BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G45300.1
Length=1974
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg483663 jgi|Araly1|483663|fgenesh2_kg.4__2723__AT2G45300.1 2734 0.0
Ahg474025 jgi|Araly1|474025|fgenesh2_kg.1__3979__AT1G48860.1 2427 0.0
> Ahg483663 jgi|Araly1|483663|fgenesh2_kg.4__2723__AT2G45300.1
Length=1831
Score = 2734 bits (1480), Expect = 0.0
Identities = 1680/1774 (95%), Gaps = 23/1774 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 71 CAAAAGTGTTTATATTAGCAAAGCCGCCAAAGTGTAAACGAAAGTTTATAAATTTCATTT 130
|||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 33 CAAAAGTGTTTATATTTGCAAAGCCGCCAAA--GTAGTCGAGAGTTTATAAATTTCATTT 90
Query 131 CTGTGATCT-TACGTAATTGGAGGAAGATCAAAATTT-TC-AATCCCCATTCTTCGATTG 187
||||||||| | ||||||||||||||||| | |||| || || ||||||| ||||||||
Sbjct 91 CTGTGATCTGTGCGTAATTGGAGGAAGAT--AGATTTCTCAAAACCCCATTTTTCGATTG 148
Query 188 CTTCAATTGAAGTTTCTCCGATGGCGCAAGTTAGCAGAATCTGCAATGGTGTGCAGAACC 247
|||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 149 CTTCAATTGAAG-TTCTCCAATGGCGCAAGTTAGCAGAATCTGCAGTGGTGTGCAGAACC 207
Query 248 CATCTCTTATCTCCAATCTCTCGAAATCCAGTCAACGCAAATCTCCCTTATCGGTTTCTC 307
||| | ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 208 CATGTGTTATCTCTAATCTCTCGAAATCCAGCCAACGCAAATCTCCGTTATCGGTTTCTC 267
Query 308 TGAAGACGCAGCAGCATCCACGAGCTTATCCGATTTCGTCGTCGTGGGGATTGAAGAAGA 367
| | | ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 268 T------G-A--AGCATCCACGAGCTTATCCGA-TT--TCGTCGTGGGGATTGAAGAAGA 315
Query 368 GTGGGATGACGTTAATTGGCTCTGAGCTTCGTCCTCTTAAGGTCATGTCTTCTGTTTCCA 427
||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 316 GTGGGATGACGTTAATTGGTTCTGAGATTCGTCCGGTTAAGGTTATGGCTTCTGTTTCCA 375
Query 428 CGGCGGAGAAAGCGTCGGAGATTGTACTTCAACCCATTAGAGAAATCTCCGGTCTTATTA 487
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 376 CGGCGGAGAAAGCGTCGGAGATTGTGCTTCAACCCATTAGAGAAATTTCGGGTCTTATTA 435
Query 488 AGCTTCCTGGCTCCAAGTCTCTATCAAATCGGATCCTGCTTCTCGCTGCTCTGTCTGAGG 547
|||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 436 AGCTCCCTGGCTCCAAGTCTCTGTCTAATCGGATCCTGCTTCTCGCTGCTCTATCTGAGG 495
Query 548 GAACAACTGTAGTGGACAACTTGTTGAATAGCGATGACATCAATTACATGCTTGATGCGT 607
|||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 496 GAACTACTGTAGTGGACAACTTGTTGAACAGTGATGACATCAATTACATGCTTGATGCGT 555
Query 608 TGAAGAGATTGGGACTTAATGTGGAAACTGACAGTGAAAATAATCGTGCTGTAGTTGAAG 667
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 556 TGAAGAGATTGGGACTTAATGTGGAAACTGACAGTGAAAACAATCGTGCCGTAGTTGAAG 615
Query 668 GATGTGGCGGGATATTCCCAGCTTCCATAGATTCAAAGAGTGATATCGAACTTTACCTCG 727
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 616 GATGTGGCGGCATATTCCCAGCTTCCATTGATTCAAAGAGTGATATCGAACTTTACCTCG 675
Query 728 GTAATGCAGGAACAGCAATGCGTCCACTTACCGCTGCGGTCACTGCTGCAGGTGGAAACG 787
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 676 GTAATGCAGGAACAGCAATGCGTCCACTTACCGCTGCGGTTACTGCTGCAGGTGGAAATG 735
Query 788 CAAGTTATGTGCTTGATGGGGTGCCTCGTATGAGAGAAAGACCTATAGGGGATTTGGTTG 847
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 736 CGAGTTATGTGCTTGATGGGGTGCCTCGGATGAGAGAAAGACCTATAGGGGATTTGGTTG 795
Query 848 TTGGTCTTAAGCAGCTTGGTGCTGATGTTGAATGTACTCTTGGAACTAACTGCCCTCCTG 907
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 796 TTGGTCTTAAGCAGCTTGGTGCTGATGTTGAATGTACTCTTGGAACTAACTGCCCTCCTG 855
Query 908 TTCGTGTCAACGCTAATGGTGGCCTTCCCGGTGGAAAGGTGAAGCTTTCTGGATCAATTA 967
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 856 TTCGTGTCAACGCTAATGGTGGCCTTCCTGGTGGAAAGGTGAAGCTTTCTGGATCAATTA 915
Query 968 GTAGTCAGTACTTGACTGCTCTGCTCATGTCTGCTCCCTTAGCTCTTGGAGACGTCGAGA 1027
|||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 916 GTAGTCAGTACTTGACTGCTTTGCTCATGGCAGCTCCCTTAGCTCTTGGAGACGTCGAGA 975
Query 1028 TTGAGATTGTCGATAAATTAATTTCTGTTCCATATGTTGAAATGACATTGAAGTTGATGG 1087
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 976 TTGAGATAGTCGATAAATTGATTTCTGTTCCATATGTTGAAATGACATTGAAGTTGATGG 1035
Query 1088 AACGTTTCGGGGTTAGTGTCGAGCATAGTGATAGCTGGGATCGTTTCTTTGTCAAGGGCG 1147
||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 1036 AACGTTTTGGGGTTAGTACCGAGCATAGTGATAGCTGGGACCGTTTCTTTGTTAAGGGCG 1095
Query 1148 GGCAAAAATACAAGTCTCCGGGTAATGCGTATGTAGAAGGTGATGCTTCTAGTGCTAGTT 1207
|||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1096 GGCAAAAATACAAGTCGCCTGGTAATGCGTACGTAGAAGGTGATGCTTCTAGTGCTAGTT 1155
Query 1208 ATTTCTTGGCTGGTGCTGCCATTACCGGTGAAACTGTCACAGTCGAAGGTTGTGGAACTA 1267
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1156 ATTTCTTGGCTGGTGCTGCCATTACCGGTGAAACTGTCACTGTTGAAGGTTGTGGAACTA 1215
Query 1268 CCAGCTTGCAGGGAGATGTAAAATTCGCCGAGGTCCTTGAGAAAATGGGATGTAAAGTGT 1327
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1216 CCAGCTTGCAGGGAGATGTAAAATTCGCCGAGGTCCTTGAGAAAATGGGATGTAAAGTGT 1275
Query 1328 CCTGGACAGAGAACAGTGTGACTGTGACAGGACCACCTAGAGATGCTTTTGGAATGAGAC 1387
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1276 CCTGGACAGAGAACAGTGTGACTGTGACAGGACCACCTAGAGATGCTTTTGGAATGAGAC 1335
Query 1388 ACTTGCGGGCTATTGATGTCAACATGAACAAAATGCCTGATGTAGCCATGACCCTTGCCG 1447
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1336 ACTTGCGCGCTATTGATGTCAACATGAACAAAATGCCTGATGTAGCCATGACTCTTGCCG 1395
Query 1448 TCGTTGCTCTCTTTGCTGACGGTCCAACCACCATTAGAGATGTGGCTAGCTGGAGAGTAA 1507
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1396 TCGTTGCTCTCTTTGCTGACGGTCCAACTACCATTAGAGATGTGGCTAGCTGGAGAGTAA 1455
Query 1508 AGGAGACAGAAAGGATGATTGCCATTTGCACAGAGCTTAGAAAACTGGGAGCTACAGTGG 1567
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1456 AGGAGACAGAAAGGATGATTGCCATTTGCACAGAGCTTAGAAAGCTGGGAGCTACAGTGG 1515
Query 1568 AAGAAGGTTCAGATTATTGTGTGATAACTCCGCCCAAAAAGGTGAAAACGGCAGAGATTG 1627
|||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1516 AAGAAGGTTCAGATTATTGTGTGATAACACCACCAAAAAAGGTGAAACCGGCAGAGATTG 1575
Query 1628 ATACATATGATGATCATAGAATGGCAATGGCATTCTCTCTTGCAGCTTGTGCTGATGTTC 1687
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1576 ATACATATGATGATCATAGAATGGCAATGGCATTCTCTCTTGCAGCTTGTGCTGATGTTC 1635
Query 1688 CAATCACCATCAACGATCCTGGTTGCACCAGGAAAACCTTCCCCGACTACTTCCAAGTAC 1747
||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1636 CAATCACCATCAATGATCCCGGTTGCACCAGGAAAACCTTCCCCGACTACTTCCAAGTCC 1695
Query 1748 TTGAAAGAATCACAAAGCACTAAACAATAAACT-CTGT-TTTTTCTT-CTGATCCAAGCT 1804
||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| || ||||||||||||
Sbjct 1696 TTGAAAGAATCACAAAGCACTAAACAAAAAACTTCTGTGTTTTTTTTTCTGATCCAAGCT 1755
Query 1805 TATCTGTTTCCATTTTTCTTGTCTCTGTAATATT 1838
||||||||||||| ||||||| |||||||| |||
Sbjct 1756 TATCTGTTTCCATATTTCTTGCCTCTGTAACATT 1789
> Ahg474025 jgi|Araly1|474025|fgenesh2_kg.1__3979__AT1G48860.1
Length=1807
Score = 2427 bits (1314), Expect = 0.0
Identities = 1471/1548 (95%), Gaps = 6/1548 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 360 GAAGAAGAGTGGGATGACGTTAATTGGCTCTGAGCTTCGTCCTCTTAAGGTCATGTCTTC 419
|||||||||||| |||| | ||| ||| |||||| |||||||| | ||||| ||| ||||
Sbjct 225 GAAGAAGAGTGGTATGATGCTAAATGGTTCTGAGATTCGTCCTGTGAAGGTTATGGCTTC 284
Query 420 TGTTTCCACGGCGGAGAAAGCGTCGGAGATTGTACTTCAACCCATTAGAGAAATCTCCGG 479
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 285 TGTTTCCACGGCGGAGAAAGCGTCGGAGATTGTGCTTCAACCCATTAGAGAAATCTCGGG 344
Query 480 TCTTATTAAGCTTCCTGGCTCCAAGTCTCTATCAAATCGGATCCTGCTTCTCGCTGCTCT 539
||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 345 TCTGATTAAGCTTCCTGGCTCCAAGTCTCTCTCTAATCGGATTCTGCTTCTCGCTGCTCT 404
Query 540 GTCTGAGGGAACAACTGTAGTGGACAACTTGTTGAATAGCGATGACATCAATTACATGCT 599
||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 405 ATCTGAGGGAACTACTCTAGTGGACAACTTGTTGAACAGTGATGACATCAATTACATGCT 464
Query 600 TGATGCGTTGAAGAGATTGGGACTTAATGTGGAAACTGACAGTGAAAATAATCGTGCTGT 659
|||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||
Sbjct 465 TGATGCGTTGAAGAAATTGGGGCTTAATGTGGAAACTGATAGTGAAAACAATCGTGCAGT 524
Query 660 AGTTGAAGGATGTGGCGGGATATTCCCAGCTTCCATAGATTCAAAGAGTGATATCGAACT 719
|||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 525 AGTTGAAGGATGTGGCGGGACATTCCCAGCTTCTATAGATTCCAAGAGTGATATCGAACT 584
Query 720 TTACCTCGGTAATGCAGGAACAGCAATGCGTCCACTTACCGCTGCGGTCACTGCTGCAGG 779
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 585 TTACCTCGGAAATGCAGGAACCGCAATGCGTCCACTTACCGCTGCAGTTACTGCTGCAGG 644
Query 780 TGGAAACGCAAGTTATGTGCTTGATGGGGTGCCTCGTATGAGAGAAAGACCTATAGGGGA 839
||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 645 TGGCAACGCGAGTTATGTGCTTGATGGGGTGCCTCGGATGAGAGAAAGACCTATAGGGGA 704
Query 840 TTTGGTTGTTGGTCTTAAGCAGCTTGGTGCTGATGTTGAATGTACTCTTGGAACTAACTG 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 705 TTTGGTTGTTGGTCTTAAGCAGCTTGGTGCTGATGTTGAATGTACTCTTGGAACTAACTG 764
Query 900 CCCTCCTGTTCGTGTCAACGCTAATGGTGGCCTTCCCGGTGGAAAGGTGAAGCTTTCTGG 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 765 CCCTCCTGTTCGTGTCAACGCTAATGGTGGCCTTCCCGGTGGAAAGGTGAAGCTTTCTGG 824
Query 960 ATCAATTAGTAGTCAGTACTTGACTGCTCTGCTCATGTCTGCTCCCTTAGCTCTTGGAGA 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 825 ATCAATTAGTAGTCAGTACTTGACTGCTCTGCTCATGGCTGCTCCCTTAGCTCTTGGAGA 884
Query 1020 CGTCGAGATTGAGATTGTCGATAAATTAATTTCTGTTCCATATGTTGAAATGACATTGAA 1079
||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 885 CGTTGAGATTGAGATAGTCGATAAATTGATTTCTGTTCCATATGTTGAAATGACATTGAA 944
Query 1080 GTTGATGGAACGTTTCGGGGTTAGTGTCGAGCATAGTGATAGCTGGGATCGTTTCTTTGT 1139
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 945 GTTGATGGAACGTTTCGGGGTTAGTGCCGAGCATAGTGATAGCTGGGATCGTTTCTTTGT 1004
Query 1140 CAAGGGCGGGCAAAAATACAAGTCTCCGGGTAATGCGTATGTAGAAGGTGATGCTTCTAG 1199
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1005 CAAGGGCGGGCAAAAATACAAGTCTCCGGGTAATGCATATGTAGAAGGTGATGCTTCTAG 1064
Query 1200 TGCTAGTTATTTCTTGGCTGGTGCTGCCATTACCGGTGAAACTGTCACAGTCGAAGGTTG 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||
Sbjct 1065 TGCTAGTTATTTCTTGGCTGGTGCTGCCATTACCGGTGAGACTGTCACTGTTGAAGGTTG 1124
Query 1260 TGGAACTACCAGCTTGCAGGGAGATGTAAAATTCGCCGAGGTCCTTGAGAAAATGGGATG 1319
|||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1125 TGGAACCACCAGCTTGCAGGGAGATGTGAAATTTGCTGAGGTTCTTGAGAAAATGGGATG 1184
Query 1320 TAAAGTGTCCTGGACAGAGAACAGTGTGACTGTGACAGGACCACCTAGAGATGCTTTTGG 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1185 TAAAGTGTCCTGGACAGAGAACAGTGTGACTGTGACAGGACCATCTAGAGATGCTTTTGG 1244
Query 1380 AATGAGACACTTGCGGGCTATTGATGTCAACATGAACAAAATGCCTGATGTAGCCATGAC 1439
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1245 AATGAGACACTTGCGGGCTATTGATGTCAACATGAACAAAATGCCTGATGTAGCAATGAC 1304
Query 1440 CCTTGCCGTCGTTGCTCTCTTTGCTGACGGTCCAACCACCATTAGAGATGTGGCTAGCTG 1499
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1305 TCTTGCCGTCGTTGCTCTCTTTGCTGACGGTCCAACCACCATTAGAGATGTGGCTAGCTG 1364
Query 1500 GAGAGTAAAGGAGACAGAAAGGATGATTGCCATTTGCACAGAGCTTAGAAAACTGGGAGC 1559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1365 GAGAGTAAAGGAGACAGAAAGGATGATTGCCATTTGCACAGAGCTTAGAAAACTGGGAGC 1424
Query 1560 TACAGTGGAAGAAGGTTCAGATTATTGTGTGATAACTCCGCCCAAAAAGGTGAAAACGGC 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1425 TACAGTGGAAGAAGGTTCAGATTATTGTGTGATAACTCCGCCCAAAAAGGTGAAACCGGC 1484
Query 1620 AGAGATTGATACATATGATGATCATAGAATGGCAATGGCATTCTCTCTTGCAGCTTGTGC 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1485 AGAGATTGATACATATGATGATCATAGAATGGCAATGGCATTCTCTCTTGCAGCTTGTGC 1544
Query 1680 TGATGTTCCAATCACCATCAACGATCCTGGTTGCACCAGGAAAACCTTCCCCGACTACTT 1739
||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1545 TGATGTTCCAATCACGATCAATGATCCTGGTTGCACCAGGAAAACCTTCCCCGACTACTT 1604
Query 1740 CCAAGTACTTGAAAGAATCACAAAGCACTAAACAATAAACTCTGTTTTTTC---T-T-CT 1794
|||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | || | | ||
Sbjct 1605 CCAAGTCCTTGAAAGAATCACAAAGCACTAAACAAAAAACTCTAAAATCTCCACTGTTCT 1664
Query 1795 GATCCAAGCTTATCTGTTTCCATTTTTCTTGTCTCTGTAATATTATTAGAAACCGAGAGT 1854
||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 1665 GATCCTAGCTTATCTGTTTCCAATTT-CTTGTCTCTGTAACATTATTAGAAACCAAGAGT 1723
Query 1855 GTTTGTTTGCGTGTAACTGAACTGAGCGAGTTTTGAGATGCAATCATT 1902
||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||| |||
Sbjct 1724 GTTTGTTTGCGTGTACCTGAACTGAGTGAGATTTGAGATGCAATTATT 1771
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 74199797260
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5