BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G45030.1 Length=2479 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg483634 jgi|Araly1|483634|fgenesh2_kg.4__2694__AT2G45030.1 4111 0.0 > Ahg483634 jgi|Araly1|483634|fgenesh2_kg.4__2694__AT2G45030.1 Length=2479 Score = 4111 bits (2226), Expect = 0.0 Identities = 2403/2487 (97%), Gaps = 17/2487 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGCGAGGTTTCCGACTTCTCCGGCGCCTAACCTCCTCTTGAGACTCTTCTCGTCGAAC 60 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| Sbjct 1 ATGGCGAGGTTTCCGAATTCTCCGGCGCCTAACCTCCTCTTGAGGCTCTTCTCGTCAAAC 60 Query 61 AAACGGGCGTCATCTCCTACTGCCGCGCTTTTAACCGGAGATTTTCATCTGATTCGTCAT 120 |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 61 AAACGGTCTTCATCTCCTACTGCCGCGCTTTTAACCGGAGATTTTCAGCTGATTCGTCAT 120 Query 121 TTCTCCGCCGGAACCGCTGCTCGTGCGGTCAAGGATGAGAAGGAGCCATGGTGGAAAGAA 180 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||| Sbjct 121 TTCTCCGCCGGAACCGCTGCTCGTGCGGCCAAGGATGACAAGGAACCCTGGTGGAAAGAA 180 Query 181 TCCATGGACAAGCTTCGCAACATCGGGATCTCAGCTCATATAGACTCTGGAAAGACTACG 240 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 181 TCCATGGACAAGCTTCGCAACATCGGGATCTCAGCTCATATAGACTCTGGGAAGACTACG 240 Query 241 TTGACTGAGCGTGTTCTGTTCTATACCGGTCGGATCCATGAGATCCATGAAGTCAGAGGT 300 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 241 TTGACTGAGCGTGTTCTGTTCTATACCGGTCGGATCCATGAGATCCACGAAGTCAGAGGT 300 Query 301 AGAGATGGCGTCGGCGCTAAAATGGACTCTATGGACTTGGAGCGAGAGAAAGGTATCACT 360 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 AGAGATGGCGTCGGCGCTAAAATGGACTCCATGGACTTGGAGCGAGAGAAAGGTATCACC 360 Query 361 ATCCAGTCAGCCGCTACTTACTGTACTTGGAAGGATTACAAGGTTAATATAATTGATACT 420 ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 ATCCAATCAGCCGCTACCTACTGTACTTGGAAGGATTACAAGGTTAATATAATTGATACT 420 Query 421 CCTGGTCACGTTGACTTCACCATTGAAGTGGAGAGGGCTTTACGTGTACTAGACGGTGCG 480 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 CCTGGTCACGTTGACTTCACCATTGAAGTTGAGAGGGCTTTACGTGTACTAGACGGTGCG 480 Query 481 ATTCTAGTCCTATGCAGTGTGGGTGGTGTACAGAGTCAGTCTATTACGGTAGATAGGCAA 540 |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 481 ATTCTAGTTCTGTGCAGTGTTGGTGGTGTACAGAGTCAGTCTATTACAGTAGATAGGCAA 540 Query 541 ATGAGGAGATATGAAGTCCCGAGAGTTGCGTTTATTAACAAGCTTGATAGAATGGGAGCA 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 541 ATGAGGAGATATGAAGTCCCGAGAGTTGCGTTTATTAACAAGCTTGATAGGATGGGAGCA 600 Query 601 GATCCATGGAAAGTCTTGAACCAAGCAAGAGCTAAGCTTCGACATCATAGTGCAGCTGTG 660 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 601 GATCCATGGAAAGTCTTGAACCAAGCAAGAGCTAAGCTTCGACATCATAGTGCAGCTGTG 660 Query 661 CAAGTGCCCATTGGTCTAGAAGAAAATTTCCAGGGTCTTATAGACCTTATTCATGTGAAA 720 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 661 CAAGTGCCCATTGGTTTAGAAGAAAATTTCCAGGGTCTTATAGACCTTATTCATGTGAAA 720 Query 721 GCTTATTTCTTTCATGGATCAAGCGGTGAGAATGTTGTGGCTGGTGATATTCCTGCTGAT 780 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 721 GCTTATTTCTTTCATGGATCCAGCGGTGAGAATGTTGTGGCTGGTGATATTCCTGCTGAT 780 Query 781 ATGGAGGGTTTGGTTGGGGATAAGAGGAGAGAATTGATAGAGACAGTCTCTGAAGTTGAT 840 ||||| |||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 781 ATGGAAGGTTTGGTTGCGGAGAAGAGGCGAGAATTGATAGAGACAGTCTCTGAAGTTGAT 840 Query 841 GATGTACTCGCCGAGAAATTTCTGAATGATGAACCTGTATCTGCTGCTGAGCTTGAGGAA 900 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 841 GATGTACTCGCCGAGAAATTTCTGAATGATGAGCCTGTATCTGCTGCTGAGCTTGAGGAA 900 Query 901 GCTATTCGTAGAGCTACCATAGCACAAAAGTTTGTTCCTGTATTTATGGGTAGTGCATTC 960 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 901 GCTATTCGTAGAGCTACCATAGCACAAAAGTTTGTTCCTGTATTTATGGGTAGTGCATTC 960 Query 961 AAAAACAAGGGAGTACAACCTCTACTAGATGGTGTTGTCAGTTTTCTCCCTTCTCCAAAT 1020 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 961 AAAAACAAGGGAGTACAACCTCTACTAGATGGTGTTGTCAGTTATCTCCCTTCTCCAAAT 1020 Query 1021 GAAGTCAATAACTATGCTCTTGACCAGAAT-AATAATGAAGAGAGGGTAACCTTGACTGG 1079 ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1021 GAAGTCAATAACTATGCTCTTGACCAG-ATGAATAATGAAGAGAGGGTAACGTTGACTGG 1079 Query 1080 ATCTCCAGATGGACCTCTTGTGGCGCTGGCTTTCAAATTAGAGGAGGGTCGTTTTGGTCA 1139 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1080 ATCTCCAGATGGGCCTCTTGTGGCGCTGGCTTTCAAATTAGAGGAGGGTCGTTTTGGTCA 1139 Query 1140 ATTGACATATTTGAGAGTTTACGAAGGTGTGATTAAGAAAGGTGATTTTATCATAAATGT 1199 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1140 GCTGACATATTTGAGAGTTTACGAAGGTGTGATTAAGAAGGGTGATTTTATCATAAATGT 1199 Query 1200 CAACACTGGGAAGAGAATTAAGGTTCCACGCTTGGTCCGTATGCATTCGAATGATATGGA 1259 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1200 CAATACTGGGAAGAGAATTAAGGTTCCACGCTTGGTCCGTATGCATTCGAATGATATGGA 1259 Query 1260 GGATATTCAAGAGGCACACGCTGGACAAATTGTAGCTGTGTTTGGTATTGAGTGTGCATC 1319 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1260 GGATATTCAAGAGGCACACGCTGGACAAATCGTAGCTGTGTTTGGTATTGAGTGTGCATC 1319 Query 1320 AGGTGATACATTTACGGATGGATCAGTCAAGTACACAATGACATCGATGAACGTTCCTGA 1379 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1320 AGGTGATACATTTACGGATGGATCAGTCAAGTACACAATGACATCGATGAACGTTCCTGA 1379 Query 1380 ACCTGTTATGTCCTTAGCTGTTCAACCAGTTTCAAAAGATTCTGGAGGACAGTTCTCGAA 1439 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1380 ACCTGTTATGTCCTTAGCTGTTCAACCGGTTTCAAAAGATTCTGGAGGACAGTTCTCGAA 1439 Query 1440 AGCATTGAATCGATTCCAGAAAGAGGATCCTACTTTCCGTGTGGGTTTGGATCCCGAGAG 1499 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 1440 AGCACTGAATCGATTCCAGAAAGAGGATCCTACTTTCCGGGTGGGATTGGATCCCGAGAG 1499 Query 1500 TGGCCAGACGATTATTTCTGGTATGGGGGAATTGCATTTGGACATCTATGTTGAACGCAT 1559 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1500 TGGCCAGACGATTATTTCTGGTATGGGGGAATTGCATTTGGACATCTATGTTGAACGCAT 1559 Query 1560 GCGAAGAGAATATAAGGTTGATGCGACTGTGGGCAAACCCCGTGTCAATTTTAGGGAGAC 1619 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1560 GCGGAGAGAATATAAGGTTGATGCGACTGTGGGCAAACCCCGTGTTAATTTTAGGGAGAC 1619 Query 1620 TATTACTCAGCGGGCAGAGTTTGATTATTTACATAAGAAGCAAAGTGGAGGAGCAGGTCA 1679 ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1620 TATTACTCAACGGGCGGAGTTTGATTATTTACATAAGAAGCAAAGTGGAGGAGCTGGTCA 1679 Query 1680 ATACGGTAGAGTTACAGGGTACGTGGAACCGCTACCACCAGGCTCTAAAGAGAAGTTTGA 1739 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1680 ATACGGTAGGGTTACAGGGTACGTGGAACCGCTACCACCAGGATCTAAAGAGAAGTTTGA 1739 Query 1740 ATTTGAAAACATGATTGTTGGACAAGCAATTCCGTCTGGTTTTATTCCAGCAATTGAGAA 1799 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1740 ATTTGAAAACATGATTGTTGGACAAGCAATTCCGTCTGGTTTTATTCCAGCAATTGAGAA 1799 Query 1800 AGGTTTCAAAGAAGCTGCAAACTCGGGCTCACTAATTGGTCACCCTGTAGAGAATCTTAG 1859 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1800 AGGTTTCAAAGAAGCTGCAAACTCGGGCTCACTAATTGGTCACCCTGTAGAGAATCTCAG 1859 Query 1860 AATAGTATTGACAGATGGAGCTTCACACGCGGTAGATTCCAGTGAACTTGCGTTTAAAAT 1919 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1860 AATAGTATTGACAGATGGAGCTTCACACGCGGTAGATTCGAGTGAACTTGCGTTTAAAAT 1919 Query 1920 GGCTGCAATATACGCATTCAGACTGTGTTATACAGCAGCTAGACCGGTGATTCTAGAACC 1979 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1920 GGCTGCAATATACGCATTCAGACTGTGTTACACAGCAGCTAGACCGGTGATTCTAGAACC 1979 Query 1980 TGTTATGCTGGTCGAGTTGAAAGTACCAACAGAGTTTCAGGGCACTGTTGCTGGTGACAT 2039 ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1980 TGTTATGCTTGTTGAGTTGAAAGTACCAACAGAGTTTCAGGGTACTGTTGCTGGTGACAT 2039 Query 2040 CAACAAGAGGAAAGGTATAATCGTTGGAAACGATCAAGAGGGTGATGATTCAGTAATCAC 2099 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2040 CAACAAGAGGAAAGGTATAATCGTTGGAAACGATCAAGAGGGTGACGATTCAGTAATCAC 2099 Query 2100 TGCTAATGTGCCTTTGAACAACATGTTTGGCTACTCCACTTCTCTCCGGTCCATGACACA 2159 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2100 TGCTAATGTGCCTTTGAACAACATGTTTGGCTACTCCACTTCTCTCCGGTCCATGACACA 2159 Query 2160 AGGAAAAGGAGAATTCACGATGGAATACAAAGAACATTCTGCTGTGTCCAATGAAGTCCA 2219 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2160 AGGAAAAGGAGAATTCACAATGGAATACAAAGAACATTCTGCTGTATCCAATGAAGTCCA 2219 Query 2220 GGCTCAGCTCGTCAATGCTTATAGCGCCAGCAAAGCTACTGAATAAGCAAACCCTTCAAT 2279 |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| Sbjct 2220 AGCTCAGCTCGTCAATGCTTACAGCGCCAGCAAAGCAACTGAATAAGCAAGCCCTTGAAT 2279 Query 2280 CCAATATATTATGGTTTGTTTTCTCATAATGTTGACAT-A-AT--TTATTTATACGGTTC 2335 | ||||| | ||||||||||||||||||||||||| || | | ||||||||||||||| Sbjct 2280 CGAATAT-T-ATGGTTTGTTTTCTCATAATGTTGA-ATTACAACATTATTTATACGGTTC 2336 Query 2336 ACACAACCATCAAAATCACTCAACATAAACTGCCTAATGGGCTATGTCAGAAAATCACTT 2395 ||| | ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2337 ACA-A-CCAACAAAATCACTCAACATAAAATGCCTAATGGGCTATGTCAGAAAATCACTT 2394 Query 2396 ATGTTTATTGGGCCATTAGGTAGGTCACATTTTTTGGTAT----CCACCAGTCCCAATCA 2451 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2395 ATGTTTATTGGGCCATTAGGTAGGTCA--TTTTTTGGTATATTTCCACCAGTCCCAATCA 2452 Query 2452 TTTTGATAATGGTAAACCAGCATATAT 2478 |||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2453 TTTTGATAATGGTAAACCAGCAAATAT 2479 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 93435370985 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5