BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G45340.1
Length=2352
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg346338 jgi|Araly1|346338|fgenesh1_pg.C_scaffold_4002680 3332 0.0
Ahg346342 jgi|Araly1|346342|fgenesh1_pg.C_scaffold_4002684 2364 0.0
Ahg346340 jgi|Araly1|346340|fgenesh1_pg.C_scaffold_4002682 2359 0.0
> Ahg346338 jgi|Araly1|346338|fgenesh1_pg.C_scaffold_4002680
Length=2079
Score = 3332 bits (1804), Expect = 0.0
Identities = 1990/2081 (96%), Gaps = 7/2081 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 18 atggtctctccactcacactctttctcat-c-c-tcttcttcttcttcctttcttctgca 74
|||| |||||||||| ||||||||||||| | | |||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1 ATGGCCTCTCCACTCTCACTCTTTCTCATCCTCTTCTTCTTCTTCTTCCTTTCTCCTTCA 60
Query 75 ctgtcttcctcctcctcAGAGCTCGACATTCTCCTCGATATCAAATCCTCTCTCGACCCT 134
|||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTGTCTTCCTCCTCATCGGAGCTTGACATTCTCCTCGATATCAAATCCTCTCTCGACCCT 120
Query 135 GAAAAACGTTTCCTCACTTCATGGACTCCCGACGCCGACCCTTGCTCCTCTGGCTCCTTC 194
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GAAAAACGTTTCCTTACTTCATGGACTCCCGACGCTGACCCTTGCTCCTCTGGCTCCTTC 180
Query 195 GACGGTGTCGCGTGCGACGGAAACCGCCGTGTTGCTAACATCTCTCTTCAAGGAATGGGT 254
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GACGGTGTCGCTTGCGACGGAAACCGCCGTGTTGCTAACATCTCTCTTCAAGGAATGGGT 240
Query 255 CTCACTGGAACTATCCCTCCTTCAATCGGTCTTCTCACAAGCTTAACCGGTTTATACCTT 314
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 241 CTCACTGGAACTATCCCTCCATCAATCGGTCTTCTCACTAGCTTAACTGGTTTATACCTT 300
Query 315 CACTTCAACTCCTTGACCGGTCATATTCCTAAAGATATCTCAAATCTGCCTCTCCTCACC 374
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CACTTCAACTCCTTGACCGGTCATATTCCTAAAGATATGTCAAATCTGCCTCTCCTCACC 360
Query 375 GATTTATACCTCAATGTCAACAATCTCTCCGGTGAAATCCCTCCTCTAATCGGGAACTTA 434
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 361 GATTTATACCTCAATGTCAACAATCTCTCCGGCGAAATCCCTCCTCAAATCGGAAACTTA 420
Query 435 GACAATCTTCAAGTTATACAGTTATGTTACAACAAGTTAAGTGGAAGTATACCGACACAG 494
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GACAATCTTCAAGTTATACAGTTATGTTACAACAAGTTAAGTGGAAGTATACCGACACAG 480
Query 495 TTTGGTTCTCTTAAGAAGATAACTGTCTTGGCTTTACAGTATAACCAACTCTCCGGCGCC 554
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TTAGGTTCTCTTAAGAAGATAACTGTCTTGGCTTTACAGTATAACCAACTCTCCGGCGCC 540
Query 555 ATTCCGGCGAGTTTAGGCGATATTGA-TACGTTAACGAGGCTTGATTTGAGCTTCAACAA 613
||||||||||||||||| |||| | | |||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ATTCCGGCGAGTTTAGGTGATA-TAAGTACGTTAACGAGACTTGATTTGAGCTTCAACAA 599
Query 614 CCTCTTTGGTCCTGTTCCGGTGAAACTCGCCGGTGCTCCTTTGCTTGAAGTTCTCGACAT 673
|||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TCTCTTTGGTCCTGTGCCTGTGAAACTCGCCGGTGCTCCTTTGCTTGAAGTTCTCGACAT 659
Query 674 TCGTAATAACTCCTTCTCCGGCTTCGTTCCCTCTGCTTTGAAGAGGCTAAACAATGGATT 733
|||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TCGTAATAACTCTTTCTCAGGCTTCGTTCCCTTTGCTTTGAAGAGGCTAAACAATGGATT 719
Query 734 CCAGTATTCAAACAATCACGGTTTATGCGGAGATGGTTTCACTGATTTGAAAGCTTGCAC 793
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 720 CCAGTATTCAAACAATCACGGTTTATGCGGAGATGGGTTCACGGATTTGAATGCTTGCAC 779
Query 794 CGGCTTAAACGGTCCGAACCCT-AACCGACCAGACCCAACAAACCCAACGAATTTCACAA 852
||| |||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 CGGTTTAAACGGTCCGAA-CCTAAACCGGCCAGACCCAACAAACCCAACGAATTTCACAA 838
Query 853 CAGTTGACGTGAAACCAGAATCAGCAGATTTACAACGAAGCAATTGCAGTAACAACAATG 912
| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 CCGTTGACGTGAAACCAGAATCGGCAGATTTACAACGAAGCAATTGCAGTAACAACAATG 898
Query 913 GCGGGTGTTCATCAAAATCCTTAAAGTCTTCACCTTTAGGAATCGTCATGGGTCTAATAG 972
||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 899 GCGGGTGTTCATCAAAAACCTCAAAGTCTTCACCTTTAGGAATCGTCATGGGTCTTATGG 958
Query 973 GATCAATCCTCGCAGTTGCAATCTTTGGCGGTTCAACATTCACATGGTACAGACGAAGGA 1032
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 GTTCAATCCTCGCAGTTGCAATCTTTGGTGGTTCAACATTCACATGGTACAGACGAAGGA 1018
Query 1033 AACAGAAGATTGGAAGCAGTCTTGATGCAATGGACGGTAGGATTAGTACTGAGTACAACT 1092
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1019 AACAAAAGATTGGAAGCAGTCTTGATGCAATGGACGGTAGGATTAGCACTGAGTACAACT 1078
Query 1093 TCAAAGAAGTTTCTAGAAGAAAAAGCTCTTCTCCATTGATCAGCTTAGAGTACGCAAGTG 1152
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 1079 TCAAAGAAGTTTCTAGAAGAAAAAGCTCTTCTCCATTGATCAGCCTAGAGTATGCAAGTG 1138
Query 1153 GTTGGGATCCGTTAGGACGAGGACAGAGCAGTAACAACAACAGTGCATTGTCTCAAGAAG 1212
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 GTTGGGATCCGTTAGGACGAGGACAGAGCAGTAACAACAACAGTGCATTGTCTCAAGAAG 1198
Query 1213 TCTTTGAGAGCTTTATGTTCAATCTTGAGGAGATTGAGAGAGCTACTCAGAGCTTCTCTG 1272
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 TCTTTGAGAGCTTTATGTTCAATCTTGAGGAGATTGAGAGAGCTACTCAGAGCTTCTCTG 1258
Query 1273 AGATTAACTTGTTGGGGAAGAGTAATGTCTCTTCAGTTTATAAAGGTATCCTTAGAGATG 1332
|| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 AGGTTAACTTGTTGGGGAAGAGTAATGTATCTTCGGTTTATAAAGGTATCCTTAGAGATG 1318
Query 1333 GTTCTGTTGCAGCTATCAAATGTATAGCTAAATCGAGCTGTAAATCCGATGAATCCGAGT 1392
|||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 GTTCTGTTGCAGCTGTAAAATGTATAGCGAAATCGAGCTGTAAATCCGATGAATCCGAGT 1378
Query 1393 TTCTCAAAGGGTTGAAGATGCTGACACTGTTGAAGCATGAGAATTTAGCGAGGTTGAGAG 1452
|||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1379 TTCTCAAAGGGTTGAAGACGCTGACATTGTTGAAGCATGAGAATTTAGTGAGGTTGAGAG 1438
Query 1453 GATTCTGCTGCTCGAAAGGACGTGGAGAATGTTTCCTTATCTATGAGTTTGTTCCCAATG 1512
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1439 GATTCTGCTGCTCAAAAGGACGTGGAGAATGTTTCCTTATCTATGAGTTTGTCCCCAATG 1498
Query 1513 GTAATCTTTTGCAGTATCTTGATGTGAAGGATGAGACTGGAGAGGTTCTTGAATGGGCAA 1572
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 1499 GTAATCTTTTGCAGTATCTTGATGTGAAGGATGAGACTGGAGAGGTTCTCGAATGGACAA 1558
Query 1573 CTCGAGTTTCCATCATAAACGGAATCGCCAGAGGGATTGTGTACTTGCATGGAGAAAATG 1632
|||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||
Sbjct 1559 CTCGAGTTTCCATCATTAATGGCATCGCCAGAGGGATTGTTTACCTACATGGAGAAAATG 1618
Query 1633 GGAACAAACCTGCAATAGTTCACCAGAATCTATCTGCAGAGAAGATTCTCATTGATCACT 1692
| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1619 GAAACAAGCCTGCAATAGTTCACCAGAATCTATCTGCAGAGAAGATTCTCATTGATCATT 1678
Query 1693 GGTATAATCCTTCTCTTGCAGATTCCGGTCTTCACAAGCTTTTCACAGATGATATCGTTT 1752
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1679 GGTATAATCCTTCTCTTGCGGATTCCGGTCTTCACAAGCTTTTCACGGATGACATCGTTT 1738
Query 1753 TCTCGAAGCTCAAAGCAAGTGCGGCAATGGGATACTTAGCTCCTGAGTACATAACTACAG 1812
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 TCTCGAAGCTCAAAGCAAGTGCGGCAATGGGATACTTAGCTCCTGAGTACATAACTACAG 1798
Query 1813 GGAGGTTCACTGATAAGAGCGATGTTTATGCATTTGGTATGATTCTGTTGCAGATACTGA 1872
||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 GGAGGTTTACTGATAAGAGCGACGTGTATGCCTTTGGTATGATTCTGTTGCAGATACTGA 1858
Query 1873 GTGGTAAAAGCAAAATCAGCCATTTGATGATCTTACAAGCTGTAGAGTCAGGAAGACTGA 1932
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 GTGGTAAAAGCAAAATCAGCCATTTGATGATCTTACAAGCTGTAGAGTCAGGAAGACTGA 1918
Query 1933 ATGAAGACTTCATGGATCCAAATCTTCGAAAGAACTTCCCGGAAGTAGAAGCGGCTCAGC 1992
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||
Sbjct 1919 ATGAAGACTTCATGGATCCAAATCTTCGAAAGAACTTCCCGGAAGCAGAAGCAGCTGAGC 1978
Query 1993 TCGCTAGACTTGGTCTTCTCTGCACTCATGAATCCTCAAACCAAAGACCATCCATGGAAG 2052
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1979 TCGCTAGACTTGGTCTTCTCTGCACCCATGAATCCTCAAACCAGAGACCATCCATGGAAG 2038
Query 2053 ATGTTATCCAAGAACTGAATAATCTCGCCGCGGATTATTAG 2093
| ||||| ||||||||||| || ||||| ||| ||||||||
Sbjct 2039 ACGTTATGCAAGAACTGAACAAACTCGCAGCGAATTATTAG 2079
> Ahg346342 jgi|Araly1|346342|fgenesh1_pg.C_scaffold_4002684
Length=1512
Score = 2364 bits (1280), Expect = 0.0
Identities = 1431/1503 (95%), Gaps = 13/1503 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 593 GCTTGATTTGAGCTTCAACAACCTCTTTGGTCCTGTTCCGGTGAAACTCGCCGGTGCTCC 652
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 21 GCTTGATTTGAGCTTCAACAACCTCTTTGGTCCTGTTCCGGTGAAACTCGCTGGTGCTCC 80
Query 653 TTTGCTTGAAGTTCTCGACATTCGTAATAACTCCTTCT-CCGGCTTCGTTCCCTCTGCTT 711
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| || || |
Sbjct 81 TTTGCTTGAAGTTCTCGACATTCGTAATAAC-CCTT-TGCCGGCTTCGTT-CC-CT-C-- 133
Query 712 TGAAGAGGCTAAACAATGGATTCCAGTATTCAAACAATCACGGTTTATGCGGAGATGGTT 771
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 134 T---GAGGCTAAACAATGGATTCCAGTATTCAAACAATCACGGTTTATGCGGAGATGGGT 190
Query 772 TCACTGATTTGAAAGCTTGCACCGGCTTAAACGGTCCGAACCCT-AACCGACCAGACCCA 830
|||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| |||||||||
Sbjct 191 TCACGGATTTGAATGCTTGCACCGGTTTAAACGGTCCGAA-CCTAAACCGGCCAGACCCA 249
Query 831 ACAAACCCAACGAATTTCACAACAGTTGACGTGAAACCAGAATCAGCAGATTTACAACGA 890
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 250 ACAAACCCAACGAATTTCACAACCGTTGACGTGAAACCAGAATCAGCAGATTTACAACGA 309
Query 891 AGCAATTGCAGTAACAACAATGGCGGGTGTTCATCAAAATCCTTAAAGTCTTCACCTTTA 950
||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 310 AGCAATTGCAGTAACAATAATGGCGTGTGTTCATCAAAAACCTCAAAGTCTTCACCTTTA 369
Query 951 GGAATCGTCATGGGTCTAATAGGATCAATCCTCGCAGTTGCAATCTTTGGCGGTTCAACA 1010
||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 370 GGAATCGTCATGGGTCTTATGGGTTCAATCCTCGCAGTTGCAATCTTTGGTGGTTCAACA 429
Query 1011 TTCACATGGTACAGACGAAGGAAACAGAAGATTGGAAGCAGTCTTGATGCAATGGACGGT 1070
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 430 TTCACATGGTACAGACGAAGGAAACAAAAGATTGGAAGCAGTCTTGATGCAATGGACGGT 489
Query 1071 AGGATTAGTACTGAGTACAACTTCAAAGAAGTTTCTAGAAGAAAAAGCTCTTCTCCATTG 1130
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 490 AGGATTAGCACTGAGTACAACTTCAAAGAAGTTTCTAGAAGAAAAAGCTCTTCTCCATTG 549
Query 1131 ATCAGCTTAGAGTACGCAAGTGGTTGGGATCCGTTAGGACGAGGACAGAGCAGTAACAAC 1190
|||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 550 ATCAGCCTAGAGTATGCAAGTGGTTGGGATCCGTTAGGACGAGGACAGAGCAGTAACAAC 609
Query 1191 AACAGTGCATTGTCTCAAGAAGTCTTTGAGAGCTTTATGTTCAATCTTGAGGAGATTGAG 1250
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 610 AACAGTGCATTGTCTCAAGAAGTCTTTGAGAGCTTTATGTTCAATCTTGAGGAGAATGAG 669
Query 1251 AGAGCTACTCAGAGCTTCTCTGAGATTAACTTGTTGGGGAAGAGTAATGTCTCTTCAGTT 1310
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 670 AGAGCTACTCAGAGCTTCTCTGAGGTTAACTTGTTGGGGAAGAGTAATGTCTCTTCGGTT 729
Query 1311 TATAAAGGTATCCTTAGAGATGGTTCTGTTGCAGCTATCAAATGTATAGCTAAATCGAGC 1370
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||
Sbjct 730 TATAAAGGTATCCTTAGAGATGGTTCTGTTGCAGCTGTAAAATGTATAGCGAAATCGAGC 789
Query 1371 TGTAAATCCGATGAATCCGAGTTTCTCAAAGGGTTGAAGATGCTGACACTGTTGAAGCAT 1430
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 790 TGTAAATCCGACGAATCCGAGTTTCTCAAAGGGTTGAAGATGCTGACATTGTTGAAGCAT 849
Query 1431 GAGAATTTAGCGAGGTTGAGAGGATTCTGCTGCTCGAAAGGACGTGGAGAATGTTTCCTT 1490
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 850 GAGAATTTAGTGAGGTTGAGAGGATTCTGCTGCTCAAAAGGACGTGGAGAATGTTTCCTT 909
Query 1491 ATCTATGAGTTTGTTCCCAATGGTAATCTTTTGCAGTATCTTGATGTGAAGGATGAGACT 1550
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 910 ATCTATGAGTTTGTCCCCAATGGTAATCTTTTGCAGTATCTTGATGTGAAGGATGAGACT 969
Query 1551 GGAGAGGTTCTTGAATGGGCAACTCGAGTTTCCATCATAAACGGAATCGCCAGAGGGATT 1610
||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||
Sbjct 970 GGAGAGGTTCTCGAATGGACAACTCGAGTTTCCATCATTAATGGCATCGCCAGAGGGATT 1029
Query 1611 GTGTACTTGCATGGAGAAAATGGGAACAAACCTGCAATAGTTCACCAGAATCTATCTGCA 1670
|| ||| | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1030 GTTTACCTACATGGAGAAAATGGAAACAAGCCTGCAATAGTTCACCAGAATCTATCTGCA 1089
Query 1671 GAGAAGATTCTCATTGATCACTGGTATAATCCTTCTCTTGCAGATTCCGGTCTTCACAAG 1730
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1090 GAGAAGATTCTCATTGATCATTGGTATAATCCTTCTCTTGCGGATTCCGGTCTTCACAAG 1149
Query 1731 CTTTTCACAGATGATATCGTTTTCTCGAAGCTCAAAGCAAGTGCGGCAATGGGATACTTA 1790
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1150 CTTTTCACGGATGACATCGTTTTCTCGAAGCTCAAAGCAAGTGCGGCAATGGGATACTTA 1209
Query 1791 GCTCCTGAGTACATAACTACAGGGAGGTTCACTGATAAGAGCGATGTTTATGCATTTGGT 1850
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||
Sbjct 1210 GCTCCTGAGTACATAACTACAGGGAGGTTTACTGATAAGAGCGACGTGTATGCCTTTGGT 1269
Query 1851 ATGATTCTGTTGCAGATACTGAGTGGTAAAAGCAAAATCAGCCATTTGATGATCTTACAA 1910
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1270 ATGATTCTGTTGCAGATACTGAGTGGTAAAAGCAAAATCAGCCATTTGATGATCTTACAA 1329
Query 1911 GCTGTAGAGTCAGGAAGACTGAATGAAGACTTCATGGATCCAAATCTTCGAAAGAACTTC 1970
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1330 GCTGTAGAGTCAGGAAGACTGAATGAAGACTTCATGGATCCAAATCTTCGAAAGAACTTC 1389
Query 1971 CCGGAAGTAGAAGCGGCTCAGCTCGCTAGACTTGGTCTTCTCTGCACTCATGAATCCTCA 2030
||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1390 CCGGAAGCAGAAGCAGCTGAGCTCGCTAGACTTGGTCTTCTCTGCACCCATGAATCCTCA 1449
Query 2031 AACCAAAGACCATCCATGGAAGATGTTATCCAAGAACTGAATAATCTCGCCGCGGATTAT 2090
||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||| |||||
Sbjct 1450 AACCAGAGACCATCCATGGAAGACGTTATGCAAGAACTGAACAAACTCGCAGCGAATTAT 1509
Query 2091 TAG 2093
|||
Sbjct 1510 TAG 1512
> Ahg346340 jgi|Araly1|346340|fgenesh1_pg.C_scaffold_4002682
Length=1512
Score = 2359 bits (1277), Expect = 0.0
Identities = 1431/1504 (95%), Gaps = 15/1504 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 593 GCTTGATTTGAGCTTCAACAACCTCTTTGGTCCTGTTCCGGTGAAACTCGCCGGTGCTCC 652
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 21 GCTTGATTTGAGCTTCAACAACCTCTTTGGTCCTGTTCCGGTGAAACTCGCTGGTGCTCC 80
Query 653 TTTGCTTGAAGTTCTCGACATTCGTAATAACTCCTTCT-CCGGCTTCGTTCCCTCTGCTT 711
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| || || |
Sbjct 81 TTTGCTTGAAGTTCTCGACATTCGTAATAAC-CCTT-TGCCGGCTTCGTT-CC-CT-C-- 133
Query 712 TGAAGAGGCTAAACAATGGATTCCAGTATTCAAACAATCACGGTTTATGCGGAGATGGTT 771
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 134 T---GAGGCTAAACAATGGATTCCAGTATTCAAACAATCACGGTTTATGCGGAGATGGGT 190
Query 772 TCACTGATTTGAAAGCTTGCACCGGCTTAAACGGTCCGAACCCT-AACCGACCAGACCCA 830
|||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| |||||||||
Sbjct 191 TCACGGATTTGAATGCTTGCACCGGTTTAAACGGTCCGAA-CCTAAACCGGCCAGACCCA 249
Query 831 ACAAACCCAACGAATTTCACAACAGTTGACGTGAAACCAGAATCAGCAGATTTACAACGA 890
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 250 ACAAACCCAACGAATTTCACAACCGTTGACGTGAAACCAGAATCAGCAGATTTACAACGA 309
Query 891 AGCAATTGCAGTAACAACAATGGCGGGTGTTCATCAAAATCCTTAAAGTCTTCACCTTTA 950
||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 310 AGCAATTGCAGTAACAATAATGGCGTGTGTTCATCAAAAACCTCAAAGTCTTCACCTTTA 369
Query 951 GGAATCGTCATGGGTCTAATAGGATCAATCCTCGCAGTTGCAATCTTTGGCGGTTCAACA 1010
||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 370 GGAATCGTCATGGGTCTTATGGGTTCAATCCTCGCAGTTGCAATCTTTGGTGGTTCAACA 429
Query 1011 TTCACATGGTACAGACGAAGGAAACAGAAGATTGGAAGCAGTCTTGATGCAATGGACGGT 1070
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 430 TTCACATGGTACAGACGAAGGAAACAAAAGATTGGAAGCAGTCTTGATGCAATGGACGGT 489
Query 1071 AGGATTAGTACTGAGTACAACTTCAAAGAAGTTTCTAGAAGAAAAAGCTCTTCTCCATTG 1130
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 490 AGGATTAGCACTGAGTACAACTTCAAAGAAGTTTCTAGAAGAAAAAGCTCTTCTCCATTG 549
Query 1131 ATCAGCTTAGAGTACGCAAGTGGTTGGGATCCGTTAGGACGAGGACAGAGCAGTAACAAC 1190
|||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 550 ATCAGCCTAGAGTATGCAAGTGGTTGGGATCCGTTAGGACGAGGACAGAGCAGTAACAAC 609
Query 1191 AACAGTGCATTGTCTCAAGAAGTCTTTGAGAGCTTTATGTTCAATCTTGAGGAGATTGAG 1250
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 610 AACAGTGCATTGTCTCAAGAAGTCTTTGAGAGCTTTATGTTCAATCTTGAGGAGATTGAG 669
Query 1251 AGAGCTACTCAGAGCTTCTCTGAGATTAACTTGTTGGGGAAGAGTAATGTCTCTTCAGTT 1310
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 670 AGAGCTACTCAGAGCTTCTCTGAGGTTAACTTGTTGGGGAAGAGTAATGTATCTTCGGTT 729
Query 1311 TATAAAGGTATCCTTAGAGATGGTTCTGTTGCAGCTATCAAATGTATAGCTAAATCGAGC 1370
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||
Sbjct 730 TATAAAGGTATCCTTAGAGATGGTTCTGTTGCAGCTGTAAAATGTATAGCGAAATCGAGC 789
Query 1371 TGTAAATCCGATGAATCCGAGTTTCTCAAAGGGTTGAAGATGCTGACACTGTTGAAGCAT 1430
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 790 TGTAAATCCGATGAATCCGAGTTTCTCAAAGGGTTGAAGACGCTGACATTGTTGAAGCAT 849
Query 1431 GAGAATTTAGCGAGGTTGAGAGGATTCTGCTGCTCGAAAGGACGTGGAGAATGTTTCCTT 1490
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 850 GAGAATTTAGTGAGGTTGAGAGGATTCTGCTGCTCAAAAGGACGTGGAGAATGTTTCCTT 909
Query 1491 ATCTATGAGTTTGTTCCCAATGGTAATCTTTTGCAGTATCTTGATGTGAAGGATGAGACT 1550
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 910 ATCTATGAGTTTGTCCCCAATGGTAATCTTTTGCAGTATCTTGATGTGAAGGATGAGACT 969
Query 1551 GGAGAGGTTCTTGAATGGGCAACTCGAGTTTCCATCATAAACGGAATCGCCAGAGGGATT 1610
||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||
Sbjct 970 GGAGAGGTTCTCGAATGGACAACTCGAGTTTCCATCATTAATGGCATCGCCAGAGGGATT 1029
Query 1611 GTGTACTTGCATGGAGAAAATGGGAACAAACCTGCAATAGTTCACCAGAATCTATCTGCA 1670
|| ||| | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1030 GTTTACCTACATGGAGAAAATGGAAACAAGCCTGCAATAGTTCACCAGAATCTATCTGCA 1089
Query 1671 GAGAAGATTCTCATTGATCACTGGTATAATCCTTCTCTTGCAGATTCCGGTCTTCACAAG 1730
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1090 GAGAAGATTCTCATTGATCATTGGTATAATCCTTCTCTTGCGGATTCCGGTCTTCACAAG 1149
Query 1731 CTTTTCACAGATGATATCGTTTTCTCGAAGCTCAAAGCAAGTGCGGCAATGGGATACTTA 1790
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1150 CTTTTCACGGATGACATCGTTTTCTCGAAGCTCAAAGCAAGTGCGGCAATGGGATACTTA 1209
Query 1791 GCTCCTGAGTACATAACTACAGGGAGGTTCACTGATAAGAGCGATGTTTATGCATTTGGT 1850
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||
Sbjct 1210 GCTCCTGAGTACATAACTACAGGGAGGTTTACTGATAAGAGCGACGTGTATGCCTTTGGT 1269
Query 1851 ATGATTCTGTTGCAGATACTGAGTGGTAAAAGCAAAATCAGCCATTTGATGATCTTACAA 1910
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1270 ATGATTCTGTTGCAGATACTGAGTGGTAAAAGCAAAATCAGCCATTTGATGATCTTACAA 1329
Query 1911 GCTGTAGAGTCAGGAAGACTGAATGAAGACTTCATGGATCCAAATCTTCGAAAGAACTTC 1970
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1330 GCTGTAGAGTCAGGAAGACTGAATGAAGACTTCATGGATCCAAATCTTCGAAAGAACTTC 1389
Query 1971 CCGGAAGTAGAAGCG-GCTCAGCTCGCTAGACTTGGTCTTCTCTGCACTCATGAATCCTC 2029
||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1390 CCGGAAGCAGAAG-GAGCTGAGCTCGCTAGACTTGGTCTTCTCTGCACCCATGAATCCTC 1448
Query 2030 AAACCAAAGACCATCCATGGAAGATGTTATCCAAGAACTGAATAATCTCGCCGCGGATTA 2089
|||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||| ||||
Sbjct 1449 AAACCAGAGACCATCCATGGAAGACGTTATGCAAGAACTGAACAAACTCGCAGCGAATTA 1508
Query 2090 TTAG 2093
||||
Sbjct 1509 TTAG 1512
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 88597909870
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5