGTCTCTTGATTACTGGCACA 660
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 589 CTGTATAATGTCTTACTTGACCAATTCCTCATTCCACGACGTCTCTTGATTACTGGCACA 648
Query 661 CCTATCCAGAACAATCTTACCGAACTTTGGGCTCTGATGCATTTTTGCATGCCACTAGTT 720
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 649 CCTATTCAGAACAATCTTACCGAACTTTGGGCTCTGATGCATTTTTGCATGCCACTAGTT 708
Query 721 TTTGGGACACTGGACCAGTTCCTT-TCCGCATTCAAAGAGACTGGGGACGGTCTATCAGG 779
|||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 709 TTTGGGGCACTGGACCAGTTCCTTGT-CGCATTCAAAGAGACTGGGGAGGGTCTATCAGG 767
Query 780 TCTTGATGTATCTAATGACAAGGAAACATATAAGAGTCTGAAGTTCATCTTAGGTGCCTT 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 768 TCTTGATGTATCTAATGACAAGGAAACATATAAGAGTTTGAAGTTCATCTTAGGTGCCTT 827
Query 840 TATGCTGAGGCGTACAAAATCTTTGCTCATTGAGTCTGGAAATCTGGTGCTGCCACCTCT 899
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 828 TATGTTGAGGCGTACAAAATCTTTGCTCATTGAGTCTGGAAATCTGGTGTTGCCACCTCT 887
Query 900 CACGGAGCTAACTGTAATGGTTCCGCTCGTCAGTCTTCAAAAGAAGATATATACTTCCAT 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 888 CACGGAGCTAACTGTAATGGTTCCGCTCGTCAGTCTTCAAAAGAAGATATATACTTCCAT 947
Query 960 TTTGAGGAAAGAGCTTCCAGGGCTTCTTGAACTGTCTTCTGGAGGATCAAATCATACGTC 1019
|||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 948 ATTGAGGAAAGAGCTTCCAGGGCTTCTCGCACTGTCTTCTGGAGGATCCAATCATACATC 1007
Query 1020 TTTACAAAATATTGTGATACAGCTAAGAAAAGCATGTAGCCACCCTTACTTATTTCCAGG 1079
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1008 TTTACAAAATATTGTGATACAGCTTAGAAAAGCATGTAGCCACCCTTACTTATTTCCAGG 1067
Query 1080 TATCGAACCAGAGCCTTTTGAAGAGGGTGAACACCTTGTTCAGGCAAGTGGTAAGCTTTT 1139
||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1068 TATTGAACCGGAACCTTTTGAAGAGGGTGAACACCTTGTTCAGGCAAGTGGTAAGCTTTT 1127
Query 1140 GGTTTTGGATCAATTGCTCAAAAGGCTCCATGATAGTGGCCATCGTGTCCTCCTCTTTTC 1199
|||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1128 AGTTTTGGATCAATTGCTCAAGAGGCTCCATGATATTGGTCATCGTGTCCTCCTCTTTTC 1187
Query 1200 CCAAATGACCTCAACACTTGACATTTTGCAGGATTTTATGGAGCTTCGTAGGTATTCGTA 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1188 CCAAATGACCTCAACACTTGACATTTTGCAGGATTTTATGGAGCTTCGTAGATATTCTTA 1247
Query 1260 TGAGCGCCTTGATGGATCAGTACGGGCTGAAGAACGTTTTGCTGCGATAAAGAATTTCAG 1319
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1248 TGAGCGCCTTGATGGATCAGTACGGGCTGAAGAACGATTTGCTGCGATAAAGAATTTCAG 1307
Query 1320 CGCGAAAA-CAGAAAGAGGATTGGATTCTGAAGTTGATGGAAGCAATGCCTTTGTTTTCA 1378
|| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 1308 TGC-AAAAGCAGAAAGAGGATTGGATTCTGAAGTTGATGCAAGCAATGCCTTTGTTTTTA 1366
Query 1379 TGATCTCTACAAGAGCAGGGGGAGTCGGTTTGAATCTTGTTGCTGCTGATACTGTTATAT 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1367 TGATCTCTACAAGAGCAGGGGGAGTCGGTTTGAATCTTGTTGCTGCTGATACTGTTATAT 1426
Query 1439 TTTATGAACAAGACTGGAACCCACAGGTGGATAAACAAGCTTTGCAACGAGCTCATCGAA 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1427 TTTATGAACAAGACTGGAACCCACAGGTGGATAAACAAGCTTTGCAACGAGCTCATCGAA 1486
Query 1499 TTGGACAAATCAGTCATGTGCTGTCTATAAACCTCGTTACTGAACATTCTGTGGAAGAGG 1558
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1487 TTGGACAAATCAGTCATGTGTTGTCTATAAACCTCGTTACTGAACATTCTGTGGAAGAGG 1546
Query 1559 TTATTTTGAGGAGGGCAGAGAGAAAGTTGCAGCTTAGTCATAATGTTGTGGGAGATAACA 1618
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1547 TTATTTTGAGGAGGGCAGAGAGAAAGTTGCAGCTTAGTCATAATGTTGTGGGAGATAATA 1606
Query 1619 TGGAAGAGAAAGAAGAAGATGGTGGTGATTTGCGGTCTCTAGTGTTTGGTTTACAAAGGT 1678
||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1607 TGGAAGAGAAAGACGAAGATCGTGGTGATTTGCGGTCTCTAGTGTTTGGTTTACAAAGGT 1666
Query 1679 TTGATCCCGAGGAGATTCACAATGAAGAGTCTGATAACCTGAAAATGGTAGAAATAAGTT 1738
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1667 TTGATCCCGAGGAGATTCACAGTGAAGAGTCTGATAACCTGAAAATGGTAGAAATAAGTT 1726
Query 1739 CTCTTGCTGAGAAAGTTGTTGCAATACGTCAAAACGTTGAACCAGACAAGGAAGAAAGAA 1798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 1727 CTCTTGCTGAGAAAGTTGTTGCAATACGTCAAAACGTTGAACCGGACAAGGAAGCAAGAA 1786
Query 1799 GGTTTGAAATTAATTCGAGCGACACTTTGCTAGGAAATACATCATCTGCAAGTCTGGATT 1858
|||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||| |||||||||
Sbjct 1787 AGTTTAAAATTGATTCGAGCGACACTTTGCGAGGAAATTCATCATCGGCATGTCTGGATT 1846
Query 1859 CCGAGCTTGATGAAGCTTCTTACCTTTCATGGGTTGAGAAATTGAAGGAAGCTGCACGAT 1918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1847 CCGAGCTTGATGAAGCTTCTTACCTTTCATGGGTTGAGAAATTGAAGGAAGCTTCACGAT 1906
Query 1919 CAAGCAAGGATGAAAAAATTATTGAGTTGGGAAATAGAAAGAACTTATCTGAGGAAAGAA 1978
||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1907 CAAGCAAGGATGACAAAATTATGGAGTTGGGAAATAGAAAGAACTTATCTGAGGAAAGAA 1966
Query 1979 ATCTGAGAATTGAGGCTGCCAGGAAAAAGGCAGAAGAGAAGAAGTTAGCCACGTGGGGA- 2037
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 1967 ATCTGAGAATTGAGGCTGCCAGGAAAAAGGCAGAAGAGAAGAAGTTAGCCA-GTTGGGAA 2025
Query 2038 GCACACGGTTATCAGT-CTTTGTCCGTGGAAGAACCGATTTTGCCTGATGATGTTGATTC 2096
||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2026 GCACACGGTTATC-GTTCTTTGTCTGTGGAAGAACCGATCTTCCCTGATGATGTTGATTC 2084
Query 2097 CAGCTCAGATGCAGGATCTGTTAACTTTGTCTTTGGAGACTGTACAAATCCATCAACTGT 2156
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2085 CAGCTCAGATGCAGGATCTGTTAACTTTGTCTTTGGAGACTGTACAAATCCATCGACAGT 2144
Query 2157 CTCTCATGAGCCAGCAATCATATTCAGCTGTGTTGATGACTCTGGAAACTGGGGACGTGG 2216
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2145 CTCTCATGAGCCAGCAATCATATTCAGCTGTGTTGATGACTCTGGAAACTGGGGACGAGG 2204
Query 2217 TGGAATGTTTGATGCTCTGTCAAAACTGTCTAATACTGTACCC-ACTGCTTATCACCGAG 2275
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||| ||||||||||
Sbjct 2205 TGGAATGTTTGATGCTCTGTCAAAACTTTCTAATACTGTACCCGA-TGCGTATCACCGAG 2263
Query 2276 CATCCGAGTTTAAAGACCTTCATCTTGGAGACCTGCATCTCATAAAAATTGATGACAATG 2335
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2264 CATCTGAGTTTAAAGACCTCCATCTTGGAGACCTGCATCTCATAAAAATTGATGACAGTG 2323
Query 2336 ATGACCAACAAAACACACAAGCAAGCAAGCCTCTTTGGGTGGCAGTTGCAGTTACACAAT 2395
|||| |||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2324 ATGATCAACAAAACACAGAAGAAAGTAAACCTCTTTGGGTGGCAGTTGCAGTAACACAAT 2383
Query 2396 CTTACAATTCGAGGCGTAAAGTCCCACGTAGTAGCATTTCAATTCCAGACCTTGAAAGTT 2455
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2384 CTTATAACCCGAGGCGTAAAGTCCCACGTAGTAGCATTTCAATTCCAGACCTTGAACGTT 2443
Query 2456 GCTTAGCCAAAGCTTCATTCTCTGCTTCTCAGAAATCAGCCTCACTCCACATGCCACGTA 2515
|||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2444 GCTTGGCCAAAGCTTCATTCTCCGCTTCTCAGAAATCAGCTTCACTCCACATGCCACGTA 2503
Query 2516 TTGGTTACCAAGACGGATCAGACCGATCTCAATGGTACACTGTTGAGCGTCTTCTTCGAA 2575
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 2504 TTGGTTACCAAGACGGATCAGACCGATCTCAATGGTACACTGTTGAACGTCTTCTTCGCA 2563
Query 2576 AATACTCCTCCATCTTCACCGTCAAAATATTCGTGTACTATTATCGTCGATCTCCCTGA 2634
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 2564 AATACTCCTCCATCTTCGCCGTCAAAATATTCGTGTACTACTACCGTCGATCTCCCTGA 2622
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 105090985955
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5