BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G45030.1
Length=2479
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg483634 jgi|Araly1|483634|fgenesh2_kg.4__2694__AT2G45030.1 4111 0.0
> Ahg483634 jgi|Araly1|483634|fgenesh2_kg.4__2694__AT2G45030.1
Length=2479
Score = 4111 bits (2226), Expect = 0.0
Identities = 2403/2487 (97%), Gaps = 17/2487 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGAGGTTTCCGACTTCTCCGGCGCCTAACCTCCTCTTGAGACTCTTCTCGTCGAAC 60
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1 ATGGCGAGGTTTCCGAATTCTCCGGCGCCTAACCTCCTCTTGAGGCTCTTCTCGTCAAAC 60
Query 61 AAACGGGCGTCATCTCCTACTGCCGCGCTTTTAACCGGAGATTTTCATCTGATTCGTCAT 120
|||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 61 AAACGGTCTTCATCTCCTACTGCCGCGCTTTTAACCGGAGATTTTCAGCTGATTCGTCAT 120
Query 121 TTCTCCGCCGGAACCGCTGCTCGTGCGGTCAAGGATGAGAAGGAGCCATGGTGGAAAGAA 180
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||
Sbjct 121 TTCTCCGCCGGAACCGCTGCTCGTGCGGCCAAGGATGACAAGGAACCCTGGTGGAAAGAA 180
Query 181 TCCATGGACAAGCTTCGCAACATCGGGATCTCAGCTCATATAGACTCTGGAAAGACTACG 240
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 181 TCCATGGACAAGCTTCGCAACATCGGGATCTCAGCTCATATAGACTCTGGGAAGACTACG 240
Query 241 TTGACTGAGCGTGTTCTGTTCTATACCGGTCGGATCCATGAGATCCATGAAGTCAGAGGT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 241 TTGACTGAGCGTGTTCTGTTCTATACCGGTCGGATCCATGAGATCCACGAAGTCAGAGGT 300
Query 301 AGAGATGGCGTCGGCGCTAAAATGGACTCTATGGACTTGGAGCGAGAGAAAGGTATCACT 360
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AGAGATGGCGTCGGCGCTAAAATGGACTCCATGGACTTGGAGCGAGAGAAAGGTATCACC 360
Query 361 ATCCAGTCAGCCGCTACTTACTGTACTTGGAAGGATTACAAGGTTAATATAATTGATACT 420
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 ATCCAATCAGCCGCTACCTACTGTACTTGGAAGGATTACAAGGTTAATATAATTGATACT 420
Query 421 CCTGGTCACGTTGACTTCACCATTGAAGTGGAGAGGGCTTTACGTGTACTAGACGGTGCG 480
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 CCTGGTCACGTTGACTTCACCATTGAAGTTGAGAGGGCTTTACGTGTACTAGACGGTGCG 480
Query 481 ATTCTAGTCCTATGCAGTGTGGGTGGTGTACAGAGTCAGTCTATTACGGTAGATAGGCAA 540
|||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 481 ATTCTAGTTCTGTGCAGTGTTGGTGGTGTACAGAGTCAGTCTATTACAGTAGATAGGCAA 540
Query 541 ATGAGGAGATATGAAGTCCCGAGAGTTGCGTTTATTAACAAGCTTGATAGAATGGGAGCA 600
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 541 ATGAGGAGATATGAAGTCCCGAGAGTTGCGTTTATTAACAAGCTTGATAGGATGGGAGCA 600
Query 601 GATCCATGGAAAGTCTTGAACCAAGCAAGAGCTAAGCTTCGACATCATAGTGCAGCTGTG 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GATCCATGGAAAGTCTTGAACCAAGCAAGAGCTAAGCTTCGACATCATAGTGCAGCTGTG 660
Query 661 CAAGTGCCCATTGGTCTAGAAGAAAATTTCCAGGGTCTTATAGACCTTATTCATGTGAAA 720
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 CAAGTGCCCATTGGTTTAGAAGAAAATTTCCAGGGTCTTATAGACCTTATTCATGTGAAA 720
Query 721 GCTTATTTCTTTCATGGATCAAGCGGTGAGAATGTTGTGGCTGGTGATATTCCTGCTGAT 780
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GCTTATTTCTTTCATGGATCCAGCGGTGAGAATGTTGTGGCTGGTGATATTCCTGCTGAT 780
Query 781 ATGGAGGGTTTGGTTGGGGATAAGAGGAGAGAATTGATAGAGACAGTCTCTGAAGTTGAT 840
||||| |||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 ATGGAAGGTTTGGTTGCGGAGAAGAGGCGAGAATTGATAGAGACAGTCTCTGAAGTTGAT 840
Query 841 GATGTACTCGCCGAGAAATTTCTGAATGATGAACCTGTATCTGCTGCTGAGCTTGAGGAA 900
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GATGTACTCGCCGAGAAATTTCTGAATGATGAGCCTGTATCTGCTGCTGAGCTTGAGGAA 900
Query 901 GCTATTCGTAGAGCTACCATAGCACAAAAGTTTGTTCCTGTATTTATGGGTAGTGCATTC 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GCTATTCGTAGAGCTACCATAGCACAAAAGTTTGTTCCTGTATTTATGGGTAGTGCATTC 960
Query 961 AAAAACAAGGGAGTACAACCTCTACTAGATGGTGTTGTCAGTTTTCTCCCTTCTCCAAAT 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 961 AAAAACAAGGGAGTACAACCTCTACTAGATGGTGTTGTCAGTTATCTCCCTTCTCCAAAT 1020
Query 1021 GAAGTCAATAACTATGCTCTTGACCAGAAT-AATAATGAAGAGAGGGTAACCTTGACTGG 1079
||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1021 GAAGTCAATAACTATGCTCTTGACCAG-ATGAATAATGAAGAGAGGGTAACGTTGACTGG 1079
Query 1080 ATCTCCAGATGGACCTCTTGTGGCGCTGGCTTTCAAATTAGAGGAGGGTCGTTTTGGTCA 1139
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 ATCTCCAGATGGGCCTCTTGTGGCGCTGGCTTTCAAATTAGAGGAGGGTCGTTTTGGTCA 1139
Query 1140 ATTGACATATTTGAGAGTTTACGAAGGTGTGATTAAGAAAGGTGATTTTATCATAAATGT 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GCTGACATATTTGAGAGTTTACGAAGGTGTGATTAAGAAGGGTGATTTTATCATAAATGT 1199
Query 1200 CAACACTGGGAAGAGAATTAAGGTTCCACGCTTGGTCCGTATGCATTCGAATGATATGGA 1259
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 CAATACTGGGAAGAGAATTAAGGTTCCACGCTTGGTCCGTATGCATTCGAATGATATGGA 1259
Query 1260 GGATATTCAAGAGGCACACGCTGGACAAATTGTAGCTGTGTTTGGTATTGAGTGTGCATC 1319
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 GGATATTCAAGAGGCACACGCTGGACAAATCGTAGCTGTGTTTGGTATTGAGTGTGCATC 1319
Query 1320 AGGTGATACATTTACGGATGGATCAGTCAAGTACACAATGACATCGATGAACGTTCCTGA 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 AGGTGATACATTTACGGATGGATCAGTCAAGTACACAATGACATCGATGAACGTTCCTGA 1379
Query 1380 ACCTGTTATGTCCTTAGCTGTTCAACCAGTTTCAAAAGATTCTGGAGGACAGTTCTCGAA 1439
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 ACCTGTTATGTCCTTAGCTGTTCAACCGGTTTCAAAAGATTCTGGAGGACAGTTCTCGAA 1439
Query 1440 AGCATTGAATCGATTCCAGAAAGAGGATCCTACTTTCCGTGTGGGTTTGGATCCCGAGAG 1499
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1440 AGCACTGAATCGATTCCAGAAAGAGGATCCTACTTTCCGGGTGGGATTGGATCCCGAGAG 1499
Query 1500 TGGCCAGACGATTATTTCTGGTATGGGGGAATTGCATTTGGACATCTATGTTGAACGCAT 1559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 TGGCCAGACGATTATTTCTGGTATGGGGGAATTGCATTTGGACATCTATGTTGAACGCAT 1559
Query 1560 GCGAAGAGAATATAAGGTTGATGCGACTGTGGGCAAACCCCGTGTCAATTTTAGGGAGAC 1619
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1560 GCGGAGAGAATATAAGGTTGATGCGACTGTGGGCAAACCCCGTGTTAATTTTAGGGAGAC 1619
Query 1620 TATTACTCAGCGGGCAGAGTTTGATTATTTACATAAGAAGCAAAGTGGAGGAGCAGGTCA 1679
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1620 TATTACTCAACGGGCGGAGTTTGATTATTTACATAAGAAGCAAAGTGGAGGAGCTGGTCA 1679
Query 1680 ATACGGTAGAGTTACAGGGTACGTGGAACCGCTACCACCAGGCTCTAAAGAGAAGTTTGA 1739
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1680 ATACGGTAGGGTTACAGGGTACGTGGAACCGCTACCACCAGGATCTAAAGAGAAGTTTGA 1739
Query 1740 ATTTGAAAACATGATTGTTGGACAAGCAATTCCGTCTGGTTTTATTCCAGCAATTGAGAA 1799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 ATTTGAAAACATGATTGTTGGACAAGCAATTCCGTCTGGTTTTATTCCAGCAATTGAGAA 1799
Query 1800 AGGTTTCAAAGAAGCTGCAAACTCGGGCTCACTAATTGGTCACCCTGTAGAGAATCTTAG 1859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1800 AGGTTTCAAAGAAGCTGCAAACTCGGGCTCACTAATTGGTCACCCTGTAGAGAATCTCAG 1859
Query 1860 AATAGTATTGACAGATGGAGCTTCACACGCGGTAGATTCCAGTGAACTTGCGTTTAAAAT 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 AATAGTATTGACAGATGGAGCTTCACACGCGGTAGATTCGAGTGAACTTGCGTTTAAAAT 1919
Query 1920 GGCTGCAATATACGCATTCAGACTGTGTTATACAGCAGCTAGACCGGTGATTCTAGAACC 1979
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 GGCTGCAATATACGCATTCAGACTGTGTTACACAGCAGCTAGACCGGTGATTCTAGAACC 1979
Query 1980 TGTTATGCTGGTCGAGTTGAAAGTACCAACAGAGTTTCAGGGCACTGTTGCTGGTGACAT 2039
||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1980 TGTTATGCTTGTTGAGTTGAAAGTACCAACAGAGTTTCAGGGTACTGTTGCTGGTGACAT 2039
Query 2040 CAACAAGAGGAAAGGTATAATCGTTGGAAACGATCAAGAGGGTGATGATTCAGTAATCAC 2099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2040 CAACAAGAGGAAAGGTATAATCGTTGGAAACGATCAAGAGGGTGACGATTCAGTAATCAC 2099
Query 2100 TGCTAATGTGCCTTTGAACAACATGTTTGGCTACTCCACTTCTCTCCGGTCCATGACACA 2159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 TGCTAATGTGCCTTTGAACAACATGTTTGGCTACTCCACTTCTCTCCGGTCCATGACACA 2159
Query 2160 AGGAAAAGGAGAATTCACGATGGAATACAAAGAACATTCTGCTGTGTCCAATGAAGTCCA 2219
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2160 AGGAAAAGGAGAATTCACAATGGAATACAAAGAACATTCTGCTGTATCCAATGAAGTCCA 2219
Query 2220 GGCTCAGCTCGTCAATGCTTATAGCGCCAGCAAAGCTACTGAATAAGCAAACCCTTCAAT 2279
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 2220 AGCTCAGCTCGTCAATGCTTACAGCGCCAGCAAAGCAACTGAATAAGCAAGCCCTTGAAT 2279
Query 2280 CCAATATATTATGGTTTGTTTTCTCATAATGTTGACAT-A-AT--TTATTTATACGGTTC 2335
| ||||| | ||||||||||||||||||||||||| || | | |||||||||||||||
Sbjct 2280 CGAATAT-T-ATGGTTTGTTTTCTCATAATGTTGA-ATTACAACATTATTTATACGGTTC 2336
Query 2336 ACACAACCATCAAAATCACTCAACATAAACTGCCTAATGGGCTATGTCAGAAAATCACTT 2395
||| | ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 ACA-A-CCAACAAAATCACTCAACATAAAATGCCTAATGGGCTATGTCAGAAAATCACTT 2394
Query 2396 ATGTTTATTGGGCCATTAGGTAGGTCACATTTTTTGGTAT----CCACCAGTCCCAATCA 2451
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2395 ATGTTTATTGGGCCATTAGGTAGGTCA--TTTTTTGGTATATTTCCACCAGTCCCAATCA 2452
Query 2452 TTTTGATAATGGTAAACCAGCATATAT 2478
|||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2453 TTTTGATAATGGTAAACCAGCAAATAT 2479
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 93435370985
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5